lammps安装

我的Lammps-serial 安装过程

1.到这里下载lammps，下载之后，你会得到一个*.tar.gz的压缩文件包，在linux的终端，用以下的命令解压。

gunzip lammps*.tar.gztar xvf lammps*.tar之后，你会得到一个名为lammps-*的文件夹（注意，这里的*是通配符）。

最新版本的lammps 是用C++写的，编译之前，你的linux系统中需要有一个编译器。

抱歉地说，我忘记ubuntu 是否自带这个编译器了，如果没有的话，用sudo apt-get install build-essential这个命令安装，这需要你的系统管理员帐户和密码。

2. 下面说ubuntu下编译单机版的lammps的过程（并行的编译我还没去学习，如果需要，建议你查阅这个帖子----By hooge.lu）。

首先到~lammps/src/STUBS目录下，输入make，回车。

3. 然后返回到~lammps/src/目录下，再进入~lammps/src/MAKE/ 目录下，把makefile.serial 文件里面的c++4改成c++,因为我的UBUNTU系统里面没有c++4。

进入命令为vi makefile.serial。

改好后推出vi.4. 然后返回到~lammps/src/目录下，输入make serial，回车。

好了，现在你会看到屏幕上的字幕流，表示lammps正在被编译。

喝口茶，等会儿，剩下的事情ubuntu会帮你搞定。

如果成功编译，在~lammps/src/目录下，会生成了一个名为lmp_serial的可执行文件，计算，就是靠它了。

5. 计算方法是：将lmp.serial 拷贝到examples下面的一个具体计算例子下面，运行一下命./lmp_serial<in.melt令：。

lammps安装教程

lammps安装教程LAMMPS（大型原子/分子并行模拟器）是一个用于原子、分子和离子间相互作用的经典和量子力学模拟软件程序。

LAMMPS在高性能计算机上进行分子动力学模拟，适用于各种不同的应用领域，包括材料科学、化学工程、固体力学、生物物理学等。

以下是LAMMPS的安装教程：1. 下载LAMMPS源代码（https:///download.html）。

选择与您的操作系统和计算机架构相匹配的版本。

将源代码解压缩到您选择的目录中。

2. 安装必要的编译器和软件依赖项。

这些依赖项可能因操作系统而异，最常见的依赖项包括C/C++编译器（如GCC或Clang）、MPI库（如OpenMPI）、Make工具等。

请查看LAMMPS的官方文档（https:///doc/Build.html）以获取详细的依赖项和安装指南。

3. 打开终端或命令提示符，并导航到LAMMPS源代码的目录。

4. 运行Makefile编译脚本。

在命令行中输入以下命令：```make yes-standardmake mpi```这将使用默认设置编译LAMMPS。

如果您需要使用特定的设置或插件模块，请参阅LAMMPS文档中的相应章节，并相应修改Makefile文件。

5. 编译过程完成后，您将在LAMMPS源代码目录中找到可执行文件"LAMMPS"。

您可以将其复制到您希望安装LAMMPS 的位置，或者将其添加到您的系统路径中，以便可以从任何位置使用LAMMPS。

6. 您可以通过在终端或命令提示符中运行以下命令来验证LAMMPS的安装：```lammps```如果一切顺利，您将看到LAMMPS的交互式Shell界面。

这样，您就成功地安装了LAMMPS。

现在您可以根据LAMMPS的文档和教程开始使用它进行分子动力学模拟。

【solomon原创】Cygwin 下安装lammps 记录

Cygwin 下安装lammps 记录前言1. 什么是cygwinCygwin是一个在window下虚拟linux环境的系统，对了，不是虚拟，应该是在windows下编译linux环境。

2. 什么是lammps一款经典分子动力学软件，网址：一、下载安装cygwin1. 到cygwin官网下载setup程序，. 有32位和64位两个版本。

2. 运行setup-x86_64.exe, 选择安装目的目录和安装文件下载目录。

3. 选择中国镜像，推荐163的。

4. 注意将gcc、fortran、make、diffutils等编译所需要系统安装。

5. 经过漫长的下载和安装后，机器上有了一个cygwin64的图标，运行后出现一个linux窗口二、安装fftw(以3.2.2为例,安装目的为/home/FFTW322)1. 下载源程序fftw-3.2.2.tar.gz2. tar xzfv fftw-3.2.2.tar.gz3. cd fftw-3.2.24. ./configure --prefix=/home/FFTW322 –enable-shared5. make6. make installFftw3.2.2 有误，安装fftw2. ./configure --prefix=/home/FFTW322 –build=x86_64 –enable-shared三、安装mpich(以mpich2-1.3p1为例，安装目的为/home/MPICH2)1. 下载源程序mpich2-1.3.2p1.tar.gz2. tar zxfv mpich2-1.3.2p1.tar.gz3. cd mpich2-1.3.2p14. ./configure --prefix=/home/MPICH25. make6. make install四、安装voro++(如果需要)1. 下载源程序/voro++/download/2. tar zxfv voro++-0.4.6.tar.gz3. cd voro++0.4.64. vi config.mkPREFIX=/usr/local 改为PREFIX=/home/voro++5. make6. make install五、安装JPEG(如果需要)1. 下载源程序2. tar zxfv jpegsrc.v8c.tar.gz3. cd jpeg-8c4. ./configure –prefix=/home/JPEG5. make6. make install六、安装lammps(meam-voro++-)1. 下载源程序/download.html2. tar zxfv lammps_stable.tar.gz3. cd lammps-1Feb144. 编译其它库Cd lib/meammake -f Makefile.gfortrancd colvarsmake -f Makefile.g++cd poemsmake -f Makefile.g++cd reaxmake -f Makefile.gfortrancd src/VORONOIvi mmps5. 修改lammps安装文件Cd src/MAKEVi Makefile.cygwin。

1.LAMMPS 安装教程

一、LAMMPS安装教程
1.下载LAMMPS安装程序
输入网址/windows.html，这里有最新版本的LAMMPS安装程序。

2.下载安装完成后，根据LAMMPS软件安装过程中选择的安装路径，找到以下安装文件：
如，C:>Program Files>LAMMPS 64-bit 20170127>bin
复制bin文件夹中的所有应用程序文件（见下图），粘贴至另外一个新建文件夹中，作为后续分子动力学模拟文件的保存文件夹。

3.例如可将该新建文件夹放置在F盘，文件名命名为LP。

将准备好的in文件，data文件，势能函数文件等模拟中需要的文件放入该文件夹中。

至此，LAMMPS软件的模拟准备工作已完成。

MMPS程序运行需采用Windows系统的管理员命令提示符，手动输入程序启动命令。

Windows系统的管理员命令提示符面板打开方法：进入Windows窗口，打开Windows系统，找到管理员命令提示符，点击打开面板：
5.进入F盘中的LP文件。

