东亚鲤科鱼类的分子系统发育研究
鱼类三代虫分子生物学的研究进展
鱼类三代虫分子生物学的研究进展1分类学概况亚纲三代虫日三代虫科，是一类常见的鱼类体外寄生虫。
主要寄生在鱼体表和鳃，广泛分布于世界各地海水和淡水水 1．1形态学分类域，给渔业，圭产造成较大危害，已见报道的有400余种(Har- 三代虫分类学主要是依据形态学和附着结构的形态特 riset 征，但在很大程度上依赖于寄主的特异性。
其中，由角蛋白 a1．，2004)。
三代虫身体细小延伸，具一对头器，没有眼组成的中央大钩和连接片是重要的分类学依据(Kayton，点；有单细胞腺的头腺一对；口位于头器下方中央；体后端的 1983)。
它们形态的复杂性及稳定性为分类学提供了更多有后吸器发育良好，有一对中央大钩及背连结片与腹连结片各用的信息，其腹连接片对于鉴定新种是非常关键的，但目前一，8对边缘小钩有秩序地排列着。
三代虫用后吸器的大钩的研究还没有掌握这一结构的复杂性，可以运用线性距离法和小钩固着在寄主的身体上，同时前端的头腺也分泌粘液，和角度测量法来分析鉴定。
同样，背连接片的形状也町以用用以粘着在寄主体上或慢慢爬行。
边缘小钩刺人鱼体表，引来鉴定新种，但因为容易受到各种因素的影响而使其形状不起宿主鱼皮肤损伤，降低鱼体抵抗力，继而引发疾病。
为了 et 稳定，目前测量法很少用这一结构(Bakkea1．，2007)。
还预防和控制这屿疾病，开展了大量三代虫及其引发疾病的研有一些人注意到其他一些能被用于三代虫科级分类的形态究，在三代虫形态结构、分类、生物学及流行性等方面都取得学特征，最显著的是感官的结构，即毛序。
对于一些种类，如了一些成果。
近年来，随着分子生物学的发展，分子标记对 G．salaris和G thymalli，形态学区别需要有关形态学数据复于检测和控制所有致病性种类，如在Gyrodactylussalaris的传杂的统计学分析，其结果对它们的相关性还是不可靠的播研究中是必不可少的。
而全线粒体基因组又为研究三代 et (Hansena1．，2007)。
鲤科鱼类系统进化过程中SINEs的插入事件
鲤科 鱼类 系统进 化过程 中 ＳＮ ｓ Ｉ Ｅ 的插人事件 ＊
韩 亚伟 童超 波 何 舜平 一 陈宜 瑜
中 国 科 学 院 水 生 生 物 研 究 所 ，武汉 ４ ０ ７ ３０２
２ ０ —２０ ０ ７０ —２收稿 ， ２０ —４１ ０ ７０ —６收修 改稿 ＊ 国 家杰 出青 年 科 学 基 金 资 助 项 目 （ 准 号 ：３ ２ ５ ０ ） 批 ０ ２ ０ ８
＊ 通 信 作 者 ， — ｉ ｌｄ ｉｂ ａ． ａ ＊ Ｅ ｍａｌ ａ ＠ ｈ ． ｃｃ ：ｃ
点产 生完 全 的缺失 ；因此 ＳＮＥｓ 入 到 基 因组 内的 Ｉ 插
区和 ＡＴ 富 含 区组 成 ． ＳＮＥｓ 旦插 入 到 基 因组 内 一 Ｉ 一
