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(四)阅读方向: 5→ 3 新生肽链方向 从N → C
二、遗传密码的特性
(一)连续性(commaless) 编码蛋白质氨基酸序列的各个三联体密
码连续阅读,密码间既无间断也无交叉。
mRNA简图
A UGG G C A A U
5’
氨基酸 氨基酸 氨基酸
3’
每三个一组连续阅读
(二).简并性 (degeneracy)
eIF-6 elF-5
ATP elF4E, elF4G, elF4A, elF4B,PAB 帽子结合 ADP+Pi
mRNA
蛋白, pollyA结 合蛋白
eIF-2B、eIF-3、 扫描至 kozak序列 各种elF释放
eIF-2B、eIF-3、
40S
60S
AUG
④
GDP+Pi
Met
真核生物翻译起始 复合物形成过程
氨基酸 +ATP-E —→ 氨基酰-AMP-E + AMP + PPi
第二步反应
氨基酰-AMP-E + tRNA
↓
氨基酰-tRNA + AMP + E
(3)活化氨基酸的表示方法:
氨基酰-tRNA的表示方法:
Ala-tRNAAla
Ser-tRNASer Met-tRNAMet
3.rRNA
4.蛋白因子
AUG
IF-1
IF3
IF-3促进mRNA在小亚基定位结合
mRNA定位基础: (1). mRNA位于起始密码上游8-13核苷酸部位,
存在4-9个核苷酸保守序UAAGGAGG(S-D)
(2)原核生物小亚基的3‘端存在与之互补序列
AUUCCUCC反向互补配对.
RNA-RNA识别 RNA-蛋白质识别
mRNA固定小亚基, 使AUG固定于P位
1.tRNA ◆tRNA种类:30种 ◆同工tRNA:指携带不同的密码子,但识别
相同的氨基酸的一组tRNA。
2.tRNA与氨基酸的活化:
氨基酸臂
反密码环
tRNA的三级结构示意图
核塘体活性结合位点
2.氨基酸的活化
(1)氨基酰-tRNA合成酶 (aminoacyl-tRNA synthetase)
(1)起始因子: 原核生物IF :IF-1,IF-2,IF-3
真核生物eIF: eIF-2.eIF -3,eIF -4
帽结合蛋白(CBP/ eIF -4)
eIF-5
(2)延长因子EF:
原核生物: EF-T, EF-G 真核生物:EF-1EF-2
(3)释放因子 RF:
原核生物:RF-1, RF-2 ,RF-3, 真核生物: eRF
①活化反应:
氨基酸 + tRNA 氨基酰-tRNA合成酶 ATP 氨基酰- tRNA AMP+PPi
活化反应:形成酯键
氨基酰-tRNA合成酶的特点 ◆.氨基酰-tRNA合成酶对底物氨基酸和tRNA都
有高度特异性。通过其活性部位实现的。
◆.氨基酰-tRNA合成酶具有校正活性,将错配
的进行校正。
(2)活化过程: 第一步反应
(二)特殊密码:
(special coden)
◆ 起始密码(initiation coden ):第一个AUG AUG 意义:编码甲硫氨酸, 原核生物为甲酰化甲硫氨酸 ◆终止密码(terminatiom coden) UAA、 (赭石) UAG 、 (琥珀) UGA (乳白石)
(三)密码总数:
61个编码20种氨基酸
5'
AUG
IF-1
IF-3
反密码子识别P位密码子,使起始氨基酰 tRNA( fMet-tRNAimet )结合到小亚基就位.
目录
4. 核蛋白体大亚基结合,起始复合物形成
GTP IF-2 GDPPi
5' IF-3
AUG
3'
IF-1
大亚基结合,水解GTP消耗能量,释放起始因子
目录
IF-2 GDP
Pi
乳糖操纵子结构 调控区 DNA
结构基因
P
O
பைடு நூலகம்
Z
Y
A
操纵序列 启动序列 CAP结合位点
转录 翻译 多肽链2
Z: β-半乳糖苷酶 Y: 透酶 A:乙酰基转移酶
mRNA
多肽链1
多肽链3
多顺反子
(二)真核生物mRNA的特点
1. Kozark序列 (Marilyn Kozark) 起始密码子常处于-CCACCAUGG-
阅读框架2 UUAUGAGCGCUAAAU
Tyr Glu Arg Stop
封 闭
阅读框架3 UUAUGAGCGCUAAAU
Met Ser Ala Lys
核糖体选择正确的开放框架
开放阅读框架 (open reading frame)
指mRNA中从5端起始密码子AUG开
始到3端终止密码子之间正确可读序
第一节
遗传密码
(genetic code) 一.遗传密码及密码的破译
(一) 遗传密码(genetic code) : 指编码蛋白质氨基酸序列基因中的核苷酸体系.
