实时荧光定量PCR技术原理(修订)
实时荧光定量pcr检测核酸的原理
实时荧光定量pcr检测核酸的原理实时荧光定量PCR(Real-Time Quantitative PCR,RT-qPCR)是一种基于聚合酶链反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)的技术,能够快速、准确地定量检测核酸。
RT-qPCR的原理基于PCR的扩增和荧光信号的监测。
PCR是一种通过反复复制DNA片段的方法,它由DNA模板、引物和DNA聚合酶组成。
引物是专门设计的短链DNA片段,它们能够在目标DNA序列的两端精确结合并指导DNA聚合酶的复制。
PCR的循环包括三个步骤:变性、退火和延伸。
在变性步骤中,双链DNA被加热至94-98℃,使其解离成两条单链DNA。
在退火步骤中,引物与单链DNA特异性结合。
在延伸步骤中,DNA聚合酶沿着单链DNA模板合成新的DNA链。
每一个PCR循环会使目标DNA的数量翻倍,经过多个循环,目标DNA的数量会大幅增加。
RT-qPCR通过引入荧光探针实现对PCR扩增产物的实时检测。
荧光探针也是一种短链DNA片段,其中包含一个荧光染料和一个荧光信号抑制器。
荧光信号抑制器通过与荧光染料的近距离接触,抑制了荧光信号的发射。
当荧光探针与PCR扩增产物结合时,荧光信号抑制器与荧光染料分离,荧光信号得以释放。
通过荧光信号的增加可以判断PCR扩增产物的数量。
RT-qPCR的步骤包括样品处理、反转录、PCR扩增和荧光信号检测。
首先,需要从待检测样品中提取出核酸。
然后,通过反转录酶将RNA转录成cDNA,以便后续PCR扩增。
接下来,将引物、荧光探针和PCR反应液与样品一起加入PCR扩增管中。
PCR扩增过程中,荧光探针与PCR产物结合,并释放荧光信号。
PCR扩增和荧光信号检测是在同一反应管中进行的,所以可以实现实时监测。
最后,根据荧光信号的强度,可以计算出PCR扩增产物的初始数量。
RT-qPCR具有高灵敏度、高特异性和高准确性的特点。
它可以在短时间内检测到低浓度的核酸,并且能够区分不同的核酸序列。
实时荧光定量PCR技术原理
实时荧光定量PCR技术原理一、PCR反应:PCR反应是qPCR的关键步骤,它利用DNA聚合酶酶及其附加的DNA 引物扩增靶序列,产生大量特异性放大的DNA片段。
PCR的过程包括三个主要阶段:变性、退火和扩增。
1. 变性(Denaturation):在94-96℃的高温下,DNA双链解旋为两条单链,使其变性成为模板。
2. 退火(Annealing):将反应体温降至40-65℃, DNA引物与目标序列的互补部分结合,引物与模板序列的退火温度由其碱基组成决定。
3. 扩增(Extension):将反应体温升至67-72℃,DNA聚合酶酶依托DNA引物的引导进行DNA链合成,合成一个新的DNA链。
PCR通过不断的循环变性、退火和扩增步骤,每一个循环的两倍增加靶序列的数量,从而迅速放大特定的DNA片段。
二、定量方法:实时荧光定量PCR具有准确、快速、高灵敏度和高特异性的特点,可以定量分析目标序列的初始数量。
qPCR主要通过引入荧光标记和检测体系监测PCR反应的进程,并根据监测到的荧光信号的强弱来确定目标序列的起始浓度。
常用的定量方法包括SYBR Green染料和探针法两种。
1. SYBR Green染料法:这是最常用的定量方法,它利用SYBR Green 染料与DNA结合发出荧光信号。
SYBR Green染料结合到PCR反应中的靶序列上,DNA双链解旋后,SYBR Green染料就可以与靶序列结合,并发出荧光信号。
荧光信号的增加与PCR反应进行的循环次数成正比,荧光信号的曲线由荧光分析仪实时记录,通过建立标准曲线或比较Ct值(Ct,Cycle Threshold,荧光阈值周期,即荧光信号超过背景噪音的最小反应周期数)来确定目标序列起始浓度。
2.探针法:探针法需要合成特异性的探针序列,包含荧光物质和有机磷酸盐类物质。
PCR反应中,探针与靶序列的互补部分结合,作为DNA聚合酶酶的模板,聚合酶在待测的DNA靶序列上进行链合成,荧光小分子物质与酶切开的探针结合发出荧光信号,荧光信号与目标序列的起始浓度成正比。
实时荧光定量PCR原理
实时荧光定量PCR原理1.PCR基本原理PCR通过在不断循环的体系中复制和放大特定DNA片段,从而实现DNA的快速扩增。
PCR反应通常包括三个步骤:变性、退火和延伸。
在变性步骤中,DNA的双链结构被解开,形成两条单链DNA。
在退火步骤中,引物与目标DNA的互补序列结合,形成引物-目标DNA结合复合物。
在延伸步骤中,DNA聚合酶通过追加互补碱基,并使用引物作为起始点,在目标DNA的基础上合成新的DNA链。
实时荧光PCR是对传统PCR技术的改进,它通过添加荧光探针(也称为探针引物)来实时监测PCR反应的进程。
荧光探针通常由两部分组成:一个荧光标记物和一个定向增效子。
在PCR反应的延伸步骤中,荧光探针与目标DNA的互补序列结合,并被PCR酶切割,导致荧光信号被释放。
3.原理图解实时荧光PCR通常需要使用一个双喷嘴热循环仪(Thermal Cycler),其中一个喷嘴用于控制样品的温度,另一个喷嘴用于实时监测PCR反应的进程。
具体的PCR反应流程如下:-备制PCR试剂:将PCR反应所需的试剂混合均匀,包括DNA模板、引物、荧光探针和内参物。
-生成PCR产物:通过一系列的循环反应,将DNA模板放大成大量的PCR产物。
-荧光信号监测:PCR反应过程中,荧光探针与PCR产物的结合会释放荧光信号。
实时荧光PCR系统通过探测和记录PCR反应体系中的荧光信号,并在每个循环结束时测定信号强度。
