基因沉默原理

目录
RNAi及基因沉默原理
百奥迈科（Biomics）RNAi产品与服务一览
1.siRNA生物合成
1.1 全位点siRNA表达文库构建服务
1.2 RNAi载体构建技术服务
1.3 Gene Target TM siRNA Set
2.siRNA化学合成
2.1 化学合成siRNA简介
2.2 siRNA设计
2.3 百奥迈科(Biomics) siRNA产品简介
2.4 普通siRNA oligo
2.5 荧光标记siRNA oligo
2.6 化学修饰siRNA oligo
2.7 miRNA的化学合成
2.8 RNAi系列优惠套餐
2.9 siRNA对照
3.RNAi病毒包装
3.1 腺病毒载体包装
3.2 慢病毒载体包装
3.3 其他类型病毒载体包装
4.哺乳动物细胞siRNA转染
4.1 转染方法
4.2 转染步骤
4.3 转染优化及注意事项
5.mRNA水平检测基因沉默
5.1 mRNA的提取/制备
5.2. 实时定量荧光PCR
6蛋白质水平检测基因沉默
6.1 Western blot
6.2 ELISA
6.3 免疫荧光
7.其他相关服务
7.1 稳定细胞筛选服务
7.2 细胞增殖毒性检测服务
7.3 细胞凋亡检测服务
7.4 DNA测序
8.RNAi相关产品
8.1 RISO TM RNA抽提试剂
8.2 其他
RNAi及基因沉默原理
RNA干扰(RNAinterference，RNAi)是由双链RNA (double-strandedRNA，dsRNA) 引发的转录后基因静默机制。

其原理是：RNaseIII核酶家族的Dicer，与双链RNA结合，将其剪切成21 - 25nt及3'端突出的小干扰RNA (small interfering RNA，siRNA)，随后siRNA与RNA 诱导沉默复合物(RNA - induced silencing complex，RISC) 结合，解旋成单链，活化的RISC 受已成单链的siRNA引导，序列特异性地结合在靶mRNA上并将其切断，引发靶mRNA的特异性分解，从而阻断相应基因表达的转录后基因沉默机制。

百奥迈科（Biomics）RNAi产品与服务一览
1.siRNA 生物合成
1.1全位点siRNA表达文库构建服务
本公司拥有自主知识产权的全位点siRNA文库构建技术，能够从全长cDNA构建包含所有有效结合位点，长度分布于19 - 23bp的靶基因的siRNA分子库，亦可以模仿体内Dicer酶切割长度为21 - 23bp的分子库，适用于高通量功能基因及相关药物靶点筛选。

1.1.1构建流程：
1）客户可选：
z提供靶基因的cDNA克隆。

z提供靶基因的相关信息(基因的mRNA序列或Genbank Accession Number)。

z也可在本公司的cDNA产品目录中，挑选靶基因cDNA克隆。

2）进行siRNA文库构建，抽样测序验证。

3）根据客户要求提供相应的文库产品。

4）将其连同抽样报告、产品说明书一起寄送到客户手中。

A.HBV Polymerase Domain siRNA表达文库位点分布（随机抽样测序）
Polymerase Domain (984bp):
B.构建的Survivin基因全位点siRNA表达文库，文库抽样基因沉默(qPCR)筛选结果：
该数据显示，本公司siRNA文库位点分布的随机性，可以更好地找到最优的靶点。

s1-s8: Randomly selected siRNA sequences from Biomics library
s9/s10/s11: The published siRNA sequences
target-off: Negative control
un-transfect: Untreated normal control
1.2RNAi载体构建技术服务
1.2.1技术特点：
1）多种siRNA表达载体，可以在细胞内直接转录出siRNA，行使其RNAi功能，包括：z U6启动子表达载体；
z H1启动子表达载体；
z U6、H1双启动子表达载体；
z CMV启动子表达载体；
2）载体带有GFP标签可以监测转染效率。

构建好的siRNA表达载体可直接用于转染细胞进行RNAi实验;
3）本公司还可根据客户需要提供各种商业化表达载体;
4）本公司可以为客户构建线性siRNA表达载体，shRNA表达载体，miRNA表达载体以及病毒型RNAi载体。

1.2.2构建流程：
1）siRNA靶点设计；
z客户提供靶基因的siRNA序列，由本公司将其克隆到siRNA表达载体上。

z客户提供靶基因的相关信息（基因的mRNA序列或Genbank Accession No.），根据客户要求，本公司设计高效特异性的3-4条针对靶基因的siRNA。

2）合成设计好的DNA并退火形成双链DNA，克隆到客户要求的载体上。

3）通过测序进行验证。

4）构建成功的siRNA质粒连同测序报告、产品说明书一起寄送到客户手中。

注：可根据客户要求提供siRNA的阳性及阴性对照质粒。

1.2.3质量保证：
符合设计要求的siRNA序列测序结果。

基于载体的RNAi实验示意图
1.2.4各种商业化表达载体:
产品编号载体启动子筛选基因标记基因BV0011 pRNAi-U6H1/Neo U6和H1 Neomycin GFP BV0012 pRNAi-H1.1/Neo H1 Neomycin GFP BV0013 pRNAi-U6.1/Neo U6 Neomycin GFP
CMV Neomycin GFP BV0014 pRNAi-CMV3.1/Neo
CMV Neomycin GFP BV0015 pRNAi-CMV3.2/Neo
CMV Neomycin - BV0016 pRNAi-CMV4.1/Neo
BV0107 pRNAi-U6.1/Lenti U6 Neomycin GFP BV0108 pRNAi-H1.1/Retro H1 Neomycin GFP
1.3. Gene Target TM siRNA Set
Gene Target™ siRNA Set是本公司的专利技术开发的基因沉默系列产品之一。

