16S鉴定细菌的种属(PPT30页)

16S_rDNA鉴定细菌地方法

16S rDNA鉴定细菌的方法细菌16S rDNA鉴定主要分为7个局部：1.提取细菌基因组DNA,2.设计/选择引物进展PCR扩增，电泳检测纯度与大小。

5.目的片段测序。

6.BLAST比对获取相似片段。

试剂：培养基：通常选择组分简单且细菌生长良好的培养基〔培养基组分过于复杂会影响DNA的提取效果，也可以在裂解细菌前用TE缓冲液对菌体进展洗涤。

〕。

1.2 1M Tris-HCl (pH7.4, 7.6, 8.0)〔1L〕：121.1g Tris，加浓盐酸约〔70ml, 60ml, 42ml〕pH大约下降0.03个单位。

(Tris-HCl缓冲液〔0.05mol/L，25Tris〕溶液与x ml 0.1mol/L 盐酸混匀后，加水稀释至100ml 。

Tris缓冲液不仅被广泛用作核酸和蛋白质的溶剂，Tris也是蛋白质电泳缓冲液的主要成分之一) 0.5M EDTA〔pH8.0〕〔1L〕：186.1g Na2EDTA•2H2O，用NaOH调pH至8.0〔约20g〕,高温高压灭菌，室温保存。

(配置方法 1. 称取186.1g Na2EDTA•2H2O，置于1L烧杯中。

2. 参加约800mL的去离子水，充分搅拌。

3. 用NaOH调节pH值值8.0〔约20g NaOH〕。

注意：pH值至8.0时，EDTA才能溶解。

4. 加去离子水将溶液定容至1L。

5. 适量分成小份后，高温高压灭菌。

6. 室温保存。

〕1.4 10×TE Buffer(缓冲液〕(pH7.4，7.6，8.0)〔1L〕：组分：100 mM Tris-HCl，10 mM EDTA。

1M Tris-HCl〔pH7.4，7.6，8.0〕取100ml，0.5M EDTA〔pH8.0〕取20ml。

高温高压灭菌，室温保存。

1×TE Buffer用10×TE Buffer稀释10倍即可。

1.5 10%SDS〔W/V〕：称10gSDS，68℃加热溶解，用浓盐酸调pH至7.2。

[整理]16s_rdna菌种鉴定

16S rDNA方法鉴定细菌种属一．目的1. 掌握16S rDNA对细菌进行分类的原理及方法；2. 掌握DNA提取、PCR原理及方法、DNA片段回收等实验操作。

二、原理随着分子生物学的迅速发展，细菌的分类鉴定从传统的表型、生理生化分类进入到各种基因型分类水平，如(G+C)mol%、DNA杂交、rDNA指纹图、质粒图谱和16S rDNA序列分析等。

细菌中包括有三种核糖体RNA，分别为5S rRNA、16S rRNA、23S rRNA，rRNA基因由保守区和可变区组成。

16S rRNA对应于基因组DNA上的一段基因序列称为16S rDNA。

5S rRNA 虽易分析，但核苷酸太少，没有足够的遗传信息用于分类研究；23S rRNA含有的核苷酸数几乎是16S rRNA的两倍，分析较困难。

而16S rRNA相对分子量适中，又具有保守性和存在的普遍性等特点，序列变化与进化距离相适应，序列分析的重现性极高，因此，现在一般普遍采用16S rRNA作为序列分析对象对微生物进行测序分析。

在细菌的16SrDNA中有多个区段保守性，根据这些保守区可以设计出细菌通用物，可以扩增出所有细菌的16SrDNA片段，并且这些引物仅对细菌是特异性的，也就是说这些引物不会与非细菌的DNA互补，而细菌的16SrDNA可变区的差异可以用来区分不同的菌。

因此，16SrDNA可以作为细菌群落结构分析最常用的系统进化标记分子。

随着核酸测序技术的发展，越来越多的微生物的16SrDNA序列被测定并收入国际基因数据库中，这样用16SrDNA 作目的序列进行微生物群落结构分析更为快捷方便。

1、16S rRNA普遍存在于原核生物中。

rRNA参与生物蛋白质的合成过程，其功能是任何生物都必不可少的，而且在生物进化的漫长历程中保持不变，可看作为生物演变的时间钟。

2、在16S rRNA分子中，既含有高度保守的序列区域，又有中度保守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究。

