小木虫-Diamond-软件问题集锦教学内容
Diamond专题培训课件
达，三个基本向量的长度及彼此之间的夹角α、β、γ称为 晶胞参数。
晶胞结构图
7个晶系的晶胞参数
c
b
αβ γ
a
立方晶系(Cubic)
a=b=c, ===90°
c
ba
四方(Tetragonal)
a=bc, ===90°
abc
abc
==90°, 90°
===90°
(2)晶胞的内容 包括晶胞中原子的种类、数目和在晶胞中的相对
位置。原子在晶胞中的坐标参数（x,y,z）的意义是 指由晶胞原点指向原子的矢量r可以用单位矢量和坐 标参数表示为r=xa+yb+zc。 由于在晶胞内， x,y,z≤1，故也称其为分数坐标。
无机晶体结构数据库（The Inorganic Crystal Structure Database，简称ICSD）。由德国的FIZ （Fachinformationszentrum Karlsruhe）和The Gmelin Institute (Frankfurt) 联合编辑。它收集并提供到目前为止 所有试验测定的、除了金属和合金以外、不含C–H键的无 机物晶体结构的信息，包括化学名和化学式、矿物名和 相名称、晶胞参数、空间群、原子坐标、热参数、位置 占位度、R因子及有关文献等各种信息。该数据库从1913 年开始出版，至今已包含近10万条化合物目录。每年更 新两次，每次更新会增加2000种新化合物，所有的数据 都是由专家记录并且经过几次的修正，是国际最权威的 无机晶体结构数据库。
•研究晶体结构的周期性规律有两种方式:
晶胞(Cell)：按实际重复周期将晶体划分为一个个 完全相同且可并置的平行六面体作为晶体的基本单位。 实际上,晶体即是晶胞在三维空间无限地重复构成的.
Diamond基础操作指南(大全)
Diamond基础操作手册Crystal Impact Diamond是一款分子和晶体结构可视化软件。
Diamond整合了丰硕的功能，能够简化处置晶体结构数据冗长的工作，不仅适用于研究和教学，同时也能够应用与出版和作报告。
(1) 双击diamond快捷方式，进入主程序。
打开数据.cif文件，程序将显现一系列对话框，可一直点击“下一步”，明白有“完成”显现，点击“完成”，如再有对话框显现仍点击“完成”，程序进入结构图编辑页面。
(2) 在做图之前，第一点击修改键长按钮，显现键长对话框，将不可能成键的原子组去掉（如Cd-C Cd-H），并依照已知键长范围设定原子组，如以下图Cd-O 键最大值约在，因此将运算机默许值由改成。
(3) 选择添加不对称单元原子按钮，将在屏幕上显现该配合物一个不对称单元中的原子（未键连）。
(4) 在Build菜单中找到Filter，单击显现对话框，在该对话框中，原子前假设挑钩那么表示其在屏幕中会正常显示出来。
若是不挑钩那么表示该原子被过滤掉，将不显示出来。
在配合物的结构图中一样H原子不需要显示出来，因此咱们将H 原子的钩去掉。
(5)配位环境图的绘制。
选择屏幕左下方的连接原子按钮，将(3)中孤立的原子连接起来。
由于配位环境图的绘制需要补全与金属离子键合的所有分子，因此利用补全配位模式按钮，将另外两个三唑长出来。
关于配位环境图中的非碳原子需标出原子序号，方式为鼠标左键单击要编号原子，然后选择屏幕下方的原子标号按钮。
若是关于程序直接给出的原子标号字体大小不中意，能够鼠标左键双击原子标号进入原子标号设定对话框进行设定。
注意对后长出来的与金属离子直接相连的原子需要依照该原子的对称操作符号（与.txt文件中的对称操作对应）给出相应的对称操作记号。
如N2的对称操作为x,-y+1/2,z+1/2 在.txt文件中对应的操作码符号为#1，那么该原子在标注时为N2A。
(6) 原子颜色与键长的修改，在picture菜单下的Atom Design 和Bond Design选项。
第五章 晶体结构立体模型建构软件Diamond讲义标准版文档
二、c60晶体结构模型和分子模型的 构造
• 1、从“.CIF”格式文件（晶体信息文件）中 获得晶体结构数据；
• 2、利用c60晶体结构数据构造一个c60分子 模型；
• 3、“Add atoms”工具的应用； • 4、通过插入“dummy”原子辅助构造多面
体；
• 5、原子间距离的测定； • 6、学会设置键的线型、颜色和粗细。
1、学会手动输入晶体结构数据； 1、学会手动输入晶体结构数据； 1、学会手动输入晶体结构数据； 一、NaCl晶体结构模型的构造 1、学会手动输入晶体结构数据； 4、通过插入“dummy”原子辅助构造多面体； 4、通过插入“dummy”原子辅助构造多面体； 2、利用c60晶体结构数据构造一个c60分子模型； 1、学会手动输入晶体结构数据； 4、学会改变背景和原子及晶胞的颜色等参数； 2、学会晶体模型的构造； 3、学会旋转晶体模型，从不同的角度观察； NaCl晶体的结构数据为：空间群Fm-3m(225)； 一、NaCl晶体结构模型的构造 原子坐标Na:4a, Cl:4b 5、学会以一种原子为中心，另一种原子为配位原子构造配位多面体；
小木虫XPS经典问题集锦(第一期)-06,10,5
小木虫XPS问题集锦（第一期）2006 年 10 月 5 日小木虫荣誉出品目录前言 ……………………………………………………………………………………… 问题－：xps 实战 ……………………………………………………………………… 问题二：哪里能进行XPS测试 ………………………………………………………… 问题三：XPS结合能 …………………………………………………………………… 问题四：XPS实验结果如何分析 ……………………………………………………… 问题五：如何将仅含两列数据的txt文件转化为XpsPeak4.1 可载入的des文件 … 8 问题六：XPS怎么算表面元素含量 …………………………………………………… 问题七：元素相对含量的计算 ………………………………………………………… 问题八：如何设置扫描参数和如何进行XPS分析 …………………………………… 9 9 9 5 5 7 1 2问题九： XPS表征什么 ………………………………………………………………… 10 问题十：XPS与EDX在分析表面元素方面有什么区别 …………………………………11 问题十一：XPS研究中各种N的结合能 …………………………………………………121小木虫荣誉出品前言通过在小木虫中检索关键词XPS，发现大多数提问及回答都很经典，而 且大多数问题都是我们常见的，为了对小木虫这些珍贵的资源做一保护， 也为了大家查询的方便，特此把大家的提问和回答进行了整理，做此电子 书发表，以后会继续整理此类资源，希望大家满意，多多支持！ 由于本人水平有限，如有不足之处敬请各位虫友多多批评指正！ 谢谢！特此感谢所有在小木虫中发表XPS贴子及回贴的虫友！ 大家辛苦了！小木虫专用章2006.10.01编者：rabbit7708 2006 年 10 月 5 日2小木虫荣誉出品问题－：xps 实战 runqi： 成为虫友几个月，斩获颇丰，找到了很多珍贵的资料。
小木虫TP技术问题集锦(TPR篇)
小木虫TP技术问题集锦（TPR篇）2007年8月27日前言 (3)问题一：大家看看，自己搭建的TPR参数的优化 (4)问题二：TPR峰总是向下。
(6)问题三：TPD、TPR-MS 实验过程中的问题 (7)问题四：我的TPR数据又有问题了。
来帮我看看。
(7)问题五：纯Cr2O3 H2-TPR还原温度 (8)问题六：哪里可以做H2-TPR表征，催化剂还原过程中有H2S生成 (9)问题七：求助：关于 TPR (9)问题八：Ni/ZnO和Ni/Al2O3的H2-TPR上在590度左右一个小的倒峰 (10)问题九：求助：TPR能否直接在常压热重上来做？ (10)问题十：请教：H2-TPR (11)问题十一：TPR中Cu的峰问题 (12)问题十二：【交流】请教，自建TPR的基线问题。
(14)问题十三：关于TPR还原气流选择的讨论 (15)问题十四：TPR中还原温度低是否代表其过程活化能低？ (16)问题十五：关于TPR的求助 (18)问题十六：请教：TPR的问题 (19)问题十七：求助:TPR中出现负峰怎么解释??? (20)问题十八：求助：在TPR中一价铜和二价铜的还原峰是不是不一样？ (21)问题十九：做TPR时基线总是调不准，怎么办 (22)问题二十：关于TPR实验中空速的选择 (23)问题二十一：如何翻转TPR图 (25)问题二十二：关于TPR-H2的一个问题，请教各位大虾！ (25)前言对于从事催化行业的科研工作者来说，程序升温技术的重要性不言而喻，而小木虫催化版更是活动着一批这方面的高手，小木虫上的一些问题和回答对于我们有着重要启示，特此将这些资源进行了整理，以方便大家的查询和更进一步的交流，希望大家多多支持！另外欢迎大家批评指正！谢谢！编者：xiaocong2007年8月27日问题一：大家看看，自己搭建的TPR参数的优化Keaphon：附件中上面是用麦克公司的化学吸附仪做的，下面是小弟自己的仪器做的。
diamond-3-教程系列1.01
GB50057—1994 建筑物防雷设计规范（2000年版）
GB50343—2004 建筑物电子信息系统防雷设计规范
GB 50303—2002 建筑电气工程施工质量验收规范
GB 50074—2002 石油库设计规范
GB 50156—2002(2006 年版)汽车加油加气站设计与施工规范
GB50169-2006电气装置安装工程接地装置安装及验收规范
13.8
将不同的电气装置、导电物体等，用接地导体或浪涌保护器以某种方式连接起来，以减小雷电流在它们之间产生的电位差。
13.9
建筑物需要规定和控制雷击电磁脉冲环境的区域，可划分为LPZ0A、LPZ0B、LPZ1……LPZn+1区。
13.10
也称电涌保护器，用于限制暂态过电压和分流浪涌电流的装置，它至少应包含一个非线性电压限制元件。
