SSR分子检测技术方法
《分子标记SSR标记》课件
contents
目录
• SSR标记介绍 • SSR标记技术原理 • SSR标记实验操作 • SSR标记在遗传育种中的应用 • SSR标记研究展望
01
SSR标记介绍
SSR标记定义
SSR标记，即简单序列重复标 记，是一种基于PCR技术的 DNA分子标记。
它由2-6个碱基组成的重复单位 串联而成，具有高度多态性， 可应用于基因组遗传分析。
04
分子标记辅助选择
通过SSR标记与目标性状关联，实 现分子标记辅助选择，加速育种
进程。
SSR标记在动物遗传育种中的应用
动物资源保护与利用
SSR标记用于评估动物的遗传多样性， 有助于动物资源的保护和合理利用。
基因定位与疾病关联研究
SSR标记用于基因定位和疾病关联研 究，为动物疾病防控和动物育种提供
疾病易感性分析
02
通过SSR标记分析某些疾病的易感性，有助于疾病的预防和早期
干预。
个体识别与亲子鉴定
03
SSR标记还可用于个体识别和亲子鉴定，为法医学和人类学等领
域提供技术支持。
05
SSR标记研究展望
SSR标记技术的发展趋势
自动化与高通量
随着技术的发展，SSR标记将更加自动化和高通量，提高检测效 率和准确性。
基因组DNA提取
从生物样本中提取基因组DNA 。
PCR扩增
使用设计的引物进行PCR扩增 ，得到SSR片段。
数据分析
对电泳结果进行统计分析，评 估遗传差异和多样性。
SSR标记技术优缺点
01 优点
02 操作简便，检测结果稳定可靠。
03
可用于检测微卫星序列的长度多态性，反映基因组
ssr分子标记原理
ssr分子标记原理SSR分子标记原理引言：SSR分子标记（SSR molecular tagging）是一种用于分析和鉴定生物体内特定分子的技术。
它基于分子生物学和生物化学的原理，通过特定的标记物，可以在细胞、组织或体液中准确地检测和定位目标分子。
本文将介绍SSR分子标记的原理及其在科研和医学领域的应用。
一、SSR分子标记的原理SSR分子标记是一种基于DNA序列多态性的分子标记技术。
它利用了DNA序列中的简单重复序列（simple sequence repeat, SSR），即由1-6个碱基重复组成的核酸序列。
SSR序列在基因组中广泛存在，具有高度变异性和遗传稳定性，因此可以作为DNA分子标记的候选序列。
SSR分子标记的原理可以简单概括为以下几个步骤：1. DNA提取：从样品（如细胞、组织或体液）中提取总DNA。
2. SSR标记物设计：根据目标分子的序列信息，设计特异性引物，引物的两端分别包含互补的SSR序列。
3. PCR扩增：利用PCR技术，使用设计好的引物对DNA进行扩增，扩增产物中包含了目标分子的序列和SSR序列。
4. 电泳分析：将PCR扩增产物进行电泳分析，根据SSR序列的长度变异性，可以将不同样品中的目标分子进行定性和定量分析。
二、SSR分子标记的应用SSR分子标记技术在科研和医学领域具有广泛的应用价值，以下是几个典型的应用案例：1. 遗传多样性研究：SSR分子标记可以用于研究不同物种或不同个体间的遗传多样性。
通过对多个基因座进行SSR分子标记，可以获得物种或个体的遗传背景信息，进而推断种群结构、基因流动和进化关系等。
2. 基因定位和图谱构建：SSR分子标记可以用于构建遗传图谱，帮助研究人员定位和克隆感兴趣的基因。
通过SSR标记物在遗传图谱上的位置，可以确定目标基因的大致区域，为后续的克隆工作提供有力的指导。
3. 疾病诊断和预后评估：SSR分子标记在医学诊断中的应用也日益广泛。
通过对特定基因的SSR序列进行分子标记，可以检测和鉴定与疾病相关的突变或多态性。
模块八分子标记技术一、SSR技术1.实验目的利用现代分子生物学技术...
模块八 分子标记技术一、SSR 技术 1.实验目的利用现代分子生物学技术揭示DNA 序列的遗传多态性即建立DNA 水平上的遗传标记。
为分子遗传图谱的构建、遗传多样性分析与种质鉴定、重要性状基因定位与图位克隆、转基因生物鉴定、分子标记辅助育种等研究奠定实验技能基础。
通过此实验了解和掌握利用SSR 和AFLP 分子标记检测植物基因组DNA 的遗传多态性的基本原理和实验方法。
2. 实验原理SSR ：根据SSR 两端保守的单拷贝序列设计一对特异引物，通过PCR 技术将其间的核心微卫星DNA 序列扩增出来，利用电泳分析技术就可获得其长度多态性。
每个SSR 座位两侧一般是相对保守的单拷贝序列，扩增每个位点的微卫星DNA 序列，再经聚丙烯酰胺凝胶电泳，比较扩增带的带型，就可检测到不同个体在某个SSR 座位上的多态性。
3. 实验仪器离心机、移液器（100-1000ul ，10-50ul ）、PCR 仪、垂直板电泳设备。
4. 实验试剂MgCl 2，引物，dNTP ，10ХPCR 缓冲液，DNA 聚合酶，无菌去离子水。
5. 实验方法（1）将200 µL 离心管、模板DNA 、引物、dNTP 、10 × buffer 、无菌去离子水和DNA 聚合酶置于冰上溶解。
（2）依次向无菌的200 µL 离心管中加入如下成份，轻轻混匀，离心去除气泡。
（3）将离心管置于PCR 仪中，按照以下程序进行PCR 反应。
模板DNA 20-60 ng MgCl2 15-40 nmol 引物（各） 2-8 pmol dNTP 1-5 nmol PCR 缓冲液 1Х DNA 聚合酶 1-5 U Total20 µL（4）变性聚丙烯酰胺凝胶电泳：利用聚丙烯酰胺凝胶检测SSR-PCR 结果。
SSR-PCR 扩增产物可能仅仅存在几个碱基的差异，通常采用聚丙烯酰胺凝胶（银染体系）电泳方法检测。
相对于琼脂糖凝胶电泳而言，聚丙烯酰胺凝胶电泳能够更好的区分微小片断的差异，能够检出的等位基因位点多，多态性信息含量值较高，因此适用于SSR 标记的结果检测。