产品由4个不同位点的siRNA克隆组成，可以降低在基因沉默中产生的脱靶现象，提高沉默效率。

四个克隆可以混合使用，也可以单独使用。

产品均经基因测序证实，保证其100%的同源性。

本产品有如下特点：
z在U6和H1启动子的起始序列AAAAA和终止序列TTTTT之间的siRNA片段没有多余的多克隆位点序列，提高沉默的特异性。

z siRNA 表达框（U6－siRNA－H1）可以整体亚克隆到逆转录病毒载体 (Retrovirus)、腺病毒载体（Adenovirus）、慢病毒载体（Lentivirus），具有较好的适用性。

z siRNA 没有二级结构(如发夹型结构)，在上述病毒载体中较稳定。

z构建的质粒载体转染到细胞内，在细胞内转录出双链RNA，在细胞内具有中长期表达的特性，能够较长期的发挥基因沉默的作用。

z由于质粒可以复制扩增，较化学合成方法显著降低制备siRNA的成本。

z载体法的siRNA可测序保证100%序列同源性，而化学合成的siRNA分子的序列鉴定较困难。

表达载体pU6H1-GFP图谱
产品性状形态：本产品具有可靠的稳定性，以质粒DNA与滤纸小圆片共干燥封装，可在常温下运输和储存。

Gene Target TM siRNA Set产品包含： 1. 特定基因4个位点的Gene Target TM siRNA Clone。

2. 阳性对照1管（用于平行跟踪转染、RNA提取等实验过程，排除假阴性结果。

） 3. 阴性对照1管（阴性对照的siRNA与目的基因以及靶细胞中其它基因mRNA没有同源性，排除假阳性结果。

）
Gene Target TM siRNA Set产品目录
Kinase
K07002 NM_145262 Homo sapiens glycerate kinase (GLYCTK)
K07003 NM_145259 Homo sapiens activin A receptor, type IC (ACVR1C)
K07004 NM_153361 Homo sapiens hypothetical protein MGC42105 (MGC42105)
K07005 NM_153273 Homo sapiens inositol hexaphosphate kinase 1 (IHPK1), transcript variant 1
K07007 NM_152720 Homo sapiens NIMA (never in mitosis gene a)-related kinase 3 (NEK3)
K07008 NM_030906 Homo sapiens serine/threonine kinase 33 (STK33)
K07009 NM_020804 Homo sapiens protein kinase C and casein kinase substrate in neurons 1 (PACSIN1)
K07012 NM_172170 Homo sapiens calcium/calmodulin-dependent protein kinase (CaM kinase) II gamma (CAMK2G), transcript variant 3 K07016 NM_152835 Homo sapiens PDLIM1 interacting kinase 1 like (PDIK1L)
K07021 NM_015000 Homo sapiens serine/threonine kinase 38 like (STK38L)
K07026 NM_174858 Homo sapiens adenylate kinase 5 (AK5), transcript variant 1
K07027 NM_173354 Homo sapiens SNF1-like kinase (SNF1LK)
K07029 NM_033015 Homo sapiens Fas-activated serine/threonine kinase (FASTK), transcript variant 4
K07030 NM_032844 Homo sapiens microtubule associated serine/threonine kinase-like (MASTL)
K07033 BC032542 Homo sapiens, L-fucose kinase, clone MGC:45494 IMAGE:5534376, complete cds
K07035 NM_032028 Homo sapiens testis-specific serine kinase 1 (TSSK1)
K07041 NM_031414 Homo sapiens serine/threonine kinase 31 (STK31), transcript variant 1
K07046 NM_182691 Homo sapiens SFRS protein kinase 2 (SRPK2), transcript variant 2
K07054 NM_032409 Homo sapiens PTEN induced putative kinase 1 (PINK1), nuclear gene encoding mitochondrial protein
K07055 NM_023018 Homo sapiens NAD kinase (NADK)
K07056 NM_024876 Homo sapiens aarF domain containing kinase 4 (ADCK4)
K07057 NM_006153 Homo sapiens NCK adaptor protein 1 (NCK1)
K07059 NM_006293 Homo sapiens TYRO3 protein tyrosine kinase (TYRO3)
‐ 8 ‐
K07060 NM_024761 Homo sapiens MOB1, Mps One Binder kinase activator-like 2B (yeast) (MOBKL2B)
K07061 NM_173515 Homo sapiens CNKSR family member 3 (CNKSR3)
K07066 NM_002497 Homo sapiens NIMA (never in mitosis gene a)-related kinase 2 (NEK2)
Gene Target TM siRNA Set产品目录
K07067 NM_002350 Homo sapiens v-yes-1 Yamaguchi sarcoma viral related oncogene homolog (LYN)
K07069 NM_002731 Homo sapiens protein kinase, cAMP-dependent, catalytic, beta (PRKACB),
K07071 NM_020421 Homo sapiens aarF domain containing kinase 1 (ADCK1)
K07076 NM_171825 Homo sapiens calcium/calmodulin-dependent protein kinase (CaM kinase) II alpha (CAMK2A),
K07079 NM_001798 Homo sapiens cyclin-dependent kinase 2 (CDK2), transcript variant 1
K07080 NM_004936 Homo sapiens cyclin-dependent kinase inhibitor 2B (p15, inhibits CDK4) (CDKN2B), transcript variant 1
K07082 NM_003992 Homo sapiens CDC-like kinase 3 (CLK3),
K07085 NM_005233 Homo sapiens EPH receptor A3 (EPHA3), transcript variant 1
K07087 NM_004103 Homo sapiens PTK2B protein tyrosine kinase 2 beta (PTK2B), transcript variant 2
K07089 NM_000801 Homo sapiens FK506 binding protein 1A, 12kDa (FKBP1A), transcript variant 12B
K07090 NM_032999 Homo sapiens general transcription factor II, i (GTF2I), transcript variant 1
K07091 NM_030952 Homo sapiens NUAK family, SNF1-like kinase, 2 (NUAK2)
K07092 NM_000221 Homo sapiens ketohexokinase (fructokinase) (KHK), transcript variant a
K07093 NM_002498 Homo sapiens NIMA (never in mitosis gene a)-related kinase 3 (NEK3),
K07096 NM_181839 Homo sapiens protein kinase (cAMP-dependent, catalytic) inhibitor alpha (PKIA), transcript variant 7
K07100 NM_145160 Homo sapiens mitogen-activated protein kinase kinase 5 (MAP2K5), transcript variant A
K07102 NM_002822 Homo sapiens twinfilin, actin-binding protein, homolog 1 (Drosophila) (TWF1)
