实验二 常用分子生物学数据库检索方法及数据格式 PPT课件
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生物信息数据库ppt课件
UniRef100、UniRef90和UniRef50三个子库，加速同源搜索。 记录以UniRefXX开头加UniProtKB的Accession表示，例：
UniRef90_O70405
36
UniParc UniProt Archive (UniParc) 存储所有公共数据库中有效的蛋白质序列数据，包括序列的来源及来源数据
44
显示分子结构（RasMol ， ChemView ）
45
四. 基因组数据库
46
基因组数据库 收集某些生物整个基因组序列的数据库 基因组计划
➢ Human Genome Project ➢ C. elegans Project 从GenBank中选择同一物种的核酸信息组成的二级库
47
16
17
INSDC 1998年，GenBank、EMBL和DDBJ共同成立了国际核酸序列数据库协会
（International Nucleotide Sequence Database Collaboration,INSDC） 三大核酸数据库之间每天将新测定或更新的数据进行交换共享，保证数据信
64
氨基酸代码
65
GenBank数据格式 (1)
GenInfo Identifier
子库类型
66
GenBank数据格式 (2)
67
GenBank数据格式 (3)
68
GenBank子库类型
69
EMBL标识字 ID DE AC SV KW OS OC DT RN RA RT RL RX RC RP CC DR FH FT SQ 空格 //
2
生物分子数据库几个明显的特征： （1）数据库的更新速度不断加快
数据量呈指数增长趋势 （2）数据库使用频率增长更快 （3）数据库的复杂程度不断增加 （4）数据库网络化 （5）面向应用 （6）先进的软硬件配置
UniRef90_O70405
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UniParc UniProt Archive (UniParc) 存储所有公共数据库中有效的蛋白质序列数据，包括序列的来源及来源数据
44
显示分子结构（RasMol ， ChemView ）
45
四. 基因组数据库
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基因组数据库 收集某些生物整个基因组序列的数据库 基因组计划
➢ Human Genome Project ➢ C. elegans Project 从GenBank中选择同一物种的核酸信息组成的二级库
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INSDC 1998年，GenBank、EMBL和DDBJ共同成立了国际核酸序列数据库协会
（International Nucleotide Sequence Database Collaboration,INSDC） 三大核酸数据库之间每天将新测定或更新的数据进行交换共享，保证数据信
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氨基酸代码
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GenBank数据格式 (1)
GenInfo Identifier
子库类型
66
GenBank数据格式 (2)
67
GenBank数据格式 (3)
68
GenBank子库类型
69
EMBL标识字 ID DE AC SV KW OS OC DT RN RA RT RL RX RC RP CC DR FH FT SQ 空格 //
2
生物分子数据库几个明显的特征： （1）数据库的更新速度不断加快
数据量呈指数增长趋势 （2）数据库使用频率增长更快 （3）数据库的复杂程度不断增加 （4）数据库网络化 （5）面向应用 （6）先进的软硬件配置
分子生物学数据库
• 三个数据库中的数据基本一致，仅在数据格 式上有所差别，对于特定的查询，三个数据库 的响应结果一样。 • 这三个数据库是综合性的DNA和RNA序列数据 库，每条记录代表一个单独、连续、附有注释 的DNA或RNA片段。
以下着重介绍EBML
EMBL的数据来源
用户提交 从生物医学杂志收录已发表的序列资 料
三是结合序列相似性、注释信息 和蛋白质家族信息的高级搜索， 包括按注释分类的相似性搜索、 结构域搜索等。
三个子数据库
2、SWISS-PROT
SWISS-PROT (http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html） 是目前国际上比较权威的蛋白质序列数据库,其中的蛋白 质序列是经过注释的
（2）最小冗余
• 尽量将相关的数据归并，降低数据库的冗余程度。 • 如果不同来源的原始数据有矛盾，则在相应序列特征表 中加以注释。
（3）与其它数据库的连接
对于每一个登录项，有许多指向其它数据库相关数据的 指针，这便于用户迅速得到相关的信息。 现有的交叉索引有： 到EMBL核酸序列数据库的索引， 到PROSITE模式数据库的索引， 到生物大分子结构数据库PDB的索引等 。
（4）WWW服务器
这是目前最常用的一种形式
EMBL提供一些与序列相关的检索操作（基于3W服务器）
（1）序列查询 最简单的查询就是通过序列的登录号（如X58929） 或序列名称（如SCARGC）直接查询。
如果找到所查询的序列，则服务器将查询结果以HTML文件返回给用户 如果数据库中该序列有到MEDLINE的交叉索引，则系统同时返回与包 含参考文献摘要等信息的MEDLINE链接 如果该序列有到其它数据库的交叉索引，也返回相应的链接
分子生物学实验基本技术ppt课件
Recombinant DNA made in vitro; P. Berg DNA cloned on a plasmid; H. Boyer & S. Cohen Discovery of reverse transcriptase; H. Temin Rapid DNA sequencing; F. Sanger & W. Gilbert Discovery of split genes; Sharp, Roberts et al.
