EST 表达序列标签_图文.ppt

EST序列

EST序列表达序列标签（expressed sequence tags,ESTs）是指从不同组织来源的cDNA序列。

这一概念首次由Adams等于1991年提出。

近年来由此形成的技术路线被广泛应用于基因识别、绘制基因表达图谱、寻找新基因等研究领域，并且取得了显著成效。

在通过mRNA差异显示、代表性差异分析等方法获得未知基因的cDNA部分序列后，研究者都迫切希望克隆到其全长cDNA序列，以便对该基因的功能进行研究。

克隆全长cDNA序列的传统途径是采用噬斑原位杂交的方法筛选cDNA文库，或采用PCR的方法，这些方法由于工作量大、耗时、耗材等缺点已满足不了人类基因组时代迅猛发展的要求。

而随着人类基因组计划的开展，在基因结构、定位、表达和功能研究等方面都积累了大量的数据，如何充分利用这些已有的数据资源，加速人类基因克隆研究，同时避免重复工作，节省开支，已成为一个急迫而富有挑战性的课题摆在我们面前，采用生物信息学方法延伸表达序列标签（ESTs）序列，获得基因部分乃至全长cDNAycg，将为基因克隆和表达分析提供空前的动力，并为生物信息学功能的充分发挥提供广阔的空间。

文本将就EST 技术的应用并就其在基因全长cDNA克隆上的应用作一较为详细的介绍。

1、ESTs与基因识别EST技术最常见的用途是基因识别，传统的全基因组测序并不是发现基因最有效率的方法，这一方法显得即昂贵又费时。

因为基因组中只有2%的序列编码蛋白质，因此一部分科学家支持首先对基因的转录产物进行大规模测序，即从真正编码蛋白质的mRNA出发，构建各种cDNA文库，并对库中的克隆进行大规模测序。

Adams等提出的表达序列标签的概念标志着大规模cDNA测序时代的到来。

虽然ESTs序列数据对不精确，精确度最高为97%，但实践证明EST技术可大大加速新基因的发现与研究。

Medzhitov等通过果蝇黑胃TOLL蛋白进行dbEST数据库检索，该蛋白已证实在成熟果蝇抗真菌反应中发挥重要作用，通过同源分析的方法，找到相应的人类同源EST（登录号为H48602），这为接下来研究人类TOLL同源蛋白的功能提供了很好的条件。

CDS、cDNA、EST、mRNA、ORF间的区别

CDS是Coding sequence的缩写，是编码一段蛋白产物的序列，是结构基因组学术语ORF开放阅读框是基因序列的一部分，包含一段可以编码蛋白的碱基序列，不能被终止子打断。

当一个新基因被识别，其DNA序列被解读，人们仍旧无法搞清相应的蛋白序列是什么CDS与开放读码框ORF的区别（1）开放读码框是从一个起始密码子开始到一个终止密码子结束的一段序列；不是所有读码框都能被表达出蛋白产物，或者能表达出占有优势或者能产生生物学功能的蛋白。

（2）CDS，是编码一段蛋白产物的序列。

（3）cds必定是一个orf。

但也可能包括很多orf。

（4）反之，每个orf不一定都是cds。

（5）Open reading frame (ORF) - a reading frame that does not contain a nucleotide triplet which stops translation before formation of a complete polypeptide.Coding sequence (CDS) - The portion of DNA that codes for transcription of messenger RNAORF-----translation, CDS----transcriptiontranslation 是理论上的，而transcription则显然是事实存在的。

cDNA为具有与某RNA链呈互补的碱基序列的单链DNA即complementary DNA之缩写，或此DNA链与具有与之互补的碱基序列的DNA链所形成的DNA双链EST (Expressed Sequence Tag)表达序列标签—是从一个随机选择的cDNA 克隆，进行5’端和3’端单一次测序挑选出来获得的短的cDNA 部分序列,代表一个完整基因的一小部分,在数据库中其长度一般从20 到7000bp 不等,平均长度为360 ±120bp 。

