肿瘤基因检测的解读流程
肿瘤基因检测的解读作业流程
从临床进入基因检测步骤是入口，检测结果结合临床信息进行合了解读是出口，这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、试验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个步骤。
其中第四部分临床解读部分即是依据检测结果、患者信息、医生共识综合判定，临床和遗传咨询有效衔接、充足沟通，最终出具临床解读汇报。
在做成临床解读汇报之前，首先需要将解读各个步骤进行明确，包含解读步骤步骤，解读技术细节。
这么才有可能真正做到解读规范化，使解读过程有据可依，有章可循，才能出具一份好临床解读汇报，基因检测才能愈加好服务患者和临床医生。
从大框架讲，基因检测数据解读可分为三个步骤：原始数据→分析数据、基于数据库解读→和患者个体表征/临床病例结合解读。
1、读懂原始数据将测序原始序列数据（FASTQ）去除接头及低质量序列，经BWA软件比对至GRCh37/38（NCBI版本）或hg19/hg38（UCSC版本）人类基因组参考序列上，Picard去除反复序列，使用GATK检测SNV和Indel变异，使用ANNOVAR 进行变异注释。
最终取得一份.vcf文件（图1）。
图1 从测序原始序列数据到vcf文件步骤一份vcf文件包含以下基础信息。
Chr：变异所在染色体Start：变异在染色体上起始位置End：变异在染色体上结束位置Ref：参考基因组序列Alt：检测样本基因组序列Func.refGene：变异所处参考基因功效区（exonic，intronic，UTR3，UTR5，splicing，upstream，downstream，intergenic）（此处exonic特指外显子编码氨基酸区，不包含外显子UTR区）Gene.refGene：变异所处参考基因名称（假如是基因间，则是两侧基因）GeneDetail.refGene：非外显子区处于特定转录本中具体位置（假如是基因间，则是距离两侧基因距离）ExonicFunc.refGene：外显子区变异类型（frameshift insertion，frameshiftdeletion，stopgain，stoploss，nonframeshift insertion，nonframeshiftdeletion，synonymous SNV，nonsynonymous SNV），假如这一栏是一个“.”话，就说明该变异不在外显子区AAChange.refGene：氨基酸水平改变（同一个基因可能含有多个转录本，氨基酸改变位置在不一样转录本中有可能不一样）经注释后vcf文件还会包含以下信息：CLINSIG：该变异在ClinVar数据库中临床意义（Benign，Likely benign，Uncertain significance，Likelypathogenic，Pathogenic，Drug-response）CLINDBN：该变异所引发疾病名称CLINACC：该变异登记号和版本号（VariantAccession and Versions）CLINSDB：该变异所引发疾病所在数据库名称CLINSDB：该变异所引发疾病所在数据库中IDPopFreqMax：该变异人群中最大等位基因频率1000_All：该变异在千人基因组计划数据库中人群等位基因频率1000_AFR：该变异在千人基因组计划数据库中非洲人群等位基因频率1000_AMR：该变异在千人基因组计划数据库中美国人群等位基因频率1000_EAS：该变异在千人基因组计划数据库中东亚人群等位基因频率1000_EUR：该变异在千人基因组计划数据库中欧洲人群等位基因频率1000_SAS：该变异在千人基因组计划数据库中南亚人群等位基因频率Snp138：该变异在dbSNP数据库中IDCosmic70：该变异在癌症体细胞突变数据库COSMIC中IDESP6500siv2_ALL：该变异在美国国家心肺血液研究所ESP6500数据库中人群等位基因频率ESP6500siv2_AA：该变异在美国国家心肺血液研究所ESP6500