浮力质：密K度=m）-mρ0/ ρ(M:物质质量，ρ：物体密度，ρ0：介
沉降阻力：f·(dx/dt) （f:摩擦系数， x：沉降速度，t： 沉降时间）
RCF=k+ f·(dx/dt)
差速离心—密度梯度离心
可编辑ppt
22
可编辑ppt
23
操作
离心机分类： 普通 6000rpm 高速 10000-25000rpm 超速 30000-80000rpm
实验七 Western印迹（下）
实验八 外源基因在大肠杆菌中的诱导表达和检测
实验九 多聚酶链式反应（PCR）反应
实验十 Northern印迹
实验十一 Southern印迹 可编辑ppt
7
考试
生物技术（biotechnology): 基因工程、细胞工程、发
酵工程、蛋白质工程和酶工程，新生物技术的核心是基 因工程技术。
可编辑ppt
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二、 离心技术
可编辑ppt
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原理
离心力： F= ω 2r RCF=F/g =ω 2r/g =（2π × N）2r/g =1.119×10-5(N)2r g: 重力常数（980cm/s2 ） N: 转速（rpm，revolation per minute)
第二章生物分子数据库PPT课件
蛋白质序列数据库
1、PIR（Protein Information Resource）
2020/12/12
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二、各大类主要数据库介绍 蛋白质序列数据库
2、SWISS-PROT (/swissprot/ 曾经的网址）
/
3、 TrEMBL (/trembl/index.html 曾经的网 址) /
TrEMBL是一个计算机注释的蛋白质数据库，作为SWISS-PROT
数据库的补充。该数据库主要包含从EMBL/ Genbank/DDBJ 核酸数 据库中根据编码序列(CDS)翻译而得到的蛋白质序列，并且这些序列 尚未集成到SWISS-PROT 数据库中。
人类基因组图谱(包括细胞遗传图谱、连接图谱、
放射性杂交图谱、content contig图谱和综合图谱
等)；人类基因组内的变异(包括突变和多态性，加上
等位基因频率数据)。
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二、各大类主要数据库介绍 基因组数据库
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二、各大类主要数据库介绍 基因组数据库
2020/12/12
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（一）Genbank
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（一）Genbank
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（二）EMBL
EMBL核酸序列数据库由欧洲生物信息 学研究所(EBI)维护的核酸序列数据构成，由 于与Genbank和DDBJ的数据合作交换，它也 是一个全面的核酸序列数据库。该数据库由 Oracal数据库系统管理维护，查询检索可以通 过因特网上的序列提取系统(SRS)服务完成。
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二、各大类主要数据库介绍 基因组数据库
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1、PIR（Protein Information Resource）
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二、各大类主要数据库介绍 蛋白质序列数据库
2、SWISS-PROT (/swissprot/ 曾经的网址）
/
3、 TrEMBL (/trembl/index.html 曾经的网 址) /
TrEMBL是一个计算机注释的蛋白质数据库，作为SWISS-PROT
数据库的补充。该数据库主要包含从EMBL/ Genbank/DDBJ 核酸数 据库中根据编码序列(CDS)翻译而得到的蛋白质序列，并且这些序列 尚未集成到SWISS-PROT 数据库中。
人类基因组图谱(包括细胞遗传图谱、连接图谱、
放射性杂交图谱、content contig图谱和综合图谱
等)；人类基因组内的变异(包括突变和多态性，加上
等位基因频率数据)。
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二、各大类主要数据库介绍 基因组数据库
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二、各大类主要数据库介绍 基因组数据库