16S鉴定细菌的种属

16S rDNA在原核生物中普遍存在。
16 S rDNA的相对分子量大小适中，约1500 bp，便于序列分析。在16S rRNA分子中，既含有高度保守的序列区域，又有中度保
守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的各类
生物亲缘关系的研究。 bp=base pair
图 16S rDNA基因组成（灰色为保守区，绿色为可变区）
16S rDNA基因全长1542 bp，由9个可变区和10个保守区组成。其中保守区反映了生物物种间的亲缘关系，而可变区则表明物种间的差异，且变异程度与细菌的系统发育密切相关。
DNA的提取
挑取单菌落,然后置于装有100 μLPrepMan Ultra的离心管中, 涡旋震荡混匀30s左右，然后100℃水浴10min 后，以离心机最大转速离心 3min ，取 10μL 上清液与 490μL ddH2O （即稀释50 倍），混匀作为下步PCR 的模板DNA 。提取的DNA 于-20℃保存。
利用16S rDNA鉴定细菌的种属
1.什么是 16S rDNA？ 16SrRNA 为原核生物核糖体 RNA 的一个亚基， 16SrDNA 就是编
码该亚基的基因。原核生物的rRNA含有3种类型：23S、16S、5S rRNA，它们分别
含有2900、1540和120个核苷酸。
2.用16S rDNA进行细菌鉴定的原因
检测：核酸蛋白仪/琼脂糖凝胶电泳
525R 5' AAG GAG GTG WTC CAR CC 3'
试剂使用量（ 20μL体系）
模板DNA （10ng~100ng） 2μL
PCR 反应条件
Taq 酶(5U/μL)
10×Taq Buffer(Mg2+) dNTPs(2.5mM) 引物F(10 μM) 引物R(10 μM) ddH2O

用16S rDNA方法鉴定细菌种属

用16S rDNA 方法鉴定细菌种属一、实验目的1. 掌握16S rDNA 对细菌进行分类的原理及方法；2. 掌握DNA 提取、PCR 原理及方法、DNA 片段回收等实验操作。

二、实验原理细菌rRNA （核糖体RNA ）按沉降系数分为3种，分别为5S 、16S 和23S rRNA 。

16S rDNA 是细菌染色体上编码16S rRNA 相对应的DNA 序列，存在于所有细菌染色体基因中。

16SrDNA 鉴定是指用利用细菌16SrDNA 序列测序的方法对细菌进行种属鉴定。

包括细菌基因组DNA 提取、16SrDNA 特异引物PCR 扩增、扩增产物纯化、DNA 测序、序列比对等步骤。

是一种快速获得细菌种属信息的方法。

16S rDNA 是细菌的系统分类研究中最有用的和最常用的分子钟，其种类少，含量大（约占细菌RNA 含量的80％），分子大小适中，存在于所有的生物中，其进化具有良好的时钟性质，在结构与功能上具有高度的保守性，素有“细菌化石”之称。

在大多数原核生物中rDNA 都具有多个拷贝，5S 、16S 、23S rDNA 的拷贝数相同。

16S rDNA 由于大小适中，约1.5Kb 左右，既能体现不同菌属之间的差异，又能利用测序技术较容易地得到其序列，故被细菌学家和分类学家接受。

16SrRNA 的编码基因是16SrDNA ，但是要直接将16SrRNA 提取出来很困难，因为易被广泛存在的RNase 降解，因而利用16S rDNA 鉴定细菌，其技术路线如下：细菌基因组的提取：PCR 的基本原理：PCR 技术的基本原理类似于DNA 的天然复制过程，其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。

