1表达谱芯片

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基因芯片的操作流程及步骤ppt课件

能的序列共有65536种。 • 假如只考虑完全互补的杂交，那么48个8 nt亚序列探针中，
仅有上述5个能同靶DNA杂交。 • 可以用人工合成的已知序列的所有可能的n体寡核苷酸探
针与一个未知的荧光标记DNA/RNA序列杂交，通过对杂交荧光信号检测，检出所有能与靶DNA杂交的寡核苷酸，从而推出靶DNA中的所有8 nt亚序列，最后由计算机对大量荧光信号的谱型（pattern）数据进行分析，重构靶 DNA 的互补寡核苷酸序列。
生物芯片的制作步骤
细胞
对mRNA进行标记杂交
基因表达资料
“雪亮工程"是以区（县）、乡（镇）、村（社区）三级综治中心为指挥平台、以综治信息化为支撑、以网格化管理为基础、以公共安全视频监控联网应用为重点的“群众性治安防控工程” 。
基因芯片研制的总体蓝图
检测样品的制备
获取样品分子的数量和序列信息
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基因芯片是信息时代的产物
横跨：生命科学、物理学、
计算机科学、微电子技术光电技术、材料科学等现代高科技。
我国第一家批量生产基因芯片拥有近2千条基因药物发明专利
• 东南大学吴健雄实验室 • 中科院计算所生物信息学实验室 • 上海生科院
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基因表达谱芯片技术在帕金森病研究中的应用进展

体对黑质神经元损伤后的延迟反应［３］。ＭＰＴＰ处理后黑质和纹状体最重要的基因改变包括神经元突触、细胞骨架，粘附分子以及神经递质相关基因，以及与泛素蛋白酶体系统、细胞周期凋节因子和氧化应激反应相关的基因；在黑质中线粒体相关基因和胶质细胞炎症反应基因也发生改变。除ＭＰＴＰ模型外，６一羟基多巴胺（６－ＯＨＤＡ）对黑质多巴胺能神经元亦具有选择性
２不同病程的ＰＤ模型基因表达差异分析基因表达谱芯片技术最大的优势在于对不同的模型、疾病
万方数据
１４６
Ｃｈｉｎｅｓｅ
ＪｏｕｒｎａｌｏｆＲｅｈａｂｉｌｉｔａｔｉｏｎ．Ａｐｒｉｌ２０１０。Ｖ０１．２５
Ｎｏ．２
的不同阶段、不同脑区的基因表达差异进行系统性分析。神经变性模型、转基因模型和ＰＤ患者的基因表达谱芯片研究能够拓展研究者对该病的认识，能够有效比较疾病早期和晚期受累
究时必需注意到这些因素的干扰。
是纹状体多巴胺水平降低的代偿效应，该研究提示另外一种动
基金项目：’国家自然科学基金资助项目（３０３００１１４）收稿日期：２００９—０７—２２作者单位：１．襄樊市中心医院神经科，湖北襄樊４４１０２１；２．华中科技大学同济医学院附属协和医院神经科，武汉４３００２２作者简介：徐芳（１９７９一），女，硕士，主要从事帕金森病的相关研究。
毒性作用，可以导致纹状体几乎所有的多巴胺丢失［““，６－ＯＨ—
完美的动物模型能够复制人类ＰＤ的所有特征。现在已经进行
有几项ＰＤ尸检标本的基因表达谱芯片研究［１””Ｊ。与ＭＰＴＰ
小鼠模型相似，在尸检标本中也发现突触基因、线粒体相关基因、氧化应激和泛素蛋白酶体功能相关基因表达的改变。尤其是分子伴侣、蛋白降解系统等表达降低，导致多巴胺神经元内
ａｐｏｐｔｏｓｉｓ

基因表达谱芯片数据分析及其Bioconductor实现

基因表达谱芯片数据分析及其Bioconductor实现基因表达谱芯片数据分析及其Bioconductor实现1.表达谱芯片及其应用表达谱DNA芯片（DNA microarrays for gene expression profiles）是指将大量DNA片段或寡核苷酸固定在玻璃、硅、塑料等硬质载体上制备成基因芯片，待测样品中的mRNA被提取后，通过逆转录获得cDNA，并在此过程中标记荧光，然后与包含上千个基因的DNA芯片进行杂交反应30min~20h后，将芯片上未发生结合反应的片段洗去，再对玻片进行激光共聚焦扫描，测定芯片上个点的荧光强度，从而推算出待测样品中各种基因的表达水平。

用于研究基因表达的芯片可以有两种：①cDNA芯片；②寡核苷酸芯片。

cDNA芯片技术及载有较长片段的寡核苷酸芯片采用双色荧光系统：目前常用Cy3一dUTP（绿色）标记对照组mRNA，Cy5一dUTP （红色）标记样品组mRNA[1]。

用不同波长的荧光扫描芯片，将扫描所得每一点荧光信号值自动输入计算机并进行信息处理，给出每个点在不同波长下的荧光强度值及其比值（ratio值），同时计算机还给出直观的显色图。