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（一）Genbank
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（一）Genbank
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（二）EMBL
EMBL核酸序列数据库由欧洲生物信息 学研究所(EBI)维护的核酸序列数据构成，由 于与Genbank和DDBJ的数据合作交换，它也 是一个全面的核酸序列数据库。该数据库由 Oracal数据库系统管理维护，查询检索可以通 过因特网上的序列提取系统(SRS)服务完成。
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二、各大类主要数据库介绍 基因组数据库
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生物学数据库及其检索精选ppt
二级数据库（ Secondary database ）：在 一级数据库的信息基础上进行计算机加工 处理并增加了许多的人为注释而构成的 （例如：NCBI的RefSeq数据库等）。
Primary vs. Secondary Databases
Curators
Sequencing Centers
Labs
2. PIR
美国国家生物医学研究基金会与国际蛋白质信息中心 （PIR-International）共同维护。 PIR是第一个蛋白质分类和功能注释数据库
➢ PIR的子数据库： 蛋白质序列数据库（PIR-PSD） 蛋白质分类数据库（iProClass） 非冗余的蛋白质参考资料数据库（PIR-NREF）
酵母蛋白质定位 YPL.db
一、核酸数据库
• （一）核酸序列数据库
目 前 ， 国 际 上 主 要 有 Genbank 、 EMBL 、 DDBJ三大核酸序列数据库，三大核酸数据库之 间每天相互交换数据，保持数据同步更新。
三大基因数据库之间的关系
GenBank
EMBL Data Library
DDBJ (DNA Data Bank of Japan)
• PIR网址：
3.TrEMBL
➢是一个经计算机注释的蛋白质数据库，采用 SWISS-PROT数据库格式。 ➢主要包含从EMBL/ Genbank/DDBJ三大核 酸数据库中根据编码序列翻译的、尚未集成到 SWISS-PROT数据库中的蛋白质序列。 ➢TrEMBL为SWISS-PROT数据库及时提供补 充。 ➢ TrEMBL网址：
Genbank 由 美国国立生物 技术信息中心 (NCBI)建立维 护，其主页如 图所示。
NCBI 简介
• NCBI全称National Center of Biotechnology Information（美国国家生物技术信息中心）
中国生物医学文献数据库检索方法(CBM)PPT课件
.-培训课件
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数据库简介
数据库主界面。
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5
访问方式
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检出结果。
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检索方法
逻辑运算符的使用
在检索历史状态可进行AND、OR、NOT运算。
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在检索历史状态，勾选所需检索历 史，点击所需逻辑关系，最后点击 “检索”即可。
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也可通过“期刊分类导航”或“首字母导航”逐级查找浏 览期刊。
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检索方法
期刊检索
可在“基本检索”入 口处直接输入刊名进 行检索。
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检索方法
逻辑运算符的使用
在基本检索状态可利用“二次检索”进行AND运算。 在检索历史状态可进行AND、OR、NOT运算。
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检索方法
逻辑运算符的使用
在基本检索状态可利用“二次检索”进行AND运算。
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数据库检索方式 ppt课件
第四章
计算机信息检索的 基本技术与方法
1
一、计算机信息检索的基本技术： 布尔逻辑、截词检索、加权检索，位置算符等。 在进行计算机检索时，有时有一些比较复杂的课题，
