高斯常见错误及注意地方
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a.用G03时的出错opt=ts必须加FC (force constant)
写法:opt=(TS,calcFc)
or opt=(TS,calchffc)计算HF力常数,对QCISD,CCSD等方法用;
or opt=(TS,modRedundant) (最好写这个)
b.如果计算采用QCISD计算(不好计算FC)
d.键角小于等于0度,大于等于180度
e.分子描述后面没有空行
f.二面角判断错误,造成两个原子距离过近
g.分子描述一行内两次参考同一原子,或参考原子共线
2.SCF(自洽场)不收敛
则一般是L502错误
省却情况做64个cycle迭代(G03缺省128 cycles)
a.修改坐标,使之合理
b.改变初始猜Guess=Huckel或其他的,看Guess关键词。
我用GAUSS VIEW可以解决这个问题,当刚开始运行GAUSSIAN时,你用GVIEW去打开输出文件时,你可以看到你的过渡态的初始输入结构,当一个循环过后(从上一个LINK502到下一个LINK502),你再打开输出文件,你就可以清晰地看到优化一步后分子的构型,这样就可以随时监控过度态分子的结构,倘若已经有收敛到其他分子构型的趋势时,你就可以把它给KILL了,而不至于需要等全部工作结束后,打开输出文件才知道已经不是想要的过渡态了。如果收敛到其它的构型上去,可以考虑缩小OPT的步长.iop(1/8=2或3)即可。
IRC
在%section部分加上%chk=保存文件名
其他的与一般输入的一样就可以啦
则写为QCISD opt=(TS,calcHFFC) (用HF计算FC)
8.无法写大的Scratch文件RWF
a.劈裂RWF文件%rwf=loc1,size1,loc2,size2,……..,locN,-1
b.改变计算方法MP2=Direct可以少占硬盘空间
c.限制最大硬盘maxdisk=N GB,****MB,有些系统写2GB会出错,可以写2000MB
c.增加叠代次数SCFCYC=N(对小分子作计算时最好不要增加,很可能结构不合理)
d.iop(5/13=1)这样忽略不收敛,继续往下做。
3.分子对称性改变
a.修改坐标,强制高对称性或放松对称性
b.给出精确的、对称性确定的角度和二面角。如CH4的角度给到109.47122
c.放松对称性判据Symm=loose
出现第二个错误可以直接用关键词OPT=NOEIGEN来实现。
LINK9999出错是因为已经走完了默认的步数,但还未完成。系统会自动跳出。出现这种情况大多数就是因为优化步数和SCF步数超过了默认值。可用OPT(MAXCYCLE=100)和SCF(MAXCYCLE=300)来改错。
3.怎么样控制过渡态的优化,使得过渡态不至于收敛到其他的分子结构中去?
实际情况下,分子的能量是一个高维的势能面,构型优化的时候,有时得到了极小值点,这样这个点的任意方向上,都可以近似为开口向上的二次函数,这样这里对应的振动频率就都是正的。对于极大值点,在每个方向都是开口向下的二次函数,那么频率就会都是负的——当然一般优化很少会遇到这样的情况。对于频率有正有负的情况,说明找到的点在某些方向上是极大值,有些方向上是极小值。如果要得到稳定的能量最低构型,显然需要通过微调分子的构型,消去所有的虚频。如何微调?要看虚频的振动方向。想象着虚频对应的就是开口向下的二次函数,显然,把分子坐标按照振动的方向移动一点点,分子应该就可以顺着势能面找到新的稳定点,但是也不能太小。而所谓的过渡态,则是连接反应物和产物之间的最低能量路径上的能量极大值。好比山谷中的A,B两点,它们之间的一个小土丘,就是过渡态,从A到B的反应,需要越过的是这个小土丘,而不是两边的高山。这样,过渡态就是在一个方向上是极大值,而在其它方向上都是极小值的点。因此,过渡态只有一个虚频。
3。使用int指定用于数值积分的积分网格来用于消虚频的时候,必须注意,在比较能量的时候,对所有的计算要使用相同的积分网格。
检查错误
1.检查是否有初始文件错误
在命令行中加入%kJobL301 or %kJobL302
如果通过则一般初始文件ok。
常见初级错误:
a.自旋多重度错误
b.变量赋值为整数
c.变量没有赋值或多重赋值
4.还需要加其它的关键词吗?
建议在OPT中加入CALCFC。这样可以加大找到过渡态的几率。本人深有体会!
先写这么多了,难免有错误和不恰当之处,还希望大家来指点和补充!