在样品中呈高表达的基因其杂交点呈红色，相反，在对照组中高表达的基因其杂交点呈绿色，在两组中表达水平相当的显黄色，这些信号就代表了样品中基因的转录表达情况[2]。

基因芯片因具有高效率，高通量、高精度以及能平行对照研究等特点，被迅速应用于动、植物和人类基因的研究领域，如病原微生物毒力相关基因的。

基因表达谱可直接检测mRNA的种类及丰度，可以同时分析上万个基因的表达变化，来揭示基因之间表达变化的相互关系。

表达谱芯片可用于研究：①同一个体在同一时间里，不同基因的表达差异。

芯片上固定的已知序列的cDNA或寡聚核苷酸最多可以达到30 000多个序列，与人类全基因组基因数相当，所以基因芯片一次反应几乎就能够分析整个人的基因[3]。

②同一个体在不同时间里，相同基因的表达差异。

生物芯片技术

待测样品（用Cy3-dUTP 标记）
对照样品（Cy5-dUTP）
三、杂交与结果分析
（一）杂交反应：与传统的杂交方法类似
——是已标记的样品与芯片上的探针进行反应后产生一系列信息的过程。
与传统的核酸分子杂交相同，但要求更高：
选择合适的反应条件、减少生物分子之间的错配率。考虑杂交反应体系中盐浓度、探针GC含量和所带电荷、探针与芯片之间连接臂的长度及种类、检测基因的二级结构的影响。
第二节蛋白质芯片
根据制作方法和应用的不同，蛋白质芯片分为两种: 1. 蛋白质功能芯片
细胞中的每一种蛋白质占据芯片上一个确定的点，主要是高度平行地检测天然蛋白质活性。 2. 蛋白质检测芯片将能够识别复杂生物溶液（如细胞提取液）中靶多肽的高度特异性配体进行点阵，这种芯片能够高度并行的检测生物样品中的蛋白质。
生物芯片技术（biochips）
生物芯片（biochips）
——指采用光导原位合成或微量点样等方法，将大量生物大
分子如核酸片段、多肽分子甚至组织切片、细胞等生物样品有序地固化于支持物的表面，组成密集二维分子排列，然后与已标记的待测生物样品中的靶分子杂交，通过特定
的仪器对杂交信号的强度进行快速、并行、高效地检测分
第十章生物芯片技术
3.芯片实验室(labs-on-chip) • 高度集成化的集样品制备、基因扩增、核酸标记
及检测为一体的便携式生物分析系统 • 实现生化分析全过程集成在一片芯片上完成，从
而使生物分析过程自动化、连续化和微缩化 • 芯片实验室是生物芯片技术发展的最终目标
பைடு நூலகம்
蛋白质芯片的应用举例：
利用蛋白质芯片进行肿瘤诊断的一般原理程序
• 根据芯片的用途不同：表达型芯片、测序芯片和芯片实验室

基因表达谱芯片在胰腺癌组织差异表达相关基因筛选中的应用

基因表达谱芯片在胰腺癌组织差异表达相关基因筛选中的应用贾长河;刘志亮;张成伟【摘要】目的：探讨基因表达谱芯片技术筛选胰腺癌组织和癌旁正常组织基因表达谱差异的可行性。

方法应用Agilent公司生产的包含27958条DNA的基因芯片检测4例胰腺癌患者胰腺癌组织和癌旁正常组织的基因表达谱，筛选差异表达基因，并用半定量RT-PCR法检测差异基因CD151、S100A4、TIMP-3和NME3表达情况。

结果共筛选出46条基因表达谱差异基因，其中26条表达上调、20条表达下调。

差异基因CD151、S100A4、TIMP-3和NME3的表达情况与基因表达谱芯片检测结果一致。

结论基因表达谱芯片技术可以筛选出胰腺癌组织差异表达相关基因，为胰腺癌分子标志物研究提供了可靠依据。

%Objective To investigate the feasibility of using cDNA microarray to screen differentially expressed genes between pancreatic cancer tissues and surrounding normal pancreatic tissues.Methods Gene chip containing 27 958 genes made in Agilent company was used to detect gene expression profiles between tumor tissues and surrounding normal tissues from four patients with pancreatic cancer respectively, and we identified the differentially expressed genes of pancre-atic cancer.The expression of CD151, S100A4, TIMP-3 and NME3 was detected by sqRT-PCR.Results The analysis showed that 46 genes were identified as differentially expressed genes of pancreatic cancer, including 26 up-regulated genes and 20 down-regulated genes.The expression of CD151, S100A4, TIMP-3 and NME3 was consistent with gene chip analy-sis.Conclusion Differentially expressed genes associated with pancreatic cancer can be screened by cDNAmicroarray, which provides the foundation for the next step research of pancreatic carcinoma molecular markers.【期刊名称】《山东医药》【年(卷),期】2015(000)029【总页数】4页(P10-13)【关键词】胰腺肿瘤;基因芯片;肿瘤基因【作者】贾长河;刘志亮;张成伟【作者单位】河南省人民医院，郑州450003;加拿大多伦多大学医学生物物理系;加拿大多伦多玛格丽特公主癌症中心【正文语种】中文【中图分类】R736.1胰腺癌是预后最差的消化系统恶性肿瘤之一，5年生存率低于5%，故早期诊断胰腺癌尤其重要，但其早期诊断困难。

生物芯片技术简介

生物芯片技术简介生物芯片技术通过微加工工艺在厘米见方的芯片上集成有成千上万个与生命相关的信息分子，它能够对生命科学与医学中的各种生物化学反应过程进行集成，从而实现对基因、配体、抗原等生物活性物质进行高效快捷的测试和分析。

它的显现将给生命科学、医学、化学、新药开发、生物武器战争、司法鉴定、食品与环境监督等众多领域带来庞大的革新甚至革命。

生物芯片技术研究的背景原定于2005年竣工的人类30亿碱基序列的测定工作（Human Genome Project，基因组打算）由于高效测序仪的引入和商业机构的介入差不多完成，。

如何样利用该打算所揭示的大量遗传信息去探明人类众多疾病的起因和发病机理，并为其诊断、治疗及易感性研究提供有力的工具，则是继人类基因组打算完成后生命科学领域内又一重大课题。

现在，以功能研究为核心的后基因组打算差不多悄然走来，为此，研究人员必需设计和利用更为高效的硬软件技术来对如此庞大的基因组及蛋白质组信息进行加工和研究。

建立新型、高效、快速的检测和分析技术就势在必行了。

这些高效的分析与测定技术已有多种，如DNA质谱分析法，荧光单分子分析法，杂交分析等。

其中以生物芯片技术为基础的许多新型分析技术进展最快也最具进展潜力。

早在1988年，Bains等人就将短的DNA片段固定到支持物上，以反向杂交的方式进行序列测定。

当今，随着生命科学与众多相关学科（如运算机科学、材料科学、微加工技术、有机合成技术等）的迅猛进展，为生物芯片的实现提供了实践上的可能性。

生物芯片的设想最早起始于80年代中期，90年代美国Affymetrix公司实现了DNA探针分子的高密度集成，立即特定序列的寡核苷酸片段以专门高的密度有序地固定在一块玻璃、硅等固体片基上，作为核酸信息的载体，通过与样品的杂交反应猎取其核酸序列信息。

