微生物的分类和鉴定ppt课件
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第四节 微生物的鉴定
经典分类鉴定方法、现代分类鉴定方法。
第一节 通用分类单元
分类是认识客观事物的一种基本方法。我们 要认识、研究和利用各种微生物资源也必须对它 们进行分类。
分类学涉及三个相互依存又有区别的组成部分：
分类、 命名、 鉴定
分类(classification)：根据一定的原则对微生物进行分群归类， 根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征 进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定；
b）提出了一种全新的正确衡量生物间系统发育关系的方法；
c）对探索生命起源及原始生命的发育进程提供了线索和理论依据； d）突破了细菌分类仅靠形态学和生理生化特性的限制，建立了全
新的分类理论；
e）为微生物生物多样性和微生物生态学研究建立了全新的研究理 论和研究方法，特别是不经培养直接对生态环境中的微生物进 行研究。
4）种（species）： 物种，生物分类中基本的分类单元
高等生物中，“生殖隔离”被看作是区分物种的标准
微生物的种：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其 他类群的菌株有很明显的区别。
二、微生物的命名
双名法，由二个拉丁字或希腊字或拉丁化了的其它文字组成， 一般用斜体表示
属名在前，一般用拉丁字名词表示，字首字母大写 种名在后，常用拉丁文形容词表示，全部小写 若所分离的菌株只鉴定到属，而未鉴定到种，可用sp来表示，
2. 特征序列或序列印记（signature sequence）
通过对r RNA全序列资料的分析比较（特别是 采用计算机）发现的在不同种群水平上的特 异特征性寡核苷酸序列，或在某些特定的序 列位点上出现的单碱基印记。
特征序列有助于迅速确定某种微生物的 分类归属，或建立新的分类单位。
3. 系统发育树(phylogenetic tree)
生产蛋白酶 生产α淀粉酶
3）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同
亚菌种株不与同型菌的株区之别间：的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以 细菌分株为之不间同不的存型在。鉴别性特征的差异，命名不同的菌株无需分类学 依例据如，抗原特征的差异分为不同的血清型；对噬菌体裂解反应的 不不同同型分的为细不菌同之的间噬存菌在型鉴等别性特征的差异，命名或鉴定不同的型 必需有分类学依据。
2）菌株(strain)：从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯 培养物都可以称为微生物的一个菌株；用实验方法(如通过诱变) 所获得的某一菌株的变异型，也可以称为一个新的菌株，以便 与原来的菌株相区别。
Bacillus subtilis ASI.398 Bacillus subtilis BF7658
第九章
微生物的分类和鉴定
地球上的物种估计大约有150万， 其中微生物超过10万种，而且其数目还 在不断增加。
生物分类的二种基本原则：
a）根据表型(phenetic)特征的相似程度分群归类，这种 表型分类重在应用，不涉及生物进化或不以反映生 物亲缘关系为目标。
b）按照生物系统发育相关性水平来分群归类，其目标 是探寻各种生物之间的进化关系，建立反映生物系 统发育的分类系统。
例如 Bacillus sp
由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准， 为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱， 细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”
种和亚种指定模式菌株（type strain）； 亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）； 模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。
不可培养微生物（uncultured microo百度文库ganisms）
从环境中直接分离并克隆rRNA并分析其序列 和在分子进化树上的位置等方法而发现的的目前尚 不能在人工条件下获得培养的微生物。
不可培养的微生物与生物多样性
3）三（界)域生物的主要特征
三界理论虽然是根据16SrRNA序列的比 较提出的，但其他特征的比较研究结果 也在一定程度上支持了三界生物的划分。
通过比较生物大分子序列差异的数值构 建的系统树称为分子系统树，其特点是用一 种树状分枝的图型来概括各种(类)生物之间 的亲缘关系。
16 S r RNA系统发育树
1）生命的第三种形式——古生菌
动物界和植物界 原核生物和真核生物（20世纪60年代）
界（Kingdom） 域（domain）
古细菌(archaebacteria) 真细菌(Eubacteria) 真核生物(Eukaryotes)
（1977，Carl Woese）
Bacteria(细菌) Archaea(古生菌)
原核生物
Eukarya(真核生物)
（1990，Carl Woese）
2）建立16 S r RNA系统发育树的意义
a）使生物进化的研究范围真正覆盖所有生物类群； 传统生物进化研究主要基于复杂的形态学和化石记载，因此多限 于研究后生生物，而后者仅占整个生物进化历程的1/5
从进化论诞生以来，已经成生物学家普遍接受的分类原则
生物系统学(systematics)
章节内容
第一节 通用分类单元
系统分类单元、种的概念、学名、亚种
第二节 微生物在生物界的地位
生物界级分类学说、五界系统、三域学说及其发展、 ※微生物的进化
第三节 各大类微生物的分类系统纲要
原核微生物分类系统纲要、真菌的分类系统纲要
命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个 专有的名称；
鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物 分类系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未 明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。
常用的细菌分类学术语：
1）培养物(culture)：一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长 物。如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。
第二节 微生物在生物界的地位
一、生物的界级分类学说
两界系统 三界系统 四界系统 五界系统 六界系统
二、三域学说及其发展
利用16SrRNA建立分子进化树的美国科学家
Carl Woese
三、rRNA和系统发育树
1. rRNA的顺序和进化 培养微生物