一、检查并记录电涌保护器数量、型号、安装位置及工艺，各级电涌保护器的主要技术参数应符合设计规范要求，电涌保护器装置应有具备检测资格的部门出具的检测报告或主管机构颁发的《防雷产品使用许可证》。
二、电涌保护器的标志应完整和清晰，表面应平整、光洁、无划伤、无裂痕和烧灼痕或变形。有劣化显示及工作状态指示的电涌保护器其状态指示应与生产厂家产品说明相一致。没有劣化显示及工作状态指示的电涌保护器，应检查电涌保护器表面手感温度，当接近或大于人体温度时，应更换电涌保护器。
晶体结构模型软件Diamond的使用技巧
晶体结构模型软件Ｄｉａｍｏｎｄ的使用技巧摘要通过用Diamond软件构造C60笼型分子结构模型以及对笼型分子各个面的分别封闭，介绍了从“.CIF”格式文件中获得晶体结构数据；原子间距的测量；插入“dummy”原子辅助构造多面体及利用插入“dummy”原子对五边形、六边形分别进行封闭等Diamond软件的使用方法和技巧。
关键词Diamond软件C60 晶体结构模型Diamond软件是由德国波恩大学Crystal Impact GbR公司开发研制的一个晶体结构模型专业软件，可免费从网上下载，网址为/。
由于其功能强大、界面友好、使用方便，越来越多的教师开始使用该软件进行晶体结构的教学，并介绍该软件的应用［1~3］。
然而，这些介绍过于简单，不能满足构造复杂结构模型的要求。
本文将以C60晶体结构模型和分子模型的构造为例，介绍该软件的操作。
1 从“.CIF”格式文件（晶体信息文件）中获得晶体结构数据打开软件，点“File | Open”，找到安装软件的目录，比如“C:＼Program Files ＼Diamond”，打开“Tutorial”文件夹，保证文件类型为“All Files(*.*)”或“CIF(*.CIF)”，双击名为“C60”的文件。
弹出名为“File Import Assistant”的窗口，点击“下一步”，在弹出的“File Format”窗口中确保File后面为“Crystallographic Information File(CIF)”，点击“下一步”，在弹出的“Picture Creation”窗口中“If the dataset is a crystal”后面下拉选项中选中“Create a blank picture”，点击“下一步”，在弹出的窗口中点“完成”。
出现一个“C60＞ S1252286＞picture1”空白窗口，此时观察右边的“Data brief”窗口，C60的晶体结构数据已经存在了。
Diamond装机小技巧：Diamond与POV-RAY关联的问题
Diamond 装机小技巧：Diamond 与POV-RAY 关联的问题作者：Monster编辑：CCL 适读人群：正在学习晶体可视化软件的小菜鸟，被Diamond 装机以及与POV-RAY 关联问题困扰的朋友。
最近小编在学习晶体可视化相关知识。
工欲善其事必先利其器，小编选择了较为流行的Diamond 软件。
但在装软件的过程中却遇到了一些问题，最棘手的是如何实现Diamond 与POV-RAY 的关联。
现将这些经验分享出来，希望能够帮到遇到同样问题的朋友们。
1. Diamond 软件安装：本文所用的是Diamond 3 版本，电脑系统为win 10，32 位。
目前，Diamond 已经更新到4.41，官方正式版软件是收费的（可以去度娘找找破J版）。
对于Diamond 3，无需安装得到系统C 盘，直接安装在非系统盘，比如D 盘；新建文件夹，然后按照引导按照即可。
安装完成后在Diamond3/Tutorial 文件夹下打开任意一个实例文件（本教程打开的是C60.cif ，如下图所示）。
届时，Diamond 3 安装完成。
2. 安装POV-RAY:Diamond 安装完成后，软件中已经嵌入好POV-RAY 选项。
依次点击：'Tools' - 'POV-RAY' - 'Render into Bitmap...' ，会弹出如下图所示对话框。
因为你还没有装POV-RAY, 所以Diamond 无法调用POV-RAY 。
POV-RAY 是免费的，直接前往POV-RAY 官网下载即可。
POV-RAY 最新版式POV-RAY 3.7 。
但是POV-RAY3.7之后，Diamond 无法直接调用。
小编我尝试了多种方法都无法实现连用（如果你知道如何解决，或者知道什么原因，欢迎在评论区留言，以方便大家。
）。
无论是安装在Diamond 同一个文件夹下，还是按照在系统C 盘，都无法解决这个问题。
小木虫-Diamond-软件问题集锦教学内容
小木虫-D i a m o n d-软件问题集锦小木虫Diamond软件问题集锦1. Diamond出图时怎么设置dpi数目我在使用Diamond出图时分辨率并不算小,可是编辑说我的图只有 96dpi,但杂志要求至少 600dpi,请问我该怎么设置? 答: 在picture/layout.../对话框的Targets中选择Bitmap,然后就可以自己输入需要的分辨率了.要保存为位图格式才可以.如果是JPG格式,还是 96dpi. 答: 呵呵,发现在 tools 下拉菜单的option 里.2. Diamond椭球图阴影画图如图中所示,怎么画出每个椭球中的阴影部分?我用的是3.1d版本.答 : 这个是在diamond中的 ' 原子设置中 ' 中选的 , 具体如下 : picture-------atoms design-------style and colors-------style 中选择 octant 即可.3.怎样建立氢键我这儿有一个 cif 文件,一个 tab 文件和两个已经用diamond作好的图,但不知道这两个图是怎么画出来的,想知道作图过程,请diamond高手用 word 或 pdf 写出作图过程.答:没什么技术含量的吧,堆积一下,删掉多余的原子,创建氢键就好.4.怎样建立单个分子diamond一打开 cif,就是堆积图,怎么才能显示一个分子.答:好像最新的更新包已经改过这个 bug 了.但是因为没有对应的破解程序,所以俺还是用以前的 3.0,经常遇到这个问题.如果你的分子间没有作用,即:没有乱七八糟的键连在一起,选中一个原子,然后,ctrol+M, 选中一个分子,然后,反选,即选中除该分子之外的所有分子,然后一键 delete, 就 ok 了.如果分子连成片,就删吧. 对于非中心分子,即含反离子的分子结构要小心,不要把反离子漏掉了.当然,如果不用画就没问题了.以上拙见,仅供参考. 答:diamond打开 cif 时选"建立单个分子",然后点完成,不要点下一步. 请教diamond画C60 遇到的问题 (1)我这个C60 在画多面体的时候,中间 inset 的 atom 的半径在每个面上都要自己一个一个去设定 radium,有没有同类原子半径一起设置的?里面没有找到. (2)当我把中间的 dummy 原子(就是为了画多面体的时候新加入的)的半径设为 0 后,如果想改 C60 的每个面的颜色的画,这个怎么改的? (3)最后问一下,我保存的图片中背景的diamond demonstrator 如何去掉. 另献上我第一幅diamond图,如下. 6.7. 答:1. 可以在 atom 设置里找到假原子直接设置 2. 以假原子为中心画多面体 3. 你用的应该是未破解版本. diamond中如何在螺旋链中插入一根棒diamond中如何在螺旋链中插入一根棒,以及如何看结构是单螺旋还是双螺旋结构,如何画出单,双螺旋结构? 答:插入几个哑原子,然后连键,进行一些设置就可以了.前段时间有人传了一些Diamond的说明,其中有一个文件就是详细说明这个棒怎么画的. 找到了这个文件,感谢原作者 Crystalsnet,我把它上传到纳米盘,你自己下载下来看看就知道怎么做了. 答:在孔道两侧虚拟两个原子,然后在这两个原子间成建,设置一下键参数就可以了! 答:具体说,选择两端的几个院子,再找这几个的中心位置,分别 insert atoms , 再连接心连接, insert bond, 在按你的意思 edit the bond. 如何去掉 M-C,M-H 连接打开一个晶体数据后,在 connectivity 中把 M-C,M-H 去掉后.再点 complete fragments 第 3 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 8. 9. 10. 11. 12. 13. 后,这些 M-C,M-H 又连上了,求助高手. 答:点下 connect now 再确定试试. diamond里面如何定义元素化合价怎么样定义元素的化合价,然后使半径比例随之改变??默认设置好像都是原子半径. 答:问题解决了,在 atomic parameter 里面. diamond画配位环境时到一定程度原子就长不出来了,是怎么回事今天用diamond画配位环境时画到一定程度(配位环境没画完)原子就长不出来了,不知是怎么回事?请高手指点,谢谢! 答:试试在"Type of sphere"中把 Rmax 值设大一些. 答:或者试试用小太阳符号"Fill coordination directly". 修改Diamond的默认单胞数我不知道动了什么参数让Diamond的默认单胞数为 2 了,也就是说每次一打开就是两个单胞里的不对称结构单元,在哪改回去吖? 答:菜单栏的 picture-->guidance-->picture creation assistant-->destroy all atoms, bonds 项选勾,下一步-->在 fill cell range with 项里选择需要的单胞数,按完成.OK!每次用diamond打开 cif 文件时,在引导项中注意选择单胞数,就可以控制显示的单胞数了. 在diamond里怎么让所有一定键长的原子连起来呢如题.我怎么选 connectivity,设上 DMAX,按 OK,不管用呢? 答:我这么做也不管用,后来就在读入 cif 之后先不生成图,先在connectivity 里设定要的健长范围就可以了. 答:那是没有设上,该了之后要再点一下需设原子才行. 