分子生物学总结

SectionA

1 三个域：真细菌，古细菌，真核生物

2 组装中的主要作用力：非共价健作用力

SectionB

1 蛋白质纯化的分析方法

2

正电荷：天冬氨酸谷氨酸

负电荷：赖氨酸精氨酸组氨酸

极性：天冬酰胺谷氨酰胺苏氨酸丝氨酸半胱氨酸

非极性：脂肪族甘氨酸丙氨酸缬氨酸亮氨酸异亮氨酸甲硫氨酸脯氨酸芳香族苯丙氨酸酪氨酸色氨酸

Cys 二硫键

Gly 无手性

Pro 亚氨基酸

芳香族氨基酸最大吸收峰280mm

3 蛋白质的一级(决定蛋白折叠及其最后的形状的最重要的因素)：氨基酸脱水缩合形成肽链N端到C端共价键

二级：多肽链中空间结构邻近的肽链骨架通过氢键形成的特殊结构。

α转角

β螺旋氢键为主要作用力

三级：多肽链中的所有二级结构和其他松散肽链区域（散环结构）通过各种分子间作用力（非共价键为主），弯曲、折叠成具有特定走向的紧密球状构象。

非共价键

四级：许多蛋白分子由多条多肽链（亚基，subunits ）构成。组成蛋白的各亚基以各种非共价键作用力为主，结合形成的立体空间结构即为四级结构。非共价键

4 偶极：电子云在极性共价键的两原子间不均匀分布，使共价键两端的原子分别呈现不同的电性

兼性离子：具有正电荷（碱性），又具有负电荷（酸性）的分子

双极性分子：

Section C

1核酸的光学特性：

增色性：一种化合物随着结构的改变对光的吸收能力增加的现象

减色性：一种化合物随着结构的改变对光的吸收能力减少的现象

Reason: 碱基环暴露在环境中的越多，对紫外的吸收力越强

Absorbance（吸收值）：Nucleotide > ssDNA/RNA > dsDNA

核酸的最大吸收峰260mm(碱基有芳香环)

芳香族氨基酸最大吸收峰280mm

A260/A280:

纯的dsDNA：1.8

纯的RNA：2.0

纯的Protein：0.5

2 Tm 值（熔解温度）：热变性时，使得DNA双链解开一半所需要的温度。

Tm=2x(A+T) + 4x(G+C)

Tm值与DNA分子的长度，及GC的含量成正比

Annealing（退火）:热变性的DNA经过缓慢冷却后复性

快速冷却：Stay as ssDNA

缓慢冷却: 复性成dsDNA

3 脱氧核糖核酸与核糖核苷酸得到画法

4 支持双螺旋结构的两个实验：查戈夫规则X射线晶体衍射

5 双螺旋的内容：

双链之间的关系：DNA分子由两条链组成

双链反向平行(5’ 3’方向)

两链的碱基通过氢键互补配对，A:T; G:C。

双链序列反向互补

各基团排列方式：糖-磷酸骨架DNA分子排列在外;

碱基对平面相互平行，排列在DNA分子的内部。

空间结构为：右手双螺旋结构

每转一圈~10个碱基对，每一圈长度33.2A

双链螺旋中形成大沟，小沟。

6 碱对DNA的影响：高pH值对DNA的影响比低pH值的要小。

高pH 值(pH>11)会改变碱基构象，使DNA变性（双链解旋，成单链）RNA的影响：高pH值，2’羟基会攻击磷酸二酯键，使其断裂，形成2’，3’-环式磷酸二酯键，从而使RNA分子断裂

7 共价闭合环状DNA (convalently closed circular DNA, cccDNA）。即通过共价键结合形成的封闭环状DNA分子。

8 超螺旋DNA（Supercoil DNA）:松弛型双链DNA进一步旋转后，再形成闭环结构时，就会形成DNA超螺旋结构

L=T+W 判断是否为超螺旋正负超螺旋

9 拓扑异构酶：暂时断裂DNA分子中一条或两条单链上的磷酸二酯键，改变DNA分子的连接数及拓扑状态。

功能：消除DNA复制和转录等过程产生的超螺旋。

细胞中，Ⅰ型酶与Ⅱ型酶的活性保持一种平衡状态。Ⅱ型酶的“使DNA超螺旋化”与

Ⅰ型酶“使DNA松驰化”相抗衡，从而使DNA保持适当的超螺旋密度。

10 EB: 嵌入DNA配对碱基之间，使DNA分子在嵌入处局部解旋，增加ccDNA其它部位的正超螺旋

11 Type II RE 二型限制性内切酶:识别位点一般为４～8个碱基对的回文序列

如：EcoRI 5’-GAATTC-3’

3’-CTTAAG-5

Section D

1 染色体的折叠：串珠结构：核心组蛋白:H2A, H2B, H3 and H4.

连接组蛋白H1

核小体

30nm纤丝

高级环状结构（染色质的最高结构）

紧密缠绕结构

2 着丝粒：两侧是大量的名叫卫星DNA的重复序列

端粒：上百个短的重复序列

作用：端粒DNA 形成特殊的环状二级结构，保护染色体末端不被核酸外切酶降解。

抵消DNA复制时每一轮复制都导致两末端形成的后随链比母链要短一截的现象对染色体的影响

3 异染色质：高度浓缩，无转录活性

常染色质：结构松散，有转录活性

DNaseI 敏感区域：对区域内DNA的转录活跃串珠结构

DNaseI 超敏感区域：转录活跃的基因的调控区域DNA裸露

4 原核染色体结构：非特异性DNA结合蛋白：类组蛋白

位点特异性DNA结合蛋白：与特殊的DNA序列结合

有其他特殊的生理功能：RNA polymerases

对结构域的形成也很重要

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