4.数据解读和PCR效率计算实时荧光PCR的结果通常以荧光信号的周期阈值(Ct值)表示,Ct值是荧光信号强度超过背景噪音的循环数。
Ct值越低,表示PCR产物浓度越高,反之亦然。
根据Ct值,可以计算PCR的效率。
效率(E)的计算公式为:E =10^(-1/slope) - 1,其中slope为荧光曲线的斜率。
效率越接近1,表示PCR反应越有效。
5.RT-qPCR的应用RT-qPCR可应用于多个领域,包括基因表达分析、病原体检测和药物开发等。
简述实时荧光定量PCR技术的原理
简述实时荧光定量PCR技术的原理
实时荧光定量PCR(Real-time quantitative PCR, qPCR)是一种用于检测和定量DNA或RNA的方法。
它结合了传统的PCR技术和荧光探针技术,可以实时监测PCR反应的进程,并根据荧光信号的强度来确定目标物质的数量。
实时荧光定量PCR的原理如下:
1. PCR反应体系:反应体系中包含目标DNA或RNA模板、引物(一对用于扩增目标序列的寡核苷酸片段)、荧光探针和酶。
荧光探针通常由一个与目标序列互补的序列和一个带有荧光物质和荧光物质猝灭物质的序列构成。
2. 扩增过程:PCR反应通过一系列的温度循环来进行。
首先是变性步骤,将DNA 或RNA模板变性为单链。
然后是退火步骤,引物与目标序列互补结合。
最后是延伸步骤,酶在合适的温度下合成新的DNA链。
3. 荧光信号检测:在PCR反应过程中,荧光探针与目标序列的结合会导致荧光信号的释放。
荧光信号的强度与目标序列的数量成正比。
实时荧光定量PCR系统可以实时监测荧光信号的强度,并记录下来。
4. 分析和定量:通过实时荧光定量PCR系统记录的荧光信号强度曲线,可以确定PCR反应的阈值周期数(CT值)。
CT值表示在达到阈值信号强度时,PCR 反应的循环数。
根据CT值,可以计算出目标序列在初始反应体系中的起始数量。
实时荧光定量PCR技术具有高灵敏度、高特异性和高准确性的特点,广泛应用于基因表达分析、病原体检测、突变分析等领域。
实时荧光定量pcr的原理
实时荧光定量pcr的原理
实时荧光定量PCR是一种基于聚合酶链反应(PCR)的技术,用于测量DNA或RNA分子的数量。
它通过将荧光探针引入PCR反应混合物中,利用荧光信号的增加来定量PCR过程中
的DNA合成。
实时荧光定量PCR原理的核心是荧光探针的使用。
荧光探针
通常包含一个荧光染料和一个与其配对的探针序列。
在PCR
过程中,荧光探针与PCR引物一起在目标序列的特定位置结合,并被DNA聚合酶酶切为两个片段。
当荧光探针与目标序列结合时,荧光染料受到荧光共振能量转移的影响,导致荧光信号暗淡。
随着DNA合成的进行,DNA
聚合酶将到达荧光探针的剪切位点,荧光染料被释放并发出荧光信号。
实时荧光定量PCR设备配有一个光学检测系统,能够在PCR
反应混合物中的每一个循环中检测荧光信号的强度。
该系统测量荧光信号的增加,并将其转化为相应的荧光单位。
通过与标准曲线比较,可以确定在每个PCR循环中合成的
DNA量。
标准曲线是在已知浓度下制备的DNA模板的荧光强度与其相对DNA浓度之间的关系。
通过测量荧光信号的强度,并用标准曲线进行校正,可以得到PCR反应混合物中目标
DNA的初始数量。
因此,实时荧光定量PCR可以定量测量PCR反应中的DNA
合成,并提供高灵敏度和准确性的结果。
它广泛应用于分子生物学、遗传学、病原体检测等领域,成为许多实验室中常用的技术。
实时荧光定量PCR的原理
实时荧光定量PCR的原理1.PCR反应:2.荧光探针:实时荧光定量PCR通常使用两种类型的荧光探针来检测扩增过程:探针型Ta qMan探针和缺失型探针。
其中,探针型Ta qMan探针包含一个引物序列和一个标记荧光物。
在反应的延伸过程中,引物结合到目标序列上,同时荧光物会被系统特定的DNA聚合酶切断,从而释放出荧光信号。
缺失型探针则使用两个引物来结合目标序列的两个不同区域,其中一个引物上标记了荧光物,另一个引物上是荧光物对应的抑制剂。
当两个引物结合到目标序列上时,抑制剂阻止荧光物的释放,从而抑制荧光信号。
这两种探针的核心原理是通过荧光信号的释放或抑制来定量PCR扩增过程中的产物。
3.荧光信号检测:实时荧光定量PCR使用荧光实时检测系统检测PCR反应过程中的荧光信号。
常见的检测系统包括荧光比色法、熔解曲线分析法和荧光信号累积法等。
荧光比色法是将PCR反应体系加入一种荧光染料,其荧光信号随着PCR过程中产物的累积而增加。
熔解曲线分析法则通过逐渐升高温度,分析PCR产物的特征性熔解温度,从而确定PCR反应的特异性。
荧光信号累积法利用PCR反应产物与荧光探针的结合释放出的荧光信号的数量与产物量成正比的原理,定量PCR产物的数量。
4.数据分析:实时荧光定量PCR的数据分析通常使用阈值循环数(Ct)方法。
Ct值定义为PCR反应的循环数,PCR产物的荧光信号超过设定阈值的循环数。
Ct值越小,说明待测DNA的起始量越多。
通过建立标准曲线,将待测样品的Ct值与标准曲线对应的起始DNA量进行比较,从而计算出待测样品的目标DNA的起始量。
总体来说,实时荧光定量PCR通过引入荧光探针并使用荧光信号检测系统,实现对PCR反应中的产物进行实时定量。
其原理简单可靠,广泛应用于基因表达、突变检测、病毒定量等领域,是分子生物学研究中不可或缺的工具之一。
实时荧光定量pcr的原理
实时荧光定量pcr的原理实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qPCR)是一种用于测定DNA或RNA在样本中的数量的技术。
它可以实时监测PCR反应过程中的荧光信号,从而实现对目标序列的定量分析。
