甲基化--经验
甲基化特点-概述说明以及解释
甲基化特点-概述说明以及解释1.引言1.1 概述概述：甲基化是一种重要的表观遗传学修饰方式，指的是DNA分子上的甲基基团与蛋白质相互作用，通过改变DNA的结构和功能来影响基因的表达。
甲基化在生物学中扮演着至关重要的角色，可以影响细胞的分化、发育和疾病的发生。
本文将重点介绍甲基化的定义、在生物学中的重要性以及甲基化的机制，旨在加深对这一重要生物学现象的认识。
1.2 文章结构文章结构部分的内容应该包括对整篇文章的组织和内容安排进行介绍。
在这个部分，我们可以简要说明本文分为引言、正文和结论三个部分，每个部分包含几个小节，以及各个小节的主要内容和要点。
同时也可以提及文章的主题和独特性，以引起读者的兴趣。
具体内容可以包括：本文共分为引言、正文和结论三个部分。
引言部分主要介绍了甲基化的概念和背景，以及本文的研究目的和意义。
正文部分涵盖甲基化的定义、在生物学中的重要性和甲基化的机制三个主要话题，详细介绍了甲基化在基因表达和细胞分化中的作用。
结论部分对整篇文章进行了总结，强调了甲基化的特点和在疾病中的作用，同时展望了未来的研究方向。
通过本文的阐述，读者将对甲基化的重要性和机制有更深入的了解，同时也能够了解到甲基化在疾病中的可能作用，为未来的研究提供了一定的参考和展望。
1.3 目的:本篇文章的目的在于探讨甲基化的特点，深入探讨甲基化在生物学中的重要性以及其机制。
通过对甲基化的定义和相关知识的介绍，使读者对甲基化有更深入的了解。
同时，通过对甲基化在疾病中的作用和未来研究方向的展望，拓展对甲基化在生物学领域中的应用和研究价值的认识，为未来相关研究提供启示和参考。
希望通过本文的深入探讨，能够进一步促进甲基化研究领域的发展，为生物学领域的进步和发展提供新的思路和方向。
2.正文2.1 甲基化的定义:甲基化是一种生物化学反应，指的是DNA分子上甲基基团的添加。
甲基基团是由一个碳原子和三个氢原子组成的小分子，通过DNA甲基转移酶酶的作用，可以将甲基基团加到DNA的嘌呤或嘧啶碱基上。
甲基化原理及方法
甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰测序法）基本原理在于：样本经亚硫氢酸盐处理后,甲基化的胞嘧啶（C）保持不变,但非甲基化的胞嘧啶被转化成脲嘧啶,因此在利用该处理产物作为模板的PCR产物中,甲基化的胞嘧啶还是胞嘧啶,但非甲基化胞嘧啶变成了脲嘧啶（胸腺嘧啶）,此时检测到的胞嘧啶（C）即是样品中本身的甲基化位点.第一部分基因组DNA的提取。
DNA提取试剂盒，如果实验室条件成熟，自己配试剂提取完全可以。
DNA比较稳定，只要在操作中不要使用暴力，提出的基因组DNA应该是完整的。
此步重点在于DNA的纯度，即减少或避免RNA、蛋白的污染很重要。
因此在提取过程中需使用蛋白酶K及RNA酶以去除两者。
使用两者的细节：1：蛋白酶K可以使用灭菌双蒸水配制成20mg/ml；2：RNA酶必须要配制成不含DNA酶的RNA酶，即在购买市售RNA酶后进行再处理，配制成10mg/ml。
否则可能的后果是不仅没有RNA，连DNA也被消化了。
两者均于-20度保存。
验证提取DNA的纯度的方法有二：1：紫外分光光度计计算OD比值；2：1%-1.5%的琼脂糖凝胶电泳。
我倾向于第二种方法，这种方法完全可以明确所提基因组DNA的纯度，并根据Marker的上样量估计其浓度，以用于下一步的修饰。
第二部分亚硫酸氢钠修饰基因组DNA如不特别指出，所用双蒸水（DDW）均经高压蒸汽灭菌。
1：将约2ugDNA于1.5mlEP管中使用DDW稀释至50ul；2：加5.5ul新鲜配制的3M NaOH；3：42℃水浴30min；水浴期间配制：4：10mM对苯二酚（氢醌），加30ul至上述水浴后混合液中；（溶液变成淡黄色）5：3.6M亚硫酸氢钠（Sigma，S9000），配制方法：1.88g亚硫酸氢钠使用DDW稀释，并以3M NaOH滴定溶液至PH 5.0，最终体积为5ml。
这么大浓度的亚硫酸氢钠很难溶，但加入NaOH后会慢慢溶解，需要有耐心。
PH一定要准确为5.0。
加520ul至上述水浴后溶液中。
DNA甲基化研究方法
DNA甲基化研究方法DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰形式，常见于生物体细胞中。
它在维持基因转录调控、胚胎发育、细胞分化以及肿瘤形成等过程中起着关键的作用。
因此，研究DNA甲基化的方法对于深入理解生物学和疾病发生机制具有重要的意义。
在接下来的1200字内，我将为您介绍几种常用的研究DNA甲基化的方法。
1.甲基化特异性限制酶消化（MSRE）：该方法利用能够识别并切割甲基化CpG岛的特异性限制酶来分析DNA甲基化水平。
首先，将DNA进行酶切，然后通过聚合酶链反应（PCR）扩增消化后的DNA片段。
最后，利用各种技术如限制性片段长度多态性（RFLP）分析、单体型检测或测序等方式来检测PCR产物是否被酶切。
甲基化的区域将在PCR产物中产生一个酶切位点的改变，从而可以推断原始DNA的甲基化状态。
2.甲基化特异性PCR（MSP）：MSP是一种常用的研究甲基化的方法，它结合了甲基化特异性限制酶消化和PCR扩增的优点。
首先，在甲基化和非甲基化的DNA样品中进行DNA甲基转化反应，将所有未甲基化的胞嘧啶转化为脱氧尿嘧啶。
接下来，使用特异性引物来扩增甲基化和非甲基化的DNA。
扩增产物可以通过聚丙烯酰胺凝胶电泳等方法来检测甲基化状态。
3.甲基化特异性PCR串联扩增（MSP-COOM）：MSP-COOM是一种修饰的MSP方法，它可以同时分析多个CpG位点的甲基化状态。
在该方法中，将样本DNA修饰成两种不同的状态（一种代表甲基化，一种代表非甲基化），然后再进行PCR反应。
扩增产物可以通过聚丙烯酰胺凝胶电泳等方法来检测多个甲基化位点的状态。
4.甲基化敏感限制性内切酶-PCR（MSRE-PCR）：该方法利用MSRE和PCR的组合，可以对CpG岛中的甲基化位点进行定量分析。
