8 第八章__位点特异性重组与DNA的转座
DNA重组和转座
第一节 DNA重组(recombination)一)、DNA重组1、概念:是指由于不同DNA链的断裂和连接而产生的DNA片段的交换和重新组合,形成新的DNA分子的过程。
2、意义:重组是遗传学的灵魂,没有重组就没有生物的进化;没有重组也就没有现代的分子克隆技术二)、DNA重组的类型1、同源重组(Homologous Recombination)2、位点特异性重组(Site-specific Recombination)3、DNA的转座(transposition)同源重组一、概述1、定义:两个DNA分子同源序列之间进行的重组2、条件:(1)两个DNA分子有同源序列(相关的酶可以用任何一对同源序列为底物)(2)两个DNA分子必须紧密接触3、发生:真核生物: 非姐妹染色单体交换相对应的区域。
原核生物: 依赖recA蛋白,并形成 Holliday 结构Holiday模型(1964年)二、大肠杆菌同源重组的分子基础(一)RecA1、作用:可促进单链同化或单链吸收RecA具有使DNA单链置换双链中同源链的能力2、单链同化发生的三个条件(1)其中一个DNA必须存在单链区(2)其中一个DNA必须有一个自由3’末端(3)此单链区和3’末端必须位于两分子之间互补的区域内(二)RecBCD复合体1、酶的活性:(1)核酸酶(2)解旋酶(3)ATPase2、作用:在CHi位点处产生含3`游离末端单链。
(三)CHi位点——RecBCD识别的靶位点5`GCTGGTGG3`3`CGACCACC5`是重组频率较高的部位E.coli每隔约5~10kb有一个拷贝,Holliday 结构的形成:1. 同源序列排列在一起;2. 酶切。
通过核酸酶和RecBCD蛋白复合体的作用在一对同源DNA上产生切口;3.入侵。
含有3’端切口的ssDNA被recA蛋白包裹形成recA蛋白-ssDNA细丝;RecA-ssDNA细丝寻找相对的DNA双螺旋上的相应序列。
《位点特异性重组》课件
位点特异性重组的
03
应用
基因打靶
基因打靶是一种利用位点特异性 重组技术将外源基因定点整合到 靶细胞基因组的特定位置的方法
。
通过基因打靶技术,可以实现对 特定基因的敲除、替换或修饰, 以达到对细胞或生物体的遗传改
良。
基因打靶技术广泛应用于基因功 能研究、疾病治疗和生物育种等
领域。
基因治疗
1
位点特异性重组技术可用于基因治疗,通过将正 常的基因导入病变细胞并替换或修复缺陷基因, 以达到治疗疾病的目的。
详细描述
在转导型重组中,病毒DNA插入到宿主细胞基因组中,导致 基因的插入突变或基因组的重排。这种重组方式在病毒的传 播和进化中发挥重要作用,也是导致人类疾病的重要原因之 一。
转座子型重组
总结词
转座子型重组是指转座子在基因组内 自主复制和移动引发的DNA序列重排 的重组方式。
详细描述
转座子型重组涉及转座子的复制和移 动,导致DNA序列的重排和基因组的 变异。这种重组方式在生物进化、基 因组多样性和疾病发生等方面具有重 要作用。
应用
在基因工程、基因治疗、 基因组编辑等领域有广泛 应用。
位点特异性重组的
02
种类
整合型重组
总结词
整合型重组是指DNA片段从一个位置移动到另一个位置,与目标DNA整合为 一体的重组方式。
详细描述
在整合型重组中,DNA片段的移动通常涉及重组酶的作用,将DNA片段从原位 置切割并整合到新位置。这种重组方式在基因治疗和基因组编辑等领域有广泛 应用。
2
基因治疗是一种革命性的治疗方法,对于一些遗 传性疾病和罕见病具有显著的治疗效果。
3
基因治疗领域正在不断发展和完善,未来有望为 更多疾病提供有效的治疗方案。
DNA的转座(DNA transposition)【精选-PPT】
2)特点: ♣ 不必借助同源序列就可移动的DNA片段,即转座作
用与供体和受体之间的序列无关。 ♣ 原核生物和真核生物均有转座子。 ♣ 转座序列可沿染色体移动,甚至在不同染色体间跳
跃。
3)种类与特点
(1) 两种类型: A 简单转座子(simple transposon) 或(插入序列 insertion sequence IS ) B 复合转座子(composite transposon)
150bp
1.5kb
P att L C A B S U att R gin
G 倒位区 38kb
C repressor for A, B B 33 kd 与转座有关 A 70 kd 转座酶 U, S 毒性蛋白 attL, attR 与寄主同源,反向重复,转座必需 Gin G区倒位酶
Mu的插入途径
a) 侵入的Mu在溶源化 过程中任意插入寄DNA
b) 进入裂解生长后, 复制产生后代Mu DNA 几乎全部插入寄主DNA 中,并可继续转座(形 成寄主DNA和Mu的共 合体),噬菌体成熟时, 切段共合体包装
3、转DNA上产生交错切口, 所形成的单链末端与转座子两端的反向重复序列相连, 由DNA聚合酶填补缺口,DNA连接酶封闭切口。
