DNA和RNA提取常见问题分析及对策
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材料应适量,过多会影响裂解, 导致DNA量少,纯度低 针对不同材料,选择适当的裂 解预处理方式: 植物材料--液氮研磨 动物组织--匀浆或液氮研磨 组培细胞--蛋白酶K 细菌--溶菌酶破壁 酵母--破壁酶或玻璃珠 高温温浴时,定时轻柔振荡
质粒DNA的提取
菌体量适当
培养基去除干净,同时保证菌 体在悬浮液中充分悬浮
质粒DNA-碱裂解法
碱裂解法流程图
对数期菌体 上清液 沉淀
溶液I充分重悬
抽提
干燥溶解
溶液II裂解
酒精沉淀
质粒DNA溶液
溶液III中和
离心洗涤
质粒DNA-煮沸法
煮沸法原理
染色体DNA比质粒DNA分子大得多,且染色体DNA为线状分 子,而质粒DNA为共价闭合环状分子; 当加热处理DNA溶液时,线状染色体DNA容易发生变性,共 价闭环的质粒DNA在冷却时即恢复其天然构象; 变性染色体DNA片段与变性蛋白质和细胞碎片结合形成沉 淀,而复性的超螺旋质粒DNA分子则以溶解状态存在液相 中,从而可通过离心将两者分开。
细胞器DNA-差速离心法
线粒体和叶绿体是生物体内半自主性细胞器,自身可编码蛋 白,它们的比重和大小一定,因而在同一离心场内的沉降速度 也一定,根据这一原理,常用不同转速的离心法,将细胞内各 种组分分级分离出来。
差速离心法原理
是利用物质比重的不同分离混合物的一种方法。 将待分离物质置于均匀介质(蔗糖)中,以一定的转速进 行离心,比重大的物质优先沉降,比重小的却处于上层, 从而得以分离。
该复合物在高盐溶液中(>0.7mol/L NaCl)是可溶的,通过有机溶剂 抽提,去除蛋白、多糖、酚类等杂质后加入乙醇沉淀即可使核酸分离 出来。
注:CTAB溶液在低于15℃ 时会形成沉淀析出,因此在将其加入冰冷的
植物材料之前必须预热,且离心时温度不要低于15℃。
基因组DNA- CTAB法
CTAB提取缓冲液的经典配方
Tris-HCl (pH8.0)提供一个缓冲环境,防止核酸被破坏; EDTA螯合Mg2+或Mn2+离子,抑制DNase活性; NaCl 提供一个高盐环境,使DNP充分溶解,存在于液相中; CTAB溶解细胞膜,并结合核酸,使核酸便于分离; β-巯基乙醇是抗氧化剂,有效地防止酚氧化成醌,避免褐变,使酚容易去除
针对不同材料的特点,在提取过程中辅以相 应的去杂质的方法
核酸分离、纯化
蛋白质的去除:
酚/氯仿抽提 使用变性剂变性(SDS、异硫氰酸胍等) 高盐洗涤 蛋白酶处理
核酸分离、纯化
多糖的去除:
高盐法:用乙醇沉淀时,在待沉淀溶液中加入1/2体 积的5M NaCl,高盐可溶解多糖。
在抽提液中加入防止酚类氧化的试剂:β -巯基乙醇、 抗坏血酸、半胱氨酸、二硫苏糖醇等 加入易与酚类结合的试剂:如PVP、PEG(聚乙二醇),它 们与酚类有较强的亲和力,可防止酚类与DNA的结合
盐离子的去除:
70%的乙醇洗涤
核酸沉淀、溶解
基因组DNA的提取
质粒DNA的提取
当沉淀时间有限时,用预冷的乙醇或异丙醇沉淀, 沉淀会更充分
沉淀时加入1/10体积的NaOAc(pH5.2,3M),有 利于充分沉淀
沉淀后应用70%的乙醇洗涤,以除去盐离子等
晾干DNA,让乙醇充分挥发(不要过分干燥)
若长期储存建议使用TE缓冲液溶解 TE中的EDTA能螯和Mg2+或Mn2+离子,抑制DNase
• •
pH值为8.0,可防止DNA发生酸解
用多糖水解酶将多糖降解。
在提取缓冲液中加一定量的氯苯(1/2体积),氯苯可 以与多糖的羟基作用,从而去除多糖 。 用PEG8000代替乙醇沉淀DNA:在500μ L DNA液中加入 200μ l 20% PEG8000 (含1.2 M NaCl) ,冰浴20min。
核酸分离、纯化
多酚的去除:
提取RNA的注意事项
经常更换新手套。因为皮肤和实验室用品上可能有 RNase,会导致RNase污染。
使用灭过菌的塑料制品和枪头避免交叉污染。
应使用不含RNase的塑料和玻璃器皿。玻璃器皿可在 150℃烘烤4小时,塑料器皿可在0.5M NaOH中浸泡10 分钟,然后用水彻底清洗,再灭菌,即可去除RNase。
3.
