系统发育树构建PPT课件
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系统发育树构建
系统发育进化树示例 Figtree (树形显示软件）
系统发育分析是研究物种进化和系统分类的一种方法，研究对象为携带遗传信息的生物大分子序列，采用特定的数理统计算法来计算
生物间的生物系统发生的关系。
4
系统发育树构建分析步骤
找到建树目的基因（基因组） 进行多序列比对 选择建树方法 建立进化树 进化树评估
• 系统进化树的主要构成： 结点（node)：每个结点表示一个分类单元（属、种群）。 进化分枝(Clade)： 是指由同一生物进化而来的单一系统群。 实体抽象为节点，实体间的进化关系抽象为连接
• 研究对象： 包括基因序列，基因组的排列方式，二级结构，编码的蛋白序列 及高级结构等
分子系统发育的核心是——构建系统发育进化树
• 名 称： Uncultured bacterium clone YU201H10 • 序列号： FJ694683 /FJ694514 • 文 献： TITLE Circumpolar synchrony in big river
bacterioplankton • 序列长度：353 • 相 似 比： 99% • 核酸序列 • 分类地位
打开软件clustalx
• CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的 Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比 对和分析结果提供一个整体的环境。 序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可 以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉 菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的 所有选项。
进化支
猩 猩
系分M异i统子n根i的m发 系u：育统m的进发e所v化育数ol树的u有字ti（核on分心P(尺Mh是Ey类l—度)o最g—的e小。n构e进共建ti化c系t方r同e统e法)发祖育先进化。树
系统发生树构建PPT课件
➢ The branching pattern in a tree is called tree topology（拓扑结构）.
13
分子进化分析介绍
基础生物信息学及应用
2009.09
1
第Ⅲ部分 生物分子信息的分析
基
础 生
第八章
分子进化分析——
物 信
系统发生树构建
息
学
及
应
用
2
本章内容：
基 础
➢ 分子进化分析介绍
生 物
➢ 系统发生树构建方法
信 息
➢ 系统发生树构建实例
学
及
应
用
3
第一节 分子进化分析介绍
基本概念：
基 础
➢ 系统发生（phylogeny）——是指生物形成或进化
物
similar function.
信 息
➢ Paralogs(旁系同源):
学
Homologous sequences within a single species that arose by gene
及
duplication. 。
应 用
➢ 以上两个概念代表了两个不同的进化事件。用于分子进化分析中 的序列必须是直系同源的，才能真实反映进化过程。
及
应
用
6
分子进化分析介绍
➢ 主要假定条件：To use molecular data to reconstruct
evolutionary history requires making a number of
基
reasonable assumptions：
础
生 物 信
The first is that the molecular sequences used in phylogenetic construction are homologous, meaning that they share a common origin and subsequently diverged through time.