5、转座子的某些遗传学效应
① 转座引起插入突变; IS、Tn 和 Mu 噬菌体都可能引起插入突变。 插入位点若在一个顺反子(cistron)的前端功能基因中, 可能造成极性突变(移码或终止密码突变)。
指减低蛋白质合成速度的基因突变
② 造成插入位点靶DNA的少量碱基对重复 IS1、Tn10: 造成9bp的重复。 IS3: 造成3或4bp的重复。 IS4: 造成11bp的重复。
IS
IS
分子生物学复习题 第八章重组DNA技术
第八章重组DNA技术一、选择单选1、下列哪项不属于生物工程?A. PCR技术B.重组DNA技术C.蛋白质工程D.酶工程E.细胞工程2、重组DNA技术中所用的限制酶是哪类?A.Ⅰ型限制酶B.Ⅱ型限制酶C.Ⅲ型限制酶D.Ⅳ型限制酶E.Ⅴ型限制酶3、可以利用蓝白筛选法筛选用pUC转化的重组DNA克隆,是因为pUC包含以下哪种元件?A.复制起点B. amp RC.acZ'D.多克隆位点MCSE.调节基因lacI4、关于λ噬菌体,以下叙述错误的是A.基因组DNA的部分序列并非溶原性生长所必需B.基因组DNA感染大肠杆菌后形成闭环结构C.在溶原性生长时进行滚环复制D.复制时形成多联体结构E.其转化的细菌经过培养形成噬菌斑5、pBR322质粒包含两个抗性基因:氨苄青霉素抗性基因和四环素抗性基因,据此可以利用哪种方法筛选重组DNA克隆?A.α互补B. PCRC.插入失活D.核酸分子杂交E.蓝白筛选6、制备重组DNA首先要制备目的DNA,要保证目的DNA的量和纯度能满足重组要求。
常用的制备方法不包括A.PCR扩增B.从组织细胞分离基因组DNAC.化学合成D.逆转录合成cDNAE.限制酶截取7、第一种应用于临床的重组蛋白是A.基因工程疫苗B.基因工程抗体C.激素D. 生长因子E.细胞因子8、在重组DNA技术中,目的DNA与载体在体外连接的过程称为DNA的体外重组。
体外重组的方法不包括:A.加人工接头连接B.加同聚物尾连接C.互补黏端连接D.连接E.平移连接9、重组DNA的宿主细胞有原核细胞和真核细胞。
用于制备基因文库的宿主细胞主要是A.哺乳动物细胞B.大肠杆菌C.酵母D.枯草杆菌E.昆虫细胞10、哪种方法要求宿主细胞必须是感受态细胞?A.CaCl2法B.病毒感染法C.脂质体载体法D.显微注射法E.穿刺法11、蓝白筛选属于筛选重组DNA克隆方法的哪种?A.PCR分析B.插入失活分析C.核酸分子杂交分析D.酶切分析E.免疫分析12、重组DNA技术领域常用的质粒DNA是A. T病毒基因组DNA的一部分B. 细菌染色体外的独立遗传单位C. 细菌染色体DNA的一部分D. 真核细胞染色体外的独立遗传单位E. 真核细胞染色体DNA的一部分13、某限制性内切核酸酶切割5’…GGGGGG▼AATTCC…3’序列后产生A. 5’突出末端B. 5’或3’突出末端C. 5’及3’突出末端D. 3’突出末端E. 平末端14、“克隆”某一目的DNA的过程不包括A. 重组DNA分子导人受体细胞B. 外源基因与载体的拼接C. 基因载体的选择与构建D. 筛选并无性繁殖含重组分子的受体细胞E. 表达目的基因编码的蛋白质15、关于基因文库及其构建,以下叙述错误的是A.基因文库包括基因组文库和cDNA文库B.构建基因组文库常用的克隆载体是λ噬菌体、粘粒和酵母人工染色体系统C.目前构建的cDNA文库可以包含一种生物基因组所含的全部编码序列D.真核生物cDNA文库中的目的基因可以在原核细胞内表达活性产物E.构建cDNA文库要用到逆转录酶多选:1、用目的DNA和质粒制备重组DNA,下列哪些工具酶是必需的?A.DNA聚合酶B.核酸酶C.连接酶D.限制酶E.修饰酶2、影响限制酶切割效率的因素有那些?A.底物纯度B.底物甲基化程度C.底物结构D.反应温度E.反应体系组成3、哪些因素会降低限制酶的特异性?A.高浓度限制酶B.高浓度甘油C.低离子强度D.用Mn2+取代Mg2+E.高pH值4、限制酶的应用非常广泛,包括:A.DNA重组B.质粒改造C. DNA杂交D.探针制备E.基因定位5、关于重组DNA技术使用的DNA 连接酶A.用以将目的DNA与载体共价连接成重组DNAB.包括大肠杆菌DNA连接酶和T4 DNA连接酶C.大肠杆菌DNA连接酶需要NAD,而T4 DNA连接酶需要ATPD.大肠杆菌DNA连接酶用于连接切口或互补黏端E.T4 DNA连接酶用于连接互补黏端或平端6、重组DNA技术常用的DNA聚合酶有A.DNA聚合酶ⅠB. Klenow片段C. Taq DNA聚合酶D. 逆转录酶E. T4 DNA聚合酶7、载体分为克隆载体和表达载体两类。
第八章DNA重组与转座
RecA
RecA引发链侵入模型
被置换连
入侵单链
RecA启动的单链入侵
RecA promotes the assimilation of invading single strands into duplex DNA so long as one of the reacting strands has a free end.
