第二章 酶学基础理论

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• 酸碱催化
广义上,能供给质子的物质即为酸, 能接受质子的物质即为碱。
HA(酸)+A=AXH(酸催化)
AXH+B-(碱)=Y+BH+A-(碱催化)
酶作用的高效性机制
• 共价催化
底物与酶以共价方式形成中间物。这
种中间物可以很快转变为活化能大为降低 的转变态,从而提高催化反应速度。 亲电试剂 亲核试剂
6.连接酶(Ligase or Synthetase)
这类酶关系很多生命物质的合 成,其特点是需要三磷酸腺苷等高 分别形成C-O键(与蛋白质
合成有关)、C-S键(与脂肪酸 能磷酸酯作为结合能源,有的还需 合成有关)、C-C键和磷酸酯键。
金属离子辅助因子。
酶用于生物催化的概况
类别
水解酶 hydrolases我国
酶作用的高效性机制
• 金属离子催化
很多酶的催化活性需要金属离子参与,如 铁离子、铜离子和钠离子等金属离子常与酶紧 密或疏松结合,在酶催化反应中发挥作用。
酶作用的高效性机制
• 活性部位微环境的影响
酶的活性中心为酶分子的凹穴,此处 常为非极性或疏水性的氨基酸残基。
酶催化能够 降低活化能, 是非酶催化 的1/3以下。
二.酶的分子结构
1.酶的活性中心
酶的活性中心是指酶分子中直 接和底物结合,并与酶的催化作用 有直接关系的部位。
二.酶的分子结构
1.酶的活性中心
底物结合部位:决定着酶的专一性 催化部位:直接参与电子授受关系的部位
二.酶的分子结构
2.酶活性中心的研究方法
化学修饰法 动力学参数法 物理方法 定点突变法
酶作用的高效性机制
• 邻近效应及定位效应
所谓邻近效应就是底物的反应基团与 酶的催化基团越靠近,其反应速度越快。
酶作用的高效性机制
• 底物分子形变
由于酶同底物的结合,酶中的某些基团 或离子可以使底物敏感键中的某些基团的电 子云密度增高或降低,从而产生一种“电子 张力”,使底物分子发生形变。
酶作用的高效性机制
二.酶的专一性
(2)立体异构专一性
Ø 旋光异构专一性
对于底物的旋光性质要求严格
Ø 几何异构专一性
对底物的顺反异构具有高度的选择性
三.酶的高效性
酶的一个突出特点是催化效率极高。 如,20℃时,尿素非酶催化水 同一反应,酶催化反应的速度比无催化-1 解的速率常数20为3×10-10 s ,而酶 剂要高108~10 倍,比一般催化剂催化4 13催化反应的速率常数是3×10 s-1。 的反应速度要大 106~10 倍。
四. 酶的可调性
1.酶含量的调节 诱导或抑制酶的合成 调节酶的降解 2.酶活性的调节 共价调节 别构调节
酶的作用机制
• 酶作用的专一性机制 • 酶作用的高效性机制 • 酶催化机制举例
酶作用的专一性机制
• 酶的刚性与锁钥学说
该学说认为:酶与底物分子或底物分子的 一部分之间,在结构上有严格的互补关系。当 底物契合到酶蛋白的活性中心时,很像一把钥 匙插入一把锁中,因而使底物发生催化反应。
ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
酶作用的专一性机制
• 酶的刚性与锁钥学说
锁钥学说的前提是酶分子具有确定的 构象,并具有一定的刚性。该学说难以解释 一个酶可以催化正逆两个反应,因为产物的 形状、结构是与底物完全不同的。
酶作用的专一性机制
• 酶的柔顺性与诱导契合学说
依据酶分子的柔顺性,该学说认为酶与底 物在接触以前两者并不是完全契合的,只有底 物与酶分子相碰撞时,才可诱导后者构象变得 与底物配合,然后才结合成中间产物。进而引 起底物分子发生化学变化,即所谓通过诱导, 达到酶与底物的完全契合而发生催化作用。
一.酶催化反应速度
酶催化的反应速度愈大,酶活力 愈高;与此相反,酶催化反应的反应 速度愈小,酶的活力就愈低。
一.酶催化反应速度
酶促反应速度和普通化学反应一样,可 用单位时间内底物减少量或产物增加量来 表示。在酶活力测定的实验中底物往往是 过量的,因此在实际酶活力的测定中一般 以测定产物的增加量为准。
一.国际系统分类法
蛋白类酶的分类:
将所有已知的酶按其催化的反应类 型分为六大类。编号中的第一个数字表 示大类,编号中的第二个数字为大类中 的亚类,每一个亚类再分为几个亚亚类, 用第三个数字表示。第四个数字是对相 同作用的酶进行流水编号。编号前冠以 EC(酶学委员会)缩写符号。
一.国际系统分类法
蛋白类酶的六个大类:
CH3CH2OH
4.裂合酶(Lyase)
这类酶可脱去底物上某一基团留下双 键,或可相反地在双键处加入某一基团。
HOOCCH=CHCOOH H2O HOOCCH2CHCOOH
OH
5.异构酶(Isomerase)
此类酶为生物代谢需要对某些物 质进行分子异构化,分别进行外消旋、 差向异构、顺反异构等。
包括酮醛基转移酶、酰基转移酶、
糖苷基转移酶、含氮基转移酶等。
CH3CHCOOH HOOCCH2CH2CCOOH NH2 CH3CCOOH O O HOOCCH2CH2CHCOOH NH2
3.水解酶(Hydrolase)
包括脂肪酶、糖苷酶、肽酶等, 水解酶一般不需辅酶。
H2O
R COOCH2CH3
RCOOH
三.习惯名或常用名