生物芯片由于采纳了微电子学的并行处理和高密度集成的概念，因此具有高效、高信息量等突出优点。

基因芯片技术的前景基因芯片用途广泛，在生命科学研究及实践、医学科研及临床、药物设计、环境爱护、农业、军事等各个领域有着广泛的用武之地。

基因表达谱芯片技术在帕金森病研究中的应用进展

基金项目：国家自然科学基金资助项目（３０１）３０１４０收稿日：０— —２期２９７２００
物模型的基因表达数据。多巴胺神经元培养物模型具有更好的一致性，更有利于使用基因表达谱芯片技术观察基因表达变化。有人用ＭＰＰ＋和６ＯＨＡ处理两种多巴胺能细胞株－Ｄ（Ｍ９ＮＤ和Ｓ７１产生中等程度的细胞死亡。在ＭＰ＋和Ｎ４４），Ｐ６０ＨＡ处理的ＭＮ９－ＤＤ细胞中都观察到未折叠蛋白反应相关基因，如转录因子ＣＯＰＧＤ１３达升高。同时蛋白定量Ｈ／ＡＤ５表分析发现ＭＰ＋和６ＯＨＡ处理后与未折叠蛋白反应相关的Ｐ－Ｄ蛋白，ＰＲＫ和ｅＦ磷酸化程度增高［。对Ｓ４４如ＥＩ２６１Ｎ７１细胞的基因表达谱芯片分析发现，Ｅ氧应激相关基因（线粒体电如子传递链亚单位）囊泡转运蛋白（、如突触融合蛋白８以及路易）体成分、血红蛋白氧Ｎ－Ｅ１表达升高ｓ。尽管对细胞培养模］型进行基因表达谱芯片研究能获得较高的信噪比，有助于发现基因表达改变，但是培养细胞并非真正的有丝分裂后神经元，细胞培养环境也不能真正模拟八脑的微环境，八脑微环境能而够影响多胺神经元损伤后黑质纹状体系统基因表达的改变。１２遗传性ＰＤ模型的基因表达谱芯片研究最常使用的遗传性ＰＤ模型是一突触核蛋白（— ）Ｓ转基因模型。果蝇中在高表达ＳＮ基因后对全基因组表达水平进行观察，Ｙ并检测从临床前期到疾病晚期所有时间点的基因表达改变］结果发现，５种有改变的基因中很多都出现在疾病早期，０提示与脂质、膜转运和能量稳态有关的基因在神经元变性之前就已经发生改变。当然也不能忽略果蝇ＳＮ转基因模型发病机制与人类 —ＹＰＤ发病机制之间存在差异，随着小鼠等其它ＳＮ转基因模Ｙ型研究的进展，以和果蝇模型进行比较，可并得出更接近于人类ｍ发病机制的结果。１３原发性ＰＤ患者基因表达谱芯片研究神经毒素ｍ模型和转基因模型可较好模拟人类ＰＤ的主要发病机制，所有的研究均发现ＰＤ模型中某些特殊基因表达改变，但还没有一个完美的动物模型能够复制人类ＰＤ的所有特征。现在已经进行有几项ＰＤ尸检标本的基因表达谱芯片研究［］１。与ＭＰｏ” ＴＰ小鼠模型相似－尸检标本中也发现突触基因、粒体相关基在线因、Ｅ氧ｆ应激和泛素蛋白酶体功能相关基因表达的改变。尤其是分子伴侣、蛋白降解系统等表达降低，导致多巴胺神经元内蛋白异常折叠、聚集，可能是多巴胺神经元变性死亡的重要这机制。另外氧应激、Ｅ炎症反应、以及细胞周期蛋白表达升高，导致细胞周期异常启动都参与ＰＤ发病过程。某些基因表达改变还可以作为神经元变性的早期标志，但是在人群中，因表基达的改变除与ＰＤ病程有关外，还可能与遗传背景、性别、龄、年种族和地理环境有关，因此对ＰＤ患者进行基因表达谱芯片研究时必需注意到这些因素的干扰。

【江苏省自然科学基金】_表达谱芯片_期刊发文热词逐年推荐_20140816

科研热词阴道排出物肾小球系膜细胞念珠菌病,外阴寡核苷酸序列分析基因芯片亚溶解型c5b-9
推荐指数 1 1 1 1 1 1
2012年序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
科研热词表达谱血清微小rna 大鼠基因芯片坐骨神经信号通路中孕期 wallerian溃变 21-三体综合征
推荐指数 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
2013年序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27
2013年科研热词推荐指数基因芯片 2 骨髓间充质干细胞 1 骨髓基质干细胞 1 靶基因 1 间充质干细胞 1 通用标签 1 软骨细胞 1 诱导分化 1 表达谱芯片 1 表达谱 1 血清 1 肌内脂肪 1 猪链球菌2型 1 次黄嘌呤核苷酸脱氢酶 1 核糖体蛋白质 1 差异mirna 1 多发性骨髓瘤 1 堆积杂交 1 基因表达谱 1 基因 1 发热伴血小板减少综合征病毒 1 分化 1 共培养 1 信号通路 1 低密度芯片 1 micrornas芯片 1 micrornas 1
2009年序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
科研热词神经元骨髓基质干细胞骨形态发生蛋白质类诱导分化肿瘤相关基因肝癌细胞分化红斑狼疮,系统性电磁场星形细胞寡核苷酸序列分析基质干细胞基因表达谱基因表达基因芯片技术基因芯片基因原发性肝癌前体细胞凋亡中脑 b淋巴细胞
2014年序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
科研热词补阳还五汤胫前肌肌萎缩特异性灵敏度失神经堆积杂交基因芯片 shut平台 p13k microrna芯片 aktห้องสมุดไป่ตู้号转导通路

表达谱芯片array

表达谱芯片array英文回答：Spectrum chips arrays, also known as spectral chips arrays or spectral sensor arrays, are devices that are used to detect and analyze different wavelengths of light. These arrays consist of multiple individual chips, each capable of sensing a specific range of wavelengths. By combining multiple chips with different wavelength sensitivities, spectrum chip arrays can cover a wide range of the electromagnetic spectrum.The main purpose of spectrum chip arrays is to enable the identification and characterization of different materials based on their spectral signatures. Each material has a unique spectral signature, which is the pattern of light absorption and reflection at different wavelengths. By comparing the spectral signature of an unknown material to a database of known spectral signatures, it is possible to determine the composition or properties of the material.One common application of spectrum chip arrays is in environmental monitoring. For example, these arrays can be used to analyze the composition of water samples, allowing scientists to detect pollutants or contaminants. Another application is in agriculture, where spectrum chip arrays can be used to monitor the health and nutrient content of crops.In addition to their scientific and industrial applications, spectrum chip arrays also have potential consumer applications. For instance, these arrays can be used in smartphones to enable advanced camera features, such as accurate color reproduction and automatic white balance adjustment. They can also be used in wearable devices for fitness tracking, by analyzing the user's blood oxygen levels through the detection of specific wavelengths of light.Overall, spectrum chip arrays are versatile devicesthat have a wide range of applications. They enable the detection and analysis of different wavelengths of light,allowing for the identification and characterization of materials. Whether in scientific research, industrial processes, or consumer electronics, spectrum chip arraysplay a crucial role in understanding and utilizing the electromagnetic spectrum.中文回答：谱芯片阵列，也称为光谱芯片阵列或光谱传感器阵列，是用于检测和分析不同波长的光的设备。