玉米品种鉴定技术规程 ssr标记法
玉米品种鉴定技术规程 ssr标记法SSR（Simple Sequence Repeat）标记法是一种用于玉米品种鉴定的技术规程。
以下是关于玉米品种鉴定技术规程 SSR 标记法的一些基本信息：1. SSR 标记的原理：SSR 标记是基于短小简单重复序列的分子标记技术。
这些重复序列在基因组中广泛存在且具有高度多态性。
通过设计特定的引物，可以扩增并检测这些 SSR 标记，从而识别不同品种之间的差异。
2. DNA 提取：从待鉴定的玉米样本中提取高质量的 DNA 是进行 SSR 分析的重要步骤。
通常使用适当的 DNA 提取方法，如 CTAB 法或商业试剂盒。
3. SSR 引物设计：针对玉米基因组中的 SSR 位点，设计特异性的引物对。
这些引物可以根据已发表的玉米 SSR 数据库或通过自行开发来获得。
4. PCR 扩增：使用设计的 SSR 引物对，对提取的 DNA 进行 PCR 扩增。
PCR 反应条件可以根据引物的特性和设备要求进行优化。
5. 电泳和凝胶分析：扩增产物通过电泳在琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶上进行分离。
根据 SSR 标记的大小差异，可以观察到不同的电泳条带。
6. 数据分析：对电泳结果进行分析，记录每个品种的 SSR 标记图谱。
通过比较不同品种之间的图谱差异，可以鉴定出品种的独特特征。
7. 品种鉴定：根据 SSR 标记的多态性和品种特有的图谱模式，可以对玉米品种进行准确的鉴定和区分。
需要注意的是，SSR 标记法需要专业的实验室设备和技术操作，同时也需要对玉米基因组和 SSR 标记的相关知识有一定的了解。
在进行品种鉴定时，建议遵循相关的标准操作程序和实验室安全规范。
SSR分析的原理及操作技术报告
以单核苷酸多态性为基础的分子标记技术： 单核苷酸多态性（SNP）
SSR简介
在生物的基因组中，特别是高等生物的基因组中含有大量的重复序列，
根据重复序列在基因组中的分布形式可分为： 串联重复序列（Tandemly repeated sequences） 分散重复序列（Interspersed repeated sequences） 依据重复基序的长度、拷贝数和位置等又将串联 重复序列分为： 卫星DNA：基序（motif）长10～300bp，甚至长1,000～100,000bp；
和测序，然后根据两端的侧翼序列设计一对特异引 物，通过PCR技术将目的微卫星DNA片段扩增出来。
SSR标记的基本原理
由于单个微卫星位点的重复单元在数量上的不同，导致扩
增产物在长度上发生变化，即产生长度多态性，这种多态 性称为简单序列长度多态性(simple sequence length polymorphism，SSLP)，每一扩增位点就代表了该位点的 一对等位基因。
0.1％硝酸银400ml
ddH2O 8g NaOH，2ml 37％甲醛，0.1g四硼 酸钠定容至500ml
漂洗
ddH2O
8.观察 记录父母本及F1代的带型，供进一步的 分析用。
4.制备5％的变性聚丙烯酰胺凝胶：
将长、短玻璃板固定在制胶板上，用1.0％的琼脂糖封口，将配好
的胶溶液沿玻璃板点样端小心灌入，排除气泡，待胶灌满后插入梳 子，静置1h，让其聚合凝固。
5％变性胶 尿素 （Urea） 5×TBE buffer 40％丙稀酰胺 10％过硫酸铵 TEMED 40％丙稀酰胺溶液（19：1） 丙稀酰胺（Acrylamide） 甲义-丙稀酰胺（Bis-Acrylamide） 100ml 42g 20ml 12.5ml 400µl 87.5µl 100ml 38g 2g
SSR亲子鉴定技术
水产动物传统选育方法
不同家系分开繁殖 饲养在不同tank中
每个家系选择一部 分子代放于pond 或tank中混合饲养
待长到一定大小时 进行物理标记
一定时期后收获， 数据测量，不同家 系子代性状比较
传统物理标记方法的缺点： 需要个体长大一定大小时才能植入，之前各家系个体都必须 分开单独饲养，从而消耗大量的物力和财力； 家系前期的单独饲养时，不同缸之间会产生环境效应，影响
Genemap® 4.0 software
影响微卫星亲子鉴定的因素
1. 无效等位基因(Null allele) 的存在
Null allele指不被PCR 扩增的等位基因,常常是由引物结合
部位的点突变、插入或缺失引起，另外DNA模板质量不 好或者量太少也可能导致PCR失败。
微卫星是中性标记,遵循孟德尔遗传定律,即等位基因独立
合、稳定性好、遵循孟德尔分离定律、共显性遗
传、易于PCR 扩增等特点使其成为了作为亲子鉴
定的首选分子标记方法。
微卫星亲子鉴定方法已经广泛的用于鱼类遗传选
育项目中。
SSR分子标记的开发
PCR扫描法 菌落原位杂交法 富集法 EST筛查法Roche 454 焦 磷酸测序 Illumina Solexa 合成测序 ABI SOLiD 连 接法测序
此法常见于人类亲子鉴定 人类的血型通常分为 A 、 B 、 O 和 AB 四种。血型 的遗传借助于细胞中的染色体。ABO 血型系统的基
因位点在第 9 对染色体上。人的 ABO 血型受控于 A 、 B 、 O 三个基因，但每个人体细胞内的第 9 对染色 体上只有两个 ABO 系统基因，即为 AO 、 AA 、 BO 、 BB 、 AB 、 OO 中的一对等位基因，其中 A 和 B 基因为显性基因， O 基因为隐性基因。
苹果品种鉴定技术规程 ssr分子标记法全文
苹果品种鉴定技术规程 ssr分子标记法全文苹果品种鉴定技术规程一、引言：苹果（Malus domestica Borkh）是世界上种植面积最广泛、产量最大的水果之一，所以苹果品种的鉴定十分重要。