K07105 NM_003583 Homo sapiens dual-specificity tyrosine-(Y)-phosphorylation regulated kinase 2 (DYRK2), transcript variant 1 K07108 NM_003668 Homo sapiens mitogen-activated protein kinase-activated protein kinase 5 (MAPKAPK5), transcript variant 1 K07109 NM_139078 Homo sapiens mitogen-activated protein kinase-activated protein kinase 5 (MAPKAPK5), transcript variant 2 K07110 NM_030662 Homo sapiens mitogen-activated protein kinase kinase 2 (MAP2K2)
‐ 9 ‐
K07111 NM_025233 Homo sapiens Coenzyme A synthase (COASY), transcript variant 1
K07112 NM_170693 Homo sapiens serum/glucocorticoid regulated kinase 2 (SGK2), transcript variant 1
K07116 NM_007194 Homo sapiens CHK2 checkpoint homolog (S. pombe) (CHEK2), transcript variant 1
K07118 NM_017593 Homo sapiens BMP2 inducible kinase (BMP2K), transcript variant 2
K07121 NM_004336 Homo sapiens BUB1 budding uninhibited by benzimidazoles 1 homolog (yeast) (BUB1) K07122 NM_005308 Homo sapiens G protein-coupled receptor kinase 5 (GRK5)
Gene Target TM siRNA Set产品目录
K07125 NM_002648 Homo sapiens pim-1 oncogene (PIM1)
K07126 NM_005030 Homo sapiens polo-like kinase 1 (Drosophila) (PLK1)
K07128 NM_006374 Homo sapiens serine/threonine kinase 25 (STE20 homolog, yeast) (STK25)
K07130 NM_021643 Homo sapiens tribbles homolog 2 (Drosophila) (TRIB2)
K07131 NM_013254 Homo sapiens TANK-binding kinase 1 (TBK1)
K07132 NM_020247 Homo sapiens chaperone, ABC1 activity of bc1 complex homolog (S. pombe) (CABC1), nuclear gene encoding mitochondrial protein
K07133 NM_144685 Homo sapiens homeodomain interacting protein kinase 4 (HIPK4)
K07136 NM_002752 Homo sapiens mitogen-activated protein kinase 9 (MAPK9), transcript variant JNK2-a2
K07137 NM_024046 Homo sapiens CaM kinase-like vesicle-associated (CAMKV)
K07138 NM_021913 Homo sapiens AXL receptor tyrosine kinase (AXL), transcript variant 1
K07141 NM_021135 Homo sapiens ribosomal protein S6 kinase, 90kDa, polypeptide 2 (RPS6KA2), transcript variant 1
K07142 NM_021158 Homo sapiens tribbles homolog 3 (Drosophila) (TRIB3)
K07143 NM_000075 Homo sapiens cyclin-dependent kinase 4 (CDK4)
K07144 NM_020168 Homo sapiens p21(CDKN1A)-activated kinase 6 (PAK6)
K07145 NM_018571 Homo sapiens amyotrophic lateral sclerosis 2 (juvenile) chromosome region, candidate 2 (ALS2CR2) K07146 NM_018492 Homo sapiens PDZ binding kinase (PBK)
K07148 NM_018401 Homo sapiens serine/threonine kinase 32B (STK32B)
‐ 10 ‐
K07150 NM_018343 Homo sapiens RIO kinase 2 (yeast) (RIOK2)
K07151 NM_017988 Homo sapiens SCY1-like 2 (S. cerevisiae) (SCYL2)
K07152 NM_017719 Homo sapiens SNF related kinase (SNRK)
K07154 NM_016281 Homo sapiens TAO kinase 3 (TAOK3)
K07155 NM_016123 Homo sapiens interleukin-1 receptor-associated kinase 4 (IRAK4)
K07158 NM_014683 Homo sapiens unc-51-like kinase 2 (C. elegans) (ULK2)
K07160 NM_014413 Homo sapiens eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 1 (EIF2AK1)
K07161 NM_014365 Homo sapiens heat shock 22kDa protein 8 (HSPB8)
K07162 NM_014264 Homo sapiens polo-like kinase 4 (Drosophila) (PLK4)
Gene Target TM siRNA Set产品目录
K07163 NM_013257 Homo sapiens serum/glucocorticoid regulated kinase family, member 3 (SGK3), transcript variant 1 K07164 NM_007284 Homo sapiens twinfilin, actin-binding protein, homolog 2 (Drosophila) (TWF2)
K07166 NM_007199 Homo sapiens interleukin-1 receptor-associated kinase 3 (IRAK3)
K07168 NM_006712 Homo sapiens Fas-activated serine/threonine kinase (FASTK), transcript variant 1
K07169 NM_006622 Homo sapiens polo-like kinase 2 (Drosophila) (PLK2)
K07170 NM_006281 Homo sapiens serine/threonine kinase 3 (STE20 homolog, yeast) (STK3)
K07171 NM_006285 Homo sapiens testis-specific kinase 1 (TESK1)
K07172 NM_006296 Homo sapiens vaccinia related kinase 2 (VRK2)
K07173 NM_006296 VARIANT 1 of Homo sapiens vaccinia related kinase 2 (VRK2)
K07174 NM_006252 Homo sapiens protein kinase, AMP-activated, alpha 2 catalytic subunit (PRKAA2)
K07175 NM_212539 Homo sapiens protein kinase C, delta (PRKCD), transcript variant 2
K07176 NM_006255 Homo sapiens protein kinase C, eta (PRKCH)
K07177 NM_006213 Homo sapiens phosphorylase kinase, gamma 1 (muscle) (PHKG1)
K07178 NM_006182 Homo sapiens discoidin domain receptor family, member 2 (DDR2), transcript variant 2
K07179 NM_005990 Homo sapiens serine/threonine kinase 10 (STK10)