表达谱芯片

表达谱芯片谱芯片是一种用于光谱分析的芯片技术，它可以在非常短的时间内分析样品的光谱特征。

下面是一个1000字的表达谱芯片的示例：谱芯片是近年来出现的一种创新技术，它可以用于光谱分析，具有高效和快速的特点。

这种芯片利用了微纳米技术，将传统的光谱仪压缩到了一个微小的芯片上。

谱芯片的工作原理非常简单，它通过集成光源、样品槽和光谱探测器等功能模块，将传统的光谱仪中的各个组件融合在一起。

当我们需要进行光谱分析时，只需要将样品放置在芯片上，然后通过一系列的控制信号，谱芯片即可对样品的光谱特征进行分析。

谱芯片的优势主要体现在两个方面。

首先，谱芯片具有高效的特点。

传统的光谱仪通常需要几分钟甚至几小时才能完成一次光谱分析，而谱芯片则可以在数秒钟内完成同样的分析任务。

这种高效的特点使得谱芯片可以广泛应用于各个领域，包括化学、生物学、药物研发等。

其次，谱芯片具有快速的特点。

传统的光谱仪需要进行复杂的操作和调试，而谱芯片则可以实现自动化和高度集成化，从而大大减少了使用者的操作难度和分析时间。

谱芯片的应用非常广泛。

在化学领域，谱芯片可以用于进行化学反应的监测和控制，从而提高了实验室的工作效率。

在生物学领域，谱芯片可以用于研究生物分子的结构和功能，从而帮助科研人员更好地理解生命的奥秘。

在药物研发领域，谱芯片可以用于药物的快速筛选和分析，从而加速新药的开发进程。

此外，谱芯片还可以应用于食品安全监测、环境污染监测等领域，为人们的生活和健康保驾护航。

尽管谱芯片具有诸多优势，但是目前仍面临一些挑战。

首先，谱芯片的制造工艺相对复杂，需要高度的集成和微纳米加工技术。

其次，谱芯片的成本相对较高，限制了它在大规模应用中的普及。

此外，部分样品可能需要进行前处理才能在谱芯片上进行分析，这对使用者提出了更高的要求。

总之，谱芯片作为一种创新的光谱分析技术，具有高效、快速以及广泛应用的特点。

随着科技的不断进步和成本的降低，相信谱芯片会在未来得到更加广泛的应用，为各个领域的科学研究和工程实践带来更多便利和发展机遇。

生物芯片技术及其应用-生科院研究生课程

应用领域
SNP芯片在遗传学研究、人类起源与迁徙、复杂疾病关联分析等领域具有广泛应用。例如，利用 SNP芯片可以对人类基因组进行高通量的SNP分型，为遗传学研究提供丰富的数据资源；同时， SNP芯片也可以用于复杂疾病的关联分析，寻找与疾病相关的遗传变异。
05 生物芯片在蛋白质组学中的应用
利用化学反应，改变基片表面的化学性质，提高生物分子的固定效率和稳定性。
物理修饰
通过物理方法，如等离子体处理、紫外照射等，改善基片表面的润湿性、粘附性等性质。
生物修饰
在基片表面引入生物活性分子或细胞外基质成分，以模拟生物环境，提高生物芯片的生物相容性。
生物分子固定化技术
吸附法
利用生物分子与基片表面的物理吸附作用，实现生物分子的固定化。此方法简单易行，但固定化效率和稳定性有待提高。
多功能集成化
未来生物芯片技术将向多功能集成化方向发展，实现多种生
物分子检测和分析的集成。
智能化和自动化
随着人工智能和机器学习技术的发展，生物芯片技术将实现更高程度的智能化和自动化。
临床应用拓展
生物芯片技术在疾病诊断、个性化医疗等领域的应用将进一步拓展，为精准医疗提供有力支持。
新兴应用领域
生物芯片技术将在环境监测、食品安全、生物安全等新兴领
02 03
工作原理
突变检测芯片利用DNA微阵列技术，将大量针对特定基因突变位点的探针点样在芯片上，然后与待测样本中的DNA 进行杂交。通过检测杂交信号的强度或变化，确定样本中是否存在特定的基因突变。
应用领域
突变检测芯片在遗传性疾病诊断、个性化医疗、精准医学等领域具有广泛应用。例如，利用突变检测芯片可以对遗传性疾病相关基因进行筛查和诊断，为个性化治疗方案的制定提供依据。

Affymetrix表达谱芯片

Affymetrix表达谱芯片Affymetrix 人表达谱芯片服务芯片名称：Affymetrix GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0 NEW！芯片介绍：Affymetrix 最新开发此款芯片为您提供支持所有转录本异构体的全转录组分析。

同时，针对超过40,000个非编码转录本的探针设计，还可帮助您对非编码RNA进行分析。

数据来源于RefSeq，En sembl，UCSC，MGC，nocode，lncRN db及Broad Institute, Human Body Map lincRNAs and TUCP catalog。

芯片名称：Affymetrix GeneChip® Human Genome U133 Plus 2.0 Array芯片介绍：此款芯片包含了47,000个转录本，代表了38,500个明确的人类基因。

数据库来源于GeneBank、dbEST、RefSeq、UniGene database(Build 159 January 25 2003)、Washington Universit y EST trace repository、NCBI human genome assembly(Build 31)。

芯片名称：GeneChip Human Gene 2.0 ST Array芯片介绍：Affymetrix 新一代全转录本芯片，一张芯片上可同时检测mRNA和lincRNA，在其上一代1.0 ST Array的基础上内容进一步丰富并更新了数据库。

