高通量基因测序产前筛查与诊断技术规范试行
高通量基因测序技术在高风险孕妇产前筛查诊断的应用
· 医学诊疗技术 ·2312020年 第26期较大,随诊不便要求子宫切除术,余3例行局部物理治疗后随防至正常。
复发危险性最高是在术后第1年,3年后很少复发,表明LEEP 是治疗CIN 有效的方法之一。
同时有大量研究表明,高危型HPV 生殖道持续感染是诱发CIN,进而发展为宫颈癌的重要因素。
有研究表明:术前HPV 阳性率为93.88%(92/98),LEEP 术后6个月为34.69%(34/98),术后12个月为12.24%(12/98),术后24个月为10.20%(10/98),LEEP 术后HPV 感染率持续下降,LEEP 术前与术后6个月HPV 感染率比较,差异有统计学意义(x 2=74.76,P<0.05)。
文献报道有98例接受LEEP 的CIN 患者,经病理检查与阴道镜检查确认病灶残留6例,复发4例,消退88例;术后6个月HPV 持续感染率10.20%(10/98);CIN 残留或复发患者HPV 持续阳性率与消退患者比较,差异有统计学意义(P<0.05)[5]。
显示LEEP 在切除宫颈病变的同时可有效消除HPV 感染,从而有效降低CIN 患者向宫颈癌进展的危险性[6]。
总之,LEEP 是治疗宫颈CIN 安全、有效,值得推广的技术,但是宫颈病变是个逐渐进展的疾病,又是一个发病原因基本清楚的疾病,所以术后随访也是不容忽视的,通过TCT 和HPV 的定期检测可以及时发现病变的复发和进展,及早给予干预,减少宫颈癌变的发生。
参考文献:[1]汪玉莲,余方,王丽群.腔镜电切术与宫颈环形电切术治疗宫颈上皮内瘤样病变的疗效[J].贵阳医学院学报,2013,01(1):81-81.[2]李梅,方婧.宫颈上皮内瘤样变LEEP 治疗术前后病理结果分析[J].实用临床医药杂志,2013,17(3):103-103.[3]高丹丹,初慧君,刁玉超,等.宫颈锥切术对阴道镜检查不充分患者的诊治价值[J].临床医学进展,2020,10(10).[4]王雪珍.阴道镜下多点活检联合LEEP 术诊治宫颈上皮内瘤变的临床分析[J].实用临床医药杂志,2015,19(15):132-134.[5]刘婷,陈红.LEEP 术对宫颈上皮内瘤变患者HPV 病毒感染的影响[J].中国现代医药杂志,2019,21(01):54-56.[6]罗招凡,邓绍团,牛诗琼,等.宫颈上皮内瘤变LEEP 预后与HPV 感染的关系及影响因素研究[J].中国实用医药,2018,13(26):9-12.产前筛查和诊断是减少出生缺陷有效的预防手段。
高通量基因测序产前筛查技术管理规范(修改稿).doc
高通量基因测序产前筛查技术管理规范(修改稿)【参加由卫生部临检中心组织的室间质量评价活动,室间质量评估结果不合格的应当分析原因,并采取相应的预防/纠正措施。
第四部分高通量测序产前筛查实验室工作流程及质量控制要求一、标本的接收与拒收标准检测实验室应制定本实验室的样本接受和拒收标准,可对不符合检测要求的样本拒绝接受,并将拒收原因书面反馈给临床科室,具体拒收标准包括:(一)样本采集或运输不当的样本,如抗凝剂使用不正确、严重溶血或有血凝块、采血管破裂及开盖、样本标示不清。
(二)没有按照规定保存及运输的样本。
(三)影响检测结果的重要信息不完善。
二、血浆分离血浆分离操作应在标本制备区按照SOP进行操作并符合说明书要求。
普通EDTA管应从采血时起8小时内完成血浆分离,专用血浆保存管从采血时起96小时内完成血浆分离。
本操作环节需双人复核。
三、血浆DNA的提取血浆DNA提取应在标本制备区按照SOP进行操作并符合说明书要求,DNA抽提完成后浓度及体积应符合试剂说明书的要求,否则应重新提取DNA,如二次提取仍不符合质量标准,应与临床进行沟通以决定后续处理。
每3个月应安排空白对照实验以检测实验室环境条件并记录结果。
四、文库构建与质量评估无PCR过程的文库流程和上机文库质量评估应在标本制备区按照SOP进行标准化操作。
文库荧光定量检测浓度应符合试剂说明书的要求,阴性质控品无扩增。
荧光定量PCR检测显示溶解曲线峰图单一,无杂峰。
五、高通量基因测序与数据分析高通量基因测序应在扩增产物分析区按照SOP进行标准化操作。
扩增产物分析区温湿度要求应符合设备说明书的要求。
每个样本有效数据量、每个样本唯一比对序列数目均应符合试剂说明书的要求。
数据分析严格按照生产厂商产品说明书的具体要求进行。
六、数据分析与结果判断(一)分析质控合格的样本按照生产厂商产品说明书进行实验室结果判断,分质控不合格的样本需重提DNA进行二次实验。
(二)若最终结果根据Z值进行判读,则Z值≥3,报告阳性结果:Z值≤3,报告阴性结果。
孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断技术规范(2016版)
附件1孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断技术规范孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断是应用高通量基因测序等分子遗传技术检测孕期母体外周血中胎儿游离DNA片段,以评估胎儿常见染色体非整倍体异常风险。
为规范该类技术的临床应用,制订本规范。
本规范主要包括开展孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断技术的基本要求、适用范围、临床服务流程、检测技术流程以及质量控制指标等内容。
第一部分基本要求一、机构要求(一)开展孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断的医疗机构应当获得产前诊断技术类《母婴保健技术服务执业许可证》。
(二)开展孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断采血服务的医疗机构(以下简称采血机构)应当为有资质的产前筛查或产前诊断机构。
开展采血服务的产前筛查机构须与产前诊断机构建立合作关系,并向省级卫生计生行政部门备案。
(三)开展孕妇外周血胎儿游离DNA实验室检测的医疗机构(以下简称检测机构)应当具备临床基因扩增检验实验室资质,严格遵守《医疗机构临床实验室管理办法》、《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》等相关规定,相应检验项目应当接受国家卫生计生委临床检验中心组织的室间质量评价。
二、人员要求(一)从事孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断的专业技术人员应当按照《产前诊断技术管理办法》要求取得相应资质。
(二)从事孕妇外周血胎儿游离DNA产前检测的实验室人员应当经过省级以上卫生计生行政部门组织的临床基因扩增检验技术培训,并获得培训合格证书。
三、设备试剂要求(一)在具备细胞遗传学实验诊断设备的基础上,同时具备开展孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断相应的主要设备,包括DNA提取设备、PCR仪、高通量基因测序仪或其他分子检测设备等。
设备的种类、数量应当与实际开展检测项目及检测量相匹配。
