5种提取三七基因组+DNA+方法的比较
几种真菌DNA提取方法的比较

500bp
图 2 提取物 DNA 的扩增产物电泳图
3 讨论 实验发现直接从平板上刮菌丝的方法简单方便,
但是得率偏低,尤其是对于那些菌丝不发达的菌株,而 发酵虽然耗费点时间,但过滤得到的菌体既丰富又易 于研磨,DNA 产量很高。对于沉淀 DNA,异戊醇明显 优于无水乙醇,可以减少 DNA 的损耗。加 PVP(聚乙烯 吡咯烷酮)可减少酚类、醌类及丹宁类物质的影响 。 [9] DNA 提取过程中,最常见的问题是多糖和蛋白的污 染,CTAB 既能裂解细胞,又能有效地沉淀多糖,而适 量加点蛋白酶 K 则可去除蛋白质污染。如果想得到漂 亮的 DNA 条带,可以在检测前向 DNA 中加入适量的 蛋白酶 K,水浴一段时间,再检测,蛋白就会被消灭的 干干净净。CTAB 浓度以 3%为最佳,既能有效除去多 糖等杂质,又易于提纯时与 DNA 分开,不造成额外污 染。SDS 法操作简单、温和,也可提取到高分子量的 DNA,但所得到的产物含糖类杂质较多。
各样品吸取 5 μl 进行电泳,结果显示,三种方法都 可以获得目的 DNA,而且得率都挺高,分子量在 23 kb 左右。CTAB 法提取的 DNA 条带很亮,得率高,但有 降解现象。在提取 DNA 时,已经加入了 RNase 处理, 但是在琼脂糖凝胶的最前端具有明显的亮带,可能是 杂蛋白、DNA 碎片或未消化掉的 RNA。SDS 法提取的 DNA 条带也比较亮,而且也存在杂蛋白,但是完全可 以用于 PCR 扩增。改良的 CTAB 法提取的 DNA 条带 很亮,得率很高,而且凝胶前端的 DNA 碎片或 RNA 带 几乎没有,而且将提取与纯化合二为一,简化了步骤, 但同时也耗费最多。进一步用紫外分光光度计检测经 改良的 CTAB 法所提取的 DNA 质量,其 A /A 260 280比值在 1.80 左右,说明 DNA 纯度很高。
快速提取植物基因组DNA

4 种快速植物基因组DNA 提取方法比较:DNA 是从2 周龄水稻幼苗中提取。
(1)煮沸法:取50 mg 新鲜水稻叶片,剪碎至一干净1.5 mL 离心管中;加入200 μLTE Buffer,用细玻璃棒捣碎混匀;在沸水上煮10 min,冰浴10 min;于室温下13000 r/min 离心5 min;将上清储存在-20 ℃中。
(2)微波炉法:取50 mg 水稻叶片,剪碎至一干净1.5 mL 离心管中;在700 W 家用微波炉中高热处理5 min,加入100 μL TE Buffer,振荡,13000 r/min离心 5 min;将上清液储存在-20℃。
(3)碱处理法:取50 mg 水稻叶片,剪碎至一干净1.5 mL 离心管中;加入配好的NaOH 提取液[(Tris-HCL) = 100 mmol/L (pH8.0),c(NaOH) =300 mmol/L(TritonX-100)=0.3 %]用玻璃棒捣碎混匀,室温静置片刻后13000 r/min 离心3min。
4)TritonX-100 提取法:取50 mg 嫩叶片,剪碎至一干净1.5 mL 离心管中;加入200 μL 提取缓冲液[c (Tris-HCl) = 20 mmol/L (pH8.0),c (EDTA) =2mmol/L,c (TritonX-100) = 1.2 %]用细玻璃棒捣碎混匀;65 ℃水浴15 min,13000r/min 离心5 min,将上清储存在-20 ℃。
每个方法做三次重复,分别用上清提取液进行电泳检测。
将提取所得的基因组DNA 用 1.5 %琼脂糖电泳分析,结果表明用试剂盒提取的基因组DNA 最完整,Triton X-100 提取法所得的基因组DNA 条带也较明亮,煮沸法、微波法和碱处理法没有基因组条带。
LAMP检测结果:碱处理法和微波处理法扩增出来的条带亮度低,可能是因为微波和碱破坏了基因组的完整性。
煮沸法和Triton X-100 提取法的检测效果最好,这与提取液的成分能很好的保护基因组的完整性有关,可用于现场LAMP 检测用模板DNA的快速制备。
三七根部总 RNA 不同提取方法的比较

三七根部总 RNA 不同提取方法的比较郑锐东;姚啟聪;廖鹏;吴漫晔【摘要】In order to obtain efficient extraction method and high quality RNA from P .pseudoginseng root,Comparison of Trizol method,CTAB method,modified Trizol method and isolation kit method for total RNA extraction from root of P .pseudoginseng was conducted.Results:The four methods were of various extraction effects,of which,the modified Trizol method with 2.00 OD260/OD280 ,1.90 OD260/OD230 ,1.9 28S∶ 18S,7.4 RIN,386 μg/μL mass concentration was the best.The other three m ethods easily lead to sample degradation or saltion residues.Conclusion:The modified Trizol method is an efficient extraction method of RNA fromP .pseudoginseng root.%为探明三七根部总 RNA 的最佳提取方法,获取高质量RNA,选取三七根部为材料,比较 Tr-izol 试剂法、CTAB 法、改良 Trizol 法和试剂盒法提取三七根部总 RNA 的质量。
结果表明:4种方法提取三七根部 RNA 效果不同,其中以改良 Trizol 法提取 RNA 的质量最高,其 RNA 的 OD260/OD280为2.00, OD260/OD230为1.90,28S∶18S 为1.9,RIN 值为7.4,质量浓度为386μg/μL。
几种提取植物DNA方法的比较