首先，将DNA 进行MSRE消化，保留未甲基化的DNA片段。
然后，在未甲基化DNA片段的末端引入一个特定序列，以便在PCR扩增中使用特异性引物。
扩增产物可以通过定量PCR等方法来分析未甲基化的DNA的含量，并间接推断出原始DNA的甲基化水平。
dna甲基化的过程和机制
dna甲基化的过程和机制
DNA甲基化的过程和机制如下：
DNA甲基化是指在DNA分子的特定位置上添加甲基基团，甲基化后的DNA序列可能发生某些改变，比如可以调节基因的表达等。
甲基化的机制主要涉及到DNA甲基转移酶（DNMT）的作用。
DNMTs是一类能够将甲基基团从S-腺苷甲硫氨酸（SAM）转移到DNA分子上的酶，是DNA甲基化过程的主要参与者。
在DNA甲基化过程中，DNMT首先将SAM转化为活性中间体，然后将活性中间体的甲基基团转移到DNA分子上。
DNA甲基化的过程可以分为以下几个步骤：
识别和结合：DNMT首先识别DNA分子上的特定序列，通常是富含胞嘧啶的区域。
识别后，DNMT结合到DNA分子上，形成一个复合体。
甲基化反应：在复合体中，SAM的甲基基团被转移到DNA分子上，通常是胞嘧啶残基的5位碳原子上。
这个过程涉及到化学键的转移，需要消耗能量。
释放和去甲基化：完成甲基化反应后，DNMT从DNA分子上释放下来，留下甲基化的DNA序列。
在某些情况下，甲基化的DNA序列可以被去甲基化，即甲基基团被去除，恢复到未甲基化的状态。
去甲基化的过程通常涉及到特定的去甲基化酶的作用。
总之，DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰方式，可以影响基因的表达和功能。
了解DNA甲基化的过程和机制有助于深入理解生物
学和医学中的许多问题，包括发育、疾病和治疗方法等。
研究DNA甲基化的分子生物学方法与技术
研究DNA甲基化的分子生物学方法与技术DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰形式，它在调控基因表达、细胞分化、肿瘤发生等方面发挥着关键作用。
针对DNA甲基化的研究需要运用到一系列的分子生物学方法和技术。
本文将就这些方法和技术进行讨论。
1. 甲基化特异性酶切实验DNA甲基化以CpG二核苷酸为主要靶点，可以运用甲基化特异性酶切酶（如MspI、HpaII等）进行评测。
具体操作流程是将DNA样品与相应的酶进行反应，再通过聚丙烯酰胺凝胶电泳等方法，分析产物的变化。
该方法具有简单、快速的优点，但由于CpG二核苷酸在基因组中分布不均衡，因此对于一些区域的甲基化评估有局限性。
2. 甲基化聚合酶链式反应（PCR）PCR技术已经成为分子生物学领域中不可或缺的一项技术手段。
运用甲基化特异性的PCR引物，通过PCR扩增后，CpG位点甲基化和非甲基化的两种细胞群体，可以进一步分析甲基化位点的变化。
该方法简单易行，可以进行大规模的样本检测。
3. 甲基化微阵列芯片（MeDIP）MeDIP是利用甲基化特异性抗体捕捉甲基化DNA序列，以实现全基因组水平的甲基化检测。
MeDIP是一种高通量测试方法，通常应用于发现肿瘤标志基因，评估细胞分化阶段等方面的研究。
4. 亚甲基化测序（TAB-seq）与MeDIP不同，TAB-seq针对亚甲基化的修饰进行评测。
亚甲基化是一种最新发现的甲基化形式，它的存在状态与基因的关闭和启动有着密切的关系。
运用TAB-seq技术，可以更加准确地评估亚甲基化的状态，有助于进一步探究亚甲基化在细胞分化、基因表达等方面的功能。
5. SMRT测序技术SMRT测序技术是一种全新的单分子测序技术，它的实现可以对DNA甲基化进行直接检测。
SMRT测序技术通过第三代测序技术、联合甲基化特异性的转录因子、氢氧化钠等多种方法，对DNA甲基化进行深入地评测。
与其他技术相比，SMRT可以不受区域分布不平衡的影响，可以更准确地评估DNA甲基化的状态。
高中生物甲基化知识点
高中生物甲基化知识点
甲基化是指在DNA分子中加入甲基基团(CH3-)的化学修饰过程。
甲基化在细胞中起到了重要的调控作用，特别是在基因表达调控方面。
以下是高中生物甲基化的一些基本知识点：
1. 甲基化是一种化学修饰，通过在DNA的嘌呤和胸腺嘧啶碱基上加入甲基基团来改变DNA的结构和功能。
2. 甲基化通常发生在DNA的CpG位点上，即嘌呤碱基C和胸腺嘧啶碱基G的相邻位置。
3. DNA甲基化可以影响基因表达的方式，通常是通过抑制转录因子与DNA结合，阻止基因的转录。
4. 甲基化模式在细胞发育和分化过程中起着重要的调控作用。
在不同类型的细胞中，甲基化模式可以有所不同，从而导致基因表达的差异。
5. 甲基化在遗传学中也起着重要的作用。
甲基化可以通过影响染色体的结构和稳定性，对基因组的稳定性和遗传信息传递起到调控作用。
6. 甲基化异常与一些疾病的发生和发展密切相关。
例如，DNA甲基化异常可以导致某些肿瘤的发生，也与一些遗传性疾病和神经系统疾病有关。
7. 甲基化可以通过多种方法检测，包括甲基化特异性PCR、甲基化敏感性限制性内切酶消化和甲基化测序等。
8. 甲基化的调控可以通过DNA甲基转移酶和DNA甲基去除酶来实现。
DNA甲基转移酶负责在DNA分子上加入甲基基团，而DNA甲基去除酶则负责去除DNA上的甲基基团。
以上是高中生物甲基化的一些基本知识点，希望对你有帮助。
甲基化原理及步骤
二、DNA亚硫酸氢盐修饰和纯化操作步骤修饰设计：使用CpGenome TM kit使胞嘧啶转化为尿嘧啶的步骤如下。
中等温度碱性pH下使DNA变性成为单链形式暴露出碱基。
试剂一，一种包含亚硫酸氢根的钠盐，可使未甲基化的胞嘧啶磺化和水解脱氨，产生一种尿嘧啶磺酸盐中间产物。
然后DNA在另一种盐﹙试剂二﹚存在的条件下与一种微粒载体﹙试剂三﹚结合，并通过重复离心和在70%的乙醇中重悬浮脱盐。
向尿嘧啶的转化是通过在90%的乙醇中反复碱性脱磺酸基作用和脱盐完成的。
DNA最终在TE缓冲液中通过加热从载体上洗脱下来。
