液体活检专家共识
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–Presented By Jacob J.Chabon at 2016 ASCO
• 4/15
E19 del
HER2 amp
BRAF mut
–EGFRindepende nt
–Presented By Christine Lovly at 2015 ASCO Annual Meeting
–耐药机制的精准分析
–Circulating tumour DNA profiling reveals heterogeneity of EGFR inhibitor
• Technology
• DNA
• Sequencing, RT-PCR • qPCR, aCGH • FISH, CISH
• RNA
• qRT-PCR • Microarray techniques • TaqMan® gene expression
array
• Protein
• IHC, ELISA, mass spectrometry
量要求
–NGS在肿瘤临 床应用中的检
测内容
–NGS在应用中 的样本要求
–NGS测序技术 及流程
–NGS数据的产 生、管理及分
析
–NGS在肿瘤临 床应用中的知
情同意书
–共 识
–NGS结果分析 报告及查询
–临床诊断与研 究的区别
CAGC POI项目NGS测试（Test）的监督管理
–Content
–基因变异类别及分析技术需求 –精准诊断----分子分型 –耐药机制的精准分析 –液态活检的应用
• Protein
• Single protein
• Epigenetic
• Protein profiling
–目前NGS检测变异类型：SNV,
• MS-PCR, bisulphate-PCRsequencing
Indel•s, Methylation micorarray
Rearra• nEgpeigmeneentti/cf:usion, CNV及少数表观变异
–PTEN M+–6
%
–EGFR M–+4
0%
–KR A–S7
%
–EML4ALK–7
%
–未检测到突 变
–36%
–ALK 8%
–ERFR (敏感) –17%
–KRAS –25%
东方： 370例中国肺腺癌西方： 2013 ASCO
关注de novo Unkown！ ！！
关注耐药后
–肺癌中已发现的驱动基因及频率
–——2016年3月5日第十三届中国肺癌高峰论坛吴一龙
–共识：……检测已知的、多个平行临床可药物抑制的靶点，液体活 检技术推荐NGS方法
–共识：用于发现未知基因，探索疗效监测、预后判断和发现耐药机 制等，液体活检技术建议使用NGS方法。
–共识中包括的9个内容、
36项声明
–NGS在肿瘤临 床诊断中的质
–基因变异类别及分析技术需求 –精准诊断----分子分型 –耐药机制的精准分析 –液态活检的应用
–耐药机制的精准分析
–Presented By Lecia Sequist at 2015 ASCO Annual Meeting
–耐药机制的精准分析
• 15 AZD9291 treated pts
–Oxnard, et al. Nat med, 2015
–液体活检的专家共识
军事医学科学院附属医院 秦海峰
–Content
–基因变异类别及分析技术需求 –精准诊断----分子分型 –耐药机制的精准分析 –液态活检的应用
–Content
–基因变异类别及分析技术需求 –精准诊断----分子分型 –耐药机制的精准分析 –液态活检的应用
–基因变异类别
来自百度文库
原癌基因 (proto-oncogene)
–耐药机制的精准分析
• Acquired resistance to Rociletinib 12 Pts with 13 T790M+ samples:
• 7 samples retained T790M (3 EGFR amp);
• 6 samples loss of T790M ( 2 conversion to SCLC)
抑癌基因 (tumor suppressor
gene, TSG)
其他基因 Modifying gene
–活 化
基因突变 扩增或缺
失 易位融合 表观遗传
修–失饰活 …
–表达 异常
–癌基因活化 (oncogene)
–功能缺失 –调节功能异
常
分子标志物种类及其对应的
–NGS
检测方法 • Bio-specimen & variation • DNA： • mutation, translocation, CNV, MSI • Deletion • RNA: • Single gene expression • Gene expression profile
2015 ASCO, 20 cases:
• FGFR3 mut;
• MET amp
•…
• Acquired resistance to AZD 9291
15 plasma DNA samples from 15 pts
• 6/15 C797S + E19 del + T790M
• 5/15
E19 del + T790M
–《二代测序（NGS）技 术应用于临床肿瘤精准
医学诊断的共识》 （第一版2016.04.23）
–中国临床肿 瘤学会（
CSCO）
–中国肿瘤驱动基因分析联盟（CAGC）
国内共识推荐NGS用于临床检 测–“首先我们非常清楚液体活检和NGS的哪些部分可以应用到临床
，如小的PANEL可用于现在市场上CFDA已经批准的药物的检测， 这些可以应用到临床”。
–肺癌中已发现的驱动基因及频率
–ME–KN1RA–SM–EPTIK3C–ABRAF –<1%–1% –1% –1% –2–%HER2 3%
–2% –Mutation in >1 gone 3%
–EGFR (other) 4%
–未 知–2
9%
–BRAF M+–2
% –PI3K M–+4 –C%-MET Amp–5 $
–同一瘤灶 内基因突变 异质性
–原发灶和转移灶的 基因突变异质性（空 间分布差异性） –治疗前后基因突变异质性——时 间分布差异性
–肺癌瘤内异质性实例
• 肿瘤细胞之间存在较强的分子异质
性
–Cancer Genome Landscapes. Science (New York, NY).