韩玉杰 1 ,贾炜珑 2 ,王自霞 1 ,周小梅 1
(1. 山西大学生命科学与技术学院 ,山西 太原 030006; 2. 天津大学化学系 ,天津 300072)
提取液 (100 mmol/L Tris - HC l, 1. 4 mol/L NaCl, 次抽提 ,离心 ,乙醇沉淀 ,吹干后加 TE溶解 。
20 mmol/L EDTA , 10 mmol/L β - 巯基乙醇 , 2% 1. 3 检测方法
CTAB , pH 8. 0) ,摇匀 , 65℃保温 20 m in,加入等
Com par ison of M ethods in D NA Extraction from Plan ts
HAN Yu2jie1 , J IA W ei2long2 ,W ang Zi2xia1 , ZHOU X iao2m ei1
( 1. S chool of L ife S cience and Technology, S hanxi U n iversity, Ta iyuan 030006, Ch ina; 2. D epa rtm en t of Chem istry, T ian jin U n iversity, T ian jin 300072, Ch ina)
表 1 用于提取 DNA的植物叶片 7种不同处理方式
玉米 (处理编号 )
1 2 3 4 5 6 7
草 (处理编号 )
8 9 10 11 12 13 14
处理方法
鲜样 微波炉内 ,中火 5~8 m in
室温下自然干燥 2周 烘箱内 105℃干燥 20 m in,然后 45℃烘箱干燥 12 h 烘箱内 105℃干燥 20 m in,然后 65℃烘箱干燥 8 h 烘箱内 105℃干燥 20 m in,然后 85℃烘箱干燥 8 h
植物基因组DNA提取技术

EDTA螯合Mg2+离子或Mn2+离子,抑制DNase活性;
NaCl 提供一个高盐环境,使DNP充分溶解,存在于液相中; CTAB溶解细胞膜,并结合核酸,使核酸便于分离;
β-巯基乙醇是抗氧化剂,有效地防止酚氧化成醌,避免褐变
使酚容易去除。
CTAB提取缓冲液的改进配方
PVP(聚乙烯吡咯烷酮)是酚的络合物,能与
问题解析
DNA提取常见问题
问题三:DNA提取量少。 原 因
1.
实验材料不佳或量少
1.
ห้องสมุดไป่ตู้
尽量选用新鲜(幼嫩) 的材料
2.
3. 4.
破壁或裂解不充分
吸附或沉淀不完全 洗涤时DNA丢失
对 策
2.
3.
植物要匀浆研磨充分
增加吸附的时间,或低 温沉淀
4.
小心操作
琼脂糖是一种线性多糖聚合物。 浓度越高,孔隙越小,其分辨能力就越强。
作业
紫外仪上观察电泳带及其位置。 绘制核酸电泳示意图。
思考
1. 结合原理 ,简述 CTAB 法分离 提取植物总DNA的基本过程。 2. 为了获得高质量的植物总 DNA , 在分离提取过程中应注意那 些问题?
实验一 植物基因组DNA的提取
DNA extraction
农业生物学实验教学中心
DNA是遗传信息的载体,是最重
要的生物信息分子,是分子生物学
研究的主要对象。为了进行测序、
杂交和基因的表达,获得高分子量
和高纯度的DNA是非常重要的前提。
背景知识
DNA的存在形式
与蛋白质结合在一起以核蛋白(DNP)的形式存在。 在制备核酸时通常破坏细胞壁及细胞膜来使核蛋 白释放出来。 植物总DNA包括细胞核DNA和细胞核外DNA,前者存 在于细胞核内,后者存在于细胞质中有半自主性 复制活性的细胞器内,例如线粒体DNA(mtDNA)和 叶绿体DNA(ctDNA)。
基因组DNA提取方法

1 快速微量提取法A.取1.5ml菌体培养物于一灭菌Ep管中,12000rpm离心1min, 丢去上清夜,收集菌体。
B.加入400ul裂解液(40mMTris-醋酸,20mM醋酸钠,1mMEDTA,1%SDS,pH7.8)混匀,置于37oC水浴1hr。
C.然后加入200ul5mol/L的氯化钠溶液,混匀后于13000rpm离心15min。
D.取上清液,用苯酚抽提2次,氯仿抽提1次。
E.加两倍体积无水乙醇,1/10体积醋酸钾(3M ,pH8.0),-20度保存1小时后, 13000rpm离心15min,弃上清液,沉淀用70%乙醇洗2次;置于室温干燥后,溶于50ulTE 溶液中,置4oC保存备用。
2 蛋白酶/SDS法制备先用10ml含适当抗生素的GBM过夜培养Delftia sp.,第二天4000rpm离心10min收集菌体,用Washing TE (50mmol/LTris-HClpH8.0,10mmol/LEDTA pH8.0)洗菌体2次,之后将菌体充分悬浮在5ml 1×TE缓冲液中,先后加入0.5ml 5mg/L的蛋白酶、0.5ml 10% SDS,轻轻混匀后50℃放置3h~5h,接着用等体积的Tris饱和苯酚抽提2次,苯酚/氯仿/异戊醇抽提一次,氯仿抽提一次后,乙醇沉淀DNA,用自动移液器吸管头将絮状DNA沉淀块吸附到Ep管中, 70%乙醇洗2次,干燥后溶于适当1×TE或ddH2O中。
3 1) 细菌培养:细菌接种于5ml 液体培养基中,37℃摇床(300rpm)培养过液。
2) 细菌收集:取1ml培养物于1.5ml EP 管中,室温8000rpm离心5min,弃上清,沉淀重新悬浮于1ml TE(pH8.0)中(用ddH2O 也行)。
3) 菌体裂解:加入6μl50mg/ml的溶菌酶,37℃作用2h。
再加2mol/LNaCl50μl, 10%SDS 110μl,20mg/ml 的蛋白酶K 3μl,50℃作用3h或37℃过夜。
几种药用植物DNA提取与纯化方法的比较

6.Worthington —K irsch RL ,Popky G L ,Hutchins FL J r.Uterinearterial embloization for the mangement of leiomy 2omas :quality —of —life assessment and clinical response.Radi 2ology ,1998,208:625—6297.Stancato —Pasik A ,Mitty HA ,Richard HM ,et al.obstetricembolotherapy :effect on menses and pregnancy.Ra 2diology ,1997,204:791—793.8.陈君辉,胡大武,段天红,等.子宫肌瘤介入治疗临床疗效观察.中华放射学杂志,2001,35(5):334—336.9.Ravina J H ,Bouret J M ,Ciraru —Vigneron N ,et al.Re 2course to particular arterial embolization in the treatment of some uterine leiomyoma.Bull Acad Natl Med (French ),1997,181:233—246.(收稿日期2002-05-21)几种药用植物DNA 提取与纯化方法的比较李 军 陕西中医学院生化教研室 (712083)郭晏海 第四军医大学全军基因诊断技术研究所 (710032)党 琳 陕西中医学院生化教研室 (712083)提 要 目的:优化适于中医学院实验室条件下开展药用植物DNA 提取与纯化的实验方法。
方法:①标准操作,②优化简易操作,③wizad TM clean -up system 试剂盒方法。
结果与讨论:优化简易操作省时、经济、易操作。
关键词 DNA 提取;纯化;实验方法中图分类号:R446 R281.4 文献标识码:B DNA 的分离纯化是分子生物学操作中的重要步骤,同样也是药用动植物分子诊断技术中的关键环节。
各种DNA提取方法