或偶 然 具 有 胡 须 ） 、雅 罗 鱼 亚 科 （ ｅ ｃｓｕ ａ ） Ｌ ｕｉｃ ｎ ｅ 、鲭 皱 （ ｈ ｉ ｇ ａｈｎ ｅ 、 铂 亚 科 （ ｕｔｉａ ） Ａｌ Ａｃ ｅ ｏ ｎ ｔｉａ ） ｌ Ｃ ｌ ｎｅ 和 ｒ — ｂ ｒ ｉａ 亚 科 ；陈湘 在基 于形 态特 征 的研 究 后 ， ｕ ｎｎ ｅ 则 认为应 该 分为 两 个亚 群 （ 罗 鱼 系 和 鲍 系） 雅 ，共 包 括１ Ｏ个 亚 科口 ；１ ９ ９ ８年 ，陈 宜 瑜 等 也 对 鲤 科 鱼 类 的形态 特征 进行 了研 究 ，但 重 点 强 调 了东亚 类 群 的
新位 点被 认 为是 随机 不 可 逆 的 ，该 特性 无 疑 为 物种
鲤科 鱼 类 （ ｙ ｒ ｉａ ） 现 有 鱼类 中 最 大 的一 Ｃ ｐｉ ｄ ｅ 是 ｎ 个科 ，广泛 分布 在 欧亚 、东 印度 岛 、非 洲 和 北 美 洲 等 地 ，约 有 ２ ０个 属 ２ １ １ ０ ０个 种口 ． 在 东亚 鱼 类 中 ， ］ 鲤 科鱼 类也 是 最 丰 富 的 一 个 类群 ，仅 中 国就 有 １ ２ ２ 属 ，大 约 ６ ０多个种 ， 占据 整 个 鲤 科 鱼 类 １ ２以上 ０ ／ 的属 ． 目前 ，鲤 科 鱼 类被 生 物 进 化 学 家作 为探 索 ］ 水 生物 进化 的极 好 代 表群 体 ．有 关 鲤 科 鱼 类 的 进化 研 究 有 很 多 重 要 成 果． 早 在 １ １ ８ ７年 ，Ｃ ｖｅ ｕｉ ｒ首 次
鱼类生长发育的分子和细胞机制物的研究
鱼类生长发育的分子和细胞机制物的研究鱼类是重要的经济鱼类，具有丰富的营养价值和经济价值。
随着人口的增长和人民生活水平的提高，鱼类的需求量不断增加。
为满足人们对鱼类的需求，鱼类养殖业也不断发展。
在鱼类养殖过程中，生长发育对于养殖水平和鱼类品质起着至关重要的作用。
了解鱼类生长发育的分子和细胞机制物是鱼类产业的重要研究方向。
1. 鱼类发育生长的基本过程鱼类发育生长的基本过程分为胚胎发育期和后生期。
胚胎发育期是指从受精到孵化出卵的发育过程。
这个过程中胚胎会经历不同的分期和发育阶段，不同的阶段都有着不同的突出特点。
后生期是指鱼类孵化后生长和发育的过程。
这个过程是影响鱼类生长的最重要的环节，有着很多不同的因素会影响鱼类的生长。
2. 分子和细胞机制物对鱼类生长的影响分子和细胞机制物是影响鱼类生长的重要因素。
分子方面，鱼类成长激素是影响鱼类生长最重要的分子物质之一。
它能够刺激鱼类生长素的分泌，促进鱼类的生长。
同时，因为水体中营养物质的浓度不断下降，鱼类的生长需要有调整。
另一方面，细胞机制物也是影响鱼类生长的重要因素。
例如，胰岛素样生长因子（IGF）是与鱼类生长直接相关的重要分子。
IGF会刺激鱼类细胞的生长和分裂，促进细胞的增殖和分化，从而促进鱼类的生长。
3. 鱼类生长发育的影响因素鱼类生长发育除了分子和细胞机制物的影响外，还受到多种因素的影响。
环境条件的变化是影响鱼类生长最重要的因素之一。
例如，水质的改变、温度的上升等都会对鱼类的生长产生不利影响。
同时，饲料的质量也是影响鱼类生长发育的重要因素。
高质量的饲料会促进鱼类生长，而低质量的饲料则会减缓鱼类的生长。
4. 生长激素对鱼类生长的影响生长激素是影响鱼类生长的最重要的分子物质之一。
它具有增强鱼类骨骼、肌肉等重要组织的能力。
同时，生长激素也能够刺激鱼类生长素的分泌，从而促进鱼类的生长。