虚频
首先,什么是频率。
中学的时候我们学过简谐振动,对应的回复力是f=-kx,对应的能量曲线,是一个开口向上的二次函数E=kx^2/2.这样的振动,对应的x=0的点是能量极小值点(简单情况下也就是最小值点)。这时的振动频率我们也会求:ω=2πsqrt(k/m)。显然它是一个正的频率,也就是通常意义下的振动频率。
要么计算错了,要么就是游离出现代计算的范畴
1。低频率振动模式时,力常数很小,必须使用opt=tight以确保适当的收敛和随后任务步骤中频率计算的可靠度。
比如我曾经算过一个体系,第一个频率振动的力常数只有10~20,很不放心,加入tight后,优出来的结构却与前面大相径庭,而且还出现了一个虚频。
2。做IRC计算的时候,如果步长很小,必须要用verytight。就曾有人步长设为1,而不加verytight,算出来的反应路径是v字形倒海鸥状的。
6.在CI(组态)方法中
如QCISD(T),CCSD(T),CID方法中,省却最大循环50,若出错(L913错误)
解决方法:#P QCISD(maxcyc=N)注:N≤512
7.优化过渡态
opt=TS (给出过渡态)
opt=qst2 (给出反应物和产物)
opt=qst3 (给出反应物和产物和过渡态)
那么,一维情况下,如果能量曲线是一个开口向下的二次曲线呢?首先,从能量上看,这是个不稳定的点,中学的物理书上称为“不稳平衡”。用现在的观点看,就是这一点导数是零(受力为0),且是能量极大值。如果套用上面的公式,“回复力”f=-k'x(实际上已经不是回复,而是让x越来越远了),这里k'是个负数,ω=2πsqrt(k'/m)显然就是一个虚数了,即所谓的虚频。Gaussian里面给出一个负的频率,就是对应这个虚频的。
2.怎么解决经常出现的错误?
在找过度态的时候,经常碰到的一些问题就是不收敛(1).,有一个错误的本征值(错误信息为:there is a wrong signeigenvaluein hessian matrix.....)(2),和LINK9999错误导致退出。(3)
对于不收敛的情况,可以分为两类,比如提示信息里的CONVERGENCE FAILER提醒收敛到了10(-5),而此时你设定的SCF循环次数也仅仅是64步,那么完全有希望通过加大SCF循环次数来达到收敛的目的。倘若只收敛到10(-3)或10(-2),此时加大循环次数可能就没用了。结果还是CONVERGE FAILER。此时可采用SCF=QC,来达到强制收敛的目的。因为SCF=QC(LINK508)的计算量比默认的L502要大,所以不到万不得以就不用它了。
优化
1在优化时采用Scf(tight)的选项,增加收敛的标准。再去计算频率。如果
还有虚频,参见下一步。
2.对称性的影响,很多情况下的虚频是由于分子本身的对称性造成的。这样,
在优化时,如果必要,要将对称性降低,还有,输入文件有时是用内坐标。
建议如果有虚频的话,将内坐标改成直角坐标优化。
3.如果上述方法还有虚频,看一下虚频,找到强度较大的,将在频率中
产生的原子的振动坐标加到相应的输入文件中。这样,重新计算。直到
虚频没有。
4实际上,如果分子柔性较大,很难找到最低点,这是电子结构计算的问题,
这种情况下,需要动力学的东西,用构象搜寻的办法解决。
如:模拟退火,最陡下降法,淬火法等。将得到的能量最低的构象做
一般的电子结构计算,这样,应当没有问题。
不要讲你还没有得到最稳定的结构,那么,是你的分子有问题,
9. FOPT出错原因是变量数与分子自由度数不相等。可用POPT或直接用OPT
10.优化过渡态只能做一个STEP原因是负本征数目不对添加iop(1/11)=1或者noeigentest
过度态优化提供的方法是QSTN和TSN方法。两种方法各有优点和缺点。QSTN方法特别QST3方法要求输入反应物,过渡态的猜测结构,产物这三者的结构。特别麻烦。但很管用,一般不会出现不收敛的情况。对于TSN(对应关键词为OPT=TS)方法,只要求输入过渡态的初始结构,但这个初始结构非常的关键,如果结构不好,则很容易出现不收敛的情况。所以我建议,如果是刚开始做过度态的话,用QSTN方法是好的选择,等有了“感觉”之后,再用TSN方法。
d.不做对称性检查iop(2/16=1)(最好加这个选项)
iop(2/16=2)则保持新的对称性来计算
4.Opt时收敛的问题
a.修改坐标,使之合理
b.增加叠代次数optcyc=N
5.优化过渡态,若势能面太平缓,则不好找到。
