蛋白质修饰位点预测详解

蛋白质修饰位点分析

目录

实验目的............................................................ 实验平台............................................................ 实验过程.. (3)

一、“人类connexin43”蛋白质磷酸化位点修饰 ......................

1、“人类connexin43”蛋白质序列下载.........................

2、uniprot数据库查看蛋白磷酸化位点 (5)

3、在线软件预测指定蛋白磷酸化位点 ..........................

（1）DISPHOS 1.3预测未知蛋白磷酸化位点.................

（2）PhosphoSitePlus预测指定蛋白磷酸化位点.............

4、“人类connexin43”蛋白质磷酸修饰结论.....................

二、“人类血红蛋白”糖基化位点修饰...............................

1、N型糖基化位点预测.......................................

2、O型糖基化位点预测.......................................

（1）哺乳动物O型糖基化位点预测........................

（2）真核生物O型糖基化位点预测........................

3、uniprot数据库查看蛋白质糖基化修饰位点...................

4、“人类血红蛋白”糖基化位点修饰结论 .......................

实验结论............................................................

（特别提示:ctrl+单击目录下的标题链接，可以跟踪标题；ctrl+单击标题后的图标可以返回目录）

实验目的

找出“人类connexin43”蛋白质上面的所有可能磷酸化位点，并说明为什么（注释）

找出“人类血红蛋白”上面的糖基化位点，注释结果

实验平台

uniprot数据库: (查看蛋白的修饰情况)

预测未知蛋白磷酸化位点

DISPHOS:

PhosphoSitePlus:

预测未知蛋白的糖基化修饰位点

N型糖基化位点预测：

O型糖基化位点预测：

实验过程

一、“人类connexin43”蛋白质磷酸化位点修饰

1、“人类connexin43”蛋白质序列下载

蛋白序列：fasta.txt

2、uniprot数据库查看蛋白磷酸化位点

网站链接：

3、在线软件预测指定蛋白磷酸化位点

（1）DISPHOS 1.3预测未知蛋白磷酸化位点

网站链接：

开始预测

结果

DISPHOS由蛋白序列预测蛋白磷酸修饰位点，总共有37个丝氨酸修饰位点，13个苏氨酸修饰位点，16个酪氨酸修饰位点。但是根据打分，只有8个丝氨酸修饰位点可能存在。

（2）PhosphoSitePlus预测指定蛋白磷酸化位点

网站链接：

开始预测

结果

筛选参考文献来源多于5篇的磷酸化修饰位点，丙氨酸磷酸化修饰位点数目为1、丝氨酸为17、苏氨酸数目为1、酪氨酸数目为7。

4、“人类connexin43”蛋白质磷酸修饰结论

在线数据库查询和在线软件预测结果基本一致，“人类connexin43”蛋白质磷酸位点数量相对一般蛋白质较多，且丝氨酸磷酸修饰位点最多。“人类connexin43”蛋白质极有可能是一种活性较高的蛋白质，与机体的生物活性显着相关。

通过各种文献阅读和网络筛选发现connexin43蛋白质是一种哺乳动物连接蛋白，是主要的细胞缝隙连接蛋白，其表达的异常与多种疾病的发生有关。

二、“人类血红蛋白”糖基化位点修饰

Ncbi下载人类血红蛋白的蛋白序列保存为：hemoglobin.txt

1、N型糖基化位点预测

网站链接：

开始预测

结果

2、O型糖基化位点预测

（1）哺乳动物O型糖基化位点预测

网站链接：

开始预测

结果

（2）真核生物O型糖基化位点预测

网站链接：

开始预测

结果

3、uniprot数据库查看蛋白质糖基化修饰位点

4、“人类血红蛋白”糖基化位点修饰结论

在线数据库查询和在线软件预测结果基本一致，人类血红蛋白基本没有O型糖基化修饰位点,但是存在N型糖基化修饰位点。血红蛋白是高等生物体内负责运载氧的一种蛋白质，糖基化修饰可能和血红蛋白的信号传导功能有关。

实验结论

人类connexin43”蛋白质磷酸位点数量相对一般蛋白质较多，且丝氨酸磷酸修饰位点最多；人类血红蛋白基本没有O型糖基化修饰位点,但是存在N型糖基化修饰位点。