有研究表明，通过注射生长激素等方式可以显著提高鱼类的生长速度。
因此，在鱼类养殖过程中可以采用生长激素等措施促进鱼类的生长发育。
鲤鱼（鲫鱼）的内脏解剖与实验性行为观察
实验12鲫鱼或鲤鱼1、实验目的要求1.1通过鲫鱼内脏器官的解剖观察，学习鱼类的解剖方法，了解硬骨鱼适应水中生活的形态结构特点。
1.2通过改变鳔内气体量影响鱼游泳行为的对比观察、分析讨论，使学生理解鱼类的鳔和鳍的生理功能及其对鱼类游泳行为的影响。
★预习实验指导时，请同学思考用一条鱼可以做哪些实验？如何完成一个实验而不影响后面的实验？在教师指导下，学生分组自行设计鱼类行为实验的顺序，合理安排实验项目，在各组交流的基础上，教师指导学生设计、确定实验方案，结合实验结果讨论分析使学生了解科学研究应从多方面考虑影响游泳行为的各种因素，培养学生独立设计并完成实验的能力。
2、实验材料与用品2.1实验材料：选大小适中的鲫鱼(或鲤鱼)、青鱼、鳙鱼等２－3种不同种类的鱼。
2.2示范标本：鲤鱼(鲫鱼)的整体或分散骨骼标本，鲨鱼骨骼标本，鱼类神经系统标本。
2.3实验用具：解剖盘、解剖镜、培养皿、注射器、直尺、鱼缸、解剖针、鬃毛、棉花等。
3、实验内容3.1鱼类的内脏解剖与比较观察，每实验小组用２－3种鱼进行实验。
3.2鱼的外形观察和体尺测量3.3鳔和鳍对鱼类游泳行为的影响3.4鱼的年龄鉴定4、实验的方法步骤4.1鱼类的实验行为观察★教师指导数名学生操作，其余学生观察记录结果填入下表。
4.1.1正常鱼游泳行为观察取新鲜活鲫鱼置鱼缸中，观察其外形特点，记录其所处水层，胸鳍、尾鳍的摆动频率和幅度、体轴角度等游泳行为。
★鱼靠什么器官游泳并掌握游泳的方向？表观察记录表4.1.2充气或抽气后行为的变化用注射器在第六侧线鳞或第十一侧线鳞处（可去掉该鳞片）垂直扎针约1cm，分别或同时向前鳔或后鳔内注入空气或抽取空气1ml、2ml、4ml、8ml，然后，观察记录鲫鱼所处水层、游泳行为及其变化。
★注入（抽取）空气的鱼，是升至水面（沉入水底）还是处于原水层？休息片刻能否重新游泳下潜（上浮）？为什么？什么决定鱼的沉浮游泳？4.1.3改变气体量配合去鳍后的行为变化取三条鲫鱼，用剪刀分别剪去尾鳍、胸鳍和臀鳍后放入水槽中（可以不同程度、方式剪掉鱼的不同鳍），观察其游泳姿态与正常情况有何变化。
4种常见鲤科鱼类DNA条形码的研究
4种常见鲤科鱼类DNA条形码的研究王茜;金毅成【摘要】测定了天津地区养殖的彭泽鲫、黄金鲫、乌克兰鳞鲤、鲤鱼4种共13尾鱼长度为814 bp的COI部分基因序列,以白鲢、罗非鱼作为外群.利用Mega4.1软件进行序列组成统计分析、种内及种间遗传距离分析,并用邻接法构建系统发育树(NJ树),在NJ树上共发现由不同物种组成的5个分支,这与传统的分类学结果一致.该研究结果显示,COI基因部分序列不但可以作为物种辨识的良好DNA条码,而且在鲤科鱼类的种间系统发生关系分析方面也具有一定的适用性.【期刊名称】《安徽农业科学》【年(卷),期】2014(000)027【总页数】3页(P9281-9282,9316)【关键词】鲤科鱼类;DNA条形码;分子系统学;COI基因【作者】王茜;金毅成【作者单位】天津农学院水产科学系,天津市水产生态及养殖重点实验室,天津300384;天津农学院水产科学系,天津市水产生态及养殖重点实验室,天津300384【正文语种】中文【中图分类】S188利用DNA条形码技术鉴别己知物种和发现新物种构建条形码标准数据库，是目前分子生物学和分类学发展的最新方向［1－3］。