随着分子生物学和遗传学的发展，利用分子标记法进行苹果品种鉴定成为一种快速、可靠的方法。
二、SSR分子标记法概述：SSR（Simple Sequence Repeats）分子标记法是利用高度保守的微卫星序列进行分子标记的方法。
微卫星序列是基因组中重复出现的短串联重复序列，由重复单元和不同重复单元之间的连续序列组成。
SSR标记法基于PCR扩增微卫星序列，通过测定微卫星序列长度的差异来进行苹果品种的鉴定。
三、实验步骤：1. DNA提取：从苹果叶片或果实中提取总DNA。
采用常规的CTAB法或商用DNA提取试剂盒进行提取。
2. SSR引物设计：选择合适的SSR引物进行扩增。
根据已知的苹果品种的基因组序列，设计特异性的引物。
选择的引物应具有多态性和重复性。
3. PCR扩增：设置PCR反应体系，包括模板DNA、引物、dNTPs和酶。
进行PCR扩增，得到PCR产物。
4. PCR产物分离：将PCR产物经过电泳分离，根据产物的大小来进行分离。
通常采用琼脂糖凝胶电泳或聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离。
5. DNA可视化和分析：通过染色剂染色或直接使用荧光标记的引物进行染色。
分析PCR产物的大小和条带图案，根据特定的品种特征进行品种鉴定。
四、结果解释：根据PCR产物的大小和条带图案，可以进行品种鉴定。
如果PCR产物的大小和已知品种相符，则可以判定为该品种。
如果PCR产物的大小和已知品种不符，则可以判定为新品种或可能存在突变。
五、优点和应用：1.快速：SSR分子标记法可以在短时间内得到结果，相对于传统的品种鉴定方法更快捷。
2.可靠：SSR分子标记法具有高度的可重复性和稳定性，结果准确可靠。
3.特异性：SSR引物的设计可以根据不同品种的基因组序列进行选择，具有品种特异性。
苹果品种鉴定技术规程 ssr分子标记法全文
苹果品种鉴定技术规程 ssr分子标记法全文苹果品种鉴定技术规程序号一：引言苹果品种鉴定是农业领域中的一个重要课题，对于苹果种植者和消费者来说具有重大意义。
很多时候，我们在购买苹果时往往无法准确地辨别不同品种之间的差异，这导致了市场上出现了一些品质不佳、假冒伪劣的苹果。
苹果品种鉴定技术规程的制定和实施对于保障苹果产业的健康发展以及消费者的权益至关重要。
序号二：苹果品种鉴定技术概述苹果品种鉴定技术经过多年的发展和实践，目前已经有了多种方法和技术供我们选择。
其中，ssr分子标记法是一种被广泛接受和应用的分子遗传学技术。
相比传统的鉴定方法，ssr分子标记法具有高效性、准确性和可重复性的优势。
序号三：ssr分子标记法原理ssr分子标记法是通过特定的引物与DNA序列中的简单序列重复（simple sequence repeat, SSR）区域发生特异性扩增，从而形成特定的标记。
这种标记具有多态性，不同苹果品种的SSR标记图谱也会有所差异，因此可以通过分析苹果品种样品的SSR标记图谱来进行鉴定和识别。
序号四：ssr分子标记法的实施步骤1. 提取DNA样品：从苹果树的叶片或果实中提取DNA样品，以获取作为鉴定和分析的基础材料。
2. 扩增SSR标记：使用特定的引物和PCR反应体系，对提取得到的DNA进行PCR扩增，以获得苹果品种的SSR标记图谱。
3. 电泳分析：将PCR扩增后的产物进行电泳分析，在聚丙烯酰胺凝胶上进行分离和检测。
根据不同品种之间的SSR标记差异，可以进行苹果品种的鉴定和识别。
4. 数据处理和结果分析：对电泳结果进行图谱绘制和数据分析，根据不同苹果品种的SSR标记图谱特征，可以确定苹果品种的身份。
序号五：ssr分子标记法的应用价值ssr分子标记法作为一种先进的苹果品种鉴定技术，具有多种应用价值。
它可以帮助种植者确认自己所种植的苹果品种，避免因品种不符导致的收益损失。
它可以帮助监管部门加强市场监管，检测和防止假冒伪劣苹果的流入市场。
SSR分析的原理及操作技术
SSR简介
▪ 微卫星DNA即简单重复序列（simple sequence repeat，SSR）， 或者微卫星序列（microsatellite，MS）， 又称短串联重复（short tandem repeats，STR）， 是一类由几个核苷酸（多为2～4个）为基本单位多次串联重复而 形成的DNA片段，其长度一般较短，多在200bp以内。
▪ 以单核苷酸多态性为基础的分子标记技术： 单核苷酸多态性（SNP）
SSR简介
▪ 在生物的基因组中，特别是高等生物的基因组中含有大量的重复序列， 根据重复序列在基因组中的分布形式可分为：
串联重复序列（Tandemly repeated sequences） 分散重复序列（Interspersed repeated sequences）
生错误碱基的掺入，浓度过低则降低反应产量。 ▪ Taq酶 ：DNA聚合酶，热稳定，最适温度72 ℃，酶量增加使反应特异性
下降;酶量过少影响反应产量。 ▪ 10×buffer缓冲液（不含Mg2＋ ）：维持PCR pH的稳定。
PCR循环条件
▪ 高温变性：双链DNA模板加热变性成单链；
▪ 低温退火：在低温下引物与单链DNA互补配对； 退火温度针对不同的引物差别较大，退火温度过低，极易形成非特
PCR反应体系
▪ 一对特异引物： ▪ 1.引物长度：典型的引物长度为18-24bp，引物需要足够长，保证序列独
特性。但是长度大于24bp的引物并不意味着更高的特异性。较长的序列 可能会与错误配对序列杂交，降低了特异性，而且比短序列杂交慢，从 而降低了产量； ▪ 2.引物浓度：一般0.1-0.5 mol/L，过高的引物浓度会加剧错配发生，特 异性下降； ▪ 3.合理的G/C含量：一般为40％～60％。
SSR分子检测技术方法