数据库中非洲裔人群等位基因频率ESP6500siv2_EA：该变异在美国国家心肺血液研究所ESP6500数据库中欧洲裔人群等位基因频率ExAC_All：该变异在ExAC数据库中人群等位基因频率ExAC_AFR：该变异在ExAC数据库中非洲人群等位基因频率ExAC_AMR：该变异在ExAC数据库中美国人群等位基因频率ExAC_EAS：该变异在ExAC数据库中东亚人群等位基因频率ExAC_FIN：该变异在ExAC数据库中芬兰人群等位基因频率ExAC_NFE：该变异在ExAC数据库中非芬兰欧洲人群等位基因频率ExAC_OTH：该变异在ExAC数据库中除已指定人群之外人群等位基因频率ExAC_SAS：该变异在ExAC数据库中南亚人群等位基因频率CG46：该变异在CG46数据库中人群等位基因频率。
肿瘤基因检测报告
肿瘤基因检测报告如何看懂肿瘤基因检测报告现在，随着科技的不断发展，肿瘤基因检测已经成为了癌症治疗的一项重要手段。
不过，对于一般人来说，肿瘤基因检测报告的语言和数据可能会有些难以理解，那么，接下来我们就来看看如何看懂肿瘤基因检测报告。
首先，我们需要了解一些基本概念。
肿瘤基因检测报告中最常见的一个概念就是“突变”。
简单来说，突变是指基因发生了异常改变，从而影响了基因所编码的蛋白质的功能，这种异常改变可能是遗传而来，也可能是后天因素所致。
肿瘤基因检测报告中还会出现“等位基因”、“基因型”等术语，它们是指个体的基因构成。
等位基因指的是位于同一基因位点上的两个基因，而基因型则是指一个个体在某一基因位点上，由该个体所拥有的两种等位基因所决定的遗传状态。
接下来，我们需要了解一些分析方法。
肿瘤基因检测报告中常见的分析方法有测序分析、芯片分析、FISH分析等。
测序分析是指对DNA序列进行测定，从而了解其中是否存在某种突变或基因序列异常；芯片分析则是通过对小片段DNA序列进行探针检测，从而判断其中是否存在某些变异情况；FISH分析则是检测染色体水平上的异常改变，例如染色体错位、缺失等。
在肿瘤基因检测报告中，可能会同时采用多种分析方法，以全面了解患者体内的肿瘤情况。
接下来，我们需要了解如何解读肿瘤基因检测报告。
对于每个患者而言，其肿瘤基因检测报告都是独一无二的。
正常情况下，基因突变一般被分为两种类型：良性突变和致病突变。
其中，良性突变指的是基因发生了异常改变，但并不一定会导致肿瘤的发生；而致病突变则是指基因突变恶化导致肿瘤细胞的增殖和扩散。
通过对肿瘤基因检测报告中出现的突变信息进行分析，医生可以制定针对性的治疗方案，从而提高治疗的效果。
此外，肿瘤基因检测报告中还可能出现一些阴性结果。
阴性结果指的是在检测样本中未出现致病突变的情况。
但是，阴性结果并不代表肿瘤不存在，因为肿瘤可能是由多个基因和信号通路的错乱所引起的，而这些基因和通路并未被检测到。
肿瘤基因检测解读流程
肿瘤基因检测解读流程肿瘤基因检测解读流程1. 引言肿瘤基因检测是一项重要的医学技术，可以帮助医生了解患者体内肿瘤的遗传信息，从而为临床诊断和治疗提供重要依据。
本文将对肿瘤基因检测的解读流程进行详细介绍，帮助读者更好地理解这一技术的应用和意义。
2. 深度评估肿瘤基因检测内容在进行肿瘤基因检测解读之前，我们首先需要对检测内容进行深入评估。
肿瘤基因检测会通过对肿瘤组织样本的DNA进行测序分析，检测出与肿瘤相关的基因变异。
这些基因变异包括突变、缺失、重排等，可能与肿瘤的发生、发展和治疗反应等方面有关。
我们将根据具体的检测内容，制定相应的解读策略。
3. 广度评估肿瘤基因检测主题在对肿瘤基因检测内容进行深入理解之后，我们需要从广度上评估肿瘤基因检测的主题。
肿瘤基因检测的主题涉及多个方面，包括遗传变异与肿瘤风险、个体化治疗指导、药物疗效预测以及肿瘤进展风险评估等。
我们将从简到繁，由浅入深地探讨这些主题，让读者能够逐步深入了解肿瘤基因检测的应用和意义。
4. 解读流程4.1 样本收集与准备在进行肿瘤基因检测之前，首先需要采集肿瘤组织样本，并进行样本的预处理，包括DNA提取和质量检测等。
这一步骤的准确性和可靠性对后续的检测结果至关重要。