4.
DNA中含有蛋白、多 糖、多酚类杂质 DNA在溶解前,有酒 精残留,酒精抑制 后续酶解反应 DNA中残留有金属离 子 有RNA的存留
1.
对 策
2. 3. 4.
重新纯化DNA,过吸附 柱去除蛋白、多糖、 多酚等杂质 重新沉淀DNA,让酒精 充分挥发 增加70%乙醇洗涤的 次数(2-3次) 加入RNase降解RNA
利用RNP和DNP在盐溶液中溶解度不同,将二者分离
有机溶剂抽提法:
有机溶剂作为蛋白变性剂,同时抑制核酸酶的降解作用
密度梯度离心法:
利用不同内容物密度不同的原理分离各种内容物
质粒DNA-碱裂解法
碱裂解法原理
染色体DNA比质粒DNA分子大得多,且染色体DNA为线状分 子,而质粒DNA为共价闭合环状分子; 当用碱处理DNA溶液时,线状染色体DNA容易发生变性,共 价闭环的质粒DNA在回到中性pH时即恢复其天然构象; 变性染色体DNA片段与变性蛋白质和细胞碎片结合形成沉 淀,而复性的超螺旋质粒DNA分子则以溶解状态存在液相 中,从而可通过离心将两者分开。
质粒DNA的提取
使用处于对数期的新鲜菌体 (老化菌体导致开环质粒增加)
培养时应加入筛选压力,否则 菌体易污染,质粒易丢失 尽量选择高拷贝的质粒,如为 低拷贝或大质粒,则应加大菌 体用量 菌株不要频繁转接(质粒丢失)
含病毒的液体材料DNA含量较 少,提取前先富集
细胞裂解
基因组DNA的提取
RNA提取专题
第一部分:RNA提取方法简介 第二部分:RNA提取及常见问题分析
分离提纯RNA的目的
分析不同发育时期基因的表达状况 获得新基因 研究基因的拼接 分析相应的蛋白产物
RNA的不稳定性
由于核糖残基的2’和3’位置带有羟基,RNA易 于被RNA酶切割水解 RNA酶含量丰富,加热后仍能够正确折叠恢复 活性,不易失活
内容
第一部分:DNA提取方法简介
第二部分:DNA提取及常见问题分析
DNA提取的基本步骤
I.材料准备 II.破碎细胞或包膜-内容物释放
III.核酸分离、纯化 IV.沉淀或吸附核酸,并去除杂质
V.核酸溶解在适量缓冲液或水中
材料准备
基因组DNA的提取
最好使用新鲜材料,低温保 存的样品材料ຫໍສະໝຸດ Baidu要反复冻融 提取血液基因组DNA时,要 选择有核细胞(白细胞) 组培细胞培养时间不能过长, 否则会造成DNA降解
DNA提取常见问题
问题二:DNA降解。 原 因
1.
2.
1. 2. 3.
3.
4. 5.
材料不新鲜或反复冻 融 未很好抑制内源核酸 对 酶的活性 提取过程操作过于剧 策 烈,DNA被机械打断 外源核酸酶污染 反复冻融
4.
5.
