ChemOffice2008实用教程

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1.1 ChemOffice2008简介
图1-1 ChemOffice发展历史
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1.2 ChemOffice2008模块
ChemDraw：化学结构绘图（Chemical Structure Drawing Standard）
Chem3D：分子模拟分析绘图（Molecular Modeling and Analysis）
图3-5 模型显示工具栏
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3.1.2 文件基本操作
新建文件 打开文件 保存文件
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3.1.3 图形基本操作
Fra Baidu bibliotek
撤销及重做 复制、剪切及粘贴 全选及清除 打印
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3.1.4 自定义Chem3D的工作界面
图3-6 “Preferences（参数）”对 话框中的选项卡及功能
图3-7 “General（整体设 置）”选项卡
ChemOffice2008实用教程
——化学结构绘图 分子模拟 数据整合
主编：曾炜、孙延辉、李红霞
时间：2009年8月
目录
1. ChemOffice基础知识 2. ChemDraw操作基础 3. Chem3D操作基础 4. ChemFinder操作基础
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1. ChemOffice基础知识
1.1 ChemOffice2008简介 1.2 ChemOffice 2008的模块 1.3 ChemOffice 2008的安装与启动 1.4 其他绘图软件
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1.2.3 ChemFinder模块简介
ChemFinder（化学信息搜寻整合系统）模块可以建立化学数据库、储存数据 及搜索化学数据库，并可与ChemDraw和Chem3D联合使用，也可以使用现 成的化学数据库。 ChemFinder是一个智能型的快速化学搜寻引擎，所提供的ChemInfo信息系 统是目前世界上最丰富的数据库之一，包括ChemACX、ChemINDEX、 ChemRXN以及ChemMSDX，并不断有新的数据库加入。 ChemFinder可以从本机或网上搜寻Word、Excel、PowerPoint、ChemDraw 和ISIS格式的分子结构文件。还可以与微软的Excel结合，可连接的关联式数 据库包括Oracle及Access，输入的格式包括ChemDraw、MDL、ISIS、SD 及RD文件。
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ChemWindow ChemSketch ISIS/Draw
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2. ChemDraw操作基础
1 ChemDraw的工作环境
2 文件基本操作 3 绘图操作基础 4 自定义ChemDraw的工作界面 5 利用ChemDraw绘制图形 6 ChemDraw的扩展功能
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2.1 ChemDraw的工作环境
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2.4 自定义ChemDraw的工作界面
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页面参数设置 文档设置
工具条的显示及隐藏
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2.5 利用ChemDraw绘制图形
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绘图工具 文本的操作 绘制结构式、反应式及生物分子 化学查询工具及高级绘图技巧 综合实例
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2.6 ChemDraw的扩展功能
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显示分析信息、物理性质、元素周期表 预测NMR谱图 结构式与名称的相互转换 ChemDraw与Word及Chem3D关联 ChemDraw的在线工具
ChemFinder：化学信息搜寻整合系统（Searching & Information Integration）
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1.2.1 ChemDraw模块组件
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AutoNom：是Beilsteiny最强的软件，现已包含于ChemDraw Ultra 中，它可按照IUPAC的标准自动命名化学结构。 ChemNMR：预测13C和1H-NMR谱图，节省实验费用。 ChemProp：预测沸点（BP）、熔点（MP）、临界温度（Tc）、 临界气压（CP）、吉布斯自由能（G）、logP、折射率（n）、热 结构（HF）等性质。 ChemSpec：提示用户输入JCAMP及SPC频谱数据，以比较 ChemNMR预测的结果。 ClipArt：高质量的实验室玻璃仪器图库，用于搭配ChemDraw使用。 NameStruct：输入IUPAC化学名称后可自动生成ChemDraw结 构。
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1.3.3 如何获得帮助
用户可以通过多种不同的方式轻松获得ChemOffice 2008 的帮助： ①在ChemOffice窗口模式下的“Help”菜单获取帮助文件； ②登录美国剑桥软件公司的主页（http://www. cambridgesoft.com/）获取技术支持。
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1.4 其他绘图软件
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1.2.4 其他模块
ChemOffice组件中还包括ChemOffice WebServer——化学网站服务器数据 库管理系统。 用户可将ChemDraw和Chem3D发表在网站上，使用者可以使用ChemDraw Pro Plugin网页浏览工具在Web上查看ChemDraw的图形，或使用Chem3D Std Plugin网页浏览工具查看Chem3D的图形。 同时ChemOffice WebServer提供250000种化学品数据库，包括Sigma、 Aldrich和Fisher Acros等国外著名公司提供的信息。
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3. Chem3D操作基础
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工作环境及工作界面
Chem3D模型的建立及操作
化学计算 综合实例
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3.1 工作环境及工作界面
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工作环境
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文件基本操作
图形基本操作 自定义工作界面
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3.1.1 工作环境
图3-2 标准工具栏
图3-3 构建工具栏
图3-4 动画工具栏
图3-1 Chem3D工作界面
图2-4 主工具栏
图2-5 文本工具栏
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2.1.5 图形工具箱
图2-6 图形工具箱
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2.2 文件基本操作
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新建文件 打开文件 保存文件 打印文件 关闭文件
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2.2.1 新建文件
• 在ChemDraw的文件操作中，当打开软件时会默认建立一个 新的文件，默认的文件名为“Untitled Document-1”。 • 通过单击菜单栏中的“File（文件）”→“New（新建）”（快捷 键为<Ctrl＋N>）或“Open Special”命令建立一个新的文件。 • 通过单击工具栏中的“新建（New）”按钮来新建文件。
图3-16 “Model Building（建模）”选项卡
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1.3 ChemOffice 2008的安装与启动
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系统配置要求 安装、启动及退出
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如何获得帮助
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1.3.1 系统配置要求
ChemOffice 2008可以在Windows上运行（ChemDraw 2008可在Macintosh 操作系统上运行）。操作系统要求Windows 2000、Windows XP或Windows Vista。需注意的是，到目前为止，ChemOffice 2008只支持32位操作系统， 而不支持64位Windows XP或Windows Vista系统。除此之外，ChemOffice 2008的运行还需Internet Explorer 6.0或更高版本的浏览器，同时也可支持 Mozilla Firefox 1.5（包括Mozilla Firefox 2.0）、Netscape 7.x和Mozilla 1.x 等其他浏览器。需特别注意的是，为了能顺利运行Chem & Bio 3D，显示器 分辨率至少要设置为800×600或以上。 【注意】在本教程的撰写过程中以Windows XP作为操作平台，因此在后面 的介绍中，所有的软件安装及使用都以Windows XP作为默认操作平台。
图3-8 “OpenGL（3D接 口设置）”选项卡
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3.1.4 自定义Chem3D的工作界面
图3-9 “GUI（图形用户界面）”选项 卡
图3-10 “Popup Info.（弹出信息）”选 项卡
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3.1.4 自定义Chem3D的工作界面
图3-11 “File（文件）”选项及设置
图3-12 “Dhedral Driver（二 面角设置）”选项卡
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1.2.2 Chem3D模块组件
•Excel Add-on：与微软的Excel完全整合，并可与ChemFinder联合使用。 •Gaussian Client：量子化学计算软件Gaussian 03W的客户端接口，可直接在 Chem3D中运行Gaussian，并提供数种坐标格式（需要安装Gaussian 03W）。 Gaussian是做半经验计算和从头计算时使用最广泛的量子化学软件，可以研究分 子能量和结构、过渡态的能量和结构、化学键、反应能量、分子轨道、偶极矩和多 极矩、原子电荷和电势、振动频率、红外和拉曼光谱、NMR、极化率和超极化率、 热力学性质以及反应路径等。计算可以模拟在气相和溶液中的体系，模拟基态和激 发态。Gaussian 03还可以对周期边界体系进行计算。Gaussian是研究取代效应、 反应机理、势能面和激发态能量的有力工具（需另外获得GAMESS）。 •CS GAMESS：量子化学计算软件GAMESS的客户端接口，可直接在Chem3D中 运行GAMESS的计算。 •MOPAC：Fujitsu公司的量子化学计算软件MOPAC已包含在Chem3D Ultra中，搭 配Chem3D的图形界面。分子计算的方法有AM1、PM3、MNDO、MINDO/3和新 的MINDO/d，可以计算瞬时的几何形状及物理特性等。
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1.3.2 安装、启动及退出
图1-2 安装启动界面
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1.3.2 安装、启动及退出
图1-3 自定义安装路径
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1.3.2 安装、启动及退出
图1-4 选择安装组件
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1.3.2 安装、启动及退出
图1-5 程序启动界面
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1.3.2 安装、启动及退出
程序的退出可直接单击窗口右上角的（关闭）按钮，或单 击菜单栏中的“File（文件）”→“Exit（退出）”命令，或按 快捷键<Alt＋F4>。 如果在工作状态下退出程序，系统会提醒用户保存当前的 作业后再退出。
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工作界面 标题栏 菜单栏 工具栏 图形工具箱
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2.1.1 工作界面
图2-1 ChemDraw 11.0的工作界面
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2.1.2 标题栏
图2-2 ChemDraw Ultra 11.0多文件操作窗口
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2.1.3 菜单栏
图2-3 ChemDraw 11.0的菜单
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2.1.4 工具栏
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2.3 绘图操作基础
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图形基本操作 撤销与重做命令 插入对象
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2.3.1 图形基本操作
图2-11 采用“套索” 或“蓬罩”工具套选图像
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2.3.1 图形基本操作
ChemDraw 11.0的文件基本操作包括剪切、复制、粘贴、清除、选择、 图形的放大或缩小等。可以通过不同的方法来完成这些操作。 （1）通过菜单栏完成操作 （2）通过工具栏完成操作 （3）通过快捷键完成操作
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2.3.2 撤销和重做命令

