细菌的分类单位、系统及命名
兽医微生物学-细菌的分类及命名
2、分类学文献中的细菌拉丁文学名，属 名和种名之后，往往还要加上首次定 名人（加括号）、现名定名人和现名 定名年份，这些均用正体排字。 – 一般兽医学及医学微生物学文献中， 属名和种名之后的部分均予省略。 – 如：Escherichia coli
二、细菌的命名
1、细菌的命名依据“国际细菌命名法规”(The International
Code of Nomenclature of Bacteria)
• 学名用拉丁文，遵循“双名法”。 • 所谓“双名法”就是每一种细菌的拉丁文名称由属
名和种名两部分组成，属名在前，第一个字母必须 大写，其余均应小字。整个属名及种名在出版物中 应排成斜体。 如：Escherichia coli 属名+种名
复习重点
细菌命名与书写的基本原则。
2）核酸分子杂交法
DNA-DNA DNA-rRNA rRNA-rRNA
方法: 待测菌株dsDNA------ssDNA 参照菌株，同位素标记的ssDNA 检测杂合DNA的放射性强度，参照菌株自 身为DNA复性的放射性强度100%
DNA-DNA杂交同源性性 >60%为同种 >70%同一亚种 20~60%为同一属
三、细菌分类鉴定的标准
1、长期以来，细菌分类鉴定的主要依据是 其表型(phenotype)特征
形态 染色 培养 细胞壁结构 生理生化 抗原特性
这些表型特征对细菌的鉴定和分类具有很重要的 作用，尤其是在临床微生物学的实中，至今仍有 应用价值。
2、目前微生物学界普遍考虑的分类依据 是 细 菌 的 种 系 发 生 关 系 (phylogenetic relationship)，即分析其基因特征从而 确定分类地位。
3.细菌的特殊结构
（二）细菌的分类方法 1. 形态特征 2. 生理特性及生化反应 3. 血清学试验和噬菌体分型 4. 生态 5. 细胞壁成分分析 6. 核酸分析和分子杂交
7. 数值分类法
（三）细菌的分类系统
目前有3个比较全面的细菌分类系统，一个是苏联的克拉 西里尼科夫著的《细菌和放线菌的鉴定》，第二个是美 国布瑞德（R. S. Breed）等人主持编写的《伯杰鉴定细菌 学手册》，第三个是法国的普雷沃（Pre’vot）著的《细 菌分类学》。
分
重
要
的
分
类
学
意
义
两 端 生 鞭 毛
周生鞭毛
奇异变形杆菌的周身鞭毛
幽门螺杆菌的端生鞭毛
观察和判断细菌鞭毛的方法
电子显微镜直接观察： 鞭毛长度：15～20μm；直径：10～20nm
光学显微镜下观察：鞭毛染色和暗视野显微镜。 Leifson 染色法：碱性品红染色，鞣酸媒染。
根据培养特征判断：半固体穿刺、菌落（菌苔）形态。 血清学检查：鞭毛是很好的抗原。
菌株
这是在微生物学上经常碰到的一个名词，主要是指 不同来源的同一种微生物的纯培养。我们从自然界分离 到的微生物纯培养，尽管同属一个种，但由于来源不 同，它们之间总会出现一些细微的差异，我们就把这同 种不同来源的纯培养称为不同的菌株。从自然界分离到 的每一个微生物纯培养都可称为一个菌株，一般在学名 后用数字、地名或符号来表示的。
微荚膜（microcapsule） ：厚度为20nm。电镜下可见，或 者可用血清学证明其存在。
粘液层（slime layer）：结构疏松，排列无序，边缘不清晰 ，可扩散，易被清除。
菌胶团（zoogloea）：荚膜连成片。
细菌的分类与命名
只确定属名， 只确定属名，未确定种名的某一株细菌
Salmonella sp.
只确定属名， 只确定属名，未确定种名的若干菌株
Salmonella spp.