各种DNA提取方法提取方法提取方法提取方法一,基因组DNA提取方法制备基因组DNA是进行基因结构和功能研究的重要步骤,通常要求得到的片段的长度不小于100-200kb。
在DNA提取过程中应尽量避免使DNA断裂和降解的各种因素,以保证DNA的完整性,为后续的实验打下基础。
主要是CTAB方法,其他的方法还有1物理方式:玻璃珠法超声波法研磨法冻融法。
2化学方式:异硫氰酸胍法碱裂解法3生物方式:酶法。
根据核酸分离纯化方式的不同有:硅质材料、阴离子交换树脂等试验步骤:1、贴壁细胞用胰酶消化,离心收集。
2、细胞重悬于冰冷的PBS漂洗一次,离心收集。
试验步骤2再重新作一边。
3、加入5mlDNA提取缓冲液,(10mmol/LTris-cl0.1mol/LEDTAo.5%SDS)混匀。
4、加入25ul 蛋白酶K使终浓度达到100ug/ml 混匀,50℃水浴3h 5、用等体积的酚抽提一次,2500rpm离心收集水相,用等体积的(酚,氯仿,异戊醇)混合物抽提一次,2500r/min离心收集水相6、用等体积的氯仿,异戊醇抽提一次。
加入等体积的5mol/L的LiCL混匀,冰浴,10min.。
7、2500rpm离心10min.转上清于一离心管中。
加入等体积的异丙醇。
室温10min。
2500rpm离心10min。
弃上清。
8、加入0.1倍体积3mol/L乙酸钠(PH5.2)与2倍体积-20℃预冷无水乙醇。
-20℃20min。
9、12000r/min室温离心5min。
弃上清。
将DNA溶于适量TE中。
二,外周血DNA提取技术分离外周血白细胞提取方法:试验步骤:1、取人肘静脉血5ml,EDTA抗凝,2500rpm 离心10min。
2、小心吸取上层血浆,分装到3个0.5ml 离心管中。
3、在血细胞中加入3倍体积的溶血液,摇匀,冰浴15min。
4、2500rpm离心10min,弃上清。
5、加入10ml 溶血液,摇匀,冰浴15min。
6、3000rpm离心10min,弃上清。
三七几种后熟处理方式和DNA提取方式比较

三七几种后熟处理方式和DNA提取方式比较孙正海;唐军荣;辛培尧;黎林梅【期刊名称】《江苏农业科学》【年(卷),期】2011(039)006【摘要】为建立三七种子后熟处理和DNA提取技术体系,分别以种子活性、DNA 纯度、浓度和提取时间为指标,比较了三七3种后熟处理方式(昆明冬季常温处理、4℃冰箱内低温处理和昆明冬季沙埋处理)和4种DNA提取方式(改良CTAB法Ⅰ、改良CTAB法Ⅱ、改良CTAB法Ⅲ和改良SDS法)的效果.结果发现,3种后熟处理方式中昆明冬季沙埋处理效果最好,处理后具有活力种子占90%;4种DNA提取方式都可以提取三七基因组DNA,其中,改良CTAB法Ⅰ提取三七DNA纯度较好,浓度较高,所需时间最短,在4种方式中综合效果最好.【总页数】3页(P57-59)【作者】孙正海;唐军荣;辛培尧;黎林梅【作者单位】西南林业大学西南山地森林资源保育与利用省部共建教育部重点实验室,云南昆明650224;西南林业大学国家林业局西南地区生物多样性保育重点实验室,云南昆明650224;西南林业大学国家林业局西南地区生物多样性保育重点实验室,云南昆明650224;西南林业大学西南山地森林资源保育与利用省部共建教育部重点实验室,云南昆明650224;西南林业大学国家林业局西南地区生物多样性保育重点实验室,云南昆明650224;西南林业大学西南山地森林资源保育与利用省部共建教育部重点实验室,云南昆明650224【正文语种】中文【中图分类】Q781【相关文献】1.几种常见的湿陷性黄土地基处理方式的比较 [J], 郭盛2.几种软基处理方式的比较 [J], 郭侠3.放射免疫分析中几种数据处理方式的比较 [J], 李滨4.非平行坐标系统图形的几种处理方式比较 [J], 邱全富5.茶多酚几种不同提取方式的比较 [J], 喻祖文因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
一种基于二代测序的三七鉴定

一种基于二代测序的三七鉴定
基于二代测序的三七鉴定是一种利用高通量测序技术对三七样品进行遗传分析和DNA指纹鉴定的方法。
三七是一种中国传统草药,具有重要的药用价值。
然而,随着市场需求的增加,三七的质量问题也日益突出。
传统的三七鉴定方法通常依赖于形态学、化学成分分析等手段,但存在复杂、耗时、易受操作者主观因素等问题。
基于二代测序的三七鉴定方法可以通过分析三七样品的DNA序列来确定其遗传特征,
实现对三七的快速、准确鉴定。
基于二代测序的三七鉴定方法主要包括以下几个步骤:
1. 样品采集和DNA提取:从三七样品中采集组织或细胞样品,并提取样品中的DNA。
2. DNA文库构建:将提取的DNA样品进行文库构建,即将DNA片段连接到测序适配体上。
3. 测序:将构建好的DNA文库进行高通量测序,通常采用Illumina公司的测序平台。
4. 数据分析:对测序得到的数据进行质控、数据清洗和序列比对等分析。
5. 鉴定和验证:根据数据分析的结果,比对样品的DNA序列
和已知的三七遗传信息进行比较,确定样品的品种和真实性。
基于二代测序的三七鉴定方法具有高通量、高灵敏度、高分辨率等优点,可以快速准确地鉴定三七样品的真实性和品种,对于保证三七质量和市场秩序具有重要的意义。
然而,该方法也存在着测序数据处理和解读的挑战,需要进一步的研究和优化。
中药材景天三七DNA提取方法的比较分析