与Word等软件相同，ChemDraw具有保持前一步所做工作的功能。在 绘图区右击，弹出的快捷菜单中即包括“Undo（撤销）”和“Redo（重 做）”命令； 也可以单击工具栏中的（Undo）和（Redo）按钮进行操作。

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2.3.3 插入对象
图2-12 “Insert Object（插入对象）”对话框
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2.2.2 打开文件
图2-7 “Open（打开）”对话框
图2-8 “Files of type（文件类型）”下拉列表
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2.2.3 保存文件
图2-9 “Save As（另存为）”对话框
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2.2.4 打印文件
图2-10 “Print（打印）”对话框
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2.2.5 关闭文件
• 关闭文件的操作非常简单，可以直接单击菜单栏中的“File（文 件）”→“Close（关闭）”命令，或按快捷键<Ctrl+W>，或单击窗 口右上角的（关闭）按钮。 •【注意】文件在被关闭之前，如果未保存，系统会弹出对话框提 醒用户保存文件。
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3.1.4 自定义Chem3D的工作界面
图3-13 “Model Settings（模型 设置）”对话框中的选项卡及功能
图3-14 “Colors & Fonts（颜色和字体）” 选项卡
图3-15 “Model Display （模型显示）”选项卡
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3.1.4 自定义Chem3D的工作界面