第6章 细菌的分类和命名

细菌的分类等级
具有共性的若干种的组合， 属 具有共性的若干种的组合，应与其它属有明 显的差异。不同的属之间的16S rRNA序列有较大 显的差异。不同的属之间的 序列有较大 差异，差异应大于5～ ％。 差异，差异应大于 ～7％。 是微生物学分类的最基本单元， 种 是微生物学分类的最基本单元，可以认为是 一群性质相似的菌株，与其它菌株群体有明显差异。 一群性质相似的菌株，与其它菌株群体有明显差异。
标准菌株 的菌株。 的菌株。
又叫模式菌株， 又叫模式菌株，具有某种细菌典型特征
种和亚种指定模式菌株（ 种和亚种指定模式菌株（type strain）； ）； 亚属和属指定模式种（ 亚属和属指定模式种（type species）； ）； 属以上至目级分类单元指定模式属（ 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）； ）；
二、数值分类法
原理 根据数值分析，借助电子计算机， 根据数值分析，借助电子计算机，将 拟分类的细菌按其性状相似程度归类定位。 拟分类的细菌按其性状相似程度归类定位。
各种性状同等重要，应用多菌株比较。 各种性状同等重要，应用多菌株比较。 所选性状越多，正确性越高，至少要达到 所选性状越多，正确性越高，至少要达到100个， 个 否则易误判。 否则易误判。
优点：科学、 优点：科学、规范 缺点： 缺点：需要电子计算机
第五节
细菌的分类体系
1、《伯吉氏细菌鉴定手册》（Bergey’s Manual of 伯吉氏细菌鉴定手册》 Determinative Bacteriology)，D. Bergey（美国细菌学家）， Bacteriology)， Bergey（美国细菌学家），
1923年第 1923年第1版，1994年第9版。 年第1 1994年第 年第9
2、《伯吉氏系统细菌学手册》（Bergey’s Manual of 伯吉氏系统细菌学手册》 Systematic Bacteriology)，Holt（美国细菌学家）， Bacteriology)，Holt（美国细菌学家）， 1984-1989年编写完第 版共4 1984-1989年编写完第1版共4卷，2001年开始发行第 年编写完第1 2001年开始发行第 2版共5卷。 版共5
第一节
细菌的分类地位
细菌过去归属植物界，自1974年以来，划为原核生物。 年以来， 细菌过去归属植物界， 1974年以来 划为原核生物。 细菌属于原核生物界，为种系分类的真细菌； 细菌属于原核生物界，为种系分类的真细菌； 广义的细菌包括各类原核细胞型微生物，如细菌、放线菌、 广义的细菌包括各类原核细胞型微生物，如细菌、放线菌、 包括各类原核细胞型微生物 衣原体、支原体、立克次体和螺旋体； 衣原体、支原体、立克次体和螺旋体； 狭义的细菌专指其中的细菌，它的种类最多、数量最大、 狭义的细菌专指其中的细菌，它的种类最多、数量最大、最 专指其中的细菌 具代表性。 具代表性。 细菌的分类层次 与其他生物相同，也是界、门、纲、目、 与其他生物相同，也是界、 在细菌中常用属和种。 科、属、种。在细菌中常用属和种。
B. 细胞的形状、大小、结构和染色反应 细胞的形状、大小、
C. 细胞的群体形态
D. 生化性质和生态特征
2.分子生物学方法 2.分子生物学方法 分类的依据： 分类的依据：遗传特征
第四节
细菌分类的方法
一、双歧检索条目分类法
细菌分类采用传统的双歧检索条目分类法。 细菌分类采用传统的双歧检索条目分类法。 此法首选要在细菌的各种性状中，选择一项或数项 此法首选要在细菌的各种性状中， 被认为是最主要的基本性质，作为分类指征，在最 被认为是最主要的基本性质，作为分类指征， 高一级的分类等阶上将细菌分成若干类别； 高一级的分类等阶上将细菌分成若干类别；然后在 这些类别中选择数项次要性状为指征， 这些类别中选择数项次要性状为指征，将细菌作次 一等阶分类，依此类推，一直划分到种。 一等阶分类，依此类推，一直划分到种。 人为影响因素多，但实际临床检验很实用。 人为影响因素多，但实际临床检验很实用。
第6章 章 细菌的分类和命名
微生物的分类 分类是认识客观事物的一种基本方法。 分类是认识客观事物的一种基本方法。 因此，我们要认识、 因此，我们要认识、研究和利用各种微生物资源 也必须对它们进行分类。 也必须对它们进行分类。 分类学涉及三个相互依存又有区别的组成部分： 分类学涉及三个相互依存又有区别的组成部分： 分类、鉴定、 分类、鉴定、命名
拉丁文学名应该按拉丁文字母的发音规则读念，用 拉丁文学名应该按拉丁文字母的发音规则读念， 英语读念是错误的。 英语读念是错误的。
第三节
细菌分类鉴定的标准
细菌分类依据 形态特征 培养特征 生理特征 生态特征 化学组成 血清学反应 遗传学特性
1.经典鉴定方法的指标 1.经典鉴定方法的指标 A. 基本形态: 基本形态: 球状—球菌；杆状—杆菌；螺旋状— 球状—球菌；杆状—杆菌；螺旋状—螺旋菌
