构建基因树基本步骤

1、进行modeltest

A, 序列名称中不可以用横线“—”可用下划线“—”，用clustax比对序列并生成..aln 格式的文件；B, 在clustax的下拉菜单中选择save as，将文件另存为.nxs格式的文件，然后将其扩展名改成.nex，用于后面的modeltest检测；

C, 打开.nex文件，将modeltest里的补丁paupblock拷入此文件的末端，再另存.nex文件；

D, 在paup软件中打开修改后的.nex文件（可将paup创建快捷方式到目标文件夹进行分析运算），运行，生成model.scores，将该文件拷到modeltest的bin文件夹；

E, 在cmd下运行：cd …..(路径、回车)，运行命令：modeltest3.7.win model.out即生成model.out文件（更改根目录时，如从C盘到D盘，输入d: 回车即到d盘，然后输入路径即可）；F, 打开model.out文件，寻找合适的模型（model selected: …….），一般最大似然值（-lnL）越大，参数（k）越少，模型越合适。

2、PAUP构建基因树（花费的时间很长，一般先做mrbayes）

A, 在以上生成的model.out文件中找到“最适模型下的begin paup…..”信息，将其拷贝到最初的有.aln转换成的.nex文件的末尾，并加入相应的参数：。。。。。，保存。

begin paup;

log file=bootstrapconsensus.log;

Lset Nst=2 TRatio=3.3424 Rates=gamma Shape=0.4337 Pinvar=0;

HSEARCH ADDSEQ=random;

savetrees file=pus_nj_bs.trees format=nex;

contree /majrule=yes strict=no le50=yes usetreewts=yes showtree=yes

treefile=pus_finalbootstrap.trees treefile=pus_finalbootstrap.trees;

log stop;

end;

B，在paup中运行，即生成该树文件。

3、Mrbayes构建基因树

A, 在以上生成的model.out文件中找到“最适模型下的be gin paup…..”信息，将其拷贝到最初的有.aln转换成的.nex文件的末尾，并加入相应的参数：。。。。。，保存。

begin mrbayes;

lset nst=2

rates=gamma ;

mcmcp

ngen=700000

nchains=6

temp=0.2

printfreq=200

savebrlens=yes

samplefreq=100

burnin=300000;

mcmc;

sumt

burnin=500

contype=allcompat

showtreeprobs=yes;

end;

最后，删除.nex文件上方一行命令：symbols="ABCDEFGHIKLMNPQRSTUVWXYZ"

将其拷贝到Mrbayes运行程序的文件夹中。

B，在Mrbayes中运行，命令：execute 文件名.nex .即生成.con文件，打开文件，将有树信息的部分内容（tree…）另存为.txt文件，然后用tree.view打开即可，也可直接用treeview打开.con文件。概率值小于等于0.01可终止

（后验概率<0.9一枝说明建树不准，应将此树枝拆开，与上游>0.9的树枝合并，来人工调整）

Option to use tree weiedghts in majority-rule consensus requested, but no tree weights are available.