第一步：试剂准备（1）3 M NaOH原料（用前现配）把1g干NaOH片剂溶解在8.3mL水中。
使用此类腐蚀性碱，注意小心谨慎和实验操作。
（2）20 mM NaOH/90% EtOH（用前现配）配制1mL该溶液需：900μl 100%的乙醇，93.4μl水，6.6μl 3M的氢氧化钠。
（3）溶解试剂Ⅰ（用前现配）打开前将试剂瓶加温至室温。
对每份待修饰的样本，称取0.227g DNA修饰试剂Ⅰ加入0.571mL水中。
充分涡旋振荡混合。
使用该试剂时要小心谨慎，因为它对呼吸系统和皮肤有刺激性。
用大约20μl 3M NaOH调整pH至5.0，用pH试纸检测pH值。
试剂Ⅰ避光保存以免分解。
为了最佳效果，试剂应在配置后立即使用。
（4）溶解试剂Ⅱ打开前将试剂瓶加温至室温。
将1μl β-巯基乙醇加入20mL去离子水中。
每份待修饰的DNA样本需将750μl该溶液加入到1.35g DNA修饰Ⅱ。
充分混合确保完全溶解。
过量的试剂可用箔纸包裹的容器、2℃-8℃、避光保存长达6周。
第二步：DNA修饰程序1、在带有螺旋形瓶盖的1.5-2.0mL的微量离心管中：将7.0μl 3M NaOH加入到含有1.0 μg DNA的100μl水中（10ng/μl），混匀。
注意：如果样本含有的DNA量不到1.0μg，就向样本DNA中加入2 μl DNA 修饰试剂Ⅳ并加水至总体积100μl。
dna甲基化检测技术,应用场景与市场经验介绍
dna甲基化检测技术,应用场景与市场经验介绍DNA甲基化检测技术是一种用于研究DNA甲基化水平的分析方法。
DNA甲基化是一种通过在DNA分子上加上甲基基团来调控基因表达的化学修饰过程。
这种修饰可以影响DNA的结构和功能，从而对基因表达和细胞发育产生影响。
DNA甲基化在许多生物学和医学研究中都起着重要的作用，特别是在癌症、遗传学、表观遗传学和干细胞研究领域。
DNA甲基化检测技术可以帮助科研人员深入了解这些领域中DNA甲基化的作用和机制，进而有助于发现新的治疗方法和生物标记物。
DNA甲基化检测技术的应用场景非常广泛。
首先，在癌症研究中，DNA甲基化的异常可以作为癌症早期诊断和治疗的潜在标志物。
科学家可以通过检测特定基因的甲基化水平来判断某种癌症的发生和发展程度。
例如，在乳腺癌研究中，通过检测乳腺癌相关基因BRCA1和BRCA2的甲基化水平，可以对乳腺癌患者进行个体化的治疗。
其次，在遗传学研究中，DNA甲基化检测技术可以用于研究基因组的稳定性和遗传变异。
DNA甲基化在基因组的稳定性中起着重要的作用，而异常的DNA甲基化可以导致遗传变异和一些遗传性疾病。
科学家可以通过对不同个体、不同组织和不同发育阶段中的DNA甲基化进行分析，来研究基因组的遗传变异和发育过程的调控机制。
此外，在表观遗传学研究中，DNA甲基化检测技术可以帮助科学家了解基因表达调控和表观遗传变异的机制。
DNA甲基化可以通过改变DNA的结构和包装方式来影响基因的表达和功能。
通过检测DNA甲基化的变化，科学家可以研究不同组织、不同细胞类型和不同环境条件下基因表达的差异，进一步揭示表观遗传调控的机制。
DNA甲基化检测技术在市场上有着广阔的应用前景。
根据市场调研报告，全球DNA甲基化检测市场的规模预计在未来几年内将呈现出快速增长的态势。
这主要受到癌症研究和临床诊断领域的推动。
随着对癌症早期诊断和个体化治疗的需求不断增加，DNA甲基化检测技术将成为重要的辅助诊断手段。
甲基化原理及步骤
二、DNA亚硫酸氢盐修饰和纯化操作步骤修饰设计：使用CpGenome TM kit使胞嘧啶转化为尿嘧啶的步骤如下。
中等温度碱性pH下使DNA变性成为单链形式暴露出碱基。
试剂一，一种包含亚硫酸氢根的钠盐，可使未甲基化的胞嘧啶磺化和水解脱氨，产生一种尿嘧啶磺酸盐中间产物。
然后DNA在另一种盐﹙试剂二﹚存在的条件下与一种微粒载体﹙试剂三﹚结合，并通过重复离心和在70%的乙醇中重悬浮脱盐。
向尿嘧啶的转化是通过在90%的乙醇中反复碱性脱磺酸基作用和脱盐完成的。
DNA最终在TE缓冲液中通过加热从载体上洗脱下来。
第一步：试剂准备（1）3 M NaOH原料（用前现配）把1g干NaOH片剂溶解在8.3mL水中。
使用此类腐蚀性碱，注意小心谨慎和实验操作。
（2）20 mM NaOH/90% EtOH（用前现配）配制1mL该溶液需：900μl 100%的乙醇，93.4μl水，6.6μl 3M的氢氧化钠。
（3）溶解试剂Ⅰ（用前现配）打开前将试剂瓶加温至室温。
对每份待修饰的样本，称取0.227g DNA修饰试剂Ⅰ加入0.571mL水中。
充分涡旋振荡混合。
使用该试剂时要小心谨慎，因为它对呼吸系统和皮肤有刺激性。
用大约20μl 3M NaOH调整pH至5.0，用pH试纸检测pH值。
试剂Ⅰ避光保存以免分解。
为了最佳效果，试剂应在配置后立即使用。
（4）溶解试剂Ⅱ打开前将试剂瓶加温至室温。
将1μl β-巯基乙醇加入20mL去离子水中。
每份待修饰的DNA样本需将750μl该溶液加入到1.35g DNA修饰Ⅱ。
充分混合确保完全溶解。
过量的试剂可用箔纸包裹的容器、2℃-8℃、避光保存长达6周。
第二步：DNA修饰程序1、在带有螺旋形瓶盖的1.5-2.0mL的微量离心管中：将7.0μl 3M NaOH加入到含有1.0 μg DNA的100μl水中（10ng/μl），混匀。
注意：如果样本含有的DNA量不到1.0μg，就向样本DNA中加入2 μl DNA 修饰试剂Ⅳ并加水至总体积100μl。
全基因组甲基化方法
全基因组甲基化方法甲基化是一种常见的DNA化学修饰方式，通过在DNA分子上添加甲基基团，从而影响基因的表达。
全基因组甲基化方法是研究这种DNA修饰的有效手段之一。
本文将介绍全基因组甲基化方法的原理、常用技术以及在研究中的应用。
一、原理全基因组甲基化方法的原理基于DNA甲基化的特点。
DNA分子由四种碱基组成，包括腺嘌呤（A）、鸟嘌呤（G）、胸腺嘧啶（T）和胞嘧啶（C）。
在DNA甲基化中，甲基基团主要添加在胞嘧啶碱基上，形成5-甲基胞嘧啶（5-mC）。
