表达序列标签及其应用

EST序列

EST序列表达序列标签（expressed sequence tags,ESTs）是指从不同组织来源的cDNA序列。

这一概念首次由Adams等于1991年提出。

近年来由此形成的技术路线被广泛应用于基因识别、绘制基因表达图谱、寻找新基因等研究领域，并且取得了显著成效。

在通过mRNA差异显示、代表性差异分析等方法获得未知基因的cDNA部分序列后，研究者都迫切希望克隆到其全长cDNA序列，以便对该基因的功能进行研究。

克隆全长cDNA序列的传统途径是采用噬斑原位杂交的方法筛选cDNA文库，或采用PCR的方法，这些方法由于工作量大、耗时、耗材等缺点已满足不了人类基因组时代迅猛发展的要求。

而随着人类基因组计划的开展，在基因结构、定位、表达和功能研究等方面都积累了大量的数据，如何充分利用这些已有的数据资源，加速人类基因克隆研究，同时避免重复工作，节省开支，已成为一个急迫而富有挑战性的课题摆在我们面前，采用生物信息学方法延伸表达序列标签（ESTs）序列，获得基因部分乃至全长cDNAycg，将为基因克隆和表达分析提供空前的动力，并为生物信息学功能的充分发挥提供广阔的空间。

文本将就EST 技术的应用并就其在基因全长cDNA克隆上的应用作一较为详细的介绍。

1、ESTs与基因识别EST技术最常见的用途是基因识别，传统的全基因组测序并不是发现基因最有效率的方法，这一方法显得即昂贵又费时。

因为基因组中只有2%的序列编码蛋白质，因此一部分科学家支持首先对基因的转录产物进行大规模测序，即从真正编码蛋白质的mRNA出发，构建各种cDNA文库，并对库中的克隆进行大规模测序。

Adams等提出的表达序列标签的概念标志着大规模cDNA测序时代的到来。

虽然ESTs序列数据对不精确，精确度最高为97%，但实践证明EST技术可大大加速新基因的发现与研究。

Medzhitov等通过果蝇黑胃TOLL蛋白进行dbEST数据库检索，该蛋白已证实在成熟果蝇抗真菌反应中发挥重要作用，通过同源分析的方法，找到相应的人类同源EST（登录号为H48602），这为接下来研究人类TOLL同源蛋白的功能提供了很好的条件。

表达序列标签(est)在基因组学研究中的应用

表达序列标签(est)在基因组学研究中的应用序列标签（Sequence Tag）是指由DNA或RNA片段构成的一系列序列标记，它可以在遗传疾病、基因表达、信号转导等生命科学研究中发挥重要作用。

其中，表达序列标签（EST）是一种简单而有效的标记技术，它的应用在基因组学领域得到了广泛关注。

一、EST技术简介EST技术是一种由测序技术支持的高通量筛选技术，其主要原理是通过随机挑选某些不同的cDNA克隆来获得所需的不同的EST序列。

它的应用可以大大降低生物学研究的难度，也可以在较短的时间内获得大量的基因序列。

二、EST在基因组学研究中的应用（一）基因组注释及功能预测基因组注释是指对基因组序列进行生物信息学分析，以确定其中的基因区域和基因的结构。

EST技术可以通过对基因组序列的全长编码区域进行建库、测序和组装，从而确定基因的结构和位置，从而实现基因组注释。

（二）基因家族的发现和分类EST技术可以应用于表达的基因家族的发现和分类，例如受体基因、酶基因和转录因子基因家族等。

EST序列可以用作启动点，通过比对模式，可将同源序列聚类形成基因家族，并进一步研究其与环境、生长过程或其它生物学过程的关系。

（三）隐形基因的寻找传统的基因克隆方法主要寻找已知的基因进行克隆，而隐形基因（也称未知基因）的寻找则需要更为深入的研究。

EST技术可以通过测序与注释，从全基因组的角度分析，实现隐形基因的发现。

这可以为了解未知疾病的发病机制、发病率等方面提供重要支持和信息。

（四）基因调控机理的研究EST技术不仅可以应用于基因组学研究，还可以应用于表观遗传学——研究基因调控机理。

EST序列常常用于测定细胞特异性基因表达、基因表达的时间和空间分布等方面。

它对于异等基因的表达差异、组织特异性基因表达模式、静态和动态转录调控等具有重要的科研价值。

同时，它还可以用于筛选差异表达基因，并进一步研究其相关的信号传导机制、生长发育机制等。

三、结论在基因组学研究中，EST技术可以为高通量测序提供支持，并更好地揭示基因组结构和基因调控机制。

EST介绍

表达序列标签（expressed sequence tags,ESTs）是指从不同组织来源的cDNA序列。

这一概念首次由Adams等于1991年提出。

近年来由此形成的技术路线被广泛应用于基因识别、绘制基因表达图谱、寻找新基因等研究领域，并且取得了显著成效。

在通过mRNA差异显示、代表性差异分析等方法获得未知基因的cDNA部分序列后，研究者都迫切希望克隆到其全长cDNA序列，以便对该基因的功能进行研究。

克隆全长cDNA序列的传统途径是采用噬斑原位杂交的方法筛选cDNA文库，或采用PCR的方法，这些方法由于工作量大、耗时、耗材等缺点已满足不了人类基因组时代迅猛发展的要求。

