关于石墨烯吸附模型建立

实例1

用Dmol计算Fe吸附石墨烯优化时自旋问题

用Dmol计算Fe吸附石墨烯优化时自旋选单重singlet，二重Doublet，三重triplet，····？铁吸附和自旋有关系吧，不知道单重，二重，三重···有没有影响？

要是非得用dmol来算的话，最好是把不同的自旋态都考虑下，然后比较下能量，如果不指定初始自旋，dmol一般不会给出基态的自旋结构

其实不用都算的，先选自动（auto）,然后再稍选算出结果中的自旋左右两三个就可以啦！比如，算出的结果中中自旋为7的话，那就再稍微调整下自旋，算下自旋为6和8的！！据我所知，一般是选自动，可以达到基态结构的！

实例2

怎样考虑气体分子在纳米管或石墨烯上的物理吸附？

在计算气体分子在一维或二维纳米材料上吸附时，既要考虑物理吸附又要考虑化学吸附，化学吸附的稳定构型通过几何优化容易得到，但是物理吸附的最低能量结构怎么得到？

我重复了一篇文献中的物理吸附，直接拿文献中提到的稳定构型几何优化，结果是纳米管出现了严重的形变，我查找了另一些文献，文中有提到做物理吸附势能面，用DMol这个势能面又要怎么做？

考虑物理吸附的势能面, 可以从很远处(大于10angstrom)将分子逐步移动靠近碳管, 然后在每个距离点上做fix point optimization, 这样得到能量与距离的曲线.

比如, 如果计算CO2

D = 10.0 A , 固定CO2的COM和碳管表面某C原子的距离, 然后geometry optimization, 得到E1;

D= 9.5 A, 固定CO2的COM和碳管表面某C原子的距离, 然后geometry optimization, 得到E2;

D= 9.0 A, 固定CO2的COM和碳管表面某C原子的距离, 然后geometry optimization, 得到E3;

.... 以此类推....

修改VDW参数, 可以相同距离下, 不同VDW气体的吸附强弱. 但是不要忘记, DFT对于dispersion的描述, 是天生的一个'缺陷'. 似乎现在还没有完美解答....

所以修改VDW参数得到的比较, 只是一个参考值.

实例3

求问石墨烯在计算吸附的时候是否需要固定原子

求问石墨烯在计算吸附的时候是否需要固定原子。它实际上就是一层原子，是否有需要固定呢？

最好不要固定吧，因为石墨烯是一个柔性的结构，对表面吸附物会比较敏感。lz可以做个对比，固定和不固定都做一下，两者结果的不同点也可以对lz的研究有所启发。

对于范德华力型的吸附，固定不固定得到的结果基本完全一样。虽然计算过程中石墨烯会发生凹陷，但是计算后期又会弹回去……所以用固定的方法计算可以省时很不少~

至于强相互作用的吸附，还是放原子自由吧，不定最后是啥结构呢……

强相互作用的吸附，应当是指能够发生化学反应的吸附吧？石墨烯吸附有机物的话应该是属于范德华力的吸附。

看来这个还得两个计算对比一下才能得出结论。

实例4

氧化石墨就是把石墨氧化后得到的产物，氧化石墨烯就是把氧化石墨超声剥离得到少于10层的样氧化石墨，还原氧化石墨烯就是把氧化石墨烯还原了，石墨烯就是单层碳原子层，还原氧化石墨烯与石墨烯的区别主要在与还原氧化石墨烯可能还原不完全，还有一部分氧化官能团

实例5 如何使用MS建立Al和石墨或石墨烯的界面？请高手指点

如何使用MS建立Al和石墨或石墨烯的界面？有篇文章，俺没明白怎么在MS中实现，请高手指点。

是要使用build layer。关键是如何在MS中建立石墨和Al的晶向。

通常情况下建立f.c.c的（1 1 1）面，我们使用晶向[1 -1 0] [1 1 -2]和[1 1 1]作为x y z三个轴向。而石墨使用的是（0 0 0 1）最密排面，转换为三指数的，即MS里的（0 0 1）面。建立layer时我们要先建立两个层，然后拼起来，使得错配度最低。如何建立Al和石墨的晶向达到这种匹配？

实例6

求助有关石墨烯的相关问题

文献中常见的有关石墨烯的三个概念：graphene, graphene oxide, reduced graphene oxide, 各位大侠们又是如何理解的呢？

graphene 是单纯的六方晶格体系的碳原子，拓扑结构完整，性能稳定，分单层或多层。graphene oxide是经氧化后的，碳原子表面带有羟基，羧基，环氧基等含氧基团，缺陷较多，由于分子间范德华力较强，一般有多层。

reduced graphene oxide 是经还原后的氧化石墨烯，含氧基团去掉，碳平面缺陷较多层间距加大，碳平面呈现褶皱，水溶性很差，但导电导热性较好。

实例7