DNA甲基化可以影响DNA的结构和功能，进而调控基因的表达。
二、常用技术全基因组甲基化方法主要包括甲基化敏感限制性内切酶（MSRE）测序、甲基化特异性PCR（MSP）、甲基化敏感的高通量测序和甲基化芯片等。
这些技术都能够检测DNA甲基化的状态和水平，但具体的操作流程和原理有所不同。
1. 甲基化敏感限制性内切酶测序甲基化敏感限制性内切酶测序是通过将DNA样品分别用未经甲基化敏感限制性内切酶和经甲基化敏感限制性内切酶处理，然后进行测序，从而区分甲基化和非甲基化的区域。
这种方法可以提供全基因组的甲基化信息，并且可以检测甲基化的位点和水平。
2. 甲基化特异性PCR甲基化特异性PCR是一种常用的甲基化检测方法。
该方法通过设计甲基化特异性的引物，选择性地扩增甲基化或非甲基化的DNA片段。
通过PCR扩增后，可以通过凝胶电泳等方法检测甲基化的状态和水平。
3. 甲基化敏感的高通量测序甲基化敏感的高通量测序是一种能够高通量测定全基因组DNA甲基化状态的方法。
该方法通过将DNA样品经过甲基化敏感的限制性内切酶处理，然后进行测序。
通过测序数据的分析，可以得到全基因组的甲基化图谱。
4. 甲基化芯片甲基化芯片是一种高通量检测DNA甲基化状态的技术。
该方法将DNA样品与甲基化特异性的探针结合，然后通过芯片上的检测方法，可以定量和检测甲基化的位点和水平。
甲基化芯片具有高通量、高灵敏度和高度自动化的特点。
dna甲基化的方法 -回复
dna甲基化的方法-回复DNA甲基化是生物学中一种常见的反应，是指DNA碱基上的甲基（-CH3）基团的添加。
这个过程会在DNA分子的C5位上结合一个甲基，通常发生在胞嘧啶（C）的胞嘧啶环上。
DNA甲基化可以影响基因的表达和细胞的功能。
DNA甲基化方法是研究DNA甲基化的过程和机制的基础。
下面我将一步一步地介绍主要的DNA甲基化方法，并讨论其优缺点。
第一步：DNA提取要进行DNA甲基化研究，首先需要从细胞或组织中提取DNA。
DNA提取可以使用多种方法，如琼脂糖凝胶电泳法、酚氯仿法、商业提取试剂盒等。
这些方法通常可从细胞或组织中快速纯化DNA，并保留其甲基化状态。
第二步：甲基化特异性酶切为了研究DNA甲基化的位置和程度，可以使用甲基化特异性酶切方法。
这些酶可以识别DNA上的甲基化位点并切割DNA链。
常用的甲基化特异性酶切酶有MspI、HpaII、MspA等。
在这一步中，我们将DNA样本分成两个部分：一个经过甲基化特异性酶切（切割甲基化位点），另一个不经切割（保留甲基化位点）。
通过对这两个部分进行比较，我们可以了解DNA的甲基化状态。
第三步：甲基化特异性PCR甲基化特异性PCR（MSP）是一种常用于DNA甲基化研究的方法。
在这种PCR方法中，我们使用特异性引物来扩增DNA片段，这些片段含有甲基化位点。
通过特定的PCR条件和引物设计，我们可以选择性地扩增甲基化或非甲基化DNA片段。
通过分析PCR产物的大小和强度，我们可以确定DNA的甲基化状态。
第四步：甲基化测序甲基化测序是一种准确测量DNA甲基化的方法。
通过测序分析，我们可以获得DNA序列上每个碱基的甲基化状态。
这一步需要使用高通量测序技术，如甲基化特异性测序（Methyl-Seq）或受约束的甲基化分离（CATCH-Seq）等。
这些技术可以提供高分辨率的甲基化图谱，帮助我们了解甲基化在基因组中的分布和功能。
第五步：甲基化检测的其他方法除了上述常用的方法，还有其他一些技术用于检测DNA甲基化。
甲基化实验方法和步骤
实战经验：甲基化检测方法总结——（亚硫酸氢盐修饰后测序法）第一部分基因组DNA的提取这一步没有悬念，完全可以购买供细胞或组织使用的DNA提取试剂盒，如果实验室条件成熟，自己配试剂提取完全可以。
DNA 比较稳定，只要在操作中不要使用暴力，提出的基因组DNA应该是完整的。
此步重点在于DNA的纯度，即减少或避免RNA、蛋白的污染很重要。
因此在提取过程中需使用蛋白酶K及RNA酶以去除两者。
使用两者的细节：1：蛋白酶K可以使用灭菌双蒸水配制成20mg/ml；2：RNA酶必须要配制成不含DNA酶的RNA酶，即在购买市售RNA酶后进行再处理，配制成10mg/ml。
否则可能的后果是不仅没有RNA，连DNA也被消化了。
两者均于-20度保存。
验证提取DNA的纯度的方法有二：1：紫外分光光度计计算OD比值；2：1%-1.5%的琼脂糖凝胶电泳。
我倾向于第二种方法，这种方法完全可以明确所提基因组DNA 的纯度，并根据Marker的上样量估计其浓度，以用于下一步的修饰。
第一天只需下午半天即可下午3点开始，先配好试剂再开始做实验需提前消毒的物品：1.5mlEP管一大盒，双蒸水200ml，15ml离心管，开水浴锅，第二部分亚硫酸氢钠修饰基因组DNA如不特别指出，所用双蒸水均经高压蒸汽灭菌。
1：将约2ugDNA于1.5mlEP管中使用双蒸水稀释至45ul【20ulDNA+25ul双蒸水】；2：加5ul新鲜配制的3M NaOH【0.12g定容到1ml，用1.5mlEP管配制】；3： 42℃水浴30min；水浴完后把水浴锅调至50℃水浴期间配制： 4：20mM对苯二酚氢醌【0.022g氢醌定容至10ml，用15ml离心管配】，加30ul至上述水浴后混合液中；（溶液变成淡黄色）5： 3.6M亚硫酸氢钠（Sigma，S9000），配制方法：用15ml离心管配，1.88 g 亚硫酸氢钠使用3ml 双蒸水稀释，【一次性加350ul 3M NaOH，，然后谨慎每次加入10ul 3M NaOH仔细观察】并以3M NaOH滴定溶液至PH 5.0，最终体积为5ml。
DNA甲基化的总结
DNA甲基化的总结DNA甲基化是指DNA分子上甲基基团与DNA中的胸腺嘧啶（C）残基共价键结合的化学修饰过程。
在大多数生物体中，DNA甲基化是一种常见的遗传信息的修饰方式，并且在生物发育、细胞分化、基因表达调控等诸多生物学过程中起重要作用。
本文将从DNA甲基化的概念、机制、功能以及与疾病的关系等方面进行详细的总结。