中药材景天三七DNA提取方法的比较分析作者:刘丽华 杜建梅 冯宝珍来源:《江苏农业科学》2014年第12期摘要:以景天三七药材为材料,分别采用改良CTAB法、SDS法、高盐低pH法对其DNA进行提取并检测,旨在建立一种适合中药材景天三七的DNA提取方法。
结果表明,改良CTAB法提取的DNA浓度为290 μg/mL,电泳条带最亮,无拖尾现象,在浓度和纯度方面均优于其他2种方法,并可用于ISSR-CR扩增,改良CTAB法是中药材景天三七DNA提取的最佳方法。
关键词:中药材;景天三七;DNA提取;改良CTAB法;SDS法;高盐低pH法中图分类号: S5672360文献标志码: A文章编号:002-302(204)2-0047-03目前,分子生物学技术在中药材研究中广泛应用,如药用植物的亲缘与进化关系、种质鉴定、分类和提取[-3]等,而DNA的分离纯化是中药材分子生物学研究的基础。
但商品药材经过干燥、加工、贮藏等过程,DNA会出现不同程度的降解;同时,由于中药材中的小分子次生物质,如有机酸、萜类、香豆素、鞣质、黄酮等含酚羟基化合物,氧化后容易与DNA结合,[2]引起DNA降解,而其中存在的多糖由于与DNA同属于大分子化合物,在一般提取过程中很难完全去除,因此,针对不同药材进行DNA 提取方法的探索是有必要的。
所以,本研究以市售景天三七(Sedum aizoon L)干品药材和新鲜嫩叶为材料,采用改良CTAB法、SDS法、高盐低pH法提取干品景天三七DNA,并对3种提取结果进行比较分析,选出适合中药材景天三七的简便、快速、高纯度的DNA提取方法,为中药材景天三七的遗传多样性、种质鉴定等分子水平的研究提供依据。
材料与方法材料中药材景天三七购自同仁堂药店,嫩叶取自运城学院栽种的中药材景天三七。
2试剂CTAB、SDS、V、NaCl、Tris-HCl(pH值80)、EDTA、KAc、Tris饱和酚、β-巯基乙醇、异戊醇、异丙醇购自北京拜尔迪生物技术有限公司,RNase、rimer UBC89、 Taq聚合酶等试剂均购自上海生工生物工程技术有限公司。
植物基因组DNA的提取及分析

CTAB法提取植物基因组DNA原理这种方法是由Murray 和Thompson(1980)修改而成的简便方法。
CTAB是一种去污剂,可溶解细胞膜,它能与核酸形成复合物,在高盐溶液中((0.7 mol/L NaCl)是可溶的,当降低溶液盐浓度到一定程度(0.3 mol/L NaCl)时,从溶液中沉淀,通过离心就可将CTAB-核酸的复合物与蛋白、多糖类物质分开。
最后通过乙醇或异丙醇沉淀DNA,而CTAB 溶于乙醇或异丙醇而除去。
(1) 2×CTAB溶液CTAB(W/V)2%Tris-HCl 100mmol/L(pH8.0)EDTA 20mmol/L (pH8.0)NaCl 1.4mol/LPVP 1%灭菌备用。
没灭菌前呈粘稠状,CTAB灭菌后变成清亮的溶液。
(2) 氯仿/异戊醇(24:1)(3) RNaseA 10mg/ml(不用)(4)乙醇或异丙醇(5)β-巯基乙醇(6) 70%乙醇操作程序⏹1.在2mL离心管中,加入500μl的2×CTAB, 65℃预热,用前加入20 μl β-巯基乙醇。
⏹2.嫩的组织材料1-2g,用蒸馏水冲洗干净,再用灭菌ddH2O冲洗2次,放入经液氮预冷的研钵中,加入液氮研磨至粉末状,用干净的灭菌不锈钢勺转移粉末到预热的离心管中,总体积达到1mL混匀后置65℃水浴中保温45-60min,并不时轻轻转动试管。
⏹注:冻存材料直接研磨,绝对不能化冻。
而且粉末应在化冻前转移,否则内源性DNase有可能降解基因组DNA。
⏹3.加等体积的氯仿/异戊醇,轻轻地颠倒混匀,室温下10 000rpm离心10 min,移上清至另一新管中。
4.加入2倍体积的100%乙醇或0.7倍体积异丙醇,会出现絮状沉淀,-20℃放置30 min 或-80℃放置10min ,12 000rpm 离心10-15min 回收DNA 沉淀。
⏹ 5.用70%乙醇清洗沉淀两次,吹干后溶于适量的灭菌ddH2O 或TE 缓冲液中⏹ 6.0.8%琼脂糖凝胶电泳检测基因组DNA 的完整性。
植物DNA的提取的几种有效方法

