北京大学化学信息学
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Sybyl Line Notation (SLN）(Tripos)
5
3
O
NH2
6
12 11
13
Fra Baidu bibliotek
1
HO
CH
4
CH2
OH
89
ROSDAL
1O-2=3O,2-4-5N,4-6-7=-127,10-13O
SLN
OHC(=O)CH(NH2)CH2C[1]=CHCH =C(OH)CH=CH@1
WLN
QVYZ1R DQ
实验方法 : X-ray Diffraction
12
Human Alcohol Dehydrogenase (Adh1A)
13
分子结构信息的计算机存储和表达
如何使用计算机存储化学结构？ 如何处理存储的结构信息? 计算机在Chemoinfomatics中的应用？
14
分子结构信息表达的内容
22
SMILE标记示例
C Methane C1CCCCC1 cyclohexane
O water
c1ccccc1 benzene
CC ethane
CO methanol
OC methanol
N[C@@H](C)C(=O)O
CCO ethanol
SMILES
OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C=C1
21
分子结构一维表示法 (Line Notation)
Simplified Molecular Input Line Entry System (SMILES)
基于价键模型的标记法 Author: Dave Weininger (Daylight)
IUPAC Computational
8
名词解释 － Chemoinformatics
??： Chemoinformatics 是知识管理
（knowledge management）的有机组成部分
Nicholas J. Hrib, Norton P. Peet "Chemoinformatics: are we exploiting these new science?“
Drug Discovery Today 5 (11): 483-485, Nov. 2000
9
名词解释 － Cheminformatics
化学信息学： …结合化学合成、生物筛选及数据挖掘技术
指导药物发现和开发，… 用于合理的设计具有 类药性质的化合物，…构建用于虚拟高通量筛选 的智能化合物库，…研究以往的数据知道先导化 合物的优化
OH
16
分子结构信息表达的内容
原子 原子间的连接
键型（芳香环）
立体化学构型 电荷 同位素 3D-coordinates for atoms
OH
CH2 O H2N C H
OH
17
分子结构信息表达的内容
原子 原子间的连接
键型（芳香环）
立体化学构型 电荷 同位素 3D-coordinates for atoms
化学统计学： 使用数理统计学的方法对化学信息（如有
机，分析和药物化学）进行分析，或进行化学实 验的设计和模拟
IUPAC Computational
7
名词解释 － Bio-informatics
生物信息学： 使用数理统计学的方法对化学信息（如有
机，分析和药物化学）进行分析，或进行化学实 验的设计和模拟
OH
CH2 O
+
H3N C H O
18
分子结构信息表达的内容
原子 原子间的连接
键型（芳香环）
立体化学构型 电荷 同位素 3D-coordinates for atoms
OH
CH2 O H 2N 14 C H
OH
19
20
分子结构一维表示法 (Line Notation)
简介：
使用字符串表示分子结构
原子 原子间的连接
键型
立体化学构型 电荷 同位素 3D-coordinates for atoms
OH
CH2 O H2N C H
OH
15
分子结构信息表达的内容
原子 原子间的连接
键型
立体化学构型 电荷 同位素 3D-coordinates for atoms
OH
CH2 O H2N C H
Cheminformatics: Intelligent Drug Discovery May 28- 30, 2003 Philadelphia PA
10
11
Human Alcohol Dehydrogenase (Adh1A)
分类: Oxidoreductase
简介: Molecule: Class I Alcohol Dehydrogenase 1, Subunit; Chain: A, B; Engineered: Yes
课程内容安排
第十一讲：Chemoinformatics
分子结构信息的计算机存储和表达 分子二维数据库和数据库检索技术
第十二讲：Cheminformatics
分子多样性和化合物筛选 三维结构的实验数据资源 基于三维结构的计算方法 化合物组合库 高通量虚拟筛选
1
化学信息学
第十一讲 Chemoinformatics
2
内容
相关名词辨析及化学信息学由来 分子结构信息的计算机存储和表达 分子二维数据库和数据库检索技术
3
名词解释 － Computational Chemistry
计算化学： 使用数学方法计算分子性质和模拟分子行为
的方法。并且包括合成设计、数据库搜索、组合 库操作等
(Hopfinger, 1981; Ugi et al., 1990). IUPAC Computational
现有的几种表示法
Wiswesser Line Notation (WLN) (Dialog)
Simplified Molecular Input Line System (SMILES/SMARTS) – (Daylight)
Representation of Structure Diagram Arranged Linearly (ROSDAL) - (Beilstein)
4
相关名词辨析
5
名词解释 － Molecular Modeling
分子建模方法： 使用计算化学和图形显示技术研究分子结
构和性质，从而获得在给定环境下的分子三维结 构的近似表达
IUPAC Medicinal Chemistry, IUPAC Computational
6
名词解释 － Chemometrics
5
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O
NH2
6
12 11
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Fra Baidu bibliotek
1
HO
CH