RecA引起的链交换和 Holliday结构的生成
(2)RecA 蛋白催化双链和单链 DNA 的反应阶段
a、 联会前阶段(缓慢) RecA 与单链结合
b、 单链与双螺旋的互补链迅速配对,形成双链连接分子 Holliday(5‘侵入)
c、 从双螺旋结构中缓慢置换一条链产生一段长的异源双链 DNA 反应结束时,RecA 结合到双链上
拼接重组体和片段重组体。
Synapsed chromatids
Recombination joint
Heteroduplex DNA
5‘ 5‘
(1)
(2)
Holliday中间体
5 ‘ 3 ‘
5’
切割 Meselson-Radding模型 单链入侵模型(链转移模型)
(2) 切除
◘ 寄主SOS反应时---RecA大量产生,促使阻遏蛋白CⅠ的水解 ---把OL和OR从阻遏状态释放出来 ---从PL转录使int和xis表达
细菌的特异位点重组 ——鼠伤寒沙门氏杆菌鞭毛蛋白H1和H2转换
四、依赖于同源重组的位点特异性的序列代换
-----酵母MAT序列的转换
1、 酵母结合型的转变---DNA序列的代换,而不是互换 ---依赖于序列的同源性 (被代换的序列命运是被降解---突变试验)
8-第八章--位点特异性重组与DNA的转座
反转录病毒生活周期
(2)反转录病毒基因组结构与功能
◆ 含有3-4个基因,实为编码区,每各编码区通过加工产 生多种蛋白(多聚蛋白),经酶切成为单一的蛋白质形 式。
◆反转录病毒mRNA通常结构,5 ’端加帽,3’端与polyA 相连。
◆全长的mRNA被翻译时,产物为gag和pol 蛋白。翻译 从第一个起始密码子开始而终止于第一个终止密码子, 产物为gag蛋白。表达pol 蛋白必需越过终止密码子,效 率为5%,因此,gag蛋白是gag-pol蛋白的20倍。
◆ 控制因子家族是通过这两种因子相互作用来划定 的。一个家族由单个类型的自主因子组成,这些因子 由很多种非自主因子相伴随。
◆ 玉米Ac-Ds系统的结构
☉Ac序列由含5个内含子的单个基因编码,其产物为转座酶, 末端有11bp的IR和8bp的DR。
☉Ds是由Ac缺失产生的,Ds9缺失194bp;Ds6只保留2Kb。 转座酶失活但保留完整的转座酶作用位点(包括末端)。
玉米色斑的形成
(2)玉米的控制因子家族
McClintock还发现了Spm-Dspm系统。每个家 族都有自主性因子和非自主性因子。
◆ 自主性因子有切离和转座能力。可插入任何位点 产生不稳定的或可“突变”(mutable)等位基因。自 主性因子的丢失,可使可变的等位基因变成稳定的等 位基因。
◆ 非自主性因子是稳定的,自身不能转座,来源于 失去反式作用功能的自主因子,而这种功能是转座所 必须的。
(2)P 因子
◆研究发现,杂种不育是由于在W位点插入P因子(P element)所致,P品系有P因子,M品系无P因子。
◆P因子长2.9 Kb ,有4个开放阅读框(ORF),末端有 31bp反向重复序列,靶DNA产生8bp的正向重复序列。
分子生物学DNA的重组与转座公开课一等奖优质课大赛微课获奖课件
7.1.4 同源重组酶学机制
细菌接合、转化以及转导重组都是同源重组, 并且这种重组是发生在一个完整环状双螺旋 DNA分子与一个双链或单链DNA分子片段 之间。且重组需要RecA和RecBCD蛋白质。 Recombination
第9页
7.2 位点特异性重组
site-specific recombination
第11页
7.2.1 λ phage DNA整合与切除 1、实现机制:
均是通过---细菌DNA和λDNA上特定位点之间重组
2、特定位点-----附着位点(attachment site att)
E.coli attB 以BOB`表示,由 23bp λ phage attP 以 POP`表示
240bp ◘ 关键序列 “O”完全一致
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溶菌周期 (lysis)
溶源性细菌 原噬菌体 (lysogen)
第14页
4、整合分子机制
◘ 关键序列O全长15bp,富含A-T
◘ 发生在O内重组互换位点相距 7bp
◘ attP位点负超螺旋为重组所必须---加强了Int和IHF亲和力 -----高剂 量蛋白维持单链重组所必需结构
◘ 整合酶结合位点:attP 240bp、attB 23bp(二者作用不同)