而随着人类基因组计划的开展，在基因结构、定位、表达和功能研究等方面都积累了大量的数据，如何充分利用这些已有的数据资源，加速人类基因克隆研究，同时避免重复工作，节省开支，已成为一个急迫而富有挑战性的课题摆在我们面前，采用生物信息学方法延伸表达序列标签（ESTs）序列，获得基因部分乃至全长cDNAycg，将为基因克隆和表达分析提供空前的动力，并为生物信息学功能的充分发挥提供广阔的空间。

文本将就EST技术的应用并就其在基因全长cDNA克隆上的应用作一较为详细的介绍。

1、ESTs与基因识别EST技术最常见的用途是基因识别，传统的全基因组测序并不是发现基因最有效率的方法，这一方法显得即昂贵又费时。

因为基因组中只有2%的序列编码蛋白质，因此一部分科学家支持首先对基因的转录产物进行大规模测序，即从真正编码蛋白质的mRNA出发，构建各种cDNA文库，并对库中的克隆进行大规模测序。

Adams等提出的表达序列标签的概念标志着大规模cDNA测序时代的到来。

虽然ESTs序列数据对不精确，精确度最高为97%，但实践证明EST技术可大大加速新基因的发现与研究。

Medzhitov等通过果蝇黑胃TOLL蛋白进行dbEST数据库检索，该蛋白已证实在成熟果蝇抗真菌反应中发挥重要作用，通过同源分析的方法，找到相应的人类同源EST（登录号为H48602），这为接下来研究人类TOLL同源蛋白的功能提供了很好的条件。

分子标记技术的类型原理及应用

分子标记1.分子标记技术及其定义1974年,Grozdicker等人在鉴定温度敏感表型的腺病毒DNA突变体时, 利用限制性内切酶酶解后得到的DNA片段的差异, 首创了DNA分子标记。

所谓分子标记是根据基因组DNA存在丰富的多态性而发展起来的可直接反映生物个体在DNA水平上的差异的一类新型的遗传标记,它是继形态学标记、细胞学标记、生化标记之后最为可靠的遗传标记技术。

广义的分子标记是指可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质分子。

通常所说的分子标记是指以DNA多态性为基础的遗传标记。

分子标记技术本质上都是以检测生物个体在基因或基因型上所产生的变异来反映基因组之间差异。

2.分子标记技术的类型分子标记从它诞生之日起, 就引起了生物科学家极大的兴趣,在经历了短短几十年的迅猛发展后, 分子标记技术日趋成熟, 现已出现的分子标记技术有几十种, 部分分子标记技术所属类型如下。

2.1 建立在Southern杂交基础上的分子标记技术(1) RFLP ( Rest rict ion Fragment Length Polymorphism)限制性内切酶片段长度多态性标记；(2) CISH ( Chromosome In Situ Hybridization) 染色体原位杂交。

2.2 以重复序列为基础的分子标记技术(1) ( Satellite DNA ) 卫星DNA；(2) ( Minisatellite DNA ) 小卫星DNA;(3) SSR( Simple Sequence Repeat ) 简单序列重复, 即微卫星DNA。

2.3 以PCR为基础的分子标记技术(1) RAPD ( Randomly Amplif ied Polymorphic DNA ) 随机扩增多态性DNA；(2) AFLP( Amplif ied Fragment Length Polymorphism) 扩增片段长度多态性；(3) SSCP( Single Strand Conformation Polymorphism) 单链构象多态性；(4) cDNA-AFLP( cDNA- AmplifiedFragment Length Polymorphism) cDNA -扩增片段长度多态性；(5) TRAP( Target Region Amplified Polymorphism) 靶位区域扩增多态性；(6) SCAR ( Sequence Char acterized Amplified Region) 序列特征化扩增区域；(7) SRAP ( Sequencerelated Amplified Polymorphism) 相关序列扩增多态性。