全面覆盖转录组，可以同时检测>30,000个编码的转录本和>11,000个长链非编码转录本；探针设计最大程度覆盖所有外显子，可检测选择性拼接/转录本变体。

每个转录本覆盖特异探针的数目中值达到21种，每种探针的长度为25bp，这意味着每个转录本将被检测的碱基数中值高达525个，高重复性，高灵敏度。

表达谱基因芯片技术及其在动物基因组研究中的应用

业科学，ｕａｏＡｈｉ．ｅ．０６３（０：０６２６，０６ＪｒｌｆｎｕＡＳｉ２０，４１）２６－０７２７ｏｎ
责任编辑曹淑华责任校对曹淑华
表达谱基因芯片技术及其在动物基因组研究中的应用
行大规模的检测，而对这些基因表达的个体特异性、从组织
特异性、发育阶段特异性、分化阶段特异性、病变特异性、刺
激特异性进行综合的分析和判断［２１。
２表达谱基因芯片的原理
表达谱基因芯片最一般的原理与Ｎｒｅｌ一样，ｏｔｍｂｔｈｏ仍然是基于碱基互补的核酸分子杂交。把大量的已知序列的基因探针有序地固定到固相介质上，这样基因芯片阵列中每个点的位置信息实际上就代表了某个特定基因，然后用荧光染料如Ｃ３绿色）Ｃ５红色）ｙ（和ｙ（对样本中总的ｍＮＲＡ进行标记，片进行常规的分子杂交，用特有的荧光波与芯再长扫描芯片，得到每个点在不同波长下的荧光强度值即比值，个比值就反映了样本中靶基因ｍＮ这ＲＡ的比例，并将得到的荧光信号值输入计算机进行信息处理，最终得到这些基因在不同组织中的表达差异的重要信息１３１。３表达谱基因芯片的分类和技术流程３分类．１表达谱基因芯片根据使用探针的种类可以分为２，种即以寡核苷酸为探针的表达谱基因芯片和以ｃＮＤＡ为探针的表达谱基因芯片。它们不仅在杂交前操作程序上不同，而且还存在其他方面的区别（１。表）