三联体密码
(termination corden):
从mRNA 5端起始密码子AUG开始,
每三个核苷酸为一组决定肽链中的一种氨
基酸 ,称为三联体密码。
转运氨基酸的tRNA的反密码需要通
过碱基互补与mRNA上的遗传密码反向
配对结合,但反密码第一位与密码子的 第三位不严格遵守常见的碱基配对规律, 称为摆动配对。
活化的氨基酸与与密码子结合
mRNA 3'
U A U
5'
摆动配对
tRNA反密码子 第1位碱基
I
U
G
A
C
mRNA密码子 第3位碱基
U, C, A
▼20种氨基酸(amino
acid)作为原料
▼酶及众多蛋白因子,如IF、eIF
▼ ATP、GTP、无机离子
一.生物合成的模板-mRNA
(一)原核生物mRNA的特点
1. S-D(Shine-Dalgarno )序列 原核生物mRNA的起始密码AUG 上游4~7个核苷酸以外有一段
5-UAAGGAGG- 3 的保守序列
蛋白质的生物合成 (翻译)
Protein Biosynthesis or Translation
遗传信息的传递过程
复制 转录
DNA RNA
翻译
蛋白质多肽链
逆转录
折叠 靶向运输
▼.三种RNA:
mRNA(messenger RNA, 信使RNA)
rRNA(ribosomal RNA, 核蛋白体RNA) tRNA(transfer RNA, 转移RNA)
遗传密码的偏爱性 (bias or preference)
■多数氨基酸有一个以上的密码子但 这些密码子使用的频率各不相同,称 之遗传密码的偏爱性。 ■密码子使用的频率与细胞内相应的 tRNA含量有关.
线粒体密码
(mitochondrial coden)
AUA AUG AUC AUU=起始Met
AUA AUG=链内部Met密码子
原核生物合成起始
• 核蛋白体大小亚基分离;
•
•
mRNA在小亚基上定位结合;
起始fMet-tRNAiMet的结合;
•
核蛋白体大亚基结合。
起始氨基酸的进位消耗能量GTP(IF-2分解)
原核生物翻译起始复合物(30S)的形成
核蛋白体大小亚基分离
IF-1
IF1促 进大小 亚基分 离
目录
mRNA在小亚基定位结合
原核生物各组分的功能: 1.大亚基rRNA具有肽酰基转
移酶活性,催化肽键的合成. 2. 小亚基具有mRNA上S-D互补的序列,是 识别结合mRNA 的位点.
3.核糖体大亚基5SrRNA具有
两个保守序列,其中一个与tRNA的
Tψ互补识别序列,另一个与23SrRNA互补 识别序列,稳定核糖体结构.
IF-2 -GTP
5' 3'
AUG
IF-3 IF-1
目录
1.核蛋白体大小亚基分离; 2.起始氨基酰-tRNA与小亚基P位结合; 3. mRNA在核蛋白体小亚基准确就位;
.
4.核蛋白体大亚基结合。消耗GTP,释放各
因子.
AUG
40S
elF-3
P
met ③
AUG
② Met Met-tRNAiMet-elF-2 -GTP 60S Met ①
称为S-D(Shine-Dalgarno Sequence) 该序列是核糖体识别结合的位点.
2.多顺反子(polycistron)
顺反子(cistron) 遗传学将编码一个多肽的mRNA 上的遗传单位称为顺反子.
乳糖操纵子模型
Z Y 转录 A 3’ 5’ 3’
5’
3’ 5’ mRNA 多顺反子
翻译
概 述
肽链合成:指根据mRNA密码序列的指导,按 次 序添加氨基酸从N端向C端延伸肽 链到合成终止的过程。
核蛋白体循环
(ribosomal cycle): 肽链延长在核蛋白体上连续性循环式 进行,每次循环增加一个氨基酸,包括以
下三步:
进位(entrance) 成肽(peptide bondformation)
列.