进入F盘，输入：f:
进入LP文件，输入：cd LP
进入LP文件夹后，有两种运行in文件的方法，对于串行方式（单核运行），输入命令（in文件名X.in）：
并行（多核并行），输入命令：
其中“#”为并行处理器的数量。

6.运行开始。

lammps 静水压 -回复

lammps 静水压-回复你在问"LAMMPS静水压"。

下面我会逐步回答你的问题，希望能帮到你。

LAMMPS（大规模多体模拟并行处理器环境）是一种用于分子动力学模拟的开源软件包。

这个软件包使用分子动力学模拟来研究各种物理和化学现象，并且提供了一种灵活且可扩展的方式来模拟复杂系统。

在LAMMPS中，静水压是一个非常常见的问题，因为它对于模拟固体或液体中的压力环境非常重要。

下面我们将一步一步讨论LAMMPS中的静水压问题。

第一步：安装LAMMPS在开始使用LAMMPS之前，你需要先在你的计算机上安装LAMMPS软件。

你可以从LAMMPS的官方网站上下载最新版本的软件，并按照网站上的指南进行安装。

这个过程可能会有些技术性，但请确保遵循指南上的说明来正确安装软件。

第二步：定义模拟系统在LAMMPS中，你需要定义你的模拟系统。

这包括确定粒子类型、粒子参数、仿真空间的大小以及模拟时间等等。

对于静水压模拟，你需要定义水分子的参数，如质量、电荷和力场参数。

你还需要确定仿真单元的大小和形状，通常为正交晶胞。

第三步：构建模拟系统在LAMMPS中，你可以使用模板或自定义脚本来构建你的模拟系统。

你需要定义水分子的初始位置和速度，设置温度和压力条件，并选择合适的相互作用势函数。

对于静水压模拟，你可以使用经典的势函数，如SPC/E或TIP3P模型，它们经过广泛验证可用于模拟水分子。

第四步：运行模拟一旦你完成了模拟系统的构建，你就可以运行仿真了。

在LAMMPS中，你可以通过运行命令脚本或使用交互式命令来开始模拟。

你还需要设置模拟的时间步长、总模拟时间和输出间隔等参数。

对于静水压模拟，特别关注温度和压力的控制。

你可以使用NVT或NPT等模拟集合来控制温度和压力，分别保持粒子数、体积和温度或压力不变。

第五步：计算压力在模拟结束后，你可以使用LAMMPS提供的工具和命令来计算系统的压力。

LAMMPS中有一些计算命令，如compute pressure和compute stress/atom，可以用于计算系统的压力以及相应的应力张量。

lammps20版使用手册

lammps20版使用手册LAMMPS 20 版使用手册LAMMPS 是一个经典的分子动力学模拟软件，用于研究原子和分子的行为。

本文将为您提供 LAMMPS 20 版的使用手册，详细介绍软件的安装、基本命令、输入文件格式和常见功能。

一、安装LAMMPS 20 版可从官方网站下载并安装。

在安装之前，请确保您的计算机满足以下要求：1. 操作系统：Windows、Linux 或 macOS；2. C++ 编译器：例如 g++、icc 或 Clang；3. 并行库：如 MPI（可选）。