分子生物学考试模拟题与答案

分子生物学考试模拟题与答案一、单选题（共100题，每题1分，共100分）1、K-ras 基因最常见的激活方式是A、染色体重排B、缺失突变C、基因扩增D、插入突变E、点突变正确答案：E2、检测靶序列是 DNA 的技术是：A、Southern 杂交B、Western 杂交C、Northern 杂交D、Eastern 杂交E、杂交淋巴瘤正确答案：A3、下列疾病不可进行基因诊断的是A、组织水肿B、SARS 疑似患者C、肿瘤D、艾滋病E、血友病正确答案：A4、核酸探针不可用什么标记A、放射性核素标记B、地高辛标记C、抗体标记D、生物素标记E、荧光标记正确答案：C5、单核苷酸多态性检测芯片探针的设计不正确的是 ( )A、一般采用等长移位设计法B、包括与靶序列完全匹配的野生型探针C、三种不同的单碱基变化的核苷酸探针D、靶序列与探针完全匹配的杂交点显示较弱的荧光信号E、可以对某一段核酸序列所有可能的 SNPs位点进行扫描正确答案：D6、关于特定突变位点探针的设计说法正确的是A、检测变化点应该位于探针的两端B、探针设计时不需要知道待测样品中靶基因的精确细节C、采用等长移位设计法D、检测变化点应该位于探针的中心E、长度为 N 个碱基的突变区需要 2N 个探针正确答案：D7、以下哪种酶可用于 PCR 反应 ( )A、KlenowB、HindⅢC、Taq DNA 聚合酶D、RNaseE、Dnase正确答案：C8、基因芯片技术的主要步骤不包括( )A、杂交反应B、信号检测C、芯片的设计与制备D、样品制备E、酶切分析正确答案：E9、聚合酶链式反应是一种A、体外特异转录 RNA 的过程B、体外翻译蛋白质的过程C、体外特异转录 DNA 的过程D、体外特异复制 DNA 的过程E、体内特异复制 DNA 的过程正确答案：C10、稀有碱基主要存在于A、核糖体 RNAB、信使 RNAC、转运 RNAD、核 DNAE、线粒体 DNA正确答案：C11、在人类基因组中，编码序列占的比例为A、23%B、21%C、5%D、1.5%E、3%正确答案：D12、血友病是一种A、染色体病B、常染色体隐性遗传病C、先天性代谢缺陷病D、先天畸形E、X 连锁遗传病正确答案：E13、关于测序策略的叙述正确的是A、应该具有最大重叠、最小数量的测序反应B、最小的目的DNA 片段 (如＜1kb) ，可以使用引物步移法C、最小的目的DNA 片段 (如＜1kb) ，可以使用随机克隆法D、大片段未知序列DNA 测序，可以直接测序E、大规模基因组计划，可以使用多个测序策略正确答案：E14、下列是 PCR 反应体系中必须存在的成分， ( )除外A、引物B、模板C、dNTPD、Mg2+E、DMSO正确答案：E15、变性剂可使核酸的Tm 值降低，常用的变性剂是A、氢氧化钠B、甲醇C、浓盐酸D、甲酰胺E、稀盐酸正确答案：D16、某基因位点正常时表达为精氨酸，突变后为组氨酸，这种突变方式为：A、动态突变B、同义突变C、移码突变D、错义突变E、无义突变正确答案：D17、原核生物基因组中没有( )A、外显子B、内含子C、操纵子D、转录因子E、插入序列正确答案：B18、下列不符合转座因子含义的是A、转座因子是 DNA 重组的一种形式B、可在质粒与染色体之间移动的DNA 片段C、转座子是转座因子的一个类型D、可移动的基因成分E、能在一个 DNA 分子内部或两个 DNA 分子之间移动的 DNA 片段正确答案：A19、为封闭非特异性杂交位点，可在预杂交液中加入A、ssDNAB、1 ×SSCC、10×SSCD、5×TBECE、50×TAE正确答案：A20、以下为荧光染料技术的优点，不正确的是A、适合任何一个反应体系B、荧光信号量与PCR 反应产物量成正比，可以实时监测C、荧光信号的检测在每一次循环延伸后，简单方便D、不需要进行凝胶分离等二次处理 PCR 产物，避免污染E、特异性高正确答案：E21、决定 PCR 反应特异性的是A、模板B、dNTPC、引物D、缓冲液E、Taq DNA 聚合酶正确答案：C22、硝酸纤维素膜最大的优点是( )A、非共价键结合B、本底低C、高结合力D、共价键结合E、脆性大正确答案：B23、关于 G-C 之间氢键的描述下列正确的是A、G-C 之间有 3 个氢键B、G-C 之间有 2 个氢键C、G-C 之间有 1 个氢键D、G-C 之间有 4 个氢键E、G-C 之间有 5 个氢键正确答案：A24、在下列何种情况下可考虑进行基因连锁检测方法进行基因诊断A、基因片段插入B、基因结构变化未知C、点突变D、表达异常E、基因片段缺失正确答案：B25、电脑显示和打印出的 DNA 碱基序列图谱中不出现的颜色：A、紫B、蓝C、绿D、黄E、红正确答案：A26、表达谱芯片A、是在 DNA 水平研究基因之间的表达关系B、是在 mRNA 水平研究基因之间的表达关系C、是在蛋白质水平研究基因之间的表达关系D、不能用于疾病机制的研究E、不能指导个体化治疗正确答案：B27、标记的参与杂交反应的核酸分子称为A、变性B、杂交C、复杂性D、复性E、探针正确答案：E28、单基因遗传病诊断最重要的前提是A、了解相关基因的染色体定位B、疾病表型于基因关系已阐明C、进行个体的基因分型D、了解相关基因的基因克隆和功能分析等知识E、了解患者的家族史正确答案：E29、逆转录 PCR 扩增最终产物的特异性由A、随机引物决定B、oligo-d (T) 决定C、PCR 扩增的特异引物决定D、扩增效率决定E、逆转录酶决定正确答案：C30、遗传病的最基本特征是A、先天性B、遗传物质发生了改变C、染色体畸变D、患儿发病的家族性E、酶的缺陷正确答案：B31、用于肺炎支原体 DNA 检测的痰液标本应悬浮于A、1mol/L NaOHB、1mol/L HCLC、变性剂D、酒精E、生理盐水正确答案：E32、多重 PCR 的描述中正确的是：A、同一个模板，多种不同的引物B、相同的引物，多种不同的模板C、多个模板，多种引物D、引物的Tm 值、反应时间和温度、反应缓冲液等尽量不一致以区分不同产物E、同一反应内各扩增产物片段的大小应尽可能相同或接近正确答案：A33、多基因家族的特点描述错误的是 ( )A、由某一祖先基因经过重复和变异所产生的一组基因B、通常由于突变而失活C、假基因与有功能的基因是同源的D、所有成员均产生有功能的基因产物E、可以位于同一条染色体上正确答案：D34、最能直接反映生命现象的是：A、蛋白质组B、基因组C、mRNA 水平D、糖类E、脂类正确答案：A35、下列关于人类遗传病的叙述不正确的是A、21-三体综合症患者体细胞中染色体数目为 47 条B、遗传性疾病既可以直接诊断，也可以间接诊断C、人类遗传病包括单基因遗传病、多基因遗传病和染色体异常遗传病D、人类遗传病是指由于遗传物质改变而引起的疾病E、单基因病是指受一个基因控制的疾病正确答案：E36、HIV 核酸类型是A、单链 DNAB、双链 DNAC、单正链 RNAD、单正链 RNA 双聚体E、单负链 RNA正确答案：D37、下列哪一种病毒的遗传物质为 RNA ( )A、乙肝病毒B、乳头瘤状病毒C、疱疹病毒D、人类免疫缺陷病毒E、腺病毒正确答案：D38、DNA 自动化测序技术一般用不到的技术是A、Sanger 的双脱氧链终止法B、Maxam 和 Gilbert 的化学降解法C、荧光标记技术D、PCR 技术E、电泳技术正确答案：B39、对于相同大小的核酸片段，最快的转移方法是A、向下虹吸转移B、毛细管电泳C、虹吸转移D、真空转移E、电转移正确答案：D40、HCV 的核酸是A、+ssRNAB、dsRNAC、dsDNAD、ssDNAE、-ssRNA正确答案：A41、目前细菌表型分型的方法不包括A、分子分型B、生化分型C、血清学分型D、噬菌体分型E、抗生素敏感性分型正确答案：A42、当标本核酸量非常低难以扩增时，可采用的 PCR 技术是A、逆转录 PCRB、转录介导扩增C、原位 PCRD、巢式 PCRE、荧光 PCR正确答案：D43、寡核苷酸探针的 Tm 简单计算公式为A、Tm=4 (G+C) +2(A+T)B、Tm=2 (G+C) +4(A+T)C、Tm=6 (G+C) +4(A+T)D、Tm=2 (G+C) +6(A+T)E、Tm=6 (G+C) +2(A+T)正确答案：A44、DNA 指纹分子的遗传性基础是A、连锁不平衡B、MHC 的多样性C、DNA 的多态性D、反向重复序列E、MHC 的限制性正确答案：C45、被称为细菌“分子化石”的是A、16SrRNAB、IS6110 插入序列C、rfbEO157D、fliCH7E、rpoB正确答案：A46、宫颈癌与 HPV 病毒感染密切相关，宫颈癌细胞产生的机制是A、HPV DNA 大量复制B、原癌基因被激活C、病毒增殖导致细胞破裂D、HPV 导致细胞凋亡E、病毒蛋白在细胞内堆积正确答案：B47、下列不属于 SNP 检测技术特点的是 ( )A、富有代表性B、密度高C、易实现分析的自动化D、密度低E、遗传稳定性正确答案：D48、下列哪一项 PCR 技术可以检测固定组织的DNA 或RNA：A、反转录 PCRB、单细胞 PCRC、原位 PCRD、巢式 PCRE、荧光 PCR正确答案：C49、纯 DNA 的 A260/A280 比值为 1.8，可使比值降低的是 ( ) ：A、蛋白质B、牛血清白蛋白C、RNAD、氯仿E、Mg2+正确答案：A50、GeneXpert 全自动结核杆菌检测技术现可进行哪种药物的耐药检测A、异烟肼B、乙胺丁醇C、吡嗪酰胺D、链霉素E、利福平正确答案：E51、人类可遗传的变异中最简单、最常见的一种是 ( )A、RFLPB、VNTRC、STRD、SNPE、CNV正确答案：D52、可抑制RNA 