亚种用subsp.表示 表示 亚种用
Pasteurella multocida subsp. septica
第三节 细菌的分类体系
目前公认的细菌分类体系是“伯吉氏系统细菌学手册” 目前公认的细菌分类体系是“伯吉氏系统细菌学手册” 描述了各个属的性状及属内各种的简明比较 。 “国际系统与进化微生物学杂志”（International 国际系统与进化微生物学杂志” Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, IJSEM）是细菌分类命名的世界公认 ） 的权威期刊。 的权威期刊。
第四节 细菌的鉴定
一般只有纯培养的细菌才能进行鉴定。 一般只有纯培养的细菌才能进行鉴定。DNA分子水平的 分子水平的 鉴定主要限于专业实验室或作研究之用 。 1.形态学检查：标本涂片镜检 形态学检查： 形态学检查 2.病原菌分离鉴定 病原菌分离鉴定 分离培养：一般 ℃ 分离培养：一般37℃ 16-24h 细菌鉴定：菌落特征、形态、染色特征、生化试验、 细菌鉴定：菌落特征、形态、染色特征、生化试验、 血清学试验
复习重点
细菌命名与书写的基本原则。 细菌命名与书写的基本原则。
Escherichia coli 属名 种名 属名+种名 Salmonella pullorum (S. pullorum)
几种不同的书写情况： 几种不同的书写情况：
属名重复出现，可缩写 属名重复出现，
大肠杆菌）； 如：E.coli （大肠杆菌）；
S. pullorum（鸡白痢沙门氏菌） 鸡白痢沙门氏菌）
细菌的分类与命名-微生物命名规则
细菌得分类与命名细菌分类学细菌分类学（ｔaｘｏｎomy）就是指对细菌进行分类、命名与鉴定得一门学科。
它得任务就是在全面了解细菌得生物学特征得基础上,研究它们得种类，探索其起源、演化以及与其她类群之间得亲缘关系，进而提出能反映自然发展得分类系统，并将细菌加以分门别类.它包括三个方面：分类(claｓsificatiｏn）、命名（ｎomencｌature)与鉴定（iｄentiｆicatｉoｎ)。
一、基本概念1、细菌分类就是根据每种细菌各自得特征,并按照它们得亲缘关系分门别类,以不同等级编排成系统。
分类有两种:①以细菌得形态与生理生化特性为依据得表型特征分类法，包括有传统分类法（classicａｌclassｉｆｉcａｔiｏｎ)与数值分类法(numeｒiｃａl clasｓifｉcatｉｏn）;②用化学分析与核酸分析，以细菌大分子物质(核酸、蛋白质）结构得同源程度进行分类称种系分类(phylogenetic ｃｌassｉficaｔｉoｎ）或自然分类（natural cｌassfｉcａtioｎ）。
2、细菌命名在分类基础上,给予每种细菌一个科学名称，使之在生产实践、临床实践与科学研究工作中相互交流成为可能。
按照细菌命名得法规，能保证所有得科研工作者以同样方式给予细菌命名。
3、细菌鉴定将未知细菌按分类原则放入系统中某一适当位置与已知细菌比较其相似性，用对比分析方法确定细菌得分类地位。
若与已知细菌相同即采用已知菌得名称,不同者则按命名原则确定一个新名称。
二、分类等级细菌得分类等级与其她生物相同，依次为界(kinｇdom）、门(divｉsiｏn）、纲（cｌass）、目(order)、科(fａmilｙ）、属（genus）、种（species）。
细菌属于原核生物界（procarｙoｔae），包括有细菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体与螺旋体.分类等级拉丁字尾比较固定，表示方法如下:目—aｌeｓ、亚目-ｉneae、科-aceae、亚科—oideａae、族—eａe、亚族-inａe。
细菌的分类及命名[知识研究]
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着研究的深入科属的划分会发生变动