ICS 65.020.99 B 21DB51杂交玉米品种真实性和纯度 SSR 分子检测技术方法Identifying genuineness and purity of maize hybrid using SSR molecular marker四川省质量技术监督局 发布目次前言................................................................................ .II1 范围............................................................................... .12 规范性引用文件..................................................................... .13 术语和定义......................................................................... .14 原理............................................................................... .2 5试验方法. (2)6核心引物筛选 (2)7品种纯度检测程序 (2)8品种真实性检测程序 (2)9结果计算 (3)10检验报告 (3)附录A（规范性附录）检验报告 ......................................................... .4前言本标准的附录A为规范性附录。
本标准由四川省农业厅提出并归口。
本标准由四川省质量技术监督局批准。
本标准起草单位：四川省种子站、四川省农业科学院作物研究所、成都市种子站。
本标准主要起草人：杨俊品、苏秀、何芳、林勇、谭君杂交玉米品种真实性和纯度SSR分子检测技术方法1范围本标准规定了玉米(Zea mays L.)单交种、自交系的品种真实性和纯度的SSR分子标记检测方法和对检测结果的判定标准。
ssr分析的基本原理
ssr分析的基本原理
SSR分析是一种用于研究物质的结构和性质的实验方法。
其基本原理是根据物质分子与X射线的相互作用来获取X射线衍
射图样，然后通过衍射图样中的峰形、峰位等信息来推断物质的晶体结构和原子排列方式。
SSR分析通常使用单晶衍射技术。
在实验中，通过将单晶样品放置在X射线束中，使X射线射入晶体内部，与晶体中的原
子发生相互作用后发生衍射。
衍射光通过衍射仪器后，形成一系列衍射峰，这些峰的位置和强度可以提供关于晶体结构的信息。
为了确定晶体结构，首先需要解决的是相位问题。
由于衍射仅提供了强度信息而未提供相位信息，所以需要使用一些数学和物理方法来恢复原始的相位信息。
然后，利用恢复的相位信息，可以确定晶体中原子的位置和排列方式，从而得到有关晶体结构的详细信息。
SSR分析通常可以用来研究物质的晶体结构、晶体缺陷、晶体生长等。
它在材料科学、化学、生物学等领域中具有广泛的应用，为科学家提供了了解物质结构、性质和功能的重要工具。
ssr分子标记实验步骤详解
1 SSR简介 2 SSR标记基本原理 3 SSR标记的优点及分类 4 SSR的利用价值及引物 5 实验操作及流程
1.SSR标记简介
SSR(Simple Sequence Repeats)标记是近年来发展起来的一种以特异引物 PCR为基础的分子标记技术，也称为微卫星DNA，其串联重复的核心序列为1-6bp ，其中最常见的是双核苷酸重复，即（CA）n和（TG）n每个微卫星DNA的核心序 列结构相同，重复单位数目10-60个，其高度多态性主要来源于串联数目的不同 。
4.微卫星的利用价值：
由于核心序列重复数的不同，等位的SSR位点可呈现出多态性（SSLP， simple sequence length polymorphism）。大多表现为共显性遗传，有的表现为显 性遗传。由于SSR DNA两侧序列（离开20bp以上）表现出保守特征，所以可设计 出上下游PCR引物，扩增出包含SSR的DNA序列。
5.银染
(1)固定：电泳结束后关闭电源，并将胶小心的抖动让凝胶脱落，最后将其放于脱色摇 床上，50rpm平行摇动5min以上。
(2)渗透：固定好后回收固定液，并用蒸馏水轻轻清洗一遍凝胶，洗净完后倒掉废水， 然后加入预先配好的300ml0.2%AgNO3溶液，将其放于脱色摇床上50rmp平行摇动12min。
(3)显色：将染色好后的染色液回收，然后用蒸馏水轻轻的清洗两遍，并倒掉废水，加 入显色液，立即把胶展平，使染色液均匀作用，然后放于脱色摇床上50rmp平行摇动直至 显色。
⑷数码照相摄像：凝胶条带显色出来后，回收显色液，用蒸馏水轻轻的快速清洗两遍 并倒掉废水，最后倒入适量的蒸馏水并小心的把凝胶捞起来，最后放到灯光处拍照。
微卫星分析常用于： （1）遗传图谱构建； （2）种质鉴定； （3）遗传多样性分析； （4）标记辅助选择 （5）基因定位； （6）数量性状基因座（QTL）分析； （7）系谱分析； （8）亲源关系鉴定等。
小麦品种纯度鉴定ssr分子标记法
小麦品种纯度鉴定ssr分子标记法
小麦品种纯度鉴定是指通过分子标记技术来确定小麦品种的纯度和遗传背景。
SSR（Simple Sequence Repeat）分子标记法是一种常用的分子标记技术，通过检测DNA中的微卫星序列来进行分析。
下面我会从多个角度来回答这个问题。
首先，SSR分子标记法的原理是利用PCR扩增技朧，通过特定引物扩增目标微卫星序列，然后利用聚丙烯酰胺凝胶电泳等方法对扩增产物进行分离和检测。
这种方法能够检测DNA序列中的微卫星重复序列，因为不同品种的小麦在微卫星序列上会存在差异，通过分析这些差异可以确定品种的纯度和遗传背景。