首先，DNA甲基化是指通过甲基转移酶将甲基基团添加到DNA分子中的胸腺嘧啶残基上。
甲基化作用通常发生在DNA双链的5'位碱基C上。
在CpG二聚体（CpG dinucleotides）中的C上加甲基即形成了5-甲基胸腺嘧啶（5-methylcytosine，5mC）。
CpG二聚体在哺乳动物基因组中非常富集，因此DNA甲基化主要发生在CpG岛（CpG islands）区域。
CpG岛是指包含大量CpG二聚体的DNA序列，位于基因启动子区域附近。
CpG岛的甲基化程度与基因的转录活性密切相关。
DNA甲基化的机制主要涉及两个过程：甲基化和去甲基化。
甲基化是通过DNA甲基转移酶（DNA methyltransferase，DNMT）将甲基基团转移至DNA分子的胸腺嘧啶残基上，甲基转移的供体一般是S-腺苷甲硫氨酸（SAM）。
去甲基化是指去除5mC上的甲基基团，恢复C残基的过程。
在DNA去甲基化中，最为重要的酶是TET（Ten-eleven translocation）家族的蛋白。
DNA甲基化在生物体内起到多种功能。
首先，DNA甲基化在基因表达调控中起重要作用。
甲基化的高水平通常与基因沉默有关，而甲基化的低水平通常与基因激活相关。
例如，在胚胎发育早期，由于甲基化的抑制作用，大部分基因处于沉默状态。
而随着胚胎发育的进行，甲基化逐渐减少，导致基因的激活。
其次，DNA甲基化还参与细胞分化过程。
许多研究发现，细胞的分化状态与DNA的甲基化水平密切相关。
不同细胞类型中的基因组甲基化模式也有所不同。
此外，DNA甲基化还与遗传稳定性、X染色体失活、基因座识别等生物学过程密切相关。
DNA甲基化谱图分析的步骤与技巧
DNA甲基化谱图分析的步骤与技巧DNA甲基化是指DNA分子上的甲基基团（CH3）与DNA碱基之间的化学修饰。
甲基化是真核生物中一种重要的表观遗传修饰方式，对基因的表达和细胞分化具有关键的调控作用。
通过进行DNA甲基化谱图分析，我们可以深入了解DNA甲基化模式及其在疾病发展中的关联。
本文将介绍DNA甲基化谱图分析的步骤与一些技巧。
DNA甲基化谱图分析步骤如下：1. DNA提取：首先从样本（例如血液、组织）中提取DNA。
目前常用的DNA 提取方法有酚-氯仿法、盐法和商用DNA提取试剂盒等。
提取的DNA应具有足够的纯度和质量。
2. 甲基化酶处理：将提取的DNA与DNA甲基化酶一起反应，使DNA上的未甲基化位点与酶反应形成的底物结合。
DNA甲基化酶有多种选择，如DNMT3A、DNMT1和M.SssI等。
反应的时间和温度需要根据实验需求进行调整。
3. 甲基化位点富集：使用合适的方法富集DNA上的甲基化位点。
常用的方法包括甲基化特异性抗体富集、甲基化诱导剂富集和化学法富集等。
这些方法都可有效提高甲基化位点的富集效率。
4. DNA测序：将富集后的甲基化DNA样本进行测序，生成原始的测序数据。
目前，常用的测序技术有二代测序技术如Illumina HiSeq和三代测序技术如PacBio SMRT。
5. 数据分析：利用生物信息学工具和软件分析原始测序数据，得到甲基化谱图。
数据分析过程包括原始数据的质控、序列比对、甲基化位点识别和甲基化水平计算等。
常用的数据分析工具包括Bismark、MethylKit和MethylC-seq等。
DNA甲基化谱图分析的技巧如下：1. 样品选择与准备：选择与研究目标相关的样本，如疾病患者组织或动物实验模型。
确保样本的质量和纯度对于得到准确的结果至关重要。
2. 实验条件优化：基于实验目的和样本特点，优化DNA甲基化过程中的反应条件，如甲基化酶的浓度、反应时间和温度等。
这一步骤需要进行一系列实验和优化以确保实验结果的可靠性。
甲基化——精选推荐
DNA甲基化DNA甲基化：在甲基转移酶的催化下，DNA的CG两个核苷酸的胞嘧啶被选择性地添加甲基，形成5－甲基胞嘧啶，这常见于基因的5'-CG-3'序列。
大多数脊椎动物基因组DNA 都有少量的甲基化胞嘧啶，主要集中在基因5＇端的非编码区，并成簇存在。
甲基化位点可随DNA的复制而遗传，因为DNA复制后，甲基化酶可将新合成的未甲基化的位点进行甲基化。
DNA的甲基化可引起基因的失活。
细菌中的甲基化常发生在腺嘌呤的第6位氨基与胞嘧啶的5位碳原子上。
高等生物中的甲基化主要是多核苷酸链的CpG岛上胞嘧啶的5位碳原子，DNA甲基化主要形成5－甲基胞嘧啶（5-mC）和少量的N6-甲基嘌呤（N6-mA）及7－甲基鸟嘌呤（7-mG）。
DNA的不同甲基化状态(过甲基化与去甲基化)与基因的活性和功能有关。
随着胚胎学和肿瘤学基础研究的迅速发展，DNA甲基化作为基因表遗传学(epigenetics)的重要机制之一，受到越来越多的关注。
对于DNA甲基化的研究，目前有很多方法，大致可以分为两类:一类是从DNA甲基转移酶(DNMTs)的角度，另一类是从DNA甲基化水平的角度进行研究，后者又分为总体DNA甲基化水平和特异基因序列DNA甲基化水平的检测。
1DNA甲基转移酶分析目前己知的DNA甲基转移酶(DNA methyl-transferase，DNMT)有3个家族，分别为DNMT1、DNMT2、DNMT3。
其中DNMT1是哺乳动物DNMT的主要类型，主要负责保持型(maintenance)甲基化，倾向于半甲基化的底物，存在于几乎所有的体细胞中，在增殖细胞中呈高表达。
虽然DNMT2具有甲基转移活性所需的基序，但到目前为止尚未发现其在体内具有甲基转移活性。
DNMT3包括DNMT3a和DNMT3b,负责新发(de novo)甲基化，在胚胎干细胞(embryo stem cell，Es)和早期胚胎(存在活跃的新发甲基化现象)中高度表达。
DNA甲基化实验操作原理及方法
DNA 甲基化重亚硫酸氢盐修饰法（DNA METHYLATION BISULFITE MODIFICATION）实验操作原理及方法一、实验目的：通过本实验，可以检测特定DNA序列的甲基化状态。