尽量取新鲜材料,低温保存材料避 免反复冻融 液氮研磨或匀浆组织后,应在解冻 前加入裂解缓冲液 在提取内源核酸酶含量丰富的材料 的DNA时,可增加裂解液中螯合剂 的含量,细胞裂解后的后续操作应 尽量轻柔 所有试剂用无菌水配制,耗材经高 温灭菌 将DNA分装保存于缓冲液中,避免 反复冻融
基因组DNA-SDS法
SDS法流程图 (以动物组织为例)
动物组织
抽提 离心洗涤
组织匀浆
上层溶液
干燥溶解
细胞裂解
酒精沉淀
DNA溶液
基因组DNA-其它方法
根据细胞裂解方式的不同有:
物理方式:玻璃珠法、超声波法、研磨法、冻融法 化学方式:异硫氰酸胍法、碱裂解法 生物方式:酶法
基因组DNA-其它方法
常用RNA酶抑制剂
焦磷酸二乙酯(DEPC): 与RNA酶的活性基团组氨酸的咪唑环结 合使蛋白质变性,强烈但不彻底的RNA酶抑制剂 。 异硫氰酸胍:目前是最有效的RNA酶抑制剂,裂解组织的同时也使 RNA酶失活。既可破坏细胞结构使核酸从核蛋白中解离出来,又对 RNA酶有强烈的变性作用。
氧钒核糖核苷复合物:由氧化钒离子和核苷形成的复合物,它和
基因组DNA的检测
提取的基因组DNA片段在20kb-30kb之间
高质量的基因组DNA带型 单一无拖尾现象
DNA浓度及纯度的检测 A260=1 约 50 μg/ mL 双链DNA;
A260/280 约为1.8
DNA提取常见问题
问题一:DNA样品不纯,抑制后续酶解和PCR反应。 原因
1. 2.
DNA提取常见问题
问题三:DNA提取量少。 原 因
1.
1. 2.
实验材料不佳或量少
2.
3. 4.
破壁或裂解不充分
吸附或沉淀不完全 洗涤时DNA丢失
对 策
3. 4.
尽量选用新鲜(幼嫩)的材 料 动植物要匀浆研磨充分;G+ 菌、酵母裂解前先用生物酶 或机械方式破壁。高温裂解 时,时间适当延长(对于动 物细胞、细菌可增加PK的用 量)。 增加吸附的时间,或低温沉 淀 小心操作
• • • • •
变性的时间不要过长(5分钟), 否则质粒易被打断
复性时间也不宜过长,否则会 有基因组DNA的污染 G+菌、酵母质粒的提取,应先 用酶法或机械法处理,以破壁
核酸分离、纯化
基因组DNA的提取 质粒DNA的提取
采用吸附材料吸附的方式分离DNA时,应提 供相应的缓冲体系
采用有机(酚/氯仿)抽提时应充分混匀,但 动作要轻柔 离心分离两相时,应保证一定的转速和时间
DNA和RNA提取 常见问题分析及对策
DNA提取专题
第一部分:DNA提取方法简介
第二部分:DNA提取常见问题分析及对策
前言
DNA是遗传信息的载体,是最重要的生物 信息分子,是分子生物学研究的主要对象。为 了进行测序、杂交和基因的表达,获得高分子 量和高纯度的DNA是非常重要的前提。
DNA提取原则
保证DNA结构的完整性 纯化后不应存在对酶有抑制作用的物质 排除有机溶剂和金属离子的污染 蛋白质、多糖、脂类等降低到最低程度 排除其他核酸分子的污染
DNA提取的几种方法
染色体DNA的提取
CTAB法 SDS法
其它
DNA提取的几种方法