–Content
• 4/15
E19 del
HER2 amp
BRAF mut
–EGFRindepende nt
–Presented By Christine Lovly at 2015 ASCO Annual Meeting
–耐药机制的精准分析
–Circulating tumour DNA profiling reveals heterogeneity of EGFR inhibitor
• Technology
• DNA
• Sequencing, RT-PCR • qPCR, aCGH • FISH, CISH
• RNA
• qRT-PCR • Microarray techniques • TaqMan® gene expression
array
• Protein
• IHC, ELISA, mass spectrometry
量要求
–NGS在肿瘤临 床应用中的检
测内容
–NGS在应用中 的样本要求
–NGS测序技术 及流程
–NGS数据的产 生、管理及分
析
–NGS在肿瘤临 床应用中的知
情同意书
–共 识
–NGS结果分析 报告及查询
–临床诊断与研 究的区别
CAGC POI项目NGS测试（Test）的监督管理
–Content
–基因变异类别及分析技术需求 –精准诊断----分子分型 –耐药机制的精准分析 –液态活检的应用
• Protein
• Single protein
• Epigenetic
• Protein profiling
–目前NGS检测变异类型：SNV,
• MS-PCR, bisulphate-PCRsequencing
Indel•s, Methylation micorarray
Rearra• nEgpeigmeneentti/cf:usion, CNV及少数表观变异
–PTEN M+–6
%
–EGFR M–+4
0%
–KR A–S7
%
–EML4ALK–7
%
–未检测到突 变
–36%
–ALK 8%
–ERFR (敏感) –17%
–KRAS –25%
东方： 370例中国肺腺癌西方： 2013 ASCO
关注de novo Unkown！ ！！
关注耐药后
–肺癌中已发现的驱动基因及频率
–——2016年3月5日第十三届中国肺癌高峰论坛吴一龙
–共识：……检测已知的、多个平行临床可药物抑制的靶点，液体活 检技术推荐NGS方法
–共识：用于发现未知基因，探索疗效监测、预后判断和发现耐药机 制等，液体活检技术建议使用NGS方法。
–共识中包括的9个内容、
36项声明
–NGS在肿瘤临 床诊断中的质
–基因变异类别及分析技术需求 –精准诊断----分子分型 –耐药机制的精准分析 –液态活检的应用
–耐药机制的精准分析
–Presented By Lecia Sequist at 2015 ASCO Annual Meeting
–耐药机制的精准分析
• 15 AZD9291 treated pts
–Oxnard, et al. Nat med, 2015
–液体活检的专家共识
军事医学科学院附属医院 秦海峰
–Content
–基因变异类别及分析技术需求 –精准诊断----分子分型 –耐药机制的精准分析 –液态活检的应用
–Content
–基因变异类别及分析技术需求 –精准诊断----分子分型 –耐药机制的精准分析 –液态活检的应用
–基因变异类别
来自百度文库
原癌基因 (proto-oncogene)
–耐药机制的精准分析
• Acquired resistance to Rociletinib 12 Pts with 13 T790M+ samples:
• 7 samples retained T790M (3 EGFR amp);
• 6 samples loss of T790M ( 2 conversion to SCLC)
抑癌基因 (tumor suppressor
gene, TSG)
其他基因 Modifying gene
–活 化
基因突变 扩增或缺
失 易位融合 表观遗传
修–失饰活 …
–表达 异常
–癌基因活化 (oncogene)
–功能缺失 –调节功能异
常
分子标志物种类及其对应的
–NGS
检测方法 • Bio-specimen & variation • DNA： • mutation, translocation, CNV, MSI • Deletion • RNA: • Single gene expression • Gene expression profile
2015 ASCO, 20 cases:
• FGFR3 mut;
• MET amp
•…
• Acquired resistance to AZD 9291
15 plasma DNA samples from 15 pts
• 6/15 C797S + E19 del + T790M
• 5/15
E19 del + T790M
–《二代测序（NGS）技 术应用于临床肿瘤精准
医学诊断的共识》 （第一版2016.04.23）
–中国临床肿 瘤学会（
CSCO）
–中国肿瘤驱动基因分析联盟（CAGC）
国内共识推荐NGS用于临床检 测–“首先我们非常清楚液体活检和NGS的哪些部分可以应用到临床
，如小的PANEL可用于现在市场上CFDA已经批准的药物的检测， 这些可以应用到临床”。
–肺癌中已发现的驱动基因及频率
–ME–KN1RA–SM–EPTIK3C–ABRAF –<1%–1% –1% –1% –2–%HER2 3%
–2% –Mutation in >1 gone 3%
–EGFR (other) 4%
–未 知–2
9%
–BRAF M+–2
% –PI3K M–+4 –C%-MET Amp–5 $
–同一瘤灶 内基因突变 异质性
–原发灶和转移灶的 基因突变异质性（空 间分布差异性） –治疗前后基因突变异质性——时 间分布差异性
–肺癌瘤内异质性实例
• 肿瘤细胞之间存在较强的分子异质
性
–Cancer Genome Landscapes. Science (New York, NY).
–Content