蛋白表达载体常用标签综述

蛋白表达载体系统重组蛋白表达技术和重组蛋白表达载体现已广泛应用于生物学各个具体领域,尤其是体内功能研究和蛋白质的大规模生产。

GeneCopoeia的蛋白表达载体按照表达宿主的不同分为3类:B类，M类和Lv 类。

B类的表达宿主为大肠杆菌，M类的宿主为哺乳动物细胞，Lv类是慢病毒载体，宿主可以为哺乳动物细胞或原代细胞。

除了必要的复制和筛选的元件，协助表达和翻译的元件外，本文将各类载体按荧光蛋白标签、多功能标签、促溶解度标签和抗体免疫共沉淀标签四种，先将几种主流的标签功能初步介绍如下：eGFP/eCFP/eYFP/mCherry分别是增强型绿色荧光蛋白/增强型黄绿色荧光蛋白/增强型黄色荧光蛋白/单体红色荧光蛋白标签,具有不同的激发波长和发射波长，均由野生型荧光蛋白通过氨基酸突变和密码子优化而来。

就eGFP而言，相对于GFP，其荧光强度更强、荧光性质更稳定。

同时载体中构建的Kozak序列使得含有eGFP的融合蛋白在真核表达系统中表达效率更高。

mCherry是从DsRed演化来的性能最好的一个单体红色荧光蛋白，可以和GFP系列荧光蛋白共用，实现多色标记体内、外实验表明，mCherry在N端和C端融合外源蛋白时，荧光蛋白活性和被融合的目标蛋白功能相互没有明显影响。

这些荧光标签蛋白，其融合表达目的蛋白后具有以下优点：1.不用破碎组织细胞、不加任何底物，直接通过荧光显微镜就能在活细胞中发出绿色荧光，实时显示目的基因的表达情况，而且荧光性质稳定，被誉为活细胞探针。

2.其自发荧光，不需用目的基因的抗体或原位杂交技术就可推知目的基因在细胞中的定位等情况。

3.同时细胞内的其它产物不会干扰标签蛋白检测，从而使其检测效果更快速、简便、灵敏度高而且重现性好。

4.其低消耗、高灵敏度检测的特性，十分适用于高通量的药物筛选。

现eGFP 表达标签被广泛地应用于基团表达调控、转基因功能研究、蛋白在细胞中的功能定位、迁移变化及药物筛选等方面。

EST (Expressed Sequence Tag)表达序列标签

EST (Expressed Sequence Tag）表达序列标签EST (Expressed Sequence Tag)表达序列标签—是从一个随机选择的cDNA 克隆，进行5’端和3’端单一次测序挑选出来获得的短的cDNA 部分序列,代表一个完整基因的一小部分，在数据库中其长度一般从20 到7000bp 不等，平均长度为360 ±120bp。

由于cDNA文库的复杂性和测序的随机性，有时多个EST代表同一基因或基因组，将其归类形成EST 簇（EST cluster)原理：EST是从一个随机选择的cDNA 克隆进行5’端和3’端单一次测序获得的短的cDNA部分序列，代表一个完整基因的一小部分，在数据库中其长度一般从20 到7000bp 不等，平均长度为360 ±120bp。

EST 来源于一定环境下一个组织总mRNA 所构建的cDNA 文库，因此EST也能说明该组织中各基因的表达水平。

技术路线：首先从样品组织中提取mRNA，在逆转录酶的作用下用oligo (dT) 作为引物进行RT-PCR合成cDNA，再选择合适的载体构建cDNA 文库，对各菌株加以整理，将每一个菌株的插入片段根据载体多克隆位点设计引物进行两端一次性自动化测序，这就是EST 序列的产生过程。

应用：EST作为表达基因所在区域的分子标签因编码DNA 序列高度保守而具有自身的特殊性质，与来自非表达序列的标记（如AFLP、RAPD、SSR等）相比更可能穿越家系与种的限制，因此EST标记在亲缘关系较远的物种间比较基因组连锁图和比较质量性状信息是特别有用。

同样，对于一个DNA 序列缺乏的目标物种，来源于其他物种的EST也能用于该物种有益基因的遗传作图，加速物种间相关信息的迅速转化。

具体说，EST的作用表现在：⑴用于构建基因组的遗传图谱与物理图谱；⑵作为探针用于放射性杂交; ⑶用于定位克隆；⑷借以寻找新的基因; ⑸作为分子标记；⑹用于研究生物群体多态性；⑺用于研究基因的功能；⑻有助于药物的开发、品种的改良；⑼促进基因芯片的发展等方面。

表达序列标签EST概要

表达序列标签EST概要摘要：随着EST研究的开展、深入，以及相关研究技术和分析手段的不断改进并走向成熟，EST 数据资源不断丰富，而其本身又具备独特的优势和多方面的利用价值。

本文介绍了EST序列的获取、加工、储存、分配、分析和释读的相关研究。

关键词：EST 表达序列标签聚类cDNA文库生物信息学从事对生物信息的获取、加工、储存、分配、分析和释读，并综合运用数学、计算机科学和生物学工具，以达到理解数据中的生物学含义的目的。