PCR 由变性--退火--延伸三个基本反应步骤构成：①模板DNA 的变性：模板DNA 经加热至93℃左右一定时间后，使模板DNA 双链或经PCR 扩增形成的双链DNA 解离，使之成为单链，以便它与引物结合，为下轮反应作准备；②模板DNA 与引物的退火(复性)：模板DNA 经加热变性成单链后，温度降至55℃左右，引物与模板DNA 单链的互补序列配对结合；③引物的延伸：DNA模板--引物结合物在TaqDNA聚合酶的作用下，以dNTP为反应原料，靶序列为模板，按碱基配对与半保留复制原理，合成一条新的与模板DNA 链互补的半保留复制链重复循环变性--退火--延伸三过程，就可获得更多的“半保留复制链”，而且这种新链又可成为下次循环的模板。

16s核糖体rna作为菌种鉴定的原理和方法

16s核糖体rna作为菌种鉴定的原理和方法嘿，咱今儿就来聊聊 16s 核糖体 RNA 作为菌种鉴定那点事儿！你知道不，这 16s 核糖体 RNA 就像是每个菌种的独特身份证一样。

咱先说说原理哈，为啥它能用来鉴定菌种呢？这就好比每个人都有自己独特的长相和性格，菌种也有它们特有的特征呀！16s 核糖体RNA 在不同的菌种里可是有着不一样的序列呢，这就好比是它们的“基因密码”。

通过对这个“密码”的解读，咱就能分清谁是谁啦！那具体咋个鉴定法呢？这可就有讲究啦！就像警察破案得找线索一样，我们得先把菌种里的 16s 核糖体 RNA 给提取出来，这可是个精细活儿，得小心翼翼地操作，不然就把重要的“线索”给弄丢啦。

提取出来后，再用一些高科技的手段去分析它的序列。

这就好像给这个“身份证”做个详细的检查。

然后呢，把得到的序列和已知菌种的序列进行比对，这就像是在一个大数据库里找匹配的信息一样。

一旦找到了匹配的，那不就知道这个菌种是啥啦！这过程是不是挺神奇的？你想想啊，以前要鉴定一个菌种得多麻烦呀，得观察它的形态、生理特征啥的，还不一定能准确鉴定出来呢。

现在有了 16s 核糖体 RNA 这个法宝，就方便多啦！而且哦，这 16s 核糖体 RNA 鉴定菌种的方法还特别灵敏，哪怕只有一点点的菌种，也能给它鉴定出来，厉害吧！这就好比是在一堆沙子里找到那颗特别的小石子一样。

当然啦，这也不是说这个方法就完美无缺啦。

有时候也可能会出现一些小误差，就像人也会偶尔犯错一样。

但总体来说，它可是为我们研究菌种立下了大功呢！总之呢，16s 核糖体 RNA 作为菌种鉴定的原理和方法，那可是相当重要的。

它让我们对菌种的认识更加深入、准确。

以后咱再看到那些小小的微生物，可不能小瞧它们啦，说不定它们的“身份”可大有来头呢！这就是科学的魅力呀，能让我们发现那些隐藏在微小世界里的大秘密！你说是不是很有趣呢？。

16S鉴定细菌的种属精品PPT课件

5
特异引物扩增１６ＳｒDNA序列：这个过程一般先用Primer Premier 来设计引物，接下来在利用PCR进行特征序列的扩增。如果是乳酸菌可以用通用引物27f：5′-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3′；1495r： 5′- CTACGGCTACCTTGTTACGA-3′。以下是我已Enterococcus KLDS 6.0610的16SrDNA为例设计的引物
验证ＰＣＲ产物扩增是否成功
选取近似菌种序列构建系统发育树
与数据库中已知细菌比较获得样品
种属信息
ＤＮＡ测序获得１６ＳｒＤＮＡ序列
4
1.弃尽培养液，向培养皿中加入650 μl的Solution A，室温静置1分钟。 2. 用移液枪的取650 μl的细胞悬浮液转移至Collection Tube中。 3.加入0.8 μl的RNase A1，激烈振荡15秒钟，然后室温静置1分钟。 4. 弃去上层有机相，再加入1 ml的4℃预冷的Solution C充分混匀后12,000 rpm离心2分钟 5. 弃去上层有机相，然后将水相溶液转移至置于Collection Tube上的Filter Cup中 6. 弃Filter Cup，在滤液中加入400 μl的DB Buffer，混合均匀。 7. 将试剂盒中的Spin Column安置于Collection Tube上。将上述操作6混合溶液转移至 Spin Column中，12,000 rpm离心1分钟，弃滤液。 8. 将500 μl的Rinse A加入至Spin Column中，12,000 rpm离心30秒钟，弃滤液。 9. 将700 μl的Rinse B加入至Spin Column中，12,000 rpm离心30秒钟，弃滤液。 10. 重复操作步骤9。 11. 将Spin Column安置于新的1.5 ml的离心管上，在Spin Column膜的中央处加入 50～200 μl的灭菌蒸馏水或Elution Buffer，室温静置1分钟。 12. 12, 000 rpm离心1分钟洗脱DNA。