◘ Int结合 ----关键序列反向位点(切割位置) ----结合在att臂上(臂与关键区靠近)
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int IHF
Xis
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◘ 整合体及其作用 整合体(intasome)--Int和IHF结合到attP时复合物
◘ 整合体捕获attB,阐明-----
a、attB和attP最初辨认靠Int 辨认两序列能力
含有一个中心序列和位于两侧臂(arm); 除了和本身转座相关基因外,中心序列含有抗
重点莫老师分子遗传复习题总结
前言:1.遗传、变异的含义及其相互关系;遗传使子代与亲代保持不变,保持亲本的性状,从而使每个物种具有相对的稳定性,能延续后代;变异使子代发生改变,表现与亲代不同;没有变异,物种将一成不变,没有变异就没有生物的进化和发展;遗传是相对的,变异是绝对的。
2.孟德尔的遗传观念及其在遗传学中发展的作用;孟德尔的遗传观念:基因的分离定律;基因的自由组合定律;两个定律体现了基因的颗粒性,为一基因一酶学说的提出奠定了基础也为现代分子遗传学奠定了分子机制基础。
第一章基因与DNA结构1.什么是基因,什么叫内含子;一个或几个DNA片段形成的一个功能性RNA分子或为一个RNA分子。
2.Topo1和Topo11的区别;1:催化瞬时的单链的断开和连接(单链切口)2:催化双链断开成一个缺口3.Gyrase是什么;DNA促旋酶是什么;促进DNA发生螺旋结构的旋转变化的酶4.正负螺旋的生物学意义正超:嗜热生物特有,解旋须要更多的能量,防止环境高温引起DNA变性负超:含自由能,有局部解旋倾向,可以为打开DNA双链供能。
5.链环数,扭转数,缠绕数;链环数:指cccDNA(共价闭合环DNA)中一条链绕另一条链的总数扭转数:双螺旋圈数缠绕数:超螺旋数目。
6.断裂基因(split gene);限制性内切酶(restriction);变性(deneturation);复性(renaturotion);退火(anneal);southern /northern blotting;原位杂交;断裂基因:基因的编码序列在DNA上不连续,有一些不编码的序列隔开。
限制性内切酶:一组能特异性识别一段短的回文DNA序列并于此处切开DNA的酶。
变性:一定条件下,双链DNA双链键断开打开成单链复性:适当条件下,单链DNA互补恢复成天然双链DNA。
退火:单链DNA经过互补配对,重新形成双链DNA的过程Southern杂交:使用特定的探针对DNA进行杂交,以获得特定的DNA片段。
第八章 基因重组和转座
位点专一性重组最早是在λ噬菌体的遗传学研究
中发现的。 λDNA通过重组整合到大肠杆菌染色体的专一性 位点上,转变成为原噬菌体DNA的非活性状态。 一般位点专一性重组都具有λ整合作用的两个基 本特征:①交换是相互的和保存原先的DNA,是典 型的保守性重组(conservative recombination); ②它发生在噬菌体和细菌DNA短同源序列中的专一
可接合质粒如 F 因子(F factor)
F质粒是双链闭环的大质粒,总长约100 kb,
复制起点为oriV。
F质粒可以在细胞内游离存在,也可以整合到
宿主染色体内,因此属于附加体(episome)。其与
转移有关的基因(tra)占据质粒的三分之一(~33
kb),称为转移区,包括编码F性菌毛(F pilus)、稳
发生同源重组。
同源重组存在热点(hot spot) 即某类型序
列发生重组的概率高于其他序列。
同源重组要求序列同源性的最低长度因不同机
体而异,一般在25~300bp之间。
同源重组发生在减数分裂同源染色体非姊妹染
色单体之间,是一种交互重组类型。
但在细菌转化、结合和普遍性转导中,同
源重组是一种单向重组类型,仅受体DNA发生
片段重组体patchrecombinant拼接重组体splicerecombinantholiday中间体holiday重组模型双链侵入模型holiday中间体5?3?3?3?5?5?5?3?5?3?5?5?5?3?3?3?5?3?5?5?5?3?3?3?5?3?5?5?5?3?3?3?5?5?5?5?3?3?3?3?5?3?5?5?5?3?3?3?内切酶ruvc内切酶ruvcdna连接酶dna连接酶片段重组体拼接重组体二同源重组的酶学机制已经分离并鉴定了原核生物和真核生物促进同源重组各步骤有关的酶研究最多的还是大肠杆菌的酶