二、实验原理：DNA 甲基化是指由S-腺苷甲硫氨酸（SAM）提供甲基基团，在DNA 甲基转移酶（DNA methyltransferases，DNMTs）的作用下，将CpG 二核苷酸的胞嘧啶（C）甲基化为5-甲基化胞嘧啶（5-m C）的一种化学反应。
DNA 甲基化是调节基因转录表达的一种重要的表观遗传的修饰方式。
DNA 甲基化主要在转录水平抑制基因的表达。
DNA 甲基化引起基因转录抑制的机制可能主要有以下3 种：（1）DNA甲基化直接干扰特异性转录因子与各基因启动子中识别位置的结合。
（2）序列特异性的甲基化DNA 结合蛋白与启动子区甲基化CpG 岛结合，募集一些蛋白，形成转录抑制复合物，阻止转录因子与启动子区靶序列的结合，从而影响基因的转录。
（3）DNA 甲基化通过改变染色质结构，抑制基因表达。
重亚硫酸氢盐修饰法检测DNA甲基化的基本原理是基于DNA变性后用重亚硫酸氢盐处理，可将未甲基化胞嘧啶修饰成尿嘧啶。
此反应的步骤是：1、在C-6位点磺化胞嘧啶残基；2、在C-4处水解去氨基来产生尿嘧啶磺酸盐；3、在碱性条件下去硫酸化。
在这个过程中，5-甲基胞嘧啶由于甲基化基团干扰了重亚硫酸氢盐进入到C-6位点而保持着未反应的状态。
在重亚硫酸氢盐处理后，使用针对每个修饰后DNA链的引物进行PCR反应。
在这个PCR产物中，每5-甲基胞嘧啶显示为胞嘧啶，而由未甲基化胞嘧啶转变成的尿嘧啶则在扩增过程中被胸腺嘧啶所取代。
BSP(bisulfate sequencing PCR) ：重亚硫酸盐使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不变，进行PCR扩增。
最后，对PCR产物进行测序，并且与未经处理的序列比较，判断是否CpG位点发生甲基化。
甲基化--经验
Ensembl data bank甲基化测序BSP法的那个黑白点状图（黑表示甲基化、白点表示非甲基化）是怎么做出来的呀上用BiQ ANALYZER软件，免费的可以下载，安装需要最新的java程序，关于后续的一些步骤，我看了一篇国内的硕士论文，如下：2.2.1.4.6连接反应产物的转化(l)每个连接反应准备1个含有氨节青霉素的LB平板，涂板前半小时将平板从冰箱中取出平衡至室温。
(2)离心使连接反应内容物汇集到管底，吸取10ul连接反应产物加到置于冰上的1.5ml离心管中.(3)将冻存的JM109高效率感受态细胞从一70℃冰箱中取出，放置在冰浴直至融化(大概5分钟)，轻轻振动离心管使之混匀。
(4)向步骤2准备的每个转化管中加入50ul感受态细胞。
(5)轻轻振动小管混匀，冰浴30分钟。
(6)在精确的42℃水浴中热击45一50秒(不要振动)。
(7)迅速将管子移到冰浴中，使细胞冷却2分钟。
(8)每管连接反应转化细胞中加入平衡至室温的200ulLB培养基，(9)在37℃振荡培养(150rpm)1小时。
(10)将每个转化培养基200ul涂到LB/氨苄/IPTG/X-Gal平板上。
(11)将平板于37℃恒温箱中过夜培养(16一24小时)。
2.2.L4.7阳性克隆筛选从培养箱中取出平板，置于4℃冰箱使蓝色充分显现。
挑取白斑菌落到5mLB培基，37℃摇床上培养过夜。
吸取lml菌液送测序，引物为通用引物M13。
进入丁香园，是从做MSP开始的。
从对DNA甲基化的一无所知到MSP实验成功，经历了很多艰难，同时也收获得了不少经验。
从丁香园的帖子可以看出，近几年来，国内对DNA 甲基化的研究在逐年增加，战友们在实验中遇到的困难也不少。
在这里谈一下对MSP,及BSP的一点体会，希望能对新手们有所帮助，也请老手们批评补充。
亚硫酸氢盐转化和PCR扩增是MSP,BSP的两个基本步骤。
亚硫酸氢盐转化，估计现在做手工修饰的也不多了，试剂盒能够很方便的帮我们解决问题。
高中生物甲基化知识点
高中生物甲基化知识点
甲基化是一种重要的表观遗传修饰方式，主要涉及DNA甲基化和蛋白质甲基化。
在DNA甲基化方面，甲基化的主要形式是5'-甲基胞嘧啶（5mC）。
这种修饰在哺乳动物中大多发生在CpG二核苷酸中，CpG常常在基因5′-端的调控区成簇串联排列，构成CpG岛。
DNA甲基化与基因沉默有关，并在X 染色体失活、基因组印记等事件中起重要作用。
甲基化的DNA可以与甲基化CpG结合蛋白结合，这些蛋白质能够将抑制因子募集到发生甲基化的启动子区域，从而引起基因转录的沉默。
在蛋白质甲基化方面，甲基化的主要形式是赖氨酸和精氨酸的甲基化。
蛋白质的甲基化可以影响其功能，例如改变蛋白质的定位、与其它蛋白质的相互作用或者酶的活性等。
此外，非编码RNA的调控也是表观遗传的重要方面。
非编码RNA可以通过调控基因的表达来影响生物体的表型。
总的来说，表观遗传的机制主要包括DNA共价修饰、蛋白质共价修饰、染色质重塑以及非编码RNA调控四个方面。
这些修饰和调控方式共同影响了基因的表达，并在许多生物学过程中发挥了重要作用。
甲基化
检测方法
(1)甲基化特异性的PCR（Methylation-specific PCR，MSP）
(3)高分辨率熔解曲线法（High Resolution Melting，HRM）
在非CpG岛位置设计一对针对亚硫酸氢盐修饰后的DNA双链的引物，这对引物中间的片段包含感兴趣的CpG岛。 若这些CpG岛发生了甲基化，用亚硫酸氢盐处理后，未甲基化的胞嘧啶经PCR扩增后转变成胸腺嘧啶，而甲基化的 胞嘧啶不变，样品中的GC含量发生改变，从而导致熔解温度的变化。
用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，则未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变。随后设 计BSP引物进行PCR，在扩增过程中尿嘧啶全部转化为胸腺嘧啶，最后对PCR产物进行测序就可以判断CpG位点是否 发生甲基化称为BSP-直接测序方法。将PCR产物克隆至载体后进行测序，可以提高测序成功率，这种方法称为 BSP-克隆测序法。