16S_rDNA鉴定细菌的方法

1.510%SDS（W/V）：称10gSDS，68℃加热溶解，用浓盐酸调pH至7.2。室温保存。用之前在65℃溶解。配置时要戴口罩。
6、5M NaCl：称292.2gNaCl，高温高压灭菌，4℃保存。
7、CTAB/NaCl（10%CTAB，0.7M NaCl）：溶解4.1g NaCl，加10g CTAB（十六烷基三甲基溴化铵），加热搅拌。用之前在65℃溶解。
1.1细菌基因组DNA提取
基本步骤：
材料准备
破碎细胞或胞膜—内容物释放
核算分离、纯化
沉淀或吸附核酸，并去除杂质
核酸溶解在适量缓冲液或水中
基因组DNA提取所需仪器：高速冷冻离心机、恒温冰箱、移液器、水平电泳槽、紫外/荧光观测仪
细菌基因组DNA提取方法综述
细菌基因组DNA的提取方法主要有5种。不同的方法所选择的试剂会有所不同。
14、蛋白酶K：20 mg/ml 溶于水，-20℃保存，反应浓度50 ug/ml，反应缓冲液：0.01 mol/L Tris (pH 7.8), 0.005 mol/L EDTA, 5% SDS，反应温度37-56℃。无需预处理。
15、RNase A：10 mg/ml。25 mg RNase A 加1M Tris（pH 7.5）25ul，2.5M NaCl 15ul，无菌水2460 ul，于100℃加热15分钟，缓慢冷却至室温，分装成小份保存于-20℃。（为避免RNA的干扰，使用RNA酶降解基因组中的RNA。）
1.21M Tris-HCl (pH7.4, 7.6, 8.0)（1L）：121.1g Tris，加浓盐酸约（70ml, 60ml, 42ml），高温高盐灭菌后，室温保存。冷却到室温后调pH，每升高1℃，pH大约下降0.03个单位。(Tris-HCl缓冲液（0.05mol/L，25℃） 50ml 0.1mol/L三羟甲基氨基甲烷（Tris）溶液与x ml 0.1mol/L 盐酸混匀后，加水稀释至100ml。Tris缓冲液不仅被广泛用作核酸和蛋白质的溶剂，Tris也是蛋白质电泳缓冲液的主要成分之一)

细菌种属的分子鉴定

用16S rDNA方法鉴定细菌种属一、目的1. 掌握16S rDNA对细菌进行分类的原理及方法；2. 掌握DNA提取、PCR原理及方法、DNA片段回收等实验操作。

二、原理随着分子生物学的迅速发展，细菌的分类鉴定从传统的表型、生理生化分类进入到各种基因型分类水平，如(G+C)mol%、DNA杂交、rDNA指纹图、质粒图谱和16S rDNA序列分析等。

细菌中包括有三种核糖体RNA，分别为5S rRNA、16S rRNA、23S rRNA，rRNA基因由保守区和可变区组成。

16S rRNA对应于基因组DNA上的一段基因序列称为16S rDNA。

5S rRNA虽易分析，但核苷酸太少，没有足够的遗传信息用于分类研究；23S rRNA含有的核苷酸数几乎是16S rRNA的两倍，分析较困难。

而16S rRNA相对分子量适中，又具有保守性和存在的普遍性等特点，序列变化与进化距离相适应，序列分析的重现性极高，因此，现在一般普遍采用16S rRNA作为序列分析对象对微生物进行测序分析。

