人类全基因组甲基化测序

技术路线
基因组DNA制备、质检 文库构建、上机测序 数据过滤、质控 参考基因组比对 甲基化位点检测
甲基化水平分析 甲基化密度分析 甲基化组间比较分析
聚类分析
DMR分析
DMR相关基因功能注释 DMR相关基因富集分析
技术参数
样本要求 样品类型：基因组 DNA 样品总量：≥ 6 μg 样品浓度：≥wenku.baidu.com100 ng/ul
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建库测序 测序策略：Illumina HiSeq 平台；PE125 测序深度：≥ 30X 数据量：90 Gb data 项目周期 90 天（样本数小于 50 个）
案例解析
案例一 北京大学和诺禾致源联合构建人脑全基因组DNA甲基化图谱
DNA甲基化是最早发现的修饰方式之一，能引起染色质结构、DNA构象与稳定性、DNA与蛋白质相互作用方式的 改变，从而影响基因表达。北京大学和诺禾致源合作构建了人类脑组织单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化图谱，揭 示了5-甲基胞嘧啶及其去甲基化过程的中间产物在调控可变剪切和基因表达中的作用。
图1 人脑基因外显子-内含子边界区域甲基化修饰水平
参考文献
Wen L, Li X, Yan L, et al. Whole-genome analysis of 5-hydroxymethylcytosine and 5-methylcytosine at base resolution in the human brain [J]. Genome biology, 2014, 15(3): R49.
全基因组 DNA 甲基化测序
全基因组 Bisulfite 测序（Whole Genome Bisulfite Sequencing，WGBS）是将重亚硫酸盐处理方法和 Illumina HiSeq 高通量测序平台相结合，进行全基因组范围内的精确甲基化研究。WGBS 可以达到单碱基分 辨率，精确分析每一个胞嘧啶的甲基化状态，从而构建精细的全基因组 DNA 甲基化图谱。