答:管用的,应该是你操作有问题. 怎么取消透视图我用的是3.0 读完 cif 之后出现的直接是透视图,怎么取消啊? 答:应该是用Representation Settings. 答:用 central projection 命令! 绘制黄色和蓝色矩形请高手帮忙看一下图中的黄色和蓝色矩形区域如何画?通过原子建立平面时, 所得的矩形太大,不知道如何调整到所要的大小. 答: 好像Diamond里没法加这样的矩形框, 这个图好像中的矩形框应该是在其它软件中加的,或者不是用Diamond绘制的,比如,可以在 Word 里加矩形框,然后设置透明度或许可以. 答:在Diamond里加平面是很大,因为平面是无限延伸的,像这种有限的平面实际是些多面体,通过共面的点建立的,像拓扑图里经常出现一些表示两个面夹角的情况,就是这么做出来的,你可以尝试一下. 答:不错,用加多面体的方法,借助哑原子可以做的. 第 4 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 14. Diamond结构图寻求完美的颜色对比见识一下各位高手所作的 MS 或Diamond做晶体的结构图,主要想参照一下颜色搭配! 答:在 polyhedra designs 和 atom designs 里面改成你想要的颜色就行了呀. 第 5 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 15. 如何去掉Diamond中画的图Diamond背景字样求助Diamond中画的图copy到word中总有Diamond背景字样,如何去掉呀? 答:你用的那个版本没有破解. 16. 溶剂水没加氢如何画氢键我最近想画个氢键堆积图, 可是溶剂水没加氢, diamond画时溶剂水和羧酸氧上的氢用键显示不出来,求助高手我应该怎么办啊? 答:先加上氢了,或者你把所有的氢都删掉,直接把 O-O 之间用虚线连起来就可以了. 答:不加 H 直接连接 O..O 键容易被审稿人质疑的.最好还是想办法加加 H. . 答:给溶剂水加氢,先要从残余峰里面找到和氧的距离比较合适的,然后再去固定住一般就可以的. 答:我都是参照文献的氢键数值,直接在Diamond里设定 D...A 距离然后连接. 实在想做的完美,可以在解析结构时,使用 envi X 2,找出原子 X 周围较为合理的 H, 然后将其固定, 后者先在Diamond里找出形成氢键 D...A 的原子对, 然后在解析结构时在这两个原子之间加入 Dummy,并将 Dummy 定义为 H,然后对 H 进行固定,这样可能就合适了. 答:具体的情况很复杂,加 H 的技巧很多,实在一言难尽.17. diamond中怎么画堆积图diamond中怎么画堆积图啊?有机配体要怎么删除啊? 答:啥样的堆积图?把原子半径改大一点不行吗? 答:估计是你填充单胞不够. 18. 原子坐标图中的错误是怎么回事?怎样避免?谢谢. 答: 你那个弹出的错误提示正好把后面的挡住了, 不能移开一点再贴上来吗?只能帮你猜谜了,估计是原子坐标没给,因为其它地方不会提示这个错误的. 答:他好像不是从文件读入的结构信息,而是自己手动输入的,一般绘图软件都可以手动输入的. 19. 如想构造多面体请问如想构造多面体,中心原子有两个如 CeVO4,中心原子为 Ce 和 V 以配位原子为第 6 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 O 来构造两套多面体用什么办法? 答:先选中中心原子,然后在 object 里选 polyhedra,然后选 ligand 做边,如此重复两次就能得到两个多面体. 答:一般 XP 都是画配位环境图,基本上所有的图都能用Diamond做. 答:CeVO4 多面体骨架图: 20. 怎样美化diamond图实在没办法,自己对照着说明第一次画图,是 LiYF4 晶体. 白钨矿型四方晶系,空间点群 C6 4h-I4 1/a,晶胞参数 a=5.167,c=10.794 我自己画得不知道是什么,求哪位帮帮忙啊. 第 7 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 21. 22. 23. 24. 25. 26. 答:原子比例不太合适,原子小些棍粗些会比较美观;还有坐标上的箭头最好去掉然后把 abc 字体改大点,不然这样的图放到文章上字会看不清楚. 画拓扑重在选择节点,看你选择什么作为结构单元,如果是选某种原子那很方便,在diamond菜单中改变这种原子之间的默认键长; 如果选择的是两个原子的中心或者多个原子的中心,那就需要在shelx 程序中添加原子(cent/x 命令) ,然后再在diamond中改变默认键长.首先自己要了解清楚你的结构,然后选择合适的节点,有的时候从不同角度理解结构,可能会选择不同的节点. 答:画拓扑的话,做好用一下 olex,可以自动简化节点. diamond保存图片时可以设置分辨率吗用diamond画图,保存图片选择 tif 格式直接保存后,像素很低,感觉不清楚.diamond里可以设置,像素,分辨率,再保存吗? 答:当然可以.在 layout 里设置一下,600 最好. 答:一般 300 就可以了. 答: "当然可以.在 layout 里设置一下,600 最好. "这个好象是对 bmp 起作用. 关于diamond中氢键粗线设置问题如题,在diamond中,由 build-create h-bond 产生的氢键为较细的虚线,如何把氢键设置得粗一点我试了一下, 如果在 picture-bond design 设置粗细, 则氢键也会变成实线, 与其他的化学键分不开.麻烦大家指导如何把氢键设粗又还是保持虚线的形式? 答:首先进入 edit,选 edit bonds,然后选中你要设置的氢键类型,比如NO键,选中 design, 通过调节radius可以调节键的粗细, 然后在fragmenta tion里输入大于1的数字线就成虚线了,我一般选4,你可以自己调节. 答:你可以全选键然后加粗,点应用,不点确定. 控制晶体的层状结构数目Diamond画单晶的结构图,把 CIF 文件导入后,用 grow 命令的话,晶体的层状结构会一下长很多层,用什么命令才能实现我让它长两层就长两层?我想让它长三层就长三层? 答:用对称操作一个一个加,对称操作码在 platon 里面. 答;structure/fill/cell range 里面可以控制大小. 使用diamond生成氢键在使用diamond画图时, craete H-bonds 总是不成功, 没有氢键产生; 实际上存在氢键, 有哪位虫友也遇到过类似问题,帮小弟一把! 答:你设置供体和受体之间的距离了吗?先设置好氢键的距离. 答:必须有氢,否则无法 craete H-bonds. Diamond里面如何选择一个分子请问在Diamond里面有没有简单的方法直接选择一个分子?(除了 destroy 的时候选中分子中的一个原子就可以删除全部之外) 就像 xp 里面的 uniq 命令那样,谢谢. 答:右键有一个"select molecule" . 如何用diamond画 C-H……pai 和pai……pai 堆积如何用diamond画 C-H……pai 和pai……pai 堆积,请多指教. 答:用假原子,可以完成. 答: picture 中的 bond designs, 用出现复选框, Atom groups 中选择对象, style 在在 and colors 中有一个 fragmetation 选项,在它的旁边有一个可供选择的小箭头,按向上的箭头,选择你想要的虚线度,数字越大,虚线的长度越小. 先选定原子,在Diamond(一般是左下角)的 picture 工具栏里有一个图标,中间是个第 8 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 27. 28. 29. 30. 31. 棕黄色的小圆球,外面有一圈虚线,按一下那个图标试试看,应该可以. 或者在 build 中的 fix spere 即可. 或者 click built---fill----Rectangular---Area. 怎么插入假原子请教DIAMOND里,怎么在两原子中心插入一个假原子.谢谢! 答:选定两个原子 insert 就好啦,呵呵. 如何看两个原子间的距离请问用DIAMOND画图时,如何看两个原子间的距离.期待高手指点. 答:在 build 功能里,连及 INSERT--bond 两个原子,右键点击即可察看. 答:tool -----measure distance,然后在分别点击你所测的两个原子,将鼠标放到一个原子上就会出现距离. 怎样在diamond里测面与面之间的距离想通过测面面之间的距离来说明π-π 堆积,可是在diamond里面怎样测啊?答:Diamond的帮助文件里都有详细说明,自己查一下.平行平面之间的距离实际上就是点到面的距离.Diamond可以非常方便的测出,用 Tools/Measure Planes etc 命令. 答:先选中一个平面中所需原子, Objects->planes-> creat plane from atoms;同样建立第二个平面.;tools->calculate->distance from planes.Diamond里面原子符号的上标怎么弄想标原子名称,而且有对称符号,如i, ii, iii之类的,请问在Diamond里面怎么把他们弄成上标啊?谢谢! 答:可object--->text 然后打 i, 加入后移动到某原子那, 比如 Cd1i (i 为上标). 答:要标某原子, 点到那原子, right click, add--->label. 答:画完图后在 photoshop 中处理就行. 答:点右键 add: atom label;点右键 edit atom label 中 content 的下拉菜单,找到 (individual type) ;然后在下面 ndividual 对话中输入你要表达的内容,点 OK 就行了. 