4.2 DNA测序与数据分析采集到的肿瘤组织样本将进行DNA测序，得到大量的测序数据。
通过生物信息学分析，对测序数据进行处理和解读，筛选出与肿瘤相关的基因变异，并进行相应的注释和过滤。
4.3 参考数据库查询与解析为了进一步理解检测得到的基因变异信息，我们需要进行参考数据库的查询与解析。
这些数据库包括NCBI、COSMIC等，提供了大量的遗传变异信息和相关研究数据，有助于我们对基因变异的功能和临床意义进行评估。
4.4 结果解读与报告综合得到的检测结果、数据库查询和相关文献资料，我们将对基因变异的解读进行详细的分析和评估。
解读的内容包括基因变异的类型、频率、功能以及与肿瘤相关的可能机制等。
肿瘤早筛报告解读流程
方案模板
【全面健康指导方案】
姓 名： *** 性 别： 女 年 龄： 50
检测时间： 2015.03.20
检测项目：
普瑞迈德肿瘤超早期预警筛查
全面 健康 管理 方案 一 模板
第一部分 肿瘤风险提示
本次血浆中检测出肿瘤特有 RB1 基因突变。该基因有如下相 关肿瘤风险：
RB1 基因突变在肿瘤中的发生率
其他报告导读
Cst4 报告-模板
Cst4 项目检测报告单
姓 名: 送检样本: 检测项目: 性 别: 编 号: 临床诊断: 年 龄: 送检日期: 送样单位:
Cst4 检测
检测方法：ELISA 法（酶联免疫吸附法） 检测结果： pg/ml 【参考值：0-101 pg/ml】
CST4项目检测标准曲线图
突变比率为食道癌3%（每100个食道癌患者中有3个人检测到AFF3突变） ，结直肠癌
4% （每100个结直肠癌患者中有4个人检测到AFF3突变） ，膀胱癌（每100个膀胱癌患 者中有9个人检测到AFF3突变） 9%。
报告导读
图形说明 3
基因检测结果（阴性）： 报告中基因检测为无突变， 结果用蓝色曲线表示，代 表样本与正常对照无差异。 基因检测结果（阳性）： 报告中基因检测为有突变， 结果用红色曲线表示，代 表样本与正常对照有明显 差异。
基因在肿瘤中的发生率：
报告中有突变基因，其肿 瘤发生率用红色柱状图表 示，发生率仅代表基因与 肿瘤的相关性。
报告导读
图形说明 2
横坐标1-18代表检测18种肿瘤，纵坐标代表基因在肿瘤中发生率。 举例说明： AFF3基因（样本中AFF3无突变） 该基因在COSMIC数据库中与三个肿瘤有相关性，分别是食道癌、结直肠癌、膀胱癌，
肿瘤基线检测全流程经验分享
肿瘤基线检测全流程经验分享很多人都知道预防癌症的关键在于早发现,在基因技术飞速发展的今天,通过基因检测可以很好的发现罹患肿瘤疾病的风险,那么基因检测应该如何做?检测流程复不复杂?是大家普遍关心的问题,下面以肿瘤基线检测服务为例,为大家解密基因检测全流程1.客服咨询目前很多基因公司都推出了自家各种各样的基因检测产品,因为基因检测需要非常专业的测序设备和专家团队,因此大部分医院还不具备提供基因检测的软硬件条件,如果想做基因检测可以选择大型基因检测公司或服务代理公司,这些公司一般都会有自己的客服热线,通过客服电话可以更详细的了解检测服务内容及方法。
2.网站预约大部分基因公司都开设了自己的预约网站,我们可以非常方便的通过网站了解服务详情并完成在线预约。
3.医院采血基因检测不同于传统的检测手段,对于被检测者来说是非常简单和方便的,像肿瘤基线检测服务在样本采集时仅需要采集被检测者15ml静脉血即可,血液样本被保存在抗凝管中,之后通过先进的DNA提取技术对样本里的DNA进行提取。
完全没有预约排号、拍片受辐射、穿刺采样繁琐痛苦等困扰，还在最大程度上避免了因为样本采集引发的癌细胞转移风险。
4.基因检测基因检测是一个复杂的过程,不过这些大多都交由基因测序仪器来自动完成。
简单来说就是从样本中提取DNA,扩增其基因信息后，通过基因测序仪对被检测者细胞中的DNA分子信息进行分析和比对,最后形成文字报告。
5.报告提供肿瘤基线检测可以用于超早期癌症诊断或术后效果监测，肿瘤基线检测可对508个癌症易感基因点位进行检测，结合遗传组学基因检测、免疫组学基因检测、心源性猝死风险基因检测，定性判断肿瘤患病风险，这些检测结果最终形成纸质报告并寄送,也可以通过登陆网站来下载电子报告,这种方式更方便更环保。