随着人类基因组计划在世界范围内的开展，生物信息学作为一门热门交叉学科，不断地完善和发展起来作为一种强有力的工具，它在帮助我们对巨量的生物信息进行归纳和理解，从而揭示生命的奥妙的过程中发挥了重要的作用。

然而信息的爆炸增长，面对复杂和庞大的数据库，如何有效地地获取我们所需要的信息，充分利用这些已有的数据资源，加速基因克隆研究已成为一个富有挑战性的课题。

表达序列标签的广泛应用，为大规模进行基因克隆和表达分析提供了强大的动力，也为生物信息学功能的充分发挥提供了广阔的空问表达序列标签(EST，Expressed Sequence Tag)是指从一个随机选择的cDNA 克隆进行5’端和3’端单一次测序获得的短的cDNA 部分序列,代表了一个完整基因的一小部分。

Adams等人在1991年提出了EST技术，宣布了cDNA大规模测序时代的开始。

随着大规模的测序，EST数据呈指数级增长。

到了1995年中，GenBank里ESTs的数量已超过非ESTs的数量；2000年6月，将近460万的ESTs 已占了GenBank里所有序列的62%。

ESTs序列不止来源于人类，NCBI的dbEST （EST database）中已包含了超过250种生物来源的ESTs，包括小鼠、大鼠、秀丽线虫和黄果蝇等。

除此之外，也有许多商业性的机构保存了一些属于机构内部不公开的ESTs 序列。

EST序列的制备EST来源于一定环境下一个组织总mRNA所构建的cDNA文库，因此EST也能说明该组织中各基因的表达水平。

基因表达分析

基因表达分析1、EST（Expressed Sequence Tag）表达序列标签（EST）分析1、EST基本介绍1、定义：EST是从已建好的cDNA库中随机取出一个克隆，进行5’端或3’端进行一轮单向自动测序，获得短的cDNA部分序列，代表一个完整基因的一小部分，在数据库中其长度一般从20到7000bp不等，平均长度为400bp。

EST来源于一定环境下一个组织总mRNA所构建的cDNA文库，因此，EST也能说明该组织中各基因的表达水平。

2、技术路线：首先从样品组织中提取mRNA，在逆转录酶的作用下用oligo（dT）作为引物进行RT-PCR 合成cDNA，再选择合适的载体构建cDNA文库，对各菌株加以整理，将每一个菌株的插入片段根据载体多克隆位点设计引物进行两端一次性自动化测序，这就是EST序列的产生过程。

3、EST数据的优点和缺点：（1）相对于大规模基因组测序而言，EST测序更加快速和廉价。

（2）EST数据单向测序，质量比较低，经常出现相位的偏差。

（3）EST只是基因的一部分，而且序列里有载体序列。

（4）EST数据具有冗余性。

（5）EST数据具有组织和不同时期特异性。

4、EST数据的应用EST作为表达基因所在区域的分子标签因编码DNA序列高度保守而具有自身的特殊性质，与来自非表达序列的标记（如AFLP、RAPD、SSR等）相比，更可能穿越家系与种的限制。

因此，EST标记在亲缘关系较远的物种间比较基因组连锁图和比较质量性状信息是特别有用的。

同样，对于一个DNA序列缺乏的目标物种，来源于其他物种的EST也能用于该物种有益基因的遗传作图，加速物种间相关信息的迅速转化。

具体说，EST的作用表现在：（1）用于构建基因组的遗传图谱与物理图谱；（2）作为探针用于放射性杂交；（3）用于定位克隆；（4）借以寻找新的基因；（5）作为分子标记；（6）用于研究生物群体多态性；（7）用于研究基因的功能；（8）有助于药物的开发、品种的改良；（9）促进基因芯片的发展等方面。

表达序列标签技术及其应用

ＦＡＮＧｕ — ｈｕｇ，ＸＵＸｅｓａｎＧａｎｂｉｇ－ａｏ
（ｎｒｌｏｔｉｅｓｔｆＦｒｓｒ＆Ｔｅｈｏｏｙ，Ｃｈｎｓａ４００ＣｅｔａｕｈＵｎｖｒｉｏｏｅｔｙＳｙｃｎｌｇａｇｈ１０４，Ｈｕａｎｎ，Ｃｈｎ）ｉａ
ｒｉｗｅｖｅ ห้องสมุดไป่ตู้
表达序列标签（ｘｒｓｅｕｎｅｔｇ，以下简称为ＥＴ）ｃＥｐｅｓｓｑｅｃａｓＳ是ＤＮＡ的部分序列，是将ｍＲＮＡ反转录成ｃＤＮＡ并克隆到载体构建成ｃＤＮＡ文库后，规模随机挑选ｃＮＡ克隆，其５或３端进行一步法测序，大Ｄ对 ’ ’ 并
它序列特征等研究领域，且取得了显著成效。并
型和不同发育阶段的表达基因序列的数目急剧上升。ＥＴ技术被广泛应用于分子标记、Ｓ分离鉴定新基因、因基
表达谱分析、因组功能注释、因电子克隆、备Ｄ基基制ＮＡ芯片、ＮＡｉＲｎｅｆｒｎｅ技术的研究、找其Ｒ（ＮＡｉｔｒｅｅｃ）寻
将所获序列与基因数据库中已知序列进行比较，而获得对生物体生长发育、殖分化、从繁遗传变异、老死亡等衰
一
系列生命过程认识的技术。近年来，随着ＥＴ计划在不同物种问的展开和研究内容的深入，源于不同物种、同组织、同细胞类Ｓ来不不