用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，所有未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变；随后 设计针对甲基化和非甲基化序列的引物进行PCR。通过电泳检测MSP扩增产物，如果用针对处理后甲基化DNA链的 引物能得到扩增片段，则说明该位点存在甲基化；反之，说明被检测的位点不存在甲基化。
(2)亚硫酸氢盐测序法（Bisulfite sequencing PCR，BSP）
甲基化
甲基催化转移
01 释义
03 功能
目录
02 类型 04 检测方法
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Ensembl data bank甲基化测序BSP法的那个黑白点状图（黑表示甲基化、白点表示非甲基化）是怎么做出来的呀上用BiQ ANALYZER软件，免费的可以下载，安装需要最新的java程序，关于后续的一些步骤，我看了一篇国内的硕士论文，如下：2.2.1.4.6连接反应产物的转化(l)每个连接反应准备1个含有氨节青霉素的LB平板，涂板前半小时将平板从冰箱中取出平衡至室温。
(2)离心使连接反应内容物汇集到管底，吸取10ul连接反应产物加到置于冰上的1.5ml离心管中.(3)将冻存的JM109高效率感受态细胞从一70℃冰箱中取出，放置在冰浴直至融化(大概5分钟)，轻轻振动离心管使之混匀。
(4)向步骤2准备的每个转化管中加入50ul感受态细胞。
(5)轻轻振动小管混匀，冰浴30分钟。
(6)在精确的42℃水浴中热击45一50秒(不要振动)。
(7)迅速将管子移到冰浴中，使细胞冷却2分钟。
(8)每管连接反应转化细胞中加入平衡至室温的200ulLB培养基，(9)在37℃振荡培养(150rpm)1小时。
(10)将每个转化培养基200ul涂到LB/氨苄/IPTG/X-Gal平板上。
(11)将平板于37℃恒温箱中过夜培养(16一24小时)。
2.2.L4.7阳性克隆筛选从培养箱中取出平板，置于4℃冰箱使蓝色充分显现。
挑取白斑菌落到5mLB培基，37℃摇床上培养过夜。
吸取lml菌液送测序，引物为通用引物M13。
进入丁香园，是从做MSP开始的。
从对DNA甲基化的一无所知到MSP实验成功，经历了很多艰难，同时也收获得了不少经验。
从丁香园的帖子可以看出，近几年来，国内对DNA 甲基化的研究在逐年增加，战友们在实验中遇到的困难也不少。
在这里谈一下对MSP,及BSP的一点体会，希望能对新手们有所帮助，也请老手们批评补充。
亚硫酸氢盐转化和PCR扩增是MSP,BSP的两个基本步骤。
亚硫酸氢盐转化，估计现在做手工修饰的也不多了，试剂盒能够很方便的帮我们解决问题。
但PCR中的引物设计，现在可能还是个难题。
看到很多帖子里提到的引物都是来源于文献的，但事实上在很多情况下，我们是没法找到现存引物的，因此掌握BSP,MSP引物的设计就显得非常必要了。
BSP，MSP引物设计的一个最大问题在于亚硫酸氢盐的转化使得模板的序列复杂性大大降低，而且经常产生T或G或者富含GC片段交替出现的序列。
这个会使引物选择变得困难。
因此，往往我们需要设计巢式引物来解决这个问题。
BSP,MSP引物的设计，除了要遵循引物设计的基本原则外，还要注意一下一些规则：（1）引物结合位点应该在原始序列中包含4个以上胞嘧啶来确保转化后的DNA的特异性。
（2）BSP引物不应包含CG二核苷酸，长度在25－30bp较为合适；MSP引物因为往往具有较高的GC比，长度应适当缩短。
（3）扩增片段一般认为不要超过650bp，以保证PCR的效率。
（4）对于MSP引物，应该包含3－5个潜在可甲基化位点，且引物的3端应该是一个潜在的可甲基化胞嘧啶，以得到最大化的特异性。
（5）MSP中，U引物与M引物应该具有接近的TM值。
一些网站提供了BSP,MSP引物的免费设计服务，本人也尝试在网上设计过，感觉里面算法过于简单，无法得到满意的引物。
在实验中，本人采用了premier5设计的引物。
具体做法如下：（1）获取感兴趣的启动子序列，将序列中非CG二核苷酸的C全部转化为T（word可实现此功能）；（2）序列载入premier5，按上述原则筛选引物。
（3）MSP引物中的一条往往是由需要确定，因此我们可以直接利用premier5筛选其互补引物。
MSP引物要求的苛刻性常常使得引物的设计变得不可能，在满足规则（4）的情况下，可设计外侧BSP引物，利用BSP产物进行MSP.BSP,MSP引物设计的另一个困难在于无法进行全基因组的blast，这也让巢式扩增显得更加必要。
做了点甲基化研究，从头下来，也有一点点体会。
也看了院子里不少牛人的新的体会。
本人将每一个步骤的具体操作、每个操作的具体注意事项和心得进行初步总结，慢慢叙来，抛砖引玉，欢迎拍砖。
做到现在，有成功的喜悦，也有失败痛苦，且行且歌，总得来说，BSP/MSP，想说爱你不容易。
如有时间，想谈谈：BSP/MSP引物设计；基因组海量甲基化数据分析；MSP设计及操作；当前MSP的研究进展，等等吧……1. 确定目的基因后，登陆一下网址：/2. 选网页左边的：Genome Browser后，进入基因检索界面3. 在Assembly下拉菜单选择：Mar.20064. 在position or search term 输入基因名称，如APC后，submit5. 在RefSeq 里面选择你的基因，如这里较多亚型时，最好参照您的NM_000000进行选择；如没有，调最长的isoform，点击之6. 此时进入附图画面，在左边你可以看到标记蓝底的APC基因，点击之，进入下一界面7. 在links to the sequence里面，选择Genomic sequence8. 点击进入后，可在Promoter/Upstream by里面根据需要填个数值，比如5009. submit 后进入基因系列10. 大些字母处即为转录起始处，transcription start site，TSS11. 从头开始，选定基因序列至完全涵盖TSS，可以长点，复制12. 打开/methprimer/index1.html13. 在复制框里面黏贴14. 选择你要的引物类型，如Bisulfite Sequencing，点击submit15. 可看到参考引物，按你感兴趣的位点选择引物即可。