与其他分子标记如RFLP、RAPD、基因芯片技术相比，DNA条形码具有易于构建统一的DNA条形码数据库;重复性高;使用方便等优势。
2003年在美国CSHA(The Cold Spring Harbor Asia Conferences)召开的全球会议制定了国际生命条形码计划(International Barcode of Life projeet)的编定计划，并首次将DNA条形码技术用于海洋生物的普查研究［4］。
很多国际组织也自行建立DNA条形码数据库，有较大影响和较大规模的组织包括FISH－BOL、Canadian Fauna和Birds等。
FISH－BOL组织计划对所有鱼类进行DNA条形码数据库的建立，重点针对1.5万种海洋鱼类的DNA条形码，目前己经获得5 000多种鱼类的DNA条形码数据。
鲤科鱼类结缔组织生长因子基因变异和分子进化
摘 要
结缔 组织 生长 因子（ Ｔ ） 细胞 生长 、分 ＧＦ 在
用． 研 究 Ｃ Ｇ 基 因在不 同 鱼类 中的 变 异及 进 化 ，对 于 理 解 物 种分 化和 基 因差 异具 有 重 要 意义． Ｔ Ｆ
文 中通过 Ｐ Ｒ扩 增 、克 隆和测 序 ，获得 了 １ Ｃ ９种鲤科 鱼类（ ｙ ｒ ｉａ ） Ｔ Ｆ 基 因序 列 ，并 重建 了 Ｃ ｐｉ ｄ ｅ Ｃ Ｇ ｎ
鲤科 鱼 类系统 发育 关 系，用 于估 计 各 分 支 的进 化 速 率． 以锵 科 （ ｙ ｒ ｏ ｏ ｔ ａ ） Ｃ ｐ ｉ ｄ ｎ ｉ ｅ 的青 锵 （ ｙ ｉｓ ｎ ｄ Ｏｒ ｚａ ｌｔｐ ｓ 作 为外 类群 ，系统树 均 以较 高 的 节 点 支持 率 支持 鲤科 鱼 类 中雅 罗 鱼 系（ ｕ ｉ ｉｉ 和 钯 系 ａｉ ｅ ） Ｉ ｅｓ ｎ） ｅ ｅ
外 显 子 串 联 而 成 ， 如 斑 马 鱼 （ ａ ｉ ｔｔＯ Ｃ Ｆ 基 Ｄ ｎｏ ＇＇ ） ｅｉ 因 全 长 １ ８ ｋ ， 由 ５个 外 显 子 和 ４个 内 含 子 组 成 ． ．１ ｂ
结 缔 组 织 生 长 因 子 （ ＴＧＦ Ｃ ）是 多 种 类 型 细 胞 均
可 产生 的 一 种 分 泌 型 蛋 白 质 ，和 Ｃ ６ （ ｙ ｔｉｅ ＹＲ １ Ｃ ｓｅｎ —
ｒ ｈ ）与 Ｎ ｉ ６ ｃ １ ＯＶ （ ｅ ｈ ｏ ｌｓｏ ｎ ｏ ｅｅ ｐ ｅｓｄ ｎ ｐ ｒ ｂａ ｔｒ ａ ｖ ｒｘ ｒｓｅ
Ｃ Ｆ蛋 白是 富 含 半 胱 氨 酸 （ １ ） 保 守 蛋 白 ， ＴＧ ＞ ０ 的 尤 其是 在 ３ ８个 半 胱 氨 酸 所 在 区域 高 度 保 守 ，这 就 意味着 富 含 半 胱 氨 酸 的 区 域 具 有 重 要 的 生 物 学 功 能 ｊ Ｃ Ｇ ． Ｔ Ｆ基 因及 重要 功 能 区序 列 在 不 同 动物 中 的变 异是 否与 不 同 动物 在 生 长 、发 育 和 纤 维 化方 面 所表 现 出来 的差 异有 关 ？这 就 需要 选 择 适 宜 的 近缘 物种 以研 究 Ｃ Ｇ 基 因 在 不 同 物 种 中 的 变 异 和 进 Ｔ Ｆ 化 ，这对 于理 解 Ｃ Ｇ Ｔ Ｆ基 因在 不 同物 种 的个 体 发育