DNA重组的机理---精华版
异常分离与基因转变
在一个杂合体中,如果一染色体把基因A交给它的 同源染色体,则它的同源染色体必定把基因a交回给 它,所以在真菌中,一个座位上的两等位基因分离时 ,应该呈现2:2或1:1:1:1或1:2:1的分离(表8-1) ,这就说明重组通常总是交互的。可是Lindegren在面 包酵母(Saccharomyces cerevisiae)中发现,有的子囊 含有(3A+1a)或(1A+3a)的子囊孢子。以后在脉 孢霉、酿酒酵母、子囊菌Ascobolus immersus及果蝇中 也发现这种现象。
•片段重组体:切开的链与原来断裂 的是同一条链,重组体含有一段异源 双链区,其两侧来自同一亲本DNA。 •拼接重组体:切开的链并非原来断 裂的链,重组体异源双链区的两侧来 自不同亲本DNA。
电镜下的Holliday结构
Meselson-Radding单链侵入模型
Holliday模型中为对称的杂合双链, 而实际情况有不均等分离现象,1975年 Meselson-Radding 提出模型解释这种不 对称重组现象。
基因重组的相关概念 同源重组 转座重组 位点特异性重组 DNA重组技术简介
一、基因重组
• • 英文名称:gene recombination 定义:是指由于不同DNA链的断裂和连 接而产生的DNA片段的交换、插入等的 重新组合,形成新的DNA分子的过程。 包括发生在生物体内(如减数分裂中异源 双链的核酸交换)和在体外环境中用人工 手段使不同来源DNA重新组合的过程。
真核生物的转座子
Barbara McClintock
Nobel Prize for Physiology Medicine 1983
玉米的Ac-Ds系统
真核生物的转座子根据其DNA结构和转座 机理的不同,分为两类,第一类是反转座子,其 转座过程是DNA→RNA→DNA,需要RNA中 间体;第二类是DNA转座子,其转座过程是 DNA→DNA,无RNA中间体。
分子生物学期末复习试题及答案
一、名词解释分子生物学:包括对蛋白质和核酸等生物大分子的结构与功能,以及从分子水平研究生命活动RNA组学:RNA组学研究细胞中snmRNAs的种类、结构和功能。
同一生物体内不同种类的细胞、同一细胞在不同时间、不同状态下snmRNAs的表达具有时间和空间特异性。
增色效应: DNA变性时其溶液OD260增高的现象。
减色效应: DNA复性时其溶液OD260降低的现象。
Tm:变性是在一个相当窄的温度范围内完成,在这一范围内,紫外光吸收值达到最大值的50%时的温度称为DNA的解链温度,又称融解温度(melting temperature, Tm).其大小与G+C含量成正比。
解链曲线:如果在连续加热DNA的过程中以温度对A260(absorbance,A,A260代表溶液在260nm处的吸光率)值作图,所得的曲线称为解链曲线。
DNA复性:在适当条件下,变性DNA的两条互补链可恢复天然的双螺旋构象,这一现象称为复性。
核酸分子杂交:在DNA变性后的复性过程中,如果将不同种类的DNA单链分子或RNA分子放在同一溶液中,只要两种单链分子之间存在着一定程度的碱基配对关系,在适宜的条件(温度及离子强度)下,就可以在不同的分子间形成杂化双链,这种现象称为核酸分子杂交。
基因:广义是指原核生物、真核生物以及病毒的DNA和RNA分子中具有遗传效应的核苷酸序列,是遗传的基本单位。
狭义指能产生一个特定蛋白质的DNA序列。
断裂基因:不连续的基因称为断裂基因,指基因的编码序列在DNA上不连续排列而被不编码的序列所隔开。
重叠基因:核苷酸序列彼此重叠的2个基因为重叠基因,或称嵌套基因。
致死基因:删除后可导致机体死亡的基因。
基因冗余:由于一基因在个体中有若干份拷贝,当删除其中一个时,个体的表型不发生明显变化.DNA重组:DNA分子内或分子间发生遗传信息的重新组合,又称为遗传重组或基因重排.同源重组:发生在同源序列间的重组称为同源重组,又称基本重组。
DNA 的复制与重组
大肠杆菌(E. coli)的 OriC 复制原点
4. 游离端交叉连接,形成
Holliday 结构 5.通过分支迁移产生异源
双链DNA。
十字形结构
6. 空间重排。十字型两臂 旋转180度
7. 解离(两种不同方式)
8. 修补连接
附:基因敲除( Gene knockout)