其次，利用SSR分子标记法进行小麦品种纯度鉴定的过程一般包括DNA提取、PCR扩增、电泳分离和数据分析等步骤。
首先是DNA 提取，从待测小麦品种的叶片或种子中提取DNA样品；然后是PCR 扩增，使用特定的微卫星引物对DNA样品进行PCR扩增，产生特定长度的DNA片段；接着是电泳分离，将PCR产物经过聚丙烯酰胺凝胶电泳，根据片段大小进行分离；最后是数据分析，根据电泳图谱分析PCR产物的特征，来确定小麦品种的纯度和遗传背景。
此外，SSR分子标记法在小麦品种纯度鉴定中具有高度的灵敏性和重复性，能够对小麦品种进行准确的鉴定和分类。
通过对小麦品种进行SSR分子标记分析，可以帮助农业科研人员和育种者确定小麦品种的亲缘关系、纯度和遗传特征，为小麦品种改良和种质资源保护提供重要依据。
综上所述，SSR分子标记法在小麦品种纯度鉴定中发挥着重要作用，通过对小麦品种的DNA序列进行分析，可以准确地确定其纯度和遗传背景，为小麦育种和种质资源管理提供科学依据。
大豆品种纯度鉴定技术规程ssr分子标记法
大豆品种纯度鉴定技术规程ssr分子标记法1 引言大豆是我国重要的经济作物之一，为推进大豆的品种改良和选育具有高产、高蛋白、多抗性的良种，品种纯度的鉴定技术显得尤为重要。
本文将介绍一种常见的大豆品种纯度鉴定技术——ssr分子标记法。
2 ssr分子标记法简介ssr是微卫星序列（Simple Sequence Repeats）的缩写，是一类宽泛分布在生物体DNA序列中的短小（1-6个核苷酸重复单元）序列。
ssr序列被广泛应用于种子杂交及品种纯度鉴定中。
根据ssr序列多态性重复单元数以及其分布范围的不同，ssr分子标记法可分为几种类型，其中以SSR-PCR（简称ssr法）为最为常见。
3 ssr分子标记法的原理ssr编码的区域在不同品种之间的长度不同，拥有不同的多态性，它们不断遗传的特点使之成为品种鉴定、种系筛选及杂交亲本选择的理想分子标记。
采用ssr分子标记法，可以根据不同的ssr序列扩增出长度差异明显的DNA片段，标记每个不同品种的特征，通过对PCR扩增后的产物形态和条带等特征进行分析，可以较准确地区别同一种类的不同品种。
4 ssr分子标记法的操作步骤ssr分子标记法主要有以下几个步骤：4.1 DNA提取：从样品中提取基因组DNA，一般采用提取试剂盒进行提取。
4.2 ssr-PCR反应：反应体系中包括模板DNA、引物、酶、dNTPs等成分，并进行PCR反应。
4.3 PCR产物分离：利用胶体电泳分离，目标PCR产物多态性可经由不同的电泳条件（电流密度、电位、电泳胶浓度、染色方法以及形态学等）反映出来。
4.4 产物分析：由于PCR产物多为同一长度，专家可通过对片段形态和条带高度等特征进行分析，从而区别同一种类不同品种。
5 ssr分子标记法的优点ssr分子标记法具有多样性、重复产生、稳定等特点，其科学鉴定和准确性能更好地保障了大豆品种的准确选育与纯度识别。
6 结论ssr分子标记法是一种有效、准确、重复性强的分子标记技术，因此应用范围也更加广泛，为品种纯度鉴定提供了一种新的思路和手段。
苹果品种鉴定技术规程 ssr分子标记法全文
苹果品种鉴定技术规程 ssr分子标记法全文苹果品种鉴定技术规程—— SSR分子标记法一、技术原理SSR（Simple Sequence Repeats）分子标记法是一种常用的遗传标记技术，也称为微卫星标记法。
该技术基于植物DNA中包含的重复序列，通过PCR扩增特定的SSR位点，进而对DNA序列进行分析，从而实现对苹果品种的鉴定。
二、实验步骤1. DNA提取：从苹果叶片或幼芽中提取基因组DNA。
2. SSR扩增反应：选择特定的SSR引物对DNA进行PCR扩增反应，得到扩增产物。
3. PCR产物分析：将PCR产品通过电泳方法分离在聚丙烯酰胺凝胶上，通过比较DNA片段迁移距离，鉴定不同苹果品种之间的差异。
三、实验材料1.离心管和PCR试管：用于提取DNA和进行PCR反应。
2. DNA提取试剂盒：用于提取DNA样品。
3. SSR引物组合：根据需要选择适宜的SSR引物。
4. PCR试剂盒：用于PCR反应。
5. DNA电泳试剂盒：用于DNA样品分离。
四、实验操作细节1. DNA提取：按照DNA提取试剂盒的说明进行操作，提取苹果叶片或幼芽中的基因组DNA。
2. SSR扩增反应：准备PCR反应体系，包括DNA模板、引物、酶和缓冲液等。
根据引物选择，设置合适数量的PCR反应管。
3. PCR条件设置：根据引物的特性，设置适当的扩增温度和周期。
4. PCR产物分析：将PCR反应产物通过电泳方法分离在聚丙烯酰胺凝胶上，根据DNA片段大小进行鉴定。
5.结果解读：根据电泳图像，比较不同苹果品种之间的DNA条带差异，判断品种间的差异和相似性。
五、结果分析1. SSR分离电泳图像：根据电泳分离的结果，分析苹果品种之间的遗传关系和差异。
2. SSR结构鉴定：通过比对已知品种的SSR位点，来反推未知品种的SSR结构和遗传关系。
3. SSR图谱构建：通过整理分析的SSR位点数据，构建苹果品种的SSR图谱，进一步研究苹果品种的遗传表达规律。
利用SSR技术鉴定西瓜甜瓜种子纯度
利用SSR技术鉴定西瓜甜瓜种子纯度SSR技术是一种用于遗传多样性和种群结构研究的分子标记技术，它可以通过检测DNA 中的简单重复序列（Simple Sequence Repeat, SSR）来鉴定不同品种间的遗传差异。
在农业领域，SSR技术常被用于鉴定种子纯度和品种纯度，以确保种子的质量和品种的纯正性。
本文将探讨利用SSR技术鉴定西瓜甜瓜种子纯度的方法和意义。
1. 核酸提取和PCR扩增在利用SSR技术鉴定西瓜甜瓜种子纯度时，首先需要从种子样本中提取DNA核酸。
常用的核酸提取方法包括CTAB法和酚/氯仿提取法。
提取得到的DNA样本经过纯化和稀释后，即可用于PCR扩增。