答:我一般在微软的画图工具中进行标记. 如何用diamond画纳米空心管最近看到了一篇关于纳米管的文献, 很好奇里面的空心管是如何画出来的, 我用diamond画出了那种圆柱管,但不知道怎样把它弄成空心的,因此在这里请教一下高手了. 答:可以参考,photoshop 画空心圆第 9 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 32. 33. 34. 35. 36. 用椭圆选择工具画圆,然后"描边" ,选择好描边的宽度,颜色,位置就可以了.其中, 描边的位置有居内,居中,局外三种,我们把描边宽度设的宽点就可以清楚的看到这三种位置有什么区别. 但是描边的宽度大到一定像素(比如30)就不圆了.这时候的方法是,新建图层上做圆形选区,填充一个颜色,然后变换选区,删掉多余的. 具体做法:Alt+Delete 填充前景色——右键"变换选区"——Shift+Alt+鼠标拖动角部控制块,以中心为固定点等比缩小合适大小——按下 Enter 键确定——按下 Delete 键删除移动后的选区内容. 变换选区也可以通过按键"Alt+s+t" (Alt+s 是键盘打开"选择"菜单的方式,T是选择菜单下的"变换选区" )实现. 如果使用快捷键"Ctrl+T" ,这是"自由变换"快捷键.它是对被选中的对象进行变换, 不针对选区自身. 如果使用"Ctrl+Alt+T" ,则是对选中对象的复制并进行自由变换.这个当它出现和变换选区一样的手柄框时, 可以用鼠标拖动来看到是复制了一个出来了, 而且是对复制的对象进行变换,也不是对该选区进行变换. 怎样去掉不合理的键有些键是不合理的键连,怎样才能去掉这些键? 答:build--->connectivity 可以改吧. 答:如果你要删除的是一类键,可以在右侧下拉框找到 table of bond group,上面会有键的列表,找到你要删的一类键,右键 select by group,发现图片上所有的这类键的会被选中.然后再图片上对准选中的其中一个键,右键选删除便可. 答:在 buil——connectivity 里,上面是键的类型,下面的框是键长,在上面把你不想要的键的类型前面的框里的对勾去掉,下面的键长可以输入你认为合适的范围. 怎样在grow的时候添加上非键的原子我在用diamond的时候,在使用grow 的时候不知道为什么非键的原子未被增加,请问这个问题怎么解决啊? 答:grow 只会将已经存在的并且成键的原子向外延伸,非键的原子当然就不会增加了. 如果要非键原子一同产生的话可以用 fill功能.diamond画图如何只长几个分子我用diamond画图,是多核的配合物,我想只长出几个分子,怎样可以实现呢,如果把一个晶胞都填充了再删好像很麻烦啊. 答:用 GET MOLECULES 命令就可以做到. 答:你的如果不是多核应该很好画的,选中任意一个原子,按住 ctrl+alt+S 就可以长出该原子附件的所有原子,叙述不大清楚,楼主试试就可以吧. 答:选中一原子--build---fixed spheres--设置数值. 如何改变背景颜色背景色是黑色怎么变成白色啊? 答:在 picture-layout-background 里,也可以刚进去软件时设置. 用diamond输出黑白图因为投稿彩图收费的问题,所以我打算用黑白图画晶体,可是我只会画彩图,不知道怎么弄成黑白的,请高手指点,不胜感激! 答:这个问题很好解决.你将Diamond图片贴到Word 里后,在设置对象格式里将图片颜色设为灰度就可以了. 答:你也可以在用Diamond绘图时就把它绘成灰白的,因为原子的颜色等在Diamond第 10页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦里是可以调整的. 37. 用diamond计算MOF 微孔得到一个MOF,但不知道怎么算孔有多大? 答:孔隙率还是孔直径?孔隙率的话用 PLATON 算,孔直径的话就直接量距离再减范德华半径. 38.diamond的legend问题在diamond中如何把右下角legend中图中没有的原子隐藏起来而只显示图中有的原子. 答:这个没法隐藏的,不过你可以在 Structure/Atomic Parameters 对话框里将你不需要的原子删除, 然后再绘图就可以了. 还有一个办法就是做好图后在 Build/Atom Groups 对话框中将你计划要隐藏的原子Assign 给其它原子就可以了. 答:可以隐藏,在编辑 legend 里面最下面的 Select 里,将需要隐藏的原子勾掉就可以了. 答:把鼠标放在 legend 上面.点右键,弹出对话框,在 display 前的筐子里的钩子去掉即可. 第 11 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 39. 请问怎样在diamond里面看配位数我的理解是这样的,把某目标原子的配位多面体做出来,查顶点个数就行了.但是在diamond里面,做配位多面体的自由度很大,我可以设定配位多面体顶点与目标原子的最大距离,这样一来配位多面体就很主观了,我不知道这个问题怎么办? 答:你应该现在 Build/Connectivity 调整键长,然后再做多面体就可以了. 答:这就要依据你的金属原子和配位原子之间的键长了,一般的金属(如主族金属,过渡金属,稀土金属)与常见的配位原子(O 和 N)之间的键长都不超过 3.0.有的文章即使报道超过 3.0 的也不称之为键长, 而是叫做弱作用. 这种弱作用也可以参与多面体的形成.个人意见,仅供参考. 40. Diamond 3 里面如何画示意箭头Diamond 3 里面如何画示意箭头答:我都是先画好图再在 PPT 里加的. 答:画好后,转为 .tif 文件后用画图软件添加. 41. Diamond中晶胞的白线如何去除Diamond中晶胞的白线如何去除答:Build/Destroy/All Cell Edges. 答:可以在快截菜单栏点那个 X,然后选择 cell edge. 42. 求助-如何在diamond中画C-H...π相互作用图急求助高手指点,如何在diamond中画C-H...π相互作用图啊,非常感谢! 答: 你先找到芳香环的中心并给出一个 dummy,然后连接 H 与dummy, 再把 dummy 设置为 invisible 就行了. 43. diamond和XP画图及处理图片问题用diamond和Xp画图画完图后,大家用什么方法处理成符合发表要求的图片的?我们是画完图后存成.bmp格式(diamond画图时) ,然后用HyperSnap-DX 5(一种截图软件) 将图片截出来,再直接复制到word文档中,可是这样处理的图像虽然看起来很清楚, 但是打印出来的图像质量很不好(虚) ,请教一下高手,怎么处理才能使打印出来的图像不虚? 答:diamond可以调分辨率的同时我们一般保存为tif 不要bmp 不知道别人如何. 答:直接在 pdf 中截图贴进 word 也可以啊.要看杂志的,有的杂志要求你提供 pdf, 有的是 ps,tif,bmp 等不同的. 44. diamond里面的坐标我的diamond里面的坐标看不见了 , 我设置好的为什么看不见呢 , objects—— coordination system,但是还是看不见无论是在边上还是在中心,都看不见,郁闷. 答:在 objects-coordination system 里面将 X, Y 的值改一下,可能会找到. 第 12 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 45. 讨论一下Diamond ,XP以及Mercury中哪一个画出的图是真实的Diamond ,XP以及Mercury中哪一个画出的图是真实的,这个不太明白啊.大家来讨论一下吧!例如我的一个晶体数据用XP画时,显示高氯酸根中的氧原子与Cu之间有虚线连接(即弱的相互作用) ,而用Mercury看时高氯酸根中的氧原子与Cu则是之间连接了起来,当用Diamond画时单核的Cu则由高氯酸根中的氧原子连接成了一维的链,到底以哪一为准啊? 答:看一下距离吧~和经典键长对比下个人觉得以 xp 为准. 答: 主要是设置的键长不同画出来的结构就不同看一下 Cu 与 O 之间的距离再与经典键长比较看是否成键. 答:diamond的键长也是设置的,在编辑(edit)中就可以随意设置,你所说的问题是diamond默认的. 第 13 页共 13 页。
小木虫XRD问题集锦