(二)设备、试剂和数据分析软件应当符合《医疗器械监督管理条例》和《医疗器械注册管理办法》等相关规定,经过食品药品监督管理部门批准注册。
高通量基因测序植入前胚胎遗传学诊断和筛查技术规范
(1)患者的姓名、年龄、采用本项技术的适应证;
(2)胚胎的编号、胚胎的状态、采样日期和报告日期;
(3)检测的项目和检测方法以及测试的检测级别分类(A、B、C);
(4)检测报告应对每个被检胚胎的检测结果以标准的专业方式描述。常染色体隐性遗传性基因疾病的PGD应明确是正常、致病基因杂合子或纯合子,或致病基因复合杂合子(重型)胚胎;常染色体显性遗传性疾病的PGD应明确是正常或重型胚胎,染色体病的PGD以是否出现易位和非易位染色体数目和/或结构的改变来表示,PGS以是否出现染色体非整倍体的改变来表示。必要时根据检测结果辅以其它的描述或说明;
2.禁忌证:有如下情况之一者,不得实施PGD技术:
(1)患有《母婴保健法》规定的不宜生育的遗传性疾病;
(2)患有目前无法进行胚胎植入前遗传学诊断的遗传性疾病;
(3)其它不适宜实施辅助生殖技术的情况。
二、工作程序
对具备适应证的患者,医师应在其夫妇双方签署知情同意书后,予以核查并备案相关证件,进行术前检查并排除禁忌证;建立病历档案;按辅助生殖技术程序促排卵后经阴道穿刺取卵,行卵胞浆内单精子注射授精,胚胎体外培养,择时行胚胎活检,获取样本进行高通量测序、生物信息学分析,确定胚胎的相关遗传性状是否适合进行胚胎移植,适时向接受本项技术的夫妇双方报告并解释胚胎的高通量测序检测结果,选择胚胎进行宫腔内移植;成功妊娠后须跟踪患者妊娠情况,择时进行产前诊断,根据产前诊断结果作相应处理,并随访妊娠最终结局和子代情况。具体流程可参考附件1制定。
二、设备条件
机构须具备细胞遗传学实验诊断的设备和上述第一部分第一条第3款所要求的相应设备。在此基础上,机构应同时具备专业的高通量测序技术相应的核心设备(如与第三方合作可由第三方提供),该设备由经卫生行政管理部门批准试点或正式开展高通量测序技术临床应用的单位生产。各种设备的种类、数量须与实际开展的项目及工作规模相匹配。
高通量基因测序产前筛查NIPT-plus知情同意书
呼伦贝尔市人民医院高通量基因测序产前筛查(NIPT-plus)知情同意书版本号:PBR6.1 一、检测需知:【样本类型】孕妇外周血【筛查方法】母体外周血胎儿游离DNA高通量测序分析【筛查项目】本检测为筛查项目,如筛查结果为阴性,只表明胎儿发生该种异常的机会很低,并不能完全排除这种异常和其他异常的可能性;筛查结果若为阳性,则需要咨询医生进一步检查,以明确诊断。
1. 本检测能检测出99%的21-三体综合症(唐氏综合征)的胎儿,18-三体综合症(爱德华氏综合征)的胎儿和13-三体综合症(帕陶氏综合征)的胎儿。
2. 本检测能检测出99%的胎儿性染色体非整倍体疾病,包括45,X、47,XXY、47,XXX及47,XYY。
3. 本检测可以检出7种相对高发的大于4Mb大小并位于特定的症候群相关染色体片段位置的微缺失疾病,包括1p36 deletionsyndrome、2q33.1 deletion syndrome、22q11 deletion syndrome、Angelman syndrome、Cri-Du-Chat syndrome、Langer-Giedion syndrome 和 Prader–Willi syndrome。
【局限性和风险】1. 本检测无法检出由以下因素引起的疾病:染色体异倍体(含单倍体、三倍体、四倍体等);染色体平衡易位、倒位、环状;单亲二倍体(UPD);单基因病、线粒体病、多基因病;感染、药物、辐射等环境诱因导致的出生缺陷。
2. 在以下少数情况下,本检测结果可能受影响1) 胎儿患有嵌合型染色体疾病。
2) 胎儿患有除本检测范围之外的其他染色体异常。
3) 双胎及多胎。
4) 孕妇一年之内接受过异体输血,四周之内接受过引入外源DNA的免疫治疗、移植手术、干细胞治疗等。
5) 孕妇本人为染色体疾病患者或携带者(携带者在我国的发病率为0.47%,即106对夫妻中就有一方为携带者)。
6) 孕妇本人为孕期肿瘤患者。
2020版:高通量测序技术临床规范化应用北京专家共识(遗传病部分)
2020版:高通量测序技术临床规范化应用北京专家共识(遗传病部分)遗传病是指由于基因突变或染色体数目或结构变异导致的疾病。
根据遗传物质的改变情况,可分为单基因病、多基因病、染色体病、线粒体遗传病和体细胞遗传病[1]。
目前,人类在线孟德尔遗传数据库(OMIM)已经收录了6 000多种分子基础已知的遗传病[2]。
因为遗传异质性和表型多样性,以往的检测方法例如Sanger测序和染色体芯片分析(CMA)等在成本、通量和诊断敏感性等方面难以满足临床应用需求。
近年来,高通量测序即下一代测序(NGS)技术因其可同时对多个基因,甚至全外显子组和全基因组进行测序,现已被广泛应用于遗传病诊断领域,极大地提高了遗传病诊断的预期[3]。
但与以往技术相比,基于NGS技术的检测操作步骤多,对人员能力要求高,不规范使用或过度使用都有可能给受检者及其家庭造成不可预期的困扰和伤害,为保障高通量测序技术在遗传病临床检测中的规范应用,在借鉴国内外相关指南、标准、规范和权威发表的文献,以及《高通量测序技术临床检测规范化应用北京专家共识(第一版通用部分)》[4] (以下简称"通用共识")的基础上,北京市临床检验中心、北京医学会检验医学分会、首都医科大学临床检验诊断学系、北京市医学检验质量控制和改进中心牵头起草了《高通量测序技术临床规范化应用北京专家共识(第一版遗传病部分)》。
本共识中的声明内容为专家讨论并推荐的要点。
遗传病高通量测序实验室建设的总体要求遗传病高通量测序实验室建设时,在实验室环境条件(通风、温湿度、洁净和防震等)、仪器设备配备及日常维护与定期校准和人员专业知识及能力要求等总体上应满足"通用共识"的要求[4],实验室分区设计则在遵循"通用共识"中所阐述的"32字原则"上,同时要考虑遗传变异检测的特点。
实验室应根据不同的遗传检测项目、检测流程、测序平台、建库策略及工作量大小制订切实可行的分区方案。
新乡市人民政府关于印发新乡市开展无创产前基因检测项目工作实施方案的通知
新乡市人民政府关于印发新乡市开展无创产前基因检测项目工作实施方案的通知文章属性•【制定机关】新乡市人民政府•【公布日期】2016.08.16•【字号】新政文(2016)138号•【施行日期】2016.08.16•【效力等级】地方规范性文件•【时效性】现行有效•【主题分类】医政医管其他规定正文新乡市人民政府关于印发新乡市开展无创产前基因检测项目工作实施方案的通知新政文(2016)138号各县(市)、区人民政府,市人民政府有关部门:现将《新乡市开展无创产前基因检测项目工作实施方案》印发给你们,请认真贯彻执行。
新乡市人民政府2016年8月16日新乡市开展无创产前基因检测项目工作实施方案为保障母婴健康,降低出生缺陷风险,提高我市出生人口素质,根据《中华人民共和国母婴保健法》和《河南省产前诊断技术管理实施细则》有关规定,按照《中共新乡市委办公室新乡市人民政府办公室关于明确市委市政府2016年十项重点民生工程及责任单位的通知》(新办〔2016〕12号)要求,今年开始在全市育龄妇女中开展无创产前基因检测工作。
开展无创产前基因检测项目,能够尽早发现唐氏综合征、爱德华氏综合征、帕陶氏综合征等三种胎儿染色体非整倍体异常,避免先天性智力低下、生长发育迟缓、五官四肢内脏畸形、多流产或出生后不久死亡等。