系统发育树 ppt
度和1/2节点与2之间的分支
长度相等，则表明物种进化
是同一速率的。
-
6
二．系统发育树的构建方法及原理
步骤：
1.选择 一个相 关序列
2.得到 多个序 列比对
3.是否具有显 是 著的序列相似 性？
最大简约法
三
集
否
大
4.是否可清晰 分辨序列相似
是 距离法
方
性？ 否
法
最大似然法
-
7
1.相关序列：可以是DNA或蛋白质序列：每一类 型 有不同的程序选项，作为进化相关性指标。
优点：对多重序列排列的每一列进行分析，将 考虑所有可能的树，对其序列变化数进行分析，变 化数越多则树越不像，类似最大简约法。正是如此， 其可以通过不同谱系的突变率差异来评价树，可以 用于探索远源序列的关系，因而强于最大简约法。
缺点：计算过于复杂！
-
16
PHYLIP软件包中包括2个最大似然分析程序： 1.DNAML:用于对核苷酸序列估计系统发育关系。 2.DNAMLK:与DNAML不同在于假设存在分子钟（分 支上进化速率恒定）。
-
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三．系统发育树的构建软件
1.PHYLIP 是一个包含了大约30个程序的软件，基本囊括了系统 发育分析的所有方面，而且是免费软件，如上面提到 的DNADIST和PROTDIST。 其处理DNA序列的软件和处理蛋白质序列的软件不同： 用最大节约法构建进化树时，DNA序列采用DNADIST 软件，蛋白质采用PROTPARS软件；用距离法构建树 时，DNA采用DNADIST软件，蛋白质采用PROTDIST 软件；用最大似然法构建树时，DNA采用DNAML、 DNAMLK,蛋白质采用PROTML或PROTMLK软件。
浅谈系统发育分析及进化树制作45页PPT
浅谈系统发育分析及进化树制作
1、纪律是管理关系的形式。——阿法 纳西耶 夫 2、改革如果不讲纪律，就难以成功。
3、道德行为训练，不是通过语言影响 ，而是 让儿童 练习良 好道德 行为， 克服懒 惰、轻 率、不 守纪律 、颓废 等不良 行为。 4、学校没有纪律便如磨房里没有水。 ——夸 美纽斯
5、教导儿童服从真理、服从集体，养 成儿童 自觉的 纪律性 ，这是 儿童道 德教育 最重要 的部分 。—— 陈鹤琴
Thank you
Байду номын сангаас
6、最大的骄傲于最大的自卑都表示心灵的最软弱无力。——斯宾诺莎 7、自知之明是最难得的知识。——西班牙 8、勇气通往天堂，怯懦通往地狱。——塞内加 9、有时候读书是一种巧妙地避开思考的方法。——赫尔普斯 10、阅读一切好书如同和过去最杰出的人谈话。——笛卡儿
1、纪律是管理关系的形式。——阿法 纳西耶 夫 2、改革如果不讲纪律，就难以成功。
3、道德行为训练，不是通过语言影响 ，而是 让儿童 练习良 好道德 行为， 克服懒 惰、轻 率、不 守纪律 、颓废 等不良 行为。 4、学校没有纪律便如磨房里没有水。 ——夸 美纽斯
5、教导儿童服从真理、服从集体，养 成儿童 自觉的 纪律性 ，这是 儿童道 德教育 最重要 的部分 。—— 陈鹤琴
Thank you
Байду номын сангаас
6、最大的骄傲于最大的自卑都表示心灵的最软弱无力。——斯宾诺莎 7、自知之明是最难得的知识。——西班牙 8、勇气通往天堂，怯懦通往地狱。——塞内加 9、有时候读书是一种巧妙地避开思考的方法。——赫尔普斯 10、阅读一切好书如同和过去最杰出的人谈话。——笛卡儿
系统发育分析 PPT
treefile
系统发育分析
• 将treefile更名results3后，双击打开CONSENSE.EXE 工具
打开CONSENSE工具 把treefile更名为results3
系统发育分析
• 输入results3 • 修改O选项，输入18 • 默认R选项，构建无根树 • 其他设置默认，输入Y，回车 • 计算生成out文件
简约法相关工具
似然法相关工具
距离法相关工具 系统树统计学检验工具
• TreeView:
Nigerian
South Amerind
Australian
Papuan
North Amerind
Southern Chinese Korean
0.02
Nigerian Pygmy
Bantu
Japanese Finn
系统发育分析
• 输入results1 • 选择修改M选项，输入100 • 其他设置默认，输入Y，回车 • 计算生成新的outfile文件
输入results1
距离模型 是否处理多样本数 据集，默认为否 选择M，要处理多样本数据集 输入多样本数据集的样本集数目100， 与Seqboot中的设置要一致
其他设置默认，输入Y
• 计算生成out文 件
输入results2 选用的距离法 选择外类群 是否处理多样本数据集，默认为否 输入O，要设置外类群 输入18，表示是第18条序列作为外类群
选择M，要处理多样本数据集， 输入多样本数据集的样本集数目， 与前面步骤中的设置要一致
其他设置默认，输入Y
系统发育分析
outfile
构建的系统 发育树，每 个样本对应 一个系统树
系统发育分析
构建系统发育树的方法课件PPT
2021/3/10
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构建发育树
再点击phylogency----construct/test neighborjioning tree-----然后选择上述保存的文件.mas 然后参数选择Bootstrap method 1000 其他默 认，点击compute
2021/3/10
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得到系统发育树
系统发育树构建
赵慧
2021/3/10
1
16SrRNA片段获取
细菌培养液 DNA提取
基因组DNA
PCR扩增 16SrRNA
