《植物分子生物学》PPT课件
合集下载
相关主题
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
植物分子生物学
生物信息学基础(10学时)
唐玉荣 tangyurong@
主要内容
1. 绪论
2学时
2. 分子数据库及NCBI序列检索
3. 双序列比对及BLAST比对工具 4学时
4. 多序列比对和分子系统发育
4学时
5. 核酸和蛋白质序列分析工具
主要参考书
1.基础生物信息学及应用，蒋彦等，清华大学 出版社
蛋白数据库
SWISS-PROT(蛋白序列数据库) /swissprot/
BioSino
网址： /
HKBIC
网址： .hk/
MBC
网址： .tw/index.php
TUBIC
网址： /
EMBL
NIH
DDBJ
• GenBank数据库
–基因组DNA数据库 –对应于表达基因的cDNA数据库 –表达序列标签(ESTs) –序列标签位点(STS) –基因组测序序列(GSSs) –高通量基因组序列(HTGS)
• 其它核酸数据库
• HIV Database(HIV序列数据库)
/content/index
数学
计算机
生物信息学
生物
1.3 生物信息学目标任务
• 收集和管理生物分子数据 • 数据分析和挖掘 • 开发分析工具和实用软件
–生物分子序列比较工具 –基因识别工具 –生物分子结构预测工具 –基因表达数据分析工具
1.4 生物信息学研究内容
序列比对 (Sequence Alignment) 蛋白质结构预测 计算机辅助基因识别 非编码区分析和ＤＮＡ语言研究 分子进化和比较基因组学 序列重叠群装配 遗传密码的起源 基于结构的药物设计 基因表达谱分析 ,代谢网络分析 ,基因
• GenBank
（ NCBI , National Center for Biotechnology Information 美国国家生物技术信息中心维护）
• DDBJ
（ NIG, National Institute of Genetics日本国立遗传学研 究所维护）
NCBI
GenBank
EBI
Sanger
网址： 主要提供基因组研究相关的数 据与分析工具
SIB
网址： http://www.isb-sib.ch/
ANGIS
网址： .au/
NIG
网址： http://www.nig.ac.jp/index-e.html
2.生物信息学方法与实践，张成岗、贺福初， 科学出版社
3.生物信息学，赵国屏等，科学出版社 4.生物信息学—基因和蛋白质分析的使用指南，
李衍达，清华大学出版社 5.生物信息学与功能基因组学，孙之荣主译，
化学工业出版社
6. Bioinformatics :sequence and genome analysis, David W. Mount, 科学出版社
国内
北京大学生物信中心（CBI）
中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心 （BioSino）
香港中文大学生物信息中心（HKBIC） 台湾分子生物信息中心（MBC） 天津大学生物信息中心（TUBIC） 国家人类基因组南方研究中心（CHGC）
CBI
网址： 是EMBnet的中国节点。
2004 44,575,745,176 40,604,319
2005 56,037,734,462 52,016,762
数据和知识的矛盾产生了生物信息学
1.2 生物信息学定义
生物信息学(Bioinformatics):
是一门交叉科学，它包含了生物信息的获 取、处理、存储、分发、分析和解释等在 内的所有方面，它综合运用数学、计算机 科学等工具，来阐明和理解大量生物数据 所包含的生物学意义。
CHGC
网址：
/
2. 分子数据库及NCBI序列检索
2.1 分子数据类型
核酸序列数据
生
最基本
物
蛋白质序列数据
分
子 生物分子结构数据
信
息 生物分子功能数据
直观 复杂
2.2 分子数据库 核酸数据库
• EMBL
（ European Molecular Biology Laboratory欧洲分子生 物学实验室数据库 ，EBI维护）
日本国立遗传学研究所（NIG）
NCBI
网址： / 包含了公共数据库、生物信 息工具及应用等多种资源。 与很多生物信息软件相关的 站点及资源有链接。
NCBI站点图
EBI
/ 包含了生物数据库、 软件等多种资源，很 多都有相当优秀的使 用指导帮助
芯片设计和蛋白质组学数据分析等
1.5 国内外生物信息网址
国外
美国国家生物技术与信息中心（NCBI） 欧洲分子生物学网络组织（EMBnet）
专业节点： 欧洲生物信息研究所（英国，EBI） Sanger研究所（英国，Sanger）
国家节点： 瑞士 (SIB) 澳大利亚 (ANGIS)
7. Instant Notes in Bioinformatics (影 印版), 科学出版社
1. 绪论
1.1 生物信息学产生背景
Year 1982 1983 …. 2003
GenBank Data
Base Pairs Sequences
680,338
606
2,274,029
2,427
….
….