酶活性防止其对 RNA 样品降解的是( )A、Tris-HClB、EDTAC、酚试剂D、氯仿E、DEPC正确答案：E53、以下不属于 DNA 分析检测技术的是A、基因芯片B、ASO 杂交C、Northern blotD、RFLP 分析E、PCR正确答案：C54、下面关于线粒体的描述不正确的是A、是真核细胞重要的细胞器B、线粒体的主要功能是氧化产能C、是细胞的能量工厂D、半寿期是 10 天左右，其数量和体积保存不变E、线粒体中存在基因，线粒体基因突变会导致疾病的发生正确答案：D55、在人类基因组 DNA 序列中，DNA 甲基化主要发生在A、腺嘌呤的 N-6 位B、胞嘧啶的 N-4 位C、鸟嘌呤的 N-7 位D、胞嘧啶的 C-5 位E、鸟嘌呤的 C-5 位正确答案：D56、美国食品药品监督管理局规定用于检测尿液标本中淋病奈瑟菌的方法是A、革兰染色镜检B、抗酸染色镜检C、淋病奈瑟菌 16SrRNA 基因检查D、ELISAE、动物接种正确答案：C57、通过酶联级联反应检测每次核苷酸聚合所产生的ppi 的测序方法是A、双脱氧终止法B、边合成边测序C、寡连测序D、焦磷酸测序E、化学降解法正确答案：D58、关于 mtDNA 非编码序列，描述正确的是A、不参与mtDNA 的复制、转录等，属于“无用”信息B、是高度重复序列C、占整个 mtDNA 的 15%，比例较大D、mtDNA 中有两段非编码区E、位于 mtDNA 的轻链正确答案：D59、组织 DNA 提取中，苯酚-氯仿抽提离心分三层，DNA 位于A、上层B、中间层C、下层D、中间层和下层E、上下层均有正确答案：A60、SYBR Green Ⅰ技术常要求扩增片段不大于A、50bpB、100bpC、200bpD、300bpE、400bp正确答案：D61、决定 PCR 反应特异性和PCR 长度的物质是( )A、引物B、模板C、dNTPD、Mg2+E、DMSO正确答案：A62、SNP 的实质不包括A、碱基转换B、碱基插入C、碱基转录异常D、碱基颠换E、碱基缺失正确答案：C63、核酸序列的基本分析不包括A、统计分析B、测序分析C、分子量、碱基组成、碱基分布D、限制性酶切分析E、序列变换分析正确答案：A64、结核杆菌的分子生物学检验临床意义中不包括A、疗效评价B、快速诊断C、早期诊断D、耐药检测E、鉴别诊断正确答案：C65、DNA 芯片的固相载体不可以用A、半导体硅片B、玻璃片C、滤纸D、硝酸纤维素膜E、尼龙膜正确答案：C66、有下列哪项指征者应进行产前诊断A、夫妇之一有致畸因素接触史的B、习惯性流产的孕妇C、夫妇之一有染色体畸变的D、35 岁以上高龄的E、以上都是正确答案：E67、目前最常用的TB 分子检测方法是A、PCRB、real-time PCRC、SDAD、LPAE、DNA chip正确答案：B68、以等位基因特异的寡核苷酸探针杂交法诊断某常染色体隐性遗传病时，若能与突变探针及正常探针接合，则该样本为A、不能确定B、杂合体患者C、纯合体患者D、携带者正确答案：D69、Northern 印迹杂交可以用于A、快速确定是否存在目的基因B、不仅可以检测 DNA 样品中是否存在某一特定的基因，而且还可以获得基因片段的大小及酶切位点分布的信息C、检测靶分子是 RNAD、用于基因定位分析E、用于阳性菌落的筛选正确答案：C70、第二代测序技术不能应用于A、从头测序、重测序B、转录组及表达谱分析C、小分子 RNA 研究D、个体基因组测序和 SNP 研究E、直接测甲基化的DNA 序列正确答案：E71、HBV DNA 定量达多少以上可以提示复制活跃( )A、107 copies/mlB、106 copies/mlC、105 copies/mlD、108 copies/mlE、104 copies/ml正确答案：A72、理想的质控品应具备的条件不包括A、基质与待测样本一致B、靶值或预期结果已知C、阳性质控品所含待测物浓度接近试验的决定性水平D、稳定、价廉、同一批次可大量获得E、含有未灭活的传染性病原体正确答案：E73、以下不是 APC 基因失活方式的是A、移位B、缺失C、插入D、无义突变E、错位拼接正确答案：A74、以 SDA 技术检测结核杆菌时扩增靶点是A、SDAB、IS6110 和 18SrRNAC、IS6110 和 5SrRNAD、IS6110 和 16SrRNAE、IS6110 和 15SrRNA正确答案：D75、以下不是原癌基因的特点的是A、广泛存在于生物界，是细胞生长必不可少的B、在进化过程中，基因序列呈高度保守性C、通过表达产物 DNA 来实现功能D、在某些因素的作用下会形成能够致瘤的癌基因E、对正常细胞不仅无害，而且是细胞发育、组织再生、创伤愈合等所必需正确答案：C76、生物芯片根据芯片上固定的探针种类不同可分为几种，不包括：A、DNA 芯片B、蛋白质芯片C、细胞芯片D、组织芯片E、测序芯片正确答案：E77、预杂交中下列不能起封闭作用的是A、ssDNAB、BSAC、小牛胸腺 DNAD、脱脂奶粉E、DTT正确答案：E78、一般来说，设计的寡核苷酸探针的长度为：A、200~300bpB、17~50bpC、2~10bpD、60~100bpE、100~200bp正确答案：B79、下述序列中，在双链状态下属于完全回文结构的序列是A、AGTCCTGAB、AGTCAGTCC、AGTCGACTD、GACTCTGAE、ACTCGACT正确答案：C80、HIV 最易发生变异的部位是A、刺突蛋白B、内膜蛋白C、包膜蛋白D、逆转录酶E、核衣壳蛋白正确答案：A81、质粒 DNA 提取中，沉淀 DNA 的是A、70%乙醇B、无水乙醇C、酚/氯仿D、SDSE、异丙醇正确答案：B82、有关 SNP 位点的描述，不正确的是A、生物芯片技术可提高 SNP 位点的检测准确性B、单个 SNP 位点信息量大，具广泛的应用前景C、在整个基因组中大概有 300 万个 SNP 位点D、被称为第三代 DNA 遗传标志E、SNP 位点是单个核苷酸的变异正确答案：A83、下列病毒中，基因组可直接作为mRNA 的 3 种病毒是A、脊髓灰质炎病毒、柯萨奇病毒、流感病毒B、脊髓灰质炎病毒、AIDS 病毒、麻疹病毒C、脊髓灰质炎病毒、甲型肝炎病毒、新型肠道病毒D、脊髓灰质炎病毒、乙型肝炎病毒、轮状病毒E、脊髓灰质炎病毒、麻疹病毒、甲型肝炎病毒正确答案：C84、关于 RNA 探针的描述下列不正确的是A、可用于随机引物标记B、特异性高C、灵敏度高D、可用非同位素标记法标记E、不易降解正确答案：E85、Tm 值主要取决于核酸分子的A、A-T 含量B、G-C 含量C、A-C 含量D、T-G 含量E、C-T 含量正确答案：B86、实时荧光 PCR 中，GC 含量在 20%~80% (45%~55%最佳) ，单链引物的最适长度为A、35~50bpB、15~20bpC、55~70bpD、5~20bpE、70~90bp正确答案：B87、表达谱芯片主要用于分析( )A、蛋白质之间作用B、单个碱基缺失C、SNPD、目标序列富集E、差异基因表达正确答案：E88、连接酶链反应正确的是A、不能用来检测DNA 点突变B、DNA 连接酶代替DNA 聚合酶C、不需预知靶 DNA 的序列D、引物在模板上的位置不能紧密相连E、属于靶序列扩增正确答案：B89、规范化的临床基因扩增检验实验室工作区域不包括A、试剂储存和准备区B、标本制备区C、产物分析区D、隔离区E、扩增区正确答案：D90、与耳聋有关的最主要的 mtDNA 突变是A、点突变B、插入或缺失C、大片段重组D、拷贝数变异E、异质性突变正确答案：A91、目前被 DNA 自动化测序技术广泛采用的酶是A、大肠杆菌 DNA 聚合酶ⅠB、Klenow 片段C、测序酶D、耐热 DNA 聚合酶E、限制性内切核酸酶正确答案：D92、熔解曲线分析的描述中错误的是A、利用核酸序列不同其熔解曲线不同的原理B、检测突变的技术C、可区分杂合体和纯合体D、PCR 扩增产物需纯化处理后分析E、可用于病原微生物基因型分析正确答案：D93、关于 PCR 反应引物的描述，不正确的是A、引物的长度在 20~30bpB、引物自身或引物之间不应存在互补序列，防止产生二聚体和发夹结构C、引物中 G+C 的含量占 45%~55%D、引物的3’端可以带有生物素、荧光或酶切位点等作为标记E、两条引物的Tm 值应该尽量相近正确答案：D94、在核酸杂交中，目前应用最广泛的一种探针为A、基因组 DNA 探针B、寡核苷酸探针C、cDNA 探针D、RNA 探针E、克隆探针正确答案：C95、检测 TB 的实验室技术中，被认为是目前最先进的一种检测TB 及其耐药性的方法是A、PCR 技术B、荧光定量 PCR 技术C、PCR-RFLP 技术D、全自动结核杆菌检测技术E、DNA 测序技术正确答案：D96、分离纯化核酸的原则是 ( )A、保证纯度与浓度B、保持二级结构完整并保证纯度C、保持一级结构完整并保证纯度D、保持空间结构完整E、保证一定浓度正确答案：C97、下列哪种质粒带有抗性基因A、F 质粒B、Col 质粒C、接合型质粒D、ColEIE、R 质粒正确答案：E98、有关 PCR 的描述下列不正确的是A、是一种酶促反应B、引物决定了扩增的特异性C、由变性、退火、延伸组成一个循环D、循环次数越多产物量就越大，可增加循环次数提高产物量E、扩增的对象是 DNA 序列正确答案：D99、PCR 反应体系不包括A、耐热的 TaqDNA 聚合酶B、cDNA 探针C、4 种 dNTPD、合适的缓冲液体系E、模板 DNA正确答案：B100、下列不是片段性突变引起原因的是A、碱基缺失B、基因重排C、碱基扩增D、转录异常E、碱基插入正确答案：D。