此项工作将本着“政府引导,知情自愿,科学规范”的原则,将出生缺陷干预关口前移至筛查环节,与国家免费孕前优生健康检查项目对接,解决生育政策调整后群众“生得好”的问题,从而有效降低出生缺陷发生率,提高出生人口素质。
一、服务对象、机构、内容(一)服务对象及检测时间1.夫妇一方具备新乡市本地户籍且符合计划生育政策,并按规范接受孕产妇健康管理服务(国家基本公共卫生服务项目)的孕妇。
2.妊娠时间为1+02-2+66周,月经不规律者以B超确定孕周的孕妇。
3.符合条件的妇女,按照市委、市政府制定的惠民政策,每孩次享受一次优惠的无创产前基因检测服务。
高通量测序和数字PCR应用于无创产前检测胎儿非整倍体研究进展
《中国产前诊断杂志(电子版)》 2021年第13卷第4期·综述· 高通量测序和数字PCR应用于无创产前检测胎儿非整倍体研究进展陈桂芳1 杨佳怡2 高运华2 王志栋2 吴枭2(1.沈阳化工大学,辽宁沈阳 110142;2.中国计量科学研究院,北京 100029)【摘要】 母体血浆中胎儿游离DNA的发现使无创产前检测成为可能。
基于高通量测序的无创产前检测已用于临床筛查常见的胎儿染色体非整倍体疾病。
测序流程复杂,质量控制有助于提高高通量测序无创产前检测的准确性和可靠性。
数字PCR作为核酸定量检测的新技术,具有快速准确,流程简单的优势,有望成为无创产前检测胎儿染色体非整倍体更具成本优势的新方法。
本文讨论了高通量测序与数字PCR技术在无创产前胎儿非整倍体检测中的应用状况,分析了检测过程中可能的影响因素与质控参考物质研制,为理解针对胎儿非整倍体的无创产前检测研究提供了参考。
【关键词】 高通量测序;数字PCR;质量控制;无创产前检测;胎儿染色体非整倍体【中图分类号】 R714.55 【文献标识码】 A犇犗犐:10.13470/j.cnki.cjpd.2021.04.014基金项目:国家自然科学基金(31900433);国家质量基础的共性技术研究与应用(2017YFF0204604) 通信作者:杨佳怡,E mail:yangjy2018@nim.ac.cn 胎儿染色体非整倍体是产前筛查检测的主要内容,进行早期产前筛查和诊断有利于优生优育。
非整倍体产前检测是采用无创、微创或有创的技术方法,在一定时间窗口期对孕妇进行检查,以评估胎儿罹患染色体非整倍体疾病的风险或进一步确诊[1]。
传统产前诊断方法具有侵入性,通过羊膜穿刺、绒毛取样以及脐静脉穿刺取样进行染色体核型分析,有潜在的胎儿流产或感染风险[2],早孕期、中孕期常规产前筛查通过超声检查联合血清学标记分析,同时结合孕妇年龄、孕周、体重以及是否存在糖尿病等多项临床信息,以软件计算风险值进行评估,但敏感度和特异性有限[3,4]。
【医学要点】《高通量基因测序产前筛查与诊断技术规范(修改稿)》出炉
《高通量基因测序产前筛查与诊断技术规范(修改稿)》出炉《高通量基因测序产前筛查与诊断技术规范(修改稿)》出炉日期:2016-01-18 11:30:56 来源: 生物探索点击: 次2014年12月22日,卫计委确定了第一批高通量测序技术临床应用试点单位,2015年1月15日,卫计委妇幼司发布了第一批产前诊断试点单位,同时发布了《高通量基因测序产前筛查与诊断技术规范(试行)》(简称《试行》)。
日前,为规范高通量基因测序产前筛查技术临床应用和实验室检测工作,卫计委妇幼司发布了《高通量测序产前筛查技术管理规范(修改稿)》(简称《修改稿》)。
尽管还未在卫计委网站上正式公布此消息,但已有业内人士透露了《修改稿》的具体文件内容。
《试行》与《修改稿》的比较此前卫计委妇幼司发布的《试行》中规范了高通量基因测序产前筛查在临床上的适用范围、临床服务流程及临床质量控制。
而此次《修改稿》主要包括开展高通量基因测序产前筛查技术的组织管理、临床技术流程、实验室检测要求以及质量控制等内容。
《修改稿》指出为确保该项技术能准确,科学地开展,所有临床开展高通量测序技术服务的医疗机构、检测实验室、标本转运机构均应按照本规范的相关要求开展工作。
其它符合临床应用条件的针对胎儿游离DNA检测产前筛查技术也应参考本规范的相关规定。
《试行》中给出了高通量基因测序产前筛查与诊断知情同意书、临床申请单及临床报告单的参考模板,为试点单位开展高通量基因测序产前筛查与诊断提供了详细的指导。
《修改稿》中则给出了高通量基因测序产前筛查与诊断知情同意书(参考模板)、高通量基因测序产前筛查与诊断检测申请单(参考模板)、高通量基因检测产前筛查与诊断检测报告单(参考模板)、检测记录单。
《修改稿》最大的特点之一是增加了基本要求与组织管理部分,包括基本要求(机构要求、设备试剂要求、人员要求等)和组织要求。
对于机构要求,《修改稿》规定开展临床高通量测序产前筛查技术服务的机构应具备省级卫生计生行政部门审批许可的产前诊断机构,取得开展产前诊断技术的《母婴保健技术服务执业许可证》;开展高通量测序产前筛查检测工作的实验室(包括第三方检测实验室)均需具备通过省级技术审核的临床基因扩增检验实验室资质;相关工作开展符合《医疗机构临床实验室管理办法的规定。
高通量基因测序植入前胚胎遗传学诊断和筛查技术规范
一、适应证和禁忌证
1.适应证:(1)高通量测序PGD的适应证:包括多种遗传疾病如基因性疾病、非平衡的染色体结构异常、染色体数目异常,以及染色体微小片段插入、缺失与重复等;(2)高通量测序PGS的适应证:自然流产≥3次、或2次自然流产且其中至少1次流产物检查证实存在病理意义的染色体或基因异常的患者,反复种植失败(移植优质胚胎3次及以上,或移植不少于10个可移植胚胎)的患者,也可用于>38岁的高龄且需要采用辅助生殖技术的患者。
4.机构可根据自身条件独立开展本项检测,也可择优与经卫生行政管理部门批准的高通量测序技术临床应用于胚胎植入前遗传学诊断的试点或正式运行的医学检验机构签订合作进行本项检测的服务协议,将测序交由对方进行。
(1)独立开展本项检测的机构,必须采取必要措施保证本项技术的质量并定期进行评价,按本规范开展工作。
(2)与上述合作医学检验机构在本机构内共建联合实验室或交由上述合作方进行本项检测的医疗机构,由双方合作开展本项技术。医疗机构与合作方须签订合作协议,明确双方权责:
二、设备条件
机构须具备细胞遗传学实验诊断的设备和上述第一部分第一条第3款所要求的相应设备。在此基础上,机构应同时具备专业的高通量测序技术相应的核心设备(如与第三方合作可由第三方提供),该设备由经卫生行政管理部门批准试点或正式开展高通量测序技术临床应用的单位生产。各种设备的种类、数量须与实际开展的项目及工作规模相匹配。
①对外合作的医疗机构必须是符合本规范第一部分基本要求所规定的医疗机构;
②医疗机构负责临床医疗行为,包括病例的筛选、PGD/PGS方案的确定、检测前的咨询、签署知情同意书、样本采集、报告签署和发放、结果解释、临床处理、质量评价、医疗风险管理等;
高通量基因测序产前筛查与诊断技术规范试行
高通量基因测序产前筛查与诊断技术规范(试行)为规范高通量基因测序产前筛查与诊断技术临床应用工作,制定本规范。
该规范主要包括高通量基因测序产前筛查与诊断的适用范围、临床服务流程和质量控制等内容。
第一部分适用范围一、适用目标疾病根据目前技术发展水平,高通量基因测序技术在产前筛查与诊断领域适用的目标疾病为常见胎儿染色体非整倍体异常(即21 三体综合征、18 三体综合征、13 三体综合征)。