blast简介及其应用

酸残基。 ❖ 确定特定的蛋白质或核酸序列有哪些已知的直系同源或旁
系同源序列。 ❖ 确定哪些蛋白质和基因在特定的物种中出现。 ❖ 确定一个DNA或蛋白质序列身份。 ❖ 发现新基因 ❖ 确定一个特定基因或蛋白质有哪些已经发现了的变种。
Blast的使用
• 首先在NCBI的基因数据库中找到一段基因核苷酸序列（或者是通过测序得到的核苷酸序列）。
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• nr数据库是合并了若干个主要的蛋白质或DNA数据库得到的。这些数据库中经常包含有相同的序列，但nr数据库只收录其中的一个序列(即使在nr数据库中出现看上去一样的序列，实际上还是具有一些细节上的区别)。 nr数据库是在要搜索现有的绝大多数序列时典型和常用的数据库。
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1.序列信息部分
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两种版本的BLAST比较（一）
• 网络版本包括NCBI在内的很多网站都提供了在线的BLAST服务，这也是我们最经常用到的BLAST 服务。网络版本的BLAST服务就有方便，容易操作，数据库同步更新等优点。但是缺点是不利于操作大批量的数据，同时也不能自己定义搜索的数据库。
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两种版本的BLAST比较（二）
E value:在相同长度的情况下，两个氨基酸残基（或碱基）
随机排列的序列进行打分，得到上述Score值的概率的大小。E值越小表示随机情况下得到该Score值的可能性越低。我们在获得一个Blast结果时需要看这两个指标。
如果Blast获得的目标序列的Score值越高并且E-value越低表明结果越可信，反之越不可信.
蛋白质数据库中比对核酸序列
蛋白质数据库中比对核酸序列
核酸数据库中比对蛋白质序列
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标准蛋白质数据库
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快速搜索组装的基因序列库

常用蛋白标签的功能和优点汇总

常用蛋白标签的功能和优点汇总重组蛋白表达技术现已经广泛应用于生物学各个具体领域。

特别是体内功能研究和蛋白质的大规模生产都需要应用重组蛋白表达载体。

蛋白表达载体按照表达宿主的不同分为3类，分别为表达宿主为大肠杆菌，哺乳动物细胞的，以及慢病毒载体，宿主可以为哺乳动物细胞和原代细胞。

除了必要的复制和筛选的元件，协助表达和翻译的元件外，本文将各类载体分别按照功能标签的不同确定种类并将个标签的功能介绍如下：1、His6：His6是指六个组氨酸残基组成的融合标签，可插入在目的蛋白的C末端或N末端。

当某一个标签的使用，一是能构成表位利于纯化和检测；二是构成独特的结构特征（结合配体）利于纯化。

组氨酸残基侧链与固态的镍有强烈的吸引力，可用于固定化金属螯合层析(IMAC)，对重组蛋白进行分离纯化。

使用His-tag有下面优点：1.标签的分子量小，只有~0.84KD，而GST和蛋白A分别为~26KD和~30KD，一般不影响目标蛋白的功能；2.His标签融合蛋白可以在非离子型表面活性剂存在的条件下或变性条件下纯化，前者在纯化疏水性强的蛋白得到应用，后者在纯化包涵体蛋白时特别有用，用高浓度的变性剂溶解后通过金属螯和亲和层析去除杂蛋白，使复性不受其它蛋白的干扰，或进行金属螯和亲和层析复性；3.His标签融合蛋白也被用于蛋白质-蛋白质、蛋白质-DNA相互作用研究；4.His标签免疫原性相对较低，可将纯化的蛋白直接注射动物进行免疫制备抗体；5.可应用于多种表达系统，纯化的条件温和；6.可以和其它的亲和标签一起构建双亲和标签。