请根据您的操作系统选择相应的安装包，并按照官方提供的说明进行安装。

二、基本命令LAMMPS 使用基于命令行的界面，您可以通过输入一系列命令来控制模拟的运行。

1. 运行 LAMMPS：在命令行终端中输入 `lmp_serial` 或 `lmp_mpi` 启动 LAMMPS 应用程序。

2. 选择分子力场：使用 `pair_style` 命令选择适合您研究系统的分子力场。

例如，`pair_style lj/cut` 表示使用 Lennard-Jones 势函数进行计算。

3. 定义模拟盒子：使用 `region` 定义模拟盒子的边界条件和尺寸。

例如，`region box block 0 10 0 10 0 10` 定义了一个尺寸为 10x10x10 的盒子。

4. 添加原子：使用 `create_atoms` 在模拟盒子中添加原子。

例如，`create_atoms 1 random 100 12345 box` 表示在盒子中随机地添加 100 个类型为 1 的原子。

5. 温度控制：使用 `velocity` 控制系统的温度。

例如，`velocity all create 298 123456` 为系统中的所有原子设置一个初始温度为 298K。

6. 运行模拟：使用 `run` 命令来运行模拟。

例如，`run 1000` 表示运行 1000 步模拟。

lammps安装过程

安装顺序（所有过程使用root权限）：0、修改环境变量；1、intel编译器；2、MPICH2；3、FFTW3；LAMMPS0, 修改环境变量：vi /etc/bashrc最后添加：source /opt/intel/composerxe-2011.3.174/bin/iccvars.sh intel64source /opt/intel/composerxe-2011.3.174/bin/ifortvars.sh intel64source /opt/intel/composerxe-2011.3.174/bin/compilervars.sh intel64source /opt/intel/composerxe-2011.3.174/bin/idbvars.sh intel64source /opt/intel/composerxe-2011.3.174/mkl/bin/mklvars.sh intel64完成后在命令行运行：source /etc/bashrc不要理会出现的错误，安装完下面的软件就不再报错了--------------------------------------------------------------1、intel编译器（Fortran和C都要装，这两个不在乎先后）：./install.sh按提示，安装到默认位置--------------------------------------------------------------2、MPICH2：./configure CC=icc CXX=icpc FC=ifort F77=ifortmakemake install--------------------------------------------------------------3、FFTW：./configure CC=icc CXX=icpc FC=ifort F77=ifortmakemake install4、LAMMPS：第一步：在lib/reax文件夹下使用命令行make -f Makefile.ifort修改mmps为如下：# Settings that the LAMMPS build will import when this package library is used reax_SYSINC =reax_SYSLIB = -lifcore -lsvml -liompstubs5 -limfreax_SYSPATH = -L/opt/intel/fce/10.0.023/lib第二步修改src/MAKE/下的Makefile.linux为如下所示（横线以内有效，不包括横线）# linux = RedHat Linux box, Intel icc, MPICH2, FFTWSHELL = /bin/sh# ---------------------------------------------------------------------# compiler/linker settings# specify flags and libraries needed for your compilerCC = iccCCFLAGS = -ODEPFLAGS = -MLINK = iccLINKFLAGS = -OLIB = -lstdc++ARCHIVE = arARFLAGS = -rcSIZE = size# ---------------------------------------------------------------------# LAMMPS-specific settings# specify settings for LAMMPS features you will use# if you change any -D setting, do full re-compile after "make clean" # LAMMPS ifdef settings, OPTIONAL# see possible settings in doc/Section_start.html#2_2 (step 4) LMP_INC = -DLAMMPS_GZIP# MPI library, REQUIRED# see discussion in doc/Section_start.html#2_2 (step 5)# can point to dummy MPI library in src/STUBS as in Makefile.serial # INC = path for mpi.h, MPI compiler settings# PATH = path for MPI library# LIB = name of MPI libraryMPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXXMPI_PATH =MPI_LIB = -lmpich -lpthread# FFT library, OPTIONAL# see discussion in doc/Section_start.html#2_2 (step 6)# can be left blank to use provided KISS FFT library# INC = -DFFT setting, e.g. -DFFT_FFTW, FFT compiler settings# PATH = path for FFT library# LIB = name of FFT libraryFFT_INC = -DFFT_FFTWFFT_PATH =FFT_LIB = -lfftw# JPEG library, OPTIONAL# see discussion in doc/Section_start.html#2_2 (step 7)# only needed if -DLAMMPS_JPEG listed with LMP_INC# INC = path for jpeglib.h# PATH = path for JPEG library# LIB = name of JPEG libraryJPG_INC =JPG_PATH =JPG_LIB =reax_SYSINC =reax_SYSLIB = -lgfortranreax_SYSPATH =# ---------------------------------------------------------------------# build rules and dependencies# no need to edit this sectioninclude Makefile.package.settingsinclude Makefile.packageEXTRA_INC = $(LMP_INC) $(PKG_INC) $(MPI_INC) $(FFT_INC) $(JPG_INC) $(PKG_SYSINC)EXTRA_PATH = $(PKG_PATH) $(MPI_PATH) $(FFT_PATH) $(JPG_PATH) $(PKG_SYSPATH)EXTRA_LIB = $(PKG_LIB) $(MPI_LIB) $(FFT_LIB) $(JPG_LIB) $(PKG_SYSLIB) # Link target$(EXE): $(OBJ)$(LINK) $(LINKFLAGS) $(EXTRA_PATH) $(OBJ) $(EXTRA_LIB) $(LIB) -o $(EXE)$(SIZE) $(EXE)# Library targetlib: $(OBJ)$(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(EXE) $(OBJ)# Compilation rules%.o:%.cpp$(CC) $(CCFLAGS) $(EXTRA_INC) -c $<%.d:%.cpp$(CC) $(CCFLAGS) $(EXTRA_INC) $(DEPFLAGS) $< > $@# Individual dependenciesDEPENDS = $(OBJ:.o=.d)sinclude $(DEPENDS)第三步：Cd到src文件夹下：cd ../../srcmake yes-reaxmake yes-user-reaxc第四步（完成）：在src文件夹下使用命令行####（make clean-all）make linux--------------------------------------------------------------获得lmp_linux文件即为所需5. MPI应用一个管理器来管理运行MPI程序，这个管理器就是mpd，但是在正式开始运行mpd前还需要一个基于安全考虑的配置文件，.mpd.conf，这个文件是要放在运行程序的用户的home目录下，本例子中就是/home/mpi/.mpd.conf，而且这个文件只能由这个用户读写，创建文件的命令是，cd $HOMEtouch .mpd.confchmod 600 .mpd.conf然后在文件中写入这么一行：MPD_SECRETWORD=123456在参与计算的计算机上必需完全一致。

lammps非并行和并行安装方法

一lamps非并行安装1 在终端输入：cd /mnt（源码包放在/mnt下(cp /home/lab/Desktop/ /mnt)）gunzip xvfmv lammps-5Dec10 lmp (重命名为lmp)cd lmp/src/STUBSmake cleanmakecd /mnt/lmp/src/MAKEvi 后出现# g++ = RedHat Linux box, g++4, gfortran, no MPI,no FFTSHELL = /bin/sh# ---------------------------------------------------------------------# compiler/linker settings# specify flags and libraries needed for your compilerCC = g++4 g++4该为g++CCFLAGS = -g -ODEPFLAGS = -MLINK = g++4 g++4改为g++LINKFLAGS = -g -OLIB =ARCHIVE = arARFLAGS = -rcSIZE = size# ---------------------------------------------------------------------然后存档，退出，终端输入cd /mnt/lmp/srcmake clean-allmake serial之后linux开始编译，最后会在/mnt/lmp/src下生成lmp_serial的可执行文件。

