人类基因组测序

这一计划与“曼哈顿原子弹研制计划”、“阿 波罗登月计划”并称为人类科学史上的“三大 计划”。 中国、德国、法国、日本、英国与美国6个国 家的16个中心组成国际协作组， 人类基因组计划所倡导的是“全球合作、免费 共享”的原则。
中国科学家的参与 深受国际同行的欢迎和发展中国家的称颂
1999年7月7日，中国科学院遗传研究所人类基因组中心
人类基因组计划的实施，是一 项造福人类健康的伟大的生命 科学工程，基因是人类的共同 财富。经过各国科学家用基因 技术探索疾病治疗研究，将为 提高人类健康水平带来新的希 望。
我国科学家在基因组研究中的测序图谱
Sanger第一步：加入复制终止剂
电 泳 ， 看 谁 跑 得 快
注册参与国际人类基因组计划，北京华大基因研究中心作 为实施单位业应运而生。
同年9月，国际协作组接受了我国的申请，为我国划定了
工作区域。我国承担的工作区域，位于人类3号染色体短 臂上。由于该区域约占人类整个基因组的1 %，因此简称 “1 % 项目”。
这一项目主要由中国科学院与国家科技部资助。国家人类
基因测序的应用
为什么有的人在某一环境影响下会生病， 有的人则不生病，可能是基因片段上的较 大的差异造成的，科学家将深入下去探索。
基因科研用于人类疾病治疗取得重要进展
科学家在对一些遗传性很高或较高的疾病的研究中，如地中海 贫血、肌肉萎缩、乳腺癌等疾病的研究中，各国科学家已找到 了２００至３００个致病基因，约占遗传病的１％。其它疾病 如白血病通过基因分析，也对发病机理有了新的认识。 各国科学通过基因检测和使用基因药物，已能治疗一些疾病。 如用基因注射法治疗一碰就出血的血友病。美国科学家运用破 坏性基因治疗脑肿瘤，将外来破坏性基因接入脑肿瘤细胞，已 取得了比单纯开刀更好的疗效。 在今后５至１０年中，各国科学家在基因研究中将携手攻关的 重点放在糖尿病、动脉硬化、焦虑症与抑郁症、高血压、老年 痴呆、精神分裂症、乳腺癌，以及其它一些癌症的探索上。
第19号染色体是人类所有染色体中基因密度最 高的，对其5580万碱基对的序列分析揭示了 1461个蛋白质编码基因和321个假基因。它具 有高G+C含量、高复制率和高重排率的特点， 这预示该染色体在生物进化中有重要意义。其 中许多基因与呈孟德尔式遗传规律的疾病有关， 包括家族性高胆固醇血症、非胰岛素依赖性糖 尿病等。
血栓形成也与基因有关
迄今为止，我们只知道老年人、血脂高者和 缺乏锻炼者，其体内较容易形成血栓，但最新 一期《自然》杂志却报道说，科学家们已识别 并成功地定位出了一个名为“VKORC1”的基 因。 ，它在危害人体的血栓形成的过程中发挥 着重要作用。这一发现将有助于人们进一步寻 找出治疗心律不齐及冠心病等疾病的新疗法。 德国、英国和美国的科学家在各自独立的实 验中，以产生了抗药性的实验鼠和血栓患者的 基因为研究对象，并与天生就具有抗血栓特性 人的基因进行比较，结果科学家们说，这个基 因可以帮助人们理解血液稀释药物的工作原理。
语言产生可能与基因变异有关
为什么人类可以说话，而动物则不能?德国 科学家最新研究发现，20万年前发生在一 个基因上的两次关键的变异可能和语言的 产生有关。这一研究为说明该基因在人类 语言能力的发展中所扮演的重要角色提供 了强有力的证据。研究人员认为，语言的 优势使人类能够排挤掉那些比较原始的竞 争对手。变异基因赋予人类祖先更好的控 制嘴巴和喉咙肌肉的能力，从而使他们能 够发出更丰富、更多变的声音，为语言的 产生打下基础。
基因组南方研究中心、国家人类基因组北方研究中心也积 极参与了这一项目。
作为“1%任务”的主要承担者，中国科学院基因组信 息学中心暨北京华大基因研究中心现有81台测序仪， 曙光2000、曙光3000大型计算机和高容量PC机群，具 有每天完成3000万对碱基的测序和分析能力，已成长 为世界第6大测序中心，形成了300多人的学科、产业 队伍。该中心还启动了以充分开发、利用中国特有生 物资源的“中国生物资源基因组计划”，包括中国超 级杂交水稻基因组研究、家猪基因组研究、中华民族 基因多态性与疾病相关性遗传图谱等项目。这些工作 必将对中国生命科学研究与生物产业发展产生巨大而 长远的影响。
人类基因组计划 及 后基因组时代
HGP & Later Genome Times
——02级1班 郭政 闫佳洁
人类基因组计划的终极目标是绘制出人 类基因“完成图”