小木虫XRD问题集锦（第一期）2006 年 10 月 1 日小木虫荣誉出品目录前言 ……………………………………………………………………………………… 问题－：XRD 数据分析讨论 …………………………………………………………… 问题二：双相合金晶胞参数的测定 …………………………………………………… 问题三：很少的粉末样品怎么做粉末XRD …………………………………………… 问题五：XRD拆峰问题如何解决 ……………………………………………………… 问题六：关于XRD知识的问题 ………………………………………………………… 问题八：纳米复合物怎么测XRD ……………………………………………………… 问题九：怎样在origin中处理XRD图………………………………………………… 1 2 8 9 12 13 16 16问题四：不同掺杂金属量的TiO2 看晶形的变化与是否将金属离子掺进去怎么做 … 11问题七：XRD样品相组成分析…………………………………………………………… 13问题十：XRD峰强度问题 ………………………………………………………………… 17 问题十一：样品量少能做XRD粉末衍射吗……………………………………………… 17 问题十二：4 种xrd分析软件功能优劣评比…………………………………………… 问题十四：使用XRD衍射是否可以得到某粉末中的金属含量………………………… 问题十五：如何扣除粉末XRD仪器固有半高宽………………………………………… 问题十六：用XRD测织构，样品如何制备 …………………………………………… 问题十七： 小角度XRD与介孔有序的关系 ……………………………………………… 问题十八：XRD分析时候主要看哪几个指标…………………………………………… 18 20 21 21 22 22 问题十三：用origin做好看的XRD图…………………………………………………… 19问题十九：EDS与XRD的区别 …………………………………………………………… 23 问题二十：xrd的文本导入excle中的问题 …………………………………………… 231小木虫荣誉出品前言通过在小木虫中检索关键词XRD，发现大多数提问及回答都很经典，而 且大多数问题都是我们常见的，为了对小木虫这些珍贵的资源做一保护， 也为了大家查询的方便，特此把大家的提问和回答进行了整理，做此电子 书发表，以后会继续整理此类资源，希望大家满意，多多支持！ 由于本人水平有限，如有不足之处敬请各位虫友多多批评指正！ 谢谢！特此感谢所有在小木虫中发表XRD贴子及回贴的虫友！ 大家辛苦了！编者：rabbit7708 2006 年 10 月 1 日2小木虫荣誉出品问题－：XRD 数据分析讨论 Huangck： XRD 分析是材料分析最基本和最常见的分析技术，我们可以通过它的数据分析出晶 相、晶向、成分、晶粒大小等数据，一般情况，我们借助 PCPDFWIN 和 Jade 辅助分析， 但是一般人分析只是较为浮浅，对软件一些功能的操作还为挖掘出来，大家在分析时对 于数据分析的小技巧，心得讲来分享、分享，让我们也能较好的分析数据。
diamond-3-教程系列1.01
diamond-3-教程系列1.01第一章Diamond 3 界面选项的功能介绍在本章中我们首先介绍一下一个典型的diamond 3界面上所有选项的基本功能。
一个典型的diamond 3 的界面打开C:\Program Files\Diamond 3\Tutorial\文件夹中的pyrene.cif文件（上图所示）。
第一节File菜单系列1.1 File菜单简介File菜单系列，包括Windows系统常规的几种选项（如图 2 所示。
）图1.2 File菜单系列1.2 常用选项1.2.1Open 选项点击该选项，可以看到diamond 3 可以打开的所有文件类型（如图3所示）。
图1.3 Diamond 3 支持的阅读格式前三项是该公司开发的Diamond 及Endeavour软件的默认格式。
其中Cif文件格式最为通用。
ICSD/Crystin及CSD-FDat是两个晶体学数据库输出的文件格式。
Protein Data Bank 格式表示支持蛋白质晶体数据库文件。
常用的格式还包括笛卡儿xyz座标格式，这在构建特殊结构模型时极为便利，比如我们会在后面章节中提到的螺旋体的构建。
1.2.2 Save 选项这里默认的保存格式是Diamond 3 Document （*.diamdoc）格式。
1.2.3 Save as选项共包括三个次级选项：图1.4 Diamond 3 Save as的三个次级选项在实际应用中，前两项功能相似，我们以Save Document As为例进行介绍：Save Document As提供14种文件格式：图1.5 Diamond 3 支持的14结构储存格式前三项为该公司开发的结构文件格式，常用的为第一项*.diamdoc。
通常在我们处理一个较为复杂的结构时，一次无法完成或者以后仍需要修改时，必须保存成该格式。
该格式详细保留了您的一切设置（分子模型的模式、原子的半径颜色、键长等），demo版不提供该格式的保存。
Diamond软件问题集锦
小木虫Diamond软件问题集锦晶体版版主yanhualover2010年6月13日1.Diamond出图时怎么设置dpi数目我在使用Diamond出图时分辨率并不算小，可是编辑说我的图只有96dpi，但杂志要求至少600dpi,请问我该怎么设置？答: 在picture/layout.../对话框的Targets中选择Bitmap，然后就可以自己输入需要的分辨率了.要保存为位图格式才可以。
如果是JPG格式，还是96dpi.答: 呵呵，发现在tools下拉菜单的option里.2.Diamond椭球图阴影画图如图中所示，怎么画出每个椭球中的阴影部分？我用的是3.1d版本.答:这个是在diamond中的'原子设置中'中选的，具体如下：picture-------atoms design-------style and colors-------style中选择octant即可。
3.怎样建立氢键我这儿有一个cif文件，一个tab文件和两个已经用diamond作好的图，但不知道这两个图是怎么画出来的，想知道作图过程，请diamond高手用word或pdf写出作图过程。
答：没什么技术含量的吧，堆积一下，删掉多余的原子，创建氢键就好。
4.怎样建立单个分子diamond一打开cif，就是堆积图，怎么才能显示一个分子。
答：好像最新的更新包已经改过这个bug了。
但是因为没有对应的破解程序，所以俺还是用以前的3.0，经常遇到这个问题。
如果你的分子间没有作用，即：没有乱七八糟的键连在一起，选中一个原子，然后，ctrol+M, 选中一个分子，然后，反选，即选中除该分子之外的所有分子，然后一键 delete, 就ok了。
如果分子连成片，就删吧。
对于非中心分子，即含反离子的分子结构要小心，不要把反离子漏掉了。
当然，如果不用画就没问题了。
以上拙见，仅供参考。
答：diamond打开cif时选“建立单个分子”，然后点完成，不要点下一步。
Diamond2常见问题和安装程序格式详解引
Diamond2常见问题和安装程序格式详解引HTC Diamond2常见问题和安装程序格式详解(引)2010-07-12 23：58一、常见问题集锦0、手机和电脑如何同步D2是WM6系统，必须安装同步软件ActivcSyne 4.5及以上版本,这是用于手机与电脑连接必装软件之一1、同步软件在哪下XP下载地址：.p；displaylang=zh-cn VISTA下载：.p；displaylang=zh-cn 2、如何备份我手机里的联系人?a、安装Office2003版的Outlook；b、安装智能手机工作室，掌智手机助手等c、在我的设备中，那个pim.pol文件，就是我们的联系人文件，备份它就行，还原的时候，就可以用它来覆盖3、怎么用自定义的声音文件来设置来电，短信和闹钟的铃声。
短信和来电铃声是一样的.你可以选择MP3等做为短信来电铃声.把MP3等放到卡上/机上的my documents或者卡/机的根目录.在开始--设置--个人--声音和提醒--通知--里选择短信提示音了.闹钟不支持MP3格式.建议用第三方闹钟软件,AddinTimer这个闹钟软件不错,闹钟铃声文件保存位置没有限制,支持的铃声格式多,可以设置铃声响闹次数等.内置的闹钟只能使用WAV格式的铃声,而且要求铃声文件保存在windows目录下才能在闹铃选择中看到,不支持其他格式的闹钟铃声.4、怎么格式化机子关机状态下，按住音量向上+音量向下，按下开机键松手，直到画面出现英文提示，松开按住的音量上下键，然后再按一下音量向上开始硬启，按其他键退出5、怎么进入三色屏进入三色方法：关机下,按住音量向下键不放.再按一下开机键.即可进入三色.开机下：打开后盖.按住音量向下键不放.拿笔捅一下放笔那里那个红色的点6、如何恢复出厂设置?"开始"--"设置"--"系统"--"清除内存"--然后输入：1234(PS：恢复出厂设置会完全删除个人主内存资料，恢复前最好备份重要资料，并保证右足够的电量完成硬启)7、手机连接电脑时不对手机进行充电"开始"--"设置"--"系统"--"电源"--"高级"中，勾选"设备开启并连接到PC时请勿对电池进行充电"，连接电脑时就不会通过USB端口对手机进行充电了8、什么是WiFi?WIFI是一种无线上网方式，它可以通过与配备无线网卡的笔记本相连，或者与无线路由器相连来达到连入互联网的目的，也可以通过分布在城市中的"热点"进行互联网接入，不过对于中国来说无线"热点"的分布现在并不是很广现在只有水货配备了WiFi模块，行货由于政策上的原因，整个硬件被取消了，即使安装补丁，也无法启动9、软件如何删除?绿色软件可以直接删除，但要彻底删除，可能还得进入注册表中删除被修改的注册表信息，才算是删除得比较干净，但cab、和PC端安装的软件，则可以到开始~设置~系统~删除程序中来删除10、什么是飞行模式?简单的说，就是使手机关闭了电话功能，而保留了PDA功能，关闭电话功能后，手机的电池会更耐用，也实现了免打扰服务11、能否设置各种不同的情景模式，例如户外，开会，室内等需要安装情景模式软件PhoneWeaver 12、D2有重力感应吗?有重力感应，在来电话后把屏幕向下，铃声就关闭13、哪里可以设置自动旋转屏大部分情况下都可以旋转，你把所有程序都退了，就是桌面的时候看能不能旋转，如果不能就去安装软件吧，(自动旋转界面changScreen_conf)因为有的ROM里有，有的ROM里没有这个软件二、常用软件的安装常用软件一般有exe格式文件，cab文件和tsk文件等1、cab文件的安装：将下载到的压缩包文件解压后，若是cab压缩包，即将文件Copy到手机内存或存储卡上，然后，在手机上运行安装它，一般是用资源管理器来点击运行它，之后，根据手机上的提示来完成安装，对于这类软件，切记！不能再在电脑上再次解压2、exe文件格式的安装：(它分为绿色软件和PC端安装软件)1)、PC端安装的软件扩展名为.exe的文件，可以事先在PC运行，如果可以运行，并有提示，就是PC端安装的软件，这种软件是最正规的软件，类似于电脑上的软件，跟大部分软件的安装方法似。
Diamond基础操作指南(大全)
Diamond基础操作手册Crystal Impact Diamond是一款分子和晶体结构可视化软件。