实时荧光定量PCR在生物医学研究、临床诊断、环境监测等领域具有广泛的应用价值。
实时荧光定量PCR的原理基于PCR技术,但在PCR反应过程中引入了荧光探针,使得PCR过程中的荧光信号与目标序列的数量成正比。
下面将详细介绍实时荧光定量PCR的原理。
首先,实时荧光定量PCR需要使用一种荧光探针,通常有两种类型,双标记探针和DNA间接染料。
双标记探针是一种含有荧光素和荧光淬灭剂的探针,当它与目标序列结合时,荧光素和淬灭剂之间的距离被拉大,从而导致荧光信号的增加。
DNA间接染料则是一种无需特定探针的染料,它可以与PCR产物结合并发出荧光信号。
其次,实时荧光定量PCR需要使用一种特殊的PCR仪器,称为实时荧光定量PCR仪。
这种仪器可以在PCR反应过程中实时监测荧光信号的强度,并将其转化为目标序列的数量。
实时荧光定量PCR仪器通常配备了特定的软件,可以自动分析荧光信号的强度,并计算出目标序列的起始数量。
最后,实时荧光定量PCR的原理是基于荧光信号与目标序列数量成正比的关系。
在PCR反应过程中,荧光信号的强度随着PCR产物的增加而增加,从而可以通过监测荧光信号的动态变化来实现对目标序列的定量分析。
实时荧光定量PCR可以实现高灵敏度、高特异性和高准确性的目标序列定量分析,因此在科学研究和临床诊断中得到了广泛的应用。
总之,实时荧光定量PCR是一种基于PCR技术的定量分析方法,它利用荧光探针和实时监测荧光信号的PCR仪器,可以实现对DNA或RNA目标序列的高灵敏度、高特异性和高准确性的定量分析。
实时荧光定量PCR在基础科学研究、临床诊断和环境监测等领域具有广泛的应用前景。
实时荧光定量pcr原理
实时荧光定量pcr原理实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR)是一种用于检测和定量DNA或RNA的技术。
它结合了PCR技术和荧光探针技术,能够实时监测PCR反应过程中的荧光信号变化,从而实现对目标核酸的定量分析。
本文将介绍实时荧光定量PCR的原理及其在科研和临床中的应用。
实时荧光定量PCR的原理基于PCR技术,PCR是一种体外扩增DNA的方法,通过DNA聚合酶酶链反应(PCR)使目标DNA序列在体外得到扩增。
而实时荧光定量PCR则在PCR反应中引入了荧光探针,利用荧光信号的变化来监测PCR反应的过程。
在实时荧光定量PCR中,通常使用的荧光探针包括SYBR Green和TaqMan探针。
SYBR Green是一种DNA结合染料,它能够与PCR反应中产生的双链DNA结合并发出荧光信号,因此可以用来监测PCR反应的进程。
TaqMan探针则是一种双标记探针,包括一个荧光素和一个荧光淬灭器,它能够在PCR反应中特异性结合目标DNA序列并发出荧光信号,因此可以用来定量PCR反应中的目标DNA。
实时荧光定量PCR的原理可以简单概括为,首先,将待扩增的DNA样品与引物和荧光探针一起加入PCR反应体系中;然后,利用热循环装置对PCR反应体系进行多次循环加热和降温,使目标DNA序列得到扩增;在PCR反应过程中,荧光探针与目标DNA结合并发出荧光信号,这些信号会被实时监测和记录下来;最后,通过分析监测到的荧光信号的变化,可以计算出PCR反应体系中目标DNA的起始量,并进行定量分析。
实时荧光定量PCR在科研和临床中有着广泛的应用。
在科研领域,实时荧光定量PCR可以用于基因表达分析、病原微生物检测、基因型分析等方面,其高灵敏度和高特异性使其成为了研究人员进行生物学研究的重要工具。
在临床诊断中,实时荧光定量PCR可以用于疾病的早期诊断、疾病的病原体检测、药物代谢酶基因型分析等方面,其快速、准确和可靠的特点使其成为了临床诊断中不可或缺的手段。
实时荧光定量PCR技术的原理及应用
实时荧光定量PCR技术的原理及应用(图)、实时荧光定量PCR原理(一)定义:在PCR反应体系中加入荧光基团,利用荧光信号累积实时监测整个PCR进程,最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。
(二)实时原理1、常规PCR技术:对PCR扩增反应的终点产物进行定量和定性分析无法对起始模板准确定量,无法对扩增反应实时检测。
2、实时定量PCR技术:利用荧光信号的变化实时检测PCR扩增反应中每一个循环扩增产物量的变化,通过Ct值和标准曲线的分析对起始模板进行定量分析3、如何对起始模板定量?通过Ct值和标准曲线对起始模板进行定量分析• 4、几个概念:(1 )扩增曲线斬确餅扩増曲钱图占横坐标:tr增褥环飒(Cv'cle) t纵坐标丈5?光强度每个摘环进行一次荧光信号的牧集(2) 荧光阈值:荧光伫卩阈『i (threshold ):□FTLStS环信号柞均荧光本底信号^baseline),即样本的荧光誉景值和開性对照的黄光值□黄光城嵋的缺省设置是”鮎十蓮环的茨光信号的恬准俄菱的10信口手动设■;忌剧慕丈于样本的荧光背倉值和阴性对黑的荧光星高值F同时要尽虽遥择进人指数期的最初阶段.并且保证回归系数大于699□真正的信号I荣光信号超过域值CT值的重现性:纵轴:菟光信号星楫轴;pcRwgimCt值的特点’■相同模板进行9就扩增,终点处产物量不恒定,・Ct值则极貝重现性5、定量原理:理想的PCR反应:X=Xo*2n非理想的PCR反应:X=Xo (1+Ex) nn:扩增反应的循环次数X :第n次循环后的产物量Xo:初始模板量Ex :扩增效率5、标准曲线: "ind «r口模板DNA®越多.