mv lmp_serial lmp2 计算一example终端输入：cd /mnt/lmp/e*/shearcp /mnt/lmp/src/lmp /mnt/lmp/e*/shear./lmp< 即开始计算二lammps的并行安装1 安装fftw终端输入:cd /mntgunzip 2.1.5 (源码包在/mnt下)tar xvf 2.1.5cd fftw-2.1.5./configure –prefix=/opt/fftw --enable -floatmakemake install (fftw-2.1.5即安装在/opt/fftw下)2 安装mpich终端输入:cd /mntgunzip 1.3.1 xvf 1.3.1cd /mpich2-1.3.1./configure –prefix==/opt/mpichmakemake install (mpich即安装在/opt/mpich下)然后配置环境变量终端输入:cdvi .bashrc开始编译为If [ -f /etc/bashrc ]; then. /etc/bashrcfiexpot PATH=/opt/mpich/bin:$PATHexportLD_LIBRARY_PATH=/opt/mpich/lib:/opt/fftw/lib:$LD_LIBRARY_PATH 3 安装lammpscd /mntgunzip xvfmv lammps-5Dec10 lmpcd /lmp/srcmake yes-allmake no-gpumake no-user-atc(几个特殊的package:meam,poems,reax,gpu,user-atc需要特别安装，如下)cd /mnt/lmp/lib/meamlsmake –f (安装meam)cd /mnt/lmp/lib/poemslsmake –f ++cd /mnt/lmp/lib/reaxlsmake –f(然后对文件进行编译)cd /mnt/lmp/src/MAKEvi (按下i可修改)# g++ = RedHat Linux box, g++4, gfortran, MPICH2, FFTWSHELL = /bin/sh# ---------------------------------------------------------------------# compiler/linker settings# specify flags and libraries needed for your compilerCC = g++4g++4改为mpic++CCFLAGS = -g -ODEPFLAGS = -MLINK = g++4 g++4改为mpic++LINKFLAGS = -g -OLIB =ARCHIVE = arARFLAGS = -rcSIZE = size# ---------------------------------------------------------------------# LAMMPS-specific settings# specify settings for LAMMPS features you will use# LAMMPS ifdef options, see doc/LMP_INC = -DLAMMPS_GZIP# MPI library, can be src/STUBS dummy lib# INC = path for , MPI compiler settings# PATH = path for MPI library# LIB = name of MPI libraryMPI_INC =-I/opt/mpich/include -DMPICH_SKIP_MPICXXMPI_PATH = -I/opt/mpich/libMPI_LIB = /opt/mpich/lib/ #-lmpich -lpthread# FFT library, can be -DFFT_NONE if not using PPPM from KSPACE package # INC = -DFFT_FFTW, -DFFT_INTEL, -DFFT_NONE, etc, FFT compiler settings # PATH = path for FFT library# LIB = name of FFT libraryFFT_INC = -I/opt/fftw/include -DFFT_FFTWFFT_PATH = -I/opt/ffte/libFFT_LIB = /opt/fftw/ #-lfftw# additional system libraries needed by LAMMPS package libraries# these settings are IGNORED if the corresponding LAMMPS package# . gpu, meam) is NOT included in the LAMMPS build# SYSLIB = names of libraries# SYSPATH = paths of librariesgpu_SYSLIB = -lcudartmeam_SYSLIB = -lmeam –lgfortranpoems_SYSLIB= -lpoems -lgfortranreax_SYSLIB = -lreax -lgfortranuser-atc_SYSLIB = -lblas -llapackgpu_SYSPATH = -L/usr/local/cuda/lib64meam_SYSPATH = -L/mnt/lmp/lib/meampoems_SYSPATH= -L/mnt/lmp/lib/poemsreax_SYSPATH = -L/mnt/lmp/lib/reaxuser-atc_SYSPATH =# ---------------------------------------------------------------------# build rules and dependencies# no need to edit this sectionincludeEXTRA_INC = $(LMP_INC) $(PKG_INC) $(MPI_INC) $(FFT_INC)EXTRA_PATH = $(PKG_PATH) $(MPI_PATH) $(FFT_PATH) $(PKG_SYSPATH) EXTRA_LIB = $(PKG_LIB) $(MPI_LIB) $(FFT_LIB) $(PKG_SYSLIB)# Link target$(EXE): $(OBJ)$(LINK) $(LINKFLAGS) $(EXTRA_PATH) $(OBJ) $(EXTRA_LIB) $(LIB) -o $(EXE) $(SIZE) $(EXE)# Library targetlib: $(OBJ)$(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(EXE) $(OBJ)# Compilation rules%.o:%.cpp$(CC) $(CCFLAGS) $(EXTRA_INC) -c $<%.d:%.cpp$(CC) $(CCFLAGS) $(EXTRA_INC) $(DEPFLAGS) $< > $@# Individual dependenciesDEPENDS = $(OBJ:.o=.d)include $(DEPENDS)存档退出(esc :wq exit)，终端输入:cd /mnt/lmp/srcmake clean-allmake serial (lammps开始安装，最后可生成lmp_serial的可执行文件)mv lmp_serial lmp4 并行计算一examplea：终端输入cd /mnt/lmp/examples/shearcp /opt/mpich/bin/mpirun /mnt/lmp/e*/shearcp /mnt/lmp/src/lmp /mnt/lmp/e*/shearmpirun –np 4 ./lmp< (lammps开始计算)b：终端输入cd /mnt/lmp/e*/shear/opt/mpich/bin/mpirun –np 4 /mnt/lmp/src/lmp<。

lammps教程

lammps教程
LAMMPS是一个常用的分子动力学模拟软件，用于模拟原子、分子的运动和相互作用。

下面是一份关于如何使用LAMMPS
进行模拟的简单教程。

1. 安装LAMMPS：首先，你需要从官方网站上下载LAMMPS 的最新版本。

根据你的操作系统，选择合适的版本进行下载和安装。

2. 准备输入文件：在使用LAMMPS之前，你需要准备一个输
入文件，用于描述你想要模拟的系统和模拟的条件。

这个文件通常使用文本编辑器创建，扩展名为".in"。

在输入文件中，你
需要定义原子的初始位置、速度、力场参数等。

你也可以在输入文件中指定模拟的时间、温度、压力等参数。

3. 运行LAMMPS：在终端中，使用以下命令来运行LAMMPS，同时指定输入文件：
```
lammps < input_file.in
```
然后，LAMMPS将读取输入文件中的信息，并开始模拟。

4. 分析和可视化结果：LAMMPS输出的模拟结果通常以文本
文件的形式保存。

你可以使用文本处理工具（如awk、sed等）来分析并提取模拟结果中的关键信息。

此外，还可以使用可视
化软件（如VMD、OVITO等）来对模拟结果进行可视化和分析。

注意：以上只是一个简单的教程，介绍了LAMMPS的基本使用方法。

LAMMPS具有非常丰富的功能和参数选项，可以进行复杂的分子动力学模拟。

请参考LAMMPS的官方文档和用户手册，以获取更详细和全面的指导。

win位下安装lammps学习总结

win位下安装lammps学习总结8特别注意，⼀定要以管理员账户登录系统，⽽且必须有密码，没有密码并⾏不能计算。

（⼀）⾸先win下Lammps串⾏安装⽅法：串⾏安装很简单，按照下⾯帖⼦的⽅法即可，⼀些dos命令见帖⼦中的dos屏幕截图；1LAMMPS在Windows下的安装及使⽤2017年9⽉30⽇村长村长技术专栏评论: 0为庆祝⽯家庄朗普斯科技有限公司官⽹正式运营，公司针对超算⽤户推出超算机时充值优惠，更享LAMMPS培训优惠福利，欢迎试⽤。

