Chimera图像教程：密度显示

图像教程：密度显示

背景

这些图像显示了蛋白数据库

条目2fma 的一部分，

Alzheimer's amyloid

precursor protein (APP)

copper-结合域, 同时它的

电子密度图(2fo-fc) 由电

子密度服务器提供。 图像 How-To

这里的方法仅仅是一个例

子；达到形似的结果通常有很多种路线。也可以参考： presets , tips on preparing images , and Chimera 网站,

中的Image Gallery 和Guide to Volume Display 开启Chimera ，按要求放大窗口。显示命令行（例如，使用Favorites... Command Line ）。

从蛋白数据库 取回 2fma 结构，然后应用预设值 #2 显示所有的原子和杂原子color-coding:

Command : open 2fma

Command : preset apply int 2

从 Electron Density Server 取回此结构的密度图。

Command : open edsID:2fma

Click Volume Viewer 对话框的小眼睛图标，先隐藏电子密度图。随时用鼠标按你的要求进行移动和放大操作。

由于一个目的就是显示可替换的构象的例子，通过标签对可替换的构象的残基和原子进行识别。

Command : rlab @.a

A:

B:

Met-170 和Glu-183有可替换的构象；选择Met-170 附近的一段残基作为图形。只显示残基168-170和其相邻残基的骨架。

Command: ~rlab

Command: show :168-170

Command: focus

Command: disp :167,171@n,ca,c,o

改变到stick表示方法，使棍更细。

Command: rep stick

Command: setattr m stickScale 0.5

只选择侧链Tyr-168 和Met-170; 这次选择将会用于把密度显示限定到一个区域。Command: sel :168,170 & without CA/C1'

without CA/C1'部分是进入菜单Select... Structure... side chain/base... without CA/C1'的简洁方法。所有在Select... Structure下的终端菜单可以用作command-line specifiers。

在Volume Viewer中,

1.点击眼睛图标，使密度显示恢复。

2.从菜单选择Features... Zone，点击出现在对话框中的Zone按钮。然后，可以取消

选择（例如，在空区通过ctrl-点击鼠标左键），但是区域半径仍然可以调整。本图中区域半径设置为1.96 Å。

3.柱状图的垂直栏(threshold)代表了轮廓水平；

o要改变水平，用鼠标或者键盘在柱状图下面的level区输入不同值拖拽threshold到左边或者右边。

o要改变Color, 点击柱状图下面的正方形color well，使用Color Editor

o要添加另一个轮廓水平，Ctrl-点击柱状图; Level 和Color的变化应用最近拖拽或者点击最临界的。

4.从菜单选择Features... Surface and Mesh Options显示额外的显示设置。

Figure A的Volume显示设置(除了默认值)

∙Style mesh

∙two contour levels:

1.Level 0.426, Color (RGBA) 0.36 1.0 1.0 0.636

2.Level 2.06, Color (RGBA) 1.0 0.0 1.0 1.0 (magenta)

∙turned on Smooth mesh lines

∙Mesh line thickness 1.5 pixels

Figure B的Volume显示设置(除了默认值)

∙Style surface

∙two contour levels:

1.Level 0.426, Color (RGBA) 0.36 1.0 1.0 0.4

2.Level 2.06, Color (RGBA) 1.0 0.0 1.0 0.6

∙turned on Surface smoothing iterations 2 factor 0.3

使用2D Labels(Tools... Utilities下面) 添加标签文本。标签对于两个图片想吐。点击图形窗口开启一个标签，输入内容。每一个标签可以通过拖拽改变位置，通过点击color well和使用Color Editor可以调整其颜色。字体可以调到不同的值。字体的近似度依赖于窗口的大小，用你看起来最好的。本例中，标签都是白色的，残基标签比可替代的标签大一点点。后者在两个单词之间输入回车键，以使它们看起来在不同的行。

通过使用File... Save Image，采用默认设置把figures保存为 PNG文件，和Chimera窗口同样的帧数。

如果以后你想需要重新产生相同或者相近的图像或者说明一个不同resolution 值或者改变颜色，保存图片之前或者之后保存(参考File菜单), session在保存时间内会包括position名为session-start. 当你恢复一个session或者移动一些事情时候很有用，但是又想恢复它的最初位置。

Command: reset session-start