非染色体DNA的提取 质粒DNA的提取
• 碱裂解法 • 煮沸法
线粒体、叶绿体DNA的提取
• 差速离心结合SDS裂解法
基因组DNA- CTAB法
CTAB法原理(植物DNA提取经典方法)
CTAB(hexadecyltrimethylammonium bromide,十六烷基三甲基 溴化铵),是一种阳离子去污剂,可溶解细胞膜,并与核酸形成复合 物。
基因组DNA-SDS法
SDS法原理
SDS是一种阴离子去垢剂,在高温(55~65℃)条件下能裂解细 胞,使染色体离析,蛋白变性,释放出核酸; 提高盐(KAc或NH4Ac)浓度并降低温度(冰浴),使蛋白质及多糖 杂质沉淀,离心后除去沉淀; 上清液中的DNA用酚/氯仿抽提,反复抽提后用乙醇沉淀水相中的 DNA。
第一部分:RNA提取方法简介 第二部分:RNA提取及常见问题分析
RNA提取的步骤
材料的裂解
异硫氰酸胍,亚硫氢胍,巯基乙醇, N-月桂肌氨酸 等。使细胞及核蛋白复 合物变性,释放RNA,有效抑制核酸 酶。 苯酚,氯仿,异戊醇抽提去除杂物, 使DNA及蛋白沉淀到有机相。
RNA酶结合形成过渡态类物质,几乎能完全抑制RNA酶的活性。 RNA酶的蛋白抑制剂(RNasin):从大鼠肝或人胎盘中提取得来
的酸性糖蛋白。RNasin是RNA酶的一种非竞争性抑制剂,可以和
多种RNA酶结合,使其失活。 其它:SDS、尿素、硅藻土等对RNA酶也有一定抑制作用。
RNA提取专题
根据核酸分离纯化方式的不同有:
吸附材料结合法:
硅质材料
高盐低pH值结合核酸,低盐高pH值洗脱。 快捷高效。
• • •
阴离子交换树脂
低盐高pH值结合核酸,高盐低pH值洗脱。 适用于纯度要求高的实验。
磁珠
磁性微粒挂上不同基团可吸附不同的目的 物,从而达到分离目的。
基因组DNA-其它方法
浓盐法:
CTAB提取缓冲液的改进配方
物质,有效去除多酚,减少DNA中酚的污染;同时它也能和多糖结合, 有效去除多糖。
PVP(聚乙烯吡咯烷酮)是酚的络合物,能与多酚形成一种不溶的络合
基因组DNA- CTAB法
CTAB法流程图
裂解液
酒精沉淀
植物材料
液氮研磨
抽提
离心洗涤
DNA溶液
细胞裂解
上层溶液
干燥溶解
质粒DNA的提取
菌体量适当
培养基去除干净,同时保证菌 体在悬浮液中充分悬浮
质粒DNA-碱裂解法
碱裂解法流程图
对数期菌体 上清液 沉淀
溶液I充分重悬
抽提
干燥溶解
溶液II裂解
酒精沉淀
质粒DNA溶液
溶液III中和
离心洗涤
质粒DNA-煮沸法
煮沸法原理
染色体DNA比质粒DNA分子大得多,且染色体DNA为线状分 子,而质粒DNA为共价闭合环状分子; 当加热处理DNA溶液时,线状染色体DNA容易发生变性,共 价闭环的质粒DNA在冷却时即恢复其天然构象; 变性染色体DNA片段与变性蛋白质和细胞碎片结合形成沉 淀,而复性的超螺旋质粒DNA分子则以溶解状态存在液相 中,从而可通过离心将两者分开。
细胞器DNA-差速离心法
线粒体和叶绿体是生物体内半自主性细胞器,自身可编码蛋 白,它们的比重和大小一定,因而在同一离心场内的沉降速度 也一定,根据这一原理,常用不同转速的离心法,将细胞内各 种组分分级分离出来。