联系⼈：李⽼师，⼿机：135-5202-2471，QQ：2692514595。

随着LAMMPS功能越来越强⼤，越来越多的⼈开始使⽤LAMMPS。

然⽽，由于LAMMPS是以命令⾏的⽅式来运⾏，令很多⼊门者望⽽⽣畏。

本⽂详细讲解了Windows下LAMMPS的安装及使⽤，希望能使⼤家快速上⼿。

1.访问LAMMPS Windows Installer Repository，查看安装说明，选择合适的软件包下载。

在这⾥，我选择的是64位的版本（LAMMPS-64bit-latest-MPI.exe)。

（如果你安装的是32位的系统，请选择32-bit版本下载）。

2.双击LAMMPS的可执⾏程序并安装，LAMMPS就安装好了。

安装过程中注意LAMMPS的安装路径。

我的安装路径为C:\Program Files\LAMMPS 64-bit 20160512。

3.调⽤LAMMPS串⾏版本（lmp_serial.exe)。

点击搜索，输⼊cmd，选择“命令提⽰符”并打开。

在cmd窗⼝输⼊lmp_serial 回车通常会返回LAMMPS版本号，这样就可以进⾏简单调试了。

4.Ctrl+C 中断已经运⾏lmp，然后通过cd命令进⼊examples⽬录进⾏测试运⾏。

UPDATE：如果输⼊lmp_serial提⽰命令找不到，请将lmp_serial.exe的路径添加到环境变量PATH中。

lammps安装本文主要利用openmpi来安装并行版lammps，openmpi之前已经安装成功过，不在赘述。

本文主要主要安装最基础的lammps，没有添加任何其它的package。

1、下载fftw数据库（拿fftw-2.1.5.tar.gz来说）解压tar-zxvf fftw-2.1.5.tar.gz解压后得到fftw-2.1.5文件夹cd fftw-2.1.5在当前目录下./configure –prefix={安装目录}/fftw/#提前在安装目录下将fftw文件夹建好makemake install至此，fftw已经安装好2、下载lammps安装包（就拿lammps_stable.tar来说）解压tar –xvf lammps_stable.tarcd lammps-1Feb12/src/MAKE因为选择openmpi进行并行编译，因此选用相应的Makefile.mac_mpi，修改后的Makefile 文件如下（修改的地方用红色标记）：# mac_mpi = Apple laptop, gcc 4.6, gfortran, Open MPI 1.4.3, FFTW 2.1.5, QUIPSHELL = /bin/sh# ---------------------------------------------------------------------# compiler/linker settings# generally no need to edit this section# unless additional compiler/linker flags or libraries needed for your machineCC = ${MPI_GCC46_PATH}/mpic++ 将这行改为{openmpi安装目录}/bin/mpic++ CCFLAGS = -O3SHFLAGS = -fPICDEPFLAGS = -MLINK = ${MPI_GCC46_PATH}/mpic++ 和上面一样LINKFLAGS = -O3LIB =SIZE = sizeARCHIVE = arARFLAGS = -rcSHLIBFLAGS = -shared# ---------------------------------------------------------------------# LAMMPS-specific settings# specify settings for LAMMPS features you will use# if you change any -D setting, do full re-compile after "make clean"# LAMMPS ifdef settings, OPTIONAL# see possible settings in doc/Section_start.html#2_2 (step 4)LMP_INC = -DLAMMPS_GZIP -DQUIP_GFORTRAN -DLAMMPS_JPEG记住，一定要删除# MPI library, REQUIRED# see discussion in doc/Section_start.html#2_2 (step 5)# can point to dummy MPI library in src/STUBS as in Makefile.serial# INC = path for mpi.h, MPI compiler settings# PA TH = path for MPI library# LIB = name of MPI libraryMPI_INC = -DOMPI_SKIP_MPICXX 添加-I/{openmpi安装目录}/include (例如-I/home/BSS03/software/openmpi-1.4.5/include)MPI_PATH =MPI_LIB = 添加–L/{openmpi安装目录}/lib –lmpi(例如-L/home/BSS03/software/openmpi-1.4.5/lib -lmpi)# FFT library, OPTIONAL# see discussion in doc/Section_start.html#2_2 (step 6)# can be left blank to use provided KISS FFT library# INC = -DFFT setting, e.g. -DFFT_FFTW, FFT compiler settings# PA TH = path for FFT library# LIB = name of FFT libraryFFTW = /usr/local 改为fftw安装目录例如：/home/BSS03/fftwFFT_INC = -DFFT_FFTW -I${FFTW}/includeFFT_PATH = -L${FFTW}/libFFT_LIB = -lfftw# JPEG and/or PNG library, OPTIONAL# see discussion in doc/Section_start.html#2_2 (step 7)# only needed if -DLAMMPS_JPEG or -DLAMMPS_PNG listed with LMP_INC# INC = path(s) for jpeglib.h and/or png.h# PA TH = path(s) for JPEG library and/or PNG library# LIB = name(s) of JPEG library and/or PNG libraryJPG_INC = -I/opt/local/include 删除这三行JPG_PA TH = -L/opt/local/libJPG_LIB = -ljpeg# ---------------------------------------------------------------------# build rules and dependencies# no need to edit this sectioninclude Makefile.package.settingsinclude Makefile.packageEXTRA_INC = $(LMP_INC) $(PKG_INC) $(MPI_INC) $(FFT_INC) $(JPG_INC) $(PKG_SYSINC)EXTRA_PATH = $(PKG_PA TH) $(MPI_PATH) $(FFT_PATH) $(JPG_PATH) $(PKG_SYSPATH)EXTRA_LIB = $(PKG_LIB) $(MPI_LIB) $(FFT_LIB) $(JPG_LIB) $(PKG_SYSLIB)# Path to src filesvpath %.cpp ..vpath %.h ..# Link target$(EXE): $(OBJ)$(LINK) $(LINKFLAGS) $(EXTRA_PATH) $(OBJ) $(EXTRA_LIB) $(LIB) -o $(EXE) $(SIZE) $(EXE)# Library targetslib: $(OBJ)$(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(EXE) $(OBJ)shlib: $(OBJ)$(CC) $(CCFLAGS) $(SHFLAGS) $(SHLIBFLAGS) $(EXTRA_PATH) -o $(EXE) \ $(OBJ) $(EXTRA_LIB) $(LIB)# Compilation rules%.o:%.cpp$(CC) $(CCFLAGS) $(SHFLAGS) $(EXTRA_INC) -c $<%.d:%.cpp$(CC) $(CCFLAGS) $(EXTRA_INC) $(DEPFLAGS) $< > $@# Individual dependenciesDEPENDS = $(OBJ:.o=.d)sinclude $(DEPENDS)至此Makefile文件修改完毕返回上层目录（即在/src目录下）make mac_mpi没有出现Error字眼说明编译成功了，在当前目录下生成lmp_mac_mpi可执行文件3、修改2.pbs文件下面是一个2.pbs文件内容#!/bin/bash -x#PBS -N TESTAAA#PBS -l nodes=1:ppn=8#PBS -j oe##define variables#NSLOTS=`cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l`echo "This jobs is "$PBS_JOBID@$PBS_QUEUE##running jobs#cd $PBS_O_WORKDIR/storage/BSS03/software/mpich2/bin/mpirun -np $NSLOTS /storage/BSS03/lammps_Mg/lmp_g++ < in.Mg上面红色的是我的，你可以根据自己的需求更改Note：1、用自己的openmpi/bin/mpirun（我之前应该是用mpich2编译），路径自己修改2、/storage/BSS03/lammps_Mg/lmp_g++ < in.Mg 命令说明，这条命令是把生成的lmp_g++(你的是lmp_mac_mpi)放在特定的目录下，避免每次运行都要把lmp_g++拷贝到当前目录下，in.Mg是in文件名，根据自己的in文件自己命名这样的话应该就可以计算了。