基因组学

名词解释：第一章基因组遗传图（连锁图）：指基因或DNA标记在染色体上的相对位置与遗传距离。

单位是厘摩cM （基因或DNA片段在染色体交换过程中分离的频率）。

物理图：以已知核苷酸序列的DNA片段（序列标签位点，sequence-tagged site, STS）为“路标”，以碱基对作为基本测量单位（图距）的基因组图。

转录图：以EST（expressed sequence tag ，表达序列标签）为标记，根据转录顺序的位置和距离绘制的图谱。

EST：通过从cDNA文库中随机挑选的克隆进行测序所获得的部分cDNA的5'或3'端序列称为表达序列标签（EST），一般长300-500 bp左右。

序列图（分子水平的物理图）：序列图是指整个人类基因组的核苷酸序列图，也是最详尽的物理图。

既包括可转录序列，也包括非转录序列，是转录序列、调节序列和功能未知序列的总和。

基因：合成有功能的蛋白质或RNA所必需的全部DNA序列，即一个基因不仅包括编码蛋白质或RNA的核酸序列，还应包括为保证转录所必需的调控序列。

基因组（genome）：生物所具有的携带遗传信息的遗传物质的总和。

基因组学（genomics）：涉及基因组作图、测序和整个基因组功能分析的一门学科。

C值：单倍体基因组的DNA总量，一个特定种属具有特征C值C值矛盾（C value paradox）：指一个有机体的C值和其编码能力缺乏相关性。

单一序列：基因组中单拷贝的DNA序列。

重复序列：基因组中多拷贝的DNA序列。

复杂性（complexity）：基因组中不同序列的DNA总长。

高度重复序列（highly repetitive sequence）：重复片段的长度单位在几个到几百个碱基对（base pair，bp）之间（一般不超过200 bp），串联重复频率很高（可达106以上），高度重复后形成的这类重复顺序称为高度重复顺序。

中度重复序列（intermediate repetitive sequence ）：重复长度300～7000 bp不等，重复次数在102～105左右。

表达序列分析

–● Digital Gene Expression Displayer (DGED) –● cDNA xProfiler
6. ESTs与DNA芯片的制备
• DNA 芯片是指将许多许多特定的DNA 寡核苷酸或DNA 片段(包括cDNA ) 固定在芯片的每个预先设臵的区域内, 将待测样本标记后同芯片进行杂交, 通过杂交信息的分析来检测基因的功能和基因组研究的分析系统。
测序方向的选择
◆
5’端
5’上游非翻译区较短且含有较多的调控信息。一般在寻找新基因或研究基因差异表达时用5’端EST较好，而且从5’端测序有利于将EST拼接成较长的基因序列。
◆
3’端
3’端mRNA有一20－200bp的polyA结构，同时靠近ployA又有特异性的非编码区，所以从3’端测得EST含有编码的信息较少，但研究非编码区有品种的特异性，可以作为STS标记．
基因注释及功能分类
(1) 注释：
◆ 序列联配
Blastn: search nucleotide databases using a nucleotide query. Blastx: search protein databases using a translated nucleotide query.
近年来对基因差异表达研究的方法有ESTs法、差减杂交法和 mRNA 差异显示技术。其中以ESTs 法稳定性最高, 分析规模最大。
5. ESTs与基因的差异表达
• 癌症基因组解析计划
(Cancer Genome Anatomy Project , CGAP)
为研究癌症的分子机理，美国国家癌症研究所NCI 的CGAP计划，构建了很多正常的或s 是用于制备DNA 芯片的很好基因资源。由于EST s 直片所需的探针库。

EST (Expressed Sequence Tag)表达序列标签

EST (Expressed Sequence Tag）表达序列标签EST (Expressed Sequence Tag)表达序列标签—是从一个随机选择的cDNA 克隆，进行5’端和3’端单一次测序挑选出来获得的短的cDNA 部分序列,代表一个完整基因的一小部分，在数据库中其长度一般从20 到7000bp 不等，平均长度为360 ±120bp。

由于cDNA文库的复杂性和测序的随机性，有时多个EST代表同一基因或基因组，将其归类形成EST 簇（EST cluster)原理：EST是从一个随机选择的cDNA 克隆进行5’端和3’端单一次测序获得的短的cDNA部分序列，代表一个完整基因的一小部分，在数据库中其长度一般从20 到7000bp 不等，平均长度为360 ±120bp。

EST 来源于一定环境下一个组织总mRNA 所构建的cDNA 文库，因此EST也能说明该组织中各基因的表达水平。

技术路线：首先从样品组织中提取mRNA，在逆转录酶的作用下用oligo (dT) 作为引物进行RT-PCR合成cDNA，再选择合适的载体构建cDNA 文库，对各菌株加以整理，将每一个菌株的插入片段根据载体多克隆位点设计引物进行两端一次性自动化测序，这就是EST 序列的产生过程。

