进化树制作过程

教你一步一步利用MEGA4.0软件

构建16S、ITS或者LSU D1/D2的进化树

作者：sudaji42

新疆大学生命科学与技术学院

资源微生物研究室

2008年3月

教你一步一步利用MEGA4.0软件

构建16S、ITS或者LSU D1/D2的进化树

一、打开MEGA4.0软件所在的主页/。

二、下载MEGA4.0。点击红线圈内的按钮开始下载软件。在这里选择适合于windows操作系统的MEGA版本软件。

三、输入下载者真实的姓（Family Name,家庭姓）和名（Second Name,名字），以及常用的电子邮箱。点击“submit and download”开始下载MEGA软件。安装软件就不讲了。

四、建树的文件格式：

1、可以是.txt或者是待要建树的GenBank检索号，如AB001823,EU056624等等。

[1] .txt格式文件,如图所示。

2、打开MEGA4.0。

3、点击Alignment,依次打开Alignment Explore/CLUSTAL,单击确定。随后出现如图所示。

4、确定选项，选取新建一个比对文件，点击“OK”。

个蛋白质比对文件。在这里我们点击“YES”。

6、打开MEGA4.0的核酸比对浏览器（alignment explorer），如图所示。

7、开始导入本段开始之初的文件格式.txt文件，点击如图内的红圈内按钮，操作如图所示。

8、紧接着，在打开文件夹选取将要建树的.txt文件，操作如图所示。

9、选取全部建树需要的.txt文件，点击打开。

10、导入的文件如图所示。

11、点击“alignment”文件选项里的“Align by CLUSTAL_W”,开始对导入序列进行比对。

12、一般情况下，对“CLUSTAL_W parameters”采用默认状态设定。并点击“OK”。

13、CLUSTAL_W比对进程。

退出该窗口。操作如图。

对的序列。

“我的结果”。

择“YES”。

样命名是随意的，操作者可以按照自己熟悉的习惯和方式命名，并加以区别。

意）后，点击“OK”。

我们在进行核酸（DNA）序列比对建树，而非蛋白质序列建树。

保存过的比对文件。点击“YES”即可。

22、在该窗口上选择“phylogeny”(进化树)来构建进化树。

“Neighbor-Joining”(邻近相连算法)来建树。

圈内的绿色按钮即可。

25、计算模式选择“Model”选择“Kimura 2-parameter”,这是常规建树的选择模式。

26、加强建树的精度方面选择“Gamma parameter”,参数可以根据自己的要求设定。在这里

采用缺省值“1.0”。并点击“computer”进行计算。

27、进化树构建进程显示。

28、进化树结果。

29、对进化树的调整和润色。对碱基置换比列尺进行修饰。

30、修改后的比列尺见本图。修改请点击“view”里的“Option”。

31、对不满意的进化树分支进行旋转，以适合美学和视觉优美感。

32、对本次进化树构建的评价内容。请点击“caption”。将显示本次进化树的所有参数内容。

33、对进化树分支上的bootstrap值进行位置修改，请修改蓝线圈内的参数值。

34、修改进化树的宽度、分支长度、各分类单元之间的间距等。

“bootstrap consensus tree”一致树状态。

36、对GenBank检索号对应文件的处理。

例如：我们已知一群相关GenBank检索号，

AB072602,AB180189,AB072604,AB072605,AB072603,AB180190,AB066398,AB066399,AB18 0192,EF434172,AB081512,AB081513,AB081514（检索号应该在英文状态下输入方才能被识别）。

[2]GenBank检索号对应形式的格式文件的处理,如图所示。在打开的“MEGA”窗口内，点

击“Alignment”的“Quary databanks”(查找GenBank核酸数据)。

线圈内是系统打开时默认的。

查找序列文件。

39、注意：搜寻“search”列表框内一定对应“nucleotide”.

40、几秒钟后，对话窗显示搜索结果为13个coreNucleotide。点击13。

41、出现如下内容，让我们一步一步来实现最后的重点。

42、注意将上图中“summary”换为“FASTA”，松开鼠标，窗口会变为下一情景。

43、首次出现时，系统显示为5个序列。通过更改红线圈的参数，我们将其改为显示20个。

角的进程状态。如蓝色圈所示。

误而产生的一步，请大家务必注意。

的参数修改为“text”,这样才是最恰当的。

47、松开鼠标，界面变为本界面所示。跟第45步相比，看看差别有多大。

48、点击“add alignment”，将搜索得到的13个检索号对应的序列添加到比对文件里。

同？！

50、好了，在后面的内容就跟第11步是一样一样的了！！

51、CLUSTAL_W比对进程，先进行pairwise alignment,后进行multiple alignment比对。

52、使用MEGA构建的进化树离投稿要求还有一步距离，那就是进化树中的“菌株名称”需要斜体书写，GenBank检索号需要正体书写。我是这样解决的。同时2棵树，一棵正体字

体树，一棵斜体树。分别拆分2树，然后在PPT中进行拼接，最后达到投稿要求。