分类: 根据一定的原则(表型特征相似性或系统发育相关性 表型特征相似性或系统发育相关性) 分类 根据一定的原则 表型特征相似性或系统发育相关性 对微生物进行分群归类， 对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列成系 并对各个分类群的特征进行描述， 统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分 类的微生物进行鉴定。 类的微生物进行鉴定。 (根据现有数据建立系统的过程 根据现有数据建立系统的过程) 根据现有数据建立系统的过程 鉴定：借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定 鉴定：借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定， 未知的、或新发现的、 未知的、或新发现的、或未明确分类地位的微生物所应归属 分类群的过程。 分类群的过程。 (根据现有系统确定未知微生物分类归属的过程 根据现有系统确定未知微生物分类归属的过程) 根据现有系统确定未知微生物分类归属的过程 命名：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称。 命名：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称。 (分类系统建立过程中的步骤之一 分类系统建立过程中的步骤之一) 分类系统建立过程中的步骤之一
凡是16S rRNA序列同源性大于 ％的两株细菌， 序列同源性大于97％的两株细菌， 凡是 序列同源性大于 即可确定为同一种。 即可确定为同一种。
是指同一菌种的各个细菌， 亚种 是指同一菌种的各个细菌，虽然基本性 状基本相同，但是在某些方面仍有一定差异， 状基本相同，但是在某些方面仍有一定差异，差 异较明显的称为亚种 差异不明显的称为型 亚种， 异较明显的称为亚种，差异不明显的称为型。
细菌在原核生物界的位置 手册》第八版把细菌、放线菌、粘细菌、螺旋体、 《手册》第八版把细菌、放线菌、粘细菌、螺旋体、支 原体和立克次氏体等归于原核生物界。原核生物界共设2 原体和立克次氏体等归于原核生物界。原核生物界共设2门、 6纲、19部分。 19部分 部分。 原核生物界（Kingdom:Procaryolae） 原核生物界（Kingdom:Procaryolae） 1.光合营养原核生物门（Photobacteria） 1.光合营养原核生物门 Photobacteria） 光合营养原核生物门（ 蓝绿色光合细菌纲(BlucPhotobacteria) 纲Ⅰ.蓝绿色光合细菌纲(Bluc-green Photobacteria) 红色光合细菌纲（ Photobacteria） 纲Ⅱ.红色光合细菌纲（Red Photobacteria） 绿色光合细菌纲（ Photobacteria） 纲Ⅲ.绿色光合细菌纲（Green Photobacteria）第1部分 2. 化能营养原核生物门（Scolobacteria） 化能营养原核生物门（Scolobacteria） 细菌纲(Bacteria) 至第17部分 纲Ⅰ. 细菌纲(Bacteria)第2至第17部分 立克次体纲（Rickettsia） 18部分 纲Ⅱ.立克次体纲（Rickettsia）第18部分 柔膜体纲（Molliculcs） 19部分 纲Ⅲ.柔膜体纲（Molliculcs）第19部分
属名 种名
金黄色葡萄球菌
种名 属名
亚种
在学名后加上ssp.或subsp.（正体）。 或 在学名后加上 （正体）。
新种
在学名后加上sp.nov. （正体）。 正体）。 在学名后加上
属名 通常是一个描述生物形态的名词或发现该 生物的人名，词首必须大写。 生物的人名，词首必须大写。 表示该生物的某种特征、 种名 表示该生物的某种特征、寄居部位或所致 疾病等，字母须小写。 疾病等，字母须小写。 Staphylococcus aureus Escherichia coli 金黄色葡萄球菌 大肠埃希氏菌Fra bibliotek古细菌
I. 是一个独特的系统进化类别，其成员产甲烷、极 是一个独特的系统进化类别，其成员产甲烷、 端耐盐、高度嗜热，其细胞壁组成与细菌不同。 端耐盐、高度嗜热，其细胞壁组成与细菌不同。 II. 这些极端微生物被认为是生物进化过程中的早期 产物，因此称之为古细菌。 产物，因此称之为古细菌。 III. 在兽医微生物学中，不占重要地位。 在兽医微生物学中，不占重要地位。
第六节
细菌的鉴定
一、分类培养
一般只有纯培养的细菌才能进行鉴定。 一般只有纯培养的细菌才能进行鉴定。
二、鉴定方法
除按表型特征、DNA同源性或rRNA序列比较等方 同源性或rRNA序列比较等方 除按表型特征、DNA同源性或 法鉴定细菌外. 法鉴定细菌外. 其他方法，如测定细菌的脂肪酸组成，用气相－ 其他方法，如测定细菌的脂肪酸组成，用气相－液 质谱分析细菌的脂肪酸谱， 相－质谱分析细菌的脂肪酸谱，每一种细菌的脂肪 酸谱是恒定的，可重复性好， 酸谱是恒定的，可重复性好，因此此法可用于细菌 的鉴定或分类，往往结合常规方法参照应用。 的鉴定或分类，往往结合常规方法参照应用。 在有条件的单位可用PCR技术检测鉴定细菌。 在有条件的单位可用PCR技术检测鉴定细菌。 技术检测鉴定细菌 用商品化的细菌鉴定试剂盒，取代自行选择若 用商品化的细菌鉴定试剂盒， 干检测项目。 干检测项目。