Flag标签蛋白为编码8个氨基酸的亲水性多肽（DYKDDDDK），同时载体中构建的Kozak序列使得带有FLAG的融合蛋白在真核表达系统中表达效率更高。

FLAG作为标签蛋白，其融合表达目的蛋白后具有以下优点：1.FLAG作为融合表达标签，其通常不会与目的蛋白相互作用并且通常不会影响目的蛋白的功能、性质，这样就有利用研究人员对融合蛋白进行下游研究。

几种常用的蛋白标签的功能和优点

重组蛋白表达技术现已经广泛应用于生物学各个具体领域。

特别是体内功能研究和蛋白质的大规模生产都需要应用重组蛋白表达载体。

美国GeneCopoeia的蛋白表达载体按照表达宿主的不同新推出3类，分别为表达宿主为大肠杆菌，哺乳动物细胞的，以及慢病毒载体，宿主可以为哺乳动物细胞和原代细胞。

除了必要的复制和筛选的元件，协助表达和翻译的元件外，本文将各类载体分别按照功能标签的不同确定种类并将个标签的功能初步介绍如下：His6：His6是指六个组氨酸残基组成的融合标签，可插入在目的蛋白的C末端或N末端。

当某一个标签的使用，一是能构成表位利于纯化和检测；二是构成独特的结构特征（结合配体）利于纯化。

组氨酸残基侧链与固态的镍有强烈的吸引力，可用于固定化金属螯合层析(IMAC)，对重组蛋白进行分离纯化。

使用His-tag有下面优点：1.标签的分子量小，只有~0.84KD，而GST和蛋白A分别为~26KD和~30KD，一般不影响目标蛋白的功能；2.His标签融合蛋白可以在非离子型表面活性剂存在的条件下或变性条件下纯化，前者在纯化疏水性强的蛋白得到应用，后者在纯化包涵体蛋白时特别有用，用高浓度的变性剂溶解后通过金属螯和亲和层析去除杂蛋白，使复性不受其它蛋白的干扰，或进行金属螯和亲和层析复性；3.His标签融合蛋白也被用于蛋白质-蛋白质、蛋白质-DNA相互作用研究；4.His标签免疫原性相对较低，可将纯化的蛋白直接注射动物进行免疫制备抗体；5.可应用于多种表达系统，纯化的条件温和；6.可以和其它的亲和标签一起构建双亲和标签。

Flag:Flag标签蛋白为编码8个氨基酸的亲水性多肽（DYKDDDDK），同时载体中构建的Kozak序列使得带有FLAG的融合蛋白在真核表达系统中表达效率更高。

FLAG作为标签蛋白，其融合表达目的蛋白后具有以下优点：1.FLAG作为融合表达标签，其通常不会与目的蛋白相互作用并且通常不会影响目的蛋白的功能、性质，这样就有利用研究人员对融合蛋白进行下游研究。

STS STR ITS SDs总结

1、STS(序列标签位点)，是已知核苷酸序列的DNA片段，是基因组中任何单拷贝的短DNA序列，长度在100～500bp之间。

任何DNA序列，只要知道它在基因组中的位置，都能被用作STS标签。

作为基因组中的单拷贝序列，是新一代的遗传标记系统，其数目多，覆盖密度较大，达到平均每1kb一个STS或更密集。

用途：这种序列在染色体上只出现一次，其位置和碱基顺序都是已知的。

在PCR反应中可以检测出STS来，因此STS适宜于作为人类基因组的一种地标，据此可以判定DNA 的方向和特定序列的相对位置。

任何一个DNA序列要成为STS，须满足两个前提：第一：它的序列必须是己知的，以便于用PCR方法检测STS在不同DNA片段中存在与否。

第二个要求是STS必须在待研究的染色体上有唯一的定位，或当DNA片段群覆盖全基因组时，STS在整个基因组中具有唯一的定位位点。

如果STS序列具有多个定位点，那么作图数据将会模糊不清。

因此需要确保STS不包含重复DNA的序列。

获得STS途径：①、表达序列标记：表达序列际记(expressed sequence tag, EST)是通过互补DNA (cDNA)克隆分析获得的短序列。

制备互补DNA是将mRNA转化成双链DNA.由于细胞中mRNA来自于编码蛋白的基因，故此cDNA代表了mRNA来源的细胞中表达的基因序列。

EST被看做获得重要基因序列的快捷途径。

即使其序列不完整，也仍然有价值。

如果EST 来自于单一序列DNA，不是基因家族中的某一成员，它也可以被用作STS。

而所谓基因家族是指一组具有相同或相近序列的基因。

②、SSLP：SSLP在物理作图中也可以被用作STS，具有多态性的SSLP以及已通过连锁分析定位的SSLP特别有用，因为它们可在遗传图谱和物理图谱间提供直接联系。

