linux下BLAST+(新版blast)本地化步骤

64位LINUX下BLAST+的本地化

以我的计算机(用户名为yonpen)和数据库nr为例，运行psiblast得到PSSM矩阵。

2012-02-18

1下载程序

在ftp:///blast/executables/blast+/LATEST/下载

ncbi-blast-2.2.25+-x64-linux.tar.gz

2 解压

如解压到用户的主目录(/home/yonpen)下，把解压后的文件夹重新命名为blast，则BLAST+的所有程序在目录/home/yonpen/blast/bin下。

3 添加环境变量

打开终端（Terminal），切换为root用户，执行vim /etc/profile

在最末尾添加export PATH=”/home/yonpen/blast/bin:$PATH”，保存退出。

或直接找到/etc/profile这个文件，在最末尾添加export PATH=”/home/yonpen/blast/bin:$PA TH”

此处若成功，则执行blastn -version会出现版本信息。

4 新建

在目录/home/yonpen/blast下新建一个文件夹，命名为db

在/home/yonpen下新建一个文件，命名为.ncbirc

在文件中添加内容

[BLAST]

BLASTDB=/home/yonpen/blast/db

5 下载FASTA格式的数据库

ftp:///blast/db/FASTA/

如下载nr.gz

6 建立BLAST+可用的数据库

打开终端（Terminal），切换到/home/yonpen/blast/db目录下，执行：

makeblastdb –in nr -parse_seqids -hash_index -dbtypeprot

7 使用程序

如使用psiblast

在目录/home/yonpen/blast下新建3个文件夹，分别命名为pssm,input,output

设待查询序列所在文件的名字为3.fasta（一个文件放一条序列，且必须为fasta格式）

执行命令：

psiblast -comp_based_stats 1 -evalue 0.001 -num_iterations 3 -db nr -query input/3.fasta -out output/3.txt -out_ascii_pssmpssm/3.pssm