6.报告解读肿瘤基线检测的报告内容非常专业，因此收到报告后可以拨打客服热线，由遗传学专家提供1对1的深度报告解读，包括：风险提示、监测建议、治疗建议等注意事项1.目前基因检测市场还不是很成熟,消费者要注意分辨,选择真正有实力、有能力的基因检测公司。
肿瘤基因检测实施方案
肿瘤基因检测实施方案肿瘤基因检测是一种通过分析肿瘤细胞中的基因变异来指导临床治疗的方法。
通过对肿瘤组织或血液样本进行基因检测，可以帮助医生了解肿瘤的遗传特征，为患者提供个性化的治疗方案。
在实际操作中，肿瘤基因检测的实施方案需要经过一系列的步骤和流程，以确保检测结果的准确性和可靠性。
首先，确定检测目的和范围。
在进行肿瘤基因检测之前，需要明确检测的目的和范围，比如是为了指导治疗、预测预后，还是进行遗传咨询。
同时，需要确定要检测的基因种类和检测方法，以及检测的样本来源。
其次，采集样本并进行质控。
样本的采集对于检测结果的准确性至关重要。
对于组织样本，需要在手术切除后立即进行固定和包埋，避免样本的腐败和变性。
对于血液样本，需要严格控制采集的时间和条件，避免外部因素对基因的影响。
在采集样本后，需要进行质控，确保样本的质量符合检测的要求。
接下来，进行基因检测。
根据确定的检测目的和范围，选择合适的基因检测方法，比如PCR扩增、测序分析等。
在进行基因检测时，需要严格按照操作规程进行，避免污染和误差的发生。
同时，需要建立合适的实验对照组，确保检测结果的准确性和可靠性。
最后，解读检测结果并进行临床应用。
在得到基因检测结果后，需要进行结果的解读和分析。
根据检测结果，制定个性化的治疗方案，比如选择靶向药物治疗、化疗方案等。
同时，将检测结果纳入临床诊疗决策的参考，指导临床医生进行治疗方案的选择和调整。
总之，肿瘤基因检测实施方案是一个复杂的系统工程，需要在每一个环节都严格把关，确保检测结果的准确性和可靠性。
只有通过科学规范的实施方案，才能为肿瘤患者提供更精准、更有效的个性化治疗方案，提高治疗的成功率和生存质量。
肿瘤科基因检测与个体化治疗
肿瘤科基因检测与个体化治疗近年来，随着科技的不断进步和医学的飞速发展，肿瘤治疗领域也迎来了一次革命性的变革。
基因检测与个体化治疗作为肿瘤科研究的重要领域，为患者提供了更加精确、个性化的治疗方案。
本文将探讨肿瘤科基因检测与个体化治疗的意义、方法和前景。
一、基因检测的意义1. 基因检测可以帮助发现遗传突变肿瘤的发生与基因突变密切相关。
基因检测可以帮助医生发现与肿瘤相关的遗传突变，从而对患者的病情进行更准确的评估。
通过对肿瘤基因的检测，可以了解肿瘤的发生机制，针对性地选择合适的治疗方法。
2. 基因检测可以预测治疗效果不同个体对同一治疗方法的反应可能存在差异。
基因检测可以帮助医生预测患者对某种治疗方案的敏感性和耐药性，避免因试错而造成的不良影响。
基因检测结果可以为医生制定个性化治疗方案提供有力的依据。
二、基因检测的方法1. 常见的基因检测技术常见的基因检测技术包括PCR、测序技术和芯片技术。
PCR技术是最常用的基因检测方法之一，它可以通过扩增目标基因片段，检测该基因的突变情况。
测序技术可以对DNA或RNA的序列进行测定，帮助全面了解基因的变异情况。
芯片技术则可以同时分析多个基因的表达水平，快速筛查出与肿瘤相关的基因。
2. 基因检测的操作流程基因检测的操作流程主要包括样本采集、DNA或RNA提取、PCR扩增、测序分析和结果解读等步骤。
在样本采集过程中，通常采用活检组织、血液或体液等方式获取患者的生物样本。
提取样本中的DNA或RNA后，可以通过PCR扩增目标基因，在测序仪或芯片上进行测序或芯片检测，最终解读结果得出。
三、个体化治疗的意义1. 个体化治疗可以提高治疗效果个体化治疗是根据患者的基因检测结果，为其量身定制治疗方案。
通过了解患者的基因信息，医生可以选择更加有效的治疗手段，提高治疗的成功率。
个体化治疗在一定程度上解决了传统治疗方法的不足，为患者提供更好的治疗效果。
2. 个体化治疗可以减少副作用传统的治疗方法往往对患者的整体产生一定的影响，包括不可避免的副作用。