利用16S rDNA鉴定细菌的技术路线：三、操作步骤（一）细菌基因组DNA提取1. 挑单菌落接种到10 mL LB培养基中37℃振荡过夜培养。

2. 取2 mL培养液到2 mLEppendorf管中，8000 rpm离心2分钟后倒掉上清液。

3. 加140 μL TE打散细菌，再加入60 μL 10 mg/ml的溶菌酶。

37℃放置10分钟。

4. 加入400 μL Digestion Buffer，混匀。

再加入3 μL Protein K，混匀，55℃温育5分钟。

5. 加入260 μL乙醇，混匀，全部转入UNIQ-10柱中。

10000 rpm离心1分钟，倒去收集管内的液体。

6. 加入500 μL 70％乙醇（Wash Solution），10000 rpm离心0.5分钟。

7. 重复第六步。

8. 再10000 rpm离心2分钟彻底甩干乙醇。

吸附柱转移到一个新的1.5 mL的离心管。

16S_rDNA鉴定细菌的方法

16S rDNA鉴定细菌的方法细菌16S rDNA鉴定主要分为7个部分：1.提取细菌基因组DNA,2.设计/选择引物进行PCR扩增，电泳检测纯度与大小。

3.琼脂糖凝胶电泳分离4.胶回收目的片段5.目的片段测序。

6.BLAST比对获取相似片段。

7.构建系统进化树试剂：1.1 培养基：通常选择组分简单且细菌生长良好的培养基（培养基组分过于复杂会影响DNA的提取效果，也可以在裂解细菌前用TE缓冲液对菌体进行洗涤。

）。

1.2 1M Tris-HCl (pH7.4, 7.6, 8.0)（1L）：121.1g Tris，加浓盐酸约（70ml, 60ml, 42ml），高温高盐灭菌后，室温保存。

冷却到室温后调pH，每升高pH大约下降0.03个单位。

(Tris-HCl缓冲液（0.05mol/L，25℃）50ml 0.1mol/LTris）溶液与x ml 0.1mol/L 盐酸混匀后，加水稀释至100ml 。

Tris缓冲液不仅被广泛用作核酸和蛋白质的溶剂，Tris也是蛋白质电泳缓冲液的主要成分之一)1.3 0.5M EDTA（pH8.0）（1L）：186.1g Na2EDTA•2H2O，用NaOH调pH至8.0（约20g）,高温高压灭菌，室温保存。

(配置方法1. 称取186.1g Na2EDTA•2H2O，置于1L烧杯中。

2. 加入约800mL的去离子水，充分搅拌。

3. 用NaOH调节pH值值8.0（约20g NaOH）。

注意：pH值至8.0时，EDTA才能溶解。

4. 加去离子水将溶液定容至1L。

5. 适量分成小份后，高温高压灭菌。

6. 室温保存。

）1.4 10×TE Buffer(缓冲液）(pH7.4，7.6，8.0)（1L）：组分：100 mM Tris-HCl，10 mM EDTA。

1M Tris-HCl（pH7.4，7.6，8.0）取100ml，0.5M EDTA（pH8.0）取20ml。

高温高压灭菌，室温保存。

16S鉴定细菌的种属

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Enterococcus avium ATCC 14025T (DQ411811) Enterococcus devriesei LMG 14595T (AJ891167) 98 Enterococcus pseudoavium ATCC 49372T (DQ411809) 99 Enterococcus hermanniensis LMG 12317T (AY396047) Enterococcus pallens ATCC BAA-351T (DQ411812) Enterococcus asini AS2T (Y11621) Enterococcus canintestini LMG 13590T (AJ888906) 99 Enterococcus dispar LMG 13521T (AJ301829) Enterococcus phoeniculicola JLB-1T (AY028437) Enterococcus thailandicus FP48-3T (EF197994) Enterococcus canis LMG 12316T (X76177) Enterococcus durans DSM 20633T (AJ276354) Enterococcus mundtii LMG 10748T (AJ301836) Enterococcus villorum LMG 12287T (AJ271329)2 03 04
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16SrＤＮＡ的定义及其应用于细菌鉴定的原因鉴定的一般步骤文本目录
鉴定存在的不足及其解决办法
文本目录 16SrDNA 在细菌鉴定中的应用
１.16SrDNA的定义
16SrRNA为原核生物核糖体RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。