应用：EST作为表达基因所在区域的分子标签因编码DNA 序列高度保守而具有自身的特殊性质，与来自非表达序列的标记（如AFLP、RAPD、SSR等）相比更可能穿越家系与种的限制，因此EST标记在亲缘关系较远的物种间比较基因组连锁图和比较质量性状信息是特别有用。

同样，对于一个DNA 序列缺乏的目标物种，来源于其他物种的EST也能用于该物种有益基因的遗传作图，加速物种间相关信息的迅速转化。

具体说，EST的作用表现在：⑴用于构建基因组的遗传图谱与物理图谱；⑵作为探针用于放射性杂交; ⑶用于定位克隆；⑷借以寻找新的基因; ⑸作为分子标记；⑹用于研究生物群体多态性；⑺用于研究基因的功能；⑻有助于药物的开发、品种的改良；⑼促进基因芯片的发展等方面。

重要麦类作物表达序列标签(EST)计划研究进展

ＰａｔＳｒｊｃｉａｏｔｔａｆｈｅｏｉｓｐｏｃ，ｎｌｎＥＴｐｏｅｔｓｎｉｒｎｒｏｅｇｎｍｃｒｊｔｉｍｐａｐｔｔｅ
ｗｉｈａｈｇｍｏｎｆｔｅｓｅｉｓＳｓａｅｔｅｏｔｉｅ，ｈｃｈｃｕｅａｕｔｏｐｃｅＥＴｒｏｂｂａｎｄｗｉｈｈ
Ａａｅｙｆｇｉｌｒｃｎｅ，ｅｉ００１ＣｉｄｍａｒｕｕａＳｉｃｓＢｉｎ１０８，ｈｎｃｏｃｔｌｅｊｇａ
基因组的新战略ｌＥＴ技术是在ｅＮ文库中进行ｌＳｌ。ＤＡ
ｅＮＡ克隆大规模随机挑选的基础上，从其５或３端进行一Ｄ
中圈分类号
￥８，３４１８Ｓ２
文献标识码
Ａ
文章缩号
１０ — ８７２０）８０７ — ４００７５（０９０ — ０６０
ＲｅｅｒｈＰｒｇｅｓｉｐｅｓｄｓａｃｏｒｓｎＥｘｒｓｅ
Ｋｅｗｏｄｙｒｓ
在实施人类基因组计划过程中提出的从基因表达序列研究
Ｈｏｈｔｌ０＆ＣｉａｈｏＯ１Ｏｈｎ
２Ｎｔｎｌｅｉｃａｉｔｆｒｒｅｅｅｏｒｓｎ．ａｏａＫｙＳｅｅｃｉｏｏＧｎｓｕｅｄｉｃｎＦｌｙＣｐＲｃａＧｎｔｐｏｅｅｔＩｓｔｔｏｒｃｎｅＣｉｅｅｅｅｃｍｒｍｎｎｔｕＣｏＳｉｃ，ｈｎｓｉＩｖ，ｉｅｆｐｅ

表达序列标签EST分析及其在林木研究中的应用

林业科学研究　2004,17(6):804～809Forest Research 文章编号:100121498(2004)0620804206表达序列标签(EST)分析及其在林木研究中的应用李　虹1,2,卢孟柱2,蒋湘宁1(11北京林业大学,北京　100083;21中国林业科学研究院林业研究所,北京　100091)摘要:简要叙述了表达序列标签EST技术的原理和流程,综述了EST在研究林木木材形成和其它生物学过程时新基因的发现、基因表达分析和基因芯片方面的应用进展以及在开发林木单核苷酸多态性和简单序列重复等分子标记和构建遗传图谱方面的应用进展,并对其在林木基因组研究中的应用前景进行了展望。

关键词:EST;新基因发现;基因表达;分子标记中图分类号:Q78 文献标识码:A1991年Adams等人从三种人脑组织的cDNA文库中随机挑取609个克隆进行测序,从而得到一组人脑组织的表达序列标签EST(ex pressed sequence tags),并将其与数据库进行序列同源性对比,结果表明:该组EST中有36个代表已知基因,337个代表未知基因,这是关于EST技术应用的首次报道,并首次提出了EST的概念[1]。

随着人类基因组计划的顺利进行,EST技术首先被广泛应用于寻找人类新基因,绘制人类基因组图谱,识别基因组序列编码区等研究领域,之后又被广泛应用于植物基因组研究[2]。