专业知识
8
1、属（genus）性状相近、关系密切的 若干菌种组成一个菌属，与其他属有明 显差异。
2、种（species）是细菌学分类的最基本 单元，生物学性状基本相同的细菌群体 归成一个菌种。
3 、 菌 株 （ strain ） 是 不 同 来 源 的 某 一 种 细菌的纯培养物。
细菌的分类及命名
一、 细菌的分类地位 二、 细菌的命名 三、 细菌分类鉴定的标准 四、 细菌的分类体系 五、 细菌的鉴定
专业知识
1
一、细菌分类学——对细菌进行分类， 命名与鉴定的 一门学科。
任务：
•在全面了解细菌生物学特征的基础上， 研究它们的种类，探索其起源，演化以 及与其他类群之间的亲缘关系，进而提 出能反映自然发展的分类系统，并将细
专业知识
11
例如 大肠埃希菌的学名全名是：
Escherichia coli(Migula) Castellani et
Chalmers l919 指的是Migula于1895年命名此菌为 Bacillu coli，Castellani及Chalmers 于1919年改为现名。
专业知识
12
金黄色葡萄球菌的学名为：
恶臭消化链球菌是由 Veillon 首先发现和定名的 ，后 Smith 重新定为现名。
专业知识
14
3、拉丁文学名应按拉丁文字母的发音规 则读念
4、属名重复出现时，拉丁文可缩写，用 第一个字母，为避免混肴，也可用2个 字母。大肠杆菌(E.coli)
专业知识
15
5、只确定属名、未确定种名的某一株细菌， 其拉丁文学名可在属名之后加sp．(正体字)； 如果同属未定种名的若干菌株，则用 spp． (species 的缩写， sp. 表示单数，spp. 表示复数 ) ， 如 Micrococcus sp.表示微球菌属的一个种， Micrococcus spp. 表示微球菌属的一些种。
细菌的分类与命名
细菌的分类方法
传统分类法是临床细菌学检验的基础和依据。这种分
类法的参考书是：
Bergey’s manual of systemic bacteriology
Manual of clinical microbiology
世界畅销书
Diagnostic microbiology
全国临床检验操作规程
中文教科书
标准菌株的用处
(1)标准菌株的典型特征是实验室菌株分 类和鉴定的依据，其种名也是实验室菌 株命名的依据。 (2)标准菌株是临床细菌学检验质量控制 的标准。 (3)在科研中，如涉及细菌，必须使用标 准菌株作为参考菌株或直接使用标准菌 株作为实验材料，否则论文不能公开发 表或不能参加科研成果评定。
2．细菌的命名
(2)数值分类法：分类标记不分主次，而是同等重要看
待（等重要原则）。一般要选用50项以上的生物学特
征作为分类的依据，此分类法是细菌鉴定仪器化、自
动化、电算化的基础和原则，此法称数值分类法。
2．遗传学分类法：CDC分类系统
(1)DNAG+Cmol%测定：用加热变性法测定 两株菌G+Cmol%鉴别 1)不同属:两株菌DNAG+Cmol%相差1015%及以上 2)同属:两株菌DNAG+Cmol%之差<10-15% 3)同种不同亚种:两株菌DNAG+Cmol%之差 ≤4-5% 4)同种同亚种:两株菌DNAG+Cmol%之差 <2%
因为细菌的分类常使用科、属、种、型等分类单位，
细菌的科、属、种、型的数量大，为满足细菌分类需
要，常要求对细菌的科、属、种等进行命名，如
沙门
福氏志贺菌
志贺菌属 鲍特志贺菌
第六章 细菌的分类与命名
细菌的分类与命名
分类地位 命名 分类体系 鉴定
第一节
细菌的分类地位
地位：原核生物界
（真）细菌 ：
狭义：专指其中的细菌, 种类最多、数量最大、
最具代表性。 广义：指各类原核细胞型微生物
古细菌 ：生存在极端环境下（高温、高盐、低pH)， 细胞壁无肽聚糖。未发现有病原菌。
细菌的分类单元 ：