植物DNA的CTAB提取法:1 称取新鲜叶片2-3g,剪碎放入研钵中,在液氮中研磨成粉末。
2 将粉末转移到的加有7ml经预热的1 5×CTAB提取缓冲液15ml离心管中,迅速混匀后置于65℃水浴中,温育30min。
3 取出离心管,冷却至室温,加入氯仿/异戊醇(24:1),充分混匀,室温下2300×g离心20min。
4 将上清转移至另一新的15ml离心管中,加入1/10体积10%的CTAB和等体积的氯仿/异戊醇。
充分混匀,2300×g离心20min。
5 转移上清至另一新的15ml离心管中,加入等体积1%的CTAB沉淀缓冲液,轻轻摇晃至形成DNA絮状沉淀。
1000×g离心10min,使DNA沉淀于管底。
6 加入1 5-2ml的1mol/LNaCl及5μlRNase置于56℃水浴中过夜。
待DNA完全溶解后,加2-3ml4℃预冷的95%的冰乙醇使DNA沉淀,挑出DNA,置于1 5ml离心管中,用70%乙醇清洗30min,用离心机甩5s,倒出70%乙醇,再用95%乙醇浸泡5min,倒出95%乙醇,在超净工作台上吹干。
7 将风干的DNA直接在4℃保存备用或溶于100μlTE溶液中于-20℃保存。
植物DNA的SDS提取法:1 取2-3g新鲜叶片,在液氮中研磨成粉状(防止溶化)后转入15ml离心管中。
2 加入5ml于65℃预热的提取缓冲液,65℃水浴保温30min(摇动数次),使提取液与样品充分混合。
3 加入2ml5mol/LKAc,剧烈振荡,冰浴保温20min以上。
4 2700×g离心20min,将上清液倒入新的15ml离心管中,(若提取DNA用于Southern等实验,一般在转移上清时加滤膜,防止样品残渣混入,可保证DNA纯度)。
5 加入4ml氯仿/异戊醇(24∶1),摇匀,平衡,2700×g离心15min。
6 在另一新的15ml离心管中加入5ml预冷的异丙醇,将上清液用移液枪转入此管,在-20℃冷却30min以上。
中药材景天三七 DNA 提取方法的比较分析
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中药材景天三七 DNA 提取方法的比较分析
刘丽华;杜建梅;冯宝珍
【期刊名称】《江苏农业科学》
【年(卷),期】2014(000)012
【摘要】以景天三七药材为材料,分别采用改良CTAB法、SDS法、高盐低pH
法对其DNA进行提取并检测,旨在建立一种适合中药材景天三七的DNA提取方法。
结果表明,改良CTAB法提取的DNA浓度为290μg/mL,电泳条带最亮,无拖尾现象,在浓度和纯度方面均优于其他2种方法,并可用于ISSR-PCR扩增,改良CTAB法是中药材景天三七DNA提取的最佳方法。
【总页数】3页(P47-49)
【作者】刘丽华;杜建梅;冯宝珍
【作者单位】运城学院生命科学系,山西运城,044000;南京师范大学生命科学学院,江苏南京210023;运城学院生命科学系,山西运城,044000
【正文语种】中文
【中图分类】S567.23+6.01
【相关文献】
1.中药材地龙DNA提取方法的比较分析 [J], 吕国庆;姬可平;牛宪立;梅露露
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4.枳壳类中药材干燥果实DNA提取方法的优化实验设计 [J], 李明娟; 黄嬛; 金莉; 金佩芬; 黄越燕; 丁宝月
5.适合中药材DNA条形码分析的DNA提取方法的研究 [J], 段中岗;黄琼林;杨锦芬;刁玲武;詹若挺;何瑞;徐晖;严萍;陈蔚文
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法医实验室几种常用DNA提取方法及比较

法医实验室几种常用DNA提取方法及比较(一)Chelex100法原理:Chelex100是一种螯合树脂,由苯乙烯、二乙烯苯共聚体组成,含有成对的亚氨基二乙酸盐离子,起着螯合基团作用,对多价金属离子有极强亲和力。
在低离子强度、碱性及100℃煮沸条件下,可以使细胞膜裂解,并使与DNA结合的蛋白质变性,DNA游离。
检材基质中一般含有大量金属离子,在低离子强度及加热条件下,金属离子可以辅助脱氧核糖核酸酶降解DNA,也可以抑制PCR反应,所以在提取DNA时,加入Chelex100,螯合了金属离子,防止了DNA降解,提高了PCR扩增成功率。
方法:剪取适量血斑、精斑、汗斑、鼻涕斑、指甲、毛根、软组织等等生物检材,置于0.5ml 离心管内,加入适量纯水,室温浸泡,13,000rpm离心5min,上清丢弃,管底留约20μl左右液体及检材基质,加入100-200μl 5%Chelex100(有时需加适量PK)56℃15min至数10小时不等,100℃8min,13,000rpm离心5mim,上清备用。
评述:Chelex100法已经成为DNA提取的基本方法,Chelex100法是万能的。
目前,我们一切纯化方法都在Chelex100法的基础上进行,Chelex100法又不是万能的。
Chelex100法提取前的检材清洗非常重要,因为现场检材往往均较脏,脏东西可以抑制PCR 反应,所以往往不止清洗一次,清洗检材时可能损失部分DNA。
所以应平衡清洗抑制剂与损失DNA之间的关系。
特别强调清洗时应“把根留住”,很多情况下已知样本DNA检验失败的原因是把根没有留住。
DNA检验时还有另外一句名言:“一个萝卜一个坑”,防止混乱检材。
肝素抑制PCR反应,血红素抑制PCR反应,所以长时的浸泡、多次清洗往往可能洗除肝素及血红素。
在已知样本多次无检验结果疑为肝素抗凝的情况下,多洗是检验成功所必须的。
血红素对普通Taq酶的抑制作用是明显的,而目前mtDNA扩增一般用普通Taq酶,所以同一样品除进行STR检验外尚需进行mtDNA检测时,尽量去除干净血红素,显得尤为重要。
基因组dna提取方法

基因组dna提取方法一、基因组DNA提取的重要性1.1 这基因组DNA啊,那可就像是生物的密码本一样。
不管是研究生物的遗传特性,还是探寻疾病的根源,都离不开它。
就好比我们要了解一个宝藏的秘密,这基因组DNA就是那把关键的钥匙。
没有它,很多生物研究就像是在黑暗中摸索,找不到方向。
1.2 从微生物到高等动植物,基因组DNA提取都是基础中的基础。
就像盖房子打地基,要是地基没打好,这房子怎么能稳稳当当盖起来呢?在生物学这个大厦里,基因组DNA提取就是那坚实的地基。
二、常见的基因组DNA提取方法2.1 酚氯仿抽提法这酚氯仿抽提法啊,算是经典的老办法了。
它就像一个经验丰富的老工匠的手艺,虽然有点老派,但很可靠。
这个方法呢,是利用酚和氯仿对蛋白质和DNA不同的溶解性。
蛋白质在酚和氯仿里溶解度大,DNA呢,在水相里。
就像是油和水不相溶一样,把它们分开。
不过这方法也有点麻烦,就像走一条弯弯绕绕的小路,要小心操作,不然很容易把DNA搞坏了。
而且酚和氯仿那味道可不好闻,就像走进了一个化学药剂仓库,刺鼻得很。
2.2 离心柱法离心柱法就像是一个高效的小助手。
它有专门的离心柱,就像一个个小筛子。
DNA能被吸附在柱子上,而杂质就被过滤掉了。
这方法简单快捷,就像坐直达电梯一样,能很快得到比较纯净的DNA。
但是呢,这离心柱可不便宜,就像买一件高档的衣服,成本有点高。
对于一些经费紧张的实验室来说,就有点捉襟见肘了。
2.3 磁珠法磁珠法那可是比较新颖的方法。
磁珠就像一个个小磁铁,能特异性地吸附DNA。
操作的时候,就像变魔术一样,通过磁场把磁珠和DNA复合物分离出来。
这个方法自动化程度比较高,就像开着自动驾驶汽车一样轻松。
不过这磁珠的质量参差不齐,要是买到不好的磁珠,那就像买到了假冒伪劣产品,提取的效果就大打折扣了。
三、提取过程中的注意事项3.1 样本的选择与处理样本就像原材料,要是原材料不好,那成品肯定也好不到哪里去。
在选择样本的时候,一定要新鲜、完整。
基因组dna提取的常用方法及原理