36,553,368,485 30,968,418
• IMGT(ImMunoGeneTics数据库含有与免疫系统有
关的核酸序列数据 ) /imgt/
• dbEST (序列表达标记数据库)
/dbEST/index.html
• EPD(真核启动子数据库)
http://www.epd.isb-sib.ch/
生物信息学基础(10学时)
唐玉荣 tangyurong@
主要内容
1. 绪论
2学时
2. 分子数据库及NCBI序列检索
3. 双序列比对及BLAST比对工具 4学时
4. 多序列比对和分子系统发育
4学时
5. 核酸和蛋白质序列分析工具
主要参考书
1.基础生物信息学及应用，蒋彦等，清华大学 出版社
蛋白数据库
SWISS-PROT(蛋白序列数据库) /swissprot/
BioSino
网址： /
HKBIC
网址： .hk/
MBC
网址： .tw/index.php
TUBIC
网址： /
EMBL
NIH
DDBJ
• GenBank数据库
–基因组DNA数据库 –对应于表达基因的cDNA数据库 –表达序列标签(ESTs) –序列标签位点(STS) –基因组测序序列(GSSs) –高通量基因组序列(HTGS)
• 其它核酸数据库
• HIV Database(HIV序列数据库)
/content/index
数学
计算机
生物信息学
生物
1.3 生物信息学目标任务
• 收集和管理生物分子数据 • 数据分析和挖掘 • 开发分析工具和实用软件
–生物分子序列比较工具 –基因识别工具 –生物分子结构预测工具 –基因表达数据分析工具
1.4 生物信息学研究内容
序列比对 (Sequence Alignment) 蛋白质结构预测 计算机辅助基因识别 非编码区分析和ＤＮＡ语言研究 分子进化和比较基因组学 序列重叠群装配 遗传密码的起源 基于结构的药物设计 基因表达谱分析 ,代谢网络分析 ,基因
• GenBank
（ NCBI , National Center for Biotechnology Information 美国国家生物技术信息中心维护）
• DDBJ
（ NIG, National Institute of Genetics日本国立遗传学研 究所维护）
NCBI
GenBank
EBI
Sanger
网址： 主要提供基因组研究相关的数 据与分析工具
SIB
网址： http://www.isb-sib.ch/
ANGIS
网址： .au/
NIG
网址： http://www.nig.ac.jp/index-e.html
2.生物信息学方法与实践，张成岗、贺福初， 科学出版社
3.生物信息学，赵国屏等，科学出版社 4.生物信息学—基因和蛋白质分析的使用指南，
李衍达，清华大学出版社 5.生物信息学与功能基因组学，孙之荣主译，
化学工业出版社
6. Bioinformatics :sequence and genome analysis, David W. Mount, 科学出版社
国内
北京大学生物信中心（CBI）
中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心 （BioSino）
香港中文大学生物信息中心（HKBIC） 台湾分子生物信息中心（MBC） 天津大学生物信息中心（TUBIC） 国家人类基因组南方研究中心（CHGC）
CBI
网址： 是EMBnet的中国节点。
2004 44,575,745,176 40,604,319
2005 56,037,734,462 52,016,762
数据和知识的矛盾产生了生物信息学
1.2 生物信息学定义
生物信息学(Bioinformatics):
是一门交叉科学，它包含了生物信息的获 取、处理、存储、分发、分析和解释等在 内的所有方面，它综合运用数学、计算机 科学等工具，来阐明和理解大量生物数据 所包含的生物学意义。
CHGC
网址：
/
2. 分子数据库及NCBI序列检索
2.1 分子数据类型
核酸序列数据
生
最基本
物
蛋白质序列数据
分
子 生物分子结构数据
信
息 生物分子功能数据
直观 复杂
2.2 分子数据库 核酸数据库
• EMBL
（ European Molecular Biology Laboratory欧洲分子生 物学实验室数据库 ，EBI维护）
日本国立遗传学研究所（NIG）
NCBI
网址： / 包含了公共数据库、生物信 息工具及应用等多种资源。 与很多生物信息软件相关的 站点及资源有链接。
NCBI站点图
EBI
/ 包含了生物数据库、 软件等多种资源，很 多都有相当优秀的使 用指导帮助
芯片设计和蛋白质组学数据分析等
1.5 国内外生物信息网址
国外
美国国家生物技术与信息中心（NCBI） 欧洲分子生物学网络组织（EMBnet）
专业节点： 欧洲生物信息研究所（英国，EBI） Sanger研究所（英国，Sanger）
国家节点： 瑞士 (SIB) 澳大利亚 (ANGIS)
7. Instant Notes in Bioinformatics (影 印版), 科学出版社
1. 绪论
1.1 生物信息学产生背景
Year 1982 1983 …. 2003
GenBank Data
Base Pairs Sequences
680,338
606
2,274,029
2,427
….
….
36,553,368,485 30,968,418
• IMGT(ImMunoGeneTics数据库含有与免疫系统有
关的核酸序列数据 ) /imgt/
• dbEST (序列表达标记数据库)
/dbEST/index.html
• EPD(真核启动子数据库)
http://www.epd.isb-sib.ch/