荧光达到域值的循环数越少,即仕值越小口Log浓度与循环数呈线性关系,通过已知起始拷贝数的标准品可作出标准曲线,根据样品G值*就可以计算岀样品中所含的模板量6、绝对定量1 )确定未知样品的C(t )值2)通过标准曲线由未知样品的C(t)值推算出其初始量7、DNA的荧光标记:二、实时荧光定量PCR的几种方法介绍方法一:SYBR Gree n 法(一)工作原理1、SYBR Green 能结合到双链DNA的小沟部位2、SYBR Green 只有和双链DNA结合后才发荧光3、 变性时,DNA 双链分开,无荧光4、 复性和延伸时,形成双链 DNA , SYBR Green 发荧光,在此阶段采集荧光信号r1■ 一 11J1 w-" -1 -_____________________ - ______________________________ 1-|--1 ■Tm 值:DNA 解链一半时的温度1/! ■ /“I 1 I1au i〈TTm[14■<W4$14Vl[iHHfW Awe]•将温度与荧光强度的变化求导乜Cdl/dT)脏解曲涉务析卜出睨杂吃 其悒&關出现非料异性荧 光’因此宦量丁准确U 模板DNAfi g 多.荧光达到 域值的循环数越少□ Log 浓度与循环数呈线性关 系,根据样品G 值.就可以计算 出样品中所含的模板量PCR 反应体系的建立及优化:1、SYBR Green 使用浓度:太高抑制Taq 酶活性,太低,荧光信号太弱,不易检测2、 Primer :引物的特异性高,否则扩增有杂带,定量不准3、 MgCI2的浓度:可以降低到1.5mM,以减少非特异性产物4、 反应Buffer 体系的优化5、 反应温度和时间参数:由酶和引物决定6、 其他与常规 PCR 相同 (二) 应用范围 1、起始模板的测定;2、 基因型的分析;3、 融解曲线分析:可以优化PCR 反应的条件,对常规PCR 有指导意义,如对primer 的评价;可以区分单一引物、引物二聚体、变异产物、多种产物。
实时定量荧光pcr原理
实时定量荧光pcr原理
实时定量荧光PCR(quantitative Real-Time PCR)是一种基于PCR技术的高效、准确且可靠的DNA分析方法。
其主要原理
是通过在PCR反应过程中实时监测DNA扩增产物的累积量,从而定量测定起始DNA模板的数量。
实时定量荧光PCR的核心是使用荧光探针的方法来定量检测PCR反应过程中的DNA扩增产物。
在PCR反应中,荧光探
针包含一个荧光染料和一个荧光素(quencher)分子。
当探针
与PCR反应中的模板DNA序列互补结合时,荧光染料与荧光素分子之间距离较远,荧光信号强度较高。
而当PCR反应进
行到延伸阶段,DNA聚合酶酶活将荧光探针的酶切位点切除,导致荧光染料与荧光素分子之间距离缩小,荧光信号强度降低。
根据荧光信号的变化情况,可以推算出PCR反应过程中DNA
扩增产物的实时累积量。
为了实现定量测定,实时定量荧光PCR还需要设置一个标准
曲线。
首先,制备一系列包含已知浓度的DNA标准品,然后
通过实时定量荧光PCR测定这些标准品的荧光信号。
根据标
准品荧光信号与其对应浓度之间的关系,构建标准曲线。
最后,通过比较待测样品的荧光信号与标准曲线,可以确定样品中的DNA起始数量。
实时定量荧光PCR在科学研究和临床诊断中具有广泛应用。
它可以用于分析基因表达水平、研究遗传变异、检测病原体等。
相比传统的定量PCR方法,实时定量荧光PCR具有灵敏度高、
精确性好、操作简便等优点,成为分子生物学领域中不可或缺的实验技术之一。
实时荧光定量pcr的技术原理
实时荧光定量pcr的技术原理
实时荧光定量PCR(Real-time quantitative polymerase chain reaction)是一种可以在PCR反应过程中实时监测DNA扩增的方法。
其技术原理基于PCR反应中的DNA扩增和荧光探针的结合。
实时荧光定量PCR主要包括以下步骤:
首先,将待扩增的DNA模板,引物和荧光探针混合在一起。
荧光探针由一个与待扩增的DNA序列相互补的引物和一个带有荧光染料和一个抑制退火的小分子的探针组成。
接着,将混合物加入到特定设计的PCR反应体系中,其中包括缓冲液、DNA聚合酶以及其他所需的试剂。
PCR反应开始后,通过热循环过程,将DNA模板的两条链分离,并进行DNA扩增。
在PCR反应过程中,荧光探针与DNA扩增产物结合,当探针结合到合适的位置上时,荧光探针的荧光染料会释放出荧光信号。
PCR反应体系中含有一个光学系统,可以实时监测PCR反应进行过程中的荧光强度变化。
光学系统通常由一个光源、一个荧光探测器和一个数据处理单元组成。
实时荧光定量PCR中的数据处理单元会收集、分析和解释荧光强度变化的数据,根据扩增产物的荧光信号强度,可以推断
出反应体系中的扩增产物的绝对或相对数量。
通过定量PCR技术,可以对DNA进行定量分析,确定起始模板的数量。
实时荧光定量PCR在基因表达分析、病原体检测、拷贝数变异检测等领域得到广泛应用。
实时荧光定量pcr原理
实时荧光定量pcr原理实时荧光定量PCR(qPCR)是一种用于检测DNA或RNA的定量分析技术,它结合了PCR技术和实时荧光检测技术,可以实现对目标序列的快速、准确和高灵敏度的定量检测。
本文将介绍实时荧光定量PCR的原理及其在科研和临床诊断中的应用。
首先,实时荧光定量PCR的原理是基于PCR技术和荧光探针技术的结合。
在PCR过程中,DNA或RNA模板会被特异性引物引导进行扩增,同时荧光探针与目标序列结合并释放出荧光信号。
随着PCR的进行,目标序列的数量会不断增加,荧光信号也会随之增加。
利用荧光检测仪器可以实时监测PCR反应体系中的荧光信号强度,从而实现对PCR反应过程的实时监测和定量分析。
实时荧光定量PCR的优势在于其高灵敏度、高特异性和高准确性。
