pocp计算流程

POCP值的计算

1，安装blast-2.2.21-ia32-win32；Perl安装程序这两个程序，推荐直接装在D盘或F盘，把Eblastp这个文件放在bin文件夹中。

2，序获得自己菌的氨基酸序列（在4_FunctionElement\1_Gene这个文件夹），从NCBI(Assembly)中找到并下载参比菌的氨基酸序列（faa,fas格式均可）。

3，鼠标左键点击开始，在搜索框中输入：cmd，进入dos页面（win8或win10可通过Windows+R直接进入）

4，进入blast程序位置，以F盘为例，找到软件所在的bin文件夹：

5，将两个氨基酸文件分别建库：以Q1，YM01为例：

6，以Q1为待比对序列，YM01为库，进行blastp比对，得出C1值；

7，以YM01为待比对序列，Q1为库，进行blastp比对，得出C2值：

8，利用Perl语言代码，将比对的结果进行筛选输出：(两个结果都要筛选输出)

9，从work文件夹中找到jieguoQ-Y.blast.m8和jieguoY-Q.blast.m8两个文件，打开全选，拷贝到excel表格中，利用if算法再次筛选，得出最后的C1和C2值。10，利用bioedit打开氨基酸序列得出TI和T2值。

11，计算: POCP = （C1+C2）/ （T1+T2）

部分代码如下：F:\blast\bin>formatdb.exe –i..\workQ1.faa（建库）

F:\blast\bin>formatdb.exe -i..\work YM01.fas

F:\blast\bin>blastall.exe -i ..\work\Q1.faa -d ..\work\YM01.fas -o ..\work\jieguo1.blast -p blastp -e 1e-5 -v 1 -b 1（比对）

F:\blast\bin>blastall.exe -i ..\work\YMO1.fas -d ..\work\Q1.faa -o ..\work\jieguo2.blast -p blastp -e 1e-5 -v 1 -b 1

F:\blast\bin>perl Eblastp.pl –i..\work\jieguo1.blast -o ..\work\jieguo1.blast.m8 -a 40（筛选）

F:\blast\bin>perl Eblastp.pl -i ..\work\jieguo2.blast -o ..\work\jieguo2.blast.m8 -a 40