引物的具体信息下面会有详细介绍。
待续。
BSP 主要目的是，通过测定亚硫酸盐修饰后的DNA序列，了解特定基因的具体CpG位点的甲基化情况。
而MSP只能获得该样本是否发生甲基化的信息，BSP则可以详细了解每一个CpG位点的甲基化情况。
1，首先，按前帖设计引物后，确定BSP反应条件。
我们实验室一般都做45个cycle.提个有意思的题外话，通常BSP的退货温度，会比相应的MSP的退货温度低。
2，BSPCR后，取10ul跑PCR，如条带单一，则直接克隆，具体操作按照Invitrogen的TOPO试剂盒进行；如条带有杂带，需要进行PCR Screen，具体操作及原理以后再讲；3，克隆后在LB胶上，培养过夜后，后通常取8-12个克隆，LB培养过夜；4，过夜后LB液浑浊；按照5-Primer的Mini Plasmid DNA提取试剂盒操作说明，提取质粒DNA；5，半量反应后，送Genomic Core测序；6，测序结果报告用FinchTV软件阅读(可用GOOGLE搜索后在线注册下载安装)，寻找出目的片段后，建立每一个克隆序列的TEXT文章（后续的BiQ Analyzer用这个文件导入）。
7，将上述文件导入BiQ Analyzer后，按研究需要质控，最后生成BSP直观图，如附图。
BSP、MSP的引物设计的质量是扩增成败的关键性因素，其引物设计与普通的PCR引物设计不同，初涉及者最好用文献引物进行研究。
如果是为了筛选新的甲基化的抑癌基因而文献中无法找到的相应引物，可用在线或免费软件设计引物，但此类生物信息学所涉及软件之多，往往不知所措，现将本人常用软件地址罗列如下，望与各位战友分享：基因的基本信息学分析：DBTSS http://dbtss.hgc.jp/CpG 岛的寻找：CpG Island Searcher /甲基化引物设计：PerlPrimer Methyl Primer Express® Software v1.0https:///ab/en/US/adirect/ab?cmd=catNavigate2&catID=602121& tab=OverviewMethPrimer /methprimer/index1.htmlBiSearch http://bisearch.enzim.hu/BSP、MSP引物比对：methBLAST http://medgen.ugent.be/methBLAST/因为引物是文献上已知的引物，起初坚信自己一定能做出来。
但做了一段时间BSP及MSP 后，P出来的结果只有smear，信心大受打击，现在原先的P基础上做了一些改进，做了“巢式PCR”，用第一轮梯度BSP中smear比较“特异”的产物作为模板，再用已知MSP的甲基化及非甲基化引物扩增，结果可见“很亮”的条带。
又在此基础上减少了原反应体系中引物及酶的量，并减少了循环次数，P出来的结果更加“漂亮”。
所以建议在P的不理想的情况下，大家不妨直接用BSP产物进行MSP，或设计出更大或更小的BSP的引物，进行巢式PCR。
希望大家通过努力，能有惊喜发现。
第二类：CpG岛序列分析软件。
此类软件根据一定的规则对基因组DNA序列的CpG 岛进行预测。
CpG岛的准确预测是进行MSP和BS引物设计的基础。
不过，在第一类软件中往往也包括了CpG岛的分析与预测功能。
软件：CpGPlot/CpGReport/Isochore主页：/emboss/cpgplot/简介：由欧洲EBI网站提供的基因组DNA序列CpG岛分析软件，单凭EBI的名气，想必大家对其功能平添几分信任度吧？文献：暂缺推荐：★★★★★软件：CpGProD主页：http://pbil.univ-lyon1.fr/software/cpgprod_query.html简介：CpGProD也是一款专门针对哺乳动物基因组DNA序列CpG岛进行分析的在线软件，其特点和功能类似于上述介绍的EBI网站的相关软件。
文献：暂缺推荐：★★★★☆软件：CpG Island Searcher主页：/；/简介：基因组DNA序列CpG岛进行分析的在线软件，其特点和功能类似于上述介绍的EBI网站的相关软件。
文献：Takai D, Jones PA. The CpG island searcher: a new WWW resource. In Silico Biol. 2003;3(3):235-40 (PMID: 12954087)推荐：★★★★☆软件：CpG Prediction ：http://www.ualberta.ca/~stothard/jaascript/cpg_islands.html软件：CPG island 2：http://inn.weizmann.ac.il/EMBOSS/，工具很多，cpg岛工具cpgplot肯定有，自己慢慢找Bisulfitesequencing technology was performed by Pyromark Q24machine to profile the methylation levels on the FCGR2Apromotor region within our targeted 500 bps range (1q23.3;chr1:161,474,603-161,475,102). In our target region, elevenCpG methylation loci were predicted by Pyromark Q24software (Qiagen Inc., Valencia, CA, USA) and we markedthe sites according to the order of English alphabet.。