‐ 11 ‐
K07180 NM_005923 Homo sapiens mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5 (MAP3K5)
K07181 NM_005881 Homo sapiens branched chain ketoacid dehydrogenase kinase (BCKDK)
K07182 NM_005762 Homo sapiens tripartite motif-containing 28 (TRIM28)
K07183 NM_005627 Homo sapiens serum/glucocorticoid regulated kinase (SGK)
K07185 NM_000020 Homo sapiens activin A receptor type II-like 1 (ACVRL1), transcript variant 1 K07186 NM_005433 Homo sapiens v-yes-1 Yamaguchi sarcoma viral oncogene homolog 1 (YES1)
K07188 NM_005211 Homo sapiens colony stimulating factor 1 receptor, formerly McDonough feline sarcoma viral (v-fms) oncogene homolog (CSF1R)
K07190 NM_005044 Homo sapiens protein kinase, X-linked (PRKX)
K07192 NM_004760 Homo sapiens serine/threonine kinase 17a (apoptosis-inducing) (STK17A)
K07194 NM_004517 Homo sapiens integrin-linked kinase (ILK), transcript variant 1
K07195 NM_004443 Homo sapiens EPH receptor B3 (EPHB3)
Gene Target TM siRNA Set产品目录
K07197 NM_004409 Homo sapiens dystrophia myotonica-protein kinase (DMPK)
K07198 NM_004226 Homo sapiens serine/threonine kinase 17b (apoptosis-inducing) (STK17B)
K07200 NM_004071 Homo sapiens CDC-like kinase 1 (CLK1), transcript variant 1
K07201 NM_004073 Homo sapiens polo-like kinase 3 (Drosophila) (PLK3)
K07202 NM_003952 Homo sapiens ribosomal protein S6 kinase, 70kDa, polypeptide 2 (RPS6KB2),
K07203 NM_003954 Homo sapiens mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14 (MAP3K14)
K07204 NM_003821 Homo sapiens receptor-interacting serine-threonine kinase 2 (RIPK2)
K07208 NM_003318 Homo sapiens TTK protein kinase (TTK)
K07210 NM_003177 Homo sapiens spleen tyrosine kinase (SYK)
K07211 NM_003188 Homo sapiens mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7 (MAP3K7), transcript variant A K07212 NM_003137 Homo sapiens SFRS protein kinase 1 (SRPK1)
K07214 NM_003010 Homo sapiens mitogen-activated protein kinase kinase 4 (MAP2K4)
‐ 12 ‐
K07219 NM_002969 Homo sapiens mitogen-activated protein kinase 12 (MAPK12)
K07221 NM_002880 Homo sapiens v-raf-1 murine leukemia viral oncogene homolog 1 (RAF1)
K07223 NM_002821 Homo sapiens PTK7 protein tyrosine kinase 7 (PTK7), transcript variant PTK7-1 K07225 NM_002758 Homo sapiens mitogen-activated protein kinase kinase 6 (MAP2K6)
K07226 NM_002732 Homo sapiens protein kinase, cAMP-dependent, catalytic, gamma (PRKACG) K07229 NM_002741 Homo sapiens protein kinase N1 (PKN1), transcript variant 2
K07232 NM_002744 Homo sapiens protein kinase C, zeta (PRKCZ), transcript variant 1
K07233 NM_002748 Homo sapiens mitogen-activated protein kinase 6 (MAPK6)
K07234 NM_002751 Homo sapiens mitogen-activated protein kinase 11 (MAPK11)
K07235 NM_002610 VARIANT 1 of Homo sapiens pyruvate dehydrogenase kinase, isozyme 1 (PDK1), nuclear gene encoding mitochondrial protein
K07236 NM_002610 Homo sapiens pyruvate dehydrogenase kinase, isozyme 1 (PDK1), nuclear gene encoding mitochondrial protein K07237 NM_002611 Homo sapiens pyruvate dehydrogenase kinase, isozyme 2 (PDK2)
K07239 NM_002613 VARIANT 1 of Homo sapiens 3-phosphoinositide dependent protein kinase-1 (PDPK1),
K07240 NM_002613 Homo sapiens 3-phosphoinositide dependent protein kinase-1 (PDPK1), transcript variant 1
Gene Target TM siRNA Set产品目录
K07241 NM_002376 VARIANT 1 of Homo sapiens MAP/microtubule affinity-regulating kinase 3 (MARK3)
K07242 NM_002376 Homo sapiens MAP/microtubule affinity-regulating kinase 3 (MARK3)
K07243 NM_002093 VARIANT 1 of Homo sapiens glycogen synthase kinase 3 beta (GSK3B)
K07245 NM_002093 Homo sapiens glycogen synthase kinase 3 beta (GSK3B)
K07246 NM_002005 Homo sapiens feline sarcoma oncogene (FES)
K07248 NM_001892 Homo sapiens casein kinase 1, alpha 1 (CSNK1A1), transcript variant 2
K07249 NM_001799 Homo sapiens cyclin-dependent kinase 7 (MO15 homolog, Xenopus laevis, cdk-activating kinase) (CDK7)
K07251 NM_001715 Homo sapiens B lymphoid tyrosine kinase (BLK)
K07252 NM_001721 Homo sapiens BMX non-receptor tyrosine kinase (BMX)
‐ 13 ‐
K07253 NM_001744 Homo sapiens calcium/calmodulin-dependent protein kinase IV (CAMK4)
K07255 NM_001619 Homo sapiens adrenergic, beta, receptor kinase 1 (ADRBK1)
K07256 NM_001319 Homo sapiens casein kinase 1, gamma 2 (CSNK1G2)
K07258 NM_001261 Homo sapiens cyclin-dependent kinase 9 (CDC2-related kinase) (CDK9)