复习重点
细菌命名与书写的基本原则。
标准菌株：具有某种细菌典型特征的菌株。
第二节
细菌的命名
细菌的命名依据“国际细菌命名法规” 的规定，学名用拉
丁文，遵循“双名法”。所谓“双名法”就是每一种细菌的
拉丁文名称由属名和种名两部分构成，属名第一个字母必须 大写，其余均应小字。整个属名及种名在出版物中应排成斜 体。 如：Escherichia coli (E.coli) 属名+种名
Salmonella pullorum (S. pullorum)
第三节 细菌的分类体系
目前公认的细菌分类体系是“伯吉氏系统细菌学手册” 描述了各个属的性状及属内各种的简明比较 。
“国际系统与进演化微生物学杂志” （International Journal of Systematic and
方面仍有一定差异，差异大的则为亚种，差异小的则为
型 。 如：马链球菌兽疫亚种，分解山梨醇 马链球菌马亚种，不能分解 按抗原结构不同而分血清型，如大肠杆菌K88和K99。
菌株（strain） ：
对不同来源的同一种细菌称为该菌的不同菌株。同一
种细菌可有许多菌株，其主要性状应该完全相同，次 要性状可稍有差异，通常用地名或动物名的缩写加编 号作菌株名。 如: Aeromonas hydrophila J-1
细菌的分类与命名(最全版)PTT文档
微生物亚种以下的变型分类
亚种以下
生物变型——表示特殊的生化或生理特征
血清变型——表示抗原结构不同 致病变型——表示某些寄主的专一致病性 噬菌变型——表示对噬菌体的特异性反应 形态变型——表示特殊的形态特征
微生物的菌株
菌株(Strain)或称品系 是指同种微生物不同来 源的纯培养物即单个分离物的纯培养后代，常以 数字、字母、人命或地名等表示
分离物是指已分离得到但为经鉴定的纯培养物的 后代即为分离物
群(Group)
为工作方便而将近似的种或介于
种间的菌株按其形态或结合生理生化、生态特征
归为若干类群。如放线菌中的链霉菌属内的种归
生理生化、G + C mol%、系统发育地位等 5．抗原构造：O、K、H
门（Phylum or Division）
为主——体现了现代分子生物学的研究成 属（Genus）
《伯杰氏系统细菌学手册》 3．生活方式：自主生活，共生，寄生
果 尚未出齐 分类（Classification）：是指根据相似性或亲缘关系，将一个有机体放在一个单元中
细菌的分类与命名
微生物分类鉴Байду номын сангаас目的
分类是人类认识微生物，进而利用和 改造微生物的一种手段，微生物工作者只 有在掌握了分类学知识的基础上，才能对 纷繁的微生物类群有一清晰的轮廊，了解 其亲缘关系与演化关系，为人类开发利用 微生物资源提供依据
第一节 微 生 物 分 类 学
微生物分类学(Taxonomy)是一门按微生物类群的 亲缘关系把它们安排成条理清楚的各种分类单元 或分类群（Taxon）的科学
细二胞、形 微态生水物平的的 命色名 素、形状、来源、病名、地名、某科学家的
微生物的分类和命名规则
微生物的分类和命名规则微生物是一类微小的生物体，包括细菌、真菌、病毒等。
正确分类和命名微生物对于研究其特性、功能以及与人类的关系至关重要。
本文将介绍微生物的分类和命名规则。
一、微生物的分类1. 界（kingdom）：微生物可以分为五个界，即细菌界（Bacteria）、病毒界（Viruses）、真菌界（Fungi）、古细菌界（Archaea）和原生动物界（Protista）。
2. 门（phylum）：每个界包含若干个门，用于进一步细分不同类型的微生物。
3. 纲（class）：门下又可以划分为若干个纲，纲是进一步划分微生物种类的方式之一。
4. 目（order）：在纲下，进一步的分类单位是目，用于确定微生物之间的更具体的关系。
5. 科（family）：目下面是科，科是微生物分类中的一个重要单位，进一步细化了微生物的分类。