差速离心法原理
是利用物质比重的不同分离混合物的一种方法。 将待分离物质置于均匀介质(蔗糖)中,以一定的转速进 行离心,比重大的物质优先沉降,比重小的却处于上层, 从而得以分离。
该复合物在高盐溶液中(>0.7mol/L NaCl)是可溶的,通过有机溶剂 抽提,去除蛋白、多糖、酚类等杂质后加入乙醇沉淀即可使核酸分离 出来。
注:CTAB溶液在低于15℃ 时会形成沉淀析出,因此在将其加入冰冷的
植物材料之前必须预热,且离心时温度不要低于15℃。
基因组DNA- CTAB法
CTAB提取缓冲液的经典配方
Tris-HCl (pH8.0)提供一个缓冲环境,防止核酸被破坏; EDTA螯合Mg2+或Mn2+离子,抑制DNase活性; NaCl 提供一个高盐环境,使DNP充分溶解,存在于液相中; CTAB溶解细胞膜,并结合核酸,使核酸便于分离; β-巯基乙醇是抗氧化剂,有效地防止酚氧化成醌,避免褐变,使酚容易去除
针对不同材料的特点,在提取过程中辅以相 应的去杂质的方法
核酸分离、纯化
蛋白质的去除:
酚/氯仿抽提 使用变性剂变性(SDS、异硫氰酸胍等) 高盐洗涤 蛋白酶处理
核酸分离、纯化
多糖的去除:
高盐法:用乙醇沉淀时,在待沉淀溶液中加入1/2体 积的5M NaCl,高盐可溶解多糖。
在抽提液中加入防止酚类氧化的试剂:β -巯基乙醇、 抗坏血酸、半胱氨酸、二硫苏糖醇等 加入易与酚类结合的试剂:如PVP、PEG(聚乙二醇),它 们与酚类有较强的亲和力,可防止酚类与DNA的结合
盐离子的去除:
70%的乙醇洗涤
核酸沉淀、溶解
基因组DNA的提取
质粒DNA的提取
当沉淀时间有限时,用预冷的乙醇或异丙醇沉淀, 沉淀会更充分
沉淀时加入1/10体积的NaOAc(pH5.2,3M),有 利于充分沉淀
沉淀后应用70%的乙醇洗涤,以除去盐离子等
晾干DNA,让乙醇充分挥发(不要过分干燥)
若长期储存建议使用TE缓冲液溶解 TE中的EDTA能螯和Mg2+或Mn2+离子,抑制DNase
• •
pH值为8.0,可防止DNA发生酸解
用多糖水解酶将多糖降解。
在提取缓冲液中加一定量的氯苯(1/2体积),氯苯可 以与多糖的羟基作用,从而去除多糖 。 用PEG8000代替乙醇沉淀DNA:在500μ L DNA液中加入 200μ l 20% PEG8000 (含1.2 M NaCl) ,冰浴20min。
核酸分离、纯化
多酚的去除:
提取RNA的注意事项
经常更换新手套。因为皮肤和实验室用品上可能有 RNase,会导致RNase污染。
使用灭过菌的塑料制品和枪头避免交叉污染。
应使用不含RNase的塑料和玻璃器皿。玻璃器皿可在 150℃烘烤4小时,塑料器皿可在0.5M NaOH中浸泡10 分钟,然后用水彻底清洗,再灭菌,即可去除RNase。
3.
4.
DNA中含有蛋白、多 糖、多酚类杂质 DNA在溶解前,有酒 精残留,酒精抑制 后续酶解反应 DNA中残留有金属离 子 有RNA的存留
1.
对 策
2. 3. 4.