基因组dna提取的常用方法及原理嘿,咱今儿就来唠唠基因组 DNA 提取的那些常用法子和原理呀!你想想看,这 DNA 就像是生命的密码本,要想解开生命的奥秘,就得先把它给弄出来呀。
那咋弄呢?先来说说酚氯仿提取法吧。
这就好比是一场精细的筛选过程,酚和氯仿就像两个厉害的卫士,能把蛋白质啊啥的杂质给赶跑,只留下纯净的 DNA。
就好像在一堆杂物里,精准地挑出我们想要的宝贝一样。
这个方法虽然经典,但操作起来可得小心点,毕竟酚和氯仿可不是好惹的主儿呢!还有盐析法,这就像是用魔法盐把 DNA 给召唤出来。
通过调节盐的浓度,让 DNA 乖乖现身。
就好像是给 DNA 施了个魔法咒语,让它不得不现身一样。
简单又实用,是不是挺有意思的?再讲讲试剂盒法呀。
这就像是有了一个专门的工具包,里面啥都准备好了,你只要按照步骤来操作就行。
多方便呀,不用自己去操心各种试剂的调配啥的,就跟搭积木似的,一块一块往上垒,最后就能得到我们想要的 DNA 啦。
那这些方法的原理到底是啥呢?其实就是利用 DNA 和其他物质的不同性质呀。
DNA 有它独特的特点,咱就根据这些特点来想办法把它弄出来。
就好像是知道了一个人的喜好,然后根据这个喜好去接近他一样。
提取基因组 DNA 可不是件容易的事儿啊,得有耐心,还得细心。
就跟绣花似的,一针一线都不能马虎。
要是不小心出了差错,那可就前功尽弃啦!你说,这小小的 DNA 里藏着多少秘密呀?我们提取它,就是为了能更好地了解生命的奥秘。
这就像是打开了一扇通往未知世界的大门,里面充满了惊喜和挑战。
在这个过程中,我们不断探索,不断尝试。
每一次的成功提取,都像是攻克了一座小山峰,那种成就感,真的是没法形容。
所以啊,好好了解这些常用方法和原理,才能在提取 DNA 的道路上越走越远,才能解开更多生命的谜团呀!咱可不能小瞧了这基因组DNA 提取,它可是科学研究的重要基石呢!你说是不是这个理儿?。
5种提取三七基因组 DNA 方法的比较

5种提取三七基因组 DNA 方法的比较白雪嵩;赵昶灵;陈中坚;翁晨;王文亚【摘要】用高盐低pH值法、尿素法、CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法、SDS (十二烷基磺酸钠)法、PVP(聚乙烯吡咯烷酮)法提取一年生三七叶的基因组DNA,用紫外分光光度法测定提取的DNA浓度,用琼脂糖凝胶电泳法测定提取的DNA质量。
结果表明:用 CTAB 法提取的基因组 DNA 含量、得率最高,分别为41.4343~43.2336μg/mL、114.8295~127.2824μg/g,且D260nm/D280 nm均在标准值范围内,D260 nm/D230 nm小于1.9,有RNA污染;SDS法、PVP法、尿素法也可以提取基因组DNA,但含量较低;高盐低pH值法提取的DNA浓度最低,电泳图基本看不到明显条带。
将这5种方法进行对比,最终确定CTAB法为三七基因组DNA的最佳提取方法。
【期刊名称】《江苏农业科学》【年(卷),期】2014(000)005【总页数】3页(P54-56)【关键词】三七;基因组DNA;提取方法;比较【作者】白雪嵩;赵昶灵;陈中坚;翁晨;王文亚【作者单位】云南农业大学农学与生物技术学院,云南昆明 650201;云南农业大学农学与生物技术学院,云南昆明650201;云南省文山市苗乡三七实业有限公司,云南文山 663000;云南农业大学农学与生物技术学院,云南昆明 650201;云南农业大学农学与生物技术学院,云南昆明 650201【正文语种】中文【中图分类】S567.23+6.01三七(Panax notoginseng)别称田七、金不换,为五加科人参属植物,《本草纲目拾遗》中记载:“人参补气第一,三七补血第一,味同而功亦等,故称人参三七,为中药之最珍贵者”,可见三七是一种重要而名贵的药材[1],扬名中外的中成药“云南白药”和“片仔癀”即以三七为主要原料制成。
三七味甘、微苦,性温,归肝、肾经,具有止血、散瘀、消肿、止痛等功效。
dna的提取方法

