计算流程

LINUX REDHAT 6.0 SYSTEM

ID: LYQ

Code: 123456

Root Code: ROOM-D413

理论计算的步骤：

1.在个人计算机上使用Gaussian Viewer画出需要计算的分子结构式。

2.在工具栏中，Calculate/Gaussian Calculation Setup

3.在Job Type选项下，选择Opt+Freq

4.在Method选项下，选择Method: Ground State, DFT, Default Spin, B3LYP

Basis Set: 6-31G, d

5.在Title选项下，输入此次计算的文件名，以”.gjf”为结尾

6.在Link 0 选项下, Options分栏下

选择Memory Limit: Specify, 3, GB

Chkpoint File: Specify, 文件名.chk, 勾去Full Path

Shared Processor: Specify, 4

7.其他选项勿修改，点击下方Edit

8.选择Save，选择文件夹保存文件，文件格式为：XXXX.gjf

注意：文件保存路径必须都为英文

9.将保存文件转移至dos2unix.exe所在文件夹下，点击“启动cmd.bat”

10.在弹出的dos窗口下输入：dos2unix.exe XXXX.gjf，然后按Enter

注意：exe与文件名间有一个空格，后面的文件为保存的文件，结尾为.gjf。

11.打开LINUX系统的计算机，登录密码：123456，将转化好的文件拷贝到LINUX

系统的计算机上，

注意：个人建立各自文件夹，保存相应数据，以防混淆。

12.在文件夹空白处，

鼠标右键—在终端中打开—输入“nohup g09XXXX.gjf”—“Enter”13.在桌面，鼠标右键—在终端中打开—输入“top”—“Enter”

观察CPU利用率检测计算结果是否结束

注意：如需中止计算，鼠标右键—在终端中打开—输入“top”—输入“q”

—输入“kill xxxx”。xxxx为该次计算的系统编号，可在temp文件

夹下查询编号

14.计算结束后，在文件夹下打开XXXX.log文件，在改文件最后查看是否有如下

字样：“Normal termination of Gaussian 09”，表明计算正常结束。

在文件夹空白处，鼠标右键—在终端中打开—输入“formchk XXXX.chk”—“Enter”，生成XXXX.fchk文件。

15.将所有文件拷贝到个人电脑上，用Gaussian Viewer打开XXXX.log文件

工具栏—Results—Summary，查看Imaginary Freq是否为0

16.用Gaussian Viewer打开XXXX.fchk文件

点击工具栏当中查看理论计算的HOMO, LUMO能级值，所得数值×27.21为电子能级，单位eV。

17.选择工具栏—Results—Surfaces/Contours，

点击Cube Actions—New Cube

选择HOMO, LUMO

18.计算完成后，选择能级，点击Surface Actions—New Surface，查看电子云分布。