重新纯化DNA,过吸附 柱去除蛋白、多糖、 多酚等杂质 重新沉淀DNA,让酒精 充分挥发 增加70%乙醇洗涤的 次数(2-3次) 加入RNase降解RNA
利用RNP和DNP在盐溶液中溶解度不同,将二者分离
有机溶剂抽提法:
有机溶剂作为蛋白变性剂,同时抑制核酸酶的降解作用
密度梯度离心法:
利用不同内容物密度不同的原理分离各种内容物
质粒DNA-碱裂解法
碱裂解法原理
染色体DNA比质粒DNA分子大得多,且染色体DNA为线状分 子,而质粒DNA为共价闭合环状分子; 当用碱处理DNA溶液时,线状染色体DNA容易发生变性,共 价闭环的质粒DNA在回到中性pH时即恢复其天然构象; 变性染色体DNA片段与变性蛋白质和细胞碎片结合形成沉 淀,而复性的超螺旋质粒DNA分子则以溶解状态存在液相 中,从而可通过离心将两者分开。
质粒DNA的提取
使用处于对数期的新鲜菌体 (老化菌体导致开环质粒增加)
培养时应加入筛选压力,否则 菌体易污染,质粒易丢失 尽量选择高拷贝的质粒,如为 低拷贝或大质粒,则应加大菌 体用量 菌株不要频繁转接(质粒丢失)
含病毒的液体材料DNA含量较 少,提取前先富集
细胞裂解
基因组DNA的提取
RNA提取专题
第一部分:RNA提取方法简介 第二部分:RNA提取及常见问题分析
分离提纯RNA的目的
分析不同发育时期基因的表达状况 获得新基因 研究基因的拼接 分析相应的蛋白产物
RNA的不稳定性
由于核糖残基的2’和3’位置带有羟基,RNA易 于被RNA酶切割水解 RNA酶含量丰富,加热后仍能够正确折叠恢复 活性,不易失活
内容
第一部分:DNA提取方法简介
第二部分:DNA提取及常见问题分析
DNA提取的基本步骤
I.材料准备 II.破碎细胞或包膜-内容物释放
III.核酸分离、纯化 IV.沉淀或吸附核酸,并去除杂质
V.核酸溶解在适量缓冲液或水中
材料准备
基因组DNA的提取
最好使用新鲜材料,低温保 存的样品材料ຫໍສະໝຸດ Baidu要反复冻融 提取血液基因组DNA时,要 选择有核细胞(白细胞) 组培细胞培养时间不能过长, 否则会造成DNA降解
DNA提取常见问题
问题二:DNA降解。 原 因
1.
2.
1. 2. 3.
3.
4. 5.
材料不新鲜或反复冻 融 未很好抑制内源核酸 对 酶的活性 提取过程操作过于剧 策 烈,DNA被机械打断 外源核酸酶污染 反复冻融
4.
5.
尽量取新鲜材料,低温保存材料避 免反复冻融 液氮研磨或匀浆组织后,应在解冻 前加入裂解缓冲液 在提取内源核酸酶含量丰富的材料 的DNA时,可增加裂解液中螯合剂 的含量,细胞裂解后的后续操作应 尽量轻柔 所有试剂用无菌水配制,耗材经高 温灭菌 将DNA分装保存于缓冲液中,避免 反复冻融
基因组DNA-SDS法
SDS法流程图 (以动物组织为例)
动物组织
抽提 离心洗涤
组织匀浆
上层溶液
干燥溶解
细胞裂解
酒精沉淀
DNA溶液
基因组DNA-其它方法
根据细胞裂解方式的不同有:
物理方式:玻璃珠法、超声波法、研磨法、冻融法 化学方式:异硫氰酸胍法、碱裂解法 生物方式:酶法
基因组DNA-其它方法
常用RNA酶抑制剂
焦磷酸二乙酯(DEPC): 与RNA酶的活性基团组氨酸的咪唑环结 合使蛋白质变性,强烈但不彻底的RNA酶抑制剂 。 异硫氰酸胍:目前是最有效的RNA酶抑制剂,裂解组织的同时也使 RNA酶失活。既可破坏细胞结构使核酸从核蛋白中解离出来,又对 RNA酶有强烈的变性作用。
氧钒核糖核苷复合物:由氧化钒离子和核苷形成的复合物,它和
基因组DNA的检测
提取的基因组DNA片段在20kb-30kb之间
高质量的基因组DNA带型 单一无拖尾现象
DNA浓度及纯度的检测 A260=1 约 50 μg/ mL 双链DNA;
A260/280 约为1.8
DNA提取常见问题
问题一:DNA样品不纯,抑制后续酶解和PCR反应。 原因
1. 2.
DNA提取常见问题
问题三:DNA提取量少。 原 因
1.
1. 2.
实验材料不佳或量少
2.
3. 4.
破壁或裂解不充分
吸附或沉淀不完全 洗涤时DNA丢失
对 策
3. 4.
