一代测序结果峰图的基本知识

一代测序结果峰图的基本知识

1、一代测序结果

测序公司发送的测序结果一般有一个峰图文件和一个序列文件，峰图文件为ABI格式，用chromas软件（网上可下载）打开。峰图用四种颜色的波形代表四种碱基的信号强度；正常的峰图，波峰与波谷清晰，峰与峰之间的距离均匀；比较理想的测序结果在底部应该没有杂峰干扰；

2、起始序列说明

1）测序结果的前几十bp不能用（下图中黄色区域标出的区域），在拼接序列或序列比对时需要先去除这部分不太可靠的数据，以免影响分析结果；

2）在使用PCR引物测序时由于PCR引物上的碱基是不带染料的，所以检测不到信号，在测序结果中也找不到引物的序列，如连接到载体使用载体上的通用引物测序则可以找到PCR引物；

3、有效读长

测序公司给出的峰图在1000～1200bp之间，但超过800bp后的各种波之间有重叠，波峰有钝化现象，碱基与碱基间的距离有时突然加大（此图中的812bp~813bp），这些现象都会影响结果的准确性，所以只能做为参考．所以说有效片段为800bp左右．

4、SNP位点

SNP位点为纯合时成单峰，若主杂合子时，会形成套峰现象；测序公司给的结果序列文件通常只读主峰——即序列文件不会报告SNP 杂合，需要自己打开峰图文件判读。