6. 属（genus）：科下面是属，是对微生物进行更为具体的分类。
7. 种（species）：最具体的分类单位是种，常以拉丁学名表示，包含科学名称和命名者的缩写。
二、微生物的命名规则1. 拉丁化命名：微生物的种命名通常使用拉丁学名，以便在不同语言之间保持一致。
2. 属名+种加词：微生物的种名通常由属名和种加词组成，种加词通常是为了描述或特指某种微生物，或者以某个人的名字命名。
如大肠杆菌（Escherichia coli），其中“Escherichia”是属名，而“coli”是种加词。
3. 学名缩写：在科学文献中，为了方便引用，可以使用微生物的学名缩写，通常是属名的首字母缩写加上种加词的首字母缩写。
例如，大肠杆菌的学名缩写为E. coli。
4. 命名者的缩写：在微生物的拉丁学名中，通常会包含命名者的缩写，以表明该微生物是由哪位科学家首次发现并命名的。
5. 国际命名规则：微生物的命名受到国际命名规则的约束，以确保命名的准确性和一致性。
三、案例分析以细菌为例，某科学家发现了一种新的细菌，并决定对其进行分类和命名。
微生物的分类与命名
该系统由美国疾病控制和预防中心
（center for disease control and prevention，
CDC）使用核酸杂交和核酸序列分析结
果编排 。
13
三、细菌的分类方法
14
一、生理学与生物化学分类法
1、传统分类法
19世纪以来，以细菌的形态、生理特征为 依据的分类奠定了传统的分类基础。
《国际系统菌学杂志》(International Journal of Systematic Bacteriology;IJSB)： 发表新细菌命名提案。
9
二、细菌的分类系统
1、《伯杰系统细菌学手册》 （Bergey’s Manual of Systemic
Bacteriology）
10
自 1923 年 《 伯 杰 鉴 定 细 菌 学 手 册 》 （Bergey’s mannual of determinative bacteriology） 第一版问世以来，每隔四五年修订一次，至 1974年已出版至第八版。
属：性状相近、关系密切的若干菌种 组成属。
科：相近的属归为一个科 。
6
菌株：同一种不同来源的细菌称为该菌 的不同菌株。
标准株（standard strain：具有某种细菌 典型特征的菌株称为该菌的标准株。
第七章 微生物的分类命名及鉴定.
其特点是随机的和非系统的。
2、数值分类法
又称表现型分类法。其原理是将多种分类依据如形态、着色性、 有无鞭毛和芽孢、生化反应、营养需要及致病性等全部等同编号， 并将全部数据输入计算机，进行运算和比较，从数字角度来计算细 菌间的相似值，从而确定各种细菌间的亲缘关系。即将拟分类的细 菌按其性状相似程度归类定位。其特点是采用多项分类依据。
菌株
是不同来源的某一种细菌的纯培养物。同一种细菌可以有许多菌株，其主 要性状应完全相同，其次要性状可稍有差异。
(三) 细菌的分类方法
1、传统分类法
该方法是采用传统的双歧法进行分类，即主要依据形态特征，
其次是生理生化特征，然后在细菌的各种性状中，选择一项或数 项被认为是最主要的基本性质，作为分类指征，在最高一级的分 类等阶上将细菌分成若干类别；然后在这些类别中选择数项次要 性状为指征，将细菌作次一等阶分类，依此类推，一直划分到种。
及蓝细菌、紫色光合细菌等。
(二) 细菌分类单元
细菌分类单位和动植物一样,也有纲、目、科、属、种，种是最基本的分 类单元，其次是属。
属
是具有共性的若干种的组合，应与其他属有明显的差异。不同属之间的 16SrRnA序列有较大的差异，但尚未提出差异的量化标准。
种
是微生物学分类的最基本单元，种可认为是一群性质相似的菌株，它 与其他菌株群体有明显差异。凡是16SrRNA序列同源性大于 97%的两株细菌 即可确定为同一种。
形 态 学 检 查