K07260 NM_001274 Homo sapiens CHK1 checkpoint homolog (S. pombe) (CHEK1)
K07261 NM_001203 Homo sapiens bone morphogenetic protein receptor, type IB (BMPR1B)
K07262 NM_001211 Homo sapiens BUB1 budding uninhibited by benzimidazoles 1 homolog beta (yeast) (BUB1B)
K07263 NM_001105 Homo sapiens activin A receptor, type I (ACVR1)
K07264 NM_000459 Homo sapiens TEK tyrosine kinase, endothelial (venous malformations, multiple cutaneous and mucosal) (TEK) K07266 NM_000294 Homo sapiens phosphorylase kinase, gamma 2 (testis) (PHKG2)
K07268 NM_000222 Homo sapiens v-kit Hardy-Zuckerman 4 feline sarcoma viral oncogene homolog (KIT)
K07269 NM_052841 Homo sapiens testis-specific serine kinase 3 (TSSK3)
K07271 NM_139033 Homo sapiens mitogen-activated protein kinase 7 (MAPK7), transcript variant 1
K07281 NM_005424 Homo sapiens tyrosine kinase with immunoglobulin-like and EGF-like domains 1 (TIE1)
K07282 NM_000906 Homo sapiens natriuretic peptide receptor A/guanylate cyclase A (atrionatriuretic peptide receptor A) (NPR1)
K07285 NM_002730 Homo sapiens protein kinase, cAMP-dependent, catalytic, alpha (PRKACA), transcript variant 1
K07286 NM_001315 Homo sapiens mitogen-activated protein kinase 14 (MAPK14), transcript variant 1
K07287 NM_172115 Homo sapiens calcium/calmodulin-dependent protein kinase (CaM kinase) II delta (CAMK2D), transcript variant 4
Gene Target TM siRNA Set产品目录
K07290 NM_002595 Homo sapiens PCTAIRE protein kinase 2 (PCTK2)
K07294 NM_003331 Homo sapiens tyrosine kinase 2 (TYK2)
K07295 NM_003993 Homo sapiens CDC-like kinase 2 (CLK2), transcript variant 1
K07296 NM_001954 Homo sapiens discoidin domain receptor family, member 1 (DDR1), transcript variant 2
K07297 NM_172127 Homo sapiens calcium/calmodulin-dependent protein kinase (CaM kinase) II delta (CAMK2D), transcript variant 1 K07298 NM_003215 Homo sapiens tec protein tyrosine kinase (TEC)
‐ 14 ‐
K07299 NM_139355 Homo sapiens megakaryocyte-associated tyrosine kinase (MATK),transcript variant 1
Virus
V07001 M38454 Hepatitis B virus , complete genome, CDS：1976..2656
V07003 M38454 Hepatitis B virus , complete genome, CDS：501..1058
V07005 NC_001526 Human papillomavirus - 16, complete genome
V07006 NC_001357 Human papillomavirus - 18, complete genome
V07007 AY536759 SARS coronavirus BJ01 membrane protein mRNA, complete cds
V07008 AY676046 Influenza A virus strain (A/egret/Hong Kong/757.2/03(H5N1))membrane protein (M) gene, complete cds
V07009 DQ826727 HIV-1 isolate 2931HA from Cameroon gag protein (gag) and pol protein (pol) genes, partial cds; and vif protein (vif), vpr protein (vpr), tat protein (tat), rev protein (rev), vpu protein (vpu), envelope glycoprotein (env), and nef protein (nef) genes, co
V07010 NC_001563 West Nile virus, complete genome,Envelope protein
V07011 NC_001563 West Nile virus, complete genome,RNA-dependent RNA polymerase V07013 NC_001563 West Nile virus, complete genome,non-structural protein
Others
M06022 NM_012131 Homo sapiens claudin 17 (CLDN17)
M06061 BC013589 Homo sapiens myeloid differentiation primary response gene (88),mRNA (cDNA clone MGC:9601 IMAGE:3900951), complete cds
Gene Target TM siRNA Set产品目录
M06063 NM_173394 Mus musculus TRIF-related adapter molecule TRAM (Tram)
M06085 NM_001018055 Homo sapiens BRCA1/BRCA2-containing complex, subunit 3 (BRCC3),transcript variant 2 M06103 NM_006472 Homo sapiens thioredoxin interacting protein (TXNIP)
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M06119 BC000052 Homo sapiens peroxisome proliferator-activated receptor alpha
M06235 NM_199290 Homo sapiens nascent polypeptide-associated complex alpha subunit 2 (NACA2)
M06236 NM_032339 Homo sapiens chromosome 17 open reading frame 37 (C17orf37)
M06237 NM_005564 Homo sapiens lipocalin 2 (oncogene 24p3) (LCN2)
M06239 NM_001106 Homo sapiens activin A receptor, type IIB (ACVR2B)
M06245 NM_005438 Homo sapiens FOS-like antigen 1 (FOSL1)
M06246 NM_005253 Homo sapiens FOS-like antigen 2 (FOSL2)
M06278 NM_005594 Homo sapiens nascent polypeptide-associated complex alpha subunit(NACA)
M06310 NM_004095 Homo sapiens eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein 1 (EIF4EBP1) BM07130 NM_138294 Homo sapiens expressed in prostate and testis (PATE)
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2. siRNA化学合成
2.1化学合成siRNA简介
化学合成siRNA是应用起来最方便的方法，客户只需提供siRNA序列或者GeneID、Accession Number、基因名称等。