二、适用时间高通量基因测序产前筛查与诊断时间应当为12+0-26+6周,最佳检测时间应当为12+0-26+6周。
三、适用人群(一)血清学筛查、影像学检查显示为常见染色体非整倍体临界风险(即1/1000≤唐氏综合征风险值<1/270,1/1000≤18 三体综合征风险值<1/350)的孕妇。
(二)有介入性产前诊断禁忌证者(先兆流产、发热、有出血倾向、感染未愈等)。
(三)就诊时,患者为孕20+6周以上,错过血清学筛查最佳时间,或错过常规产前诊断时机,但要求降低21 三体综合征、18 三体综合征、13 三体综合征风险的孕妇。
四、慎用人群有以下几种情形的孕妇属于慎用人群,即在该人群中本检测的筛查效果较适用人群有一定程度下降,即筛查的检出率下降,假阳性及假阴性率上升,或已符合介入性产前诊断的指征,知情后拒绝直接选择介入性产前诊断的孕妇。
包括:(一)产前筛查高风险,预产期年龄≥35 岁的高龄孕妇,以及有其他直接产前诊断指征的孕妇。
(二)孕周<12 周的孕妇。
(三)高体重(体重>100 千克)孕妇。
(四)通过体外受精-胚胎移植(以下简称IVF-ET)方式受孕的孕妇。
(五)双胎妊娠的孕妇。
(六)合并恶性肿瘤的孕妇。
五、不适用人群(一)染色体异常胎儿分娩史,夫妇一方有明确染色体异常的孕妇。
(二)孕妇1 年内接受过异体输血、移植手术、细胞治疗或接受过免疫治疗等对高通量基因测序产前筛查与诊断结果将造成干扰的。
(三)胎儿影像学检查怀疑胎儿有微缺失微重复综合征或其他染色体异常可能的。
高通量基因测序产前筛查与诊断技术规范(试行)
高通量基因测序产前筛查与诊断技术规范(试行)为规范高通量基因测序产前筛查与诊断技术临床应用工作,制定本规范。
该规范主要包括高通量基因测序产前筛查与诊断的适用范围、临床服务流程和质量控制等内容。
第一部分适用范围一、适用目标疾病根据目前技术发展水平,高通量基因测序技术在产前筛查与诊断领域适用的目标疾病为常见胎儿染色体非整倍体异常(即21 三体综合征、18 三体综合征、13 三体综合征)。
二、适用时间高通量基因测序产前筛查与诊断时间应当为12+0-26+6周,最佳检测时间应当为12+0-26+6周。
三、适用人群(一)血清学筛查、影像学检查显示为常见染色体非整倍体临界风险(即1/1000≤唐氏综合征风险值<1/270,1/1000≤18 三体综合征风险值<1/350)的孕妇。
(二)有介入性产前诊断禁忌证者(先兆流产、发热、有出血倾向、感染未愈等)。
(三)就诊时,患者为孕20+6周以上,错过血清学筛查最佳时间,或错过常规产前诊断时机,但要求降低21 三体综合征、18 三体综合征、13 三体综合征风险的孕妇。
四、慎用人群有以下几种情形的孕妇属于慎用人群,即在该人群中本检测的筛查效果较适用人群有一定程度下降,即筛查的检出率下降,假阳性及假阴性率上升,或已符合介入性产前诊断的指征,知情后拒绝直接选择介入性产前诊断的孕妇。
包括:(一)产前筛查高风险,预产期年龄≥35 岁的高龄孕妇,以及有其他直接产前诊断指征的孕妇。
(二)孕周<12 周的孕妇。
(三)高体重(体重>100 千克)孕妇。
(四)通过体外受精-胚胎移植(以下简称IVF-ET)方式受孕的孕妇。
(五)双胎妊娠的孕妇。
(六)合并恶性肿瘤的孕妇。
五、不适用人群(一)染色体异常胎儿分娩史,夫妇一方有明确染色体异常的孕妇。
(二)孕妇1 年内接受过异体输血、移植手术、细胞治疗或接受过免疫治疗等对高通量基因测序产前筛查与诊断结果将造成干扰的。
(三)胎儿影像学检查怀疑胎儿有微缺失微重复综合征或其他染色体异常可能的。
孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断技术规范
附件1孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断技术规范孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断是应用高通量基因测序等分子遗传技术检测孕期母体外周血中胎儿游离DNA片段,以评估胎儿常见染色体非整倍体异常风险。
为规范该类技术的临床应用,制订本规范。
本规范主要包括开展孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断技术的基本要求、适用范围、临床服务流程、检测技术流程以及质量控制指标等内容。
第一部分基本要求一、机构要求(一)开展孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断的医疗机构应当获得产前诊断技术类《母婴保健技术服务执业许可证》。
(二)开展孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断采血服务的医疗机构(以下简称采血机构)应当为有资质的产前筛查或产前诊断机构。
开展采血服务的产前筛查机构须与产前诊断机构建立合作关系,并向省级卫生计生行政部门备案。
(三)开展孕妇外周血胎儿游离DNA实验室检测的医疗机构(以下简称检测机构)应当具备临床基因扩增检验实验室资质,严格遵守《医疗机构临床实验室管理办法》、《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》等相关规定,相应检验项目应当接受国家卫生计生委临床检验中心组织的室间质量评价。
二、人员要求(一)从事孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断的专业技术人员应当按照《产前诊断技术管理办法》要求取得相应资质。
(二)从事孕妇外周血胎儿游离DNA产前检测的实验室人员应当经过省级以上卫生计生行政部门组织的临床基因扩增检验技术培训,并获得培训合格证书。
三、设备试剂要求(一)在具备细胞遗传学实验诊断设备的基础上,同时具备开展孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断相应的主要设备,包括DNA提取设备、PCR仪、高通量基因测序仪或其他分子检测设备等。
设备的种类、数量应当与实际开展检测项目及检测量相匹配。
(二)设备、试剂和数据分析软件应当符合《医疗器械监督管理条例》和《医疗器械注册管理办法》等相关规定,经过食品药品监督管理部门批准注册。
NGS试验室建设标准与要求规范