全基因组表达谱芯片筛选非小细胞肺癌常规分割和大分割放疗差异基因的初步研究

孙
摘要健① 刘宁波① 曲晨 Fra bibliotek① 王宝虎① 郭
华② 王
平①
目的：获得稳定的非小细胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）放射抗拒细胞系，明确常规分割和大分割放疗后肿瘤基因表达改变。方法：
采用Ａ５４９细胞系，６ＭＶＸ线常规照射（２Ｇｙｘｌ７ｆ）和大分割照射（４Ｇｙｘ７ｆ），克隆形成实验和１一Ｈ２ＡＸ免疫荧光染色结合共聚焦显微镜验证细胞的放射抗拒特性。提取ｍＲＮＡ，全基因组表达谱芯片检测差异基因表达，分析２倍以上改变的基因（Ｐ＜Ｏ．０５），同时对芯片结果行Ｐａｔｈｗａｙ分析（Ｑ＜０．０５）。结果：获得了２株放疗抗拒细胞系Ａ５４９Ｒｃ一ｎ和Ａ５４９ｔＬｃｍ表达谱芯片显示，Ａ５４９与Ａ５４９Ｒ：。一相比，差异表达基因为１７０１个（３５７个上调，１３４４个下调）；Ａ５４９与Ａ５４９Ｒ，ｃ，＿，相比，９４４个基因上调，２６０２个基因下调。Ａ５４９Ｒ。一与Ａ５４９Ｒ４Ｇｙ＿Ｒ相比，３１８个基因上调，６９９个基因下调。常规分剖照射与大分割照射的ｐａｔｈｗａｙ显著性富集分析显
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中国肿瘤临床２０１３年第４０卷第２ｌ期ＣｈｉｎＪＣｌｉｎＯｎｃｏｌ２０１３，Ｖｏ１．４０，Ｎｏ．２１ｗｗｗ．ｃｊｃｏ．ｃｎ