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生物信息学机构

NCBI

/

International Nucleotide Sequence Database Collaboration.

/collab/

EBI

/

USDA

/

Sanger Centre

/

北京大学生物信息学中心

核苷酸数据库

GenBank

/

dbEST

/dbEST/index.html

dbSTS

/dbSTS/index.html

dbGSS

/dbGSS/index.html

Genome (NCBI)

/entrez/query.fcgi?db=Geno me

dbSNP

/SNP/

HTGS

/HTGS/

UniGene

/UniGene/

EMBL核苷酸数据库

/embl

Genome (EBI)

/genomes/

向EMBL数据库提交序列

/embl/Submission/webin.html

DDBJ

http://www.ddbj.nig.ac.jp/

Plant R gene database

/rgenes

启动子数据库

Eukaryotic promoter database

http://www.epd.isb-sib.ch

http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html

转录因子数据库

FRANSFAC

http://transfac.gbf.de

ooTFD

基因分类数据库

Gene Ontology (GO)

蛋白质数据库

SWISS-PROT或TrEMBL

/swissprot/

http://www.expasy.ch/sprot/

PIR

/pir/

PRF

http://www.prf.or.jp/

PDBSTR

http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www

_bfind?pdbstr-todayProsite

http://www.expasy.ch/sprot/prosite.html

结构数据库

PDB

/pdb

NDB

/NDB/ndb.html

/

DNA-Binding Protein Database

/NDB/structure-finder/dna bind/index.html

NMR Nucleic Acids Database

/NDB/structure-finder/nmr /index.html

Protein Plus Database

/NDB/structure-finder/prot ein/index.html Swiss 3Dimage

http://www.expasy.ch/sw3d/

SCOP

/scop/

CATH

/bsm/cath/

酶、代谢和调控路径数据库

KEGG

http://www.genome.ad.jp/kegg/

Enzyme Nomenclature Database

http://expasy.hcuge.ch/sprot/enzyme.html

Protein Kinase Resource (PKR)

/kinases/

LIGAND

http://www.genome.ad.jp/dbget/ligand.html

WIT

/WIT/

EcoCyc

/ecocyc/

UM-BBD

/umbbd/

多种代谢路径数据库

/stc-95/ResTools/biotools/biotools8. html

基因调控路径数据库(TRANSPATH)

http://transfac.gbf.de

基因组数据库

禾本科比较基因组

GrainGene

Botanical Databases

/botanicaldatabase.htm

Botanical Data

/calflora/batanical.html

日本水稻基因组(RGP)

http://rgp.dna.affrc.go.jp

水稻物理图谱

/projects/rice/fpc

华大水稻基因组框架图

欧洲水稻测序（第12染色体）

s.fr

Maize genome

Barley genome

/Research/barley/nabgmp.htm

Forage grasses genomes

/

/Topics/Species/Grasses /

Triticum genomes

/index.shtml

Arabidopsis genome

SoyBase

http://129.186.26.94

Alfalfa genome

Cotton genome

Glycine max genome

/PlantGDB/glycine_max.ht ml

/PlantGDB

C. elegans genome

藻类（Chlamydomonas）基因组

/chlamy_genome

粘菌（Dictyostelium）基因组

Animal genomes (ArkDB)

FlyBase

/.bin/fbidq.html?FBgn0003 075

Mouse Genome Informatics

/bin/query_accession?id= MGI:97555

Saccharomyces Genome Database

/cgi-bin/dbrun/Sacch DB?find+Locus+%22PGK1%22

多种基因组数据库

/GenomeWeb