③、随机基因组序列：可以通过对克隆的基因组DNA的随机小片段进行测序或在数据库中搜寻贮存序列获得。

2、STR(短串联重复序列)：又称微卫星DNA（micro satellite DNA），是一类广泛存在于人类基因组中的DNA多态性基因座。

表达序列标签研究进展及其在甲壳动物中的应用概况

表达序列标签研究进展及其在甲壳动物中的应用概况摘要：随着生物信息学的发展，表达序列标签（ＥＳＴ）在分子标记开发、新基因分离鉴定、基因表达谱分析、基因组功能注释、基因电子克隆等方面具有重要作用。

简要介绍了ＥＳＴ分析的原理及其在基因识别、基因预测、物理图谱的构建、ＤＮＡ芯片制备等方面的应用概况。

综述了甲壳动物ＥＳＴ的研究现状，并对ＥＳＴ的应用前景进行了展望。

关键词：表达序列标签（ＥＳＴ）；甲壳动物；生物信息学Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｗｉｔｈｔｈｅｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｏｆｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，ｅｘｐｒｅｓｓｅｄｓｅｑｕｅｎｃｅｔａｇ（ＥＳＴ）played ａｎｉｍｐｏｒｔａｎｔｒｏｌｅiｎｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒｓｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ，ｎｅｗｇｅｎｅｓｉｓｏｌａｔｉｏｎａｎｄｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ，ｇｅｎｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｐｒｏｆｉｌｅａｎａｌｙｓｉｓ，ｇｅｎｏｍｅｆｕｎｃｔｉｏｎａｌａｎｎｏｔａｔｉｏｎａｎｄｓｉｌｉｃｏｇｅｎｅｃｌｏｎｉｎｇ．TｈｅｐｒｉｎｃｉｐｌｅｏｆＥＳＴａｎａｌｙｓｉｓａｎｄｉｔｓａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓiｎｇｅｎｅｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ，ｇｅｎｅｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ，ｐｈｙｓｉｃａｌｍａｐｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎａｎｄＤＮＡｃｈｉｐｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎwas briefly introduced．Ｉｎａｄｄｉｔｉｏｎ，ｔｈｅｒｅｓｅａｒｃｈｓｔａｔｕｓｏｆｃｒｕｓｔａｃｅａｎＥＳＴａｎｄthe ｐｒｏｓｐｅｃｔｏｆＥＳＴａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｗｅｒｅａｌｓｏｓｕｍｍａｒｉｚｅｄ．Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ｅｘｐｒｅｓｓｅｄｓｅｑｕｅｎｃｅｔａｇ（ＥＳＴ）；ｃｒｕｓｔａｃｅａｎ；ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ表达序列标签（Ｅｘｐｒｅｓｓｅｄｓｅｑｕｅｎｃｅｔａｇ，ＥＳＴ）是从一个随机选择的ｃＤＮＡ克隆进行５’端和３’端单一次测序获得的短的ｃＤＮＡ部分序列。

分子标记特点和应用

分子标记技术方法和他们特点1、限制性片段长度多态性标记分析(Re striction Fragment Length Polymorphism，RFLP)—RFLPRFLP技术的是检测DNA 在限制性内切酶酶切后形成的特定DNA 片段的大小。

因此凡是可以引起酶切位点变异的突变如点突变(新产生和去除酶切位点) 和一段DNA 的重新组织(如插入和缺失造成酶切位点间的长度发生变化) 等均可的产生RFLP技术特点：RFLP技术优点：①结果稳定，重复性好，特别是PCR-RFLP（CAPS）由于是特定引物扩增，退火温度高，因而假阳性低，可靠性更高。

②是一种共显性标记，可区分纯合体与杂合体，数据多态信息量大，不受显隐性关系、环境条件、发展阶段及组织部位影响。

③RFLP标记广泛存在于生物体内，不受组织、环境和发育阶段的影响，具有个体、种、属及各种各层次水平的特异性。

④核基因组的RFLP标记表现为孟德尔的共显性遗传，而细胞质基因组的RFLP一般表现为母性遗传。

RFLP技术缺点：①分析所需DNA量较大，分析速度慢。

②步骤较多，周期长，技术复杂，费用高。

③检测多态性水平过分依赖限制性内切酶，使多态性降低，对DNA质量要求高。

④检测中需放射性物质，限制了广泛应用。

⑤对于线粒体DNA而言，因为其进化速度快，影响种以上水平的RFLP分析的准确性。

但是种以上水平影响很小。

2.随机扩增多态性DNA技术（Random Amplified Polymorphism DNA）—RAPD以单一的随机引物(一般为10个碱基)利用PCR技术随机扩增未知序列的基因组DNA获得的DNA片段长度变异。