百奥迈科(Biomics)公司的siRNA使用国外最先进的仪器合成，同时配备了高容量的HPLC纯化仪。

单个靶点siRNA合成量一次性可放大到克(g)级，年产更达到公斤(Kg)级。

产品经过严格质检，确保质量并提供质量检查报告。

化学合成的siRNA与生物合成siRNA相比，有以下优点：
z操作简便，研究人员得到合成好的siRNA后，进行简单的稀释处理即可实验。

z转染效率高，相对于分子量较大的DNA质粒，其转染效率高。

z对细胞的或者组织的毒副作用小。

z可大规模制备，本公司的合成规模可达到克级(一次合成量1 - 100 g)。

z特别适用于基因靶位点已确定，需要大量siRNA进行siRNA动物实验研究。

欢迎您使用Biomics的siRNA产品，我们始终为您提供优质热诚的服务！
2.2 siRNA设计
siRNA序列的结构对RNAi实验的成功与否起着至关重要的作用。

不同的siRNA序列，对基因的沉默效率差异很大。

因此，理性设计有效的siRNA就成为实验成功的关键因素之一。

本公司推荐考虑如下设计思想：
z从起始密码子下游50 - 100个nt开始，避免5'端或3'端的UTRs，搜索AA (N19) 序列。

因为这些区域结合了大量的调控蛋白，可能会影响siRNA发挥作用。

z分析siRNA两端能量分布
z N19序列3'端垂悬两个dTdT，该垂悬不与mRNA序列互补，使有义链3’端更容易解链，从而增加其沉默效率。

21个碱基的siRNA单链序列如：5'-GGCCAGAGGUUGAAAGUGAdTdT-3'
z对mRNA目标区域进行二级结构预测，排除作用复杂的二级结构的siRNA序列。

因为二级结构越复杂，siRNA沉默效率越低。

下图表明设计的siRNA结构优势依次递增a) < b) < c)
z在NCBI数据库（/Blast.cgi）中进行Blast对照，排除设计的序列和其他基因的同源性，降低脱靶效应。

z避免出现连续的多个G或C，GC含量最好在30 – 55 %之间。

z设计中，对siRNA两端的错配可以高度容忍，但中间的5 - 11位碱基的错配，对沉默效应会有较大影响。

本公司专业技术人员免费帮您针对同一个基因设计3 - 4对siRNA，您只需提供基因的Accession Number、mRNA序列或者Gene ID等信息即可，设计好后交您确认，如果抑制效率达不到70 % (转染效率至少90 %)，我们免费重新设计和合成。

2.3百奥迈科(Biomics) siRNA产品简介
● siRNA合成：
本公司拥有siRNA合成所有核心技术和专业合成团队，合成规模达到克级(一次合成量1 - 100
g)，不但能够满足细胞水平实验小试，更能满足动物实验中中试放大的要求。

●标记
可对siRNA两条链的4个末端进行多种标记物的标记，包括FAM、Cy3、Cy5、胆固醇(cholesterol)、Biotin等，以便根据实验要求监测siRNA抑制特异性基因表达的效果。

●修饰：
提供siRNA的化学修饰，主要有2’-羟基甲基化修饰，磷酸硫代修饰，氟代修饰等。

●纯化：
HPLC纯化。

●长度：
19-23nt，亦可根据设计要求合成相应长度的siRNA。

●产品形式：
冻干粉
●储存和稳定性：
建议在- 20 °C的环境中贮存，避免反复冻融，可保存6个月。

荧光标记的RNA必须避光保存。

●技术数据表：
技术数据表与siRNA oligo一同交付，包括名称、序列、浓度、OD和nmols的精确数量及纯化类型。

●个性服务：
按照客户要求分装。

免费设计。

●运输：
1.5mL冻存管，快递寄送。

2.4 普通siRNA oligo
Biomics公司普通的siRNA oligo根据客户要求，采用脱盐、PAGE或HPLC纯化的方法，有效去除短、杂片段。

客户只需用无RNA酶水稀释后即可使用。

我们为客户设计合成四个靶点的普通siRNA，提高筛选出潜在的特异性抑制效率高的序列的机会。

目录号产品说明规格纯化方式价格
CS1004 普通 siRNA 4 OD HPLC
CS1005 普通 siRNA 5 OD HPLC
CS1010 普通 siRNA 10 OD HPLC
CS1050 普通 siRNA 50 OD HPLC
CS1100 普通 siRNA 100 OD HPLC
CS1250 普通 siRNA 250 OD HPLC
2.5 荧光标记siRNA oligo
本公司可对siRNA两条链的4个末端进行多种标记物的标记，包括FAM、Cy3、Cy5、胆固醇(cholesterol)、Biotin。

相对于未标记的siRNA具有转染情况可视的优点，通过流式细胞仪、荧光显微镜、激光共聚焦显微镜等可以观察到荧光标记的siRNA，方便优化转染条件、siRNA胞内定位等，同时可根据对转染过程的全程追踪来分析转染和蛋白表达下调的关系。

研究表明，反义链5'端标记会影响干扰效果，其他三个末端修饰后对沉默活性几乎没影响，目前公认最好的是将荧光修饰标记在正义链的5'端位点。

5'-荧光标记的siRNA有助于直接观察siRNA oligo的转染效率。

本公司提供的5'-荧光标记的siRNA oligo通常用FAM进行标记。

目录号产品说明规格纯化方式价格
CS2004 Fluorescent dye labeled siRNA 5 OD HPLC
CS2005 Fluorescent dye labeled siRNA 10 OD HPLC
CS2010 Fluorescent dye labeled siRNA 25 OD HPLC
CS2050 Fluorescent dye labeled siRNA 50 OD HPLC
CS2100 Fluorescent dye labeled siRNA 100OD HPLC
CS2250 Fluorescent dye labeled siRNA 250OD HPLC
2.6 化学修饰siRNA oligo
根据客户的要求，Biomics公司可提供siRNA的化学修饰，主要有2’-羟基甲基化修饰，磷酸硫代修饰，氟代修饰等。