人类基因组计划于1990 年正式启动。其核心内 容是构建DNA序列图， 即分析人类基因组DNA 分子的基本成分及碱基 的排列顺序，绘制成序 列图。人的基因组由4种 碱基构成，通常缩写为 A、T、C和 G，正是这 些“字母”决定和影响 着我们的肤色、身高， 甚至生老病死。
荧光检测探头
Sanger第二步：荧光检测
Shotgun测序（2）——
Shotgun法序列拼接
Low Base Quality
Single Stranded Region
Sequence百度文库Gap
Consensus
Mis-Assembly (Inverted)
拼接错误：Repeat的存在
全自动的测序仪器：MegaBace
Shotgun测序
DNA的提取和纯化 载体预备：和DNA片断结合，从而能够在细菌中 扩增。 DNA片段的制备：将DNA用超声波切成能够测序 的小片断 转化培养：小片断和载体结合，植入细菌中进行 扩增。 提质粒：从细菌中提取出繁殖好的质粒 电泳检测：检测质量的好坏 测序：上测序仪测序
我们能干什么？
人类第２０号染色体被破译
第２０号染色体是迄今破译的３对人类染色体中 最大的一对，也是被破译的第一对具有典型长短 臂结构的人类染色体。 科学家对第２０号染色体上的近６０００万个碱 基对完成了测序，已经找到了约７２０个基因， 其中包括与糖尿病、肥胖症、小儿湿疹等疾病相 关的基因，有助于为这些常见疾病寻找新疗法。 此外，第２０号染色体上还有一个基因能增加部 分人群感染新型克雅氏症的危险，这将增进人们 对该疾病的了解。新型克雅氏症是疯牛病在人身 上的表现形式，在疯牛病危机之后的英国备受关 注。
人类第13号和第19号染色体被完整测序 人类第13号和第19号 染色体已得到准确而 完整的测序，并进行 了相关的分析。至此， 科学家已对人类23条 染色体中的9条进行 了精确测序和序列分 析，并已发表测序结 果。这9条染色体是 第6、7、13、14、 19、20、21、22号 和Y染色体。
第13号染色体是最大的近端着丝粒染色体， 携带若干与乳腺癌有关的基因，包括BRCA2 和RB1基因。该染色体在慢性B淋巴细胞白血 病细胞中经常发生重排，它还包括DAOA基 因，该基因与精神分裂症有关。研究人员对 13号染色体上的9550万碱基对进行了序列分 析，发现了633个基因和296个假基因。在比 较其他脊椎动物基因组的基础上，大约95.4% 编码蛋白质的基因已被确定。此外，还发现 105个非编码的RNA基因。13号染色体是基因 密度最低的染色体。
我国国际上首次确定雀斑致病基因位置 人人都想拥有一张净白无瑕的脸，雀斑一直困 扰着这些爱美人士。最近，我国科学家在国际 上首次确定雀斑致病基因位置，发现在人类第 4号染色体的某个区域中存在雀斑致病基因。 为找到雀斑致病基因并最终根治雀斑奠定了重 要的基础。 所以，市面上的激光去斑、药物去斑等方法都 只是治标不治本。只有从基因上入手，才可能 彻底根治雀斑。为此，科学家采用全基因组扫 描技术，通过对一个中国汉族雀斑大家族的样 本进行分型和连锁分析，
导致弱智与癫痫的基因变异
近日科学家首次发现人体内一个基因如果发生变异， 有可能会同时导致弱智与癫痫。这个新基因，位于 人体Ｘ染色体上。他们对全球范围内９个有遗传病 史的家族进行研究后发现，该基因发生特定的变异， 不仅会引发多种癫痫症状，而且也会导致弱智。 他们的研究还显示，该基因似乎对与人大脑正常认 知功能相关的其他一些基因具有调控作用，可以影 响这些基因的工作时间和方式等。科学家们因此推 测，受新发现的这种基因控制的其他基因，在癫痫 或弱智的发病过程中可能也起到了一定作用。 科学家指出，识别出该基因，将有助于更好地对有 相关病史的家族进行癫痫或弱智的诊治。
测序之前全是生物学问题。 测序之后就全是形式化的计算机问题。 天然的形式化：ATCG 核心问题：
– 字符串比对：两个字符串的距离 – 拼接问题 – 蛋白质结构预测：如何从一维预测三维结构？
中国科学家的成功探索――促使全社会广泛参与
人类基因组计划带动和促进了生物产业和生命科学的发展。 它着眼于基因组的整体理论、策略和技术，前所未有的加速了 人的新基因发现及其功能研究的速度，因此对与人相关的方方 面面产生不可估量的、深远的影响。它在带动和促进生物产业 和生命科学发展的同时，生命科学从此开始了以DNA序列为基 础的，以生物信息学为导向的新纪元，而且使未来生命科学研 究的思想和方法论也带来了革命性的改变，一改“模型导向” 的传统生命科研模式，凸现其“数据导向”的特点，形成了以 生物信息学为导向的新生命科学和产业发展的模式。基因组研 究对伦理、法律以及社会等方面产生的冲击也应该引起我们的 密切关注。