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Biedit软件的应用介绍：DNA序列基本操作
1. 目的：纯菌种16S rRNA,利用Sanger方法双端测序，然后检查测序质量，将双端测序 的序列拼接成一条完整的序列,利用这个长序列去与数据库比对，判断这个序列最 可能是从哪个微生物来的。 2. 具体操作过程：以一个纯菌种的16S rRNA测序为例，练习序列拼接（assembly). 用Sanger方法，从两端测序，引物为27F和1492R。
RDP 平台简单介绍：分类
1. 目的：利用RDP平台中的分类功能，对测定的高通量测序数据进行系统进化分类。 得到微生物群落的组成信息：门、纲、目、科、属、种。
2. 具体操作过程： RDP pipeline Classifier test drive Select your file to upload
Biedit软件的应用介绍：DNA序列基本操作
第二步：将27F和1492R测得的序列都整理成质量好的.fasta文件后，将这两个文件拼接成 一个长的contig。 操作如下：file----new alignment-----file----import ------sequence alignment file---同时选择 Seq27F.fas和seq1492R.fas-----file-----save as 27F+1492R.fas-----file----open 27F+1492R.fas ---点击选择两个文件名-----accessory applications-----CAP assembly contig program-----run application-----enter----随即产生了contig序列，delete原始的序列（seq27F.fas和 Seq1492R.fas),给contig命名，另存为Seq27F+1492R_contig.fas。 第三部：将contig序列拷贝到NCBI Blast中去比对， 看与数据库中哪些序列最相近。
Submit for Clawenku.baidu.comsification
(Sample file name: Seq100)
正向引物27F测得的序列
Overlap
反向引物1492R测得的序列
拼接 (assembly) Contig
Biedit软件的应用介绍：DNA序列基本操作
第一步：Sanger测序下机文件为.abi文件，可以用Bioedit打开查看测序质量。峰型好 的碱基质量较好，把质量好的碱基部分提取出来，存成fasta文件。 具体操作流程： File -----Open----找到文件Sanger_Seq27f.abi。出现两个界面，根据测 序峰确定高质量测序区段；然后双击另一个界面的文件名字，即出现一个新的编辑 框。 将质量差的碱基区域去掉，然后另存为一个.fasta文件,存成seq27F.fas。另一个文 件存为seq1492R.fas.
1. 目的：纯菌种16S rRNA,利用Sanger方法双端测序，然后检查测序质量，将双端测序 的序列拼接成一条完整的序列,利用这个长序列去与数据库比对，判断这个序列最 可能是从哪个微生物来的。 2. 具体操作过程：以一个纯菌种的16S rRNA测序为例，练习序列拼接（assembly). 用Sanger方法，从两端测序，引物为27F和1492R。
RDP 平台简单介绍：分类
1. 目的：利用RDP平台中的分类功能，对测定的高通量测序数据进行系统进化分类。 得到微生物群落的组成信息：门、纲、目、科、属、种。
2. 具体操作过程： RDP pipeline Classifier test drive Select your file to upload
Biedit软件的应用介绍：DNA序列基本操作
第二步：将27F和1492R测得的序列都整理成质量好的.fasta文件后，将这两个文件拼接成 一个长的contig。 操作如下：file----new alignment-----file----import ------sequence alignment file---同时选择 Seq27F.fas和seq1492R.fas-----file-----save as 27F+1492R.fas-----file----open 27F+1492R.fas ---点击选择两个文件名-----accessory applications-----CAP assembly contig program-----run application-----enter----随即产生了contig序列，delete原始的序列（seq27F.fas和 Seq1492R.fas),给contig命名，另存为Seq27F+1492R_contig.fas。 第三部：将contig序列拷贝到NCBI Blast中去比对， 看与数据库中哪些序列最相近。
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正向引物27F测得的序列
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反向引物1492R测得的序列
拼接 (assembly) Contig
Biedit软件的应用介绍：DNA序列基本操作
第一步：Sanger测序下机文件为.abi文件，可以用Bioedit打开查看测序质量。峰型好 的碱基质量较好，把质量好的碱基部分提取出来，存成fasta文件。 具体操作流程： File -----Open----找到文件Sanger_Seq27f.abi。出现两个界面，根据测 序峰确定高质量测序区段；然后双击另一个界面的文件名字，即出现一个新的编辑 框。 将质量差的碱基区域去掉，然后另存为一个.fasta文件,存成seq27F.fas。另一个文 件存为seq1492R.fas.