《细菌鉴定》PPT课件

特殊气味等
形态学观察
* 营养需求（血琼脂、巧克力、营养琼脂生长情况）
* 胆盐耐受（麦康凯生长情况） * 万古霉素耐受（含万古霉素巧克力生长情况） * 液体培养基生长现象（菌膜、上半部生长、
均匀浑浊、下半部生长、沉淀） * 半固体动力现象（清晰、毛刷样、倒伞状）
生化反应
* OF试验 * 各种糖发酵试验、糖氧化试验 * 糖衍生物发酵（α/β-甲基葡萄糖、β-葡萄糖胺、
不同种群的细菌根据培养的难易以及实际操作时的难度而采用不同的鉴定手段
* 目前技术能培养的细菌采用传统手段
* 难培养细菌采用分子生物学手段（如麻风分支杆菌、肺炎支原体、肺炎衣原体等）
* 而传统手段难以进一步鉴定的细菌则采用抗原抗体血清学分类（如军团菌、沙门菌、志贺菌等）、细胞壁脂肪酸结构和组成分类（如棒状杆菌相关属）、挥发性代谢产物（如厌氧菌挥发性脂肪酸）指纹分析
血清学试验（不常用）
* 铜绿假单胞菌生物分型血清 * 脑膜炎奈瑟菌分型血清 * 隐球菌可溶血抗原血清 * 脑膜炎5种可溶性抗原复合乳胶
* b型流感嗜血杆菌乳胶 * 肺炎链球菌乳胶（含83个血清型的多价血清） * A群脑膜炎奈瑟菌乳胶 * B群脑膜炎奈瑟菌/大肠埃希菌K1乳胶 * C群脑膜炎奈瑟菌乳胶
然耐药反证法鉴定
形态学试验
G+菌 BA生长、Choc不生长、MecK不生长，——Gram染色：分G+co（革兰阳性球菌） ,G+ b（革兰阳性杆菌）
G+co—依靠溶血特征，菌落形态、菌落颜色、菌体形态区分:
▲葡萄球菌：淡黄色/白色，中等大小，较凸，规则圆形，β/γ溶血，较湿润，除金黄色葡萄球菌外，一般不具有临床意义；
血清学试验（不常用）

细菌种属的分子鉴定

用16S rDNA方法鉴定细菌种属一、目的1. 掌握16S rDNA对细菌进行分类的原理及方法；2. 掌握DNA提取、PCR原理及方法、DNA片段回收等实验操作。

二、原理随着分子生物学的迅速发展，细菌的分类鉴定从传统的表型、生理生化分类进入到各种基因型分类水平，如(G+C)mol%、DNA杂交、rDNA指纹图、质粒图谱和16S rDNA序列分析等。

细菌中包括有三种核糖体RNA，分别为5S rRNA、16S rRNA、23S rRNA，rRNA基因由保守区和可变区组成。

16S rRNA对应于基因组DNA上的一段基因序列称为16S rDNA。

5S rRNA虽易分析，但核苷酸太少，没有足够的遗传信息用于分类研究；23S rRNA含有的核苷酸数几乎是16S rRNA的两倍，分析较困难。

而16S rRNA相对分子量适中，又具有保守性和存在的普遍性等特点，序列变化与进化距离相适应，序列分析的重现性极高，因此，现在一般普遍采用16S rRNA作为序列分析对象对微生物进行测序分析。

