诺禾致源-ChIP-seq 流程

ChIP-seq

染色体免疫共沉淀（ChIP）是一种用于研究蛋白质与DNA的体内相互作用的经典实验技术。采用特异性抗体将目的蛋白进行免疫沉淀，由此可以把目的蛋白所结合的基因组DNA片段也富集下来。通过与高通量测序技术的结合，对ChIP后的DNA产物进行测序分析，从全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点，以高效率的测序手段得到高通量的数据结果。

1.1C hIP免疫沉淀实验流程

目前主要有两种不同的ChIP实验方法，大致流程如下（均以细胞样品的处理过程为例）：

Cross-liking Chromatin Immunoprecipitation (X-ChIP)

1.甲醛处理细胞，使DNA-protein的相互结合作用被交联固定。

2.裂解细胞，得到全细胞裂解液。

3.超声处理，将基因组DNA打断至100-500 bp。

4.抗体免疫沉淀：在细胞裂解液中加入一抗和beads，并进行孵育。

5.采用合适的实验条件进行洗脱，并解交联。

6.通过qPCR对ChIP结果进行验证。

7.准备好的ChIP后的DNA样品可以用于ChIP Sequencing建库。

Native Chromatin Immunoprecipitation (N-ChIP)

1.通过非变性的方式得到核裂解液。

2.微球菌核酸酶（Micrococcal nuclease）消化染色质，得到单核小体或核小体

寡聚体。

3.抗体免疫沉淀：在细胞裂解液中前后加入一抗和beads，并进行孵育。

4.DNA分离。

5.通过qPCR对ChIP结果进行验证。

6.准备好的ChIP后的DNA样品可以用于ChIP Sequencing建库。

下面步骤由我们公司做：

1.2C hIP Sequencing文库构建流程

1.DNA片段末端修复,3’端加A碱基，连接测序接头（详细步骤请参考Illumina 公司Paired-End DNA Sample Prep kit）。

2.PCR扩增及DNA产物的片段大小选择（一般为100-300 bp，包括接头序列在内）

合格的文库用于上机测序。