\\ NGS实验室建设标准与要求一、高通量测序〔NGS〕实验室简介1.1NGS实验室又叫高通量测序检测实验室.NGS是下一代测序技术〔N EXTG ENERATION S EQUENCING〕即高通量测序技术的简称.高通量测序技术是对传统S ANGER测序〔称为一代测序技术〕革命性的改变,可同时对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定,同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,也称为深度测序〔D EEP SEQUENCING〕.1.2由于NGS技术对所检测的核酸模板进行大量扩增,容易出现实验室污染导致检测结果准确性下降;另外NGS技术要求高、影响因素多,实验过程处理不当易导致检测结果准确性下降或检测失败.因此临床基因扩增检验实验室技术验收和标准化治理是NGS技术本身需要,也是在临床上顺利应用该技术前提.二、NGS实验室临床应用的根本条件2.1必须拥有符合临检中央相关规定的标准NGS实验室.2.2检测设备必须符合标准NGS实验室设置要求:高通量测序仪及配套效劳器;高通量测序检测试剂盒;通用电脑;自动分析软件,实验室样本信息治理系统等.2.3检测人员必须通过专门的技能培训,并获得省级以上卫生计生行政部门颁发的临床基因扩增检验技术上岗证书.NGS实验室必须建立严格的实验室治理制度、建立标准化操作程序〔SOP〕、建立系列质量治理文件等,保证实验室日常运行符合国家卫生部的要求,保证检测结果准确、保证实验室卫生平安,保证实验室长期稳定运行.2.4NGS临床应用必须在无菌无尘环境下进行操作.三、NGS实验室建设根本要求3.1主体结构\\主体为彩钢板、铝合金型材.室内所有阴角、阳角均采用铝合金50内圆角铝,从而解决容易污染、积尘、不易清扫等问题.结构牢固,线条简明,美观大方,密封性好.3.2标准的各区分隔和气压调节将检测过程分成试剂准备、样本制备、PCR扩增和高通量测序四个独立的实验区.整个区域有一个整体缓冲走廊.每个独立实验区设置有缓冲区,同时各区通过气压调节,使整个检测实验过程中试剂和标本免受气溶胶的污染并降低扩增产物对人员和环境的污染.可翻开缓冲区和PCR扩增区的排风扇往外排气,在实验区的外墙上和各扇门上都安装有风量可调的回风口,空气通过回风口向室内换气.3.3消毒在每个实验区和缓冲区顶部以及传送窗内部安装有紫外灯,供消毒用.在各区还设置移动紫外线灯,对实验桌进行局部消毒.3.4机械连锁不锈钢传递窗试剂和标本通过机械连锁不锈钢〔不建议使用电子连锁方式〕传递窗传递, 保证试剂和标本在传递过程中不受污染〔人物分流〕.3.5地面地面建议使用PVC卷材地面或自流坪地面,整体性好.便于进行清扫,耐腐蚀.没有条件的也可采用水磨石地面,或大块的瓷砖〔至少800MM X800MM〕接缝需要小于2MM.3.6照明灯具要选用净化灯具,能到达便于清洗、不积尘的特点.3.7平面布局\\NGS 实验室应根据自己的检验工程、所采用的检测技术平台和工作量来决定 分区的多少及各区域的空间大小,至少具体需要多少个区,同样是“个体化〞 的,以“工作有序、互不干扰、预防污染、报告及时〞作为根本原那么. 四、各工程实验室建设标准产前筛查与产前诊断〔全基因组低拷贝测序技术〕 1 .实验室平面图图1:产前筛查与诊断实验室平面图2 .技术流程图图2:产前筛查与诊断技术流程图3 .技术参数\\分区 压力 温度 相对湿度 照明测序区空气流向 文库扩增标本与文 与检测区库制备区试剂准备区空气流向 溺序区缓冲间缓冲间工作流标本与文库制备区?文库扩增与检测区今4.分区功能4.1试剂准备室主要功能:在NGS过程中使用到的试剂的配制、分装和保存.4.2标本与文库制备区主要功能:血液处理、血浆制备、DNA提取、DNA片段化、DNA样品的纯化、DNA浓度检测、末端修复、接头连接、构建样本的测序文库.4.3文库扩增与检测区主要功能:文库构建后的PCR扩增与纯化、文库浓度检测、文库的混合及混合后的质检分析.4.4测序区主要功能:测序模板制备〔乳液PCR与磁珠富集回收〕、上机测序、数据分析、报告审核及发放.5.仪器配置5.1试剂准备室主要仪器设备:加样器、冰箱、分析天平、微量台式离心机、涡旋振荡器、 移液器、可移动紫外灯和超净工作台等. 5.2 标本与文库制备区主要仪器设备:冷冻离心机、微量台式离心机、掌上三管离心机、涡旋震荡 器、垂直混合仪、移液器、可移动紫外灯、生物平安柜、冰箱、托盘天平、 Qubit 2.0核酸定量仪、电脑〔可连接互联网〕、条形码打印机、普通打印 机、扫描枪、磁力架等. 5.3 文库扩增与检测区主要仪器设备:PCR 仪、QPCR 仪、Qubit2.0核酸定量仪、可移动紫外灯、超 净工作台、冰箱、微量台式离心机、涡旋振荡器、UPS 、冰箱、移液器、磁 力架等. 5.4 测序区主要仪器设备:高通量测序仪、PC 电脑、打印机、UPS 、恒温金属浴、纯水 仪、冰箱、微量台式离心机、涡旋振荡器、移液器、超净工作台、可移动紫 外灯、磁力架、PCR 仪等.胚胎植入前遗传学诊断〔全基因组低拷贝测序〕 1 .实验室平面图图3: PGD 实验室平面图文库检潮区 扩堀一区WG±制备区试剂准备区空气流向 空气流向电泳区空气褥向堞冲间E泅序号用是忘覆冲回司冲 度2 .技术流程图3.技术参数 分区 压力 温度 相对湿度 照明专用走廊 0Pa 20-25℃ 40%〜60%主实验室三300LX,其余 房间200〜300LX缓冲区 +5Pa 试剂准备室 + 15Pa WGA 制备室 + 10pa 扩增一区 -5pa 标本检测区 -10Pa 测序区-15Pa 电泳区0Pa4 .分区功能 4.1 试剂准备室主要功能:在NGS 过程中使用到的试剂的配制、分装和保存. 4.2 WGA 制备区M GA 制备[X金景国版虻步扩 增 区岁头旌统与樊化*素溶桦复及笃化电泳区加〞与纯生 报告青拉测序区图4: PGD 技术流程主要功能:基因组DNA释放、全基因组DNA扩增.4.3电泳区主要功能:DNA电泳检测及结果反响、DNA打断等4.4扩增一区主要功能:DNA片段的末端修复与纯化、接头连接与纯化、文库混合、缺口平移.4.5文库检测区主要功能:文库浓度质检分析.4.6测序区主要功能:测序模板制备〔乳液PCR与磁珠富集回收〕、上机测序、数据分析、报告审核及发放.5.仪器配置5.1试剂准备区主要仪器设备:冰箱、分析天平、微量台式离心机、涡旋振荡器、移液器、可移动紫外灯和超净工作台等.5.2电泳区主要仪器设备:电泳仪、微波炉、凝胶成像仪、冰箱、掌式离心机、涡旋振荡器、移液器、可移动紫外灯等.5.3WGA制备区主要仪器设备:PCR仪、超净工作台、冰箱、掌式离心机、涡旋振荡器、移液器、可移动紫外灯等.5.4扩增一区主要仪器设备:PCR 仪、可移动紫外灯、超净工作台、冰箱、微量台式离心 机、涡旋振荡器、UPS 、移液器、磁力架等. 5.5 文库检测区主要仪器设备:QPCR 仪、Qubit2.0核酸定量仪、可移动紫外灯、超净工作 台、冰箱、微量台式离心机、涡旋振荡器、冰箱、移液器等. 5.6 测序区主要仪器设备:高通量测序仪、PC 电脑、打印机、UPS 、恒温金属浴、纯水 仪、冰箱、微量台式离心机、涡旋振荡器、移液器、超净工作台、可移动紫 外灯、磁力架、PCR 仪等.遗传病诊断+肿瘤诊断与治疗〔杂交捕获测序技术+S ANGER 测序验证〕 1 .实验室平面图图5:肿瘤诊断实验室平面图2 .技术流程图电泳区 涌停区空气流文在检需区 支库犷墩区trn-E 〕空气流■期缓冲即堤冲间 旗交相接区〔扩埠一区口空气镰向子冲间;空气流向 & 空气价 疆冲回专用走制试制准铸区空气漉的寒冲间\\实脸潦程太文刈区 标3库备Pre-Captuired- pen 日触t加冲⑶匣俄与维耻pe & n n [条交擂i已加曲随晟又眸 京量卷都制疔前照备(oaotWkPort ~~Csptured - PCR 写献S^nper 9^1£的■中后,JlbHtlK图5dngM 测序潦程扩增二区6:肿瘤诊断技术流程图 标本与文库制备区DkA 帆及检涮 >口的片政PCR 反响雁番一•扩增一区贿PURtT 幡与摊ft电泳区图7: 一代测序实验流程图3.技术参数4.