Diamond 整合了丰富的功能，可以简化处理晶体结构数据冗长的工作，不仅适用于研究和教学，同时也可以应用与出版和作报告。
1.配合物分子结构的绘制(1) 双击diamond快捷方式，进入主程序。
打开数据.cif文件，程序将出现一系列对话框，可一直点击“下一步”，知道有“完成”出现，点击“完成”，如再有对话框出现仍点击“完成”，程序进入结构图编辑页面。
(2) 在做图之前，首先点击修改键长按钮，出现键长对话框，将不可能成键的原子组去掉（如Cd-C Cd-H），并根据已知键长范围设定原子组，如下图Cd-O键最大值约在2.7，所以将计算机默认值由2.880改为2.700。
(3) 选择添加不对称单元原子按钮，将在屏幕上出现该配合物一个不对称单元中的原子（未键连）。
(4) 在Build菜单中找到Filter，单击出现对话框，在该对话框中，原子前若挑钩则表示其在屏幕中会正常显示出来。
如果不挑钩则表示该原子被过滤掉，将不显示出来。
在配合物的结构图中一般H原子不需要显示出来，所以我们将H原子的钩去掉。
(5)配位环境图的绘制。
选择屏幕左下方的连接原子按钮，将(3)中孤立的原子连接起来。
由于配位环境图的绘制需要补全与金属离子键合的所有分子，因此使用补全配位模式按钮，将另外两个三唑长出来。
对于配位环境图中的非碳原子需标出原子序号，方法为鼠标左键单击要编号原子，然后选择屏幕下方的原子标号按钮。
如果对于程序直接给出的原子标号字体大小不满意，可以鼠标左键双击原子标号进入原子标号设定对话框进行设定。
注意对后长出来的与金属离子直接相连的原子需要根据该原子的对称操作符号（与.txt文件中的对称操作对应）给出相应的对称操作记号。
如N2的对称操作为x,-y+1/2,z+1/2 在.txt文件中对应的操作码符号为#1，则该原子在标注时为N2A。
diamond--教程系列
d i a m o n d--教程系列-CAL-FENGHAI.-(YICAI)-Company One1第一章 Diamond 3 界面选项的功能介绍在本章中我们首先介绍一下一个典型的diamond 3界面上所有选项的基本功能。
一个典型的diamond 3 的界面打开C:\Program Files\Diamond 3\Tutorial\文件夹中的文件（上图所示）。
第一节File菜单系列File菜单简介File菜单系列，包括Windows系统常规的几种选项（如图 2 所示。
）图 File菜单系列常用选项选项点击该选项，可以看到diamond 3 可以打开的所有文件类型（如图3所示）。
图 Diamond 3 支持的阅读格式前三项是该公司开发的Diamond 及Endeavour软件的默认格式。
其中Cif文件格式最为通用。
ICSD/Crystin及CSD-FDat是两个晶体学数据库输出的文件格式。
Protein Data Bank格式表示支持蛋白质晶体数据库文件。
常用的格式还包括笛卡儿xyz座标格式，这在构建特殊结构模型时极为便利，比如我们会在后面章节中提到的螺旋体的构建。
Save 选项这里默认的保存格式是Diamond 3 Document （*.diamdoc）格式。
Save as选项共包括三个次级选项：图 Diamond 3 Save as的三个次级选项在实际应用中，前两项功能相似，我们以Save Document As为例进行介绍：Save Document As提供14种文件格式：图 Diamond 3 支持的14结构储存格式前三项为该公司开发的结构文件格式，常用的为第一项*.diamdoc。
通常在我们处理一个较为复杂的结构时，一次无法完成或者以后仍需要修改时，必须保存成该格式。
该格式详细保留了您的一切设置（分子模型的模式、原子的半径颜色、键长等），demo版不提供该格式的保存。
其它格式则通常并不实用。
Diamond基础操作指南(大全)
Diamond基础操作手册Crystal Impact Diamond是一款分子和晶体结构可视化软件。
Diamond整合了丰富的功能，可以简化处理晶体结构数据冗长的工作，不仅适用于研究和教学，同时也可以应用与出版和作报告。
1.配合物分子结构的绘制(1) 双击diamond快捷方式，进入主程序。
打开数据.cif文件，程序将出现一系列对话框，可一直点击“下一步”，知道有“完成”出现，点击“完成”，如再有对话框出现仍点击“完成”，程序进入结构图编辑页面。
(2) 在做图之前，首先点击修改键长按钮，出现键长对话框，将不可能成键的原子组去掉（如Cd-C Cd-H），并根据已知键长范围设定原子组，如下图Cd-O键最大值约在2.7，所以将计算机默认值由2.880改为2.700。
(3) 选择添加不对称单元原子按钮，将在屏幕上出现该配合物一个不对称单元中的原子（未键连）。
(4) 在Build菜单中找到Filter，单击出现对话框，在该对话框中，原子前若挑钩则表示其在屏幕中会正常显示出来。
如果不挑钩则表示该原子被过滤掉，将不显示出来。
在配合物的结构图中一般H原子不需要显示出来，所以我们将H原子的钩去掉。
(5)配位环境图的绘制。
选择屏幕左下方的连接原子按钮，将(3)中孤立的原子连接起来。
由于配位环境图的绘制需要补全与金属离子键合的所有分子，因此使用补全配位模式按钮，将另外两个三唑长出来。
对于配位环境图中的非碳原子需标出原子序号，方法为鼠标左键单击要编号原子，然后选择屏幕下方的原子标号按钮。
如果对于程序直接给出的原子标号字体大小不满意，可以鼠标左键双击原子标号进入原子标号设定对话框进行设定。
注意对后长出来的与金属离子直接相连的原子需要根据该原子的对称操作符号（与.txt文件中的对称操作对应）给出相应的对称操作记号。
如N2的对称操作为x,-y+1/2,z+1/2 在.txt文件中对应的操作码符号为#1，则该原子在标注时为N2A。
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小木虫-D i a m o n d-软件问题集锦小木虫Diamond软件问题集锦1. Diamond出图时怎么设置dpi数目我在使用Diamond出图时分辨率并不算小,可是编辑说我的图只有 96dpi,但杂志要求至少 600dpi,请问我该怎么设置? 答: 在picture/layout.../对话框的Targets中选择Bitmap,然后就可以自己输入需要的分辨率了.要保存为位图格式才可以.如果是JPG格式,还是 96dpi. 答: 呵呵,发现在 tools 下拉菜单的option 里.2. Diamond椭球图阴影画图如图中所示,怎么画出每个椭球中的阴影部分?我用的是3.1d版本.答 : 这个是在diamond中的 ' 原子设置中 ' 中选的 , 具体如下 : picture-------atoms design-------style and colors-------style 中选择 octant 即可.3.怎样建立氢键我这儿有一个 cif 文件,一个 tab 文件和两个已经用diamond作好的图,但不知道这两个图是怎么画出来的,想知道作图过程,请diamond高手用 word 或 pdf 写出作图过程.答:没什么技术含量的吧,堆积一下,删掉多余的原子,创建氢键就好.4.怎样建立单个分子diamond一打开 cif,就是堆积图,怎么才能显示一个分子.答:好像最新的更新包已经改过这个 bug 了.但是因为没有对应的破解程序,所以俺还是用以前的 3.0,经常遇到这个问题.如果你的分子间没有作用,即:没有乱七八糟的键连在一起,选中一个原子,然后,ctrol+M, 选中一个分子,然后,反选,即选中除该分子之外的所有分子,然后一键 delete, 就 ok 了.如果分子连成片,就删吧. 对于非中心分子,即含反离子的分子结构要小心,不要把反离子漏掉了.当然,如果不用画就没问题了.以上拙见,仅供参考. 答:diamond打开 cif 时选"建立单个分子",然后点完成,不要点下一步. 请教diamond画C60 遇到的问题 (1)我这个C60 在画多面体的时候,中间 inset 的 atom 的半径在每个面上都要自己一个一个去设定 radium,有没有同类原子半径一起设置的?里面没有找到. (2)当我把中间的 dummy 原子(就是为了画多面体的时候新加入的)的半径设为 0 后,如果想改 C60 的每个面的颜色的画,这个怎么改的? (3)最后问一下,我保存的图片中背景的diamond demonstrator 如何去掉. 另献上我第一幅diamond图,如下. 6.7. 答:1. 可以在 atom 设置里找到假原子直接设置 2. 以假原子为中心画多面体 3. 你用的应该是未破解版本. diamond中如何在螺旋链中插入一根棒diamond中如何在螺旋链中插入一根棒,以及如何看结构是单螺旋还是双螺旋结构,如何画出单,双螺旋结构? 答:插入几个哑原子,然后连键,进行一些设置就可以了.前段时间有人传了一些Diamond的说明,其中有一个文件就是详细说明这个棒怎么画的. 找到了这个文件,感谢原作者 Crystalsnet,我把它上传到纳米盘,你自己下载下来看看就知道怎么做了. 答:在孔道两侧虚拟两个原子,然后在这两个原子间成建,设置一下键参数就可以了! 答:具体说,选择两端的几个院子,再找这几个的中心位置,分别 insert atoms , 再连接心连接, insert bond, 在按你的意思 edit the bond. 如何去掉 M-C,M-H 连接打开一个晶体数据后,在 connectivity 中把 M-C,M-H 去掉后.再点 complete fragments 第 3 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 8. 9. 10. 11. 12. 13. 后,这些 M-C,M-H 又连上了,求助高手. 答:点下 connect now 再确定试试. diamond里面如何定义元素化合价怎么样定义元素的化合价,然后使半径比例随之改变??