它是利用随机引物通过PCR反应非定点扩增DNA片段，然后用凝胶电泳分析扩增产物DNA片段的多态性。

RAPD技术特点：RAPD优点：①无种属特异性,一套RAPD引物可以应用于任意一种生物的研究，具有广泛和通用的特点。

②适合于自动化分析。

操作技术简单，不涉及分子杂交和放射性自显影等技术，省工省力和工作进度快。

植物功能基因组的主要研究方法及其应用

植物功能基因组的主要研究方法及其应用摘要概述了植物基因功能的主要研究方法，并论述了主要技术如cDNA微阵列与基因芯片技术、反向遗传学技术、表达序列标签(EST)、蛋白质组学、生物信息学等及其应用。

关键词植物功能基因组；方法；应用基因组学(genomics)指对所有基因进行基因组作图、核苷酸序列分析、基因定位和基因功能分析的一门科学[1，2]。

许多生物全基因组的破译，使基因组学的研究有了一次质的突破：从结构基因组学开始过渡到功能基因组学。

结构基因组学(structural genomics)是通过基因作图、核苷酸序列分析以确定基因组成、基因定位的一门科学。

功能基因组学(functional genomics)代表基因组分析的新阶段，被称为后基因组学(post genomics)，旨在利用结构基因组学丰富的信息资源，应用高通量、大规模的实验分析方法，结合统计和计算机分析来研究基因的表达、调控与功能，基因间、基因与蛋白质、蛋白质与底物、蛋白质与蛋白质之间的相互作用以及生物的生长、发育等规律[3]。

传统的遗传学的方法已不能适应现在基因组学的发展，cDNA微阵列(cDNA micro-array)和基因芯片(gene chip)法、反向遗传学、表达序列标签(expressed sequence Tag，EST)、蛋白质组学、生物信息学等方法相继诞生，为基因组学的研究奠定了坚实的基础。

1cDNA微阵列与基因芯片法cDNA微阵列和基因芯片都是基于Reverse Northern杂交以检测基因表达差异的技术。

二者的基本原理是利用光导化学合成、照相平板印刷以及固相表面化学合成等技术，在固相支持物上固定成千上万个cDNA、EST或基因特异的寡核苷酸探针，并与放射性同位素或荧光标记的靶DNA进行杂交，然后用相应的检测系统进行检测，根据杂交信号强弱及探针的位置和序列，即可确定靶DNA的表达情况以及突变和多态性的存在。

该技术优点在于可以同时对大量基因，甚至整个基因组基因的表达差异进行对比分析。

sumo标签序列氨基酸序列

sumo标签序列氨基酸序列sumo标签序列氨基酸序列的重要性与应用1. 引言在生物学研究中，特别是在蛋白质研究领域，了解蛋白质的结构和功能至关重要。

蛋白质通常需要通过与其他分子相互作用来发挥功能，而这些相互作用可以通过修饰蛋白质的特定位点来调节。

其中，一个重要的修饰方式是添加小的蛋白质标签，使蛋白质能够在实验室中更容易地进行检测和纯化。

sumo标签序列就是其中之一。

2. sumo标签序列的定义和结构Sumo标签序列（Small Ubiquitin-like Modifier）是一个短小的多肽序列，它可以与目标蛋白质的特定位点结合，并改变蛋白质的结构、定位和相互作用。

Sumo标签序列的典型结构为GG AT TACCT，其中GG为其起始位点，AT为附加序列，TACCT为其终止位点。

3. sumo标签序列的修饰作用Sumo标签序列的修饰作用在细胞中起着重要的调节功能。

它能够调节目标蛋白质的稳定性、亚细胞定位、相互作用，并参与信号转导、基因表达和细胞周期调控等关键生物过程。

通过与sumo标签序列的结合，目标蛋白质可以发生构象改变，从而改变其功能。

4. sumo标签序列在蛋白质纯化中的应用由于sumo标签序列的高亲和性和易于纯化的特点，它在蛋白质纯化中得到了广泛的应用。

科学家们经常使用sumo标签将目标蛋白质表达在宿主细胞中，并通过与sumo标签序列的结合来纯化目标蛋白质。

这种方法不仅能够提高目标蛋白质的纯度，还可以减少其他杂质的污染，从而更好地了解目标蛋白质的结构和功能。

5. sumo标签序列在研究生物学中的应用除了在蛋白质纯化中的应用，sumo标签序列在研究生物学中也发挥着重要的作用。

科学家们经常使用sumo标签来研究蛋白质相互作用、信号转导和细胞功能。

通过将sumo标签序列与目标蛋白质相互作用的位点进行突变，科学家可以探索蛋白质结构和功能的细微差异，并了解其在生物系统中的作用。

6. 个人观点和理解从我的了解来看，sumo标签序列作为一种修饰方式对蛋白质的研究至关重要。