相比于传统的终点荧光定量PCR,实时荧光定量PCR可以在PCR反应过程中实时监测目标序列的扩增情况,从而可以准确地确定起始模板的数量。
此外,实时荧光定量PCR还可以通过荧光探针的设计实现多重PCR反应的同时检测,大大提高了检测的通量和效率。
在科研领域,实时荧光定量PCR被广泛应用于基因表达分析、病原微生物检测、基因突变分析等领域。
通过实时监测PCR反应过程中的荧光信号,可以准确地确定不同样本中目标基因的表达水平,从而揭示基因在生理和病理过程中的作用。
在临床诊断中,实时荧光定量PCR也被用于病原微生物的检测和基因突变的筛查,其高灵敏度和高特异性使其成为临床诊断的重要辅助手段。
总之,实时荧光定量PCR作为一种高效、准确的定量分析技术,已经成为科研和临床诊断中不可或缺的工具。
其原理简单、操作方便,可以快速、准确地实现对DNA或RNA的定量分析。
随着技术的不断进步和发展,相信实时荧光定量PCR在科研和临床诊断中的应用前景将更加广阔。
实时荧光定量pcr检测原理
实时荧光定量pcr检测原理实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR)是一种在DNA扩增反应中,以荧光化学物质测每次聚合酶链式反应(PCR)循环后产物总量的方法。
这种方法通过内参或者外参法对待测样品中的特定DNA序列进行定量分析。
Real-timePCR是在PCR扩增过程中,通过荧光信号,对PCR进程进行实时检测。
由于在PCR扩增的指数时期,模板的Ct值和该模板的起始拷贝数存在线性关系,所以成为定量的依据。
实时荧光定量PCR的基本原理是利用DNA聚合酶的5’-3’外切酶活性,在DNA合成过程中检测荧光信号的变化。
当DNA聚合酶与特定荧光染料标记的DNA引物结合时,荧光染料会被标记在引物的3’端。
在PCR反应过程中,每当DNA聚合酶添加一个核苷酸到引物3’端时,聚合酶的外切酶活性将荧光染料从引物上切割下来,释放出荧光。
通过实时检测荧光信号的变化,可以实时监测DNA的合成过程。
实时荧光定量PCR的定量原理是利用PCR扩增的指数时期,模板的Ct值和该模板的起始拷贝数存在线性关系。
在PCR扩增的指数时期,随着循环次数的增加,DNA产物的量呈指数增长。
在这个阶段,每个循环的DNA产物量与上一个循环的DNA产物量成比例。
因此,通过实时检测荧光信号的变化,可以确定PCR进程中的DNA产物量。
由于每个模板的起始拷贝数不同,因此不同模板的Ct值也不同。
通过比较不同模板的Ct值,可以确定模板的起始拷贝数。
实时荧光定量PCR具有许多优点,如高灵敏度、高特异性和高自动化程度。
它可以用于多种类型的样本检测,包括血液、组织、细胞培养液等。
此外,实时荧光定量PCR还可以用于基因表达分析、突变检测和病原体鉴定等应用。
实时荧光定量PCR是一种非常有用的技术,可以用于多种类型的样本检测和分析。
它的基本原理是利用DNA聚合酶的外切酶活性和荧光染料标记的引物来实时监测DNA的合成过程。
通过比较不同模板的Ct值,可以确定模板的起始拷贝数,从而实现定量分析。
实时荧光定量pcr的原理和方法
实时荧光定量pcr的原理和方法实时荧光定量PCR(qPCR)是一种分子生物学技术,用于检测和定量特定DNA或RNA序列的存在和相对丰度。
它可以在短时间内快速、准确地测量目标序列的数量,并在许多领域中被广泛应用,包括基因表达分析、病原体检测和基因突变分析等。
实时荧光定量PCR的主要原理是通过放大DNA模板,并使用荧光探针或染料进行实时监测。
这些荧光探针通常是DNA寡核苷酸序列,带有一个共振能量转移对(RET pair),由一个荧光引物(donor)和另一个荧光引物(acceptor)组成。
在初始的PCR循环中,通过在高温下使DNA变性,使两个引物和DNA分离。
在下一个低温的退火步骤中,这两个引物会与DNA互补结合。
当两个引物结合到DNA模板上时,它们的荧光引物也会接近彼此,从而使共振能量转移发生,导致荧光信号减弱或消失。
这种现象被称为荧光淬灭。
当PCR循环继续进行时,每个复制周期会以指数级增加DNA模板的数量。
由于引物的结合会导致荧光淬灭,因此在每个PCR循环的末尾,荧光信号将与DNA模板的数量成正比。
实时荧光定量PCR中常用的荧光探针有探针PCR和SYBR Green。
探针PCR使用两个引物和一个荧光探针,该探针带有一个荧光团和一个辅助荧光团。
在荧光探针与DNA模板结合时,两个荧光团之间的共振能量转移会发生,导致荧光信号的减弱。
SYBR Green则是一种将DNA结合的染料,在PCR循环中,SYBR Green会与所有DNA结合,并发出荧光信号。
使用探针PCR时,可以通过测量荧光信号的减弱来确定目标DNA的存在量。
而使用SYBR Green时,可以通过测量荧光信号的增加来判断目标DNA的数量。
实时荧光定量PCR的操作过程如下:1. DNA提取和纯化:从样品中提取所需的DNA或RNA,并经过纯化处理,以去除可能干扰PCR反应的杂质。
2. 引物设计:设计适合的引物和荧光探针,以在PCR反应中特异性地扩增目标序列。
实时荧光定量PCR技术
简述实时荧光定量PCR技术1.实时荧光定量PCR技术的原理所谓实时荧光定量PCR技术,是指在PCR反应体系中加入荧光基团,利用荧光积累实时监测整个PCR进程,最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。
该技术结合了实时定量PCR仪、实时荧光定量试剂、通用电脑和自动分析软件,构成PCR-DNA/RNA实时荧光定量检测系统。
实时PCR的设想是由Higuchi于1992年最早提出[1]。