分区功能4.1试剂准备区主要功能:在NGS过程中使用到的试剂的配制、分装和保存.4.2标本与文库制备区主要功能:样本接收、样本前处理、全基因组DNA提取以及各种样本DNA或者RNA的提取、DNA片段化、DNA纯化、DNA浓度测定、DNA片段的末端修复与纯化、接头连接与纯化.\\4.3DNA打断区主要功能:DNA打断〔片段化〕.4.4电泳区主要功能:片段化DNA电泳检测及结果反响.4.5杂交捕获区〔扩增一区〕主要功能:目的DNA片段的杂交捕获与纯化,Sanger测序目的片段扩增与纯化、Sanger测序PCR前准备.4.6文库扩增区〔扩增二区〕主要功能:杂交捕获后扩增与纯化、文库浓度质检分析、及Sanger测序的PCR 扩增反响与纯化.4.7测序区主要功能:测序模板制备〔乳液PCR与磁珠富集回收〕、上机测序、及Sanger 测序.5.仪器配置5.1试剂准备区主要仪器设备:加样器、冰箱、分析天平、微量台式离心机、涡旋振荡器、移液器、可移动紫外灯和超净工作台等.5.2标本与文库制备区主要仪器设备:微量台式离心机、掌上三管离心机、恒温金属浴、移液器、可移动紫外灯、生物平安柜、冰箱、托盘天平、Qubit 2.0核酸定量仪、PCR 仪、电脑〔可连接互联网〕、条形码打印机、普通打印机、扫描枪等.5.3DNA打断区\\主要仪器设备:Covaris S220超声波打断仪、冰箱、掌式离心机、涡旋振荡器、移液器、可移动紫外灯等.5.4电泳区主要仪器设备:电泳仪、微波炉、凝胶成像仪、冰箱、掌式离心机、涡旋振荡器、移液器、可移动紫外灯等.5.5杂交捕获区〔扩增一区〕主要仪器设备:PCR仪、可移动紫外灯、超净工作台、冰箱、微量台式离心机、涡旋振荡器等.5.6文库扩增区〔扩增二区〕主要仪器设备:PCR仪、Qubit 2.0核酸定量仪、微量台式离心机、掌上三管离心机、涡旋震荡器、移液器、可移动紫外灯、超净工作台、冰箱、磁力架等.5.7测序区主要仪器设备:高通量测序仪、Sanger测序仪、PC电脑、打印机、UPS、恒温金属浴、纯水仪、冰箱、微量台式离心机、涡旋振荡器、移液器、超净工作台、可移动紫外灯、磁力架、PCR仪等.。
NGS实验室建设标准与要求规范
NGS实验室建设标准与要求一、高通量测序(NGS)实验室简介1.1NGS实验室又叫高通量测序检测实验室。
NGS是下一代测序技术( N EXT G ENERATION S EQUENCIN)G即高通量测序技术的简称。
高通量测序技术是对传统S ANGER测序(称为一代测序技术)革命性的改变, 可同时对几十万到几百万条核酸分子进行序列测定,同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能, 也称为深度测序(D EEP SEQUENCIN)G。
1.2由于NGS技术对所检测的核酸模板进行大量扩增,容易出现实验室污染导致检测结果准确性下降;另外NGS技术要求高、影响因素多,实验过程处理不当易导致检测结果准确性下降或检测失败。
因此临床基因扩增检验实验室技术验收和规范化管理是NGS技术本身需要,也是在临床上顺利应用该技术前提。
二、NGS实验室临床应用的基本条件2.1必须拥有符合临检中心相关规定的标准NGS实验室。
2.2检测设备必须符合标准NGS实验室设置要求:高通量测序仪及配套服务器;高通量测序检测试剂盒;通用电脑;自动分析软件,实验室样本信息管理系统等。
2.3检测人员必须通过专门的技能培训,并获得省级以上卫生计生行政部门颁发的临床基因扩增检验技术上岗证书。
NGS实验室必须建立严格的实验室管理制度、建立标准化操作程序(SOP)、建立系列质量管理文件等,确保实验室日常运行符合国家卫生部的要求,确保检测结果准确、确保实验室卫生安全,确保实验室长期稳定运行。
2.4NGS临床应用必须在无菌无尘环境下进行操作。
三、NGS实验室建设基本要求3.1主体结构主体为彩钢板、铝合金型材。
室内所有阴角、阳角均采用铝合金50 内圆角铝,从而解决容易污染、积尘、不易清扫等问题。
结构牢固,线条简明,美观大方,密封性好。
3.2标准的各区分隔和气压调节将检测过程分成试剂准备、样本制备、PCR扩增和高通量测序四个独立的实验区。
产前筛查1.pptx.
有介入性产前诊断禁忌证者(如先兆流产、发热、出血倾 向、慢性病毒感染 活动等)
孕20+6周以上,错过血清学筛查最佳时间·但要求评估21 三体综合征、18三 体综合征、13三体综合征风险的孕妇
↑(2)freeβ-hCG 在唐氏综合征中有84.6%的孕妇,表现为异常升高,总hCG>2.5MoM。
↓(3)游离雌三醇(uE3):由于胎儿的肾上腺皮质发育不良,导致uE3的前体减少。 21-三体、18-三体母体血中uE3也表现为降低。
↓(4)妊娠相关蛋白(PAPP-A):PPAPP-A是一种与妊娠相关的大分子糖蛋白,主要由胎盘合体滋养层细 胞、蜕膜细胞合成并分泌进入血循环,且随着孕周逐渐增多,21-三体患者母血PAPP-A平均水平是0.44MoM, 健康母血为1.0MoM。在21-三体和18-三体母血比正常孕妇降低。
时间:12-26+6w, 最佳时机:12-22+6w
第三节 NIPT
2、NIPT慎用人群:
1 2
胎儿游离DNA浓度低
3
4
5
假阳性
6
早、中孕期产前筛查高风险、预产期年龄≥35 岁以及有其他直接产前诊断指征的孕妇。 孕周<12周的孕妇。 重 度 肥 胖 ( BMI > 4 0 ) 或 体 重 >100kg的孕妇。。 通过IVF-ET方式受孕。
其他:
(2)NT切值为3.0-3.5mm; (3)唐筛:假阳性率为5%时,单独使用NT检出率为70%; (4)NT增厚与哪些疾病相关:染色体异常(特纳,21三体),某 些综合症(努南综合征),先天性心脏畸形骨骼系统畸形(软骨发 育不良)。 (5)NT与年龄无关。
高通量基因测序产前筛查技术(NIPT)在常州地区的临床应用经验总结
201683 高通量基因测序产前筛查技术(NIPT)在常州地区的临床应用经验总结张玢 刘建兵 张晓青 周琴 陈英苹 史烨 虞斌(南京医科大学附属常州市妇幼保健院,江苏常州 213003)【摘要】 目的 探讨孕妇血浆中游离胎儿DNA高通量基因测序技术(NIPT)在常州地区产前筛查中的临床应用经验总结及推广。
方法 选择2012年10月至2016年3月在常州市妇幼保健院产前诊断中心就诊的6505例单胎孕妇在知情同意的情况下抽取孕妇外周血10ml,4小时内分离血浆中游离DNA建立文库,采用IlluminaNextseqCN500测序平台对其进行测序分析,对测序结果进行生物信息分析,提示染色体异常患者再行羊膜腔穿刺,羊水细胞培养后染色体G显带核型分析。
对确诊患者建议终止妊娠。
结果 6505例检测样本中NIPT结果提示有97例胎儿染色体异常,其中81例孕妇自愿接受羊水穿刺。
①胎儿常染色体非整倍体49例(T2143例,T185例,T131例),羊水培养核型分析后发现:T21阳性预测值达95.1%,T184例确诊(4/5),T131例确诊(1/1);②32例性染色体非整倍体异常,其阳性预测值达53.1%,包括:14例45,XO高风险中仅确诊4例,假阳性10例;12例47,XXY高风险,进一步确诊发现8例,4例假阳性;最后确诊2例47,XXX和2例47,XXY。
结论 NIPT技术在唐氏综合征筛查上准确性高、假阳性率低;T18,T13样本少无统计学上意义。
在性染色体数目筛查方面,结果准确性偏低,特别体现在Turner综合征,故对45,XO筛查结果在遗传咨询须谨慎处理。