病 原 学 检 查
血 清 学 检 查
报告鉴定结果
（二）细菌的分离与鉴定
1、病料的采集
正确采集病料是细菌分离鉴定的重要环节。采集病料时力求在濒死时或 死后数小时内无菌或尽量减少杂菌污染进行采集。通常可根据所怀疑病的类型 和特性来决定采取哪些器官或组织的病料。一般要求采取病原微生物含量多、 病变明显的部位，同时易于采取，易于保存和运送。如果缺乏临诊资料，剖检 时又难于分析诊断可能属何种病时，应比较全面地取材，例如血液、肝、脾、 肺、肾、脑和淋巴结等，同时要注意带有病变的部分，如怀疑炭疽,则非必要 时不准作尸体剖检。
第6章细菌分类与命名
第六章
细菌的分类与命名
河南牧业经济学院动物医学系检疫检验教研室
兽医微生物学
目的要求
掌握细菌学常用的分类单位； 掌握细菌的命名及鉴定； 了解细菌分类鉴定的标准及其分类方法。
河南牧业经济学院动物医学系检疫检验教研室
兽医微生物学
主要内容
细菌的分类地位（重点） 细菌的命名（重点） 细菌分类鉴定的标准（了解） 细菌的分类方法（了解） 细菌的分类体系（了解） 细菌的鉴定（重大的是
《伯杰氏手册》。所以该书目前已成为对细菌 进行分类鉴定的主要参考书。
河南牧业经济学院动物医学系检疫检验教研室
兽医微生物学
DNA分子水平的鉴定主要限于专业实验室。 目前常用的细菌鉴定方法为表型特征鉴定法。 鉴定工作分三个步骤： ①获得该微生物的纯培养物 ②测定一系列必要的鉴定指标 ③查找权威性的鉴定手册。
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兽医微生物学
（一）形态学和生理生化特征
1．形态学特征 （1）细菌形态：形状、大小、排列 （2）培养特征：菌落特征 （3）特殊结构：鞭毛、芽孢、荚膜、孢子 （4）染色反应：革兰、抗酸 （5）内含物：异染颗粒、伴孢晶体 （6）运动性：
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在出版物中排成斜体。
而中文译名与拉丁文名顺序正好相反，即种名在前，属名在后。
如金黄色葡萄球菌： Staphylococcus aureus
（属名）
葡萄球菌
（种名）
金黄色
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兽医微生物学
只确定属名，未确定种名的某一株细菌，则在属名后加sp. （正体字）；如同属未定种名的若干菌株，则用spp. （species复数的简写）代替sp.。 如果是新种，则在学名后加上“sp. Nov.”，如 Lawsonia intracellularis gen. nov.,sp. nov.，译 为胞内劳森菌，新属，新种。 亚种用ssp.或subsp.（正体字），如Pasteurlla multocida ssp. septica，译为多杀性巴氏杆菌败血亚 种。
微生物的分类单元和命名
参考期刊：
微生物学报中国科学院微生物研究所；中国微生物学会主办
微生物学通报中国微生物学会；中国科学院微生物研究所主办
参考网址：
中国微生物信息网络hppt://159.226.80.1/chinese.html
中国微生物资源信息共享/sdinfo
中国微生物信息网络n/
2.
一、填空题
1.种以上的系统分类单元自上而下可依次分成7级：_____，______，______，_______，________，___________，_____________。
答案：界，门，纲，目，科，属，种
3.
一、简答
1.微生物分类学担负着那三项具体任务？
4.
5.
课程讲义资源（Word文档）、教学课件资源（PPT）、视频录像资源（视频录像）。
属名在前规定用拉丁字名词表示词首字母要大写由微生物的构造形状或由著名的科学家名字而来用以描述微生物的主要特征
微生物的分类单元和命名
1.