2021/3/10
测序
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序列比对
1.使用DNAstar中的SeqMan对未知菌测序得到 的两条序列进行组装连接 SeqMan使用方法：1.打开软件如图
2021/3/10
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2.点击Add Sequence 然后选择侧得的序列 （带有图的）
6.Blast DAN
2021/3/10
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7.输入组装的DNA序列
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8.选择相似的菌种
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9.下载FASTA格式
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10.MEGA7比对
1.打开软件点击Align-Edit/Build Alignment 然后 OK-DNA 再然后是Edit ---insert sequence from file----选择序列（相似菌和目的菌，fasta 格式）----选中序列---点击Alignment ---Align by clustalW----保存（mas格式）
打开软件点击aligneditbuildalignment然后okdna再然后是editinsertsequencefromfile选择序列相似菌和目的菌fasta格式选中序列点击alignmentalign构建发育树再点击phylogencyconstructtestneighborjioningtree然后选择上述保存的文件
系统发育树构建MEGA的使用步骤课件
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
系统发育树构建
——MEGA4的使用步骤
系统发育树构建MEGA的使用步骤
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MEGA 简介
• MEGA的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis 分子进化遗传分析 。
• MEGA 可用于序列比对、进化树的推断、估计分 子进化速度、验证进化假说等。MEGA 还可以通 过网络（NCBI）进行序.1 Beta
系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
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系统发育树构建MEGA的使用步骤
用PhyML构建系统发育树 PPT课件
2012-11-28
PhyML简介
• PhyML是采用最大似然法估计核苷酸或氨基 酸序列系统发生分析的软件。
PhyML 3.0: new algorithms, methods and utilities
• http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/
PhyML可以在线使用了
四个碱基比例键入后，E选项变为user defined
键入K，设置进化模型，为自己定制的模型起名字
根据modeltest结果依次键入碱基替代模型
自定义碱基替代模型成功
这一步设置可变位点的比例。
这一步设置碱基替代的类别数，默认为4，最佳一般为6
*这一步为设置是否优化替代参数，自己订置一定要选为no,否 则最终替代参数会与设置的有差异。
invariable sites (fixed/estimated)默 认为0. The gamma shape
parameter can be
fixed by the user or
estimated via
maximum-likelihood.
这一步设置进化模型。 phyML3.0可直接提供数种模型，每一个 模型均代表一种碱基替代类型。除GTR外，其它模型均可设置 其中的具体参数。同时还可以自已订置替代模型。其中自己订 置替代模型一般为通过modeltest3.7获得的最佳模型。
此选项为序列信息：包括DNA或蛋白序列以有序列为交互或 连续（？）。不用设置，输入tution model界面
Ts/tv ratio （fixed/estimated） 只在K80, HKY85 or TN93 models中选择 才有意义。
Proportion of
PhyML简介
• PhyML是采用最大似然法估计核苷酸或氨基 酸序列系统发生分析的软件。
PhyML 3.0: new algorithms, methods and utilities
• http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/
PhyML可以在线使用了
四个碱基比例键入后，E选项变为user defined
键入K，设置进化模型，为自己定制的模型起名字
根据modeltest结果依次键入碱基替代模型
自定义碱基替代模型成功
这一步设置可变位点的比例。
这一步设置碱基替代的类别数，默认为4，最佳一般为6
*这一步为设置是否优化替代参数，自己订置一定要选为no,否 则最终替代参数会与设置的有差异。
invariable sites (fixed/estimated)默 认为0. The gamma shape
parameter can be
fixed by the user or
estimated via
maximum-likelihood.