PCR扩增是SSR技术的关键步骤，通过引入含有特定SSR位点的引物对DNA进行扩增，从而获得所需的DNA序列片段。
2. 扩增产品分析和数据解读经过PCR扩增后，需要对扩增产物进行分析和数据解读。
常用的分析方法包括聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）和毛细管电泳等。
通过对扩增产物的大小和数量进行分析，可以得出不同品种间的遗传差异和种子纯度情况。
数据解读主要包括扩增产品的图谱分析和基因型鉴定，以确定具体的品种和纯度程度。
3. 结果验证和品种确认利用SSR技术鉴定所得的数据结果进行验证和品种确认。
通过与已有的品种特征数据库进行比对，可以确定被鉴定种子的品种和纯度情况。
也可以通过再次扩增和分析，以确保结果的准确性和可靠性。
1. 提高种子质量和存储价值利用SSR技术鉴定西瓜甜瓜种子纯度，可以有效提高种子的质量和存储价值。
通过鉴定种子的纯度和品种特征，可以排除杂交或混杂种子，保证种子的纯正性和品质稳定性。
也可以为种子的有效储存和管理提供科学依据，延长种子的有效存储期限。
2. 促进良种繁育和保护SSR技术的应用可以促进良种的繁育和保护工作。
通过对种子品种的鉴定和确认，可以保护良种的遗传特征，防止其被杂交或污染。
也可以为新品种的选育和推广提供科学依据，促进西瓜甜瓜产业的发展和壮大。
小麦品种纯度鉴定ssr分子标记法
小麦品种纯度鉴定ssr分子标记法
小麦品种纯度鉴定是指通过分子标记技术对小麦品种的遗传纯
度进行鉴定。
SSR（Simple Sequence Repeat）分子标记法是一种常
用的分子标记技朮，也称为微卫星分子标记。
下面我将从几个方面
来详细介绍小麦品种纯度鉴定SSR分子标记法。
首先，SSR分子标记法的原理是利用DNA序列中的微卫星序列
进行分子标记。
微卫星是DNA序列中短重复的核苷酸序列，它们在
基因组中存在广泛且具有高度多态性。
通过PCR扩增和电泳分析，
可以检测微卫星位点的多态性，从而对不同小麦品种进行鉴定。
其次，小麦品种纯度鉴定SSR分子标记法的步骤包括DNA提取、PCR扩增、电泳分析和数据解读。
首先是DNA提取，从不同小麦品
种的叶片或种子中提取DNA样品；然后进行PCR扩增，利用特定的
微卫星引物对DNA进行扩增，得到特定微卫星位点的DNA片段；接
下来是电泳分析，将PCR产物进行电泳分离，根据片段大小进行鉴定；最后是数据解读，根据电泳图谱分析不同小麦品种的微卫星位
点多态性，从而判断它们的遗传纯度。
另外，SSR分子标记法具有高度多态性、重复性强、稳定可靠
等特点，可以对小麦品种进行高效的鉴定。
通过分析不同小麦品种
的微卫星位点多态性，可以快速、准确地鉴定小麦品种的遗传纯度，为小麦育种和品种纯度管理提供重要的技术支持。
综上所述，小麦品种纯度鉴定SSR分子标记法是一种有效的分
子标记技朮，通过对小麦品种的微卫星位点多态性进行分析，可以
实现对小麦品种遗传纯度的准确鉴定，为小麦育种和种质资源管理
提供重要的技术手段。
ssr分子标记技术及其在玉米种子鉴定上的应用
ssr分子标记技术及其在玉米种子鉴定上的应用随着现代农业的发展，种子质量的鉴定变得越来越重要。
其中，分子标记技术成为了种子鉴定的重要手段之一。
SSR分子标记技术是一种基于DNA序列多态性的分子标记技术，具有高度的稳定性、可重复性和高度的信息含量。
本文将介绍SSR分子标记技术及其在玉米种子鉴定上的应用。
一、SSR分子标记技术的基本原理SSR分子标记技术是基于DNA序列上短重复序列的多态性而开发的一种分子标记技术。
这些短重复序列通常为2-6个碱基的重复序列，如ATATAT、AGAGAG等。
在不同个体中，这些短重复序列的重复次数和排列方式不同，因此可以用作分子标记。
SSR分子标记技术的基本原理是：首先从待分析的DNA样品中提取出DNA，并使用PCR技术扩增出含有SSR位点的DNA片段。
然后，利用电泳技术将扩增出的DNA片段分离出来，并通过染色体特异性的显色剂进行染色。
最后，通过比较不同个体的DNA条带图谱，确定不同个体之间的遗传差异。
二、SSR分子标记技术在玉米种子鉴定中的应用SSR分子标记技术在玉米种子鉴定中的应用主要体现在以下几个方面：1.玉米品种的鉴定SSR分子标记技术可以通过比较不同玉米品种的DNA条带图谱，确定不同品种之间的遗传差异。
这种方法比传统的形态学鉴定方法更为准确和可靠。
2.杂交种子的鉴定杂交种子是由不同品种的玉米杂交而成的，因此杂交种子的遗传背景比较复杂。
使用SSR分子标记技术可以快速准确地鉴定杂交种子的亲本品种，有助于杂交育种的进展。
3.种子纯度的鉴定种子纯度是指种子中所含的杂质和其他品种的比例。
使用SSR分子标记技术可以准确地鉴定种子的纯度，有助于保证种子的品质和纯度。
4.种子存储的鉴定种子存储过程中，可能会发生一些突变和遗传变异，从而影响种子的品质和纯度。
使用SSR分子标记技术可以快速准确地鉴定种子存储过程中的遗传变异，有助于提高种子的品质和纯度。
三、SSR分子标记技术在玉米种子鉴定中的应用案例1.玉米品种的鉴定一项研究使用SSR分子标记技术对中国南方地区的20个玉米品种进行了鉴定。
SSR分子标记实验操作及其注意事项
SSR分子标记实验操作及其注意事项SSR(Simple Sequence Repeats ) 又称微卫星DNA，是一类由几个(多为1~6个) 碱基组成的基序(motif )串联重复而成的DNA序列，其长度一般较短，它们广泛分布于整个基因组的不同位置上，每个座位上重复单位的数目及重复单位的序列都可能不完全相同，因而造成了每个座位上的多态性。
SSR标记数量丰富，覆盖整个基因组，而且分布均匀，多态性高，呈共显性遗传，重复性好，操作简便，是一种理想的分子标记技术，被广泛应用于构建基因连锁图分子辅助育种品种鉴定遗传资源的保存等方面。