利用16S rDNA鉴定细菌的技术路线：三、操作步骤（一）细菌基因组DNA提取1. 挑单菌落接种到10 mL LB培养基中37℃振荡过夜培养。

2. 取2 mL培养液到2 mLEppendorf管中，8000 rpm离心2分钟后倒掉上清液。

3. 加140 μL TE打散细菌，再加入60 μL 10 mg/ml的溶菌酶。

37℃放置10分钟。

4. 加入400 μL Digestion Buffer，混匀。

再加入3 μL Protein K，混匀，55℃温育5分钟。

5. 加入260 μL乙醇，混匀，全部转入UNIQ-10柱中。

10000 rpm离心1分钟，倒去收集管内的液体。

6. 加入500 μL 70％乙醇（Wash Solution），10000 rpm离心0.5分钟。

7. 重复第六步。

8. 再10000 rpm离心2分钟彻底甩干乙醇。

吸附柱转移到一个新的1.5 mL的离心管。

一株野生细菌的16Sr

1、分类与鉴定：16Sr在细菌分类学中具有举足轻重的地位。它可以帮助科学家们确定细菌的种属和科，甚至可以用来研究整个生态系统的微生物多样性。通过比较不同细菌16Sr序列的差异，我们可以将它们归入不同的类别。
2、进化研究：16Sr的另一个重要作用是帮助研究细菌的进化历程。通过比较不同物种或不同地理位置的细菌16Sr序列，我们可以追踪细菌的演化过程，揭示其自然历史和关系。
四、实验方法与技术路线
在进行16Sr研究时，我们需要采取一系列实验方法和步骤。首先，从环境中采集样品并提取其总DNA；接着，利用PCR技术对16Sr基因进行扩增，得到特定长度的DNA片段；随后，对这些片段进行测序，得到16Sr序列信息；最后，通过生物信息学分析，对这些序列进行分类和比较。
在实验过程中，需要注意以下几点：首先是DNA提取的效率，必须确保能够提取到足够纯度的DNA以供后续分析；其次是PCR扩增的特异性，要确保得到的序列准确无误；最后是数据处理的过程，需要对测序结果进行深入分析和比对，才能得出准确可靠的结论。
一株野生细菌的16Sr
目录
01 一、16Sr：揭开野生细菌的神秘面纱
02
二、深入研究：16Sr 的关键角色
03 三、案例分析：16Sr 在研究中的应用
04
四、实验方法与技术路线
05 五、总结
06 参考内容
在生物学的广袤领域中，微观世界的研究往往揭示出令人惊奇的发现。今天，我们将聚焦于一个非常特别的主题——一株野生细菌的16Sr。这个看似微不足道的生物实体，其实隐藏着巨大的奥秘。在本次演示中，我们将探讨16Sr的背景、研究方法及其在野生细菌研究中的应用和意义。
2、避免过度清洗：过度清洗可能会破坏阴道菌群的平衡，引发BV。

16srDNA鉴定微生物原理PPT课件

定义
分类
0 3 16s rDNA鉴定细菌原理
16s rDNA鉴定细菌原理
33％
16s rDNA简介
66％
鉴定原理
100％
鉴定步骤
定义：
16srDNA（16SrRNA为核糖体的RNA 的一个亚基16SrDNA就是编码该亚基的基因。）鉴定是指用利用细菌16srDNA 序列测序的方法对细菌进行种属鉴定。
小的扩增子大小可能是优选的
（核苷酸986-1043）尽管V6区域长度仅为58bp，但它显示出相当大的序
V6
列可变性，并能够区分大多数细菌物种，V6是用于区分炭疽芽孢杆菌和
蜡状芽孢杆菌的测定的最佳靶区域。
（核苷酸576-682,822-879,1117-1173和1243-1294）这四个高变区，特 V4、5、别是V5，由于与其他高变区相比具有更高程度的序列保守性，因此不太 7、8 适合物种鉴定。这可能导致灵敏度较低的测定，因为针对该区域设计的
作用：科学家认为这些跨物种的相似性证明了某个特殊的基因完成了一些许多生命形式所必须的基本功能，因此在进化过程中保留了这些序列。保守序列区域反映了生物物种间的亲缘关系，16S rDNA分子的序列特征为不同分类级别的近缘种系统分类奠定了分子生物学基础。
鉴定原理
高变区
细菌16S核糖体RNA（rRNA）基因含有9个“高变区”（V1V9），其在不同细菌中表现出相当大的序列多样性。没有一个区域可以区分所有细菌;因此，需要进行系统研究，比较每个区域对特定诊断目标的相对优势。
感谢聆听，批评指导
汇报人：王伟
球菌。V2似乎也是区分分枝杆菌属的最佳靶标。V2具有100bp的平均长
度，这是DNA探针的相对大的靶区域。