本公司拥有先进的siRNA化学合成的核心技术，特别是普通和修饰的siRNA oligo合成技术、核酸荧光标记技术、多种核酸化学修饰技术等。

合成的化学修饰siRNA解决了siRNA 在转染实验中的稳定性问题，尽可能的使实验一次性获得最佳数据。

目录号产品说明规格纯化方式价格
OD HPLC
siRNA 5
modified
CS3004 Chemically
siRNA10OD HPLC
modified
CS3005 Chemically
modified
siRNA25OD HPLC
CS3010 Chemically
CS3050 Chemically modified siRNA50 OD HPLC
siRNA100
OD HPLC
modified
CS3100 Chemically
OD HPLC
siRNA250
modified
CS3250 Chemically
2.7 miRNA的化学合成
2.7.1 miRNA mimics
模拟生物体内源的miRNAs，运用化学合成的方法合成，能增强内源性miRNA的功能。

本公司可以为客户提供不同长度、不同形式，由客户自行设计的miRNA。

我们公司也可以根据客户需要，提供来自sanger miRNA 数据库的miRNA序列(/sequences)。

目录号产品名规格价格修饰价格
CM1005 miRNA Molecule 1OD 询价
CM1020 miRNA Molecule 4OD 询价
CM2020 Customer - defined miRNA Molecule 4OD 询价
2.7.2 miRNA inhibitor
化学修饰的专门针对细胞中特异的靶miRNA的抑制剂。

应用该产品可检测miRNAs所调节的基因表达和对信号通路的影响，对阐明miRNA在诸如细胞发育、增殖、分化和凋亡中的机理有重要意义，加速miRNA基因沉默效应的研究。

它可以特异的靶向和敲除单个的miRNA分子。

使用miRNA inhibitor可以用筛选miRNA靶位点；筛选调控某一基因表达的miRNA；筛选影响细胞发育过程的miRNA。

2.8 RNAi系列优惠套餐
客户只需要提供基因序列、GeneID或者Accession Number，我们免费设计、选择合适的位点，保证至少一对可以有效的抑制相应基因的表达，抑制效率在70 %以上(转染效率至少达90 %)。

若未筛选出有效的siRNA片段，本公司为您免费再次设计和合成！
Biomics silence siRNA Set I：
(目录号：CT0001)
产品说明规格纯化方式
相应基因的siRNA oligos 3位点 2 OD HPLC
阴性对照siRNA oligos 1对 1 OD HPLC
FAM标记阴性对照siRNA oligos 1对 1 OD HPLC
RNAi阳性对照siRNA oligos 1对 1 OD HPLC
Biomics silence siRNA Set II：
（目录号：CT0002）
产品说明规格纯化方式
相应基因的siRNA oligos 4位点 4 OD HPLC
阴性对照siRNA oligos 1对 1 OD HPLC
FAM标记阴性对照siRNA oligos 1对 1 OD HPLC
RNAi阳性对照siRNA oligos 1对 1 OD HPLC
Biomics silencer siRNA Set III：
（目录号：CT0003）
产品说明规格纯化方式
相应基因的siRNA oligos 3位点 2 OD HPLC
阴性对照siRNA oligos 1对 1 OD HPLC
FAM标记阴性对照siRNA oligos 1对 1 OD HPLC
RNAi阳性对照siRNA oligos 1对 1 OD HPLC
µL
转染试剂 100
引物1对 1 OD HPLC
Biomics silencer siRNA Set IV：
(目录号：CT0004)
产品说明规格纯化方式
相应基因的siRNA oligos 4位点 4 OD HPLC
阴性对照siRNA oligos 1对 1 OD HPLC
FAM标记阴性对照siRNA oligos 1对 1 OD HPLC
RNAi阳性对照siRNA oligos 1对 1 OD HPLC
µL HPLC
转染试剂 100
引物1对 1 OD HPLC
2.9 siRNA对照
一个完整的siRNA干扰实验必须使用阴、阳性对照以及转染试剂等来确定设计的siRNA序列对于基因的特异性沉默。

2.9.1阴性对照
阴性对照siRNA，是不会引起任何基因的沉默。

实验中使用阴性对照能够帮助我们确认基因表达水平的降低是否是序列特异性的RNAi的结果。

由于siRNA的合成方法、工艺以及转染试剂等因素可能导致广泛的基因沉默现象。

如果没有阴性对照，研究人员很可能错误地将广泛的、非特异性基因沉默当作由RNAi引起的基因特异性沉默。

本公司提供
z和哺乳动物基因序列无同源性的通用阴性对照。

z和哺乳动物基因序列无同源性的末端荧光标记(5' - FAM) 的通用阴性对照，方便我们使用流式细胞仪、荧光显微镜、激光共聚焦显微镜等观察siRNA的转染情况，从而优化转染条件，提高转染效率。

z与靶点siRNA序列有相同碱基组成，但排序不同且和mRNA无同源性的阴性对照；根据客户要求进行合成。

目录号产品说明规格纯化方式价格交货期
CN1001 universal negative control siRNA 2.5 nmol HPLC 2个工作日
CN2001 FAM negative control siRNA 2.5 nmol HPLC 2个工作日
2.9.2阳性对照
阳性对照是已知的可以高效沉默特定基因的siRNA，阳性对照作为一个实验的系统检查是很重要的。

当siRNA阳性对照达到预期实验结果时，就能说明转染、RNA的提取和基因表达检测方法是可靠的。

本公司提供多种阳性对照，具体见下表：
目录号靶基因物种
A/C Human CP0001 Lamin
CP0002 Beta-Actin Human
CP0003 GAPDH Human
CP0004 GFP - 22 Green fluorescent protein Not specified
specified
GL2 Not
CP0005 Luciferase
specified CP0006 Luciferase
GL3 Not
CP0007 Mm / Hs _ MAPK1 Human and mouse
CP0008 rat Rn _ Mapk1 Rat
目录号产品说明规格纯化方式价格交货期
CP0000 Positive control siRNA 2.5 nmol HPLC 2个工作日
3.RNAi病毒包装
3.1腺病毒包装
3.1.1特点：
1）几乎可以感染所有类型的细胞。