随着EST测序的飞速发展,到2003年6月,美国国家生物技术信息中心(NC BI)的EST数据库中(dbEST)(http:ΠΠw w w.ncbi.nlm.nih.g ovΠdbESTΠindex.html)已录入的来自不同物种的不同组织的EST共有17291123条,其中人和鼠的最多。

EST也被广泛应用于新基因的发现、基因鉴定、基因克隆、构建基因组图谱、基因定位分析、基因表达分析等方面。

在植物方面,除了拟南芥(Arabidopsis thaliana(L.)Heynh.)、水稻(Oryza sativa L.)、小麦(T riticum aesti2 vum L1)、大麦(Hordeum vulgare L.)、大豆(G lycine max(L.)Merr.)、玉米(Zea mays L.)、棉花(G os2 sypium herbaceum L1)等模式植物和农作物以外,近年来也开展了一些木本植物的EST研究,首先报道的是火炬松(Pinus taeda L.)EST分析,随后是杂交杨(Populus tremula L.×P.tremuloides M ichx.)和毛果杨(P.trichocarpa‘T rich obel.’)等其它林木。

表达序列标签(EST)及其在抗孢囊线虫大豆研究中的应用

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收稿日：０５２３期２０ —１－１基金项目：｛龙江省教育厅项目（０４０８ＩｌＩ１５１８）第一作着筒介：毕髟东（９４，，１７一）男黑龙江省望誊县人。士，事分子遗传学研究．Ｔｌ０５ —５７８１・硕从ｅｌ４１９８４０Ｅ—ｍｅＩｄｉ０￣１３ｉｙｂ３８６．ｌ
维普资讯
黑龙汪农业科学２０ｔ３＝０３０６（）９￣９
ＨｅｏｇｉｇＡｇｉｌｒｌｃｎｅｉｎｊｎｒｕｔａＳｉｃｓｌａｅｕｅ
表达序列标签（Ｓ及其在抗孢囊线虫ＥＴ）大豆研究中的应用
ｂａｔｅｉａｃｈｏｂａｙｔｅｔｄＳＮ）ｗｅｅｓｍｍａｉｄｉｈｓｐｐｒｅｎｗｉｒｓｓｎｅｔｔｅｓｙｅｎｃｓｎｍａｏｅ（ＣｈｔＯｒｕｒｅｔｉａｅ．ｚｎ
Ｋｅｏｄ：ｘｒｓｅｅｕｎｅｔｇＥＴ）ｓｙｅｎｏｂａｙｔｅｔｄＳＮ）ｙｗｒｓｅｐｅｓｄｓｑｅｃａｓ（Ｓ；ｏｂａ；ຫໍສະໝຸດ ｙｅｎｃｓｎｍａｏｅ（Ｃ
ＬｉｉＩ－ｎ．ＷＡＧＸａ－ｉｇ．ＡＩｏｇｕ：ＪｌＮｉｏｐｎ ¨ Ｂｎ－ｎＹｊ
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EST数据分析

http://pbil.univ-lyon1.fr/cap3.php p p y p p p
电子克隆
对contig再次比对后未发现新的高相似度EST序列
电子克隆
为获取较多的EST序列，除blastn外，还可以选择tblastx及tblastn程序。 EST序列质量对拼接结果有影响。EST序序列质量对拼接结果有影响。序列的E值要尽量小，并且数量要适度。利用 Univec数据库进行 U i 数据库进行 blast比对来发现 bl t比对来发现并去除载体序列。电子克隆结果尚需要采用RT-PCR并配合 Northern Blot或RACE等方法加以验证。 Blot或RACE等方法加以验证
基因序列分析技术
伦永志
大连大学医学院
目录
第一讲生物信息学导论第二讲序列的获取第三讲序列的相似性查询第四讲多序列比对第五讲分子进化分析第六讲 EST数据分析第七讲基因结构分析第八讲基因功能注释第九讲蛋白质结构分析
电子克隆基因定位与表达谱分析
电子克隆
电子克隆
表达序列标签（Expressed Sequen段，长度一般约为60-500bp。 EST数据具有简便易得的优势，通常作为 EST数据具有简便易得的优势通常作为基因标签应用于绘制物理图谱和转录图谱、识别基因、电子克隆、预测基因和分析基因表达水平等。析基因表达水平等
电子克隆
电子克隆是利用生物信息学技术组装延伸 EST序列，获得目的基因的部分乃至全长 cDNA序列。序列。首先以一条EST数据作为查询探针，在数据库中进行同源性查询获取高度同源的据库中进行同源性查询，获取高度同源的 EST数据进行序列拼装以构建重叠群，然后以此重叠群（contig）为种子序列重复搜索拼接使序列获得延伸搜索、拼接使序列获得延伸。