【关键词】 唐氏综合征;无创性产前诊断(NIPT);胎儿游离DNA;性染色体异常;产前诊断【中图分类号】 R714.55 【文献标识码】 A犇犗犐:10.13470/j.cnki.cjpd.2016.03.006通讯作者:虞斌,E mail:ybcz0519@163.com【犃犫狊狋狉犪犮狋】 犗犫犼犲犮狋犻狏犲 Toexploretheclinicalperformanceofmassivelyparallelsequencing basednon in vasiveprenataltesting(NIPT)inChangzhouinChina.犕犲狋犺狅犱 Atotalof6505maternalbloodsampleswerecollectedfromOct2012toMar2016attheprenataldiagnosiscenterofChangzhoumaternalandchildhealthcarehospital.Theperipheralvenousbloodfromthepregnancieswasdrawn,plasmacell freefetalDNAwasextractedin4hoursaftersampling,thesequencinglibrarywasestablished.High throughputsequencingprocedurewascarriedoutonIlluminaNextSeq500platform.Thepregnancieswithfetalchro mosomalabnormalitieswereadvisedtoacceptprenatalfetalchromosomalkaryotypeanalysisofamnioticfluidcellsusingG bandingtechnique.犚犲狊狌犾狋狊 High throughputsequencingdetected97pregnancieswithfetalchromosomalaneuploidiesin6505pregnancies.Afterreceivinginformedconsent,81voluntarilyac ceptedamnioticfluidprenataldiagnosis.①49wereautosomalchromosomeaneuploidy(ofwhich43casesweretrisomy21,5casesweretrisomy18,and1casewastrisomy13)byNIPT.Thepositivepredictivevaluefortrisomy21was95.1%.4caseswerediagnosedastrisomy18and1casewasdiagnosedastrisomy13.②Thepositivepredictivevalueforsexchromosomalabnormalitieswas53.1%.Among14positiveca sesof45,XbyNIPT,therewereonly4truepositivecasesconfirmedbyamnioticfluidprenataldiagnosis.Therewere12casesof47,XXYbyNIPT,only8caseswereconfirmedbyamnioticfluidprenataldiagnosis.3positivecasesof47,XXXand2positivecasesof47,XYYalsoconfirmed.犆狅狀犮犾狌狊犻狅狀狊 Theuseof52 201683NIPTforDSwashighaccuracyandlowfalsepositiverate.however,theaccuracyofsexchromosomalaneuploidieswasverylow,especiallyforTurner’ssyndrome.Geneticcounselingshouldbehandledwithcare.【犓犲狔狑狅狉犱狊】 Down'ssyndrome;non invasiveprenataltesting;cell freefetalDNA;sexchromosomalaneuploidies;amnioticfluid;prenataldiagnosis 出生缺陷日益成为突出的公共卫生问题和社会问题。
NIPT诊疗规范解读by北京协和医院刘俊涛
NIPT 诊疗规范解读by 北京协和医院刘俊涛中国妇产科在线2015-05-22NIPT已成为行业内非常热门的话题,不过近两年来,NIPT在国内的发展可谓是历经波折。
2014 年2 月,国家卫计委、食药监总局联合发文,叫停基因测序在临床上的应用,其中受影响最大的即是NIPT。
此“叫停令”在业内引起了很大反响,甚至有人担忧基因检测临床应用遭遇了寒冬。
但是从去年年底到今年年中,卫计委陆续发布高通量基因测序临床应用试点单位,人们逐渐认识到,这是国家在规范基因测序临床应用。
2014年12月,卫计委在发布第一批高通量基因测序技术临床应用试点单位名单时,附带发布了《高通量基因测序产前筛查与诊断技术规范(试行)》,这是我国首个NIPT 规范,是卫计委在“叫停令”发出后,用了将近10个月时间反复推敲之后确定的,这也顺应了国际上多个国家都在发布NIPT诊疗指南的趋势。
2015年5月15 日,第二届中国母胎医学大会暨母胎医学新进展培训班在北京召开,北京协和医院妇产科副主任、产科主任刘俊涛教授发表了题为《高通量基因测序产前筛查与诊断技术规范解读》的演讲,对卫计委发布的NIPT 规范进行了专业解读。
规范出台背景:NIPT 为产前筛查带来革命性的改变,多国出台NIPT 指南从叫停到发布规范、开放试点,可以看到国家对NIPT的重视,也从侧面上反映出NIPT本身具有的影响效应。
NIPT只需抽取孕妇血液,即可检测唐氏综合征、帕陶氏综合征等胎儿遗传疾病,克服了传统产前检测技术假阳性偏高、检出率不高等弊端,一经推出,就受到孕妇和医生的广泛欢迎。
刘俊涛教授表示,NIPT的引入,为产前筛查带来了革命性的改变。
值得关注的是,国际妇产科超声协会(ISUOG)2014 年最新发布的指南中提到,如果NIPT 结果正常,则早孕期超声NT值和母血生化指标就不用再针对T21、T18、T13 进行计算,如果NIPT 结果正常,就不必在“遗传超声图谱”中寻找包含指示T21 的软指标,这反映出NIPT 具有高度的准确性。
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高通量基因测序产前筛查与诊断技术规范试行
Document number:PBGCG-0857-BTDO-0089-PTT1998
高通量基因测序产前筛查与诊断技术规范(试行)为规范高通量基因测序产前筛查与诊断技术临床应用工作,制定本规范。
该规范主要包括高通量基因测序产前筛查与诊断的适用范围、临床服务流程和质量控制等内容。
第一部分适用范围
一、适用目标疾病
根据目前技术发展水平,高通量基因测序技术在产前筛查与诊断领域适用的目标疾病为常见胎儿染色体非整倍体异常(即 21 三体综合征、18 三体综合征、13 三体综合征)。
二、适用时间
