《生物信息学》课程期末作业

山东大学生命科学学院2012～2013学年第一学期期末考试试卷（研究实践型）

考试科目: 《生物信息学》

适用类别: 本科

院系：生命科学学院

专业：

年级：2010级

姓名：kengnidiancom

学号：

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考试说明和要求

1．试卷内容布局包括七部分：目录、引言、实践资源（使用的软件和数据库）、实践方法、实践结果和讨论、参考文献、心得与致谢。（要求使用此论文模板创建规范统一答卷，详见模板使用说明，请从此模板第3页开始答卷；参考文献要求借助专业软件按《微生物学报》样式统一进行参考文献格式化；请于12月23日前提交电子版（发至邮箱：lzf-204@）和请于12月25-26日提交纸质版（微生物楼北楼玻璃房377室）答卷；团队讨论或受他人帮助请在致谢中说明体现）

2．实践素材：完整目的基因groel被克隆入表达载体PET-32a的Nde I与Hind III酶切位点切点中，得到重组克隆PET-32a-groel，利用载体通用引物“T7 promoter”和“T7 terminator primer #69337-3”对重组克隆进行测序，得到序列采集结果“PET-32a-groel__T7.ab1”和“PET-32a-groel__T7ter.scf”。

3．实践要求：（实践方法和结果部分请提供说明问题的关键截图）

●对序列采集结果“PET-32a-groel__T7.ab1”和“PET-32a-groel__T7ter.scf”进行基本处理，

得到无污染的完整目的基因groel，结果中展示最终的contig装配截图；

●设计合适的引物，实现将完整目的基因groel克隆插入表达载体PET-32a的Nde I与Hind

III酶切位点的切点中，结果中展示引物参数信息及待送公司合成的引物序列订单；

●参考“pET-32a”图谱及其序列文件，绘制（用作测序模板的）重组克隆PET-32a-groel

的载体图谱，生成重组载体图谱PET-32a-groel.vec并在结果中展示导出的PET-32a-groel 图谱；

●参考“groel information.txt”信息，将得到的完整目的基因groel模拟提交数据库，生成

groel.sqn文件并在结果中展示完整的内容信息。

●利用数据库对完整目的基因groel进行“认知与解析”（属“思考与发挥创造”部分）。备注：维护公平，禁止抄袭，如发现雷同试卷，无论供求关系，一律低分处理。

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目录

考试说明和要求 (2)

引言 (4)

实践资源（使用的软件和数据库） (4)

1. Chromas软件 (4)

2. ContigExpress软件 (4)

3. Primer Premier 5.0引物设计软件 (4)

4. SimVector软件 (5)

5. Sequin (5)

6. GenBank核酸序列数据库、EMBL核酸序列数据库 (5)

实践方法 (5)

1.对序列采集结果进行基本处理，得到无污染的完整目的基因groel (5)

1) 待分析数据 (5)

2) 测序质量的查看与编辑 (5)

3) 测序结果的拼接与编辑 (6)

2.引物设计 (8)

1) 待分析数据 (8)

2) 设计合适的引物 (8)

3. 绘制重组克隆PET-32a-groel的载体图谱 (9)

1) 待分析数据 (9)

2) TA克隆 (9)

3) 酶切克隆 (10)

4. 将得到的完整目的基因groel模拟提交数据库 (11)

1) 待提交数据 (11)

2) 提交基因groel的数据 (11)

实践结果和讨论 (14)

1. 对序列采集结果进行基本处理，得到无污染的完整目的基因groel (14)

2. 引物设计 (14)

3. 绘制重组克隆PET-32a-groel的载体图谱 (16)

4. 将得到的完整目的基因groel模拟提交数据库 (17)

5. 目的基因groel的数据库检索 (17)

6. 目的基因groel的双序列比对 (19)

参考文献 (21)

心得与致谢 (21)

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引言

生物信息学(bioinformatics）是研究、开发或者应用计算工具和方法来扩展对生物学、医学、行为科学和卫生学数据的利用，包括此类数据的采集、存贮、整理、归档、分析与可视化的学科。在本门课程中我学习了以生物信息学研究的第一层次生物学问题即DNA、RNA和蛋白质为主的生物学数据利用，相关研究内容以及内容解析处理所涉及的主要分析方法与软件工具，并解读分析结果中的生物学意义。本次考试对所学内容进行考察，以采集数据的基本处理（测序质量查看与编辑，测序载体的屏蔽，测序结果的拼接与编辑，导出并保存完整的序列数据），处理数据的存储、整理与归档（处理数据的本地存贮、整理与归档和提交数据库公开在线管理）和利用数据库对完整目的基因groel进行“认知与解析”为主要考试内容。

实践资源（使用的软件和数据库）

1. Chromas软件

Chromas软件可以查看测序彩图，测序峰图文件扩展名一般是scf 或ABI。Chromas软件还可以截除测序彩图5’端和3’端低质量序列结果，查看和校正测序彩图中间测序结果，最终导出fasta格式序列文件或另存为scf格式。

2. ContigExpress软件

可以用来拼接测序结果，对两条序列的测序结果误差进行修改。

3. Primer Premier 5.0引物设计软件

Primer Premier 5.0是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针设计分析的软件。软件的引物设计功能主要体现在两个方面：首先是引物分析评价功能，其次是引物的自动搜索功能，利用它的高级引物搜索引物数据库巢式引物设计引物编辑和分析等功能可以设计出有高效扩增能力

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