荧光探针技术是根据标记基团的荧光共振能量转移(fluorescence resonance energy transfer,FRET)原理而实现的。
当某个荧光基团的发射光谱与另一个荧光基团的吸收光谱重叠,且2个基团距离足够近时,能量可以从短波长(高能量)的荧光基团传递到长波长(低能量)的荧光基团,相当于短波长荧光基团释放的荧光被屏蔽,这个过程称为FRET。
定量原理:实时荧光定量PCR是在反应体系中加入荧光基团,使产物的数量与检测到的荧光强度成线性关系,从而得出产物的扩增曲线。
理想的扩增曲线应为J型,符合2N方程(其中N为PCR的循环次数),但实际上扩增曲线为S型。
在PCR 反应早期,不能将产生荧光的水平与背景明显区别,之后荧光的产生进入指数期、线性期和最终的平台期,因此可以在指数期的某一点上检测PCR产物的量,并由此推断起始模板含量[2-3]。
实时荧光定量PCR的标准扩增曲线如图1。
其中Rn+表示每点测量的荧光强度,代表反应管含有模板DNA;Rn-表示荧光基线强度,代表反应管不含有模板DNA,其在理想情况下是一条平线,只具有背景荧光数值;△Rn的值表示PCR过程中,探针降解的量,也即PCR产物的量。
基线(baseline)是背景曲线的一段,范围为从反应开始不久荧光值开始变得稳定,到所有反应管的荧光都将要但是还未超出背景。
图1 实时荧光定量PCR的标准扩增曲线荧光阈值(threshold)是以PCR反应前15个循环的荧光信号作为荧光本底信号(baseline),荧光阈值的缺省设置是3-15个循环的荧光信号标准差的10倍,即:Threshold=10SD(cycle 3-15),一般认为在荧光阈值以上所测出的荧光信号是一个可信的信号,可以用于定义一个样本的Ct值。
简述实时荧光定量pcr技术基本原理
简述实时荧光定量pcr技术基本原理实时荧光定量PCR(Polymerase Chain Reaction)技术是一种用于检测和定量DNA分子的方法。
其基本原理可以分为以下几个步骤:1. DNA模板准备:从样品中提取目标DNA并纯化。
2. 反应混合物制备:将目标DNA模板与一对引物(Primer)和一种DNA聚合酶(如Taq聚合酶)一同混合。
引物是特异性的DNA片段,用于引导DNA合成的起始。
3. PCR反应:反应开始时,立即开始DNA聚合酶的活性。
DNA聚合酶会从引物的3'端开始合成新的DNA链,直到另一条模板DNA链的末端。
该过程包括三个步骤:变性、扩增和延伸。
- 变性:将DNA模板的双链解链,得到两条单链DNA。
- 扩增:引物结合到模板DNA上,并通过DNA聚合酶的活性引导新的DNA链的合成。
- 延伸:DNA聚合酶在模板链的5'到3'方向上合成新的DNA 链。
4. 荧光探针监测:实时PCR使用一种带有荧光染料的DNA探针,例如SYBR Green或TaqMan探针。
这些探针能够与新合成的DNA片段结合,并发出荧光信号。
- SYBR Green:该荧光染料会与双链DNA结合并发出荧光。
当PCR反应进行时,DNA的数量增加,SYBR Green的荧光信号也增加。
通过检测荧光信号的强度,可以确定PCR反应的进程和目标物质的数量。
- TaqMan探针:TaqMan探针包含一个与目标DNA片段互补的序列,并在其一端有一个荧光染料,如荧光素(FAM)和荧光素内部荧光质体(TAMRA)。
当TaqMan探针与目标DNA结合时,聚合酶开始进行DNA合成,并在过程中释放探针分子。
聚合酶的活动断开荧光染料和荧光质体之间的特定连接,导致发出另一种荧光信号。
通过监测这两种荧光信号,可以确定PCR反应的进程和目标物质的数量。
5. 数据分析:荧光信号的强度与反应温度和时间关联,通过计算PCR循环的阈值周期(CT值),可以确定目标DNA的起始数量。
实时荧光定量pcr技术原理
实时荧光定量pcr技术原理宝子们!今天咱们来唠唠一个超酷的技术——实时荧光定量PCR技术。
这玩意儿听起来是不是就感觉很厉害的样子?那啥是PCR呢?PCR就像是一个复印机,不过它复印的不是文件,而是DNA。
普通的PCR就是把一小段DNA不断地复制,让它的数量变得超级多。
就好像你有一颗小种子,然后通过某种魔法,让它变成一大片花海,超神奇的吧!那实时荧光定量PCR呢,它可不只是简单地复制DNA哦。
它呀,在复制的过程中还能实时地检测DNA的数量。
这就好比你在种小种子的时候,还能随时知道已经长出来多少朵花了。
这里面有个关键的东西就是荧光染料或者荧光探针啦。
咱先说说荧光染料这个小机灵鬼。
荧光染料就像一个小间谍,它特别喜欢和DNA结合。
当它和DNA结合的时候呢,就会发出荧光信号。
随着DNA被复制得越来越多,结合的荧光染料也就越来越多,那发出的荧光信号就越来越强啦。
就像一群小萤火虫,最开始只有几只,慢慢地就变得好多好多,整个地方都亮闪闪的。
再说说荧光探针这个有趣的家伙。
荧光探针就像是一个带着特殊任务的小信使。
它的结构有点特别,一头是荧光基团,另一头是淬灭基团。
在没有发生反应的时候呢,这个荧光基团发出的光会被淬灭基团给弄没了,就像你想点亮一个小灯,但是旁边有个小怪兽把光给吞掉了。
可是呢,当PCR反应进行的时候,这个探针会和DNA结合,然后就像一把小剪刀把探针剪断了,这样荧光基团就自由啦,就可以发出明亮的荧光啦。
是不是感觉像一场小小的魔法秀呢?那这个技术为啥这么有用呢?它可以用来检测很多东西哦。
比如说在医学上,可以检测病毒的数量。
如果有个病人感染了病毒,通过这个技术就能知道他身体里到底有多少病毒在捣乱。
这就像我们要和病毒打仗,得先知道敌人有多少兵力一样。
如果病毒数量很多,那我们就得用更厉害的武器去对付它。
在科研上,这个技术也超棒的。
可以用来研究基因的表达量。