系统发育树构建方法的研究进展
系统发育树构建方法的研究进展科目：生物信息学院：物联网工程学院专业: 计算机科学与技术班级：学号：姓名：2011年12月22日系统发育树构建方法的研究进展摘要:系统发育树的构建与分析是生物信息学中的一个重要分支。
研究系统发育树可以重建祖先序列和估计分歧时间。
对系统发育树及构建系统发育树的方法进行概述 ,并对基于这些方法的软件进行简要介绍 ,最后对系统发育树构建技术中的难点问题进行分析。
1引言:系统发育树也称系统进化树 ( phylogenetictree) ,它是用类似树状分支的图来表示各种(类)生物之间的亲缘关系 ,通过对生物序列的研究来推测物种的进化历史。
主要是通过DNA序列 ,蛋白质序列 ,蛋白质结构等来构建系统发育树 ,或者通过蛋白质结构比较包括刚体结构叠合和多结构特征比较等方法建立结构进化树。
研究系统发育树的目的可以重建祖先序列P 性状;估计来自于同一个祖先的不同生物之间的分歧时间;识别和疾病关联的突变等近些年随着基因数据的爆炸增长 ,系统发育树的构建越来越流行。
基于分子的进化研究已经应用到许多方面 ,如基因进化 ,物群划分 ,交配系统 ,父亲身份测试 ,环境监视以及已经转移物种的疾病源的研究等。
从数学的观点看 ,系统发育树是一颗树叶有标签的有根二叉树 ,根表示祖先序列。
系统发育树主要是它的拓扑结构和分支长度。
分支长度表示突变的时间。
系统发育树的叶子在生物上称作操作分类单元OTU(operational taxonomic units) ,OTU 代表构建的系谱的不同生物。
构建系统发育树所用的数据用矩阵 XN×K 表示 N 表示氨基酸或核苷酸的序列数,即有 N个叶子的树。
K表示序列的字符数(列数) 。
系统发育树具有以下性质：(1)如果是一棵有根树，则树根代表在进化历史上是最早的、并且与其它所有分类单元都有联系的分类单元；(2)如果找不到可以作为树根的单元，则系统发育树是无根树；(3)从根节点出发，到任何一个节点的路径均指明进化时间或者进化距离。
我国鲫鱼研究进展
我国鲫鱼研究进展鲫鱼在分类上属鲤科，鲤亚科，鲫属。
在亚欧大陆上有两个种,分别为黑鲫种和鲫种。
黑鲫主要分布在中欧、东欧，部分分布在亚洲西伯利亚的勒那河，在我国仅分布于新疆额尔齐斯河水系。
鲫种广泛分布在中国各地、日本、朝鲜半岛，后移植引种驯化于印度、北美和世界各地，繁殖能力适应能力极强。
在我国，除西部高原以外，鲫种在全国各地均有分布。
鲫种有两个亚种及多个变种：鲫和银鲫亚种，以及红鲫、白鲫、金鱼等多个变种。
鲫种，也就是人们常说的土鲫鱼，又叫喜头鱼、鲫瓜子、鲋鱼、鲫拐子、朝鱼、刀子鱼、鲫壳子等。
由于鲫鱼食性杂，适应能力、繁殖能力、抗逆性和抗病能力极强等，几乎遍布于全国各地的江河湖泊、池塘水库和沼泽河沟等大小水体中。
