电泳图谱分析方法和技术

一、 图象采集与加工 (editing images)
1、扫描：凝胶染色后用清华紫光扫描仪扫描，透射模式，
全彩RGB,分辨率为400dpi-800dpi，尽量排除气泡，文件以 tiff格式保存。
2、图片加工：
在PDQUEST 2-D分析软件中打开以tiff格式保存的文件可以。 （单击“打开文件”图标和“File”菜单并选择“Open”命令， 选择保存2-D图象文件的磁盘、路径和文件名，双击文件名或单 击“Open”以打开2-D图象文件，此时tiff格式保存的文件会自 动另外创建一个为PDQUEST 2-D分析软件自定义的文件格式2D
电泳图谱的图像分析
Differential analysis
回顾
State 1
2DE
PMF LCMS/MS State 2 Database search MS/MS
?
Functional analysis
电泳图谱的图像分析简介 what can we get from image analysis?
Scan。）
单击工具栏上的control the image display 图标，会出 现一个对话框，通过改变此对话框的High 和Low的值以改变明 亮度。
用工具栏的crop可以切割掉凝胶边缘没有蛋白质点的部 分，以减少分析的复杂性，但要注意对你要分析的多块凝 胶图像最好是切割成同样大小。 （在操作时先选择其中的一个凝胶图象并选定要切割的区 域，然后在image>advance crop>save crop settings 下保 存crop的设定条件并输入保存的名称，其他的图象切割时 在image>advance crop>load crop settings中选定先前保 存的名称即可 ）
PDQuest 软件的使用
以PDQUEST 2-D分析软件为例将双向电泳分 析的基本实验过程做一简单介绍。
凝胶的图像处理分析及细 胞蛋白谱的建立
典型流程





凝胶图像的扫描： 图像加工： 斑点检测和定量： 凝胶配比： 数据分析： 数据呈递（report） 2-DE数据库的建立：
PDQuest 软件
PDQUEST 2-D分析软件系统和其他2-D分析软 件系统一样，包括： 一 图象采集与加工： 二 斑点检测 三 斑点匹配 四 数据分析及输出
PDQuest 软件的使用
http://www.kaiyuanbio.com.cn/download/pdquest/Lessons/interface.htm
由于在进行斑点检测时会错误的识别一些蛋白质斑点， 比如将一些污染的非蛋白质点识别为蛋白质点、将本来 是一个蛋白质点识别为两个蛋白质点或者反之。所以在 匹配之前最好进行处理，同时将gel scan 、gel image 和gel spot图打开，然后单击edit spot tool，出现一个 对话框，此对话框中有增加斑点（make a spot at cursor）, 删除斑点（remove spot at cursor）,合并斑 点（combine spot in box）等图标，可根据你的目的而 选择其中一个图标进行相应的斑点处理。这些处理只能 在gel image图象中处理，但相应的在gel spot图象中会 同时得到显示。
二 、斑点检测 (spots detection)
图象采集与加工后就要进行斑点检测，PDQUEST 2-D 分析软件通过一个பைடு நூலகம்之为“蛋白质斑点检测向导 （spot identification wizard ）”的程序来实现 的。
单击“spot”菜单，选择“spot identification wizard” 程序。 该程序首先需人工设定检测参数如最小斑点、最弱斑点、最 大斑点、最小斑点和背景值,然后程序进行自动检测并可调节 检测的灵敏度，若检测效果不理想，该步骤可反复进行。程序 允许人工调节脱尾（streaks）、背景、斑点（speckles）和 其他一些选项等。 这些参数设好后单击Find spot centers,其结果在凝胶图象 会显示检测到的斑点会用“ 字（Spot Crosshairs）”表示， 检测的蛋白质斑点应尽量与肉眼观测的相符。 在Parameter Set 项输入保存的名称，蛋白质斑点的参数可 被保存，并能用保存的参数自动检测所有2-D凝胶中蛋白质斑 点，单击Process all gels，会出现一个Auto-detect spots 窗口，其中可以选择需要进行斑点检测的凝胶图象（这些凝胶 图像需事先打开）。 蛋白质斑点检测完了之后，软件会自动创建另外两种格式分 别为gel image 和gel spot。
双向凝胶电泳技术是目前蛋白质组研究的主要技术 之一, 双向电泳根据等电点和分子量可一次性分离数 千种蛋白质，经染色后蛋白质再PAGE上可形成密度 不同、分布不均的复杂点图谱。 如何有效的对双向凝胶电泳图像分析，如何对图谱 上的蛋白质点进行检测、定量、比较、分析和归类， 挖掘有价值的蛋白质点的信息是双向电泳分析软件 所要解决的问题。
三 、斑点匹配 (Matching spots)
蛋白质斑点检测完了之后，为了比较和分析不同凝胶中蛋白 质斑点的改变，PDQUEST 可以建立一个Matchset。 单击match>creat matchset, 出现一个Matchset的对话框，输入 文件名称，保存路径，选择（select）或上载（load）gel spot 图像的文件名，然后单击creat, 出现一对话框，选择其中的一 个图象做为参考图象（standard member）, 整个Matchset用单 个窗口（signal window）来表示，其中的亚窗口 （subwindow）分别用来表示参考图像（用REF来表示）和成 员胶（member gel）图像。
PDQuest 软件简介
PDQuest软件是显示（imaging）、分析 （analyzing）双向电泳图谱＆数据库查询的一个 软件包
硬件：一定的电脑配置,Pentirm 166处理器，
64M内存，3G硬盘，1024*768分辨率 ，256色， SCI接口，windows操作系统 软件： PDQuest双向凝胶图像分析软件，BioRad Laboratory,Hercules,CA