EST ppt

将所发现的基因（586个）与免疫防御中起作用的基因进行比较发现：61个（10.7%）与免疫防御有关，它们代表了在先天性免疫反应中的几种功能群。
单基因的KEGG分析分析单基因的
京都基因和基因组百科全书(KEGG)是系统分析基因功能，联系基因组信息和功能信息的知识库。约21％的单基因蔟分配到KEGG通路中，余下的79%没得到分配。然而，大西洋鲑鱼的转录本表现出的途径为我们提供了这这些鱼类在抵御IPNV时代谢途径的最初认识。
⑴ 5‘端测序 ⑵ 序列前处理用SeqClean and Lucy、RepeatMasker 遮蔽数据组中不属于表达的赝象序列（artifactial sequences）包括载体、重复和污染序列。去除长度小于100bp的序列（Perl 程序）。 ⑶聚类和拼接高质量的EST整合到单一的簇（cluster）中以产生较长的一致性序列（consensus sequences）,用于注释以降低数据的冗余。 ⑷注释及功能分类一级序列同源比对（BLAST） • 蛋白质结构域和功能位点预测（InterPro） • GO分类（GO slimmer）
三、实验结果
• 1360个随机选择的克隆进行5‘端测序，切除载体序列，产生1043个（76.69％）介于400-700bp的特异EST序列，平均可读长度为539.6bp。EST序列组装成192个重叠群和631单拷贝EST序列，重叠群中可读序列平均长度为565.8bp，平均GC含量为46.03％。高质量的EST序列存储于Genbank。 • 一级序列同源比对发现586个单拷贝EST序列（56.18％）与已知功能基因同源，34个（3.25％）与未知序列匹配，203个（19.46％）在数据库中没有发现与之相匹配的▲应激反应和新陈代谢

EST文库构建原理和应用

参考资料：
• • • • 生物技术通报 2004年第一期作物杂志 2007年中国知网 EST技术流程应用
• EST作为表达基因所在区域的分子标签因编码DNA 序列高度保守而具有自身的特殊性质，与来自非表达序列的标记（如AFLP、 RAPD、SSR 等）相比更可能穿越家系与种的限制，因此EST标记在亲缘关系较远的物种间比较基因组连锁图和比较质量性状信息是特别有用。同样，对于一个DNA 序列缺乏的目标物种，来源于其他物种的 EST也能用于该物种有益基因的遗传作图，加速
1. 2. 3. 4. 5. EST概述 EST序列原理 EST产生原因 EST的应用展望
EST概述：
• 表达序列标签（expressed sequence tags,ESTs）是指从不同组织来源的cDNA 序列，指的是一组cDNA的部分序列,一般长度为150~500bp,是由大规模随机挑取的 cDNA克隆测序得到的组织或细胞基因组的表达序列标签。一个EST代表生物某一时期的某种组织或细胞的一个表达基因。
表达序列标签（expressed sequence tags,ESTs）
EST的制备程序
• 某特异组织→总RNA的提取 →Poly（A）+mRNA→cDNA→两端加接头→与λzap载体连接、包装、裂解→转染E.coli的XLI— Blue细胞，进行in vivo excision 用含有x-gal和IPTG的氨苄平板筛选→随机挑取白色菌落→提取质粒 →M13活T7通用引物测序。
的约150500bp的一段cDNA序列。
EST产生的原因：
• 1990年人类基因组计划 (HGP)及其它模式生物的基因组计划实施以来，人们对生物体生命现象的研究已不仅仅局限于局部某个或几个基因，而是把目光投向整个基因组，从整体水平去考虑基因的存在，结构与功能，以及基因之间的相互关系等.而如何快速、高效地从基因组中获取生物学信息，已成为一个急迫而富有挑战性的课题摆在我们面前。 EST技术就是基于这种认识而发展起来的，并成为基因组学研究的一个强有力的工具。

