SNP-CNV分型-qPCR-甲基化

SNP分型技术

1. 连接酶检测反应(LDR)分型方法

技术原理：主要应用连接酶检测反应(ligase detection reaction，LDR)技术。

即在Taq DNA连接酶的作用下，当左右两条寡核苷酸探针与目的DNA序列完全互补，并且两条探针之间没有空隙时才能发生连接反应，否则连接反应不能进行，最后通过荧光扫描片段长度，实现对SNP 位点的检测。

2. 多重SNaPshot SNP分型方法

技术原理：SNaPshot SNP分型是一种以单碱基延伸原理为基础，同时利用多重PCR

对多个已知SNP 位点进行遗传分型的方法。在一个含有测序酶，四种荧光标记的ddNTP，紧挨多态位点5’端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中，引物延伸一个碱基即终止，经ABI 3730 测序仪跑胶后，根据峰的颜色可知掺入的碱基种类，从而确定该样本的基因型，根据峰移动的胶位置确定该延伸产物对应的SNP位点。

3. MassArray SNP分型方法

技术原理：Sequenom MassArray系统主要是利用基质辅助激光解吸电离飞行时

间质谱(MALDI-TOF MS) 进行分析，即PCR扩增产物或者预处理样本在延伸单碱基后，将

制备的样品分析物与芯片基质共结晶，将该晶体放入质谱仪的真空管，而后用瞬时纳秒(10-9s) 强激光激发，由于基质分子经辐射吸收能量，导致能量蓄积并迅速产热，从而使

基质晶体升华，核酸分子就会解吸附并转变为亚稳态离子，产生的离子多为单电荷离子，这些单电荷离子在加速电场中获得相同的动能，进而在一非电场漂移区内按照其质荷比率得以分离，在真空小管中飞行到达检测器。

4.直接测序法

技术原理：将待检测片段进行PCR扩增并直接测序是SNP检测方法中最准确的方法。

纯合位点为单峰，而杂合峰为套峰，因而很容易将几种基因型区分开来。直接测序法不仅可用于对已知位点的检测，还可用于发现未知的SNP位点

5.Taqman 探针方法

技术原理：在PCR 反应系统中加入2 种不同荧光标记的探针，它们可分别与2个等位

基因完全配对。正常情况下，由于探针5′端荧光基团和3′端淬灭基团紧邻在一起，荧光被淬灭。随着PCR 的有效进行，与模板完全配对的探针逐步被Taq DNA 聚合酶5′→3′外切酶活性切割，致使探针5′端上的荧光基团与3′端的淬灭基团分离，淬灭效应解除，报告荧光基团被激活；而与模板不能完全配对的探针（代表另一种等位基因）不能被有效切割，故检测不到荧光信号，通过相应仪器检测荧光值的变化即可实现SNP位点检测。

CNV分型_qPCR

在PCR扩增过程中，PCR产物的量可以用公式Y= A（1+R）n来表示，其Y表示PCR产物的量，A表示初始模板的量，R表示PCR的扩增效率，n表示PCR的循化数。竞争性PCR涉及到两组模板，一组是待测样本，另一组是人工合成的一段核酸序列，和待测样本目标位点的序列相比只是在长度上（存在一些碱基的插入或缺失）存在一些差异，用作内对照。当两组模板处于同一PCR反应体系中时，两者具有相同的反应环境和引物结合位点而且扩增片段的序列组成基本相同，在此情况下两组模板的扩增效率接近一致，因此两种扩增产物量的比直观的反映了初始模板（待测样本和内对照不存在拷贝数差异）浓度的比，可以根据内对照的初始模板的量来计算样本的浓度。在检测拷贝数变异时，当待测样本和内对照有相同的浓度或削除两种模板浓度差异带来的影响时，PCR产物量的比值直接反映两模板拷贝数的差异。

造成测序结果中N值较多原因

◆PCR产物直接进行测序，序列结束后无反应信号。PCR产物测序一般末端的一个碱基为

A（绿色峰），这是由于Taq酶能够在PCR反应的末端非特异性地加上一个A碱基，我们用T 载体克隆PCR产物就是根据该原理的，这样我们很容易辨别PCR产物结束的位点。在此序列以外就不是我们所要的序列了。

◆在序列的起始端有时会有一些N值。该种情况主要是有未去除的染料单体、样品小片段、引物二聚体的干扰造成。干扰峰和正常序列峰重叠在一起，仪器无法正确判断出为何碱基。MAP公司染料干扰问题基本解决。MAP公司测序一般20BP以后就可精确读取。

◆在序列的3’端容易产生N值。一个测序反应一般可以读出800-1000bp的碱基，如果样品好可以精确读取800bp，占总反应80%左右，但是，有 20%只能保证600bp以前的碱基是可靠的，会有许多碱基分不开，就会产生N值，这种情况下产生的N值是无法避免的。如果有希望测长我们会调整重测。

◆测序模板本身含有杂合序列，该种情况主要发生在PCR产物直接测序上。由于PCR产

物本身是一个混和溶液，相近的片断又很难割胶纯化出来，这样和引物结合就很容易产生系列杂合序列就会造成在某些位置上有套峰，整个测序信号都非常好，这是由于套峰产生的N 值。该种情况明显是客户的样品问题。通过将PCR产物克隆后进行测序，可以解决该种情况的N值问题。

◆造成N值，大部分情况是客户样品的问题，如果是测序的问题我们保证免费重新调整测序一次。

实时荧光定量 PCR技术的应用

实时荧光定量 PCR 技术是 DNA 定量技术的一次飞跃。运用该项技术，我们可以对 DNA 、RNA 样品进行定量和定性分析。定量分析包括绝对定量分析和相对定量分析。前者可以得到某个样本中基因的拷贝数和浓度；后者可以对不同方式处理的两个样本中的基因表达水平进行比较。除此之外我们还可以对 PCR 产物或样品进行定性分析：例如利用熔解曲线分析识别扩增产物和引物二聚体，以区分非特异扩增；利用特异性探针进行基因型分析及 SNP 检测等。目前实时荧光 PCR 技术已经被广泛应用于基础科学研究、临床诊断、疾病研究及药物研发等领域。其中最主要的应用集中在以下几个方面：

1. DNA 或 RNA 的绝对定量分析。包括病原微生物或病毒含量的检测 , 转基因动植物转基因拷贝数的检测， RNAi 基因失活率的检测等。

2. 基因表达差异分析。例如比较经过不同处理样本之间特定基因的表达差异 ( 如药物处理、物理处理、化学处理等 ) ，特定基因在不同时相的表达差异以及 cDNA 芯片或差显结果的确证

3. 基因分型。例如 SNP 检测，甲基化检测等。