dna的提取方法DNA(脱氧核糖核酸)的提取方法是分子生物学研究中的重要步骤之一。
DNA提取是指从生物样品中分离纯净的DNA分子,以便进行后续的实验操作。
本文将介绍几种常用的DNA提取方法,包括传统的酚-氯仿法、盐法和商业化DNA提取试剂盒法。
一、酚-氯仿法酚-氯仿法是最早被广泛应用的DNA提取方法之一。
其原理是利用酚和氯仿两种溶剂的密度差异,将DNA从其他细胞成分中分离出来。
具体步骤如下:1. 取样品,如血液、组织或细胞。
2. 加入细胞裂解缓冲液,使细胞破裂释放DNA。
3. 加入酚-氯仿混合液,混合均匀。
4. 离心分离混合液,得到上清液和有机相。
5. 通过酚-氯仿提取法分离DNA。
二、盐法盐法是一种简单且经济的DNA提取方法,适用于提取小样本量的DNA。
其原理是利用DNA在高浓度盐溶液中的溶解特性,将DNA 分离出来。
具体步骤如下:1. 取样品,如口腔拭子、唾液或头发。
2. 加入盐溶液,使DNA溶解。
3. 加入冷酒精,使DNA沉淀。
4. 离心分离上清液和DNA沉淀。
5. 通过盐法提取DNA。
三、商业化DNA提取试剂盒法商业化DNA提取试剂盒是现代科研实验室常用的DNA提取方法。
这种方法利用了特定试剂盒中的缓冲液、酶和离心管等配套设备,实现了高效、快速和稳定的DNA提取。
具体步骤如下:1. 根据试剂盒说明书,准备样本和试剂。
2. 加入细胞裂解缓冲液,使细胞破裂释放DNA。
3. 加入消化酶,去除蛋白质和RNA。
4. 加入洗涤缓冲液,洗涤DNA沉淀。
5. 加入洗涤缓冲液,洗涤DNA沉淀。
6. 加入洗涤缓冲液,洗涤DNA沉淀。
7. 通过商业化DNA提取试剂盒法提取DNA。
在实际应用中,选择何种DNA提取方法应根据实验目的、样本类型、样本数量和实验预算等因素进行合理选择。
以上介绍的酚-氯仿法、盐法和商业化DNA提取试剂盒法都是常用的DNA提取方法,具有各自的优缺点。
研究人员可以根据实际需求选择最适合的方法。
4种提取试剂对三七Y病毒RNA提取效果的比较