1.分类单位：界、门、纲、目、科、属、种。其中种是最基本的分类单位。亚种以下的分类名词有变种、型、菌株
2.命名：每一种微生物的学名都依属与种而命名，由两个拉丁字或希腊字或拉丁化的其他文字组成。属名在前，规定用拉丁字名词表示词首字母要大写，由微生物的构造、形状、或由著名的科学家名字而来，用以描述微生物的主要特征。种名在后，用拉丁形容词表示，词首字母小写，为微生物的色素、形状、来源、病名或著名的科学家姓名等，用以描述微生物的次要特征。
6
使用教材：
微生物学教程第3版周德庆主编高等教育出版社2011
参考书目：
1.沈萍主编，《微生物学》，高等教育出版社，2000；
生物学 细菌有哪些分类
生物学细菌有哪些分类？细菌是一类原核生物，按照细菌的形态、代谢方式、生态特征和遗传关系等方面的差异，可以将细菌分为多个分类单位。
目前，细菌的分类系统主要基于其基因序列和进化关系的研究结果。
下面将介绍细菌的主要分类单位及其特征。
1. 基于形态特征的分类：-球菌（Coccus）：球状细菌，以分裂方式繁殖，如链球菌（Streptococcus）和葡萄球菌（Staphylococcus）等。
-杆菌（Bacillus）：长条状细菌，以分裂方式繁殖，如大肠杆菌（Escherichia coli）和炭疽杆菌（Bacillus anthracis）等。
-螺旋菌（Spirillum）：螺旋状细菌，如螺旋菌属（Spirillum）和钩端螺旋体属（Leptospira）等。
2. 基于代谢方式的分类：-厌氧菌（Anaerobes）：在缺氧条件下生长和繁殖的细菌，如产乙酸菌（Acetobacterium）和产丙酸菌（Propionibacterium）等。
-好氧菌（Aerobes）：需要氧气进行呼吸作用的细菌，如假单胞菌属（Pseudomonas）和链霉菌属（Streptomyces）等。
-兼性厌氧菌（Facultative anaerobes）：既可以在有氧条件下进行呼吸作用，也可以在无氧条件下利用发酵代谢，如大肠杆菌（Escherichia coli）和黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）等。
3. 基于生态特征的分类：-水生细菌（Aquatic bacteria）：生活在水体中的细菌，如水藻细菌（Cyanobacteria）和水生放线菌（Actinobacteria）等。
-土壤细菌（Soil bacteria）：生活在土壤中的细菌，参与了土壤有机物分解和养分循环，如枯草杆菌属（Bacillus subtilis）和拟杆菌属（Pseudomonas）等。
-肠道细菌（Gut bacteria）：寄生在动物消化道内的细菌，与宿主的消化和免疫系统密切相关，如乳酸菌属（Lactobacillus）和肠球菌属（Enterococcus）等。
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（一）细菌的分类单位细菌的分类等级（分类单位）和其他生物相同，为界、门、纲、目、科、属、种。
临床细菌检验常用的分类单位是科、属、种。
种是细菌分类的基本单位。
形态学和生理学性状相同的细菌群体构成一个菌种；性状相近、关系密切的若干菌种组成属；相近的属归为科，依次类推。
在两个相邻等级之间可添加次要的分类单位，如亚门、亚纲、亚属、亚种等。
同一菌种不同来源的细菌称该菌的不同菌株。
它们的性状可以完全相同，也可以有某些差异。
具有该种细菌典型特征的菌株称为该菌的标准菌株，在细菌的分类、鉴定和命名时都以标准菌株为依据，标准菌株也可作为质量控制的标准。
（二）细菌的命名国际上一个细菌种的科学命名采用拉丁文双命名法，由两个拉丁字组成，前一字为属名，用名词，首字母大写；后一字为种名，用形容词，首字母小写，印刷时用斜体字。
中文译名则是以种名放在前面，属名放在后面。
例如：Mycobacteriumtuberculosis（结核分枝杆菌），Salmonellatyphi（伤寒沙门菌）等。
有时某些常见的细菌也可用习惯通用的俗名，如Tuberclebacillus（结核杆菌）、Typhoidbacillus（伤寒杆菌）等。
（三）细菌的分类系统细菌分类系统有多种，为了便于文献资料的相互比较、分析和交流，目前国际上普遍采用伯杰分类系统。
也有采用CDC（美国疾病预防和控制中心）分类系统。
包括有细菌的鉴定以及细菌分类资料。
目前以细菌细胞壁的结构特点作最高一级分类依据，将原核生物界分为4个菌门；薄壁菌门、坚壁菌门、软壁菌门和疵壁菌门。