是80年代后半期应用DNA同源重组原理发展起来的一门新技术 是指对一个结构已知但功能未知的基因,从分子水平上设 计实验,将该基因去除,或用其它顺序相近基因取代,然 后从整体观察实验动物,推测相应基因的功能。
一,DNA的复制
Waston and Crick, 1953
*
1 中心法则
现代生物化学和分子生物学的一个最基本的观点—— 在生命 有机体中,基因是唯一能够复制,并且能永远存在的单位, 而 其意义最终须通过蛋白质才体现出来。
从DNA到蛋白质,遗传信息的流动遵循着中心法则。
2 DNA的半保留复制
Holiday模型(1964年)
二、大肠杆菌同源重组的分子基础
(一)RecA 1、作用:可促进单链同化或单链吸收 RecA具有使DNA单链置换双链中同源链的能力
特异地识别单链DNA,并能将之与同源DNA中的互 补顺序“退火”,同时将另一条链排挤出去(取代), 形成杂种分子
2、单链同化发生的三个条件 (1)其中一个DNA必须存在单链区 (2)其中一个DNA必须有一个自由3’末端 (3)此单链区和3’末端必须位于两分子之间互补的区域内
分子生物学名词解释
6DNA和RNA的结构Polynucleotide chain:多核苷酸链。
包含磷酸二酯骨架与结合有碱基的核糖的单链DNA。
Nucleoside:核苷。
核糖通过1位糖苷键连接到一个碱基上形成。
核苷没有磷酸分子。
Nucleotide:核苷酸。
一个在1位连接碱基,5位连接一个或多个磷酸的核糖。
Phosphodiester linkage:磷酸二酯键。
不断重复,构成多核苷酸链的糖-磷酸骨架。
Purine:嘌呤。
Adenine:腺嘌呤。
Guanine:鸟嘌呤。
Pyrimidine:嘧啶。
Cytosine:胞嘧啶。
Thymine:胸腺嘧啶。
Base flipping:碱基翻出。
单个碱基从双螺旋中突出的现象。
Tautomeric:互变异构。
Denature:变性。
温度或pH过高时,DNA双链分开的过程。
Annealing(renature):复性。
变性DNA的互补链重新聚合形成双螺旋结构的过程。
Hybridization:杂交。
两条单链核酸形成杂交分子的能力。
Hyperchromicity:增色性。
DNA变性后,吸光度在260nm处明显增强的现象。
Tm (melting point):熔点。
DNA的吸光度增加到最大值一半时的温度。
Linking number:连环数。
要使两条DNA链完全分开时一套链必须穿过另一条链的次数。
Twist number:扭转数。
DNA一条链完全缠绕另一条链的次数。
Writhe number:缠绕数。
双螺旋DNA的长轴在三维空间里重复地自我交叉的次数。
Topoisomerase:拓扑异构酶。
催化DNA产生瞬间的单链或双链的断裂而改变连环数的酶。
Ribozyme:核酶。
催化生化反应的RNA酶。
7 染色体、染色质和核小体Chromosome:染色体。
由DNA和与其结合的蛋白质构成。
Chromatin:染色质。
DNA的一段给定区域及其结合蛋白。
Histone:组蛋白。
小的碱性DNA结合蛋白。
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(2)P 因子 ◆ 研究发现 , 杂种不育是由于在 W 位点插入 P 因子 ( P element)所致, 品系有P因子, 品系无P因子。 element)所致,P品系有P因子,M品系无P因子。 因子长2 个开放阅读框(ORF) (ORF), ◆ P 因子长 2.9 Kb , 有 4 个开放阅读框 (ORF) , 末端有 31bp反向重复序列, DNA产生 bp的正向重复序列 bp反向重复序列 产生8 的正向重复序列。 31bp反向重复序列,靶DNA产生8bp的正向重复序列。 一个P品系果蝇带有30 50拷贝的 因子,其中1 30- 拷贝的P ◆一个 P 品系果蝇带有30-50 拷贝的 P因子,其中1/3具完 整结构, 不完整的P因子是由于缺失而产生的, 整结构 , 不完整的 P 因子是由于缺失而产生的 , 丧失转 座能力。 座能力。 因子的激活有组织特异性,它仅发生在生殖细胞中。 ◆P因子的激活有组织特异性,它仅发生在生殖细胞中。 因子在体细胞和生殖细胞中都转录。 但 P 因子在体细胞和生殖细胞中都转录 。 组织特异性表 现在不同的细胞中转录的方式不同(剪接方式不同) 现在不同的细胞中转录的方式不同(剪接方式不同)。