2）可以获得复制缺陷型 (E1和E3缺失) 的腺病毒。

3）病毒滴度高，产生病毒经过浓缩后可以达到1012 PFU/mL，能有效的进行增殖。

4）腺病毒载体感染宿主的范围比较广，制备容易，操作简单.
5）感染细胞时，不整合到染色体中，不存在激活致癌基因或插入突变等危险，生物安全性高。

3.1.2原理：
腺病毒 (Adenovirus，Ad) 是一种无包膜的线状双链DNA病毒，其复制不依赖于宿主细胞的分裂。

有近50个血清型，大多数Ad载体都是基于血清型2和5，通过转基因的方式取代E1和E3基因，降低病毒的复制能力。

这些重组病毒仅在高水平表达E1和E3基因的细胞中复制，因此是一种适用于治疗的高效控制系统。

3.1.3腺病毒包装简要流程(以Invitrogen包装系统为例)
1）构建表达siRNA/miRNA的腺病毒载体。

2）采用PacI消化纯化的质粒。

3）消化好的腺病毒表达载体转染293A细胞，收获细胞以制备病毒粗提液。

4）将病毒粗提液感染293A细胞以扩增病毒。

5）分装，- 80 o C保存。

6）滴度测定目的基因检定，并出具检测报告。

3.1.4 本公司提供的最终产品包括：
1）重组后的腺病毒载体质粒以及测序图谱。

2）产品无菌检测结果。

3）腺病毒储液及相应的病毒滴度。

我们保证：1) 制备的病毒颗粒携带片段的正确性2) 病毒颗粒的总数和病毒滴度：如无特殊要求我们提供1mL滴度为1×1010 - 1×1012个病毒基因组 / mL的病毒储液。

3.2.1特点：
1）直接包装成为假病毒颗粒，对分裂和非分裂细胞均有感染作用，适合RNAi研究和体内实验中难于转染的细胞(比如神经元细胞、干细胞或其它原代细胞)。

2）可以通过简单方式，在短时间内获得稳定表达特定基因的多种细胞株。

3）可用于基因敲除、基因治疗和转基因动物研究。

4）无需任何转染试剂，操作简便。

5）可以根据客户需要制备多种标记。

3.2.2原理：
慢病毒（Lentivirus）是逆转录病毒的一种。

构建的siRNA / miRNA慢病毒载体，与化学合成的siRNA和基于瞬时表达载体构建的普通siRNA载体相比，一方面可以扩增替代瞬时表达载体使用，另一方面，Lentivirus-siRNA克隆经过慢病毒包装系统包装后，可用于感染依靠传统转染试剂难于转染的细胞系如原代细胞、悬浮细胞和处于非分裂状态的细胞，并且在感染后可以整合到受感染细胞的基因组，进行长时间的稳定表达。

3.2.3慢病毒包装简要流程：
1）含有目的基因的慢病毒RNAi干扰载体的构建和质粒纯化提取。

2）慢病毒载体，包装系统共转染病毒包装细胞。

3）培养48hrs - 72hrs左右，收集含有病毒的上清培养液。

4）病毒的纯化和浓缩。

5）分装、- 80 o C保存。

6）滴度测定目的基因检定，并出具检测报告。

3.2.4本公司提供的最终产品包括：
1）重组后的慢病毒载体质粒以及测序图谱。

2）产品无菌检测结果。

3）慢病毒储液及相应的病毒滴度。

我们保证：1) 制备的病毒颗粒携带片段的正确性2) 病毒颗粒的总数和病毒滴度：如无特殊要求我们提供1mL滴度为1×107 - 1×108 / mL的病毒储液。

病毒包装的siRNA基因能否对目的靶基因进行有效基因沉默，依赖于外源基因在受体中高效、稳定的表达，而这在很大程度上取决所采用的载体系统。

本公司除了可以进行腺病毒包装和慢病毒包装，还可以进行其他类型病毒包装(逆转录病毒载体的包装、腺相关病毒包装等)。

3.3.1逆转录病毒
逆转录病毒 (Retrovirus) 是一类已知的RNA病毒。

需在逆转录酶的作用下首先将RNA转变为cDNA，再在DNA复制、转录、翻译等蛋白酶作用下扩增的一类病毒。

该载体系统有两部分组成，一是带有外源基因的重组反转录病毒载体分子，二是能以反式提供病毒结构蛋白的包装细胞，其要求是能高效产生感染靶细胞的重组病毒颗粒，且无野生型的反转录病毒存在，后者是基因治疗安全性的关键问题。

逆转录病毒载体最大优点是:
(1) 转染范围广，可以感染各种细胞类型，如淋巴细胞或肝细胞、肌细胞等;
(2) 转入的外源基因可完全整合;
(3) 对细胞感染率高，达到100 %;
(4) 感染细胞不产生病变，可建立细胞系长期持续表达外源基因。

逆转录病毒载体的不足之处，如:
(1) 只能整合至分裂期细胞;
(2) 可插入外源基因片断小（<10kb），难以满足较大基因的插入;
(3) 病毒滴度是限制临床应用的主要方面;
(4) 有产生野生型病毒或辅助型病毒的可能，随机整合可能产生不良作用。

3.3.1腺相关病毒
腺相关病毒因其能将外源基因定点整合至宿主细胞上，因而具有一般病毒载体所不具有的特性。

腺相关病毒（Adeno - associated virus，AA V）单链DNA病毒，是一种缺陷型病毒，只有与腺病毒、单纯疱疹病毒等共感染时才能进行有效复制。

与其他载体病毒相比，腺相关病毒的特点：
(1) AA V无致病性，并且在受染体上不会引发免疫反应;
(2) 宿主范围广，并可感染非分裂细胞;
(3) AA V载体可将外源基因定点整合到人类19号染色体长臂，基因表达稳定;
(4) AA V是一种无包膜病毒，对各种理化处理稳定，易于分离纯化。

腺相关病毒也有一些缺陷，如病毒滴度低，感染效率低，外源基因容量小及病毒对细胞毒性。