就像每个基因都有自己的小脾气,有的时候很活跃,表达量就高;有的时候就很安静,表达量就低。
实时荧光定量PCR技术的原理及应用
实时荧光定量PCR技术的原理及应用RT-qPCR原理:RT-qPCR基本上分为两个主要步骤:逆转录反应(RT)和聚合酶链反应(PCR)。
逆转录反应是将RNA模板中的mRNA转录为cDNA模板,通过RNA逆转录酶将RNA转录为互补DNA。
PCR则是利用聚合酶(DNA聚合酶)和一对引物(primers)扩增目标DNA的方法。
在RT-qPCR实验中,引物还需要加入一种称为荧光标记染料的物质,该染料会发出荧光信号。
RT-qPCR中,成倍扩增的DNA量与起点模板的DNA量成正比。
反应开始后,荧光信号由于荧光标记染料与放大DNA结合而增加。
此过程在每个PCR循环中都会发生,因此可以实时监测PCR反应的进展。
PCR的阈值周期数(Ct)是特定荧光信号峰值的幅度超过背景噪音的周期数,可用于定量PCR产物中DNA的相对丰度。
RT-qPCR应用:1.基因表达研究:RT-qPCR可用于检测不同组织或条件下的特定基因的表达水平,以了解基因在不同生理状态下的变化情况。
可以通过检测靶基因的mRNA水平来评估基因的表达。
同时,RT-qPCR还可以用于比较不同个体或样本之间基因的表达水平,从而研究基因表达与疾病发生的关系。
2.微生物检测和病毒定量:RT-qPCR可用于检测微生物和病毒的总量和定量分析。
例如,可以用RT-qPCR检测食品和水中的致病微生物、环境样品中的细菌和病毒等。
此外,RT-qPCR还可用于检测感染病毒的患者体内的病毒负荷,从而评估感染程度和治疗效果。
3.基因突变检测:RT-qPCR可以用于检测基因序列的突变和多态性。
通过引物的设计,可以选择性地扩增突变的基因片段,并结合荧光标记来检测突变的存在。
4.基因筛查和基因组学研究:RT-qPCR是一种快速、准确和高通量的方法,可以用于高通量筛查大量基因的表达水平。
这对于基因功能与疾病关系的研究以及药物研发具有重要意义。
总结起来,实时荧光定量PCR技术是一种广泛应用于生物学、医学和分子遗传学中的方法。
实时荧光定量PCR的原理
(3).目前合成价格较贵. (4).不能做熔解曲线分析.
原理概述
8.荧光定量PCR的数学原理
理想的PCR反应: X=X0*2n (扩增效率=1) 实际的的PCR反应: X=X0* (1+Ex)n n:扩增反应的循环次数 X:第n次循环后的产物量 X0:初始模板量 Ex:扩增效率
原理概述
8.荧光定量PCR的数学原理
Ct=
-log X0 + log M log(1+Ex)
(5)
Log(x0的初始模板量)与到达阈值时的循环数(Ct值)呈线 性关系,根据样品扩增达到域值的循环数即Ct值就可计算出 样品中所含的模板量
原理概述
8.荧光定量PCR的数学原理
模板DNA量越多,荧光达到域值的循环数越少,即Ct值越小 Log浓度与循环数呈线性关系,通过已知起始拷贝数的标准品可作出标准曲线, 根据样品Ct值,就可以计算出样品中所含的模板量
原理概述
5.非特异性荧光染料SYBR Green的优缺点
优点:
(1).对DNA模板没有选择性----适用于任何DNA (2).使用方便-----不必设计复杂探针 (3).非常灵敏 (4).可做熔解曲线分析 (5).便宜
缺点: (1).对引物特异性要求较高 (2).与非特异性双链DNA结合,产生假阳性,干扰实验的准确性,尤其 是分析表达量不高的基因时,这类情况尤其突出; 需要不断的优化反 应体系,降低非特异性扩增.
实时荧光定量PCR:在PCR反应体系中加入荧光基团,利用荧光信号积累实时监测整 个PCR进程,最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方 法。 定量PCR仪是在普通PCR仪的基础上加装了荧光激发装置和荧光检测装置,PCR扩增 和检测同时进行,最终结果不需进行电泳检测,所以有效地避免了样品间的交叉污染。
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Emission Wave Lenthgh ~520 ~550 ~580 ~610 ~650
荧光染料组合
•StepOne™实时荧光定量PCR系统
Channel 1 2 3 Dye Examples FAM™, SYBR® VIC®, JOE™ ROX™ Excitation Wave Lenthgh 455~485nm 510~530nm 570~590nm Emission Wave Lenthgh ~520 ~550 ~620
单一PCR产物的熔解曲线
荧光
温度
53 Life Technologies
多个PCR产物的熔解曲线 物的熔解曲线
非特异扩增
54 Life Technologies
引物二聚体
定量PCR的数学原理
55 Life Technologies
PCR动力学曲线和四个阶段
平台期 线性增长期 指数增长期 基线期
•ViiA™ 7实时荧光定量PCR系统
Channel 1 2 3 4 5 6
45 Life Technologies
Dye Examples FAM™, SYBR®, SYTO®9 (MeltDoctor™), Fluorescein, SYPRO® Orange VIC®, JOE™, TET™, HEX™ NED™, BODIPY® TMR-X,TAMRA™ ROX™, Texas Red® LIZ™ Alexa Fluor®, Joda-4
•基线是扩增曲线的水平部分
基线
59
对数图谱
基线
线性图谱
什么是阈值? 什么是阈值?