16s_rdna菌种鉴定

16S rDNA方法鉴定细菌种属一．目的1. 掌握16S rDNA对细菌进行分类的原理及方法；2. 掌握DNA提取、PCR原理及方法、DNA片段回收等实验操作。

二、原理随着分子生物学的迅速发展，细菌的分类鉴定从传统的表型、生理生化分类进入到各种基因型分类水平，如(G+C)mol%、DNA杂交、rDNA指纹图、质粒图谱和16S rDNA序列分析等。

细菌中包括有三种核糖体RNA，分别为5S rRNA、16S rRNA、23S rRNA，rRNA基因由保守区和可变区组成。

16S rRNA对应于基因组DNA上的一段基因序列称为16S rDNA。

5S rRNA 虽易分析，但核苷酸太少，没有足够的遗传信息用于分类研究；23S rRNA含有的核苷酸数几乎是16S rRNA的两倍，分析较困难。

而16S rRNA相对分子量适中，又具有保守性和存在的普遍性等特点，序列变化与进化距离相适应，序列分析的重现性极高，因此，现在一般普遍采用16S rRNA作为序列分析对象对微生物进行测序分析。

在细菌的16SrDNA中有多个区段保守性，根据这些保守区可以设计出细菌通用物，可以扩增出所有细菌的16SrDNA片段，并且这些引物仅对细菌是特异性的，也就是说这些引物不会与非细菌的DNA互补，而细菌的16SrDNA可变区的差异可以用来区分不同的菌。

因此，16SrDNA可以作为细菌群落结构分析最常用的系统进化标记分子。

随着核酸测序技术的发展，越来越多的微生物的16SrDNA序列被测定并收入国际基因数据库中，这样用16SrDNA 作目的序列进行微生物群落结构分析更为快捷方便。

1、16S rRNA普遍存在于原核生物中。

rRNA参与生物蛋白质的合成过程，其功能是任何生物都必不可少的，而且在生物进化的漫长历程中保持不变，可看作为生物演变的时间钟。

2、在16S rRNA分子中，既含有高度保守的序列区域，又有中度保守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究。

16S_rDNA鉴定细菌地方法

16S rDNA鉴定细菌的方法细菌16S rDNA鉴定主要分为7个局部：1.提取细菌基因组DNA,2.设计/选择引物进展PCR扩增，电泳检测纯度与大小。

5.目的片段测序。

6.BLAST比对获取相似片段。

试剂：培养基：通常选择组分简单且细菌生长良好的培养基〔培养基组分过于复杂会影响DNA的提取效果，也可以在裂解细菌前用TE缓冲液对菌体进展洗涤。

〕。

1.2 1M Tris-HCl (pH7.4, 7.6, 8.0)〔1L〕：121.1g Tris，加浓盐酸约〔70ml, 60ml, 42ml〕pH大约下降0.03个单位。

(Tris-HCl缓冲液〔0.05mol/L，25Tris〕溶液与x ml 0.1mol/L 盐酸混匀后，加水稀释至100ml 。

Tris缓冲液不仅被广泛用作核酸和蛋白质的溶剂，Tris也是蛋白质电泳缓冲液的主要成分之一) 0.5M EDTA〔pH8.0〕〔1L〕：186.1g Na2EDTA•2H2O，用NaOH调pH至8.0〔约20g〕,高温高压灭菌，室温保存。

(配置方法 1. 称取186.1g Na2EDTA•2H2O，置于1L烧杯中。

2. 参加约800mL的去离子水，充分搅拌。

3. 用NaOH调节pH值值8.0〔约20g NaOH〕。

注意：pH值至8.0时，EDTA才能溶解。

4. 加去离子水将溶液定容至1L。

5. 适量分成小份后，高温高压灭菌。

6. 室温保存。

〕1.4 10×TE Buffer(缓冲液〕(pH7.4，7.6，8.0)〔1L〕：组分：100 mM Tris-HCl，10 mM EDTA。

1M Tris-HCl〔pH7.4，7.6，8.0〕取100ml，0.5M EDTA〔pH8.0〕取20ml。

高温高压灭菌，室温保存。

1×TE Buffer用10×TE Buffer稀释10倍即可。

1.5 10%SDS〔W/V〕：称10gSDS，68℃加热溶解，用浓盐酸调pH至7.2。