肿瘤基因检测流程
肿瘤基因检测流程
第一步：提取DNA
肿瘤基因检测需要提取个体DNA，因为基因变异是通过DNA序列来确定的。
提取DNA的方法有多种，但是最常用的是血液样本提取。
在提取之前，需要先进行身份确认和签署知情同意书，确保个体知晓检测内容和风险。
第二步：建立DNA文库
建立DNA文库是为了将提取的DNA进行整理和分组，以便于检测分析。
建立DNA文库需要进行样本质量检测、样本处理、DNA浓缩等步骤，确保样本质量稳定。
第三步：检测分析
检测分析是肿瘤基因检测的核心步骤，也是最为关键的一步。
检测分析需要采用高通量测序技术，对个体DNA进行测序，检测其中的基因变异情况。
这个过程需要高度的技术和经验，同时需要确保检测结果的准确性和可靠性。
第四步：结果解读
在完成检测分析后，需要对检测结果进行解读和分析。
结果解读可以帮助个体了解自己的基因变异情况，包括患病风险、遗传病等方面。
结果解读需要由专业的医生或遗传学家进行，确保结果的准确性和可靠性。
第五步：结果咨询
结果咨询是肿瘤基因检测的最后一步，也是最为重要的一步。
结果咨
询需要由专业的医生或遗传学家进行，向个体解释检测结果、提供相应的建议和指导，帮助个体了解自己的基因状态，从而采取相应的防护措施。
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从临床进入基因检测流程就是入口,检测结果结合临床信息进行合理解读就是出口,这一入一出之间需经历检测前临床咨询部分、实验室部分、信息分析部分、临床解读部分共四个环节。
其中的第四部分临床解读部分即就是根据检测结果、患者信息、医生共识综合判断,临床与遗传咨询有效衔接、充分沟通,最终出具临床解读报告。
在做成临床解读报告之前,首先需要将解读的各个环节进行明确,包括解读的步骤流程,解读的技术细节。
这样才有可能真正的做到解读的规范化,使解读过程有据可依,有章可循,才能出具一份好的临床解读报告,基因检测才能更好的服务患者与临床医生。
从大的框架讲,基因检测数据解读可分为三个步骤:原始数据→分析数据、基于数据库的解读→与患者个体表征/临床病例结合的解读。
1、读懂原始数据将测序的原始序列数据(FASTQ)去除接头及低质量序列,经BWA软件比对至GRCh37/38(NCBI版本)或hg19/hg38(UCSC版本)人类基因组参考序列上,Picard去除重复序列,使用GATK检测SNV与Indel变异,使用ANNOVAR 进行变异注释。
最后获得一份、vcf文件(图1)。
图1 从测序的原始序列数据到vcf文件的流程一份vcf文件包含如下基本信息。
Chr:变异所在的染色体Start:变异在染色体上的起始位置End:变异在染色体上的结束位置Ref:参考基因组的序列Alt:检测样本基因组的序列Func、refGene:变异所处参考基因的功能区(exonic,intronic,UTR3,UTR5,splicing,upstream,downstream,intergenic)(此处的exonic特指外显子编码氨基酸区,不包括外显子的UTR区)Gene、refGene:变异所处参考基因名称(如果就是基因间,则就是两侧的基因) GeneDetail、refGene:非外显子区处于特定转录本中的具体位置(如果就是基因间,则就是距离两侧的基因的距离)ExonicFunc、refGene:外显子区的变异类型(frameshiftinsertion,frameshiftdeletion,stopgain,stoploss,nonframeshift insertion,nonframeshiftdeletion,synonymous SNV,nonsynonymous SNV),如果这一栏就是一个“、”的话,就说明该变异不在外显子区AAChange、refGene:氨基酸水平的改变(同一个基因可能具有多个转录本,氨基酸改变的位置在不同的转录本中有可能不一样)经注释后的vcf文件还会包含如下信息:CLINSIG:该变异在ClinVar数据库中的临床意义(Benign,Likelybenign,Uncertainsignificance,Likelypathogenic,Pathogenic,Drug-response) CLINDBN:该变异所引起的疾病名称CLINACC:该变异的登记号与版本号(VariantAccession