2. 位点特异性重组酶利用共价蛋白-DNA中间体切割 位点特异性重组酶利用共价蛋白-DNA中间体切割 分离与连接DNA。 分离与连接DNA。
--位点特异性重组酶有两个家族:丝氨酸重组酶与酪氨酸 --位点特异性重组酶有两个家族: 位点特异性重组酶有两个家族 重组酶。 重组酶。
丝氨酸重组酶与酪氨酸重组酶使用的共价蛋白-DNA中间体。 丝氨酸重组酶与酪氨酸重组酶使用的共价蛋白-DNA中间体。
玉米色斑的形成
(2)玉米的控制因子家族
McClintock还发现了 Spm-Dspm系统 McClintock 还发现了 Spm-Dspm 系统 。 每个家族都 还发现了Spm 系统。 有自主性因子和非自主性因子。 有自主性因子和非自主性因子。 自主性因子有切离和转座能力。 自主性因子有切离和转座能力 。 可插入任何位点 产生不稳定的或可“突变” mutable)等位基因。 产生不稳定的或可“突变”(mutable)等位基因。自 主性因子的丢失, 主性因子的丢失 , 可使可变的等位基因变成稳定的等 位基因。 位基因。 非自主性因子是稳定的,自身不能转座, ◆ 非自主性因子是稳定的 , 自身不能转座 , 来源于 失去反式作用功能的自主因子, 失去反式作用功能的自主因子 , 而这种功能是转座所 必须的。 必须的。 ◆ 控制因子家族是通过这两种因子相互作用来划定 一个家族由单个类型的自主因子组成, 的 。 一个家族由单个类型的自主因子组成 , 这些因子 由很多种非自主因子相伴随。 由很多种非自主因子相伴随。
Shapiro的E.coli半乳糖操纵子研究 Shapiro的E.coli半乳糖操纵子研究
◆
半乳糖操纵子—— 半乳糖操纵子—— galK基因编码半乳糖激酶 基因编码半乳糖激酶; galK基因编码半乳糖激酶; galT基因编码半乳糖尿苷酰转移酶 基因编码半乳糖尿苷酰转移酶; galT基因编码半乳糖尿苷酰转移酶; galE基因编码半乳糖异构酶 基因编码半乳糖异构酶。 galE基因编码半乳糖异构酶。
λ噬菌体基因组嵌入 宿主染色体中。
3种CSSR重组方式。 CSSR重组方式。
参与保守性位点特异性重组的结构。
位点特异性重组的分子机制:attP和attB交错切割发生重组。 位点特异性重组的分子机制:attP和attB交错切割发生重组。
λ噬菌体的attP 为P.O.P' ,细菌的attB为 B.O.B' 噬菌体的attP 细菌的attB attB为 attB相同的核心序列 相同的核心序列, 15bp 重组发生在此序列中。 bp, O 为 attP 和attB相同的核心序列,长15bp,重组发生在此序列中。 attP 235 bp attB 23 bp ----O----P ---O---B P----O----P’ B---O---B’ -152 0 +82 -11 0 +11 ▼ ——G ——G C T T T T T T A T A C T A A —— ——C ——C G A A A A A A T A T G A T T——— ▲
重组酶的家族与功能
丝氨酸重组酶催化的重组。
二、位点特异性重组的生物学作用
细胞与病毒用位点特异性重组可实现各种各 样的生物学功能。 样的生物学功能。
--噬菌体利用重组机制在感染时将本身DNA嵌入到宿 --噬菌体利用重组机制在感染时将本身 噬菌体利用重组机制在感染时将本身DNA嵌入到宿 主染色体中。 主染色体中。 --位点特异性重组可用于改变基因表达。 --位点特异性重组可用于改变基因表达。 位点特异性重组可用于改变基因表达 --位点特异性重组还广泛用于DNA复制、同源重组和 --位点特异性重组还广泛用于 位点特异性重组还广泛用于DNA复制 复制、 细胞分裂周期中保持环状DNA分子的结构完整 分子的结构完整。 细胞分裂周期中保持环状DNA分子的结构完整。
复合转座子的结构
真核生物 转座因子
玉米的转座因子
(1) McClintock的发现 McClintock的发现 玉米的红色花青素合成受多基因控制, 玉米的红色花青素合成受多基因控制 , 使胚乳呈 紫色。其中任一基因突变都使色素合成受阻,胚乳变白。 紫色 。 其中任一基因突变都使色素合成受阻 , 胚乳变白 。 如果发生回复突变,会导致斑点产生。McClintock发现 发现, 如果发生回复突变 , 会导致斑点产生 。 McClintock 发现 , 色素基因C突变是由“可移动的控制因子”引起的, 色素基因C突变是由“可移动的控制因子”引起的,称为 解离因子( ,Ds) 它可插入C基因中。 解离因子 ( dissociator ,Ds ) , 它可插入 C 基因中 。 另 一可移动的控制因子是激活因子( activator,Ac) 一可移动的控制因子是激活因子 ( activator,Ac ) , Ac 能激活Ds转入C基因,也能使Ds 能激活Ds转入C基因,也能使Ds从C中转出,这就是Ac-Ds Ds转入 Ds从 中转出,这就是Ac Ac系统。 系统。