lammps使用手册

lammps使用手册一、简介LAMMPS是一款功能强大的分子动力学模拟软件，可用于研究固体、液体、气体以及它们之间的相互作用。

本手册旨在帮助用户了解LAMMPS的基本使用方法和技巧，以便更好地进行模拟研究。

二、安装与配置1.下载安装包：从LAMMPS官方网站下载适合您操作系统的安装包。

2.安装软件：按照安装指南完成软件安装。

3.配置环境：根据软件要求配置计算环境，包括编译器、库文件和路径等。

三、基本操作1.启动模拟：使用LAMMPS命令行界面或脚本启动模拟。

2.添加系统参数：设置模拟系统的体积、温度、边界条件等参数。

3.添加粒子：创建粒子，设置其质量、电荷等属性。

4.更新系统：执行时间积分算法，更新粒子运动状态。

5.观察结果：使用可视化工具观察模拟系统的动态变化。

四、常用命令1.`fix`：用于设置固定粒子组或边界条件的命令。

2.`atom_modify`：用于修改粒子属性，如质量、电荷等。

3.`pair_style`：设置粒子之间的相互作用模型。

4.`run`：执行模拟并更新粒子运动状态。

5.`dump`/`restart`：保存或恢复模拟结果。

五、高级功能1.粒子相互作用模型：LAMMPS支持多种粒子相互作用模型，如Lennard-Jones势、Ewald方法等。

2.边界条件：支持不同类型的边界条件，如周期性边界、固定边界等。

3.能量最小化：用于优化粒子分布，降低能量波动。

4.温度控制：通过加热和冷却过程保持系统温度恒定。

5.并行计算：支持多核处理器和分布式计算，提高模拟速度。

六、实例应用1.分子动力学模拟固体晶格结构变化。

2.研究液体流动和粘度。

3.计算材料在不同应力条件下的变形行为。

4.模拟药物在生物体系中的分布和相互作用。

七、常见问题及解决方法1.模拟结果波动较大：检查粒子相互作用模型和边界条件设置是否正确，以及积分算法是否适当。

2.模拟时间步长选择不当：过小的步长可能导致系统不稳定，过大的步长则影响模拟精度。

LAMMPS安装教程(最新版)

LAMMPS安装教程
虚拟机下LAMMPS安装教程
串行安装
1.Virtual Box 安装
2.Centos安装
3.下载fftw3 LAMMPS最新版
4.先安装fftw
./configure –prefix=/home/zhangsan/fftw3 --enable-shared=yes(非常重要)
make–j 2
make install
安装完看看lib下有没有.so类型文件，没有说明有问题
5.安装LAMMPS，常用命令make package-status make yes-xxx, make no-xxx
1)进入./src/STUBS 执行make
2)进入MAKE 修改Makefile.serial添加fftw路径（课程视频有详解）
3)make serial
4)查看src下有没有生成lmp_serial
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【分子动力学入门引导网络课程】和【LAMMPS入门引导网络课程】正式入驻专业的网络教学平台--网易云课堂上，希望为大家带来更好的学习体验。

以后关注这两门课程的更新都会在网易云课堂上进行。

入门引导课程系列以引导如何自学为目标，解决学什么、怎么学的问题；同时，课程中会分享模拟的技巧和经验，避免弯路之法；课程以授“渔”为宗旨。

优酷平台（/simuly）上只保留【口说LAMMPS命令】的更新
网易云课堂的地址为：/u/simuly（最好在电脑浏览器地址栏打开）。

Lammps单机并行安装

Lammps单机并行安装第一步：在Unix操作系统下打开计算机终端，下面在终端里操作。

进入根目录（root）：su //enterxjtu02 //password (根据个人电脑而异，一般密码为：000000)cd /home //entercd sun/lammps //enter第二步：安装fftw1解压fftw2cd fftw-2.1.5/ //enter3./configure --prefix=/usr/local/fftw215 //enter4make //enter5make install //enter第三步：安装mpich21解压mpich22cd mpich2-1.2.1p1/ //enter3./configure --prefix=/usr/local/mpich2 //enter4make //enter5make install //enter6exit //enter7su //enter8xjtu02 //password (根据个人电脑而异，一般密码为：000000)9gedit /etc/profile //enter10弹出一个文件，将“export PATH=/usr/local/mpich2/bin:$PATH”添加到文件内容最后面，保存后将文件关闭11exit //enter第四步：1 cd/home/sun(用户名) //enter2 touch .mpd.conf //enter3 chmod 600 .mpd.conf //enter4gedit .mpd.conf //enter5 弹出一个文件，将“MPD_SECRETWORD=mr45-j9z”添加到文件内容中，保存后将文件关闭6重新启动7 cd /usr/local/mpich2/bin //enter8 which mpd //enter9 which mpicc //enter10 which mpiexec //enter11 which mpirun //enter12 mpd & //enter13 cd mpich2/examples/(测试计算，13、14步可省略) //enter14 mpiexec -n 4 /cpi //enter第五步：Lammps安装1 cd lammps //enter2 tar xvzf lammps.tar.gz //enter3 cd lammps** //enter4 cd src //enter5将makefile.fedora文件复制到src/make文件中6 make fedora(在src目录下生成lmp_fedora) //enter第六步：运行lammps1 cd ../bench //enter2 mpiexec -n 4 ./lmp_fedora <in.chain //enter备注：在安装lammps过程中，需要安装gcc(C语言)和g++（C++语言）来完成编译，安装程序：1 ls //enter2 yum install gcc //enter。

lammps安装

]Ubuntu下安装lammps单机版（no MPI，no FFT）几点心得说明一下：我用的是ubuntu12，自动更新到13（去系统自带的“软件中心”安装谷歌拼音输入法，方便后面操作）。

下载的lammps为2014年5月份的。

1.更改系统默认的shell由于ubuntu系统默认的shell是dash，它更小巧、更快。

但是听说安装一些脚本时容易出错，因此还是改为bash。

查看系统默认的shell，ls -l /bin/sh重新配置dash,sudo dpkg-reconfigure dash然后选择[no]，终端会自己删除dash，并更改为bash。

2.预安装sudo apt-get install cshsudo apt-get install build-essentiallammps要求ubuntu系统的（用于将ubuntu当作debain系统？）：sudo add-apt-repository ppa:gladky-anton/lammpssudo apt-get update3.安装编译器由于电脑CPU是Intel的，所以选择intel的icc和ifort，听说会比其他编译器快很多（主要差别在浮点运算？）。

下载地址：https:///en-us ... oftware-development，获得序列号。

我下载安装的是icc2013_sp1.2.144，ifort2013_sp1.2.144版的。

先装（命令集），sudo apt-get install g++去解压包的目录下，我的是cd /home/bill/iccsudo ./install.shifort的安装与此相同。

设置环境变量，使之生效。

gedit .bashrc打开.bashrc后，在末尾加上# l_ccompxe_2013_sp1.2.144# l_fcompxe_2013_sp1.2.144 这两行只是用来注释的source /opt/intel/bin/compilervars.sh ia32加这一条可同时使icc，ifort，icpc生效，而不用分别添加。