高通量基因测序产前筛查与诊断时间应当为12+0-26+6周,最佳检测时间应当为
12+0-26+6周。
三、适用人群
(一)血清学筛查、影像学检查显示为常见染色体非整倍体临界风险(即 1/1000≤唐氏综合征风险值<1/270,1/1000≤18 三体综合征风险值<1/350)的孕妇。
(二)有介入性产前诊断禁忌证者(先兆流产、发热、有出血倾向、感染未愈等)。
(三)就诊时,患者为孕 20+6周以上,错过血清学筛查最佳时间,或错过常规产前诊断时机,但要求降低 21 三体综合征、18 三体综合征、13 三体综合征风险的孕妇。
四、慎用人群
有以下几种情形的孕妇属于慎用人群,即在该人群中本检测的筛查效果较适用人群有一定程度下降,即筛查的检出率下降,假阳性及假阴性率上升,或已符合介入性产前诊断的指征,知情后拒绝直接选择介入性产前诊断的孕妇。
包括:
(一)产前筛查高风险,预产期年龄≥35 岁的高龄孕妇,以及有其他直接产前诊断指征的孕妇。
(二)孕周<12 周的孕妇。
(三)高体重(体重>100 千克)孕妇。
(四)通过体外受精-胚胎移植(以下简称 IVF-ET)方式受孕的孕妇。
(五)双胎妊娠的孕妇。
(六)合并恶性肿瘤的孕妇。
五、不适用人群
(一)染色体异常胎儿分娩史,夫妇一方有明确染色体异常的孕妇。
(二)孕妇 1 年内接受过异体输血、移植手术、细胞治疗或接受过免疫治疗等对高通量基因测序产前筛查与诊断结果将造成干扰的。
(三)胎儿影像学检查怀疑胎儿有微缺失微重复综合征或其他染色体异常可能的。
(四)各种基因病的高风险人群。
六、其他
(一)对未接受中孕期血清学筛查而直接进行高通量基因测序产前筛查与诊断的孕妇,应当在孕 15 周至 20+6周期间进行胎儿神经管缺陷风险评估。
(二)严禁高通量基因测序产前筛查与诊断用于非医学需要的胎儿性别鉴定。
第二部分临床服务流程
一、临床技术程序
(一)凡符合适用人群标准并自愿进行此项检测的孕妇,或符合慎用人群标准但强烈要求进行此项检测的孕妇,医师应当对孕妇本人及其家属详细告知该检测的目标病种、目的、意义、准确率、风险和局限性,以及检测的种类、费用和技术流程。
(二)在孕妇充分了解以上事项后,产前诊断机构负责收集孕妇病史、签署知情同意书、采集外周血,根据检测结果,生物信息学分析,确定胎儿是否有相应非整倍体综合征高风险。
(三)医师应当对孕妇提供检测后临床咨询及高风险孕妇的后续处理,在知情同意的前提下对高风险孕妇进行产前诊断,并负责随访妊娠结局。
二、知情同意书签署
(一)产前诊断机构只对已签署知情同意书,同意参加该检测的孕妇进行检测。
(二)医师在孕妇签署知情同意书时应当告知当事人以下要点(知情同意书模板见附图 1):
1. 对存在产前诊断指征的孕妇建议其优先选择介入性产前诊断。
2. 告知该检测能检出的目标疾病种类。
3. 告知该检测能够达到的检出率、假阳性率,强调该检测结果不能视为产前诊断,高风险结果必须行介入性产前诊断确诊;以及低风险结果具有假阴性的可能性。
4. 告知该检测有失败的风险,可能会要求重新采血。
5. 根据知情同意书内容告知该检测的局限性。
6. 根据知情同意书内容告知影响该检测的因素。
7. 医生对病例个案认为应该说明的相关问题。
三、检测申请单填写
(一)医师应当询问孕产史、孕周、胎数和已进行的其他产前检测、产前筛查或产前诊断的结果,以及询问是否进行过细胞治疗、异体输血或是否为肿瘤患者等情况(申请单参考格式见附图 2)。
(二)医师应当协助孕妇准确填写检测申请单上的内容,包括:孕妇姓名、出生日期、采血时体重、孕妇通讯地址和联系电话、末次月经日期、筛查孕周、早孕或中孕期血清学筛查结果等。
四、临床标本的采集
(一)采用唯一编号对采血管进行编号。
建议采血管采用条形码作为编号标示,该编号应当与知情同意书和送检单上的编号一致。
(二)按照无菌操作要求,采取孕妇静脉血;样本处理按试剂盒说明书要求进行。
(三)标本的贮存和运输。
1. 已分离的血浆标本运输:在 4-8℃冷藏条件,冷链运输,运输时间不得超过 4 小时;在 0 摄氏度以下的冷冻运输不应超过 72 小时。
2. 已分离的血浆标本长期保存应在-70℃,保存过程中避免反复冻融。
五、检测报告的审核发放
(一)自抽取孕妇外周血至出具检测报告的周期不应当超过 15 个工作日,其中发出因检测失败须再次采样的通知不应当长于 10 个工作日。
(二)检测报告须经由 1 名具备产前诊断临床资质的副高级以上职称医务人员审核并签发(报告参考格式见附图 3)。
(三)检测报告应当以书面报告形式告知受检者,医务人员应当通知受检者或其家属获取该报告的地点和时间。
(四)报告应当包括以下信息:
1. 孕妇的姓名、年龄、孕周、末次月经时间。
2. 样本编号、样本状态、采样日期和报告日期。
3. 检测项目、检测方法。
4. 每一种目标疾病的检测值,正常参考范围。
5. 以目标疾病的低风险或高风险作为结果报告。
6. 检测者、审核者。
7. 其他相关提示。
(五)对高风险结果的孕妇,试点产前诊断机构应当尽快通过电话或短信息等方式专门通知,建议该孕妇进行后续产前诊断,并做好追踪随访。
六、检测后的临床咨询及高风险孕妇的后续处理
(一)对结果为低风险的孕妇,应当提示此检测并非最终诊断,不排除漏检的可能,且不能排除其他染色体疾病。
(二)对结果为高风险的孕妇,应当建议其进行后续介入性产前诊断;不应当仅根据本检测高风险的结果做终止妊娠的建议和处理。
(三)试点产前诊断机构应当负责高风险病例的后续临床咨询和产前诊断,临床咨询率应达 100%,产前诊断率应达 95%以上。
(四)如果存在胎儿影像学检查异常,无论该检测结果是低风险还是高风险,都应当对其进行专业的遗传咨询及后续相应诊断服务。
七、检测后妊娠结局的追踪随访
(一)试点产前诊断机构应当对所有检测高风险对象进行妊娠结局(包括后期流产、引产、早产或足月分娩等)的追踪随访,随访率应达 100%,失访率宜小于 10%。
(二)试点产前诊断机构对于检测低风险对象妊娠结局的随访率应大于 90%,随访时限应为胎儿出生后 12 周内(建议有条件的试点产前诊断机构随访至产后 1 年)。
(三)随访内容包括:妊娠结局、胎儿或新生儿是否为21 三体综合征、18 三体综合征、13 三体综合征患儿以及其他临床诊断和/或遗传学诊断(建议有条件的产前诊断机构对后期自发流产、死胎、致死性的早产胎儿开展遗传学诊断,作为妊娠结局随访的一部分内容)。
八、资料与标本的保存
高通量基因测序产前筛查与诊断工作相关资料,包括检测送检单、知情同意书以及相关的数据信息均应当在产前诊断机构保存 3 年以上,剩余血浆样本应保存至产后 2 年以上。
第三部分临床质量控制
一、21 三体综合征检出率应不低于 99%,18 三体综合征检出率应不低于 97%,13 三体综合征检出率应不低于 90%;复合假阳性率应不高于 %;复合阳性预测值应不低于50%。
二、试点产前诊断机构应当按季度报送临床应用试点工作量及筛查结果,包括筛查检出率、假阳性率、阳性预测值和检出 21 三体综合征、18 三体综合征、13 三体综合征病例数、发生的假阳性和假阴性病例数等数据信息。
具体报表见附图 4。
附图:
1. 高通量基因测序产前筛查与诊断知情同意书(参考模板)
2. 高通量基因测序产前筛查与诊断临床申请单(参考模板)
3. 高通量基因测序产前筛查与诊断临床报告单(参考模板)
4. 高通量基因测序产前筛查与诊断临床应用试点工作情况报表。