根据酶作用的底物命名,如淀粉酶等。 根据酶催化的反应类型来命名,如水解 酶、转氨酶等。 有的酶将上述两个原则结合起来命名, 如琥珀酸脱氢酶等。 在上述命名基础上有时还加上酶的来源 或酶的其他特点,如碱性磷酸酯酶等。
第二节 酶的结构与性质
一.酶的化学本质及其组成

酶的化学本质
二.酶的专一性
(1)结构专一性 键专一性:如肽酶、酯酶 基团专一性:如α-葡萄糖苷酶
二.酶的专一性
(2)立体异构专一性 几乎所有的酶对于立体异构体都具 乳酸脱氢酶能催化 有高度的专一性,即酶只能催化一种立 L-乳酸脱氢变为丙酮 体异构体发生某种化学反应,而对另一 酸,对D-乳酸无作用。 种立体异构体则无作用。
酶催化机制举例
α-胰凝乳蛋白酶的催化机制
α-胰凝乳蛋白酶的活性部位的结构,是 由丝氨酸195、组氨酸57和天冬氨酸102组成, 其中和底物直接作用的是丝氨酸195的羟基和 组氨酸57的咪唑基,而天冬氨酸102也作为电 子传递系统的一员担负重要的任务。
第三节 酶催化反应动力学
酶催化反应动力学
• 热力学:研究一个反应能否进行, 进行的程度(反应物转化成产物的 多少),只考虑始态、终态,不考 虑历程(如何反应)。 • 化学动力学:研究反应速度、反应 条件对速度的影响、反应步骤、反 应机理。
迄今为止,除了少数具有催化活性的 RNA和DNA外,所发现的酶的化学本质均是 蛋白质。 其主要的依据是:(1)酶的分子质量 很大 (2)酶由氨基酸组成 (3)酶具两 性性质 (4)酶易变性失活
一.酶的化学本质及其组成

酶的组成
单纯酶 结合酶:酶蛋白、辅因子
一.酶的化学本质及其组成

酶的组成
辅因子:酶蛋白中非蛋白质部分,它 可以是无机离子也可以是有机化合物。 辅酶 辅基
一.酶催化反应速度
产 物 生 成 量
时间
产物浓度与时间关系曲线, 反应速度即图中曲线的斜率。
一.酶催化反应速度
酶催化反应仅在最初一段时间内其产物 与时间成比例关系,随着时间的延长,反 应速度即逐渐降低。 为准确表示酶活力,就必须采用图中的 直线部分,即用初速度来表示。酶反应速 度愈大,酶催化活力愈大。
酶作用的专一性机制
• 酶的柔顺性与诱导契合学说
其主要观点是:酶分子具有一定的 柔顺性;酶作用的专一性不仅取决于酶 与底物的结合,也取决于酶对底物的催 化,取决于催化基团的正确取位。
酶作用的专一性机制
• 扭曲与过渡态学说
该学说认为,任何一个化学反应的进行都 必须经过活性中间络合物阶段或者说过渡态阶 段,并且反应速度与过渡态底物的浓度成正比。 酶的活性中心对过渡态底物有更好的互补性, 即酶和过渡态底物有更强的结合力。