EST-基因转录组的测定及分析

EST相关数据库
储存EST原始数据的一级数据库
◆ EMBL ◆ GenBank (dbEST) ◆ DDBJ
对EST进行聚类拼接的二级数据库
◆ UniGene (/UniGene) ◆ TIGR Gene Indices (/tdb/tgi/)
Year
● 93年前ESTs数据收录于GenBank， EBI和DDBJ。 ● ● 1993 年NCBI(National Center of Biotechnology Information)建立了一个专门的EST数据库dbEST来保存和收集所有的EST数据。 ● 95年中期GenBank 中EST的数目超过了非EST的数目。 ● 现在GenBank中EST的数目已经超过了三千五百万，约占GenBank中序列数的60%.
EST的应用 4
ESTs与SNPs
来自不同个体的冗余的ESTs可用于发现基因组中转录区域存在的SNPs。最近的许多研究都证明对ESTs数据的分析可以发现基因相关的SNPs (Buetow et al., 1999;Garg et al., 1999; Marth et al., 1999; Picoult-Newberg et al., 1999) 。应注意区别真正的SNPs和由于测序错误( ESTs为单向测序得来，错误率可达2％)而引起的本身不存在的SNPs。解决这一问题可以通过： ● 提高ESTs分析的准确性。
1. 去除低质量的序列（Phred）
2. 应用BLAST、RepeatMasker或Crossmatch遮蔽数据组中不属于表达的基因的赝象序列(artifactual sequences)。
●载体序列(ftp:///repository/vector)

cDNA文库与EST序列分析.ppt

相同。
LOGO www.themegallery. com
College of Life Science and Biote08/2424.htm
College of Life Science and Biotechnology
College of Life Science and Biotec研究具体某类特定细胞中基因组的表达状态及表达基因的功能鉴定方面具有特殊的优势。 2）价值：在个体发育、细胞分化、细胞周期调控、细胞衰老和死亡调控等生命现象的研究中具有更为广泛的或同一种细胞在不同功能状态下细胞的mRNA，将其中一种细胞的mRNA反转录成cDNA第一链，然后将该cDNA与另一细胞过量的 mRNA进行杂交，第一种细胞中若存在不同于第二种细胞的特殊基因，则会产生特殊基因的mRNA和cDNA，它们不能与第二种细胞的mRNA形成杂交体。将未形成杂交体的cDNA分出，合成与之互补的cDNAf Life Science and Biotechnology
方法三：PCR法
College of Life Science and Biotechnology
cDNA的克隆
（1）修饰cDNA两端（2）cDNA与载体相连（3）导入宿主细胞:
重组体在一定条件下导入宿主细胞培养或保存宿主细胞必须是来自一个细胞的克隆体，以保证它们的遗传性状
College of Life Science and Biotechnol Science and Biotec惜生物资源 2)可以提供构建分子标记连锁图谱的所用探针 3)可以用于分离全长基因进而开展基因功能研究
College of Life Science and BiotechnologScience and Biotechnology

系统生物学-第三讲-转录组学PPT课件

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• 第一个被确认的miRNA——在线虫中首次发现的lin-4 和 let-7 ，可以通过部分互补结合到目的mRNA靶的3’非编码区(3’UTRs)，以一种未知方式诱发蛋白质翻译抑制，进而抑制蛋白质合成，通过调控一组关键mRNAs的翻译从而调控线虫发育进程。
继线虫之后，随后多个研究小组在包括人类、果蝇、植物等多种生物物种中鉴别出数百拼接和注释表达与分类功能分析作用机理分析qpcr验证est软件平台est序列库序列的质量检查测序量监控聚类和拼接检查借助于基因组信息全长orf寻找发现全长基因研究表达基因概况的主要实验手段dnachipproteomics的先驱功能分类表达量分析交替剪接检测est特有信息microarray和genechip大规模表达谱或全景式表达谱globalexpressionprofile
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表达序列标签(EST)测定及分析
1、什么是EST? 2、EST的应用 3、EST序列测定及分析过程
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1、表达序列与表达序列标签概念
(1) 什么是表达序列?
基因组表达为RNA的序列: mRNA和功能RNA
(2) 什么是表达序列标签?
（expressed sequence tag, EST）
• 转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，是解读基因组功能原件和揭示细胞及组织分子组成所必需的。
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• 转录组的特点：受到内外多种因素的调节，因而是动态可变的。能够揭示不同物种、不同个体、不同细胞、不同发育阶段及不同生理病理状态下的基因差异表达信息。
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• 转录组学（Transcriptomics）：研究细胞在某一功能状态下所含mRNA的类型与拷贝数；比较不