and Versions) CLINSDB:该变异所引起疾病所在数据库名称CLINSDB:该变异所引起疾病所在数据库中的IDPopFreqMax:该变异人群中的最大等位基因频率1000_All:该变异在千人基因组计划数据库中的人群等位基因频率1000_AFR:该变异在千人基因组计划数据库中非洲人群的等位基因频率1000_AMR:该变异在千人基因组计划数据库中美国人群的等位基因频率1000_EAS:该变异在千人基因组计划数据库中东亚人群的等位基因频率1000_EUR:该变异在千人基因组计划数据库中欧洲人群的等位基因频率1000_SAS:该变异在千人基因组计划数据库中南亚人群的等位基因频率Snp138:该变异在dbSNP数据库中的IDCosmic70:该变异在癌症体细胞突变数据库COSMIC中的IDESP6500siv2_ALL:该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的人群等位基因频率ESP6500siv2_AA:该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的非洲裔人群等位基因频率ESP6500siv2_EA:该变异在美国国家心肺血液研究所的ESP6500数据库中的欧洲裔人群等位基因频率ExAC_All:该变异在ExAC数据库中的人群等位基因频率ExAC_AFR:该变异在ExAC数据库中非洲人群的等位基因频率ExAC_AMR:该变异在ExAC数据库中美国人群的等位基因频率ExAC_EAS:该变异在ExAC数据库中东亚人群的等位基因频率ExAC_FIN:该变异在ExAC数据库中芬兰人群的等位基因频率ExAC_NFE:该变异在ExAC数据库中非芬兰欧洲人群的等位基因频率ExAC_OTH:该变异在ExAC数据库中除已指定人群之外的人群等位基因频率ExAC_SAS:该变异在ExAC数据库中南亚人群的等位基因频率CG46:该变异在CG46数据库中的人群等位基因频率。
CG46就是由CompleteGenomics(BGI)公司对46个样本的全基因组测序而建立的数据库,截止2017年,她们已经对超过20000个样本进行了全基因组测序与分析。
ICGC_Id:国际癌症基因协作组中各研究的IDICGC_Occurrence:该变异在ICGC数据库中的发生情况。
该栏数据结构如COCA-CN|1|187|0、00535,指中国结直肠癌的研究(https://icgc、org/),在187例患者中有1例发生突变,突变比例为0、00535Nci60:该变异在nci60数据库中的等位基因频率。
Nci60就是被广泛用于药物筛选的人类60种肿瘤细胞系组合,已经进行了全外测序。
随着研究的进步,美国癌症研究所NCI在2016年宣布NCI-60细胞系“退休”,PDX新模型“上任”。
Interpro_domain:InterPro算法预测的突变所处的保守结构域(http://www、ebi、ac、uk/interpro/)dbscSNV_ADA_SCORE:基于adaptive boosting预测变异对剪接位点改变的可能性dbscSNV_RF_SCORE:基于Random Forest预测变异对剪接位点改变的可能性。
得分代表剪接影响的可能性大小,如果dbscSNV_ADA_SCORE与dbscSNV_RF_SCORE得分均小于0、6,则对剪接位点没有影响(PMID: 28132688)。
Omim_phenotype:在OMIM数据库中该基因(不就是该变异)对应的表型QUAL:测序质量分数,计算方法为Q = -10log10(e),可衡量碱基未正确检出的概率。
FILTER:对变异位点做进一步的过滤。
