审稿意见与作者修改说明(稿号2019-0088)

审稿意见与作者修改说明（稿号：2019-0088 ）——————————————初审专家意见与作者修改说明—————————————

专家1意见：

1、习惯上基于分子水平的鉴定我们称为“分子鉴定”，故建议将全文“基因序列分析”、“序列分析”等描述改为“分子鉴定”，三种鉴定方法分别为形态学鉴定、分子鉴定和质谱直涂法鉴定。回复：首先感谢专家的意见，虽然习惯上基于分子水平的鉴定我们称为“分子鉴定”，因质谱鉴定法也是基于分子水平的鉴定，基因序列分析法用于鉴定只是分子鉴定中的一种，分子鉴定包括很多技术：随机引物PCR(RP-PCR)、随机扩增多态性DNA（RAPD）、扩增性简单序列重复（ISSR）、限制性内切酶片段长度多态性（RFLP）,扩增限制性内切酶片段长度多态性（AFLP）,单链构象多态性（SSCP）、DNA序列测定（DNA序列条形码分析）和基因芯片等技术等。为了突出本文的基因序列分析法（国内外许多文献都采用此说法）是分子鉴定中的DNA序列测定，又避免质谱鉴定法是基于分子水平的鉴定而与分子鉴定相并列，为了文章的表达，本人希望维持原文的说法，敬请专家理解和支持，谢谢！

2、分类学上一般从高到低进行表述（属在前、种在后），建议调整文中描述的顺序。

回复：已按专家意见调整。

3、物种在正文中首次出现时应该提供中文种名和拉丁文学名，如 1.1中“烟曲霉（ATCC204305）”应为“烟曲霉（Aspergillus fumigates,ATCC204305）”;此后文中在此出现时署名简写，即“A.fumigates”，无需写出拉丁文全名；拉丁文斜体只对属名和种名加词，括号和sp.不应斜体（sp.是species的缩写，不是拉丁文）。

回复：已按专家意见调整。

4、表2左侧一列，“菌种”表述不当，应该为“种名”，需要中文名和拉丁文学名。

回复：因一些教科书和文献的表里也写的“菌种”，如果表述不当可以改成“真菌名称”，因为有的是“属名”，不宜写为“种名”。已按专家要求写成中文名和拉丁文学名。

5、通常情况下，真菌鉴定一般采用分子与形态鉴定结合的方式进行，作者文中也有相关统计分析，建议作者将质谱和形态鉴定进行综合分析，预期应该更加准确，同时也避免分子鉴定时间长的问题。

回复：专家的建议很好，也按专家建议完成统计，质谱和形态学鉴定综合分析种、复合群和属水平鉴定率分别为75.94%（101/133）、91.73%（122/133）和98.50%（131/133），都比测序分析和形态学综合分析的83.46%、93.98和100%略低，但没有统计学显著差异（2= 2.324，P = 0.127; 2= 0.510, P = 0.475和2 = 2.015, P = 0.156），并在讨论中提及。

……

专家2意见：

1、目标菌株：皮肤癣菌，是目前最常见的丝状病原真菌，但文中没有涉及。因此，建议补上相关的皮肤癣菌，否则说是丝状真菌，可能并不合适。

回复：虽然皮肤癣菌是目前最常见的丝状病原真菌，只是皮肤科中最为常见，只引起皮肤和软组织感染，为浅部真菌，不引起侵袭性感染，并且在皮肤科只要镜检能看到菌丝即可，其用药基本一样，培养后鉴定对临床治疗意义不大，一般皮肤科标本只镜检不作培养，我院皮肤科就这样。本院菌库中保留的皮肤癣菌均来自门诊病人和几株ATCC标准株，按我们的质谱直涂法鉴定效果都可到种，与测序和形态学鉴定结果一致，因本文标题本来为“MALDI-TOF MS 直接涂靶法快速鉴定深部丝状真菌的临床应用”，并且纳入统计的菌株分离于住院病人，后来因为考虑本研究的重点是方法学探讨，所选的分离株未做细致的病例分析，有些可能为环境污染菌，还有一部分可能并不来自深部，所以把“深部”二字去掉了，现按专家建议补充了一株红色毛癣菌（Trichophyton rubum, ATCC28188）和几株皮肤癣菌（临床菌株）。文中已提到本研究的不足之处：某些属的种类和数量较少。

2、关于“1.3.2基因序列分析方法”建议给出相关引物的出处，是引用还是自己设计？

回复：是引用的，给与了相应的参考文献。

3、关于真菌条形码，建议参照Med Mycol.2015May;53(4):313-37和Persoonia35,2015:242–263

回复：下载并拜读了这两篇文献，并引用了一文献。

——————————————复审专家意见与作者修改说明—————————————专家意见：

无其他修改要求，同意发表。

——————————————定稿会意见与作者修改说明——————————————请针对以下问题进行修改完善后可以发表。意见如下：

已按照要求修改，同意发表。