这一步设置进化模型。 phyML3.0可直接提供数种模型，每一个 模型均代表一种碱基替代类型。除GTR外，其它模型均可设置 其中的具体参数。同时还可以自已订置替代模型。其中自己订 置替代模型一般为通过modeltest3.7获得的最佳模型。
此选项为序列信息：包括DNA或蛋白序列以有序列为交互或 连续（？）。不用设置，输入tution model界面
Ts/tv ratio （fixed/estimated） 只在K80, HKY85 or TN93 models中选择 才有意义。
Proportion of
【精编版】MEGA构建系统发育树PPT文档共15页
谢谢！
【精编版】MEGA构建系统发育树
46、法律有权打破平静。——马·格林 47、在一千磅法律里，没有一盎司仁 爱。— —英国
48、法律一多，公正就少。——托·富 勒 49、犯罪总是以惩罚相补偿；只有处 罚才能 使犯罪 得到偿 还。— —达雷 尔
50、弱者比强者更能得到法律的保护 。—— 威·厄尔
61、奢侈是舒适的，否则就不是奢侈 。——CocoCha nel 62、少而好学，如日出之阳；壮而好学 ，如日 中之光 ；志而 好学， 如炳烛 之光。 ——刘 向 63、三军可夺帅也，匹不可夺志也。 ——孔 丘 64、人生就是学校。在那里，与其说好 的教师 是幸福 ，不如 说好的 教师是 不幸。 ——海 贝尔 65、接受挑战，就可以享受胜利的喜悦 。——杰纳勒 尔·乔治·S·巴顿
系统发育树构建PPT(共10张PPT)
Unweightedpair group method using arithmetic average (UPGMA) 非加权分组平均法
距离进标尺化：生分物枝体或(序C列la之d间e差)异：的的是数指字尺由度。同一生物进化而来的单一系统群。
序序列列实将 将显显体示示屏屏抽幕幕的的象窗窗口口为中中。。节点，实体间的进化关系抽象为连接 • 研究对象： 系统发育树构建分析步骤
窗口上面的下N拉e菜ig单h可b让o你r 选jo择in传i统n多g重(N比J对)和邻轮位廓比归对需并要的法所有选项。
距窗离口法 上面>最的大下简拉约菜法单可>最让大你似选然择法传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。 将NC序B列I—C—OBPLYA至S记T—事—本输入序列对比——记录好以下几方面：
Character-based methods 基于特征的方法 并系用统系 进统化进树化的树主来要概构括成生：物间的这种亲缘关系。
• PHYLIP
• MEGA
• PHYML
• PAUP
• BEAST
系统发育树构建软件
• Figtree (树形显示软件）
• TreeView （树形显示软件）
6
系统发育树构建的基本方法
Distance-based methods 基于距离的方法
Unweightedpair group method using arithmetic average (UPGMA) 非加 权分组平均法 距系离统法 发育>最树大构简建约分法析步>最骤大似然法
bacterioplankton • 序列长度：353
• 相 似 比： 99%
• 核酸序列 • 分类地位
打开软件clustalx
距离进标尺化：生分物枝体或(序C列la之d间e差)异：的的是数指字尺由度。同一生物进化而来的单一系统群。
序序列列实将 将显显体示示屏屏抽幕幕的的象窗窗口口为中中。。节点，实体间的进化关系抽象为连接 • 研究对象： 系统发育树构建分析步骤
窗口上面的下N拉e菜ig单h可b让o你r 选jo择in传i统n多g重(N比J对)和邻轮位廓比归对需并要的法所有选项。
距窗离口法 上面>最的大下简拉约菜法单可>最让大你似选然择法传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。 将NC序B列I—C—OBPLYA至S记T—事—本输入序列对比——记录好以下几方面：
Character-based methods 基于特征的方法 并系用统系 进统化进树化的树主来要概构括成生：物间的这种亲缘关系。
• PHYLIP
• MEGA
• PHYML
• PAUP
• BEAST
系统发育树构建软件
• Figtree (树形显示软件）
• TreeView （树形显示软件）
6
系统发育树构建的基本方法
Distance-based methods 基于距离的方法
Unweightedpair group method using arithmetic average (UPGMA) 非加 权分组平均法 距系离统法 发育>最树大构简建约分法析步>最骤大似然法
bacterioplankton • 序列长度：353
• 相 似 比： 99%
• 核酸序列 • 分类地位
打开软件clustalx
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- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
• PHYLIP
• MEGA
• PHYML
• PAUP
系统发育树构建软件
• BEAST
• Figtree (树形显示软件）
• TreeView （树形显示软件）
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7