鲫鱼肉质细嫩，味鲜美，营养丰富，具有较高的经济价值，自古就是中国传统的淡水经济鱼类,早在两千多年前的《吕氏春秋》上就有记载“鱼之美者,洞庭之鲋”。
在我国，鲫鱼具有悠久的养殖和生长历史以及极为丰富的资源。
近十多年来，我国鲫鱼的养殖规模和养殖潜力越来越大，其年总产量现已超过 200万吨，是产量稳步持续增长的淡水养殖鱼类之一，在淡水养殖中占据十分重要的地位。
鲫鱼不但是我国淡水养殖食用鱼的主要品种之一，而且鲫鱼的几个变种，如红鲫、金鱼也是我国观赏鱼养殖的主要品种，在我国观赏鱼养殖中同样占有十分重要的地位。
其中，金鱼是我国特有的观赏鱼品种，是经过我国人民长期的人工选育，从野生鲫鱼群体中选育出来的观赏品种。
同时，鲫鱼具有分布广泛、适应性强、多样性高、基因组加倍和生殖方式多样（可进行雌核发育生殖和正常的两性生殖）等特点，而逐渐成为研究进化遗传学和发育遗传学的独特研究对象受到研究人员日益重视。
1.我国天然多倍体鲫鱼生物学特征研究进展鲫鱼中存在多倍体的现象比较普遍，特别是主要分布在我国东北和日本的鲫鱼亚种——银鲫，很早就有报道在其群体中存在有染色体为150±和200±的多倍体个体。
但是长期以来，主要分布于我国的野生鲫鱼一直被认为是二倍体群体（2n=100）。
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东亚鲤科鱼类的分子系统发育研究
研究中选择了线粒体基因组中的16S rRNA基因和核基因组中的核糖体蛋白
S7 基因以及重组活化基因2 作为遗传标记。
在线粒体16S rRNA 基因、核基因重组活化基因2 和S7 核糖体蛋白基因序列变异的基础上,对东亚鲤科鱼类的系统发育关系进行了探讨。
分别选择了鳅科、平鳍鳅科和亚口鱼科的代表性种类作为鲤科鱼类系统发育分析中的外类群。
系统发育的重建分别使用了最大简约性分析和最大似然性分析。
主要研究结论表述如下: 1 波鱼类群是鲤科中的最基部类群。
除了基部的波鱼类群外,其余的鲤科鱼类聚为两个系群:雅罗鱼系和鲃系。
2 鲃系中包括了两个分支。
鲤类、裂腹鱼类和鲃类密切相关,共同聚为一个单系类群;野鲮鱼类共同构成一个单系群。
3 雅罗鱼系中,北美分布的鱥类和欧亚分布的雅罗鱼类共同构成一个单系群;东亚地区包括鳅鮀在内的鮈类和欧洲的鮈共同构成一个单系类群;鳑鲏构成一个单系类群。
这三个单系群之间进一步密切相关。
东亚特有的赤眼鳟、鳡、鲢、鲴和鲌的分类单元和附属的小型鲤科鱼类,如马口鱼类和细鲫类共同构成一个单系类群。
丁鱥属于雅罗鱼系,但它的系统位置尚不明确。
4 现代的东亚鲤科鱼类区系可能起源于早中新世时期。
中国东部和日本列岛在中新世和上新世时期很可能都属于同一鲤科鱼类区系。
直到上新世时期现代中国鲤科鱼类区系开始建立。
日本现代鲤科鱼类区系在更新世中期才开始逐渐形成。
5 鲤科鱼类线粒体16S rRNA 基因碱基颠换的进化速率估计为每百万年0.14%
(0.14%/MY)。
据此推算,东亚特有鲤科类群现生物种的分支发生事件最早是在青藏高原隆起过程中伴随着东亚季风气候的出现而开始的,而赤眼鳟、鳡、鲢、鲌和鲴物种分化过程中大量的分支发生事件则发生在东亚季风稳定。