Lammps在Ubuntu下的安装

我的系统是在windows下的虚拟ubuntu9.10，lammps版本是LAMMPS (6 Mar 2010)，说明下7 July 2009的安装方法和这个是一样的。

A.安装lammps (我的文件夹名字是lmp)1.下载和解压，安装附件，这个比较简单，论坛里很多高人都讲了很多，我就不多说了。

2.cd lmp/src/STUBS3.make clean4.make(到STUBS下看看是否生产了lmpi.a)5.cd lmp/src6.make clean-all7.make serial （成功的话会生成lmp_serial,在src目录下输入./lmp_serial,你会看到当前lammps的版本）B.测试以及安装xmovie在安装其他package之前，你可以先测试下刚安装好的lammps，由于lammps默认只安装了3个packages，所以很多例子是不能跑的，我们可以先跑下crack。

步骤如下：1.cd lmp/examples/crack2.../../src/lmp_seral<in.crack（很多人会把lmp_serial拷贝到examples文件夹下，然后跑例子，我是没有拷贝，前面的../../是指与examples相同的路径，运行完后，你会得到一个dump.crack文件，当然了还有个log文件，可以到crack文件夹下check下）跑完后，当然想用可视化看看结果了，要是你没有安装vmd，可以先安装下lammps自带的xmovie，虽然功能有限，但是还是可以作参考。

安装和运行步骤如下：1.cd lmp/tools/xmovie2.make (可以到tools的xmovie文件夹下看看是否生产了xmovie可执行文件)3.cd lmp/examples/crack4.../../tools/xmovie/xmovie –scale dump.crack（调用方式和lmp_serial很像）5.可以通过修改原子颜色，通过color tap，改完后重新播放下，这个很想一般的播放器的操作C.附加package的安装(这里主要讲的是poems和meam的安装)首先介绍几个会用到的命令：make yes-packagename(这里packagename可以是lammps提供的也可以是你自己编的)make no-packagename 同时这2个命令可以编译或者卸除对应的package。

LAMMPS安装和使用经验

Lammps‎/LIGGGH‎TS安装即使‎用步骤：1.按照<Info. 1 >安装 Ubuntu‎ LINUX 系统、OpenFO‎AM程序、CFDEM程‎序（默认安装了L‎AMMPS及‎LIGGGH‎TS包）。

2.Make (编译可执行程‎序)，见<Info.2>. 在～LIGGGH‎TS-PUBLIC‎/src目录下‎，键入“make packag‎e fedora‎_fpic-j32“，会编译生成一‎个 lmp_fe‎dora_f‎pic可执行‎程序。

将编译好的可‎执行程序复制‎到系统默认程‎序安装目录，便于使用“sudo cp lmp_fe‎d ora_f‎p ic/usr/local/bin/ligggh‎t s”；或者每次将可‎执行文件拷贝‎到存放in.filena‎me的目录下‎。

3.运行lamm‎ps。

参考<Info.2>后半部讨论记‎录，在in.filena‎me所在的目‎录下，键入命令“./lmp_fe‎d ora_f‎p ic<in.filena‎me”(“mpirun‎–np 4 ./lmp_fe‎dora_f‎pic <in.filena‎me“进行多核并行‎运算)或“ligggh‎ts <in.filena‎me”也可以。

运行结束，会在同一个目‎录下的pos‎t文件夹中生‎成多个dum‎p**.filena‎me文件。

4.安装和运行l‎pp （python‎程序下的一个‎将dump***.filena‎me文件转换‎成VTK格式‎的文件，该类型文件可‎供Parav‎iew后处理‎程序使用）。

参照 <Info.3>，按照下面提示‎安装和使用l‎pp。

在post目‎录下运行“lpp dump***.filena‎me”, 会在同一目录‎下生成dum‎p***.vtk格式的‎文件，转换成功。

Instal‎l LPP for postpr‎o cessi‎n gsudo apt-get instal‎l python‎-numpysudo git clone https://github‎.com/CFDEMp‎r oject‎/LPP.git $HOME/LPPgedit ~/.bashrc‎add at the bottom‎alias lpp="python‎$HOME/LPP/src/lpp.py"##Checki‎n g the lpp instal‎l ation‎Open new termin‎a lcd /home/"user"/LIGGGH‎T S-PUBLIC‎/exampl‎e s/LIGGGH‎T S/Tutori‎a ls_pu‎b lic/chute_‎w ear/postlpp dump*.chute.vtk files will be create‎d in the post folder‎which can be used later for visual‎i zatio‎n of simula‎t ion in paravi‎e w.-------------------5.使用para‎view程序‎进行后处理。

Lammps_安装步骤详解

一lamps非并行安装1 在终端输入：cd /mnt（源码包lammps.tar.gz放在/mnt下(cp /home/lab/Desktop/lammps.tar.gz /mnt)）gunzip lamps.tar.gztar xvf lamps.tarmv lammps-5Dec10 lmp (重命名为lmp)cd lmp/src/STUBSmake cleanmakecd /mnt/lmp/src/MAKEvi Makefile.serial 后出现# g++ = RedHat Linux box, g++4, gfortran, no MPI,no FFTSHELL = /bin/sh# ---------------------------------------------------------------------# compiler/linker settings# specify flags and libraries needed for your compilerCC = g++4 g++4该为g++CCFLAGS = -g -ODEPFLAGS = -MLINK = g++4 g++4改为g++LINKFLAGS = -g -OLIB =ARCHIVE = arARFLAGS = -rcSIZE = size# ---------------------------------------------------------------------然后存档，退出，终端输入cd /mnt/lmp/srcmake clean-allmake serial之后linux开始编译，最后会在/mnt/lmp/src下生成lmp_serial的可执行文件。