iop(1/8=10)默认30(下一个结构和该结构的差别0.3Å),可改成10。如果每一步都要用到小的步长,应该加opt(notrustupdate)
写法:opt=(TS,calcFc)
or opt=(TS,calchffc)计算HF力常数,对QCISD,CCSD等方法用;
or opt=(TS,modRedundant) (最好写这个)
b.如果计算采用QCISD计算(不好计算FC)
d.键角小于等于0度,大于等于180度
e.分子描述后面没有空行
f.二面角判断错误,造成两个原子距离过近
g.分子描述一行内两次参考同一原子,或参考原子共线
2.SCF(自洽场)不收敛
则一般是L502错误
省却情况做64个cycle迭代(G03缺省128 cycles)
a.修改坐标,使之合理
b.改变初始猜Guess=Huckel或其他的,看Guess关键词。
我用GAUSS VIEW可以解决这个问题,当刚开始运行GAUSSIAN时,你用GVIEW去打开输出文件时,你可以看到你的过渡态的初始输入结构,当一个循环过后(从上一个LINK502到下一个LINK502),你再打开输出文件,你就可以清晰地看到优化一步后分子的构型,这样就可以随时监控过度态分子的结构,倘若已经有收敛到其他分子构型的趋势时,你就可以把它给KILL了,而不至于需要等全部工作结束后,打开输出文件才知道已经不是想要的过渡态了。如果收敛到其它的构型上去,可以考虑缩小OPT的步长.iop(1/8=2或3)即可。
IRC
在%section部分加上%chk=保存文件名
其他的与一般输入的一样就可以啦
则写为QCISD opt=(TS,calcHFFC) (用HF计算FC)
8.无法写大的Scratch文件RWF
a.劈裂RWF文件%rwf=loc1,size1,loc2,size2,……..,locN,-1
b.改变计算方法MP2=Direct可以少占硬盘空间
c.限制最大硬盘maxdisk=N GB,****MB,有些系统写2GB会出错,可以写2000MB
c.增加叠代次数SCFCYC=N(对小分子作计算时最好不要增加,很可能结构不合理)
d.iop(5/13=1)这样忽略不收敛,继续往下做。
3.分子对称性改变
a.修改坐标,强制高对称性或放松对称性
b.给出精确的、对称性确定的角度和二面角。如CH4的角度给到109.47122
c.放松对称性判据Symm=loose
出现第二个错误可以直接用关键词OPT=NOEIGEN来实现。
LINK9999出错是因为已经走完了默认的步数,但还未完成。系统会自动跳出。出现这种情况大多数就是因为优化步数和SCF步数超过了默认值。可用OPT(MAXCYCLE=100)和SCF(MAXCYCLE=300)来改错。
3.怎么样控制过渡态的优化,使得过渡态不至于收敛到其他的分子结构中去?
实际情况下,分子的能量是一个高维的势能面,构型优化的时候,有时得到了极小值点,这样这个点的任意方向上,都可以近似为开口向上的二次函数,这样这里对应的振动频率就都是正的。对于极大值点,在每个方向都是开口向下的二次函数,那么频率就会都是负的——当然一般优化很少会遇到这样的情况。对于频率有正有负的情况,说明找到的点在某些方向上是极大值,有些方向上是极小值。如果要得到稳定的能量最低构型,显然需要通过微调分子的构型,消去所有的虚频。如何微调?要看虚频的振动方向。想象着虚频对应的就是开口向下的二次函数,显然,把分子坐标按照振动的方向移动一点点,分子应该就可以顺着势能面找到新的稳定点,但是也不能太小。而所谓的过渡态,则是连接反应物和产物之间的最低能量路径上的能量极大值。好比山谷中的A,B两点,它们之间的一个小土丘,就是过渡态,从A到B的反应,需要越过的是这个小土丘,而不是两边的高山。这样,过渡态就是在一个方向上是极大值,而在其它方向上都是极小值的点。因此,过渡态只有一个虚频。
3。使用int指定用于数值积分的积分网格来用于消虚频的时候,必须注意,在比较能量的时候,对所有的计算要使用相同的积分网格。
检查错误
1.检查是否有初始文件错误
在命令行中加入%kJobL301 or %kJobL302
如果通过则一般初始文件ok。
常见初级错误:
a.自旋多重度错误
b.变量赋值为整数
c.变量没有赋值或多重赋值
4.还需要加其它的关键词吗?
建议在OPT中加入CALCFC。这样可以加大找到过渡态的几率。本人深有体会!
先写这么多了,难免有错误和不恰当之处,还希望大家来指点和补充!