一、试剂配制1.0.2%亲水binding silence（现配现用）：1500μL95%乙醇，7.5μL冰醋酸，再加入3μLbinding silence，混匀后使用。
2.0.5%疏水repel silence（购买后可直接使用）3.TBE母液（5×TBE）：Tris Base,54g;硼酸,7.5g;EDTA(0.5M pH8.0),20ml.搅拌溶化，定容至1000ml，无需灭菌，室温保存，母液的pH值应保持在8.3左右。
4.Urea－TBE(一块胶板用量)：5×TBE,12ml;尿素,27g.加双蒸水溶解后定容至51ml，使用漏斗过滤。
5.40％丙烯酰胺：丙烯酰胺,380g;甲叉双丙烯酰胺,20g.加热至37℃使之溶解，加水定容至1000ml，用醋酸纤维素滤膜（入Nalge滤器，0.45μm孔径）过滤，棕色瓶避光保存于室温。
6.10％APS（过硫酸铵）：超纯过硫酸铵,2g;超纯水,18ml.溶解后，4℃保存。
7.TEMED（购买后可直接使用）：电泳级的TEMED可购自Bio-Rad，Sigma或其他供应商。
8.Loading buffer：去离子甲酰胺,50ml;0.5MEDTA(pH8.0),1ml;二甲苯腈蓝cyanol,0.125g;溴酚蓝,0.125g.混匀后置于4℃保存。
ssr分析的基本原理
ssr分析的基本原理SSR分析的基本原理。
SSR（Simple Sequence Repeat）是一种常用的分子标记技术，它是通过PCR扩增DNA中的简单重复序列而得到的。
在分子生物学和遗传学研究中，SSR分析被广泛应用于种质资源鉴定、遗传多样性分析、遗传连锁图谱构建等领域。
本文将介绍SSR分析的基本原理，以帮助读者更好地理解和应用这一技术。
首先，我们需要了解SSR的基本结构。
简单重复序列是由1-6个碱基组成的短序列，这些序列在基因组中可以连续重复数次，形成了多态性位点。
SSR分析就是利用这些多态性位点进行遗传分析。
在PCR扩增过程中，引物会特异性地结合到目标DNA序列的两端，然后进行扩增，最终得到一系列不同长度的DNA片段。
这些不同长度的片段就是由于样品中存在着不同数量的重复序列而导致的。
其次，SSR分析的原理是基于多态性位点的存在。
由于不同个体之间存在着基因组中SSR位点的差异，因此在PCR扩增后得到的DNA片段长度也会有所不同。
通过检测这些不同长度的DNA片段，我们可以对不同个体进行鉴定和区分。
这种基于多态性位点的分析方法，使得SSR成为了一种非常有价值的分子标记技术。
另外，SSR分析的基本原理还包括了PCR扩增和电泳分析。
在进行SSR分析时，首先需要设计引物，这是非常关键的一步。
引物的选择会直接影响到PCR扩增的效果和结果的准确性。
然后进行PCR扩增，得到DNA片段混合物。
最后，将PCR产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳分析，根据DNA片段的长度差异，就可以对不同样品进行鉴定和分析。
总的来说，SSR分析的基本原理是基于DNA序列中的简单重复序列，利用PCR扩增和电泳分析得到多态性位点的DNA片段，从而对不同个体进行鉴定和分析。
这一技术的应用范围非常广泛，可以在植物、动物、微生物等各个领域得到应用。
通过对SSR分析的基本原理的深入了解，我们可以更好地应用这一技术，为科研工作提供更多的帮助和支持。
在实际应用中，我们还需要注意引物的设计、PCR扩增条件的优化、电泳分析结果的解读等方面的问题。
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ICS 65.020.99 B 21
DB51
杂交玉米品种真实性和纯度 SSR 分子检测技术方法
Identifying genuineness and purity of maize hybrid using SSR molecular marker
四川省质量技术监督局 发布
目次
前言................................................................................ .II
1 范围............................................................................... .1
2 规范性引用文件..................................................................... .1
3 术语和定义......................................................................... .1
4 原理............................................................................... .2 5试验方法. (2)
6核心引物筛选 (2)
7品种纯度检测程序 (2)
8品种真实性检测程序 (2)
9结果计算 (3)
10检验报告 (3)
附录A（规范性附录）检验报告 ......................................................... .4
前言
本标准的附录A为规范性附录。
本标准由四川省农业厅提出并归口。
本标准由四川省质量技术监督局批准。
本标准起草单位：四川省种子站、四川省农业科学院作物研究所、成都市种子站。
本标准主要起草人：杨俊品、苏秀、何芳、林勇、谭君
杂交玉米品种真实性和纯度SSR分子检测技术方法
1范围