系统发育树构建的基本方法
Distance-based methods 基于距离的方法
Unweightedpair group method using arithmetic average (UPGMA) 非加权分组平均法 Minimum evolution(ME)最小进化方法 Neighbor joining(NJ)邻位归并法
• 系统进化树的主要构成： 结点（node)：每个结点表示一个分类单元（属、种群）。 进化分枝(Clade)： 是指由同一生物进化而来的单一系统群。 实体抽象为节点，实体间的进化关系抽象为连接
• 研究对象： 包括基因序列，基因组的排列方式，二级结构，编码的蛋白序列 及高级结构等
分子系统发育的核心是——构建系统发育进化树
Character-based methods 基于特征的方法
Maximum parsimony(MP)最大简约法 Maximum likelihood method(ML)最大似然法
计算速度
距离法 >最大简约法 >最大似然法
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系统发育树建立方法
• NCBI——BLAST——输入序列对比—— 记录好以下几方面：
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19ห้องสมุดไป่ตู้
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• 名 称： Uncultured bacterium clone YU201H10 • 序列号： FJ694683 /FJ694514 • 文 献： TITLE Circumpolar synchrony in big river
bacterioplankton • 序列长度：353 • 相 似 比： 99% • 核酸序列 • 分类地位
• Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提
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具体步骤
• 根据需要，选定要比对的菌株及相应的序 列。将序列COPY至记事本
• 1）File Load sequences 找序列 • 2）Alignment Do complete alignment
Align 自动生成文件于桌面（序列所 在文件夹）. • . aln是所需文件
一个单位
分支 长度 狒 狒
距离标尺 0.5
外群
系统发育进化树示例
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4
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系统发育树构建分析步骤
找到建树目的基因（基因组） 进行多序列比对 选择建树方法
建立进化树
进化树评估
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系统发育树构建的相关软件
• ClustalX （序列比对软件）
• Modeltest&MrModeltest(碱基替换模型筛选软件)
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系统进化树
结点：表示一个分类单元。
结点
人
进化支：两种以上生物（DNA序
列）及其祖先组成的树枝。 进化分支长度：用数值表示的进
进化支
化枝的变化程度（遗传距离）
猩
距离标尺：生物体或序列之间差
猩
异的的数字尺度。
根：所有分类的共同祖先。
源外物群种：,与一分个析或序多列个相无关可且争具议有的适同当根
的亲缘关系
分子进化分析—— 系统发生树的构建
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分子系统发育分析
• 系统发育分析是研究物种进化和系统分类的一种 方法，研究对象为携带遗传信息的生物大分子序 列，采用特定的数理统计算法来计算生物间的生 物系统发生的关系。并用系统进化树来概括生物 间的这种亲缘关系。
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分子系统发育分析
• 系统发育进化树（ Phylogenetic tree) 用一种类似树状分支的图形来概括各种生物之间的亲缘关系。
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打开软件clustalx
• CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的 Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比 对和分析结果提供一个整体的环境。 序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可 以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉 菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的 所有选项。