默认设置好像都是原子半径. 答:问题解决了,在 atomic parameter 里面. diamond画配位环境时到一定程度原子就长不出来了,是怎么回事今天用diamond画配位环境时画到一定程度(配位环境没画完)原子就长不出来了,不知是怎么回事?请高手指点,谢谢! 答:试试在"Type of sphere"中把 Rmax 值设大一些. 答:或者试试用小太阳符号"Fill coordination directly". 修改Diamond的默认单胞数我不知道动了什么参数让Diamond的默认单胞数为 2 了,也就是说每次一打开就是两个单胞里的不对称结构单元,在哪改回去吖? 答:菜单栏的 picture-->guidance-->picture creation assistant-->destroy all atoms, bonds 项选勾,下一步-->在 fill cell range with 项里选择需要的单胞数,按完成.OK!每次用diamond打开 cif 文件时,在引导项中注意选择单胞数,就可以控制显示的单胞数了. 在diamond里怎么让所有一定键长的原子连起来呢如题.我怎么选 connectivity,设上 DMAX,按 OK,不管用呢? 答:我这么做也不管用,后来就在读入 cif 之后先不生成图,先在connectivity 里设定要的健长范围就可以了. 答:那是没有设上,该了之后要再点一下需设原子才行. 答:管用的,应该是你操作有问题. 怎么取消透视图我用的是3.0 读完 cif 之后出现的直接是透视图,怎么取消啊? 答:应该是用Representation Settings. 答:用 central projection 命令! 绘制黄色和蓝色矩形请高手帮忙看一下图中的黄色和蓝色矩形区域如何画?通过原子建立平面时, 所得的矩形太大,不知道如何调整到所要的大小. 答: 好像Diamond里没法加这样的矩形框, 这个图好像中的矩形框应该是在其它软件中加的,或者不是用Diamond绘制的,比如,可以在 Word 里加矩形框,然后设置透明度或许可以. 答:在Diamond里加平面是很大,因为平面是无限延伸的,像这种有限的平面实际是些多面体,通过共面的点建立的,像拓扑图里经常出现一些表示两个面夹角的情况,就是这么做出来的,你可以尝试一下. 答:不错,用加多面体的方法,借助哑原子可以做的. 第 4 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 14. Diamond结构图寻求完美的颜色对比见识一下各位高手所作的 MS 或Diamond做晶体的结构图,主要想参照一下颜色搭配! 答:在 polyhedra designs 和 atom designs 里面改成你想要的颜色就行了呀. 第 5 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 15. 如何去掉Diamond中画的图Diamond背景字样求助Diamond中画的图copy到word中总有Diamond背景字样,如何去掉呀? 答:你用的那个版本没有破解. 16. 溶剂水没加氢如何画氢键我最近想画个氢键堆积图, 可是溶剂水没加氢, diamond画时溶剂水和羧酸氧上的氢用键显示不出来,求助高手我应该怎么办啊? 答:先加上氢了,或者你把所有的氢都删掉,直接把 O-O 之间用虚线连起来就可以了. 答:不加 H 直接连接 O..O 键容易被审稿人质疑的.最好还是想办法加加 H. . 答:给溶剂水加氢,先要从残余峰里面找到和氧的距离比较合适的,然后再去固定住一般就可以的. 答:我都是参照文献的氢键数值,直接在Diamond里设定 D...A 距离然后连接. 实在想做的完美,可以在解析结构时,使用 envi X 2,找出原子 X 周围较为合理的 H, 然后将其固定, 后者先在Diamond里找出形成氢键 D...A 的原子对, 然后在解析结构时在这两个原子之间加入 Dummy,并将 Dummy 定义为 H,然后对 H 进行固定,这样可能就合适了. 答:具体的情况很复杂,加 H 的技巧很多,实在一言难尽.17. diamond中怎么画堆积图diamond中怎么画堆积图啊?有机配体要怎么删除啊? 答:啥样的堆积图?把原子半径改大一点不行吗? 答:估计是你填充单胞不够. 18. 原子坐标图中的错误是怎么回事?怎样避免?谢谢. 答: 你那个弹出的错误提示正好把后面的挡住了, 不能移开一点再贴上来吗?只能帮你猜谜了,估计是原子坐标没给,因为其它地方不会提示这个错误的. 答:他好像不是从文件读入的结构信息,而是自己手动输入的,一般绘图软件都可以手动输入的. 19. 如想构造多面体请问如想构造多面体,中心原子有两个如 CeVO4,中心原子为 Ce 和 V 以配位原子为第 6 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 O 来构造两套多面体用什么办法? 答:先选中中心原子,然后在 object 里选 polyhedra,然后选 ligand 做边,如此重复两次就能得到两个多面体. 答:一般 XP 都是画配位环境图,基本上所有的图都能用Diamond做. 答:CeVO4 多面体骨架图: 20. 怎样美化diamond图实在没办法,自己对照着说明第一次画图,是 LiYF4 晶体. 白钨矿型四方晶系,空间点群 C6 4h-I4 1/a,晶胞参数 a=5.167,c=10.794 我自己画得不知道是什么,求哪位帮帮忙啊. 第 7 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 21. 22. 23. 24. 25. 26. 答:原子比例不太合适,原子小些棍粗些会比较美观;还有坐标上的箭头最好去掉然后把 abc 字体改大点,不然这样的图放到文章上字会看不清楚. 画拓扑重在选择节点,看你选择什么作为结构单元,如果是选某种原子那很方便,在diamond菜单中改变这种原子之间的默认键长; 如果选择的是两个原子的中心或者多个原子的中心,那就需要在shelx 程序中添加原子(cent/x 命令) ,然后再在diamond中改变默认键长.首先自己要了解清楚你的结构,然后选择合适的节点,有的时候从不同角度理解结构,可能会选择不同的节点. 答:画拓扑的话,做好用一下 olex,可以自动简化节点. diamond保存图片时可以设置分辨率吗用diamond画图,保存图片选择 tif 格式直接保存后,像素很低,感觉不清楚.diamond里可以设置,像素,分辨率,再保存吗? 答:当然可以.在 layout 里设置一下,600 最好. 答:一般 300 就可以了. 答: "当然可以.在 layout 里设置一下,600 最好. "这个好象是对 bmp 起作用. 关于diamond中氢键粗线设置问题如题,在diamond中,由 build-create h-bond 产生的氢键为较细的虚线,如何把氢键设置得粗一点我试了一下, 如果在 picture-bond design 设置粗细, 则氢键也会变成实线, 与其他的化学键分不开.麻烦大家指导如何把氢键设粗又还是保持虚线的形式? 答:首先进入 edit,选 edit bonds,然后选中你要设置的氢键类型,比如NO键,选中 design, 通过调节radius可以调节键的粗细, 然后在fragmenta tion里输入大于1的数字线就成虚线了,我一般选4,你可以自己调节. 答:你可以全选键然后加粗,点应用,不点确定. 控制晶体的层状结构数目Diamond画单晶的结构图,把 CIF 文件导入后,用 grow 命令的话,晶体的层状结构会一下长很多层,用什么命令才能实现我让它长两层就长两层?我想让它长三层就长三层? 答:用对称操作一个一个加,对称操作码在 platon 里面. 答;structure/fill/cell range 里面可以控制大小. 使用diamond生成氢键在使用diamond画图时, craete H-bonds 总是不成功, 没有氢键产生; 实际上存在氢键, 有哪位虫友也遇到过类似问题,帮小弟一把! 答:你设置供体和受体之间的距离了吗?先设置好氢键的距离. 答:必须有氢,否则无法 craete H-bonds. Diamond里面如何选择一个分子请问在Diamond里面有没有简单的方法直接选择一个分子?(除了 destroy 的时候选中分子中的一个原子就可以删除全部之外) 就像 xp 里面的 uniq 命令那样,谢谢. 答:右键有一个"select molecule" . 如何用diamond画 C-H……pai 和pai……pai 堆积如何用diamond画 C-H……pai 和pai……pai 堆积,请多指教. 答:用假原子,可以完成. 答: picture 中的 bond designs, 用出现复选框, Atom groups 中选择对象, style 在在 and colors 中有一个 fragmetation 选项,在它的旁边有一个可供选择的小箭头,按向上的箭头,选择你想要的虚线度,数字越大,虚线的长度越小. 先选定原子,在Diamond(一般是左下角)的 picture 工具栏里有一个图标,中间是个第 8 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 27. 28. 29. 30. 31. 棕黄色的小圆球,外面有一圈虚线,按一下那个图标试试看,应该可以. 或者在 build 中的 fix spere 即可. 或者 click built---fill----Rectangular---Area. 怎么插入假原子请教DIAMOND里,怎么在两原子中心插入一个假原子.谢谢! 答:选定两个原子 insert 就好啦,呵呵. 如何看两个原子间的距离请问用DIAMOND画图时,如何看两个原子间的距离.期待高手指点. 