•阈值是一个荧光强度值,穿过阈值与X轴平行的直线称为阈值线
阈值 阈值线 阈值 阈值线
对数图谱
60 Life Technologies
线性图谱
什么是Ct值?
•Ct值是阈值线与扩增曲线的交点对应在X轴上的值
Ct
Ct
对数图谱
荧光
循环数
50 Life Technologies
SYBR® Green I 方法的局限性
任何双链, 任何双链,非特异结合
非特异产物信号
不准确结果
51 Life Technologies
通过熔解曲线检查产物特异性
• Tm值: DNA的双螺旋结构打开一半时的温度。
荧光
温度
52 Life Technologies
2
Life Technologies
定量PCR如何工作?
• PCR反应液加入了 各种类型的荧光标记物
一个PCR循环
3
Life Technologies
定量PCR如何工作?
• 在扩增过程中,荧光信号随着PCR产物的增加而增强
PCR 产物
PCR
PCR
大量PCR产物
4
Life Technologies
定量PCR如何工作?
• 最后,定量PCR软件计算出数据,用于实hnologies
定量PCR的化学原理
8
Life Technologies
两种化学方法
TaqMan探针法 染料法
9
Life Technologies
TaqMan探针法
•TaqMan水解探针:5′ 端 荧光报告基团 与靶基因特异性结合的序列 3′ 端 荧光淬灭基团
对数图谱
56 Life Technologies
线性图谱
指数增长期内扩增曲线具有高度重复性
96 次重复
可变的平台期
荧光信号
指数增长期内重复性好
循环数
57 Life Technologies
定量PCR扩增曲线的各种概念
Ct 值 ∆Rn
阈值线
基线
58 Life Technologies
Cycles
什么是基线? 什么是基线?
40 Life Technologies
实时记录每个循环后荧光信号的变化
荧光
循环数
41 Life Technologies
荧光标记组合
报告荧光: 6-FAM、JOE、VIC、NED、CY3、Texas Red、CY5 淬灭荧光: MGB-NFQ、TAMRA、BHQ 参比荧光: ROX
常用的荧光组合: FAM VIC NED ROX
455~485nm
•7500实时荧光定量PCR系统
Channel 1 2 3 4 5
43 Life Technologies
Dye Examples FAM™, SYBR® VIC®, JOE™ NED™, Cy3,TAMRA™ ROX™, Texas Red® CY5 Dye™
Excitation Wave Lenthgh 455~485nm 510~530nm 540~550nm 570~590nm 630~650nm
46 Life Technologies
SYBR® Green I作用机理
47 Life Technologies
SYBR® Green I作用机理
48 Life Technologies
SYBR® Green I作用机理
49 Life Technologies
实时记录每个循环后荧光信号的变化
61 Life Technologies
线性图谱
如何计算结果 如何计算 结果?
绝对定量 相对定量
Ct values
0 1
2
3
4
5
6
7
Log copy number
62 Life Technologies
Questions ?
63 Life Technologies
33 Life Technologies
34 Life Technologies
35 Life Technologies
36 Life Technologies
37 Life Technologies
38 Life Technologies
39 Life Technologies
Burp!
Excitation Wave Lenthgh 455~485nm 510~530nm 540~550nm 570~590nm 630~650nm 650~670nm
Emission Wave Lenthgh ~520nm ~550nm ~580nm ~620nm ~680nm ~710nm
SYBR® Green I 染料
报告基团
淬灭基团
10 Life Technologies
TaqMan水解探针作用机理
•完整的探针: 检测不到报告荧光 •切断的探针: 检测到报告荧光
激发光
激发光
能量
荧光共振能量转移,FRET
11 Life Technologies
变性 (95 (95ºC) ºC)
12 Life Technologies
目的基因1 目的基因2/内对照 目的基因3 参比荧光
42 Life Technologies
荧光染料组合
•7300实时荧光定量PCR系统
Channel 1 2 3 4 Dye Examples FAM™, SYBR® VIC®, JOE™ NED™,TAMRA™ ROX™ Excitation Wave Lenthgh Emission Wave Lenthgh ~520nm ~550nm ~580nm ~620nm
44 Life Technologies
荧光染料组合
•7900HT实时荧光定量PCR系统
Channel 1 2 3 4 5 6 Dye Examples FAM™ , SYBR® Green TET™ JOE™ , VIC® NED™ TAMRA™ ROX™ 488nm Excitation Wave Lenthgh Emission Wave Lenthgh ~520 nm ~540nm ~550nm ~570nm ~580 nm ~610nm
退火 (60 (60ºC) ºC)
13 Life Technologies
14 Life Technologies
15 Life Technologies
16 Life Technologies
17 Life Technologies
18 Life Technologies
?
19 Life Technologies
•StepOnePlus™实时荧光定量PCR系统
Channel 1 2 3 4 Dye Examples FAM™, SYBR® VIC®, JOE™ NED™,TAMRA™ ROX™, Texas Red® Excitation Wave Lenthgh 455~485nm 510~530nm 540~550nm 570~590nm Emission Wave Lenthgh ~520 ~550 ~580 ~620
定量PCR如何工作?
• 无论是哪个型号,所有的定量PCR仪器都有三个共同的组成部分
2. 光源
3. 检测器
1. 热循环模块
5 Life Technologies
定量PCR如何工作?
• 每个循环结束后,定量PCR仪器通过光学系统记录荧光信号的增加
循环1 滤光片 A 样品 1 Level:
6
Life Technologies
实时荧光定量 实时荧光定量PCR技术原理
王秋泉 Field Application Scientist Tel: 800 820 8982 / 400 820 8982
什么是实时荧光定量PCR?
•一种实时监控核酸扩增的技术
在PCR反应体系中加入荧光基团,利用荧光信号的变化对PCR过程进行 实时监控,以此实现对初始模板的定量分析。
25 Life Technologies