地高辛标记探针的Southern杂交
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地高辛标记探针的Southern 杂交
(DIG High Primer DNA Labeling and Detection Starter Kit I ,Cat.No.11 745 832 910,Roche Diagnostics GmbH,Germany)
1. 探针标记步骤(20µl 体系):
1)将10ng-1µg模板DNA用无菌去离子水补足至16µl。
2)沸水浴或干浴锅98 ℃ 10分钟,使DNA变性成单链并迅速冰浴冷却。
3)充分混匀DIG-high Primer (1#管),并取4 µl至变性DNA管,混匀并
离心。
4)37 ℃温育1小时或过夜(最大到不超过20小时)。
5)停止反应,加2 µl 0.2M EDTA(pH 8.0)或65 ℃加热10分钟。
2. 探针标记效率检测:
将地高辛标记好的探针作一系列的稀释,点到一条尼龙膜上,同时用地高辛标记的control DNA作对照标准,120℃固定30分钟;然后用地高辛抗体免疫检测,按BNT/BCIP显色步骤显色;比较显色结果,选择带有可以接受的背景的最高探针浓度做正式的杂交。操作步骤如下:
1)根据表1 DIG-High Prime DNA标记及检测试剂盒理想条件下探针的标记
产量将标记的探针稀释到1ng/μl,将试剂盒提供的control DNA稀释到1ng/μl (原始浓度是5ng /μl),然后按照表2作一系列的稀释探针及control DNA
表1 DIG-High Prime DNA标记及检测试剂盒理想条件下探针标记产量
表
2)将上述稀释的2-9 号管的control DNA 及探针DNA各取1μl点膜
3)120℃固定30分钟或紫外交链3-5分钟
4)将膜放入装有20ml Maleic acid buffer 的塑料器皿中,室温振荡2分
钟
5)将膜放入10ml Blocking solution中室温温育30分钟
6)将膜放入10ml Antibody solution 中室温温育30分钟
7)用10ml Washing buffer 洗2次,每次15分钟
8)在10ml Detection buffer 平衡2-5分钟
9)将膜放入2ml 新配制的Color substrate solution 中暗室条件下显色。
显色过程中不要摇动或振荡
10)当斑点或带显示出来后,用50ml灭菌的双蒸水洗膜5分钟,照相
染色至0.1pg的Control DNA出现斑点,比较标记的探针与Control DNA 染色情况计算出地高辛标记的DNA 的量:如果0.1pg的探针及对照稀释点都显色,则探针标记理想;如果0.1pg的对照显色, 0.1pg的标记探针没显色,但0.3pg 显色,则计算探针浓度(约为理想浓度的1/3)以确定杂交时加多少探针(25ng 探针/ml杂交液);如果0.1pg的对照显色,但标记探针0.3pg的斑点没显色,则应重新标记探针。
(转膜被省略。)
去嘌呤缓冲液:place the gel in a plastic tray.cover with 250 mM HCl.
agitate gently until the bromophenol blue dye turns yellow (5 minutes).
agitate a further 15 minutes and rinse with distilled water.
碱变性液:1.5 mol/L NaCl, 0.5 mol/L NaOH
中和液:0.5 mol/L Tris-HCL(pH=8.0),1.5 mol/L NaCl
20×SSC:2 mol/L NaCl, 0.3 mol/L 柠檬酸钠(pH=7.0)
2×SSC:0.3 mol/L NaCl, 0.03 mol/L柠檬酸钠(pH=7.0)
关于凝胶处理:
1,凝胶放入大培养皿,加变性液没过凝胶,脱色摇床轻微摇动,1h,期间更换一次变性液;
2,倾倒变性液,用无菌超纯水漂洗一次;
3,(先清洗培养皿),加中和液,脱色摇床轻微摇动,1h,期间更换一次中和液;
关于印记:
1,取方玻璃盘,加入适量20×SSC;
2,在方盘上架一玻璃板(注意清洁),玻璃板上铺一Whatman 3MM 滤纸,两端没入20×SSC中,滤纸和玻璃板之间不要留有气泡;
3,取中和后的凝胶,点样孔向下地放在Whatman 3MM滤纸上,用玻璃棒滚动去除胶与滤纸之间的气泡;
4,剪一块与胶大小一致的尼龙膜(带正电荷),放在无菌超蒸水表面,使之自然吸水下沉;