提取并纯化rRNA
rRNA序列测定
分析比较
微生物之间的系统发育关系
经典分类鉴定方法、现代分类鉴定方法。
第一节 通用分类单元
分类是认识客观事物的一种基本方法。我们 要认识、研究和利用各种微生物资源也必须对它 们进行分类。
分类学涉及三个相互依存又有区别的组成部分：
分类、 命名、 鉴定
分类(classification)：根据一定的原则对微生物进行分群归类， 根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征 进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定；
b）提出了一种全新的正确衡量生物间系统发育关系的方法；
c）对探索生命起源及原始生命的发育进程提供了线索和理论依据； d）突破了细菌分类仅靠形态学和生理生化特性的限制，建立了全
新的分类理论；
e）为微生物生物多样性和微生物生态学研究建立了全新的研究理 论和研究方法，特别是不经培养直接对生态环境中的微生物进 行研究。
4）种（species）： 物种，生物分类中基本的分类单元
高等生物中，“生殖隔离”被看作是区分物种的标准
微生物的种：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其 他类群的菌株有很明显的区别。
二、微生物的命名
双名法，由二个拉丁字或希腊字或拉丁化了的其它文字组成， 一般用斜体表示
属名在前，一般用拉丁字名词表示，字首字母大写 种名在后，常用拉丁文形容词表示，全部小写 若所分离的菌株只鉴定到属，而未鉴定到种，可用sp来表示，
2. 特征序列或序列印记（signature sequence）
通过对r RNA全序列资料的分析比较（特别是 采用计算机）发现的在不同种群水平上的特 异特征性寡核苷酸序列，或在某些特定的序 列位点上出现的单碱基印记。
特征序列有助于迅速确定某种微生物的 分类归属，或建立新的分类单位。
3. 系统发育树(phylogenetic tree)
生产蛋白酶 生产α淀粉酶
3）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同
亚菌种株不与同型菌的株区之别间：的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以 细菌分株为之不间同不的存型在。鉴别性特征的差异，命名不同的菌株无需分类学 依例据如，抗原特征的差异分为不同的血清型；对噬菌体裂解反应的 不不同同型分的为细不菌同之的间噬存菌在型鉴等别性特征的差异，命名或鉴定不同的型 必需有分类学依据。
2）菌株(strain)：从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯 培养物都可以称为微生物的一个菌株；用实验方法(如通过诱变) 所获得的某一菌株的变异型，也可以称为一个新的菌株，以便 与原来的菌株相区别。
Bacillus subtilis ASI.398 Bacillus subtilis BF7658
第九章
微生物的分类和鉴定
地球上的物种估计大约有150万， 其中微生物超过10万种，而且其数目还 在不断增加。
生物分类的二种基本原则：
a）根据表型(phenetic)特征的相似程度分群归类，这种 表型分类重在应用，不涉及生物进化或不以反映生 物亲缘关系为目标。
b）按照生物系统发育相关性水平来分群归类，其目标 是探寻各种生物之间的进化关系，建立反映生物系 统发育的分类系统。
例如 Bacillus sp
由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准， 为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱， 细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”
种和亚种指定模式菌株（type strain）； 亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）； 模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。
不可培养微生物（uncultured microo百度文库ganisms）
从环境中直接分离并克隆rRNA并分析其序列 和在分子进化树上的位置等方法而发现的的目前尚 不能在人工条件下获得培养的微生物。
不可培养的微生物与生物多样性
3）三（界)域生物的主要特征
三界理论虽然是根据16SrRNA序列的比 较提出的，但其他特征的比较研究结果 也在一定程度上支持了三界生物的划分。
通过比较生物大分子序列差异的数值构 建的系统树称为分子系统树，其特点是用一 种树状分枝的图型来概括各种(类)生物之间 的亲缘关系。
16 S r RNA系统发育树
1）生命的第三种形式——古生菌
动物界和植物界 原核生物和真核生物（20世纪60年代）
界（Kingdom） 域（domain）
古细菌(archaebacteria) 真细菌(Eubacteria) 真核生物(Eukaryotes)
（1977，Carl Woese）
Bacteria(细菌) Archaea(古生菌)
原核生物
Eukarya(真核生物)
（1990，Carl Woese）
2）建立16 S r RNA系统发育树的意义
a）使生物进化的研究范围真正覆盖所有生物类群； 传统生物进化研究主要基于复杂的形态学和化石记载，因此多限 于研究后生生物，而后者仅占整个生物进化历程的1/5
从进化论诞生以来，已经成生物学家普遍接受的分类原则
生物系统学(systematics)
章节内容
第一节 通用分类单元
系统分类单元、种的概念、学名、亚种
第二节 微生物在生物界的地位
生物界级分类学说、五界系统、三域学说及其发展、 ※微生物的进化
第三节 各大类微生物的分类系统纲要
原核微生物分类系统纲要、真菌的分类系统纲要
命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个 专有的名称；
鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物 分类系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未 明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。
常用的细菌分类学术语：
1）培养物(culture)：一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长 物。如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。
第二节 微生物在生物界的地位
一、生物的界级分类学说
两界系统 三界系统 四界系统 五界系统 六界系统
二、三域学说及其发展
利用16SrRNA建立分子进化树的美国科学家
Carl Woese
三、rRNA和系统发育树
1. rRNA的顺序和进化 培养微生物
提取并纯化rRNA
rRNA序列测定
分析比较
微生物之间的系统发育关系