Ab s t r a c t :r I 1 1 e RNA e x t r a c t i o n e f i f c i e n c i e s o f t h r e e c o mme r c i l a k i t s a n d a mo d i i f e d CT AB me t h o d f o r Pa —
E— ma i l :x b@ y na u . e du .c n
I S S N 1 0 0 4—3 9 0 X ;C ODE N YNDXA X
D O I :1 0 . 3 9 6 9 / j . i s s n . 1 0 0 4— 3 9 0 X ( n ). 2 0 1 4 . 0 6 . 0 0 6
毒病 的三七 叶片为研究 对 象 ,选取 了 3种 商业 化 的 R N A提 取试 剂 盒 和优 化 的 C T A B总核 酸 提取 法 对 提取 P n V Y R N A的质 量 、操作 时间、使用成本 、R T - P C R扩增效 率及 D N A去除效果等方面进 行了 比较 。结果 表 明:
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PVP 法提取缓冲液:250 mmol /L NaCl,25 mmol /L EDTA,
DNA 得率( μg /g) =DNA 浓度( μg /mL) ×提取的 DNA
0.5% SDS,20 mmol /L Tris (pH 值 8.0)。
体积(mL) /材料质量(g) [11] 。
其他试剂:50 ×TAE 缓冲液;2.5 mol /L KAc,7.5 mol /L 1.4.3 琼脂糖凝胶电泳 称取 0.6 g 琼脂糖于 100 mL 锥形
研究工作。 E -mail:zhaoplumblossom7@163.com。
作为孑遗植物,三七中含有大量的酚类和黄酮类物质 ,因 此提取三七的基因组 DNA 具有一定难度,然而在三七的生理 生化、分子生物学研究中均需要提取基因组 DNA,因此开展 三七基因组 DNA 的提取研究具有重要意义。 目前,尚无三七 基因组 DNA 提取方法的研究报道,本试验研究了 5 种提取三 七基因组 DNA 的方法,以期为三七的科学贮藏及其基因组 DNA 的快速、有效提取提供技术支持。
反渗透纯水系统,DYY -12 型电泳仪,SYNGENE 凝胶成像分 梳子,凝固成胶(胶厚度不超过 0.5 cm),将制好的胶放入电
析系统,电子天平,微波炉,多头磁力加热搅拌器,数显恒温水 泳槽中点样。
浴锅,中科美菱 -80 ℃冰箱,伊莱克斯 -20 ℃冰箱。
分Байду номын сангаас取 6 μL DNA 样品、4 μL 6 ×Loading Buffer 混匀,在
0.7 mol /L NaCl,10 mmol /L EDTA ( pH 值 8.0 ),20 mmol /L 280 nm 处测定 DNA 的吸光度,计算 DNA 浓度:
β-ME,1% CTAB。 SDS 法提取缓冲液:500 mmol /L NaCl,500 mmol /L Tris
(pH 值 8.0 ), 50 mmol /L EDTA ( pH 值 8 0 ), 10 mmol /L β-ME。
7.536 3 7.386 5
DNA 得率 ( μg /g)
20.666 3 21.735 7
3
x ±s 尿素法 1
0.217 2 0.200 9
0.086 0.314
0 .156 0 .596
0.094 0.368
1.813 9 1.898 1
1.659 5 1.619 4
7.785 8 29.779 7
1.4.2 浓度、纯度及得率检测 取 50 μL 原液,加无菌水至 法、PVP 法、尿素法、高盐低 pH 值法,其中最低的 DNA 得率
3 mL 以稀释 60 倍,混匀后用分光光度计在波长 230、260、 在 20 μg /g 左右。
表 1 紫外分光光度法检测提取三七基因组 DNA 纯度比较
方法
高盐低 pH 值法
1 材料与方法
1.1 试验材料 试验所用的三七叶均采自云南省砚山县苗乡三七实业有
限公司科技园的苗圃(104.322 5°E,23.530 2°N)。 于 2013 年 7 月 13 日 16:35 从株高(10.475 ±2.008)cm、株间距(5.670 ± 1.382) cm、种植密度(423.200 ±15.296)m2 的三七试验地中 按“1 株 1 叶”的原则均匀采集一年生的三七叶,小心装入纱 布采样袋中直至装满。 系好标签牌并标注采集的编号、样品 名称和时间,然后小心放入液氮中保存 。
1.4 试验方法
0.6%琼脂糖凝胶上上样,在 1 ×TAE 电泳缓冲液中、8 V /cm
1.4.1 基因组 DNA 的提取 在进行试验前,先将试验用的 电压下电泳 1 h,电泳结束后,在凝胶成像系统上观察并拍照。
研钵、烧杯、玻璃棒、溶液进行高压灭菌。 用高盐低 pH 值法、 尿素 法、 CTAB 法、 SDS 法 和 PVP 法 提 取 三 七 叶 基 因 组
UV -1601 紫外 -可见分光光度计,DHG -9070A 型电热 约 1 ~2 min 至琼脂糖全部熔化,液体变透明,取出摇匀即得
恒温鼓风干燥箱,THERMO 冷冻高速离心机,BIO -RAD 核酸 0.6% 琼脂糖凝胶液。 待胶 冷却 到 60 ℃ 左 右, 加入 5 μL
蛋白仪,电热式压力蒸汽灭菌器,SANYO 制冰机,MILLIPORE DNA 染料 Goldview 混匀,倒入 14 cm ×6 cm 的胶板中,插入
重复
叶粉鲜质量 ( g)
1
0.218 8
2
0.203 9
D230 nm
0.082 0.078
D260 nm
0 .151 0 .148
D280 nm
0.085 0.089
D260 nm /D230 nm D260 nm /D280 nm
1.841 4 1.897 4
1.776 5 1.662 9
DNA 浓度 ( μg /mL)
植物基因组 DNA 的提取方法具有特殊性,提取难易程度 各不相同,主要影响因素有以下几点:(1) 取材种类。 不同植 物 DNA 的最佳提 取方法 不同, 如 棉 花 的 最 佳 提 取 方 法 是 CTAB(十六烷基三甲基溴化铵) 法[4] ,茴香的最佳提取方法 是 SDS( 十二烷基磺酸钠)法[5] 。 (2)取材部位。 已有研究表 明,果树基因组 DNA 提取所需的材料可以是嫩叶、成熟叶、幼 嫩果实、韧皮部及形成层 组 织 等[6] ; 郭 金 英 等 对 桃 基 因 组 DNA 的提取方法及部位进行比较研究发现,从嫩叶和幼嫩果 实中提取的 DNA 产率较高[7] ,因此用一般植物的嫩叶可以提 取出较高含量的基因组 DNA。 (3)取材时间。 吴少华等在对 木奈基因组 DNA 的提取研究中发现,老叶提取的 DNA 含量 和质量都不如幼叶[8] ;沈向等认为,3 月采集的植物幼叶中提 取的 DNA 质量比 9 月的高[9] ;彭建营等提出,取样时间对所 提基因组 DNA 的质量无影响[10] ,但与产量有关,以旺盛生长 期的幼叶或嫩梢尖最佳[6] 。
高盐低 pH 值法提取缓冲液:100 mmol /L NaAc,50 mmol /L EDTA(乙二胺四乙酸),500 mmol /L NaCl,2.5% PVP(聚乙烯 吡咯烷酮),10 mmol /L β-ME(β-巯基乙醇),调节 pH 值至
5.5。 尿素法提取缓冲液:8 mmol /L CO(NH2 )2 (脲),0.5 mol /L
收稿日期:2013 -09 -16 基金项目:国家自然科学基金( 编号:31060045、31260091) 。 作 者 简 介 :白雪嵩( 1989 — ) ,女 ,黑龙江鸡西 人,硕 士 研 究 生,从 事 植 物
生理生化和分子生物学研究。 E -mail:baobeiyiyi1225@126.com。 通信作者:赵昶灵,男,博 士,教 授,从 事 植 物 生 理 生 化 和 分 子 生 物 学
NaCl, 50 mmol /L Tris ( pH 值 8.0 ), 20 mmol /L EDTA, 10 mmol /L β-ME,2% PVP。
CTAB 法 提 取 缓 冲 液: 50 mmol /LTris ( pH 值 8.0 ),
江苏农业科学 2014 年第 42 卷第 5 期
—55 —
三七( Panax notoginseng)别称田七、金不换,为五加科人 参属植物,枟本草纲目拾遗枠 中记载:“ 人参补气第一,三七补 血第一,味同而功亦等 ,故称人参三七,为中药之最珍贵者” , 可见三七是一种重要而名贵的药材[1] ,扬名中外的中成药 “云南白药”和“片仔癀” 即以三七为主要原料制成。 三七味 甘、微苦,性温,归肝、 肾经, 具 有 止 血、 散 瘀、 消 肿、 止 痛 等 功 效。 三七的分布范围狭窄,仅分布于 23°30′N 附近的中、高海 拔地区[2] ,中国的三七主产于云南西南的山区,云南省文山 州现在被定为三七的原产地和主产地。 三七的栽培条件甚为 苛刻,性喜温凉,一般多栽培于年相对湿度较大的半山区缓坡 地上,忌阳光直射,需透光率为 15%的人工阴棚才可正常生 长,宜在海拔为 1 500 m 左右的地区种植[3] 。
21.507 7 21.303 2 ±0.459 9
88.938 9
2
0.215 3
0.233
0 .393
0.235
1.686 7
1.672 5
19.627 2
54.697 3
3
x ±s CTAB 法 1
0.220 2 0.216 5
0.177 0.466
0 .325 0 .829
0.183 0.484
将液氮中保存的三七叶样品于实验室中进行后续处理。 以“ 后放入先取出” 的顺序取出纱布采样袋,先将采样袋拉至 液氮罐口,等采样袋不再往下滴落大量液氮时迅速转移至试 验台上,在台上垫上 1 层厚纸板,用硬物将袋中的三七幼叶迅 速趁脆打碎至粉状,然后将采样袋中的碎样转移入 50 mL 离 心管中,标记好样品名称和时间,置于 -80 ℃超低温冰箱保 存备用。 重复上述步骤,处理全部样品。 试验时所需的叶片 再用液氮进行更细致的研磨 。 1.2 试验试剂
NH4 Ac, 10% SDS, CHCl3 ∶C5 H12 O(24 ∶1 ), 无 水 C2 H5 OH, (CH3 )2 CHOH,70% C2 H5 OH,无菌水。 1.3 试验仪器
瓶中,加入 100 mL 1 ×TAE 稀释缓冲液,用保鲜膜封口以避免 水蒸气过度散失,在保鲜膜上用枪头扎个小孔 ,使得加热过程 中可以放出少量水汽,以免瓶内压力过大;放入微波炉里加热
2 结果与分析
DNA[5] :取 0.2 g 样品,加入液氮并将样品研磨成粉末,再加 2.1 浓度、纯度及得率
入 900 μL 相 应 的 提 取 缓 冲 液; 抽 提 用 CHCl3 ∶C5 H12 O (24 ∶1);省去了 RNase。