开放阅读框架
A U G G G C A A U C C CU A A
5’
终止 密码
3’
(二)合成过程——
起始、延长、终止 核糖体读码方向:5’→3’ 肽链合成方向:N →C
1.起始:
指mRNA和起始氨基酰-tRNA分别与核蛋
白体结合而形成翻译起始复合物.
需起始因子(initiation factor,IF)参与, 并消耗能量GTP(1个)
(二)核糖体蛋白作用
1.维系核糖体稳定结构的骨架
2.保护rRNA防止被核酸酶降解.
3.与rRNA构成功能活性区域. 如: 肽酰基转移酶活性 蛋白因子结合位点 P、A、E氨基酰- tRNA结合位点。
mRNA结合位点
核蛋白体与起始fmet-tRNAfmet的结合
三、蛋白质生物合成的机制
(一)合成元件 - tRNA、 rRNA和蛋白因子
A, G
U, C
U
G
结果:一种tRNA能与多个一二位相同的三联体密码配 对(简并密码子)
(四)通用性(universality)
• 蛋白质生物合成的整套密码,从原核生 物到人类都通用,又称通用遗传密码。
• 已发现少数例外,如动物细胞的线粒体、 植物细胞的叶绿体。
• 密码的通用性进一步证明各种生物进化 自同一祖先。
调节亚基 有转位酶活性,促进mRNA-肽 酰-tRNA由A位前移到P位,促 进卸载tRNA释放
起始氨基酰tRNA( fMet-tRNAimet )结合到小 亚基
IF-2 GTP
5'
AUG
3' IF-1
IF-3
反密码子识别P位密码子,使起始氨基酰 tRNA( fMet-tRNAimet )结合到小亚基就位.
目录
起始氨基酰tRNA
IF-2
( fMet-tRNAimet )
GTP
三元复合物
IF-2 GTP
序列中,这段保守序列的存在能增加
翻译起始的效率,这段序列称为
Kozark序列(Marilyn Kozark) .
原核生物mRNA
5' PPP
3'
蛋白质
真核生物mRNA
5' mG - PPP AAA 3'
蛋白质 非翻译区 编码序列 核蛋白体结合位点 起始密码子 终止密码子
二、蛋白质生物合成的场所
转位(translocation
.延长因子(elongation factor, EF)
• 延伸过程所需蛋白因子称为延长因子 • 原核生物:EF-T (EF-Tu, EF-Ts); EF-G
肽链合成的延长因子
原核延长 因子
EF-Tu EF-Ts
生物功能
促进氨基酰-tRNA进入A位, 结合分解GTP
场所:核糖体(ribosome)
结构: Mg2+,蛋白质,rRNA
(一) 核蛋白体(rRNA)
蛋白质-蛋白质, rRNA-蛋白质组成 两个亚单位,称之为大小亚基.
核糖体的沉降系数(S)和亚单位
完整核糖体 原核生物
70 S
大亚基 50 S
小亚基 30 S
真核生物
80 S
60 S
40 S
不同细胞核蛋白体的组成 原核生物
S
真核生物
核 蛋 小亚基 白 体 80S 40S 大亚基
核 蛋 小亚基 白 体 70S 30S 16SrRNA rpS 21 种
大亚基
50S
5S-rRNA 23S-rRNA
60S
rRNA
蛋白 质
rpL 36种
28S-rRNA 18S5S-rRNA rRNA 5.8S-rRNA rpS 33 rpL 49种 种
UGA=Trp UAA/UAG=GLn AGA/AGG=stop coden
三、阅读框架
(reading frame)
指mRNA中一段含有翻译密码的碱基
序列.
密码阅读从5→ 3 ,且以三个 核苷酸为一组连续阅读.
阅读框架可能存在的形式 阅读框架1 UUAUGAGCGCUAAAU
Leu Stop Ala Leu Asn
遗传密码中,除色氨酸和甲硫
氨酸仅有一个密码子外,其余氨基
酸有一个以上密码子。
目录
两种简并性
第一和第二位碱基简并性
第三位碱基简并性(最常见)
AUU
异亮氨酸密码子
AUC
AUA AGA
精氨酸密码子
CGA CGG AGG
密码子家族(coden family):
编码相同氨基酸 的密码子。 例如:GUU GUC GUA GUG 编码缬氨酸 同义密码子:密码子家族成员之间互称同义密 码子。