4
CH2
OH
89
ROSDAL
1O-2=3O,2-4-5N,4-6-7=-127,10-13O
SLN
OHC(=O)CH(NH2)CH2C[1]=CHCH =C(OH)CH=CH@1
WLN
QVYZ1R DQ
实验方法 : X-ray Diffraction
12
Human Alcohol Dehydrogenase (Adh1A)
13
分子结构信息的计算机存储和表达
如何使用计算机存储化学结构？ 如何处理存储的结构信息? 计算机在Chemoinfomatics中的应用？
14
分子结构信息表达的内容
22
SMILE标记示例
C Methane C1CCCCC1 cyclohexane
O water
c1ccccc1 benzene
CC ethane
CO methanol
OC methanol
N[C@@H](C)C(=O)O
CCO ethanol
SMILES
OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C=C1
21
分子结构一维表示法 (Line Notation)
Simplified Molecular Input Line Entry System (SMILES)
基于价键模型的标记法 Author: Dave Weininger (Daylight)
IUPAC Computational
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名词解释 － Chemoinformatics
??： Chemoinformatics 是知识管理
（knowledge management）的有机组成部分
Nicholas J. Hrib, Norton P. Peet "Chemoinformatics: are we exploiting these new science?“
Drug Discovery Today 5 (11): 483-485, Nov. 2000
9
名词解释 － Cheminformatics
化学信息学： …结合化学合成、生物筛选及数据挖掘技术
指导药物发现和开发，… 用于合理的设计具有 类药性质的化合物，…构建用于虚拟高通量筛选 的智能化合物库，…研究以往的数据知道先导化 合物的优化
OH
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分子结构信息表达的内容
原子 原子间的连接
键型（芳香环）
立体化学构型 电荷 同位素 3D-coordinates for atoms
OH
CH2 O H2N C H
OH
17
分子结构信息表达的内容
原子 原子间的连接
键型（芳香环）
立体化学构型 电荷 同位素 3D-coordinates for atoms
化学统计学： 使用数理统计学的方法对化学信息（如有
机，分析和药物化学）进行分析，或进行化学实 验的设计和模拟
IUPAC Computational
7
名词解释 － Bio-informatics
生物信息学： 使用数理统计学的方法对化学信息（如有
机，分析和药物化学）进行分析，或进行化学实 验的设计和模拟
OH
CH2 O
+
H3N C H O
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分子结构信息表达的内容
原子 原子间的连接
键型（芳香环）
立体化学构型 电荷 同位素 3D-coordinates for atoms
OH
CH2 O H 2N 14 C H
OH
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分子结构一维表示法 (Line Notation)
简介：
使用字符串表示分子结构
原子 原子间的连接
键型
立体化学构型 电荷 同位素 3D-coordinates for atoms
OH
CH2 O H2N C H
OH
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分子结构信息表达的内容
原子 原子间的连接
键型
立体化学构型 电荷 同位素 3D-coordinates for atoms
OH
CH2 O H2N C H
Cheminformatics: Intelligent Drug Discovery May 28- 30, 2003 Philadelphia PA
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Human Alcohol Dehydrogenase (Adh1A)
分类: Oxidoreductase
简介: Molecule: Class I Alcohol Dehydrogenase 1, Subunit; Chain: A, B; Engineered: Yes
课程内容安排
第十一讲：Chemoinformatics
分子结构信息的计算机存储和表达 分子二维数据库和数据库检索技术
第十二讲：Cheminformatics
分子多样性和化合物筛选 三维结构的实验数据资源 基于三维结构的计算方法 化合物组合库 高通量虚拟筛选
1
化学信息学
第十一讲 Chemoinformatics
2
内容
相关名词辨析及化学信息学由来 分子结构信息的计算机存储和表达 分子二维数据库和数据库检索技术
3
名词解释 － Computational Chemistry
计算化学： 使用数学方法计算分子性质和模拟分子行为
的方法。并且包括合成设计、数据库搜索、组合 库操作等
(Hopfinger, 1981; Ugi et al., 1990). IUPAC Computational
现有的几种表示法
Wiswesser Line Notation (WLN) (Dialog)
Simplified Molecular Input Line System (SMILES/SMARTS) – (Daylight)
Representation of Structure Diagram Arranged Linearly (ROSDAL) - (Beilstein)
4
相关名词辨析
5
名词解释 － Molecular Modeling
分子建模方法： 使用计算化学和图形显示技术研究分子结
构和性质，从而获得在给定环境下的分子三维结 构的近似表达
IUPAC Medicinal Chemistry, IUPAC Computational
6
名词解释 － Chemometrics