药物分子与受体对接
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分子模拟与计算化学课程作业
药物分子对接软件
——简介与操作
元科阳 药物化学 张丽燕 有机化学
药物分子与受体结合示意图
药物分子与受体作用力示意图
三个分子对接软件简介
Autodock:
Scripps研究所的Olson实验室开发, AutoGrid 和 AutoDock两个程序组成。其 中 AutoGrid 主要负责格点中相关能量的计算，而 AutoDock 则负责构象搜索 及评价。
3) 柔性对接：
柔性对接方法在对接过程中允许研究体系的构像发生自由变化，由 于变量随着体系的原子数呈几何级数增长，因此柔性对接方法的计算量 非常大，消耗计算机时很多，适合精确考察分子间识别情况。
配体与受体的预处理
配体：药物小分子， 加极性氢 加电荷 分子体系能量的优化 受体： 去除水分子 加极性氢 设定可扭转位置
Ledock
• 下载地址：http://lephar.com/
结合位点坐标的获取
结合位点坐标的获取
运行结果
运行结果
运行结果
运行结果
Discovery Studio
• • • • 蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用） 同源建模 分子力学计算和分子动力学模拟 基于结Biblioteka Baidu药物设计工具（包括配体-蛋白质 相互作用 • 基于小分子的药物设计工具（包括定量构 效关系 • ADMET（药物代谢动力学）
Autodock
Autovina
• • • • • • • • • • • conf_2.txt receptor = /Users/ywtao/Desktop/rec.pdb（指定受体） center_x = 20.031 center_y = 46.672 center_z = -1.889 size_x = 64 （指定对接区域） size_y = 58 size_z = 50 num_modes = 9 #! /bin/bash cd /Users/ywtao/Desktop/inhibitors（指定配体）
Ledock
瑞士苏黎世大学（University of Zurich），Zhao Hongtao博士开发的跨平台 (Win,Linux, Mac OS)分子对接软件
Discovery Studio
主要功能包括：蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建模、分子力 学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、 全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系、 药效团、数据库筛选、ADMET）和组合库的设计与分析等研究。
三种对接方式
1) 刚性对接：
分子构像不发生变化，仅改变分子的空间位置与姿态，简化程度最 高，计算量相对较小，适于大分子之间的对接。
2) 半柔性对接：
固定大分子的构像，小分子构像发生一定程度的变化，另外小分子 构像的调整也可能受到一定程度的限制，如固定某些非关键部位的键长、 键角等，半柔性对接方法兼顾计算量与模型的预测能力，是应用比较广 泛的对接方法之一。
Discovery Studio
药物分子对接软件
——简介与操作
元科阳 药物化学 张丽燕 有机化学
药物分子与受体结合示意图
药物分子与受体作用力示意图
三个分子对接软件简介
Autodock:
Scripps研究所的Olson实验室开发, AutoGrid 和 AutoDock两个程序组成。其 中 AutoGrid 主要负责格点中相关能量的计算，而 AutoDock 则负责构象搜索 及评价。
3) 柔性对接：
柔性对接方法在对接过程中允许研究体系的构像发生自由变化，由 于变量随着体系的原子数呈几何级数增长，因此柔性对接方法的计算量 非常大，消耗计算机时很多，适合精确考察分子间识别情况。
配体与受体的预处理
配体：药物小分子， 加极性氢 加电荷 分子体系能量的优化 受体： 去除水分子 加极性氢 设定可扭转位置
Ledock
• 下载地址：http://lephar.com/
结合位点坐标的获取
结合位点坐标的获取
运行结果
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运行结果
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Discovery Studio
• • • • 蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用） 同源建模 分子力学计算和分子动力学模拟 基于结Biblioteka Baidu药物设计工具（包括配体-蛋白质 相互作用 • 基于小分子的药物设计工具（包括定量构 效关系 • ADMET（药物代谢动力学）
Autodock
Autovina
• • • • • • • • • • • conf_2.txt receptor = /Users/ywtao/Desktop/rec.pdb（指定受体） center_x = 20.031 center_y = 46.672 center_z = -1.889 size_x = 64 （指定对接区域） size_y = 58 size_z = 50 num_modes = 9 #! /bin/bash cd /Users/ywtao/Desktop/inhibitors（指定配体）
Ledock
瑞士苏黎世大学（University of Zurich），Zhao Hongtao博士开发的跨平台 (Win,Linux, Mac OS)分子对接软件
Discovery Studio
主要功能包括：蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建模、分子力 学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、 全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系、 药效团、数据库筛选、ADMET）和组合库的设计与分析等研究。
三种对接方式
1) 刚性对接：
分子构像不发生变化，仅改变分子的空间位置与姿态，简化程度最 高，计算量相对较小，适于大分子之间的对接。
2) 半柔性对接：
固定大分子的构像，小分子构像发生一定程度的变化，另外小分子 构像的调整也可能受到一定程度的限制，如固定某些非关键部位的键长、 键角等，半柔性对接方法兼顾计算量与模型的预测能力，是应用比较广 泛的对接方法之一。
Discovery Studio