二维核磁处理实用手册
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ACD/Labs二维核磁数据处理实用手册
高级化学发展有限公司Advanced Chemistry Development(以下简称ACD/Labs)成立于1994年,总部位于加拿大多伦多市。
ACD/Labs是一家将化学结构与分析化学信息进行有效结合、进而产生全面分析化学管理系统(英文简称ChemAnalytics)的化学软件公司。
其主要功能包括未知化学物质结构解析、谱图预测和解释、分析数据处理与管理、理化性质和药物代谢毒性预测、色谱分离、医药化学、新药试剂合成、化学系统命名、以及化学专利和论文的发表。
ACD/NMR Processor为ACD/Labs众多模块中的一个。
ACD/NMR Processor功能简介:
1.包含1D和2DNMR数据处理以及ACD/ChemSketch画图软件
2.兼容性好,可以处理Bruker、Varian、Thermo Scientific、JEOL、Tecmag、ASCII、
GE、Acorn NMR、Lybrics、JCAMP、MSI Felix等核磁数据。
3.自动获取多重谱峰信息且数据导出专业化(可以按照国外著名期刊要求导出,数
据可直接用于文章的发表或论文的写作)。
4.宏命令自动处理谱图
5.类PPT操作界面。
6.一键处理傅里叶转换、相位校正、基线校正等。
7.支持手动、自动取峰和积分。
8.数据能按照强度或者等值线图表显示。
9.应用Magnitude spectrum, Power spectrum以及Symmetrization命令。
10.谱图叠加处理功能。
11.可将1D谱图添加到2D谱图中
12.通过化学位移和耦合常数建立2D核磁谱图
13.另外还具有差谱处理、化学结构导入、谱图注释标记、自动识别氘代试剂等功能
搭配NMR Predictor还可实现:
1.自动验证化学结构与谱图的匹配度。
2.自动归属1D和2D核磁数据。
ACD/NMR Processor所支持的数据格式
ACD/Labs目前最新版本是ACD/Labs12.5,操作平台:Windows
1、谱图处理界面
双击安装文件夹中ACDLabs 12.0文件夹中的Specmanager图标进入如下界面,或者进入ACD/Labs的任一模块,选择菜单栏ACD/Labs/Specmanager模块(一般图标选择ChemSketch)
注:如最左边出现分隔栏,则在菜单栏View中将ACD/NMR Workbook的勾去掉
2、导入数据
方法一:
点击如下操作界面中最左边红色的文件夹按钮,或者File-Open所要打开的数据。
【文件路径ACD12/EXAMPLES/SPECMAN/2DNMR/EXAMPLE_2】
数据导入后
方法二:
将文件夹直接拖入SpecManager窗口查看Spectrum Parameter
选择菜单栏View/Spectrum Parameter
3、Pereference预设置
工具栏选择Option按钮,选择Pereference
Structure标签,Structure Coloration附近,点击,出现Coloration Setting 对话框,输入需要设置的数值
Labels与Scales标签
*如无需更改设置,直接点击OK 4.Full FT
工具栏选择Full FT
点击OK
放大功能。
上一次放大范围
滚动鼠标滚轴调整Threshold
5、Attach 1D Curve
选择工具栏Setup 1D Curve
选择Horz Spectrum将1HNMR附于F2
点击打开
如需调整1HNMR谱峰强度,点击,输入如300,Enter
注:这一部分是具体谱图类型而定,如H-HCosy,纵轴为1HNMR
点击打开
如需调整1HNMR谱峰强度,点击,输入如300,Enter
放大谱峰
选中谱峰中心,像右拖至F2谱峰中心位置
横向定标后谱图
纵向定标
单击Vert,选中谱峰中心,向上拖至F1谱峰中心位置
纵向定标后的谱峰
选择Accept
定标后谱图
7、Peak Picking
选择工具栏Peak Picking按钮
选择Manual
选择Peak Picking位置,单击左键
选择Accept
8、添加或删除网格线
工具栏选择Peak Picking按钮
单击左键
选择Gridlines
放大需要建立网格线的区域
单击左键
工具栏选择Vert,建立纵向网格线
工具栏选择Both,同时建立横向及纵向网格线
删除横向网格线
工具栏选择Horz
将红色线移至需要删除的网格线
当红色变成蓝色
单击左键,出现节点
单击Delete
Vert和Both操作同上
9、添加化合物结构式
方法一:Processor界面选择操作界面左下角的4-Structure