无论您用什么方法对变异位点进行过滤,过滤完了之后,在FILTER一栏都会留下过滤记录,如果就是通过了过滤标准,那么这些通过标准的好的变异位点的FILTER一栏就会注释一个PASS,如果没有通过过滤,就会在FILTER这一栏提示除了PASS的其她信息(other FILTER flag)。
如果这一栏就是一个“、”的话,就说明没有进行过任何过滤INFO&FORMAT:该栏数据结构GT:AD:AF:ALT_F1R2:ALT_F2R1:FOXOG:QSS:REF_F1R2:REF_F2R1。
GT:基因型,对于一个二倍体生物,0表示跟REF一样,1表示表示跟Alt一样;2表示第二个Alt;AD:对应两个以逗号隔开的值,这两个值分别表示覆盖到REF与Alt碱基的reads数,相当于支持REF与支持Alt的测序深度;AF:支持Alt的测序深度占总测序深度的比例,即等位基因丰度NORMAL:与肿瘤组织对应的正常组织中的信息,一般通过外周血测序获得TUMOR:肿瘤组织中的信息此外还可能包含各种算法对非同义突变保守性预测值,这些算法包括SIFT prediction(T: tolerated; D: deleterious),PolyPhen HumanDiv prediction (D:Probably damaging, P: possibly damaging; B: benign)、LTR、MutTaster、MutationAssessor、FATHMM、CADD、GERP++等等。
2、分析挖掘数据对全外显子检测(或者属于较大pannel范畴的情况也可以),可以进行肿瘤突变负荷(Tumor mutationburden)计算。
临床研究表明,使用PD1/PD-L1抑制剂等免疫治疗药物时,具有较高突变负荷的患者具有较好的客观缓解率(ORR)、较长的无进展生存期(PFS),同时持续临床疗效(DCB)也更佳。
然而,由于目前没有统一的肿瘤突变负荷计算方法,在做纵向比较时需谨慎。
该分析使用的计算方法为,肿瘤组织中突变丰度大于等于5%,正常组织中突变丰度小于等于1%,ExonicFunc、refGene一栏去除“、”、synonymous SNV、unknown标签的数据,PopFreqMax一栏去除人群等位基因频率大于0、1%的数据(注意保留“、”)。
此外,免疫治疗相关的一些基因突变(如EGFR、干扰素信号通路的JAK、B2M等)值得关注。
对全外显子检测,能够发现大量的体细胞突变。
有的突变就是致病性的称为为驱动突变或司机突变(与之对应的称为乘客突变或继发性突变),这些突变或导致DNA修复缺陷,或导致细胞不受调控的增殖生长,或导致细胞不能正常凋亡,或导致细胞侵袭性增强,或导致免疫逃逸。
因而从大量的体细胞突变中鉴定肿瘤的驱动基因突变既就是基因检测的重要目的之一,同时也就是一项艰难的工作。
一般来说一个肿瘤的发生其驱动基因突变的数目为0-8个,且她们不会分布于同一个关键的肿瘤相关信号通路中(比如BRAF与KRAS,比如APC与CTNNB1)或并行的两个重要信号通路中(比如PIK3CA与KRAS)。
一般来说原癌具有较为明显突变热点聚集倾向(比如KRAS与PIK3CA),而抑癌基因的突变位点较为分散(比如RB1与VHL)。
对全外显子检测目前已经在肿瘤中得到较为广泛的应用,如何高效寻找驱动基因突变急需指导与规范化的文件,但由于肿瘤细胞突变多为体细胞突变,遗传性突变领域的规范化文件(后面会具体讲)难以照搬使用。
因为体细胞突变的意义与遗传性突变的意义比如致病性突变这样的描述有所不同,比如我们可以采用响应药物的突变(responsive)、耐药突变(resistant)、驱动性突变(driver)、继发性突变(passenger)来描述突变的意义。
值得庆幸的就是,2017年伊始,分子病理协会(Association for Molecular Pathology, AMP)、美国临床肿瘤协会(American Societyof Clinical Oncology)与美国病理学家联盟(College ofAmerican Pathologists)对高通量测序在肿瘤诊疗领域的应用从突变记载(HGVS)、注释解读、报告进行了指导与规范(PMID: 27993330)。