虚频
首先,什么是频率。
中学的时候我们学过简谐振动,对应的回复力是f=-kx,对应的能量曲线,是一个开口向上的二次函数E=kx^2/2.这样的振动,对应的x=0的点是能量极小值点(简单情况下也就是最小值点)。这时的振动频率我们也会求:ω=2πsqrt(k/m)。显然它是一个正的频率,也就是通常意义下的振动频率。
要么计算错了,要么就是游离出现代计算的范畴
1。低频率振动模式时,力常数很小,必须使用opt=tight以确保适当的收敛和随后任务步骤中频率计算的可靠度。
比如我曾经算过一个体系,第一个频率振动的力常数只有10~20,很不放心,加入tight后,优出来的结构却与前面大相径庭,而且还出现了一个虚频。
2。做IRC计算的时候,如果步长很小,必须要用verytight。就曾有人步长设为1,而不加verytight,算出来的反应路径是v字形倒海鸥状的。
6.在CI(组态)方法中
如QCISD(T),CCSD(T),CID方法中,省却最大循环50,若出错(L913错误)
解决方法:#P QCISD(maxcyc=N)注:N≤512
7.优化过渡态
opt=TS (给出过渡态)
opt=qst2 (给出反应物和产物)
opt=qst3 (给出反应物和产物和过渡态)
那么,一维情况下,如果能量曲线是一个开口向下的二次曲线呢?首先,从能量上看,这是个不稳定的点,中学的物理书上称为“不稳平衡”。用现在的观点看,就是这一点导数是零(受力为0),且是能量极大值。如果套用上面的公式,“回复力”f=-k'x(实际上已经不是回复,而是让x越来越远了),这里k'是个负数,ω=2πsqrt(k'/m)显然就是一个虚数了,即所谓的虚频。Gaussian里面给出一个负的频率,就是对应这个虚频的。
2.怎么解决经常出现的错误?
在找过度态的时候,经常碰到的一些问题就是不收敛(1).,有一个错误的本征值(错误信息为:there is a wrong signeigenvaluein hessian matrix.....)(2),和LINK9999错误导致退出。(3)
对于不收敛的情况,可以分为两类,比如提示信息里的CONVERGENCE FAILER提醒收敛到了10(-5),而此时你设定的SCF循环次数也仅仅是64步,那么完全有希望通过加大SCF循环次数来达到收敛的目的。倘若只收敛到10(-3)或10(-2),此时加大循环次数可能就没用了。结果还是CONVERGE FAILER。此时可采用SCF=QC,来达到强制收敛的目的。因为SCF=QC(LINK508)的计算量比默认的L502要大,所以不到万不得以就不用它了。
优化
1在优化时采用Scf(tight)的选项,增加收敛的标准。再去计算频率。如果
还有虚频,参见下一步。
2.对称性的影响,很多情况下的虚频是由于分子本身的对称性造成的。这样,
在优化时,如果必要,要将对称性降低,还有,输入文件有时是用内坐标。
建议如果有虚频的话,将内坐标改成直角坐标优化。
3.如果上述方法还有虚频,看一下虚频,找到强度较大的,将在频率中
产生的原子的振动坐标加到相应的输入文件中。这样,重新计算。直到
虚频没有。
4实际上,如果分子柔性较大,很难找到最低点,这是电子结构计算的问题,
这种情况下,需要动力学的东西,用构象搜寻的办法解决。
如:模拟退火,最陡下降法,淬火法等。将得到的能量最低的构象做
一般的电子结构计算,这样,应当没有问题。
不要讲你还没有得到最稳定的结构,那么,是你的分子有问题,
9. FOPT出错原因是变量数与分子自由度数不相等。可用POPT或直接用OPT
10.优化过渡态只能做一个STEP原因是负本征数目不对添加iop(1/11)=1或者noeigentest
过度态优化提供的方法是QSTN和TSN方法。两种方法各有优点和缺点。QSTN方法特别QST3方法要求输入反应物,过渡态的猜测结构,产物这三者的结构。特别麻烦。但很管用,一般不会出现不收敛的情况。对于TSN(对应关键词为OPT=TS)方法,只要求输入过渡态的初始结构,但这个初始结构非常的关键,如果结构不好,则很容易出现不收敛的情况。所以我建议,如果是刚开始做过度态的话,用QSTN方法是好的选择,等有了“感觉”之后,再用TSN方法。
d.不做对称性检查iop(2/16=1)(最好加这个选项)
iop(2/16=2)则保持新的对称性来计算
4.Opt时收敛的问题
a.修改坐标,使之合理
b.增加叠代次数optcyc=N
5.优化过渡态,若势能面太平缓,则不好找到。
iop(1/8=10)默认30(下一个结构和该结构的差别0.3Å),可改成10。如果每一步都要用到小的步长,应该加opt(notrustupdate)