尽量选用新鲜(幼嫩)的材 料 动植物要匀浆研磨充分;G+ 菌、酵母裂解前先用生物酶 或机械方式破壁。高温裂解 时,时间适当延长(对于动 物细胞、细菌可增加PK的用 量)。 增加吸附的时间,或低温沉 淀 小心操作
• • • • •
变性的时间不要过长(5分钟), 否则质粒易被打断
复性时间也不宜过长,否则会 有基因组DNA的污染 G+菌、酵母质粒的提取,应先 用酶法或机械法处理,以破壁
核酸分离、纯化
基因组DNA的提取 质粒DNA的提取
采用吸附材料吸附的方式分离DNA时,应提 供相应的缓冲体系
采用有机(酚/氯仿)抽提时应充分混匀,但 动作要轻柔 离心分离两相时,应保证一定的转速和时间
DNA和RNA提取 常见问题分析及对策
DNA提取专题
第一部分:DNA提取方法简介
第二部分:DNA提取常见问题分析及对策
前言
DNA是遗传信息的载体,是最重要的生物 信息分子,是分子生物学研究的主要对象。为 了进行测序、杂交和基因的表达,获得高分子 量和高纯度的DNA是非常重要的前提。
DNA提取原则
保证DNA结构的完整性 纯化后不应存在对酶有抑制作用的物质 排除有机溶剂和金属离子的污染 蛋白质、多糖、脂类等降低到最低程度 排除其他核酸分子的污染
DNA提取的几种方法
染色体DNA的提取
CTAB法 SDS法
其它
DNA提取的几种方法
非染色体DNA的提取 质粒DNA的提取
• 碱裂解法 • 煮沸法
线粒体、叶绿体DNA的提取
• 差速离心结合SDS裂解法
基因组DNA- CTAB法
CTAB法原理(植物DNA提取经典方法)
CTAB(hexadecyltrimethylammonium bromide,十六烷基三甲基 溴化铵),是一种阳离子去污剂,可溶解细胞膜,并与核酸形成复合 物。
基因组DNA-SDS法
SDS法原理
SDS是一种阴离子去垢剂,在高温(55~65℃)条件下能裂解细 胞,使染色体离析,蛋白变性,释放出核酸; 提高盐(KAc或NH4Ac)浓度并降低温度(冰浴),使蛋白质及多糖 杂质沉淀,离心后除去沉淀; 上清液中的DNA用酚/氯仿抽提,反复抽提后用乙醇沉淀水相中的 DNA。
第一部分:RNA提取方法简介 第二部分:RNA提取及常见问题分析
RNA提取的步骤
材料的裂解
异硫氰酸胍,亚硫氢胍,巯基乙醇, N-月桂肌氨酸 等。使细胞及核蛋白复 合物变性,释放RNA,有效抑制核酸 酶。 苯酚,氯仿,异戊醇抽提去除杂物, 使DNA及蛋白沉淀到有机相。
RNA酶结合形成过渡态类物质,几乎能完全抑制RNA酶的活性。 RNA酶的蛋白抑制剂(RNasin):从大鼠肝或人胎盘中提取得来
的酸性糖蛋白。RNasin是RNA酶的一种非竞争性抑制剂,可以和
多种RNA酶结合,使其失活。 其它:SDS、尿素、硅藻土等对RNA酶也有一定抑制作用。
RNA提取专题
根据核酸分离纯化方式的不同有:
吸附材料结合法:
硅质材料
高盐低pH值结合核酸,低盐高pH值洗脱。 快捷高效。
• • •
阴离子交换树脂
低盐高pH值结合核酸,高盐低pH值洗脱。 适用于纯度要求高的实验。
磁珠
磁性微粒挂上不同基团可吸附不同的目的 物,从而达到分离目的。
基因组DNA-其它方法
浓盐法:
CTAB提取缓冲液的改进配方
物质,有效去除多酚,减少DNA中酚的污染;同时它也能和多糖结合, 有效去除多糖。
PVP(聚乙烯吡咯烷酮)是酚的络合物,能与多酚形成一种不溶的络合
基因组DNA- CTAB法
CTAB法流程图
裂解液
酒精沉淀
植物材料
液氮研磨
抽提
离心洗涤
DNA溶液
细胞裂解
上层溶液
干燥溶解