mv lmp_serial lmp2 计算一example终端输入：cd /mnt/lmp/e*/shearcp /mnt/lmp/src/lmp /mnt/lmp/e*/shear./lmp<in.shear 即开始计算二lammps的并行安装1 安装fftw终端输入:cd /mntgunzip fftw-2.1.5.tar.gz (源码包fftw-2.1.5.tar.gz在/mnt下) tar xvf fftw-2.1.5.tarcd fftw-2.1.5./configure –prefix=/opt/fftw --enable -floatmakemake install (fftw-2.1.5即安装在/opt/fftw下)2 安装mpich终端输入:cd /mntgunzip mpich2-1.3.1.tar.gztar xvf mpich2-1.3.1.tarcd /mpich2-1.3.1./configure –prefix==/opt/mpichmakemake install (mpich即安装在/opt/mpich下)然后配置环境变量终端输入:cdvi .bashrc开始编译为If [ -f /etc/bashrc ]; then. /etc/bashrcfiexport PATH=/opt/mpich/bin:$PATHexportLD_LIBRARY_PATH=/opt/mpich/lib:/opt/fftw/lib:$LD_LIBRARY_PATH3 安装lammpscd /mntgunzip lammps.tar.gztar xvf lammps.tarmv lammps-5Dec10 lmpcd /lmp/srcmake yes-allmake no-gpumake no-user-atc(几个特殊的package:meam,poems,reax,gpu,user-atc需要特别安装，如下)cd /mnt/lmp/lib/meamlsmake –f Makefile.gfortran (安装meam)cd /mnt/lmp/lib/poemslsmake –f Makefile.g++cd /mnt/lmp/lib/reaxlsmake –f Makefile.gfortran(然后对Makefile.serial文件进行编译)cd /mnt/lmp/src/MAKEvi Makefile.serial (按下i可修改)# g++ = RedHat Linux box, g++4, gfortran, MPICH2, FFTWSHELL = /bin/sh# ---------------------------------------------------------------------# compiler/linker settings# specify flags and libraries needed for your compilerCC = g++4g++4改为mpic++CCFLAGS = -g -ODEPFLAGS = -MLINK = g++4 g++4改为mpic++LINKFLAGS = -g -OLIB =ARCHIVE = arARFLAGS = -rcSIZE = size# ---------------------------------------------------------------------# LAMMPS-specific settings# specify settings for LAMMPS features you will use# LAMMPS ifdef options, see doc/Section_start.htmlLMP_INC = -DLAMMPS_GZIP# MPI library, can be src/STUBS dummy lib# INC = path for mpi.h, MPI compiler settings# PATH = path for MPI library# LIB = name of MPI libraryMPI_INC = -I/opt/mpich/include -DMPICH_SKIP_MPICXXMPI_PATH = -I/opt/mpich/libMPI_LIB = /opt/mpich/lib/libmpich.a #-lmpich -lpthread# FFT library, can be -DFFT_NONE if not using PPPM from KSPACE package # INC = -DFFT_FFTW, -DFFT_INTEL, -DFFT_NONE, etc, FFT compiler settings # PATH = path for FFT library# LIB = name of FFT libraryFFT_INC = -I/opt/fftw/include -DFFT_FFTWFFT_PATH = -I/opt/ffte/libFFT_LIB = /opt/fftw/libfftw.a #-lfftw# additional system libraries needed by LAMMPS package libraries# these settings are IGNORED if the corresponding LAMMPS package# (e.g. gpu, meam) is NOT included in the LAMMPS build# SYSLIB = names of libraries# SYSPATH = paths of librariesgpu_SYSLIB = -lcudartmeam_SYSLIB = -lmeam –lgfortranpoems_SYSLIB= -lpoems -lgfortranreax_SYSLIB = -lreax -lgfortranuser-atc_SYSLIB = -lblas -llapackgpu_SYSPATH = -L/usr/local/cuda/lib64meam_SYSPATH = -L/mnt/lmp/lib/meampoems_SYSPATH= -L/mnt/lmp/lib/poemsreax_SYSPATH = -L/mnt/lmp/lib/reaxuser-atc_SYSPATH =# ---------------------------------------------------------------------# build rules and dependencies# no need to edit this sectioninclude Makefile.packageEXTRA_INC = $(LMP_INC) $(PKG_INC) $(MPI_INC) $(FFT_INC)EXTRA_PATH = $(PKG_PATH) $(MPI_PATH) $(FFT_PATH) $(PKG_SYSPATH) EXTRA_LIB = $(PKG_LIB) $(MPI_LIB) $(FFT_LIB) $(PKG_SYSLIB)# Link target$(EXE): $(OBJ)$(LINK) $(LINKFLAGS) $(EXTRA_PATH) $(OBJ) $(EXTRA_LIB) $(LIB) -o $(EXE) $(SIZE) $(EXE)# Library targetlib: $(OBJ)$(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(EXE) $(OBJ)# Compilation rules%.o:%.cpp$(CC) $(CCFLAGS) $(EXTRA_INC) -c $<%.d:%.cpp$(CC) $(CCFLAGS) $(EXTRA_INC) $(DEPFLAGS) $< > $@# Individual dependenciesDEPENDS = $(OBJ:.o=.d)include $(DEPENDS)存档退出(esc :wq exit)，终端输入:cd /mnt/lmp/srcmake clean-allmake serial (lammps开始安装，最后可生成lmp_serial的可执行文件)mv lmp_serial lmp4 并行计算一examplea：终端输入cd /mnt/lmp/examples/shearcp /opt/mpich/bin/mpirun /mnt/lmp/e*/shearcp /mnt/lmp/src/lmp /mnt/lmp/e*/shearmpirun –np 4 ./lmp<in.shear (lammps开始计算)b：终端输入cd /mnt/lmp/e*/shear。

Ububtu14.04安装lammps-1Nov13（带meam包）成功亲测版

Ububtu14.04安装lammps-1Nov13（带meam包）成功亲测版Ububtu 14.04 安装lammps-1Nov13（带meam包）成功亲测版一. 安装之前最好先把系统更新一下：sudo apt-get update，下载需要的源文件：fftw，mpich2，lammps(我的放在主文件夹下的a 文件夹中）二．安装FFTW#cd a# tar xvzf fftw-2.1.5.tar.gz# cd fftw-2.1.5# ./configure --prefix=/usr/local/fftw2# make# make install三．安装MPICH2（我曾经用sudo apt-get install mpich2命令行安装过，但总有一些文件找不着，还是手动安得比较靠谱）#cd（回到主文件夹）#cd a# tar xvzf mpich2-1.0.2p1.tar.gz# cd mpich2-1.0.2p1# ./configure --prefix=/usr/local/mpich2# make# make install四．安装lammps，附带meam包#cd（回到主文件夹）#cd a# tar xvzf lammps-1Dec10.tar.gz# cd lammps-1Nov13/lib/meam/# make -f Makefile.gfortran (intall meam, you can also choose other versions)在a/lammps-1Nov13/src、MAKE 中找到Makefile.g++,双击打开，进行修改，主要修改6处：1. # g++ = RedHat Linux box, g++4（改为g++）, gfortran, MPICH2, FFTW2.MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -I/usr/local/mpich2/include(添加部分）3. MPI_PATH = -L/usr/local/mpich2/lib4. FFT_INC = -DFFT_FFTW -I/usr/local/fftw2/include5. FFT_PATH = -l/usr/local/fftw2/lib6. 把含有JPEG的全部删掉（我曾经安过jpeg，但最后编译好了运行的时候总出错，还是删掉省事）。