1.氧化还原酶 2.转移酶 3.水解酶 4.裂合酶 5.异构酶 6.连接酶
1.氧化还原酶 (Oxidoreductase)
包括脱氢酶 、氧化酶 、过氧化
物酶、氧合酶、细胞色素氧化酶等。
CH3CHCOOH NAD
+
CH3CCOOH NADH
O
H
+
OH
2.转移酶(Transferase)
二.酶的分子结构
几乎所有的酶都是蛋白质。 酶的分子结构与其他蛋白质结构 概念一样,有所谓一级、二级、 三级和四级结构概念。
二.酶的分子结构
1.酶的活性中心 (Active site or Active center)
在酶蛋白分子上,不是全部组成多肽 的氨基酸都起作用,而只有少数的氨基酸 残基与酶的催化活性直接相关。这些特殊 的氨基酸残基,一般比较集中在酶蛋白的 一个特定区域,这个区域称为酶的活力部 位或活力中心。
酶催化作用的特点
酶的温和性 酶的专一性 酶的高效性 酶的可调性
一.酶的温和性
酶催化的化学反应,在温和的条 件下就可以进行。不需要常规的化学 例如:以淀粉为原料生产葡萄糖 催化剂所要求的强酸、强碱或高温、 高压等条件,因此能最大程度的保留 食品中的营养成分。
二.酶的专一性
酶对其所作用的物质有着严格的选择 性。—种酶仅能作用于一种物质,或一类 结构相似的物质,发生一定的化学反应, 而对其他物质不具有活性,这种对底物的 选择性称为酶的专一性。
第二章 酶学基础理论
酶学基础理论
酶的分类和命名 酶的结构与性质 酶催化反应动力学 酶活力及其测定 酶在生物体内存在的几种形式

第一节 酶的分类和命名
核酸类酶的分类
核酸类酶是一类特殊的RNA,
能够催化RNA分子中的磷酸酯键的 水解及其逆反应。
核酸类酶的分类



根据酶催化反应的类型,可以将R-酶分 为三类:剪切酶、剪接酶和多功能酶。 根据酶催化的底物是其本身RNA分子还是 其他分子,可以将R-酶分为分子内催化 和分子间催化两类。 根据R-酶的结构特点不同,可分为锤头 形R-酶、发夹形R-酶、含Ⅰ型IVS R-酶、 含Ⅱ型IVS R-酶等。
1.米氏方程
米氏常数的物理意义是:当酶促反 应处于V=Vmax/2的特殊情况时,[S]=Km, 即Km值是当酶促反应速度达到最大反应 速度一半时的底物浓度,它的单位是摩 尔/升,与底物浓度单位一致。
(一)单底物酶促反应动力学
1.米氏方程
1913年,Michaelis和Menten根据中 间产物学说推导出一个数学方程式,用 来表示底物浓度与酶催化反应速度之间 的量化关系,称为米氏方程。
V max[S ] V K [S ]
Michaelis-Menten equation
(一)单底物酶促反应动力学
(一)单底物酶促反应动力学
从该图看出,当底物浓度较低 时,反应表现为一级反应。随着底 物浓度的不断增加,此时反应表现 为混合级反应。当底物浓度达到相 当高时,反应达到最大反应速度, 反应表现为零级反应。
(一)单底物酶促反应动力学
在低底物浓度时,并非所有的酶分 所有的酶分子与底物结合时 子能与底物相结合。随着底物浓度的增 (酶被底物饱和),进一步增加 加,愈来愈多的酶分子与底物相 结合。底物浓度也不能提高反应 ,在高底物浓度时,所 。 最后这时的反应速度被称为 Vmax 有的酶分子 都能与底物相结合。
二.底物浓度对酶催化反应的影响
(一)单底物酶促反应动力学
1902年,Henri提出了中间产物学说。 研究认为,酶(E)首先和底物(S)结合 生成中间产物ES,然后中间产物再分解成 产物P,同时使酶重新游离出来。 E + S ≒ ES → E + P
ES
中间产物学说
S
P
E
(一)单底物酶促反应动力学
酶催化反应动力学
酶催化反应动力学也称酶促 反应动力学,主要研究酶的反应 速度、反应过程规律及各种环境 因素对酶反应速度的影响。
一.酶催化反应速度
酶活力是指酶催化某一化学反应 的能力,其大小可以用在一定条件下 该酶所催化的某一化学反应的反应速 度来表示,酶活力的高低和化学反应 速度的大小两者呈线性关系。
氧化还原酶 oxidoreductases 转移酶 transferases 裂合酶 lyases 异构酶 isomerases 连接酶 ligases
占总酶比例%
利用率%
用于食品 26 27 24
12 5 6
65
25
5
~5 ~1 ~1
二.国际系统命名法
系统名称应明确表明酶的 底物及所催化的反应性质两个 如谷丙转氨酶,其系 部分。如果有两个底物则都应 统名为L-丙氨酸:α-酮戊 写二酸氨基转移酶。 出,中间用冒号隔 开。此外, 底物的构型也应写出。
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