本标准规定了玉米(Zea mays L.)单交种、自交系的品种真实性和纯度的SSR分子标记检测方法和对检测结果的判定标准。
本标准适用于玉米单交种、自交系的品种真实性和纯度鉴定。
2 规范性引用文件
下列文件中的条款通过本标准的引用而成为本标准的条款。
凡是注日期的引用文件，其随后所有的修改单（不包括勘误的内容）或修订版均不适用于本标准，凡是不注日期的引用文件，其最新版本适用于本标准。
GB 4404.1 粮食作物作物种子禾谷类
GB／T3543.4 农作物种子检验规程发芽试验
GB／T3543.5 农作物种子检验规程真实性和品种纯度
GB/T19557.1 植物新品种特异性、一致性和稳定性测试指南总则
NY/T1432 玉米品种鉴定 DNA指纹方法
BMT guidelines(proj.3) 分子标记选择与DNA指纹库构建指南
3 术语和定义
下列术语和定义适用于本标准。
3.1简单重复序列SSR （Simple Sequence Repeats）
又称微卫星序列或短串联重复序列，是由几个核苷酸（1-5个）为重复单位聚集而成的长达几十个至几百个bp（一般为100-200bp）的串联重复序列。
3.2 聚合酶反应 PCR （Polymerase Chain Reaction）
一种用于在体外扩增DNA序列的技术程序。
模板DNA经高温变性为单链，在DNA聚合酶和适宜温度下，两条引物分别与DNA模板两条链上的一段互补序列发生退火，并在DNA聚合酶的催化下以四种dNTP(deoxyribonucleoside triphosphate，脱氧核苷三磷酸）为底物，使退火引物延伸从而合成DNA。
如此变性退火和合成DNA反复循环，使位于两段已知序列之间的DNA片段呈几何倍数扩增。
3.3 引物 Primer
具有游离的3’-OH末端及特定序列的寡核苷酸短片段，与DNA模板结合后启动PCR反应。
3.4 核心引物 Core Primer
多态性、稳定性、重复性等综合特性好，适用于真实性和纯度鉴定优先选用的引物。
核心引物的选择参考BMT guidelines(proj.3)。
4 原理
简单重复序列（SSR）分布于玉米整个基因组，每个位点上重复单位的数目及重复单位的序列都可能不完全相同，因而造成了每个座位上的多态性。
由于每个简单重复序列两端的序列是高度保守的单拷贝序列，因而可根据其两端的序列设计一对特异引物，利用PCR技术进行扩增，扩增产物利用电泳进行分离。
不同玉米品种由于遗传结构的差异，当利用一对或多对引物经PCR扩增后会形成不同分子量大小的扩增产物，通过染色形成不同玉米品种的SSR电泳图谱，进行玉米品种真实性和纯度鉴定。
5试验方法
按NY/T1432-2007《玉米品种鉴定 DNA指纹方法》进行。
6核心引物筛选
在玉米每条染色体的长臂和短臂上各选取1对引物，共计20对引物作为基本核心引物；在每条染色体的近着丝点上和根据检测实践选取20对引物作为扩展核心引物，共计40个核心引物。
并筛选出代表每个引物不同谱带的标准品种。
7纯度检测程序
7.1 样品数
从供检样品中随机取400粒玉米种子按GB/T3543.4 《农作物种子检验规程发芽试验》标准中规定的方法进行发芽，从发芽的幼苗中随机取不少于300株幼苗进行检测。
7.2 检测程序
从核心引物中筛选供检杂交种显性差异的引物3对，对供检样品进行检测。
8 真实性检测程序
8.1 样品数目
供检样品为杂交种时，随机取200粒玉米种子按GB/T3543.4 《农作物种子检验规程发芽试验》标准中规定的方法进行发芽，从发芽的幼苗中随机取不少于100个个体进行检测。
供检样品为自交系时，随机取20粒种子按GB/T3543.4《农作物种子检验规程发芽试验》标准中规定的方法进行发芽，从发芽的幼苗中随机选取10个个体进行检测。
8.2 检测程序
8.2.1供检样品为杂交种时，按7.2对供检样品进行纯度检测。
8.2.2 杂交种选择有代表性的5个个体，自交系选取10个个体，用20对基本核心引物与对照样品进行检测。
8.2.3 供检样品与对照样品引物位点差异数≦1时，用20对扩展核心引物进行检测。
9 结果计算
9.1 纯度
鉴定电泳谱带的特征和一致性，计数供检样品幼苗株数和非本品种幼苗株数，并按下列公式计算电泳测定值（品种纯度）X.
供检样品幼苗株数—非本品种幼苗株数
X（%）= ———————————————————×100
供检样品幼苗株数
9.2 真实性判定
9.2.1对供检样品与对照样品的20个位点的DNA指纹谱带数据进行比较：
引物位点差异≥2，判定两个品种为不同品种；
引物位点差异＝1，判定两个品种为相近品种；
引物位点差异＝0，判定两个品种为疑同品种；
9.2.2对相近品种和疑同品种，对供检样品与对照样品的40个位点的DNA指纹谱带数据进行比较：
引物位点差异≥2，判定两个品种为不同品种；
引物位点差异＝1，判定两个品种为近似品种；
引物位点差异＝0，判定两个品种为相同品种或极近似品种；
10 鉴定报告
鉴定报告格式见附录A。
附录A（规范性附录）
NO：2008——×××
×××检验机构
检验报告
产品名称：
送检单位：
检验类型：
本报告共四页
报告编制日期：二00×年月日
注意事项
一、报告无“检验专用章”和“检验单位公章”无效。
二、复制报告未加盖检验单位公章无效。
三、报告无检验（制表）、审核、批准人签字无效。
四、报告涂改无效。
五、对检验报告若有异议，应于收到报告之日起十五日内向检验单位提出，
逾期不再受理。
六、被（送）检单位对提供信息的真实性负责，检验机构对该样品的检测数据负责。
七、未经书面同意，本报告不得用于任何商业目的。
××农作物种子检验机构检验报告NO：2008——×××
共4页第3页
××农作物种子检验机构检验报告
批准：审核：检验（制表）：
共4页第4页。