P基因的结构及其表达产物
第八章 位点特异性重组与DNA的转座 位点特异性重组与DNA的转座
本章内容 1. 保守性位点特异性重组 2. 位点特异性重组的生物学作用 3. 转座 4. 转座子及其调控
重组的两种形式
一、保守性位点特异性重组(CSSR) 保守性位点特异性重组(CSSR)
1. 位点特异性重组发生在目标DNA上的特异序列中。 位点特异性重组发生在目标DNA上的特异序列中 上的特异序列中。
基因组中的转座子:出现位置与分布
原核生物转座因子
类型
(1)插入序列(insertion sequence ,IS) ,IS) ◆ E.coli K12中有IS1, IS2, IS3, IS4, IS5。 12中有 1 IS2 IS3 IS4 IS5 中有IS E.coli的F因子中有IS2, IS3(4个),γ,δ。 coli的 因子中有IS2 IS3 ),γ, ◆ 末端的序列相同或相近,但方向相反,称为反向重复 末端的序列相同或相近,但方向相反, 序列(IR) 与其相连的宿主DNA末端会产生正向重 序列(IR),与其相连的宿主DNA末端会产生正向重 复序列(DR) 复序列(DR)。 ◆ 仅编码与转座有关的转座酶 , 转座酶交错切割宿主 仅编码与转座有关的转座酶, DNA,然后IS插入 IS两端形成 。 DNA,然后IS插入,IS两端形成DR。 插入, 两端形成DR
果蝇的P 果蝇的P因子
(1)果蝇的“杂种不育”品系 果蝇的“杂种不育” 某些果蝇品系杂种后代现一系列缺陷, 某些果蝇品系杂种后代现一系列缺陷, 在P-M系统的杂 交中,子一代具有正常的体细胞组织,但性腺不能发育。 交中,子一代具有正常的体细胞组织,但性腺不能发育。 P(♂) × P(♀) — F1 正常能育 P(♂ P(♀ M(♂) ×M(♀) — F1 正常能育 M(♂ M(♀ M(♂) ×P(♀) — F1 正常能育 M(♂ P(♀ P(♂) ×M(♀) — F1 不育 P(♂ M(♀
半乳糖操纵子
1. 一些遗传元件通过转座(transposition)转到 一些遗传元件通过转座(transposition) 新的染色体位置上。 新的染色体位置上。
2. 有3种类型的转座因子。 种类型的转座因子。 --DNA转座子 --DNA转座子 --类病毒反转座子 --类病毒反转座子 --poly-A反转座子 --poly-
◆
◆ 玉米Ac-Ds系统的结构 玉米Ac-Ds系统的结构 Ac序列由含 个内含子的单个基因编码,其产物为转座酶, 序列由含5 ☉Ac序列由含5个内含子的单个基因编码,其产物为转座酶, 末端有11bp的IR和 bp的DR。 末端有11bp的IR和8bp的DR。 Ds是由 缺失产生的 Ds9缺失194bp;Ds6只保留2Kb。 是由Ac缺失产生的, ☉Ds是由Ac缺失产生的,Ds9缺失194bp;Ds6只保留2Kb。 转座酶失活但保留完整的转座酶作用位点(包括末端) 转座酶失活但保留完整的转座酶作用位点(包括末端)。 ☉ Ac-Ds属于非复制型转座,发生转座后,它们从供体位置 Ac-Ds属于非复制型转座 发生转座后, 属于非复制型转座, 上消失。 上消失。
IS的结构与功能 IS的结构与功能
部分IS的结构 部分IS的结构
IS种类 长度(bp) IR (bp) ID (bp) IS种类 靶的选择 随机 热点 AAAN20TTT 热点
NGCTNAGCN
拷贝数
IS1 IS2 IS4 IS5 IS10R IS903
768 1327 1428 1195 1329 1057
B. McClintock的玉米遗传研究 McClintock的玉米遗传研究
1951年 1951 年 , B.McClintock 根据长期对玉米的遗传研究 , McClintock根据长期对玉米的遗传研究 根据长期对玉的遗传研究, 提出了转座(transposition)的概念, 提出了转座(transposition)的概念,提出基因可以移动的 新观点。 新观点。