答:在 build 功能里,连及 INSERT--bond 两个原子,右键点击即可察看. 答:tool -----measure distance,然后在分别点击你所测的两个原子,将鼠标放到一个原子上就会出现距离. 怎样在diamond里测面与面之间的距离想通过测面面之间的距离来说明π-π 堆积,可是在diamond里面怎样测啊?答:Diamond的帮助文件里都有详细说明,自己查一下.平行平面之间的距离实际上就是点到面的距离.Diamond可以非常方便的测出,用 Tools/Measure Planes etc 命令. 答:先选中一个平面中所需原子, Objects->planes-> creat plane from atoms;同样建立第二个平面.;tools->calculate->distance from planes.Diamond里面原子符号的上标怎么弄想标原子名称,而且有对称符号,如i, ii, iii之类的,请问在Diamond里面怎么把他们弄成上标啊?谢谢! 答:可object--->text 然后打 i, 加入后移动到某原子那, 比如 Cd1i (i 为上标). 答:要标某原子, 点到那原子, right click, add--->label. 答:画完图后在 photoshop 中处理就行. 答:点右键 add: atom label;点右键 edit atom label 中 content 的下拉菜单,找到 (individual type) ;然后在下面 ndividual 对话中输入你要表达的内容,点 OK 就行了. 答:我一般在微软的画图工具中进行标记. 如何用diamond画纳米空心管最近看到了一篇关于纳米管的文献, 很好奇里面的空心管是如何画出来的, 我用diamond画出了那种圆柱管,但不知道怎样把它弄成空心的,因此在这里请教一下高手了. 答:可以参考,photoshop 画空心圆第 9 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 32. 33. 34. 35. 36. 用椭圆选择工具画圆,然后"描边" ,选择好描边的宽度,颜色,位置就可以了.其中, 描边的位置有居内,居中,局外三种,我们把描边宽度设的宽点就可以清楚的看到这三种位置有什么区别. 但是描边的宽度大到一定像素(比如30)就不圆了.这时候的方法是,新建图层上做圆形选区,填充一个颜色,然后变换选区,删掉多余的. 具体做法:Alt+Delete 填充前景色——右键"变换选区"——Shift+Alt+鼠标拖动角部控制块,以中心为固定点等比缩小合适大小——按下 Enter 键确定——按下 Delete 键删除移动后的选区内容. 变换选区也可以通过按键"Alt+s+t" (Alt+s 是键盘打开"选择"菜单的方式,T是选择菜单下的"变换选区" )实现. 如果使用快捷键"Ctrl+T" ,这是"自由变换"快捷键.它是对被选中的对象进行变换, 不针对选区自身. 如果使用"Ctrl+Alt+T" ,则是对选中对象的复制并进行自由变换.这个当它出现和变换选区一样的手柄框时, 可以用鼠标拖动来看到是复制了一个出来了, 而且是对复制的对象进行变换,也不是对该选区进行变换. 怎样去掉不合理的键有些键是不合理的键连,怎样才能去掉这些键? 答:build--->connectivity 可以改吧. 答:如果你要删除的是一类键,可以在右侧下拉框找到 table of bond group,上面会有键的列表,找到你要删的一类键,右键 select by group,发现图片上所有的这类键的会被选中.然后再图片上对准选中的其中一个键,右键选删除便可. 答:在 buil——connectivity 里,上面是键的类型,下面的框是键长,在上面把你不想要的键的类型前面的框里的对勾去掉,下面的键长可以输入你认为合适的范围. 怎样在grow的时候添加上非键的原子我在用diamond的时候,在使用grow 的时候不知道为什么非键的原子未被增加,请问这个问题怎么解决啊? 答:grow 只会将已经存在的并且成键的原子向外延伸,非键的原子当然就不会增加了. 如果要非键原子一同产生的话可以用 fill功能.diamond画图如何只长几个分子我用diamond画图,是多核的配合物,我想只长出几个分子,怎样可以实现呢,如果把一个晶胞都填充了再删好像很麻烦啊. 答:用 GET MOLECULES 命令就可以做到. 答:你的如果不是多核应该很好画的,选中任意一个原子,按住 ctrl+alt+S 就可以长出该原子附件的所有原子,叙述不大清楚,楼主试试就可以吧. 答:选中一原子--build---fixed spheres--设置数值. 如何改变背景颜色背景色是黑色怎么变成白色啊? 答:在 picture-layout-background 里,也可以刚进去软件时设置. 用diamond输出黑白图因为投稿彩图收费的问题,所以我打算用黑白图画晶体,可是我只会画彩图,不知道怎么弄成黑白的,请高手指点,不胜感激! 答:这个问题很好解决.你将Diamond图片贴到Word 里后,在设置对象格式里将图片颜色设为灰度就可以了. 答:你也可以在用Diamond绘图时就把它绘成灰白的,因为原子的颜色等在Diamond第 10页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦里是可以调整的. 37. 用diamond计算MOF 微孔得到一个MOF,但不知道怎么算孔有多大? 答:孔隙率还是孔直径?孔隙率的话用 PLATON 算,孔直径的话就直接量距离再减范德华半径. 38.diamond的legend问题在diamond中如何把右下角legend中图中没有的原子隐藏起来而只显示图中有的原子. 答:这个没法隐藏的,不过你可以在 Structure/Atomic Parameters 对话框里将你不需要的原子删除, 然后再绘图就可以了. 还有一个办法就是做好图后在 Build/Atom Groups 对话框中将你计划要隐藏的原子Assign 给其它原子就可以了. 答:可以隐藏,在编辑 legend 里面最下面的 Select 里,将需要隐藏的原子勾掉就可以了. 答:把鼠标放在 legend 上面.点右键,弹出对话框,在 display 前的筐子里的钩子去掉即可. 第 11 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 39. 请问怎样在diamond里面看配位数我的理解是这样的,把某目标原子的配位多面体做出来,查顶点个数就行了.但是在diamond里面,做配位多面体的自由度很大,我可以设定配位多面体顶点与目标原子的最大距离,这样一来配位多面体就很主观了,我不知道这个问题怎么办? 答:你应该现在 Build/Connectivity 调整键长,然后再做多面体就可以了. 答:这就要依据你的金属原子和配位原子之间的键长了,一般的金属(如主族金属,过渡金属,稀土金属)与常见的配位原子(O 和 N)之间的键长都不超过 3.0.有的文章即使报道超过 3.0 的也不称之为键长, 而是叫做弱作用. 这种弱作用也可以参与多面体的形成.个人意见,仅供参考. 40. Diamond 3 里面如何画示意箭头Diamond 3 里面如何画示意箭头答:我都是先画好图再在 PPT 里加的. 答:画好后,转为 .tif 文件后用画图软件添加. 41. Diamond中晶胞的白线如何去除Diamond中晶胞的白线如何去除答:Build/Destroy/All Cell Edges. 答:可以在快截菜单栏点那个 X,然后选择 cell edge. 42. 求助-如何在diamond中画C-H...π相互作用图急求助高手指点,如何在diamond中画C-H...π相互作用图啊,非常感谢! 答: 你先找到芳香环的中心并给出一个 dummy,然后连接 H 与dummy, 再把 dummy 设置为 invisible 就行了. 43. diamond和XP画图及处理图片问题用diamond和Xp画图画完图后,大家用什么方法处理成符合发表要求的图片的?我们是画完图后存成.bmp格式(diamond画图时) ,然后用HyperSnap-DX 5(一种截图软件) 将图片截出来,再直接复制到word文档中,可是这样处理的图像虽然看起来很清楚, 但是打印出来的图像质量很不好(虚) ,请教一下高手,怎么处理才能使打印出来的图像不虚? 答:diamond可以调分辨率的同时我们一般保存为tif 不要bmp 不知道别人如何. 答:直接在 pdf 中截图贴进 word 也可以啊.要看杂志的,有的杂志要求你提供 pdf, 有的是 ps,tif,bmp 等不同的. 44. diamond里面的坐标我的diamond里面的坐标看不见了 , 我设置好的为什么看不见呢 , objects—— coordination system,但是还是看不见无论是在边上还是在中心,都看不见,郁闷. 答:在 objects-coordination system 里面将 X, Y 的值改一下,可能会找到. 第 12 页共 13 页小木虫Diamond软件问题集锦 45. 讨论一下Diamond ,XP以及Mercury中哪一个画出的图是真实的Diamond ,XP以及Mercury中哪一个画出的图是真实的,这个不太明白啊.大家来讨论一下吧!例如我的一个晶体数据用XP画时,显示高氯酸根中的氧原子与Cu之间有虚线连接(即弱的相互作用) ,而用Mercury看时高氯酸根中的氧原子与Cu则是之间连接了起来,当用Diamond画时单核的Cu则由高氯酸根中的氧原子连接成了一维的链,到底以哪一为准啊? 答:看一下距离吧~和经典键长对比下个人觉得以 xp 为准. 答: 主要是设置的键长不同画出来的结构就不同看一下 Cu 与 O 之间的距离再与经典键长比较看是否成键. 答:diamond的键长也是设置的,在编辑(edit)中就可以随意设置,你所说的问题是diamond默认的. 第 13 页共 13 页。