如：“GPS在建筑中的应用”，既涉及GPS，又涉及 建筑，还有“应用”，这时候就要编制出满足要求的计 算机检索式，它是机检的基础。 1布尔逻辑检索（Boolean Logic Retrieval）
（1） (W)算符与(nW)算符 W 是word与 with的缩写。 特点：W词序不变，中间不可插词，但两词间可有
一个标点，连字符或空格。 nW词序不变，中间可插入N 个词。
如：potential (w) energy可能检出potential energy
and function 又如：gone (2w)wind 可能检出gone with the wind （2） (N)与(nN)算符 N是near的缩写
18
注意事项：作者检索的缩写形式:
在SCI中, 姓 （全称）空格 名（首字母 并且连写）如：LI DR；GONG JY 在EI中, 姓 名，全称(中文); 姓（全称） 名（缩写） 机构检索中 SCI中有多个作者单位, 在同一字段中 EI 只收入第一作者的单位 多字段检索时要选所有字段(all field)
24
注意：自然语言检索、模糊检索、多种语言检索 和区分大小写的检索是网络检索所特有的。 在实际检索中，往往将多种检索技术混合使用。 如：查找标题中含有“网络营销”的资料，它的 计算机检索提问式（表达式）可以是：
TI（Web OR WWW) AND market*
意的词如
$manage 将检出managers, managerial
和management 等词
计算机信息检索的 基本技术与方法
1
一、计算机信息检索的基本技术： 布尔逻辑、截词检索、加权检索，位置算符等。 在进行计算机检索时，有时有一些比较复杂的课题，
如：“GPS在建筑中的应用”，既涉及GPS，又涉及 建筑，还有“应用”，这时候就要编制出满足要求的计 算机检索式，它是机检的基础。 1布尔逻辑检索（Boolean Logic Retrieval）
（1） (W)算符与(nW)算符 W 是word与 with的缩写。 特点：W词序不变，中间不可插词，但两词间可有
一个标点，连字符或空格。 nW词序不变，中间可插入N 个词。
如：potential (w) energy可能检出potential energy
and function 又如：gone (2w)wind 可能检出gone with the wind （2） (N)与(nN)算符 N是near的缩写
18
注意事项：作者检索的缩写形式:
在SCI中, 姓 （全称）空格 名（首字母 并且连写）如：LI DR；GONG JY 在EI中, 姓 名，全称(中文); 姓（全称） 名（缩写） 机构检索中 SCI中有多个作者单位, 在同一字段中 EI 只收入第一作者的单位 多字段检索时要选所有字段(all field)
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注意：自然语言检索、模糊检索、多种语言检索 和区分大小写的检索是网络检索所特有的。 在实际检索中，往往将多种检索技术混合使用。 如：查找标题中含有“网络营销”的资料，它的 计算机检索提问式（表达式）可以是：
TI（Web OR WWW) AND market*
意的词如
$manage 将检出managers, managerial
和management 等词
分子生物学数据库
（2）最小冗余
• 尽量将相关的数据归并，降低数据库的冗余程度。 • 如果不同来源的原始数据有矛盾，则在相应序列特征表 中加以注释。
（3）与其它数据库的连接
对于每一个登录项，有许多指向其它数据库相关数据的 指针，这便于用户迅速得到相关的信息。 现有的交叉索引有： 到EMBL核酸序列数据库的索引， 到PROSITE模式数据库的索引， 到生物大分子结构数据库PDB的索引等 。
4、蛋白质数据仓库UniProt
包括：
Swiss-Prot TrEMBL PIR
用户可以通过文本查询数据库，可以利用BLAST程序搜 索数据库，也可以直接通过FTP 下载数据。
UniProt包含3个部分：
UniProt Knowledgebase（UniProt）蛋白质序列、 功能、分类、交叉引用等信息存取中心 UniProt Non-redundant Reference（UniRef）数据 库将密切相关的蛋白质序列组合到一条记录中以便 提高搜索速度； UniProt Archive（UniParc）资源库，记录所有蛋白 质序列的历史。
第三章
分子生物学数据库
第一节 引言
生物分子数据 高速增长
分子生物学 及相关领域研究人员 迅速获得最新实验数据
建立生物分子数据库
生物分子数据库应满足5个方面的主要需求
时间性 注释 支撑数据 数据质量 集成性
生物分子数据库几个明显的特征：
（1）数据库的更新速度不断加快，数据量呈指数增长趋势
WEB页面或email FTP
有关EST的数据 dbEST数据库
5、序列标记位点数据库dbSTS
STS（Sequence Tagged Sites）是序列标记位 点 dbSTS （/dbSTS/） 是NCBI的一个数据源，包含基因组短标记序列 （STS） 的组成和定位信息。 可以通过BLAST搜索STS序列。