选择Edit in ChemSketch在ChemSketch界面画化合物结构
画好化合物结构后选择Attach Structure to the Current Spectrum
e
方法二:Processor界面切换到ChemSketch界面,画好结构,选择
Attach Structure to the Current Spectrum
10、Verify
注:需搭配ACD/NMR Prediction功能使用,如无此功能可跳过此说明。
选择工具栏
选择,出现Verification Options对话框
选择,出现Option对话框
点击OK,点击Verify
点击OK,运行Verification
点击OK
Assignment工具栏选择Show Table of
Verification
绿色:Good Match Factor
黄色:Middle Match Factor
红色:Poor Match Factor
打开Peak of Table,Peak of Assignment,Peak of 1D Assignment,谱峰、表格和化合物原子一一归属
Table of Intergral
Table of Annotation
Table of Assignment
Table of 1D Assignment
显示化学结构,显示原子编号,显示化学位移,显示相互关系如需清除Assignment,可点击Table of Assignment
点击右键选择Clear All
11、Manual Assignment
选择
Assignment
谱图参数信息显示:工具栏View-Spectrum Parameters
放大谱峰F2 4.13,4.06ppm,选中谱峰4.13,70.03ppm,单击
单击Shift+左键选中谱峰4.06,70.03ppm
将鼠标移至2号C原子,单击左键,选择Assign as CH2(根据用户需求确定选项)
出现如下图从2号C原子延伸出来的红线,选择具有Correlation关系的C原子,本例选择3号C原子
单击3号碳原子,选择Add New Assignment
匹配完成后
谱图任一位置单击左键,高亮显示部分消失,2号C与3号C之间出现绿色的Correlation 箭头
将鼠标谱峰位置或者化学结构已经匹配部位,相关联信息红色高亮显示,如需改变高亮显示颜色,可在Option,Preference选项设置(本册Step3)。
工具栏选择Table of Assignment
显示谱峰匹配信息
单击表格中第一栏,表格中相关联栏红色高亮显示,谱图中相对应谱峰高亮显示,化学结构式中相关联位置Correlation 箭头高亮显示
如上,选择Table of 1D Assignment
单击表格中第一栏,表格中相关联栏红色高亮显示,谱图中相对应谱峰高亮显示,化学结构式中相关联位置Correlation箭头高亮显示
说明:Verify功能自动匹配结构与谱图。
12、局部放大
选择菜单栏View/Zoom Area
鼠标放在纵轴上,会出现拖动放大缩小图标
注:谱图界面中点击右键出现放大图标或者通过也可进行局部放大
此局部放大框可以向左向右自由移动,其所对应的局部谱图会跟着改变
13、Annotation
工具栏选择Annotation
或者拖动鼠标确定需要标注的部位
出现输入Annotation对话框
输入文本,选择需要标注的图层
Annotation模式下
选择Option
点击OK
14、Report
打印报告模板可选择两种类型:一种是By Standard,另一种是By Template,也就是根据用户自定义模板打印。
用户也可以选择直接打印成PDF。
By Standard
Processor界面选择Copy to Report
出现标准模板打印对话框
By template
Processor界面点击Copy to Report右下角三角形,选择
出现对话框
点击,选择需要打印的模板
点击OK
直接打印报告成PDF
工具栏选择PDF图标三角形按钮,弹出下拉菜单:By Standard;
:By template
如选择By Template,则弹出另存为对话框
点击保存。
15、保存报告
切换到ChemSketch界面,选择File/Save as
ACD/NMR Processor报告所支持的保存格式
16、Help
方法一
操作界面正上方的顶部有个Help栏,选择Help Topic
,Help Help Topic
可以键入需要搜索的内容,来帮助日常工作中需要解决的问题。
方法二
鼠标移至需要帮助的按钮
点击Shift+F1弹出帮助文档,其内容包括该工具按钮所包含的子功能模块介绍
Program file里的DOCS文件夹中找到NMRMOD_T.pdf文档。